심판청구를 기각한다.

1. 처분개요


가. 청구법인은 1998.12.18. 설립되어 OLED, LCD, 2차전지, 반도체 제조장비 등의 제조ㆍ판매업을 영위하여 왔고,


한편, 청구외 A 주식회사(이하  "피인수법인”이라 한다)는 2002.9.26. 설립되어 대구광역시 동구 OOO에서 리튬 2차전지 생산에 필요한 전극 제조 관련장비를 전문적으로 제작하는 회사(2017.1.20. 코스닥 상장)이고, 기술혁신형 중소기업 육성사업에 의해 선정된 기술혁신형 중소기업(2022.9.20.~ 2025.9.19.)에 해당한다.


나. 청구법인은 2003사업연도 중 피인수법인의 주식 23,160,791주를 아래 ＜표1＞과 같이 3차례에 걸쳐 기존주주의 주식을 매입하거나 피인수법인이 실시한 제3자배정방식의 유상증자에 참여하여 취득하였고, 취득 방법 및 매입금액은 아래 ＜표2＞와 같다.


＜표1＞ 청구법인의 피인수법인 주식 취득내역

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＜표2＞ 거래상대방 및 매입금액

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* A는 피인수법인의 창업주이고, B(주)는 재무적 투자자인 C㈜가 2020.6.24. 설립한 특수목적회사로 2020.8.31. 당시 최대주주인 A로부터 지분을 매입하여 최대주주가 됨


＜표3＞ 피인수법인 주식 보유 현황(2023.9.8)

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다. 청구법인은 2024.9.12. 위와 같은 피인수법인 주식 취득(지분 33%)이 「조세특례제한법」(이하  "조특법”이라 한다) 제12조의4 소정의 ‘기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제’에 해당한다고 보아 법인세 세액공제액 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고,


처분청은 피인수법인의 주식 취득 중 유상증자로 취득한 부분은 위 규정의 취득에 해당하지 아니하므로(이에 따른 주식취득 지분율이 25.7%로서 30%를 초과하지 못함), 세액공제 대상이 아닌 것으로 보아 2025.4.2. 경정청구를 거부하였다.


＜표4＞ 경정청구 내역(2023사업연도 법인세)

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라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.29. 심판청구를 제기하였다.



2. 청구법인 주장 및 처분청 의견


가. 청구법인 주장


(1) 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제를 규정한 조특법 제12조의4 제1항에서 유상증자를 통한 신주의 취득을 명시적으로 배제하고 있지 않으므로, 기존 주주로부터의 매입이든 유상증자든 취득 방법을 불문하고 기준지분비율(경영권을 실질적으로 지배하는 경우의 30%, 조특법 제12조 제1항 제2호)에 포함시켜야 하므로 경정청구 거부처분을 취소하여야 한다.


(2) 제3자가 유상증자에 참여하여 신주를 인수하는 것도 동 규정의 취득에 해당하는 것으로 보아야 구주를 매입하는 경우와 그 실질이 동일하다.


(3) 지배주주로부터 취득한 지분과 비지배주주로부터 취득한 지분을 합산하여 기준지분비율을 초과한 경우에도 조특법 제12조의4 제1항의 주식의 취득에 해당한다고 본 국세청 예규(사전-2024-법규법인-0131, 2024.4.5.)에 비추어 보아도 유상증자를 통한 주식취득도 기준지분비율에 포함된다고 보는 것이 타당하다.


나. 처분청 의견


조특법 제12조의4의 제도 취지, 법조항의 문언, 기획재정부의 유권해석 등을 종합적으로 고려하면 유상증자로 취득한 주식은 포함되지 아니하므로 청구주장은 이유 없다.


(1) 조특법 제12조의4 도입 배경 및 목적


(가) 정부는 중소ㆍ벤처기업 대상 M＆A를 활성화하여 벤처 생태계 선순환 방안으로, 관계부처 합동으로 2013.5.15.에 『벤처ㆍ창업 자금생태계 선순화 방안』을 발표하였고,


위 정책은 벤처자금의 중간회수시장이 부재하여 14년이 소요되는 코스닥 상장 이외에 벤처자금을 회수할 수 있는 통로가 갖추어지지 못해 벤처투자를 주저하게 되고, 성공 벤처기업인의 재투자 여건이 부족하여 벤처자금의 생태계 내 환류 저해를 개선하기 위한 방안이 논의되었다.


기술혁신형 M＆A에 대해 R＆D에 준하는 세제상 인센티브를 부여하는 제도의 필요성에 따라 조세특례제한법 제12조의3(기술혁신형 합병에 대한 세액공제) 및 제12조의4(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제, 이 건 쟁점)가 도입되고, 2014.1.1.부터 시행되었다.


(나) 이 제도는 기술혁신형 기업에 외부 민간자본의 유입을 유도하는 것으로, 정부는 기존 지분을 인수하는 투자자에게 세액공제를 제공함으로써, 벤처창업자의 원활한 투자금 회수를 도와주고 그 회수 자금이 다른 초기 창업기업에 재투자 되도록 유도하려는 인센티브로 설계된 것이다.


(다) 유상증자로 인한 신주 취득은 기업에 자금이 들어오는 구조이나, 창업자나 초기 투자자에게 자금이 돌아가지 않게 되므로, 즉 창업자의 투자금 회수와는 직접적인 관련이 없다.


유상증자는 내부의 주주 중심으로 이루어지고 기존 투자자에게 우선권이 부여되는 구조이므로 유상증자까지 용인한다면, 이 제도가 목적한 외부 자금 유치 효과가 제한적이 될 수밖에 없다. 따라서 외부 투자자가 기업 가치를 평가하고, 리스크를 감수하며 기존 주식을 매입한 경우에만 공제를 인정하는 방법을 선택한 것으로 보아야 한다.


(라) 따라서 세액공제 남용 방지 및 형평성 확보를 도모하기 위하여 창업자로부터 취득한 주식에 혜택을 한정하여 창업자 지분의 제3자 인수를 통해 회수 및 재투자를 유도하는 구조에 초점을 맞추는 방향으로 시행되는 것이 바람직하다.


(2) 청구법인은 조특법 제12조의4 제1항 제2호의 기준지분비율 요건을 충족하지 못하였으므로 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다.


(가) 내국법인이 유상증자로 인수한 신주는 조특법 제12조의4 제1항의 각 호의 요건을 모두 갖춘 주식 등의 취득에 포함되지 않는다(기획재정부 법인세제과-44, 2024.1.22., 국세청 서면-2023-법규법인-0683, 2024.1.24).


(나) 청구법인이 2023사업연도에 취득한 주식 중 유상증자로 인수한 신주를 제외하면, 2023사업연도 종료일 현재 보유한 피인수법인 주식 비율이 기준지분비율(30%)에 미만으로 기술혁신형 주식취득공제 요건을 충족하지 못한다.


(3) 청구주장의 부당성에 관하여


(가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(OOO).


청구법인은 유상증자로 인한 신주를 조특법 제12조의4 제1항의 기준지분비율에 포한되는 주식 취득에 해당한다고 주장하나, 동 규정은 기술혁신형 M＆A를 지원하는 벤처자금 생태계의 선순환 구조를 우선적으로 마련하기 위한 정책적 목적을 위하여 도입된 규정으로 특혜규정이라고 볼 수 있으므로 합목적적이고 엄격하게 해석하여야 하고,


조세감면의 혜택을 어느 범위까지 인정할 것인지는 입법재량에 속하고, 조특법 제12조의4 제1항이 명백히 규정하고 있지 않은 이상 유상증자까지 취득주식에 포함하는 것으로 확대해석하는 것은 이 사건 쟁점이 되는 조항을 도입한 취지와 목적에 어긋난다.


(나) 청구법인은 특정 지배주주로부터 인수한 지분과 특정 지배주주가 아닌 주주로부터 인수한 지분을 합산하여 기준지분비율을 초과한 경우에도 조특법 제12조의4 제1항의 주식의 취득에 해당하여(사전-2024-법규법인-0131, 2024.4.5.), 유상증자로 취득한 주식도 세액공제 대상이 된다고 주장하나,


위 예규는 특정 지배주주로부터 인수한 지분과 특정 지배주주가 아닌 주주로부터 매입한 지분을 합산하여 기준지분비율을 초과한 경우 세액공제 요건 충족하는 것에 대한 해석으로, 이 건의 경우처럼 유상증자로 인한 주식의 취득과 관계가 없으므로 서로 사안이 달라 적용할 수 없다.



3. 심리 및 판단


가. 쟁점

조특법 제12조의4에서 규정하는 ‘기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제’ 적용요건인 주식취득의 범위에, 기존 주주의 주식을 직접 매입한 경우뿐만 아니라 유상증자를 통해 신주를 인수한 경우도 포함되는지 여부


나. 관련 법령


(1) 조세특례제한법 제12조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】①내국법인(이하 이 조에서  "인수법인”이라 한다)이 2024년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서  "피인수법인”이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서  "주식등”이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.

1.인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서  "취득일”이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것

2.인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서  "기준지분비율”이라 한다)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

3.인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것

가.취득일이 속하는 사업연도의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130

나.취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서  "당초지분비율”이라 한다)

4.ㆍ5. (생 략)


(2) 조세특례제한법시행령 제11조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】①법 제12조의4 제1항 제1호에 따른 최초 취득한 날(이하 이 조에서  "취득일”이라 한다)은 인수법인이 피인수법인의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서  "주식등”이라 한다)을 취득한 날부터 직전 2년 이내의 기간 동안 그 주식등을 보유한 사실이 없는 경우로 한다. (단서 생략)

②법 제12조의4 제1항 각 호 외의 부분에서  "대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 중소기업을 말한다.

2.취득일까지 「중소기업 기술혁신 촉진법」 제15조와 같은 법 시행령 제13조에 따라 기술혁신형 중소기업으로 선정된 기업

④법 제12조의4 제1항 각 호 외의 부분에서  "대통령령으로 정하는 기술가치 금액”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액 중에서 인수법인이 선택한 금액을 말한다.

1.「벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령」 제4조 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관이 취득일 전후 3개월 이내에 피인수법인이 보유한 특허권등을 평가한 금액의 합계액에 취득일이 속하는 사업연도 종료일 현재의 지분비율을 곱하여 계산한 금액. 이 경우 그 계산한 금액은 인수법인이 피인수법인에 지급한 매입가액에서 취득일이 속하는 사업연도의 피인수법인의 순자산시가에 해당 지분비율을 곱하여 계산한 금액을 뺀 금액[음수(陰數)인 경우에는 영으로 본다]을 한도로 한다.

2.인수법인이 피인수법인에 지급한 매입가액에서 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액을 뺀 금액

가.취득일이 속하는 사업연도의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130에 해당하는 금액

나.취득일이 속하는 사업연도 종료일 현재의 지분비율


다. 사실관계 및 판단


(1) 청구법인이 제출한 기술혁신형 중소기업(Inno-Biz) 확인서(중소벤처기업부장관)에는, 피인수법인이 등급 A로 2022.9.20.~ 2025.9.19. 기간에 기술혁신형 중소기업 육성사업에 의해 선정된 기술혁신형 중소기업임을 확인한다고 되어 있다.


(2) 금융감독원 전자공시 내용 등에 따르면, 청구법인은 다음과 같이 피인수법인의 제3자배정방식 유상증자에 참여한 것으로 확인된다.


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(3) 2013.5.15. 발표된 벤처ㆍ창업 자금생태계 선순환 방안의 주요내용은 다음과 같다(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제에 관한 발표내용은 없고, 기술혁신형 합병에 대한 세액공제만 있다).

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(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제를 규정한 조특법 제12조의4 제1항에서 유상증자를 통한 신주의 취득을 명시적으로 배제하고 있지 않으므로, 기존 주주로부터의 매입이든 유상증자든 취득 방법을 불문하고 기준지분비율(경영권을 실질적으로 지배하는 경우의 30%, 조특법 제12조 제1항 제2호)에 포함시켜야 하므로 경정청구 거부처분을 취소하여야 한다는 취지로 주장하나,


조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것(OOO)인바,


관련 조특법 제12조의4의 입법취지는 벤처 창업자 등의 투자금 회수를 통한 새로운 벤처기업에 대한 재투자인데, 유상증자를 통한 신주인수시 그 투자금은 피인수법인에 귀속될 뿐 벤처 창업자 등에게 직접 돌아가지는 아니하는 점, 동 규정에서 취득한 주식의 가액을 매입가액이라 규정하고 있고, 유상증자를 통한 신주 인수는 통상 매입가액이 아닌 신주가액으로 표현하는 점, 기획재정부 예규(법인세제과-44, 2024.1.22.) 등에서도 동 규정에서 말하는 ‘주식 등의 취득’에는 유상증자를 통한 신주 인수가 포함되지 않는다고 해석하고 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2024서5497, 2025.8.26. 같은 뜻임).



4. 결론


이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.