부산강서세무서장이 2024.12.19. 청구인에게 한 2022년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 경상남도 양산시 OOO 대 779.5㎡ 지상의 근린생활시설 1,655.6㎡의 신축공사비로 주장하는 OOO원에 대하여 청구인이 제출한 금융거래조회내역 등을 통해 거래상대방의 지출처, 지급금액, 관련 공사비로의 지출여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요


가. 청구인은 2013.9.25. 경상남도 양산시 OOO 대 779.5㎡(이하  "이 건 토지”라 한다)를 취득한 후 2015.9.24. 이 건 토지 지상에 근린생활시설용 건물 1,655.6㎡(이하  "쟁점건물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여  "쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 부동산임대업을 영위하다가 2022.5.2. 쟁점부동산을 OOO원에 일괄 양도하였고,


2022.7.29. 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고시 이 건 토지의 취득가액을 실지거래가액(OOO원)으로 하고, 쟁점건물의 취득가액을 환산가액(OOO원)으로 하여 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.


나. 부산지방국세청장(이하  "조사청”이라 한다)은 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 쟁점건물의 공사계약서, 취득세 신고서 등으로 실제 취득에 소요된 가액이 확인되므로 쟁점건물의 취득가액을 환산가액이 아닌 실지거래가액 OOO원(이하  "신축공사비”라 한다)으로 하여 양도소득세를 경정하라는 내용을 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2024.12.19. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다.


다. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.12. 이의신청을 거쳐 2025.8.14. 심판청구를 제기하였다.


2. 청구인 주장 및 처분청 의견


가. 청구인 주장


(1) 쟁점건물의 취득당시 신축공사비 외에 추가로 소요된 기타공사비 OOO원(이하  "기타공사비”이라 한다)을 반영하여 쟁점건물의 실지거래가액을 OOO원으로 보아야 한다.


(가) 청구인은 2022년 양도소득세 신고당시 7년이 경과된 쟁점건물의 실지취득가액을 확인하고자 하였으나, 당시 청구인으로부터 쟁점건물의 신축공사를 일임받아 수행하였던 A의 사망 등으로 자료를 확보하는데 어려움이 있어 부득이하게 환산취득가액을 적용하여 신고하였던 것으로, 당시 청구인이 쟁점건물의 취득가액으로 신고한 환산취득가액은 실제 공사비용보다 적은 수준이었기에 필요경비 측면에서 청구인이 불리함에도 불구하고 이를 적용하였다.


(나) 청구인은 조사청의 조사 당시 소명하지 못한 쟁점건물의 신축공사 관련 자료를 확보한 후 이 건 심판청구시 실지취득가액을 반영하고자 하는 것이다.


청구인과 A은 오랜 기간 의류판매업에 같이 종사한 지인으로, 쟁점건물 신축당시 쟁점건물에 대한 전반적인 시공을 위임하였고, 이는 건축사 B의 사실확인서를 통해 확인된다.


기타공사비는 주공사비인 토목공사, 골조공사 외에 지출된 비용으로, 설계, 감리, 창호, 전기통신, 방수, 조경, 수도 및 가스인입, 내부인테리어, 인건비 등으로 지출한 금액으로, 2013년 9월부터 2015년 11월까지 기간 동안 청구인의 예금계좌에서 A에게 지급되었고, 이를 수령한 A은 해당 용역을 제공한 업체[B, A(주) 등]들에게 자신의 배우자인 C의 예금계좌를 통해 공사대금을 지급한 사실이 금융거래조회내역을 통해 확인되고, 이러한 금융거래내역은 공신력이 있고, 객관적인 증거자료로 볼 수 있다.


(2) 시가표준액이란 거래가격, 수입가격 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준에 따라 지방자치단체의 장이 결정한 가액으로 지방세 과세표준으로 활용되는 건축물 등의 평가액을 의미하므로 공신력이고 객관적인 가액이라 할 수 있는데, 쟁점건물의 신축당시 시가표준액은 OOO원으로 확인되고,


한국부동산원에서 매년 발표하는 건물신축단가표 역시 건축물의 감정평가 등에 활용되는 공신력 있는 자료로, 쟁점건물의 공사를 시행한 2014년 당시 m2 당 근린생활시설 신축 단가는 OOO원으로 형성되어 쟁점건물의 신축가격을 약 OOO원으로 추산되므로 처분청이 쟁점건물의 취득가액으로 산정한 OOO원과는 상당한 차이가 있다.


또한 청구인이 형식적으로 제출한 취득세 신고서상 과세표준으로 기재된 기타공사비는 세금계산서 등을 살피더라도 토목공사와 골조공사만을 포함하고 있고, 통상 상가 건축시 이러한 공사비 외에 설계, 감리, 방수, 조경, 내부인테리어 등 기타 공사비가 지출되는게 일반적이며, 조사청이 인정한 건축공정만으로는 쟁점건물을 완공할 수 없다.


(3) 조사청은 쟁점건물의 필요경비를 산정함에 있어 설계, 감리비용 등 가장 기초적인 비용조차 검토하지 아니하였고, 공사비 관련 금융거래자료에 대해 C 등 예금계좌 거래내역서상 거래상대방에 대해 거래사실 서면조회, 현장확인 등의 절차를 밟지 아니하였다.


청구인이 제시하는 증거자료가 불분명하고 납득이 되지 않는다 하여 청구인에게 입증책임을 지울 수 없는 것이고, 만일 청구인이 제시한 자료가 불분명하다면, 국세통합전산망, 금융거래내역조회, 사업자 등록여부 등 각종 과세자료를 활용하여 청구인이 억울함이 없도록 청구인이 제시하는 증거자료 등의 정당성을 재조사하여 면밀히 검토, 확인하여야 한다.


나. 처분청 의견


(1) 청구인은 의류판매업을 하던 동업한 A에게 쟁점건물의 신축을 일임하였고, 처분청이 확인한 신축공사비 외에 추가적으로 A에게 기타공사비를 쟁점건물의 공사대금으로 지급하였다고 주장하나,


A은 쟁점건물 신축 당시 의류판매업, 컴퓨터기기 도ㆍ소매업 등을 영위한 것으로 확인되는 등 건설현장에 대한 경험이 전혀 없고 자격이 없는 자로, 청구인이 A과 그 배우자 C에게 기타공사비를 지급하면서 고액의 건물 신축공사를 일임하였다는 주장은 사회통념상 인정하기 어려워보이고,


청구인은 C의 계좌로 입급한 금액을 실제 쟁점건물의 신축공사에 어떠한 용도로 사용되었는지에 대해 입증할만한 증빙이나 소명자료를 제출하지 못하고 있으므로 이를 쟁점건물의 취득가액으로 인정하기는 어렵다.


(2) 청구인은 쟁점건물의 기준시가(OOO원), 지방세 시가표준액(OOO원), 표준건축비(OOO원), 한국감정원의 건물신축단가표(OOO) 등과 비교하면 처분청이 산정한 쟁점건물의 취득가액(OOO원)이 낮아 기타공사비를 추가로 반영하여 실지취득가액을 산정하여야 한다고 주장하나,


건물신축단가표는 감정평가액 산정, 화재보험금액 산정 등에 활용되는 참고자료에 불과하고, 표준건축비는 수도권 지역의 과밀부담금 부과를 위한 것으로 지방에 소재한 쟁점건물의 실지취득가액과 직접적인 비교를 하기에는 무리가 있으며,


오히려, 처분청이 쟁점건물의 실지취득가액 OOO원은 청구인이 2017년 8월 쟁점건물과 동일한 시공사[B㈜, C㈜]를 통해 신축한 경상북도 포항시 OOO 지상의 근린생활시설(철근콘크리트구조, 지상 4층)에 대한 공사비(기준시가 OOO원, 도급액 OOO원)와 비교할 때 아래 ＜표1＞에서와 같이 두 건물의 ㎡당 공사비가 유사한 것으로 나타나, 쟁점건물의 건축비를 실지취득가액으로 인정하기 어렵다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.


＜표1＞ 청구인의 신축건물 공사비 비교

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(3) 한편, 청구인은 청구인 명의의 OOO은행 계좌 등에서 쟁점건물의 공사비를 C 명의의 OOO계좌로 송금하였다고 주장하나, 청구인은 C에게 입금한 금액 중 OOO원을 다시 C으로부터 입금받은 것으로 확인되고, 이 중 일부는 공사업체로 출금되지 아니하고 C의 보험료, 카드대금의 납부 등 사적용도로 사용된 것으로 확인되며, 2016년 5월 이후 C 계좌에서 출금된 금액 OOO원 중 대부분은 C 명의의 건물 공사비에 사용된 것으로 나타나는 등 청구인이 C의 계좌를 통해 쟁점건물의 공사비를 지급하였다는 주장은 받아들이기 어렵다.


＜표2＞ 청구인이 C으로부터 입금받은 내역

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3. 심리 및 판단


가. 쟁점


신축으로 취득한 쟁점건물의 실지취득가액을 공사계약서, 취득세 신고서 등으로 확인된 거래가액 외에 추가로 지출한 기타공사비를 합산하여 산정하여야 한다는 청구주장의 당부


나. 관련 법령


(1) 소득세법


제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.


제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.


(2) 소득세법 시행령


제89조(자산의 취득가액등) ① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액


제163조(양도자산의 필요경비) ⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 " 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액" 이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.


제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 " 대통령령으로 정하는 사유" 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조 제4호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 " 감정평가업자" 라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 " 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액" 이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 가액을 말한다.

2. 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호 가목에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다.



다. 사실관계 및 판단


(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.


(가) 쟁점건물의 등기부등본을 살펴보면, 쟁점건물은 2015.9.24. 청구인 명의로 소유권보존등기된 후 2022.3.21. 매매를 원인으로 하여 2022.5.2. ㈜D 명의로 소유권이전등기가 경료된 것으로 나타난다.


(나) 청구인은 쟁점건물을 신축한 후 ‘A’이라는 상호로 하고, 비주거용건물임대업을 주업종으로 하여 2015.3.30. 사업자등록을 한 후 2022.6.30. 폐업한 것으로 조회된다.


(다) 처분청이 제출한 청구인의 A 사업장 관련 종합소득세 신고내역 조회내역에 따르면, 청구인은 2015년 복식부기로 신고시 쟁점건물의 가액을 OOO원으로 기재하였고, 2016년 이후부터 간편장부로 신고한 것으로 나타난다.

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(라) 청구인은 2022.5.2. 쟁점부동산을 OOO원에 양도한 후 2022.7.29. 이 건 토지의 취득가액은 실지거래가액 OOO원으로 하고, 쟁점건물의 취득가액은 환산가액 OOO원을 하여 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.


＜표4＞ 청구인의 양도소득세 신고내역

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(마) 조사청은 취득세 신고서, 건설공사계약서 등으로 확인한 쟁점건물의 신축비용 OOO원, 취득세 OOO원 합계 OOO원을 쟁점건물의 실지취득가액으로 보아 처분청에 통지하였고, 처분청은 2024.12.19. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.


＜표5＞ 처분청이 제출한 청구인의 양도소득세 신고 및 경정내역

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(바) 쟁점건물의 취득세 신고서(2015.9.24.) 등을 살펴보면, 쟁점건물의 취득가액 및 과세표준은 OOO원, 취득세는 OOO원으로 나타난다.


＜쟁점건물의 취득세 신고서＞

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(사) 쟁점건물의 취득세 신고서에 첨부된 공사비신고내역서, 건설공사계약서 등을 살펴보면, 신축공사비는 OOO원(토목공사비 OOO원 및 건축공사비 OOO원)으로, 이는 세금계산서 및 건설공사계약서상에 기재된공사금액과 일치하고, 신고내역서 하단에는 설계비, 감리비를 건축공사비에 포함하여 신고한 것으로 기재되어 있다.


＜공사비 신고내역서 - 처분청 제출＞

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＜쟁점건물의 신축 관련 건설공사계약서＞

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(아) 청구인은 쟁점건물의 신축을 위하여 신축공사비 외에 추가로 기타공사비가 소요되었다고 주장하면서 사실확인서, 의견서, 2015년 건물신축단가표, 금융거래내역 등을 증빙으로 제출하였고, 이 건 심판관회의(2025.11.5.)에서 쟁점건물의 신축공사에 관하여 A에게 위임하였고, A의 요청에 따라 신축공사비를 C 명의의 계좌로 송금하였으며, 이에 관한 공사일지 등을 C이 보유하고 있다는 취지로 진술하였다.


1) 국세통합전산망 등에서 쟁점건물의 기준시가는 OOO원, 지방세 시가표준액은 OOO원으로 조회된다.


2) 청구인은 쟁점건물의 신축 관련 공사비용을 C 명의의 계좌로 입금하였다고 주장하면서, 청구인과 C 명의의 금융거래내역과 C이 작성한 사실확인서 등을 증빙으로 제출하였다.


＜청구인이 제출한 사실확인서 중 일부 발췌＞

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＜청구인 명의 OOO 및 OOO은행 계좌 거래내역 중 일부＞

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＜C 명의 OOO계좌 거래내역 중 일부- 청구인 제출＞

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3) 국토교통부 고시(제2014-880호)에 따르면「수도권정비계획법」에 따라 과밀부담금 부과를 위해 산정한 2015년도 표준건축비는 ㎡당 OOO원이고, 한국감정원이 발간한 2015년도 건물신축단가표에 따른 상가 신축비 표준단가는 ㎡당 OOO원으로 나타난다.


＜2015년 건물신축단가표(대한건축사협회), 표준건축비(국토교통부 고시)＞

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＜(주)E로부터 수취한 의견서(2025.4.2.)＞

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(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.


처분청은 청구인이 쟁점건물의 취득세 신고시 제출한 공사비신고내역서, 건설공사계약서, 세금계산서 등으로 확인된 금액을 쟁점건물의 실지취득가액으로 보아야 하고, 청구인이 제시한 쟁점건물의 신축에 소요된 기타공사비에 관련한 증빙이 미비하여 이를 인정하기는 어렵다는 의견이다.


양도소득세 신고시 취득가액은 실지거래가액을 원칙으로 하되 예외적으로 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 환산취득가액을 적용할 수 있는 것으로, 청구인 스스로 지방자치단체장에게 제출한 쟁점건물 공사 관련 계약서, 매입세금계산서 수취 내역 등이 취득세 관련 공문과 그 첨부서류 등으로 대부분 확인된 것으로 나타나므로, 위 자료들의 신빙성을 쉽사리 부인하거나 쟁점건물의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 단정하기는 어려워 보인다.


다만, 청구인은 기타공사비에 대한 증빙으로 C 명의의 계좌에 대한 금융거래조회내역을 제출하였고, 이에 따르면 청구인이 C 명의의 계좌로 이체한 금액은 ‘공사대금, OOO’ 등으로 기재되어 지출된 것으로 조회되는 점, 청구인은 이 건 조세심판관회의(2025.11.5.)에서 기타공사비에 관한 인부고용현황, 공사일지 등의 추가 증빙을 C이 보유하고 있다는 취지로 진술하였고, C은 배우자 A이 청구인으로부터 쟁점건물의 신축공사를 수주받아 시공하였다는 내용의 사실확인서를 제출한 점, 처분청이 쟁점건물의 신축공사비(OOO원)로 인정한 금액은 쟁점건물의 기준시가(OOO원)와 지방세 시가표준액(OOO원)보다 낮은 것으로 나타나는 등 쟁점주택의 신축공사에 추가로 소요된 비용이 있다는 청구인의 주장이 타당해보이는 점 등에 비추어 처분청은 청구인이 제출한 금융거래조회내역 등을 통해 거래상대방의 지출처, 지급금액, 관련 공사비로의 지출여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.



4. 결론


이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.