붙임과 같습니다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2013.3.20. 서울 A구 B아파트 109동 801호(이하  "쟁점주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 2020.7.29. 서울 C구 D아파트 611호(이하  "신규주택”이라 한다)를 취득하였고 2020.9.14. 쟁점주택을 690,000,000원에 양도하고 일시적 2주택이라 하여 1세대1주택 비과세 규정을 적용하여 양도소득세를 신고하였다.

나. 한편, 청구인은 쟁점주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규주택을 취득한 경우로서 신규주택 취득일로부터 1년 이내 세대전원이 이사 및 전입신고를 마쳐야 비과세 요건이 충족되나, 신규주택에 전입한 사실이 없어 「소득세법 시행령」제155조 제1항에 제2호에 규정된 일시적 2주택 비과세 요건을 충족하지 못함에 따라 2022.11.2. 양도소득세 55,193,490원을 수정신고ㆍ납부하였다.

다. 처분청은 청구인의 수정신고서를 검토한 결과, 청구인이 쟁점주택에 대한 양도소득세를 계산함에 있어 일반적인 장기보유특별공제율(14%)을 적용하지 아니하고 1세대1주택에 해당하는 자산에 적용되는 장기보유특별공제율(56%)을 적용한 사실 등을 확인하고, 2025.8.7. 청구인에게 다음 < 표1> 과 같이 2020년 과세연도 양도소득세 113,680,280원(가산세 45,945,923원 포함)을 경정ㆍ고지하였다.

< 표1> 양도소득세 신고 및 고지내역

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.8.26. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

가. (쟁점①) 일시적 2주택인 상태에서 쟁점주택을 양도하였음에도 1세대1주택 장기보유특별공제율(56%)을 적용하지 않는 것은 부당하다.

1) 청구인은 2020.9.14. 당초 양도소득세 신고시 「소득세법 시행령」제155조【1세대1주택의 특례】제1항에 따라 일시적 2주택인 상태에서 쟁점주택을 양도한 것으로 보아 양도소득세를 비과세신고하였다.

그러나 청구인이 신규주택을 취득한 후 1년 이내에 이사를 하지 못하였고, 2022년 10월경 처분청의 수정신고 안내를 받고 양도소득세를 2022.11.2. 수정신고하였다.

2) 청구인이 수정신고시 일시적 2주택으로 보아 「소득세법」제95조 제2항 < 표2> (1세대1주택에 해당하는 자산에 적용되는 장기보유특별공제율)를 적용하였는데, 그 근거는 당시 양도소득세 집행기준 95-159의4-2이다.

「소득세법 시행령」제155조는 일시적 2주택 비과세 규정일 뿐이므로, 비과세 규정을 모두 충족했을 때 장기보유특별공제 < 표2> 를 적용하라는 명문규정이 없기 때문에 양도소득세 집행기준에 따라 「소득세법」제95조 제2항 < 표2> 를 적용하였다.

양도소득세 집행기준 95-159의4-2

일시적 2주택으로서 중과배제 대상인 경우 장기보유특별공제 계산

일시적 2주택으로서 중과 배제 대상이고, 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 경우 해당 자산의 양도차익에 보유기간 및 거주기간에 따라 최대 80%의 공제율을 곱하여 장기보유특별공제액을 계산한다.

3) 1세대1주택(2주택이지만 일시적 2주택 등 특례대상이 되는 주택 포함)이 과세되는 경우 장기보유특별공제 < 표2> 적용 여부를 보면, 이 1주택(제155조, 제155조의2, 제155조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대1주택으로 보는 주택을 포함)이 「소득세법 시행령」제154조【1세대1주택의 범위】제1항이 적용되는 주택이어야 한다고 규정하고 있지 않다.

즉, 1세대1주택(특례 2주택 포함)은 비과세 적용여부와 관련 없이 장기보유특별공제 < 표2> 가 적용되는 것이다. < 표2> 를 적용받기 위한 1세대1주택 판단은 「소득세법 시행령」제155조 제1항에서 규정하는 조건(종전주택 취득 후 1년이 지나 대체주택 취득, 종전주택을 대체주택 취득일로부터 중복보유 허용기간 내 처분 등)을 충족하면 일단 1주택으로 보고 < 표2> 가 적용되는 것이다.

나. (쟁점②) 비록 쟁점주택을 양도에 대하여 1세대1주택 장기보유특별공제율(56%)이 적용되지 않는다고 하더라도 청구인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다.

1) 국세청에서 발표한 세법집행기준은 과세관청의 업무처리 지침인바, 청구인은 이에 따라 양도소득세를 수정신고하였다. 그 후 집행기준에 반하는 심판결정례(조심2024서2633, 2024.8.21. 등)가 나왔다고 하더라도 나오기 전까지 집행기준에 따른 신고는 신의성실원칙 및 소급과세금지의 원칙에 따라 정당한 것으로 보아야 한다.

국세기본법 집행기준 48-0-4 가산세 감면의 정당한 사유

② 행위 당시에는 적법한 의무이행이었으나 사정변경으로 인하여 소급적으로 부적법한 것이 되어 외관상 의무이행이 없었던 것처럼 된 경우(대법86누460,1987.10.28.)

2) 따라서 처분청이 쟁점주택 양도에 대하여 일반 장기보유특별공제율(14%)을 적용하여 고지하더라도 가산세는 감면되어야 한다.

3. 처분청 의견

가. (쟁점①) 청구인이 2주택인 상태에서 쟁점주택을 양도하였으므로 1세대1주택 장기보유특별공제율(56%)이 아닌 일반 장기보유특별공제율(14%)을 적용한 것은 적법ㆍ 타당하다.

1) 청구인이 조정대상지역의 쟁점주택을 보유하던 중 조정대상지역의 신규주택을 취득하여 일시적 2주택자가 된 후 2020.9.14. 쟁점주택을 양도하였고, 청구인이 신규주택의 전 소유자와 임차인 간의 임대차계약 종료일인 2022.4.19.까지 신규주택에 전입신고 및 이사를 하지 않아서 쟁점주택이 1세대1주택 비과세 요건을 갖추지 못하였다.

2) 한편, 장기보유특별공제에 관한 「소득세법」제95조 제2항 단서는 ‘대통령령으로 정하는 1세대1주택에 해당하는 자산의 경우에 < 표2> 에 따른 보유기간별 공제율을 적용한다’라고 규정하고 있다.

이때 ‘대통령령으로 정하는 1세대1주택’이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 따라 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고, 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말하는바, 청구인의 쟁점주택의 양도가 「소득세법 시행령」제155조에 따라 1세대1주택으로 보는 주택의 양도에 해당하는지 여부에 따라 같은 법 제95조 제2항 단서에 따라 < 표2> 의 장기보유특별공제율이 적용될 수 있는지 여부가 결정된다.

3) 청구인은 쟁점주택이 「소득세법 시행령」 제155조 제2호 가목에서 정하고 있는 이사 및 전입신고를 하지 않아 비과세요건을 미충족하였더라도 일시적 2주택이므로 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 경우에 해당하므로 < 표2> 의 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다고 주장한다.

그러나 쟁점주택은「소득세법」제95조 제2항 단서에 따른 ‘대통령령으로 정하는 1세대1주택에 해당하는 자산’에 해당하지 않기 때문에 쟁점주택 양도 당시 청구인은 2개 주택을 보유한 상태에서 쟁점주택을 양도한 것이므로 < 표2> 의 장기보유특별공제율(최고 80%)을 적용할 수 없다.

4) 따라서 처분청이 쟁점주택 양도 당시 청구인이 2개의 주택을 보유한 상태에서 쟁점주택을 양도한 것으로 보아 < 표1> 에 따른 일반 장기보유특별공제율(최고 30%)를 적용하여 양도소득세를 경정ㆍ 고지한 처분은 정당하다.

나. (쟁점②) 청구인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 없다.

1) 세법집행기준은 납세자와 국세공무원이 세법령을 보다 쉽게 이해할 수 있도록 세법해석사례와 법원의 판결ㆍ심판청구 결정 등을 종합하여 세법집행기준을 마련한 것일 뿐이고, 납세자의 신고의무나 과세관청의 과세처분은 법령에 따라야 한다.

가) 2022년 양도소득세 집행기준 95-159의4-2(현재에도 유지되고 있음)을 보면, 일시적 2주택으로서 중과배제 대상이고, 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 경우 해당 자산의 양도차익에 보유기간 및 거주기간에 따라 최대 80%의 공제율을 곱하여 장기보유특별공제액을 계산한다는 내용이다.

나) 이때 일시적 2주택은 세법상 주택이 2개이지만 1개로 보는 ‘일시적 2주택’이고, 「소득세법 시행령」 제155조 제1항에서 그 요건을 명확하게 규정하고 있다. 먼저 일시적 2주택 요건을 충족한 주택으로서 중과배제 대상인지 아닌지를 판단하는 것인바, 쟁점주택은 일시적 2주택 요건을 충족하지 못하고 있기 때문에 청구인은 쟁점주택 양도 당시 2개의 주택을 보유하였으므로 < 표2> 의 장기보유특별공제율(최고 80%)을 적용할 수 없는 것이다.

다) 처분청은 청구주장처럼 집행기준에 반하는 심판결정례가 있어 이 건을 부과처분한 것이 아니라 법령에 따라 이 건을 부과처분한 것이다.

2) 청구인이 양도소득세 집행기준(95-159의4-2)를 근거하여 수정신고를 하였으므로, 이 건 양도소득세를 고지하면서 가산세는 감면하여야 한다고 주장한다.

그러나 청구인이 양도소득세 수정신고시 < 표2> 의 장기보유특별공제율을 적용하는 것이 법령상 정당하였다는 근거를 확인할 수 없다.

3) 따라서 처분청이 세법집행기준에 반하여 이 건을 과세한 것이 아니므로 신의성실원칙 및 소급과세금지의 원칙이 적용될 여지가 없고, 청구인의 양도소득세 수정신고가 그 당시 적법하였다는 법령상 근거가 없으므로 양도소득세 수정신고를 잘못한 청구인에게 가산세 감면의 정당한 사유는 없다고 판단된다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 일시적 2주택임에도 1세대1주택에 해당하는 자산에 적용하는 장기보유특별공제율을 적용하지 않는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

②(예비적 청구) 법령을 소급해석하여 1세대1주택 장기보유특별공제를 부인하여 과세하는 것이므로 가산세는 감면되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

1) 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】 (2019.12.31. 법률 제16834호로 일부개정된 것, 이하 같다)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 " 양도소득세" 라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 " 주택부수토지" 라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

2) 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】 (2020.2.11. 대통령령 제30395호 일부개정된 것, 이하 같다)

① 법 제89조 제1항 제3호가목에서 " 대통령령으로 정하는 요건" 이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 " 조정대상지역" 이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택 또는 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의2에 따른 공공건설임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 건설임대주택의 임차일부터 해당 주택의 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우를 포함한다)한 기간이 5년이상인 경우

3. 1년이상 거주한 주택을 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 양도하는 경우

⑥ 제1항에 따른 거주기간은 주민등록표 등본에 따른 전입일부터 전출일까지의 기간으로 한다.

⑪ 법 제89조 제1항 제3호 나목에서 " 대통령령으로 정하는 주택" 이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다.

2-1) 소득세법 시행령 제155조 【1세대 1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 " 종전의 주택" 이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 " 신규 주택" 이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.(후단 생략)

1. 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

2. 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증명서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다]하는 경우에는 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 경우. 다만, 신규 주택의 취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있는 것이 임대차계약서 등 명백한 증명서류에 의해 확인되고 그 임대차기간이 끝나는 날이 신규 주택의 취득일부터 1년 후인 경우에는 다음 각 목의 기간을 전 소유자와 임차인간의 임대차계약 종료일까지로 하되, 신규 주택의 취득일부터 최대 2년을 한도로 하고, 신규 주택 취득일 이후 갱신한 임대차계약은 인정하지 않는다.

가. 신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하고 「주민등록법」 제16조에 따라 전입신고를 마친 경우

나. 신규 주택의 취득일부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

2-2) 소득세법 시행규칙 제71조 【1세대1주택의 범위】 (2020.3.13. 기획재정부령 제781호로 일부개정된 것)

③ 영 제154조 제1항 제1호 및 제3호에서 " 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유" 란 세대의 구성원 중 일부(영 제154조 제1항 제1호의 경우를 말한다) 또는 세대전원(영 제154조 제1항 제3호의 경우를 말한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 다른 시(특별시, 광역시, 특별자치시 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조, 제72조 및 제75조의2에서 같다)ㆍ군으로 주거를 이전하는 경우(광역시지역 안에서 구지역과 읍ㆍ면지역 간에 주거를 이전하는 경우와 특별자치시, 「지방자치법」 제7조 제2항에 따라 설치된 도농복합형태의 시지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시 안에서 동지역과 읍ㆍ면지역 간에 주거를 이전하는 경우를 포함한다. 이하 이 조, 제72조 및 제75조의2에서 같다)를 말한다.

1. 「초ㆍ중등교육법」에 따른 학교(초등학교 및 중학교를 제외한다) 및 「고등교육법」에 따른 학교에의 취학

2. 직장의 변경이나 전근등 근무상의 형편

3. 1년이상의 치료나 요양을 필요로 하는 질병의 치료 또는 요양

4. 「학교폭력예방 및 대책에 관한 법률」에 따른 학교폭력으로 인한 전학(같은 법에 따른 학교폭력대책자치위원회가 피해학생에게 전학이 필요하다고 인정하는 경우에 한한다)

3) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 " 양도가액" 이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 " 양도차익" 이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 " 장기보유 특별공제액" 이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다




3-1) 소득세법 시행령 제159조의3 【장기보유특별공제】

법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 " 대통령령으로 정하는 1세대 1주택" 이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다.

4) 국세기본법 제48조【가산세 감면 등】 (2019.12.31. 법률 제16841호로 일부개정된 것, 이하 같다)

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

4-1) 국세기본법 시행령 제28조【가산세의 감면 등】 (2020.2.11. 대통령령 제30400호로 일부개정된 것)

① 법 제48조 제1항 제3호에서 " 대통령령으로 정하는 경우" 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

5) 국세기본법 제15조【신의ㆍ 성실】

납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

6) 국세기본법 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

※ 2022년 양도소득세 집행기준 95-159의4-2

일시적 2주택으로서 중과배제 대상인 경우 장기보유특별공제액 계산

일시적 2주택으로서 중과 배제 대상이고, 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 경우 해당 자산의 양도차익에 보유기간 및 거주기간에 따라 최대 80%의 공제율을 곱하여 장기보유특별공제액을 계산한다.

※ 2010년 양도소득세 집행기준 95-159의2-2

일시적 2주택으로서 중과배제 대상인 경우 장기보유특별공제액 계산

일시적 2주택으로서 중과 배제 대상인 경우 해당 자산의 양도차익에 보유기간에 따라 24~ 80%의 공제율을 곱하여 장기보유특별공제액을 계산한다.

※ 2022년 국세기본법 집행기준 48-0-2

가산세 감면의 정당한 사유

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다. (대법원93누15939, 1993.11.23. 외)

다. 사실관계

1) 기초 사실관계

가) 청구인이 2013.3.20. 쟁점주택을 취득한 때부터 청구인이 쟁점주택에 대한 양도소득세를 비과세 신고 및 수정신고한 때까지의 사실관계를 일자별 사건흐름을 요약하면 다음과 같다.

나) 청구인이 신규주택의 전 소유자와 임차인 간의 임대차계약 종료일인 2022.4.19.까지 신규주택에 전입신고 및 이사를 하지 않아서 쟁점주택이 「소득세법 시행령」제155조 제1항 제2호에 따른 1세대1주택 비과세 요건을 갖추지 못하였다는 사실 및 청구인이 신규주택을 취득한 이후 현재까지 신규주택에 전입한 사실이 없다는 사실에 관한 다툼은 없다.

2) 청구인 주장과 제시한 근거

가) 청구인은 쟁점주택이 「소득세법 시행령」제155조 제1항 제2호 가목에서 규정하고 있는 요건을 갖추지 못하여 1세대1주택 비과세 특례는 적용할 수 없으나, 일시적 2주택인 상태에서 쟁점주택을 양도하였고, 「소득세법 시행령」제155조는 일시적 2주택 비과세 규정이지 비과세 규정을 모두 충족했을 때만 1세대1주택에 해당하는 자산에 적용받을 수 있는 장기보유특별공제 < 표2> 를 적용하라는 명문규정이 없다며, ‘양도소득세 집행기준 95-159의4-2’과 ‘부동산거래관리과-404, 2010.3.17.’, ‘사전-2021-법령해석재산-1337, 2021.10.29.’, ‘서면-2021-법령해석재산-0900, 2021.4.1.’ 등을 그 근거로 제시하고 있다.

나) 한편, 청구인은 이 건 부과처분이 새로운 심판결정례에 따라 과세한 것이라며, 이는 소급과세의 원칙을 위반한 것이며, 설령 부과처분이 적법하다고 하더라고 적어도 가산세는 감면되어야 한다는 주장이다.

3) 1세대1주택 비과세 규정 중 신규주택 전입요건에 관한 법령개정 내용

가) 「소득세법 시행령」이 2020.2.11. 대통령령 제30395호로 일부 개정되면서 제155조 제1항에 신규(대체)주택으로의 전입요건이 추가되었는데, 이에 앞서 2019.12.16. 정부 발표자료를 보면, 일시적 2주택자에 대한 양도소득세 비과세를 적용함에 있어 주택시장 안정화를 위하여 신규(대체)주택 취득에 대한 전입요건을 신설하고 종전주택 양도기간을 단축한다는 내용이 들어 있다.

* 주택시장 안정화 방안(관계부처 합동, 2019.12.16.)발표자료

2) 실수요자 중심의 양도소득세 제도 보완

③ 조정대상지역 일시적 2주택자 전입요건 추가 및 중복보유 허용기한 단축

□ (현행) 조정대상지역 內거 일시적 2주택자는 신규 주택 취득일부터 2년 이내 기존 주택 양도 시 1주택으로 보아 비과세 혜택

* 일반지역인 경우 일시적 2주택자 요건은 3년 이내 양도

□ (개선) 신규 주택 취득일부터 1년 이내에 해당 주택으로 전입하고, 1년 이내에 기존 주택을 양도하는 경우에 한해 비과세 혜택

* 단, 신규 주택에 기존 임차인이 있는 경우 전입의무기간을 임대차계약 종료시(최대2년)까지 연장

□ (적용시기) 12.17일(대책 발표일 다음날)부터 새로 취득하는 주택에 적용

○ 대책발표 전 매매계약 체결 + 계약금 지불한 경우 종전규정 적용

나) 「소득세법 시행령」이 2020.2.11. 대통령령 제30395호로 일부 개정되면서 다음과 같이 제155조 제1항에 신규(대체)주택으로의 전입요건이 비과세 요건으로 추가되었다.

* 2020년 개정세법 해설(국세청 발간)

다) 한편, 2022.5.31. 「소득세법 시행령」이 일부개정(대통령령 제32654호)되어 제155조 제1항에 따른 신규(대체)주택으로의 전입요건이 삭제되었는데, 개정취지는  "앞으로는 전입요건 없이 신규주택 취득 후 2년 이내에 종전의 주택을 양도하면 비과세를 적용받을 수 있도록 요건을 완화하여 납세자의 편의를 도모함”이다.

라. 판단

1) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①부터 살펴본다.

가) 관련 법리

(1) 「소득세법」제95조는 양도소득세를 계산함에 있어 양도소득금액은 제94조에 따른 양도가액에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있다.

장기보유특별공제에 관한 「소득세법」제95조 제2항 단서는 ‘대통령령으로 정하는 1세대1주택에 해당하는 자산의 경우에 < 표2> 에 따른 보유기간별 공제율을 적용한다’라고 규정하고 있고, 이때 ‘대통령령으로 정하는 1세대1주택’이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 따라 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고, 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다.

(2) 한편, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

나) 쟁점주택 양도에 대하여 1세대1주택 장기보유특별공제율을 적용하는 것이 타당한지에 대한 판단

(1) 청구인은 비록 쟁점주택이 1세대1주택 비과세 요건을 충족하지 못하였다고 하더라도 일시적 2주택인 상태에서 양도한 것이므로 1세대1주택에 해당하는 자산의 양도차익에 적용되는 장기보유특별공제율 < 표2> 가 적용되어야 한다고 주장한다.

청구인의 쟁점주택의 양도가 「소득세법 시행령」제155조에 따라 1세대1주택으로 보는 주택의 양도에 해당하는지 여부에 따라 같은 법 제95조 제2항 단서에 따라 < 표2> 의 장기보유특별공제율이 적용될 수 있는지 여부가 결정된다(서울행정법원 2015.10.27. 선고 2015구단10424 판결 이후 서울고등법원 2016.5.31. 선고 2015누66969 판결 등 참조).

그런데 쟁점주택과 신규주택 모두 조정대상지역에 소재하고 있고, 청구인이 쟁점주택의 취득일부터 1년 이상이 지난 2020.7.29. 신규주택을 취득하였고, 신규주택의 취득일부터 1년 이내인 2020.9.14. 쟁점주택을 양도하였으나, 신규주택의 취득일부터 1년(2021.7.28.) 또는 신규주택의 전 소유자와 임차인 간의 임대차계약 종료일인 2022.4.19.까지 신규주택에 전입신고 및 이사를 하지 않아 쟁점주택이「소득세법 시행령」제155조 제1항에 규정된 1세대1주택 특례요건을 충족하지 못한다.

결국, 청구인은 2주택(쟁점주택, 신규주택)을 보유하다가 쟁점주택을 양도하였고, 1세대1주택에 해당하는 자산의 양도차익에 적용되는 장기보유특별공제율 < 표2> 는 비록 2주택이지만 「소득세법 시행령」제155조에 따라 1세대1주택 특례 요건(일시적 2주택)이 충족되는 경우에 적용되는 것이므로「소득세법 시행령」제159조의3), 쟁점주택은 이에 해당되지 아니한다(조심 2024서2633, 2024.10.22. 같은 뜻임).

2) 따라서 처분청이 쟁점주택 양도에 대하여 일반 장기보유특별공제율 < 표1> 을 적용하여 양도소득세를 경정ㆍ 고지한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

가) 관련 법리

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 부과를 면할 수 있다(대법원 2003.1.10. 선고 2001두7886 판결, 대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

나) 청구인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지에 대한 판단

(1) 청구인은 이 건 양도소득세 수정신고 당시 양도소득세 집행기준에 따라 장기보유특별공제액을 계산하였으므로 가산세는 감면되어야 한다고 주장하나, 다음과 같은 이유에서 청구인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 인정하기 어렵다고 판단된다.

첫째, 청구인이 신규주택으로의 전입요건을 충족하지 못하여 쟁점주택이 1세대1주택 비과세대상이 아니었음에도 처분청의 수정신고 안내를 받은 후 뒤늦게 수정신고한 것으로 나타난다.

둘째, 청구인이 제시하고 있는 집행기준은 1세대1주택으로 보는 일시적 1세대2주택에 관한 것으로 2010년부터 현재까지 같은 취지로 유지되고 있는 것으로 나타나고, 청구인이 이를 오인하여 쟁점주택에 적용하여 수정신고한 것일 뿐 처분청이 새로운 법령해석 등에 따라 일반 장기보유특별공제율을 적용하여 이 건을 경정ㆍ 고지한 것이 아닌 것으로 보인다.

2) 따라서 처분청이 이 건 양도소득세를 고지하면서 과소신고 및 납부지연 가산세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로「국세기본법」제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.