결정 내용은 붙임과 같습니다.

1.처분내용

가.청구인 AAA과 AAA의 배우자인 청구인 BBB(이하  "청구인들”이라 한다)은 2002.9.30. OO시 OO구에 소재한 다세대주택 19세대를 공동으로 취득하고 2004.5.21. OO구청에 임대사업자로, 2006.5.29. OO세무서에 사업자(주택임대업)로 등록하였다.

나.2022.3.31. 청구인들은 위 다세대주택을 양도하고 이중 18세대(이하  "쟁점주택”이라 한다)에 대해 「 조세특례제한법」 제97조의3(장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례)에 따른 장기보유특별공제율 100분의 70을 적용해 2022.5.31. 양도소득세를 예정신고하고 각각 292,235,710원(합계 584,471,420원)을 납부하였다.

다. 처분청은 쟁점주택은 매입임대주택으로서 장기일반민간임대주택으로 전환한 이력이 없어 「 조세특례제한법」 제97조의4(장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례)에 따른 장기보유특별공제율 100분의 40을 적용해야 한다는 이유로 2025.1.8. 청구인들에게 각각 2022년 과세연도 양도소득세 327,846,550원(가산세 76,546,110원 포함, 청구인들 총계 655,693,100원)을 경정ㆍ고지하였다.

라.청구인들은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2025.9.23. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

가.제반 상황과 입법 취지, 법의 이념에 비추어 장기보유특별공제율 70%를 적용받는 것이 정당하다.

1)청구인들은 2004.5.21. 쟁점주택에 대해 OO구청에 임대사업자등록을 하고, 2006.5.29. OO세무서에 사업자 등록을 하고 2022.3.31. 쟁점주택을 양도할 때까지 10년 이상 계속하여 장기임대사업을 영위하였다.

청구인들이 임대사업자등록을 한 시기는 「 민간임대주택에 관한 특별법」 개정으로 단기, 준공공, 장기일반민간 등 여러 형태의 임대주택 유형이 생겨나기 전으로 5년 이상 매입임대주택만 있었다. 특별법 개정 시 OO구청은 임대주택유형 전환이 필요없다고 강조하였고, 재산세 감면과 종합부동산세 합산배제도 지속되어 왔다.

청구인들은 이미 10년 이상 장기임대사업을 영위하고 있었고, 장기임대주택으로 사업장 현황신고와 종합소득세 신고서 상 수입검토표에 계속 장기임대공동주택 (업종코드 701103)으로 신고, 납부하였다.

2)법의 3대 기본이념은 법의 안정성과 구체적 타당성 및 합목적성인데 정부당국의 정책적 목표에 따른 지엽적인 법률개정 등에 따라서 그때마다 일반 시민에게 전환조치를 하라고 하는 것은 법의 기본 이념에 반하는 것이라 사료된다.

주택임대사업자에 대한 임대의무기간은 임대사업을 위한 의무기간일 뿐이고, 그 의무기간을 이행하면 의무의 반대개념인 권리도 존재하는 것이다. 의무기간을 넘어 임대사업을 영위한 것은 임대사업자의 권리에 해당하며, 이를 두고 자의적 행위라고 생각한다면 그것이야말로 법리적인 사고가 아닌 자의적 판단이라고밖에 생각되지 않는다.

3)「 조세특례제한법」 제97조의3(장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세 과세특례)의 근본 입법취지는 임대주택의 취득요건에 부합하여 취득하고, 임대금액 증가율 제한(5%) 등 정부 정책을 준수하고, 지속적으로 8년 또는 10년 이상 임대사업을 영위한 경우 부동산 가액 상승에 따른 인플레이션 위험에 따른 헷지를 보호해주자는 취지로 판단된다.

4)청구인들은 임대사업자등록과 사업자등록을 10년 이상 하였고, 임대료 증가율도 준수했으며 종합소득세 신고도 착실히 해왔는데도 제도가 바뀌어 절차를 제대로 이행하지 못하였다는 이유로 조세특례를 적용받지 못한다는 것은 너무 억울하다 할 것이므로 양도소득세 감면은 인정되어야 한다.

3. 처분청 의견

가.쟁점주택의 경우 「 조세특례제한법」 제97조의3에 따른 장기보유특별공제율 (70%) 적용대상이 아니다.

1)지방자치단체에 임대주택사업자로 등록한 경우 임대의무기간이 규정되어 의무기간 내 매각할 수 없는 제한이 있고, 관련 의무 위반 시 과태료 등 불이익이 규정되어 있다.

청구인은 단기임대주택 등록 후 임대의무기간 5년이 경과한 후에도 계속 임대하였고 임대료 증액 (5%) 제한을 준수하는 등 장기임대주택으로 등록하지는 않았지만 실제 동일한 임대의무를 준수하였으므로 「 조세특례제한법」 제97조의3의 특례규정을 적용받아야 한다고 주장하나, 청구인이 쟁점주택을 임대의무기간이 지나고도 계속 임대한 것과 임대료를 5% 이내로 증액해온 것은 자의적인 선택에 의한 것으로 관련 의무 위반 시 과태료 등의 불이익이 있는 장기임대민간주택 사업자와 동일한 혜택을 부여할 수는 없는 것이다.

2)조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결 등 참조)

조세법률주의의 엄격해석의 원칙에 따라 쟁점주택은 「 민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호에 따른 ‘장기일반민간임대주택’ 또는 ‘준공공임대주택’으로 등록된 사실이 없는 ‘매입임대주택’으로서 「 조세특례제한법」 제97조의3에 따른 장기보유특별공제 특례 적용은 불가하므로 이 건 처분은 정당하다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

장기일반민간임대주택으로 등록하지 않은 쟁점주택의 양도에 장기보유특별공제율 100분의 70을 적용해야 한다는 청구주장의 당부

나.관련법령

1)조세특례제한법제97조의3【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 대통령령으로 정하는 거주자가 「 민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택으로서 같은 조 제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 2024년 12월 31일까지 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 「 민간임대주택에 관한 특별법」 (법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]한 후 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 그 주택을 양도하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 양도소득에 대해서는 「 소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 70의 공제율을 적용한다.

1. 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우

1-1)조세특례제한법 시행령 제97조의3 【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분에서 " 대통령령으로 정하는 거주자" 란 「 소득세법」 제1조의2제1항제1호에 따른 거주자를 말한다.

② 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우와 같은 항 제1호에 따른 8년 이상 계속하여 임대한 경우는 「 민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호의 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 " 장기일반민간임대주택등" 이라 한다)으로 각각 10년 또는 8년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 통산하여 각각 10년 또는 8년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 등록 및 임대한 기간을 계산한다.

③법 제97조의3제1항제2호에서 " 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등" 이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 " 임대료등" 이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「 민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항에 따라 정한 기준을 준용한다.

2. 「 주택법」 제2조제6호에 따른 국민주택규모 이하의 주택(해당 주택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준로 한다)일 것

3. 장기일반민간임대주택등의 임대개시일부터 10년 이상 임대할 것

4. 장기일반민간임대주택등 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니할 것

2)조세특례제한법제97조의4【장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자 또는 비거주자가 「 민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택, 같은 법 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택, 「 공공주택 특별법」 제2조제1호의2에 따른 공공건설임대주택 또는 같은 법 제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 6년 이상 임대한 후 양도하는 경우 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「 소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에 따른 보유기간별 공제율에 해당 주택의 임대기간에 따라 다음 표에 따른 추가공제율을 더한 공제율을 적용한다. 다만, 같은 항 단서에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.



3)소득세법제95조【양도소득금액과 장기보유 특별공제액】

①양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

②제1항에서 " 장기보유 특별공제액" 이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「 도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.



4)민간임대주택에 관한 특별법제2조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. " 민간매입임대주택" 이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. " 장기일반민간임대주택" 이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(「 주택법」 제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.

5)민간임대주택에 관한 특별법제5조【임대사업자의 등록】(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되고 2023.3.28. 법률 제19313호로 개정되기 전의 것)

①주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 " 시장ㆍ군수ㆍ구청장" 이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

②제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택

다.사실관계

1)쟁점주택 명세 및 양도소득세 신고ㆍ경정 내역

가) 쟁점주택은 OO시 OO구에 위치한 다세대주택(총 19호) 중 18호이며, 청구인들의 보유지분은 각각 50%로 동일한 것으로 나타난다.

나) 청구인들은 2022.3.31. 쟁점주택을 양도하고 양도차익을 지분율대로 50%씩 안분해 양도소득세를 신고했는데, 각 청구인은 장기보유특별공제율 70%를 적용해 공제액을 1,499,394,250원으로 신고했으나 처분청은 장기보유특별공제율 40%를 적용해 공제액을 926,287,836원으로 경정한 사실이 나타난다.

< 각 청구인의 양도소득세 신고 및 경정 내역>

2)청구인 임대사업자 등록 내역

가) 임대사업자 등록증 및 등록내역에 따르면 청구인들은 2004.5.21. OO구청에 임대사업자로 등록하면서 쟁점주택을 5년 매입임대주택으로 등록하였고 위 등록은 2021.6.7. 말소되었으며, 이후 장기일반민간임대주택으로 전환한 이력은 없는 것으로 나타난다.

나) 청구인들은 2006.5.29. OO세무서에 공동사업자(지분율 각 50%, 주택임대)로 사업자등록을 하면서 2002.9.30. 개업한 것으로 등록하였고, 2022.3.31. 폐업하였다.

3)「 조세특례제한법」 제97조의3 특례규정의 입법취지

가) 법제처 법령정보시스템에 따르면, 위 특례규정이 신설된 구 「 조세특례제한법」 (2014.1.1. 법률 제12173호로 개정된 것)의 개정이유는  "주택거래 활성화와 서민 주거비 부담 완화에 기여할 것으로 기대됨”이다.

나) 이와 관련해 2013.4.1. 발표된 「 서민 주거안정을 위한 주택시장 정상화 종합대책」 에 따르면 관계부처는 준공공임대주택(現 장기일반민간임대주택) 유형을 신설해  "의무 임대기간 준수, 임대료 인상률 제한 요건을 충족하는 경우 준공공임대주택으로 등록, 세제감면 등 혜택을 부여”토록 하겠다고 밝혔다.





라.판단

1)관련 법리

가) 「 조세특례제한법」 제97조의3제1항은 거주자가 「 민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록하면서 각 호 요건을 모두 갖추어 그 주택을 양도하는 경우 「 소득세법」 제95조제2항에도 불구하고 장기보유특별공제율 100분의 70을 적용한다고 규정하고 있고,

같은 법 제97조의4제1항은 거주자가 「 민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택을 등록하면서 그 주택을 6년 이상 임대한 후 양도하는 경우 「 소득세법」 제95조제2항에 따른 장기보유특별공제율에 임대기간에 따른 추가공제율을 더한다고 규정하고 있다.

나) 이와 같은 특례규정을 적용할 때는, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결 참조).

2)장기일반민간임대주택으로 등록하지 않은 쟁점주택의 양도에 장기보유 특별공제율 100분의 70을 적용할 수 있는지에 대한 판단

가)위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점주택의 양도에는 장기보유 특별공제율 100분의 70을 적용할 수 없다.

(1)청구인들의 임대사업자 등록 내역에 따르면 쟁점주택은 2004.5.21. 민간매입임대주택으로 등록되었을 뿐, 장기일반민간임대주택으로 등록된 사실이 없다.

(2)청구인들은 10년 이상 장기간 주택임대사업을 영위하면서 임대료 인상 상한 등을 준수하였다고 주장하나, 임대기간 및 임대료 제한 규제 등을 법적으로 준수할 의무를 부담하는 장기일반민간임대주택과 동일하다고 보기는 어렵고, 「 조세특례제한법」 제97조의3 소정의 특례규정은 「 소득세법」 의 규정에도 불구하고 장기보유특별공제율 100분의 70을 특별히 적용해주는 규정이므로 그 요건은 법문대로 엄격하게 해석하는 것이 타당하다.

나)따라서, 처분청이 쟁점주택의 양도에 「 조세특례제한법」 제97조의3에 따른 장기보유특별공제율 100분의 70이 아닌, 「 소득세법」 제95조제2항에 따른 보유기간별 공제율 100분의 30(15년 이상 보유)에 「 조세특례제한법」 제97조의4에 따른 추가공제율 100분의 10(10년 이상 임대)을 더한 공제율 100분의 40을 적용해 양도소득세를 경정ㆍ고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 「 국세기본법」 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.