○질의법인은 줄기세포 치료제 개발 등을 영위하는 법인으로 용역매출 및 상품ㆍ제품매출이 발생하고 있음

- 질의법인은 상품ㆍ제품매출로 구성된 사업부문을 인적분할하여 분할신설법인을 설립할 예정이며,

- 분할신설법인은 분할하는 사업부문이 상품 등을 매입하고 있는 자회사의 지분을 질의법인으로부터 승계할 예정임

○ 분할하는 사업부문이 30% 이상 매입하는 법인의 주식에 해당하는지 여부 판단 시  "매입비율” 계산 기준

「법인세법 시행규칙」 제41조제8항제2호가목을 적용함에 있어 분할하는 사업부문이 100분의 30 이상을 매입하는 법인에 해당하는지 여부에 대해서는 기존 해석사례(기획재정부 법인세제과-544, 2025.11.4.)를 참조하시기 바랍니다.
○ 기획재정부 법인세제과-544, 2025.11.04.
「법인세법 시행규칙」 제41조제8항제2호가목을 적용함에 있어 분할하는 사업부문이 100분의 30 이상을 매입하는 법인에 해당하는지 여부는 매출원가 구성항목 중 상품 및 원재료의 매입금액을 기준으로 하는 것입니다.

○법인세법 제46조【분할 시 분할법인등에 대한 과세】

(중략)

②제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 분할(이하 " 적격분할" 이라 한다)의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ 제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격분할로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1.분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 다음 각 목의 요건을 모두 갖추어 분할하는 경우일 것(분할합병의 경우에는 소멸한 분할합병의 상대방법인 및 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것)

가.분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것

나.분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

다. 분할법인등만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것

(이하 생략)

○법인세법 시행령 제82조의2【적격분할의 요건 등】

(중략)

③주식등과 그와 관련된 자산ㆍ 부채만으로 구성된 사업부문의 분할은 분할하는 사업부문이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업부문인 경우로 한정하여 법 제46조 제2항 제1호 가목에 따라 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것으로 본다.

1.분할법인이 분할등기일 전일 현재 보유한 모든 지배목적 보유 주식등(지배목적으로 보유하는 주식등으로서 기획재정부령으로 정하는 주식등을 말한다. 이하 이 조에서 같다)과 그와 관련된 자산ㆍ 부채만으로 구성된 사업부문

2. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 및 「금융지주회사법」 에 따른 지주회사(이하 이 조에서 " 지주회사" 라 한다)를 설립하는 사업부문(분할합병하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지주회사를 설립할 수 있는 사업부문을 포함한다). 다만, 분할하는 사업부문이 지배주주등으로서 보유하는 주식등과 그와 관련된 자산ㆍ 부채만을 승계하는 경우로 한정한다.

가. 분할합병의 상대방법인이 분할합병을 통하여 지주회사로 전환되는 경우

나. 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 지주회사인 경우

3. 제2호와 유사한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우

(중략)

⑤분할하는 사업부문이 주식등을 승계하는 경우에는 법 제46조 제2항 제1호 나목에 따라 분할하는 사업부문의 자산ㆍ부채가 포괄적으로 승계된 것으로 보지 아니한다. 다만, 제3항 각 호에 따라 주식등을 승계하는 경우 또는 이와 유사한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

○법인세법 시행규칙 제41조【독립된 사업부문 및 포괄승계의 판단기준 등】

⑧영 제82조의2 제5항 단서에서 " 기획재정부령으로 정하는 경우" 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식등을 승계하는 경우를 말한다.

1.분할하는 사업부문이 분할등기일 전일 현재 법령상 의무로 보유하거나 인허가를 받기 위하여 보유한 주식등

2.분할하는 사업부문이 100분의 30 이상을 매출하거나 매입하는 법인의 주식등과 분할하는 사업부문에 100분의 30 이상을 매출 또는 매입하는 법인의 주식등. 이 경우 매출 또는 매입 비율은 분할등기일이 속하는 사업연도의 직전 3개 사업연도별 매출 또는 매입 비율을 평균하여 계산한다.

3. 분할존속법인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 및 「금융지주회사법」에 따른 지주회사로 전환하는 경우로서 분할하는 사업부문이 분할등기일 전일 현재 사업과 관련하여 보유하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등

가.분할하는 사업부문이 지배주주등으로서 보유하는 주식등

나.분할하는 사업부문이 법 제57조제5항에 따른 외국자회사의 주식등을 보유하는 경우로서 해당 외국자회사의 주식등을 보유한 내국법인 및 거주자인 주주 또는 출자자 중에서 가장 많이 보유한 경우의 해당 분할하는 사업부문이 보유한 주식등

4. 분할하는 사업부문과 한국표준산업분류에 따른 세분류(이하 이 조에서 " 세분류" 라 한다)상 동일사업을 영위하는 법인의 주식등

○법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】

법 제19조제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 " 손비" (損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

(중략)

3.인건비[내국법인이 발행주식총수 또는 출자지분의 100분의 100을 직접 또는 간접 출자한 해외현지법인에 파견된 임원 또는 직원의 인건비로서 「소득세법」 제127조 제1항에 따라 근로소득세가 원천징수된 인건비(해당 내국법인이 지급한 인건비가 해당 내국법인 및 해외출자법인이 지급한 인건비 합계의 100분의 50 미만인 경우로 한정한다)를 포함한다]

3의2. 임원 또는 직원의 출산 또는 양육 지원을 위해 해당 임원 또는 직원에게 공통적으로 적용되는 지급기준에 따라 지급하는 금액

4. 유형자산의 수선비

5. 유형자산 및 무형자산에 대한 감가상각비

6. 자산의 임차료

(이하 생략)