1.처분개요


가. 청구인은 2014.6.10. 대구광역시 중구 OOO에서 자동차정비업을 주업종으로 하여 개업한 B(이하  "쟁점사업장”이라 한다)를 운영한 개인사업자이다.


나. 쟁점사업장 소재지 일대가 공동주택건축사업의 시행지역에 포함됨에 따라 청구인은 2018.8.31. 사업시행자인 주식회사 A(이하  "쟁점시행사”라 한다)과 쟁점사업장에 대한 시설과 영업권 등 일체의 권리를 쟁점시행사에 양도하고 그 대가로 OOO원(부가가치세 OOO원 포함, 이하  "쟁점양도금액”이라 한다)을 쟁점시행사로부터 지급받는 내용의 ‘영업권리 및 시설비 양도계약서’(이하  "쟁점양도계약서”라 하고, 그 내용이 되는 계약을  "쟁점양도계약”이라 한다)를 작성하였다.


다. 청구인은 쟁점양도금액은 영업권 양도에 대한 대가로서 「소득세법」 제21조 제1항 제7호에 따라 기타소득에 해당한다고 보아, 쟁점양도금액의 공급가액(부가가치세를 제외한 OOO원)에서 영업권 양도에 대한 기타소득의 법정필요경비(수입금액의 60%)를 공제한 OOO원을 기타소득으로 하여 2020.6.19. 2019년 귀속 종합소득세를 신고ㆍ 납부하였다.


라. 대구지방국세청장(이하  "조사청”이라 한다)은 2024.5.7.부터 2024.8.16.까지 청구인에 대한 종합소득세 부분조사를 실시한 결과, 쟁점양도금액은 쟁점사업장의 폐지ㆍ 이전에 대한 영업손실보상으로 이는 기타소득이 아닌 사업소득에 해당한다고 보아 관련 과세자료를 통보하였고, 이에 처분청은 2024.10.4. 청구인에게 2019년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정ㆍ 고지하였다.


마. 청구인은 이에 불복하여 2024.11.19. 이의신청을 거쳐 2025.2.28. 심판청구를 제기하였다.


2. 청구인 주장 및 처분청 의견


가. 청구인 주장


(1) 쟁점양도금액은 쟁점사업장의 영업권을 쟁점시행사에 양도하고 받은 대가로서 기타소득(영업권을 양도하고 받은 소득)에 해당한다.


(가) 쟁점양도계약서는 거래대상을  "영업권리 및 시설비 양도계약서”로 명확하게 표시하였고, 해당 계약서 어디에도  "영업손실보상”이라는 문구가 없으며, 청구인은 계약의 법률적ㆍ 실질적 형식에 따라  "영업권 양도”로 품목을 기재한 세금계산서를 쟁점시행사에 발행하여 부가가치세를 거래징수한 후 이를 신고하였고, 이에 따라 쟁점시행사도 쟁점양도금액을 기타소득으로 보고 기타소득에 대한 소득세를 원천징수하여 납부하였다.


(나) 쟁점사업장과 관련한 허가권은 어렵게 취득한 권리로 이는 영업권에 해당하므로, 쟁점양도금액은 영업권의 양도대가이다.


쟁점사업장은 a이 1967년 대구시장으로부터 자동차관리업 허가를 받아 설립한 C이 그 시초로, a은 1970년 쟁점사업장 소재 부동산을 매매로 취득한 후 C을 자동차정비공장으로 변경하여 사업을 영위하였다.


이후 2001년 b이 a으로부터 자동차정비공장을 인수하였고 a은 b에게 쟁점사업장 소재 부지를 임대하는 임대사업자로 전환하였는데, b은 임대료와 관련하여 a과 분쟁이 계속되자 다시 자동차정비공장을 a에게 반납하되 그 대가로 OOO원을 요구하였으나, a이 이를 거부하고 b에게 쟁점사업장 부지를 명도할 것을 요구하는 소송을 제기하자, b은 자동차정비공장을 폐업하였고, 이에 따라 자동차정비공장과 관련된 등록이 취소되었다.


a이 사망한 후 2012년 쟁점사업장 소재 부동산을 a의 아들 3인이 상속하였고, 이들 중 둘째인 c가 쟁점사업장을 주도적으로 관리하였으나, c는 다시 정비공장 관련 등록을 얻기가 어렵다고 판단하여 초등학교 동기인 청구인에게 쟁점사업장을 운영할 것을 권유하였고, 이에 청구인은 변호사 d(청구인의 매형)와 같이 약 3년 동안 행정심판 및 각종 소송을 수행하였다. 결국 청구인은 대법원에서 승소하여 다시 자동차정비공장 관련 등록을 할 수 있게 되었고, 이 과정에서 지출한 모든 비용은 c의 도움 없이 청구인과 변호사 d가 부담하였다.


(다) 한편 쟁점사업장 소재지는 대구광역시 조례에 따라 신규로 자동차정비공장 등록을 할 수 없는 중심상업지역으로, 인근에 아파트가 밀집된 도심지로서 접근성이 높은 지역적 특성을 갖고 있어서, 이 지역에서 50년 이상 운영된 자동차정비공장인 쟁점사업장은 그 자체로 수많은 단골고객을 확보한 사업장으로 높은 가치의 영업권을 보유하였다.


(라) 이에 더하여 쟁점시행사가 쟁점사업장 소재지에 대한 공동주택건축사업을 추진하기 위해 매입한 부동산 중 쟁점사업장 소재 부동산의 면적이 가장 넓어서 쟁점사업장 소재 부동산의 매입은 공동주택건축사업의 시행을 위해 반드시 필요하였던 반면, 청구인은 쟁점시행사에 쟁점사업장을 매각할 경우 그 인근지역이 자동차정비공장을 신규등록할 수 없는 지역이어서 새로운 장소로 쟁점사업장을 이전해야 하는 문제가 발생함에 따라 단골고객과 정비공장 등록권을 포기하는 대가로 쟁점양도금액을 지급하여 줄 것을 쟁점시행사에 요구하였고, 쟁점시행사도 청구인의 요구를 받아들여 쟁점양도금액을 청구인에게 지급하였다. 따라서 쟁점양도금액은 쟁점사업장의 영업권을 양도한 대가로 보는 것이 타당하다.


(마) 설령, 쟁점양도금액에 영업손실보상으로 볼 수 있는 금액이 포함되어 있더라도, 영업손실보상은 일부에 불과하므로 영업손실보상을 제외한 나머지는 영업권 양도대가로서 기타소득에 해당한다.


「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙」 제46조를 준용하여 쟁점양도금액에 포함된 영업손실보상을 산정하면, 최근 3년간 평균 소득금액의 2배와 영업용 고정자산ㆍ 원재료ㆍ 제품 및 상품매각 손실액의 합계로 영업손실보상을 산정하는 위 시행규칙 규정에 따라 산정한 영업손실보상 OOO원을 쟁점양도금액에서 제외한 나머지는 쟁점사업장의 영업권을 양도한 대가로서 기타소득에 해당하므로, 해당 금액을 기타소득으로 보아야 한다.


(2) 설령 쟁점양도금액을 사업소득으로 보더라도 쟁점양도계약에 따라 철거된 쟁점사업장 기계장치의 잔존가액도 필요경비로 인정해야 한다.


영업손실보상의 대상인 쟁점사업장이 철거됨에 따라 발생한 손해는 구축물, 시설장치 등 이전이 불가능한 자산에 대한 손해뿐만 아니라 청구인이 쟁점사업장을 폐업하면서 두고 온 기계장치의 장부상 잔존가액(OOO원)도 포함되어야 하므로, 해당 기계장치의 장부상 잔존가액을 필요경비에 산입해야 한다.


(3) 처분청에서 제시한 이 건 처분사유와 같이 쟁점양도금액을 사업소득으로 본다면 이에 해당하는 금액은 「조세특례제한법」(이하  "조특법”이라 한다) 제7조에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면 대상 소득에 해당하므로, 청구인에게 이에 따른 감면도 적용해야 한다.


비록 청구인이 쟁점양도금액을 기타소득으로 분류하여 종합소득세를 신고ㆍ 납부하였다고 하더라도, 종합소득 과세표준에 해당 소득을 포함하여 신고하였으므로, 청구인이 조특법 제128조 제2항에 따라 감면이 배제되는 무신고에 따른 결정을 받은 사실이 없어 쟁점양도금액은 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용 대상 소득에 해당한다.


처분청의 의견과 같이 감면적용을 배제하는 것은 처분청이 쟁점양도금액을 사업소득으로 과세하면서 감면을 적용할 때는 사업과 무관한 소득으로 보는 것이 되어 그 자체가 논리 모순에 해당한다.


한편, 조세심판원은 정부로부터 손실보전 목적으로 지원받는 보조금은 여객운송업에서 발생한 수익의 일부를 구성한다고 보아 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용해야 한다고 판단하였고(국심 2005부1037, 2005.9.13.), 대법원도 영업손실보상은 당해사업과 관련하여 감소되는 소득이나 발생하는 손실 등을 보상하기 위하여 지급되는 것으로 이를 그 사업의 태양에 따른 사업소득의 총수입금액에 해당한다고 판단하였으므로(대법원 2008.1.31. 선고 2006두9535 판결 참조), 쟁점양도금액은 쟁점사업장에서 발생한 사업소득으로 중소기업에 대한 특별세액감면 대상에 해당한다.


(4) 청구인은 쟁점양도금액 중 계약금 OOO원을 2018.12.26. 수취하였으므로, 위 계약금은 2018년 귀속 소득에 해당한다.


‘법인세법 기본통칙’ 40-71…9는  "토지등의 수용에 따른 손실보상금의 귀속시기는 동 보상금의 지급이 확정되거나 기업자가 대금을 공탁한 날이 속하는 사업연도로 한다.”고 규정하고 있어서, 2018년에 수취한 쟁점양도계약에 따른 계약금 OOO원은 2018년 귀속 소득에 해당하므로, 처분청이 계약금을 포함한 쟁점양도금액 전액을 2019년 귀속 종합소득으로 본 이 건 부과처분은 부당하다.


따라서 위 계약금 OOO원은 이 건 2019년 과세표준에서 제외하여 청구인에 대한 2019년 귀속 종합소득세를 감액경정하여야 한다.


(5) 쟁점양도금액 중 청구인이 부가가치세로 받은 OOO원(이하  "쟁점세액”이라 한다)은, 청구인의 부당이득에 해당하여 쟁점시행사가 청구인에게 반환을 요구하면 이를 지급해야 할 가능성이 있으므로, 이를 청구인의 수입금액에서 제외하여야 한다.


나. 처분청 의견


(1) 쟁점양도금액은 영업손실보상으로 이는 사업소득에 해당한다.


(가) 사업장이 수용 또는 양도됨으로 인하여 그와 관련하여 사업시행자로부터 지급받는 보상금은 그 내용이 양도소득세 과세대상이 되는 자산 등이 아닌 자산의 손실에 대한 보상이나 영업보상, 휴ㆍ 폐업보상, 이전보상 등 당해 사업과 관련하여 감소되는 소득이나 발생하는 손실 등을 보상하기 위하여 지급되는 보상금인 경우에는 그 사업의 태양에 따른 사업소득으로 보아 총수입금액에 산입해야 한다(대법원 2008.1.31. 선고 200두9535 판결 참조).


(나) 청구주장과 달리, ① 쟁점양도계약서에는 영업권리에 대한 가치 및 시설비 금액 산정과 관련한 구체적 기준과 근거가 없고, 쟁점시행사는 조속한 사업진행을 위해 청구인이 요구한 금액을 지급하였다고 인정한 점, ② 쟁점양도계약서 제5조 기타사항에  "甲(청구인)은 잔금수령 후 1개월 이내에 명도완료하여야 한다”고 기재된 점, ③ 쟁점시행사가 쟁점사업장을 인수하여 계속 정비공장으로 활용하기 위하여 그 대가로 쟁점양도금액을 지급하였다고 보기 어려운 점, ④ 청구인은 쟁점양도금액을 어렵게 정비공장을 등록한 권리에 대한 대가라고 주장하나 정비공장에 대한 재등록을 위한 소송의 원고는 임대인 c로 되어 있어 청구인이 그 권리의 소유자인지 불분명하고 쟁점시행사는 등록된 사업을 영위한 사실도 없는 점, ⑤ 「상속세 및 증여세법」에 따라 쟁점사업장의 영업권을 평가한 금액은 음(陰)수인 점 등에 비추어 보아, 쟁점양도금액은 쟁점사업장의 철거로 인한 폐업에 대한 대가로 청구인이 지급받은 이전보상금 또는 영업손실보상금으로 보이므로, 쟁점양도금액은 전액 사업소득에 해당한다.


(2) 사업자가 사업장을 이전함에 따라 사업시행자로부터 받는 영업손실보상금, 사업장시설이전보상금, 기타보상금 등은 총수입금액에 산입하는 것이나, 사업장시설이전보상금 중 이전이 불가능한 시설에 대한 대체취득보상금은 고정자산의 양도차손익으로 보아 총수입금액에 산입되지 아니하므로(대법원 2008.1.31. 선고 2006두9535 판결 등 참조), 쟁점양도계약서에는 이전이 가능한 시설물은 시설비에서 제외하고 있어 이전이 가능한 쟁점사업장 기계장치의 잔존가액은 필요경비에 해당하지 않는 것으로 판단되고, 쟁점사업장에 기계장치를 두고 철거하였다는 청구주장에 대한 사실관계도 확인되지 않아 쟁점사업장 기계장치의 잔존가액을 필요경비로 인정하기에는 무리가 있어 보인다.


(3) 중소기업에 대한 특별세액감면이 적용되는 소득인 조특법 제7조 제1항에 따른 ‘해당 사업장에서 발생한 소득’은 감면대상인 사업의 주된 영업활동에서 직접 발생한 소득만을 의미한다고 봄이 타당하고(대법원 2004.11.12. 선고 2003두773 판결, 대법원 2006.2.10. 선고 2005두12824 판결 등 참조), 관련 질의회신도 조특법 제7조에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용함에 있어 사업장 수용으로 인한 영업손실보상금ㆍ 사업장이전보상금을 수령한 경우, 동 보상금 등은 감면소득의 개별익금이 아닌 기타사업의 개별익금으로 보고 감면소득을 계산하는 것(국세청 서이46012-10440, 2003.3.7.)이라고 하여 쟁점양도금액이 중소기업에 대한 특별세액감면 대상이 아님을 명시하였다.


한편, 청구인은 여객운송업의 보조금에 대한 판례 등을 근거로 쟁점양도금액을 감면대상 소득으로 보아야 한다고 주장하나, 「여객자동차 운수사업법」 제52조에 근거하여 정부로부터 영업활동 과정에서 발생한 손실보전을 목적으로 지원 받는 여객운송업보조금과 사업자의 의사와는 관계없이 부득이하게 사업장을 이전함으로 인하여 생긴 영업손실보상으로 지급된 쟁점양도금액을 동일하게 보기는 어렵다.


따라서 처분청이 쟁점양도금액을 청구인의 감면대상 사업인 자동차정비업에서 직접 발생한 소득이 아닌 특별이익으로 판단하여 조특법 제7조에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제한 것은 정당하다.


(4) 쟁점양도금액 중 쟁점양도계약의 계약금 OOO원에 대한 소득의 귀속시기는 이를 실제 지급받은 2018년이라는 청구주장과 달리, 권리의무확정주의에 따라 쟁점사업장을 명도한 2019년이 계약금에 대한 소득의 귀속시기에 해당한다.


「소득세법」은 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득이 실현된 것으로 보고 과세소득을 계산하는 이른바 권리의무확정주의를 채택하고 있고(대법원 2010.1.14. 선고 2009두11874 판결), ‘소득세법 집행기준’ 24-51-7 제3항도  "사업자가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따라 사업장을 이전함으로써 지급받는 이전보상금과 영업손실보상금은 「소득세법」 제39조 및 같은 법 시행령 제51조 제3항 제5호에 따라 사업장을 이전한 과세연도의 총수입금액에 산입하는 것”이라고 명시하고 있는데, 쟁점시행사는 청구인이 2018.8.31. 쟁점사업장 명도를 합의 하면서 쟁점양도금액을 지급한 것으로 보여지고 실제 쟁점양도계약서에는 청구인은 잔금수령 후 1개월 이내에 명도완료하여야 한다(제5조)고 기재되어 있는 점, 쟁점양도금액은 2019.7.23. 지급이 완료되였고 쟁점사업장의 신용카드 결제내역 및 신고내역에 따르면 쟁점사업장의 명도는 2019년도 이루어진 것으로 보여지는 점 등에 비추어 보아, 쟁점양도금액의 귀속시기는 청구인이 쟁점사업장 명도의무를 이행하고, 쟁점양도금액을 지급받을 권리가 확정되어 실제로 해당 금액의 잔금까지 수령한 날이 속하는 2019년으로 봄이 타당하다.



3. 심리 및 판단


가. 쟁점


① 쟁점양도금액은 기타소득에 해당한다는 청구주장의 당부


② 철거된 쟁점사업장 기계장치의 잔존가치를 필요경비로 인정해야 한다는 청구주장의 당부


③ 쟁점양도금액이 사업소득이라면, 조특법 제7조에 따른 중소기업특별세액감면 적용대상에 해당한다는 청구주장의 당부


④ 쟁점양도금액은 2018년 귀속 소득이라는 청구주장의 당부


⑤ 청구인이 주식회사 A으로부터 거래징수한 부가가치세액은 청구인의 소득이 아니라는 청구주장의 당부


나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재


다. 사실관계 및 판단


(1) 청구인의 사업내역 등을 살펴보면 다음과 같다.


(가) 쟁점사업장을 포함하여 국세청 전산시스템에 의하여 확인되는 청구인의 사업내역은 아래 ＜표1＞과 같다.


＜표1＞ 청구인의 사업내역

○○○


(나) 청구인은 2014.7.1. 자동차종합수리업을 영위하는 쟁점사업장을 개업한 후 2020.1.31. 이를 폐업하였는데, 청구인이 쟁점사업장에 대한 사업자등록을 신청할 때 신고한 쟁점사업장 건물의 임대차 내역은 아래 ＜표2＞와 같다.


＜표2＞ 사업자등록 시 신고된 쟁점사업장 건물 임대차 내역

(단위 : ㎡, 원)

○○○


(다) 이 건과 관련하여 처분청은 아래 ＜표3＞과 같이 청구인의 2019년 귀속 종합소득세를 경정하였는데, 쟁점양도금액에 대한 기타소득의 필요경비(OOO원)를 부인하고, 쟁점세액(OOO원)을 수입금액에 가산한 것으로 나타난다.


＜표3＞ 청구인의 2019년 귀속 종합소득세 경정내역

(단위 : 원)

○○○


(2) 청구인과 쟁점시행사가 2018.8.31. 작성한 쟁점양도계약서의 내용을 살펴보면, 아래와 같이 제1조(양수 대상의 표시)에 영업허가권을 포함한 영업권리비와 이전 가능한 시설을 제외한 시설비(건축시설물 포함)를 내용으로 하여 양수대금을 OOO원(부가가치세 별도)으로 기재하였으나, 영업권리비와 시설비를 구분하여 양수대금을 기재하지는 않았다.


＜쟁점양도계약서＞

○○○


(3) 쟁점시행사가 청구인에게 쟁점양도금액을 지급한 내역, 세금계산서발행 및 세무신고 내역 등을 살펴보면 다음과 같다.


(가) 쟁점시행사가 쟁점양도금액으로 청구인에게 지급한 금액은 쟁점양도금액(부가가치세 포함)에서 기타소득(영업권)에 대한 원천징수세액 OOO원을 제외한 OOO원으로 그 금융거래내역은 아래 ＜표3＞과 같다.


＜표3＞ 쟁점양도금액 지급내역

(단위 : 원)

○○○


(나) 청구인은 2019.7.12.를 작성일자로 하여 쟁점사업장의 양도에 대한 전자세금계산서를 아래와 같이 발급하였다. 세금계산서는 품목을  "영업관리비”로 하여 공급가액 OOO원, 부가가치세액 OOO원으로 발급되었다.


＜쟁점사업장 양도에 대한 전자세금계산서＞

○○○


(다) 쟁점시행사가 청구인에게 지급한 쟁점양도금액에 대한 기타소득 지급명세서의 내용은 아래 ＜표4＞와 같다.


＜표4＞ 쟁점양도금액에 대한 기타소득 지급명세서

(단위 : 원)

○○○


(4) 청구인과 쟁점사업장의 매출, 매입 및 소득내역 등을 살펴보면 다음과 같다.


(가) 쟁점사업장의 부가가치세 매출 및 매입과표 내역은 아래＜표5＞와 같이, 쟁점양도금액을 제외하면 2019년까지 과세기간 평균 OOO원 정도의 매출(공급가액)이 발생하는 것으로 나타난다.


＜표5＞ 쟁점사업장의 부가가치세 매출 및 매입과표 내역

(단위 : 원)

○○○


(나) 청구인이 쟁점사업장 및 쟁점양도금액에 대한 소득신고내용은 아래 ＜표6＞과 같고, 쟁점양도금액을 제외하면 청구인은 2019년까지 기간 동안 쟁점사업장에서 평균 수입금액 OOO원, 소득금액 OOO원이 발생하였던 것으로 나타난다.


＜표6＞ 청구인의 소득신고 내역

(단위 : 천원)

○○○


(5) 조사청의 세무조사 당시, 쟁점시행사는 쟁점양도금액의 지급경위와 관련하여 아래와 같이 확인서를 제출하였고, 쟁점시행사는  "영업권리비 및 시설비 금액 산정과 관련한 구체적인 기준과 산정관련 근거 서류는 없으며, 빠른 사업진행을 위해서 임차인이 요구하는 금액을 지급하였습니다”라고 확인서에 기재한 것으로 나타난다.


○○○


(6) 청구인은 아래와 같이 영업권리비를 산정하였다는 내용의 추가소명자료를 조사청에 제출하였다.


○○○


(7) 대구광역시 중구청장의 쟁점사업장에 대한 자동차종합정비업등록거부처분에 대한 소송의 판결문(대구고등법원 2013.12.13. 선고 OOO 판결)에 따르면, 해당 소송의 원고는 청구인이 아닌 당초 쟁점사업장 건물 임대인(a)의 아들 c로 나타나고, 법원은 아래와 같이 쟁점사업장에 대한 자동차정비공장을 운영하는 것이 관계법령에 따른 용도에 위반되지 않는다고 보아 대구광역시 중구청장의 자동차종합정비업등록 거부처분을 취소하는 원고 승소 판결을 하였고 이 판결은 확정되었다.


○○○


(8) 쟁점사업장의 연도별 유형자산(차량운반구 제외) 신고내용을 살펴보면, 아래 ＜표7＞과 같이 2019년에 전년보다 기계장치 및 건설용장비가 약 OOO원 감소한 것으로 나타난다.


＜표7＞ 쟁점사업장의 유형자산(차량운반구 제외) 신고내용

(단위 : 원)

○○○


(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 다음과 같이 살펴본다.


(가) 쟁점①과 관련하여, 청구인은 쟁점양도금액은 쟁점사업장과 관련한 영업권을 양도하고 받은 대가이므로 「소득세법」 제21조 제1항 제7호에 따라 기타소득에 해당한다고 주장하나, 사업장이 수용 또는 양도됨으로 인하여 사업시행자로부터 지급받는 보상금은, 그 내용이 양도소득세 과세대상 자산에 대한 대가인 경우 양도소득으로, 그 이외의 자산의 손실에 대한 보상이나 영업보상, 휴ㆍ폐업보상, 이전보상 등 당해 사업과 관련하여 감소되는 소득이나 발생하는 손실 등을 보상하기 위하여 지급되는 손실보상금인 경우는 그 사업의 태양에 따른 사업소득으로 보아 그 총수입금액에 산입하는 것인바(대법원 2008.1.31. 선고 2006두9535 판결 등 참조), 쟁점양도금액은 쟁점사업장 소재지에 공동주택을 건설하는 과정에서 쟁점사업장이 수용 또는 양도됨으로 인하여 감소하는 소득이나 발생하는 손실 등을 보전받기 위하여 쟁점시행사로부터 지급받은 금전으로 보여 사업소득의 총수입금액에 산입하는 것이 타당한 것으로 보이는 점, 쟁점시행사가 쟁점사업장을 양도받은 후 그 영업권을 양수받아 이를 유지ㆍ 사용한 것으로 보기 어려워 영업권의 양도로 볼 수 있는 사정이 없는 것으로 보이는 점, 쟁점양도금액을 제외하고 2016년부터 2020년까지 쟁점사업장에서 발생한 연평균 사업소득금액은 OOO원에 불과하여 쟁점양도금액(OOO원)의 200분의 1에도 못미치는 것으로 나타나, 쟁점양도금액을 쟁점사업장 영업권의 대가로 보기에는 그 금액이 지나치게 높은 점, 쟁점시행사가 조사청에 제출한 확인서에는 영업권에 대한 구체적 산정기준과 근거서류는 없으며, 빠른 사업진행을 위해 청구인이 요구한 금액을 지급하였다고 기재되어 있어, 쟁점양도금액을 합리적으로 산정된 영업권의 대가라고 볼 수 없는 점 등에 비추어, 쟁점양도금액이 영업권의 대가로서 기타소득이라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.


(나) 쟁점②와 관련하여, 청구인은 쟁점사업장과 함께 기계장치도 철거되었으므로, 장부에 계상된 기계장치의 잔존가액은 필요경비로 인정되어야 한다고 주장하나, 소요된 필요경비를 신고한 사실이 없다가 보상금과 관련하여 종합소득세 부과처분을 받은 후에 비로소 필요경비의 공제를 주장하고 있다면, 그 필요경비의 존재와 액수에 관하여는 납세의무자인 원고가 증명하여야 하는바(대법원 2014.6.26. 선고 2013두17527 판결 참조), 청구인은 기계장치의 잔존가액을 장부에 계상하고 이를 반영하여 종합소득 과세표준을 신고한 후, 신고내용에 반하여 기계장치의 잔존가액을 필요경비로 인정해 달라고 주장하고 있으므로 그 입증책임을 청구인이 부담하여야 하지만, 쟁점양도계약서 제1조는 그 보상의 대상으로 이동가능한 시설물은 제외하도록 규정하고 있어서 해당 기계장치는 이동가능한 유형자산으로 보상 대상에서 제외되고 있는 점, 청구인은 기계장치에 대한 잔존가치를 쟁점시행사에 쟁점사업장을 양도한 다음 해인 2020년에도 이를 장부에 계상하여, 쟁점사업장의 철거와 함께 기계장치도 철거된 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 기계장치가 쟁점사업장과 함께 철거되어 이를 필요경비로 인정되어야 한다는 주장에 대한 청구인의 입증이 부족한 것으로 보여 이 부분에 대한 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.


(다) 쟁점③과 관련하여, 청구인은 쟁점양도금액이 사업소득이라면, 해당 소득에 따른 세액을 산정할 때 조특법 제7조에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면이 적용되어야 한다고 주장하나, 중소기업에 대한 특별세액감면 대상 소득은 감면대상사업의 주된 영업활동에서 직접 발생한 소득만을 의미하고, 당해 사업을 타인에게 양도함으로써 얻게 된 특별이익 등은 이에 해당하지 아니하고(대법원 2004.11.12. 선고 2003두773 판결 참조), 감면대상사업 자체의 영업활동으로 인하여 정상적으로 발생한 소득만 감면대상 소득이 되고, 고정자산처분이익 등은 제외되는바(조심 2009구4150, 2010.2.17. 참조), 쟁점양도금액은 쟁점사업장이 수용ㆍ 양도됨으로 인하여 받은 영업손실보상금인 특별이익으로, 시설물 등을 양도하여 얻은 고정자산처분이익 등에 해당하므로, 쟁점사업장에서 자동차정비업을 영위하면서 발생한 통상의 사업소득으로 보기 어려워, 쟁점양도금액에 대하여 중소기업에 대한 특별세액공제를 적용해야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.


(라) 쟁점④와 관련하여, 청구인은 2018년에 지급받은 쟁점양도계약의 계약금의 수입시기를 2018년으로 보고 동 계약금을 총수입금액에서 차감하여 2019년 귀속 종합소득세를 감액경정해야 한다고 주장하나, 쟁점양도금액은 청구인이 쟁점사업장에 속하는 자산을 양도하고 취득한 사업소득의 총수입금액에 해당하는바, 「소득세법 시행령」 제48조 제11호는  "자산의 매매 시” 그 사업소득의 수입시기를  "대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전에 관한 등기 또는 등록을 하거나 해당 자산을 사용수익하는 경우에는 그 등기ㆍ등록일 또는 사용수익일로 한다”고 하고 있어서, 쟁점양도금액의 잔금까지 수취하기 전에 쟁점시행사가 쟁점사업장을 사용수익한 사실이 없어서 쟁점양도계약에 따른 잔금까지 지급된 2019.7.23.을 쟁점양도금액 전체의 수입시기로 보는 것이 타당한 점, ‘권리확정주의’란 과세상 소득이 실현된 때가 아닌, 권리가 발생한 때에 소득이 있는 것으로 보고 당해 연도의 소득을 산정하는 것으로, 구체적인 사안에 관하여 소득에 대한 관리ㆍ 지배와 발생소득의 객관화 정도, 납세자금의 확보시기 등까지도 함께 고려하여 그 소득의 실현 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙ㆍ 확정되었는지 여부를 기준으로 수입시기를 판단하여야 하는바(대법원 2002.7.9. 선고 2001두809 판결 참조), 청구인이 쟁점양도계약에 따른 계약금을 받았더라도 청구인의 귀책으로 계약이 해지되면 동 계약금은 반환되어야 하고, 설령 쟁점시행사의 귀책으로 해지되더라도 해지와 동시에 계약금은 위약금으로 전환되어 사업소득에서 기타소득으로 소득구분이 변경되므로 계약이 해지된 때가 위약금의 수입시기로 보여, 쟁점양도계약의 계약금을 수취하였을 때에 청구인이 동 계약금을 확정적으로 소유할 권리를 갖는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 이에 관한 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.


(마) 쟁점⑤와 관련하여, 청구인은 쟁점양도금액이 영업손실보상이라면 쟁점세액은 부당이득이 되어 쟁점시행사에 돌려줘야 하는 금액이 되므로 이는 청구인의 소득이 아니라고 주장하나, 쟁점세액을 신고ㆍ 납부한 자는 청구인으로서 이에 대한 과오납금을 환급받을 권리는 청구인에게 있고, 이에 따라 처분청은 과오납된 세액을 청구인에게 환급한 점, 청구인은 쟁점세액을 쟁점시행사에 반환하겠다는 의사표시를 한 사실이 없고, 반환할 가능성에 대비하여 부채로 계상하는 등의 행위도 하지 않는 등 다른 쟁점양도금액과 쟁점세액을 동일하게 취급하였던 것으로 보이는 점, 처분청 담당 세무공무원은 조세심판관회의에 참석하여 쟁점시행사는 부가가치세액을 포함한 쟁점양도금액 전부를 쟁점사업장이 소재한 토지의 취득원가로 계상하여 매입세액을 공제받은 사실이 없다는 내용으로 진술한바, 이에 따르면 쟁점시행사가 청구인에게 쟁점세액의 반환을 청구할 가능성이 높지 않은 것으로 보이는 점, 한편 쟁점세액을 청구인의 수입금액으로 인식하더라도, 이후 쟁점세액의 반환이 확정되는 경우 경정청구 등을 통해 감액ㆍ경정이 가능한 점 등에 비추어 쟁점세액은 청구인의 소득이 아니라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2025서961, 2025.11.5. 합동회의 결정, 같은 뜻임).


다만, 처분청은 쟁점세액을 포함한 쟁점양도금액 전부를 2019년 귀속 총수입금액에 산입하였으나, 청구인이 쟁점양도금액을 영업권의 대가로 보고 2019년에는 쟁점시행사에 세금계산서를 교부한 후 쟁점세액을 거래징수하여 신고ㆍ 납부한 점, 쟁점시행사도 청구인과 마찬가지로 쟁점양도금액을 영업권의 대가로 보고 기타소득에 대한 소득세를 원천징수하여 납부한 점, 이 건 세무조사가 있기 전까지 이와 관련하여 청구인과 쟁점시행사 모두 아무런 문제가 없는 것으로 인식하고 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어, 2019년에는 쟁점세액이 과오납금으로 확정되지 않았고 「국세기본법」제81조의3에 따라 납세자가 제출한 신고서는 진실한 것으로 추정되므로, 쟁점세액과 관련한 과오납금이 청구인의 소득으로 확정된 시기는 청구인에게 과오납금을 환급한 2024년으로 보이는바, 쟁점양도금액과 관련하여 청구인이 과오납한 부가가치세액을 2019년 귀속 총수입금액에서 제외하여 청구인의 2019년 귀속 종합소득세 과세표준 및 세액을 감액경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.



4. 결 론


이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.



＜별지＞ 관련 법령


(1) 소득세법


제19조(사업소득) ① 사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 제21조 제1항 제8호의2에 따른 기타소득으로 원천징수하거나 과세표준확정신고를 한 경우에는 그러하지 아니하다.

13. 전문, 과학 및 기술서비스업(대통령령으로 정하는 연구개발업은 제외한다)에서 발생하는 소득

14. 사업시설관리, 사업 지원 및 임대 서비스업에서 발생하는 소득

21. 제1호부터 제20호까지의 규정에 따른 소득과 유사한 소득으로서 영리를 목적으로 자기의 계산과 책임 하에 계속적ㆍ반복적으로 행하는 활동을 통하여 얻는 소득

② 사업소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액에서 이에 사용된 필요경비를 공제한 금액으로 하며, 필요경비가 총수입금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 " 결손금" 이라 한다.

③ 제1항 각 호에 따른 사업의 범위에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따르고, 그 밖의 사업소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.


제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득ㆍ금융투자소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

7. 광업권ㆍ어업권ㆍ양식업권ㆍ산업재산권ㆍ산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품


제27조(사업소득의 필요경비의 계산) ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.

③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.


제33조(필요경비 불산입) ① 거주자가 해당 과세기간에 지급하였거나 지급할 금액 중 다음 각 호에 해당하는 것은 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입하지 아니한다.

13. 각 과세기간에 지출한 경비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 직접 그 업무와 관련이 없다고 인정되는 금액

③ 제1항에 따른 필요경비 불산입에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.


제37조(기타소득의 필요경비 계산) ② 다음 각 호의 경우 외에는 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액을 필요경비에 산입한다.

1. 제1항이 적용되는 경우

2. 광업권의 양도대가로 받는 금품의 필요경비 계산 등 대통령령으로 정하는 경우

③ 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대하여는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.

④ 기타소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입하지 아니하는 금액에 관하여는 제33조를 준용한다.


제39조(총수입금액 및 필요경비의 귀속연도 등) ① 거주자의 각 과세기간 총수입금액 및 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 과세기간으로 한다.

⑤ 거주자가 각 과세기간의 소득금액을 계산할 때 총수입금액 및 필요경비의 귀속연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 대하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우 외에는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

⑥ 제1항의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도, 제2항에 따른 취득가액의 계산, 제3항 및 제4항에 따른 자산ㆍ부채의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.


(2) 소득세법 시행령


제41조(기타소득의 범위 등) ③ 법 제21조 제1항 제7호에 따른 영업권에는 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함하되, 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산과 함께 양도되는 영업권은 포함되지 않는다.

④ 법 제21조 제1항 제7호에서 " 대통령령으로 정하는 점포 임차권" 이란 거주자가 사업소득(기획재정부령으로 정하는 사업소득을 제외한다)이 발생하는 점포를 임차하여 점포 임차인으로서의 지위를 양도함으로써 얻는 경제적 이익(점포임차권과 함께 양도하는 다른 영업권을 포함한다)을 말한다.


제48조(사업소득의 수입시기) 사업소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.

11. 제1호부터 제10호까지 및 제10호의2부터 제10호의4까지에 해당하지 아니하는 자산의 매매

　대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전에 관한 등기 또는 등록을 하거나 해당 자산을 사용수익하는 경우에는 그 등기ㆍ등록일 또는 사용수익일로 한다.


제50조(기타소득 등의 수입시기) ① 기타소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.

1. 법 제21조 제1항 제7호에 따른 기타소득(자산 또는 권리를 대여한 경우의 기타소득은 제외한다)

　그 대금을 청산한 날, 자산을 인도한 날 또는 사용ㆍ수익일 중 빠른 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 자산을 인도 또는 사용ㆍ수익하였으나 대금이 확정되지 아니한 경우에는 그 대금 지급일로 한다.


(3) 조세특례제한법


제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액(제3호에 따라 계산한 금액을 한도로 한다)을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

1. 감면 업종

터. 대통령령으로 정하는 자동차정비공장을 운영하는 사업

2. 감면 비율. 다만, 제1호 무목에 따른 업종을 경영하는 사업장의 경우 나목, 다목 및 바목에도 불구하고 나목, 다목 및 바목의 감면 비율에 100분의 50을 곱한 비율로 한다.

다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 30

3. 감면한도: 다음 각 목의 구분에 따른 금액

가. 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우: 1억원에서 감소한 상시근로자 1명당 5백만원씩을 뺀 금액(해당 금액이 음수인 경우에는 영으로 한다)

나. 그 밖의 경우: 1억원

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 중소기업의 경우에는 제1항 제2호의 규정에도 불구하고 제1항 제2호에 따른 감면 비율에 100분의 110을 곱한 감면 비율을 적용한다.

1. 해당 과세연도 개시일 현재 10년 이상 계속하여 해당 업종을 경영한 기업일 것

2. 해당 과세연도의 종합소득금액이 1억원 이하일 것


(4) 조세특례제한법 시행령


제6조(중소기업에 대한 특별세액감면) ② 법 제7조 제1항 제1호 터목에서 " 대통령령으로 정하는 자동차정비공장" 이란 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 말한다.


제54조(공장의 범위등) ① 법 제60조 및 제63조에서 " 공장" 이란 각각 제조장 또는 기획재정부령이 정하는 자동차정비공장으로서 제조 또는 사업단위로 독립된 것을 말한다


(5) 조세특례제한법 시행규칙


제22조(자동차정비공장의 범위) 영 제54조 제1항에서 " 기획재정부령이 정하는 자동차정비공장" 이란 「자동차관리법 시행규칙」 제131조 제1항 제1호에 따른 자동차종합정비업 또는 같은 항 제2호에 따른 소형자동차종합정비업의 사업장을 말한다.