심판청구를 기각한다.

1. 처분개요


가. 청구법인은 A, B 등을 운영하면서 의류, 식품류 및 각종 일용품의 제조, 가공, 도매에 관한 사업 등을 영위하는 법인이고, A 주식회사 OOO(이하  "A 금고”라 한다), B 신용협동조합(이하  "B 신협”이라 하고, A 금고와 합하여  "쟁점금고”라 한다)은 청구법인의 임직원 등이 출자하여 설립한 비영리법인으로 구성원의 약 99.5% 이상이 청구법인 소속 직원들이다.


나. 쟁점금고는 주식회사 B와 매점 운영계약을, C 주식회사와 캔 음료 자동판매기 설치운영계약을, D 주식회사(이하 주식회사 B, C 주식회사, D 주식회사를 통틀어 이하  "이 건 운영업체”라 한다)와 커피자동판매기 설치운영계약을 각 체결하고, C 주식회사와 캔음료 자판기 설치운영계약을 체결하는 등 이 건 운영업체에 청구법인의 사업장 중 일부 공간(이하  "사업장소”라 한다)에 자동판매기 등을 설치ㆍ운영할 수 있도록 하였는바, 청구법인은 쟁점금고가 사업장소를 사용(이하  "쟁점거래”라 한다)하는데 대한 대가를 수취하지 아니하였다.


다. 서울지방국세청장(이하  "조사청”이라 한다)은 2019년경 청구법인에 대한 세무조사를 하던 중, 청구법인이 쟁점금고에 사업장소를 무상으로 임대하여 주었고 사업장소의 임대료 시가는 쟁점금고가 이 건 운영업체로부터 받은 수수료로 볼 수 있다는 이유로, 「법인세법」 및 「부가가치세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 청구법인에게 2015∼2017사업연도 법인세 및 부가가치세에 대한 과세예고통지를 하고, 2014ㆍ2018사업연도 법인세 및 부가가치세 수정신고를 하도록 권고하였고, 청구법인은 2019.11.22. 임대료 시가 상당액을 익금에 산입하여 2014ㆍ2018사업연도 법인세, 법인지방소득세, 부가가치세를 수정신고ㆍ납부하였다가, 2020.3.17. 「법인세법」 및 「부가가치세법」상 부당행위계산부인 대상이 아니라는 이유로 2014ㆍ 2018사업연도 법인세 합계 OOO원과 법인지방소득세 합계 OOO원, 2018년 제1기ㆍ 제2기 부가가치세 합계 OOO원 총 합계 OOO원을 환급해달라는 취지로 처분청에 각 경정청구를 제기하였고, 처분청이 경정청구를 거부하자 이에 불복하여 청구법인이 2020.7.17., 2020.7.20., 2020.8.6. 우리 원에 제기한 심판청구는 2021.6.9. 모두 기각결정되었다(조심 2020서7814 외 113, 2021.6.9.).


라. 이후 청구법인은 2019사업연도 법인세 수정신고 시 이 건 부당행위 관련 수수료 상당액 OOO원을 익금에 산입한데 대해 「법인세법」 및 「부가가치세법」상 부당행위계산부인 대상이 아니라는 이유로 2025.3.27. 처분청에 2019사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2025.5.28. 이를 거부하였다.


마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.19. 심판청구를 제기하였다.



2. 청구법인 주장 및 처분청 의견


가. 청구법인 주장


(1) 청구법인은 쟁점금고와 특수관계가 없고, 청구법인이 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 사실도 없다. 따라서 해당 거래는 「법인세법」상 부당행위계산부인 대상에 해당하지 않으므로, 청구법인이 수취하지 않은 임대료 상당액은 익금 산입 대상에 해당하지 않는다.


(가) 「법인세법」제52조 제1항은 법인이 특수관계인과의 거래를 통해 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 경우 부당행위 계산에 해당한다고 규정하고, 같은 법 시행령 제88조 제1항 제6호 각 호 외의 부분 본문은 부당행위계산에 해당하는 유형의 하나로 부동산 임대 등의 용역을 시가보다 낮은 요율로 제공한 경우를 규정하고 있다. 위와 같은 「법인세법」 및 「부가가치세법」상 부당행위계산 부인 규정이 적용되려면 특수관계인 사이에서 그 거래가 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 경우에 해당하여야 한다.


(나) 청구법인은 쟁점금고의 경영에 지배적인 영향력을 행사한다고 볼 수는 없으므로, 청구법인과 쟁점금고 사이에는 특수관계가 성립하지 않는다.


「법인세법 시행령」 제87조 제1항 제3호는 법인의 임원ㆍ사용인 또는 주주등의 사용인을 특수관계인의 하나로 규정하고, 제4호는 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인을 특수관계인으로 규정하고 있는바, 이때, 청구법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계를 통하여 쟁점금고의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있다고 보기 위해서는 청구법인이 해당 직원들의 의사결정을 좌우함으로써 사실상 청구법인이 직접 쟁점금고의 경영에 지배적인 영향력을 행사한다는 사실이 발생하여야 한다(OOO).

쟁점금고는 직원들의 자주적인 협동조직으로서 청구법인과 무관하게 직원들 상호간의 부조 및 조합원의 복지향상과 지역경제의 균형 있는 발전에 기여함을 목적으로 하는 단체로서, 쟁점금고의 이사들은 모두 이러한 쟁점금고의 목적 달성을 위해 독립적인 지위에서 의사결정을 할 뿐 청구법인의 지시를 받아 쟁점금고의 의사결정을 하지 않는다. 특히, 쟁점금고의 이사들이 쟁점금고의 설립 목적이 아니라 청구법인의 이익을 위해 의사결정을 내릴 경우 이는 쟁점금고가 이사들에게 의사결정을 위임한 본지에 어긋날 뿐만 아니라 심할 경우 형법상 배임의 문제도 발생할 수 있다는 점에서, 이는 규범적으로도 발생할 수 없는 일이다.


(2) 청구법인은 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 사실도 없다.


(가) 부당행위계산부인 규정이 적용되려면, 특수관계에 있는 자들 사이에 거래가 있었다는 사정 외에, 위 거래가 ‘경제적 합리성’을 갖추지 못한 비정상적인 거래라는 사정이 인정되어야 한다(OOO).


여기서 ‘경제적 합리성’의 유무에 대한 판단은, 해당 거래행위의 대가관계만을 따로 떼어 내어 단순히 특수관계인이 아닌 자와의 거래형태에서 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 경제적 합리성이 없다고 보아서는 아니 되며, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사장 등도 고려하여야 한다(OOO).

(나) 이 건과 관련하여, 청구법인이 쟁점금고에 휴게공간 등을 사용하는 행위를 특별히 문제삼지 않은 것은 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 인정되는 지극히 정상적인 판단이었다. 근로자에게 충분한 휴게공간과 작업 공간을 보장하는 것은 청구법인의 사용자로서 당연한 의무이고(「근로기준법」 제1조, 「산업안전보건법」 제5조 제1항, 「안전보건규칙」 제79조 제1항 등), 청구법인 이러한 사용자로서 의무 이행의 일환으로 직원들에게 충분한 휴게공간과 작업 공간을 보장하였으므로 직원들이 그 휴게공간을 어떻게 사용하는지는 더 이상 청구법인이 관여할 문제가 아니다.


(다) 특히 직원들이 해당 공간에서 자신의 비용으로 자동판매기 등을 갖추어 충분한 휴식을 누린다면, 청구법인의 입장에서는 추가적인 비용을 들이지 않고도 직원들의 근로의욕 고취 및 작업능률 향상이라는 이익을 얻을 수 있다. 따라서 청구법인의 입장에서는 직원들이 휴게공간에 스스로의 비용으로 자동판매기 등을 설치ㆍ운영하는 것을 막을 이유가 전혀 없었다.


(라) 쟁점금고가 휴게공간을 사용하든 안 하든 청구법인의 과세소득에는 차이가 없다. 「법인세법」상 부당행위계산은 비정상적인 거래를 통해 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 경우에만 적용되는데 청구법인은 직원들에게 휴게공간 등을 휴게장소로 제공한 상태였고, 쟁점금고가 관련 장소를 자동판매기 등 설치 장소로 사용하는 것과 무관하게 청구법인으로서는 휴게공간 등을 별도의 목적을 위해 사용할 계획이 전혀 없었다. 따라서 쟁점금고가 휴게공간 등을 자동판매기 등 설치 목적으로 사용하였다고 하여 청구법인의 과세소득이 감소된다고 볼 수는 없다.


(마) 이와 관련하여 법원은 쟁점금고에게 장소를 무상으로 제공한 것은 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 거래행위라거나 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 거래행위로서 부당행위계산부인의 대상에 해당한다고 보기 어렵다고 판단하고 있다(OOO).


따라서 ① 청구법인과 쟁점금고는 특수관계에 해당하지 아니하고 ② 설령 특수관계자라고 할지라도, 청구법인이 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 사실이 없기 때문에 쟁점금고 무상임대 상당액을 「법인세법」상 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 과세할 수 없으므로 처분청이 청구법인에게 한 이 건 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.


나. 처분청 의견


(1) 청구법인이 특수관계인에게 사업장소를 무상으로 임대한 것은 부당행위계산부인 대상으로 보는 것이 타당하다.


「법인세법」은 법인이 특수관계인과의 거래를 통해 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 경우 부당행위계산에 해당한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 쟁점금고에 자판기 및 매점사업을 위한 장소를 제공하고 쟁점금고는 설치운영업체와 위탁설치 및 운영계약을 하여 청구법인의 백화점 구내 직원식당 등에서 자판기 및 매점사업을 운영하고 있고 설치운영업체로부터 매월 일정 수수료 등의 대가를 수취하였다.


「국세기본법」에 따르면 비영리법인의 이사 과반수를 법인의 임직원이 차지하는 경우 법인은 비영리법인 경영에 대해 지배적인 영향력을 행사하는 것으로 규정하고 있고, 이 건의 경우 비영리법인인 쟁점금고의 이사 대부분은 청구법인의 임직원으로 특수관계인에 해당한다.


(2) 쟁점금고에 장소를 제공하고 대가를 받지 않은 것을 복리후생 성격의 비용으로 볼 수 없고, 쟁점금고의 경우 설치운영업체로부터 전대료를 수취하고 청구법인에게 장소사용에 따른 아무런 대가를 지급하지 않으므로 비용없이 수익만을 향유하게 되는 등 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래에 해당한다.


따라서, 특수관계인 사이의 거래가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 정상적 경제인의 합리적인 거래로 볼 수 없으므로 「법인세법」 제52조에 따른 부당행위계산부인 규정을 적용하여 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.



3. 심리 및 판단


가. 쟁점


청구법인 소속 직원들의 출자를 통해 설립된 비영리법인(직원단체)이 청구법인 소유 일부 시설을 무상 점유사용한 것에 대하여 「법인세법」상 부당행위계산부인규정을 적용하여 과세한 처분의 당부


나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재


다. 사실관계 및 판단


(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.


(가) 쟁점금고의 법인등기사항일부증명서, 청구법인이 우리원에 제기한 심판청구 결정서(조심 2020서7814 외 113, 2021.6.9.) 등에 의하면, 쟁점금고는 청구법인의 임직원 등이 출자하여 설립한 비영리법인으로 이사의 약 95.9% 이상이 청구법인 소속 직원들로 구성되어 있다.


(나) 쟁점거래와 관련하여 청구법인과 쟁점금고 간의 별도 계약서 등은 확인되지 아니하고, 청구법인은 쟁점금고에게 청구법인의 사업장 내 자판기 및 매점을 설치할 수 있는 공간과 운영권한을 부여하였고, 쟁점금고는 C, 주식회사 B 및 D 주식회사(이하 C을 포함한 세 회사를 합하여  "수탁자”라 한다)에게 자판기 및 매점 사업 운영을 재위탁하고 사업장소를 전대한 뒤 수탁자로부터 수수료를 수취한 사실이 쟁점금고와 수탁자간의 위탁계약서(아래 ＜표＞) 등을 통해 확인된다.


＜표＞ 쟁점금고와 수탁자간 위탁계약서 주요 내용

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(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 쟁점금고의 이사들이 대부분(95.9% 이상) 청구법인의 직원인 사실이 인정되는 이상, 쟁점금고(비영리법인)에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우에 해당한다고 보아야 할 것이고, 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제4항 제2호 가목에 따라 청구법인과 쟁점금고 사이에는 「법인세법」 및 「부가가치세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어 특수관계가 존재한다고 보아야 할 것인 점, 청구법인은 쟁점금고에게 사업장소를 무상으로 임대하여 주었을 뿐이므로 이를 임직원의 복리후생을 위해 지출한 비용에 해당한다고 보기 어려운 점, 청구법인이 특수관계에 있는 쟁점금고에게 사업장소를 무상으로 임대해주었고, 쟁점금고는 이를 수탁자에게 전대하여 수수료 등을 수취한 것으로 확인되는 이상 결과적으로 청구법인에 귀속되어야 할 소득이 쟁점금고에 분여된 것으로 보이고, 여기에 특별히 경제적 합리성이 있는 것으로 보이지는 않는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점거래를 부당행위계산부인 적용대상에 해당하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다[조심 2020서7814 외 113건(병합), 2021.6.9., 같은 뜻임].



4. 결론


이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.






＜별지＞ 관련 법령


(1) 법인세법(2019.1.1. 법률 제16096호로 개정된 것)


제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 " 부당행위계산" 이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 " 시가" 라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.


(2) 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정된 것)


제45조【복리후생비의 손금불산입】①법인이 그 임원 또는 직원을 위하여 지출한 복리후생비중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용 외의 비용은 손금에 산입하지 아니한다. 이 경우 직원은 「파견근로자보호 등에 관한 법률」 제2조에 따른 파견근로자를 포함한다.

1. 직장체육비

2. 직장문화비

2의2. 직장회식비

3. 우리사주조합의 운영비

4. 삭제 ＜2000.12.29＞

5. 「국민건강보험법」 및 「노인장기요양보험법」에 따라 사용자로서 부담하는 보험료 및 부담금

6. 「영유아보육법」에 의하여 설치된 직장어린이집의 운영비

7. 「고용보험법」에 의하여 사용자로서 부담하는 보험료

8. 그 밖에 임원 또는 직원에게 사회통념상 타당하다고 인정되는 범위에서 지급하는 경조사비 등 제1호부터 제7호까지의 비용과 유사한 비용


제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 " 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우" 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우

나. 주주등이나 출연자가 아닌 임원 및 직원에게 사택(기획재정부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우


제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.


(3) 국세기본법


제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

20. " 특수관계인" 이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 세법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

가. 혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계

나. 임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계

다. 주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계


(4) 국세기본법 시행령(2023.2.28, 대통령령 제33276호로 일부개정되기 전의 것)


제1조2【특수관계인의 범위】③ 법 제2조 제20호 다목에서 " 주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계" 란 다음 각 호의 구분에 따른 관계(이하 " 경영지배관계" 라 한다)를 말한다.

2. 본인이 법인인 경우

가. 개인 또는 법인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인 또는 법인

나. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

다. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계, 가목 또는 나목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 그 법인

라. 본인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 기업집단에 속하는 경우 그 기업집단에 속하는 다른 계열회사 및 그 임원

④ 제3항 제1호 각 목, 같은 항 제2호 가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.

2. 비영리법인인 경우

가. 법인의 이사의 과반수를 차지하는 경우

나. 법인의 출연재산(설립을 위한 출연재산만 해당한다)의 100분의 30 이상을 출연하고 그 중 1인이 설립자인 경우