1. 처분개요


가. 청구법인은 2002.8.22. LED 조명 제조ㆍ 판매를 위해 ‘A’라는 상호로 설립되어 2005.11.18. 코스닥시장에 상장되었고, 2020년 화장품ㆍ 의약품 제조회사 인수 후 상호를 ‘B’로 변경하였다가, 2022년 10월 종속회사인 주식회사 A을 흡수합병하면서 현재의 상호로 변경하였다.


청구법인은 2021.9.14. 주식회사 B(이하  "B”이라 한다)과 ‘업무협약서’를 체결하여, B이 발주하는 LED 상품 등을 청구법인이 매입원가에 2.5% 상당의 수익을 더하여 B에게 납품하기로 약정하였다.


나. 서울지방국세청장(조사4국)은 2024.7.2.~ 2024.10.31. 기간 동안 청구법인의 2019~ 2023년 귀속에 대한 조세범칙조사를 실시하여, 2021년 제2기 및 2022년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 청구법인이 실물거래 없이 아래 ＜표1＞의 세금계산서(이하  "쟁점세금계산서”라 하고, 관련 거래를  "쟁점거래”라 한다)를 수취ㆍ 발급하였다(B이 청구법인의 매입처 등에게 다시 매출하는 가공ㆍ 순환거래)는 내용의 세무조사 결과를 통보하고, 그 당시 대표이사 A(실행위자) 및 청구법인 등을 「특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률」등의 위반혐의를 이유로 검찰에 고발하였다.


＜표1＞ 조사청이 가공자료로 확정한 내용

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다. 이에 따라 처분청은 위 ＜표1＞의 금액을 매출액 또는 매입액에서 각각 차감하고, 가산세를 합산하여 2024.12.5. 청구법인에게 부가가치세 2021년 제2기분 OOO원, 2022년 제1기분 OOO원 합계 OOO원을 경정ㆍ 고지하였으며, 그 세부내역은 아래 ＜표2＞와 같다.


＜표2＞ 과세기간별 고지세액 세부내역

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라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견


가. 청구법인 주장


(1) 쟁점세금계산서는 청구법인이 업무협약서에 따라 LED 상품을 매입하여 B에게 납품한 후 수수한 정상적인 것이므로, 쟁점세금계산서를 가공거래에 따른 것으로 보아 한 이 건 처분은 위법하다.


(가) 이 건 거래는 청구법인이 기존 거래처와의 거래종료 후 신규 수익원 모색과정에서 국내 유통망을 확보한 B과의 거래를 통해 국내시장에 침투할 목적으로 이루어졌다.


청구법인은 종전 ‘주식회사 A’과 합병(2022년 11월)하기 전에는 주로 LED 제조ㆍ 판매를 하는 회사였는데, 2020년 매출의 80% 이상 차지하는 일본 거래처(OOO)와 2021년 5월 거래가 중단된 후 새로운 수익원을 찾다가 내수 매출 확대를 위해 국내 유통망을 확보하고 있던 B과 거래를 시작하게 되었다.


이에 청구법인은 2021.9.14. B과 업무협약을 체결하여, B이 발주하는 상품을 청구법인이 구매대금에 2.5% 수익을 얻는 조건으로 B에 납품하기로 하였다.


(나) 이 건 거래는 실물을 수반한 거래라는 점이 물품보관계약서 등에 의해 확인되고, 청구법인은 거래에 따른 재고ㆍ 채무불이행 등의 위험을 부담하였으므로, 쟁점거래는 가공거래가 아니다.


청구법인이 B과 체결한 업무협약서에는 B이 발주하는 상품을 청구법인이 ‘제조 및 수입 등’을 통하여 공급하기로 되어 있는바, 단순한 ‘구매’ 외에 ‘제조’를 통한 공급을 전제하고 있고, 이는 위에서 언급한 청구법인의 거래배경을 뒷받침하는 것이다.


또한 청구법인은 상품에 대한 소유권을 취득하고, 그에 따른 재고위험을 부담하며, B과 관련한 채무불이행 위험 등 거래에 수반되는 모든 위험을 부담하는데, 이는 청구법인이 거래의 정당한 당사자라는 점을 나타낸다.


청구법인은 외부 임차 창고[청구법인과 B이 2022.4.1. 체결한 물품보관계약서에는 2022.4.1.~ 2023.3.30. 기간 동안 청구법인의 물품을 B의 5층 창고 80평 면적에 보관(임차료는 1평당 OOO원)하는 내용이 기재되어 있음]를 통해 상품을 매입한 후 B에게 상품의 소유권을 이전하였으며 이 과정에서 실물의 이동이 발생하였다.


(다) B은 청구법인에게 지급하여야 할 매입채무를 2022년 3월부터 지급하지 아니하였고, 이에 따라 청구법인은 채권을 회수하지 못하고 있다.


청구법인은 매입월의 익월 중에 매입처에 매입대금을 지급하였고, 해당 상품을 B에 납품한 후에는 그로부터 60일 정도 후에 매출대금을 받았는데, B은 거래개시 약 6개월 후부터 청구법인에게 거래대금을 지급하지 아니하였고, 그 내역은 아래 ＜표3＞과 같으며, 청구법인은 매입거래처에 대하여는 매입 즉시 계좌이체로 대금을 지급하여 미지급한 금액은 없다. 즉, 쟁점세금계산서와 연관된 전체 거래당사자 중 청구법인만 채권을 회수하지 못함에 따라 손실을 입었다. 만약, 해당 거래 전부가 가공거래였다면 그러한 결과는 발생하지 아니하였을 것이다.


＜표3＞ 청구법인의 B에 대한 외상매출금 등 회수 내역

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(라) 청구법인은 과거 이 건과 유사한 방식으로 휴대전화 단말기를 거래하였는데, 직전 세무조사에서 조사청은 그 거래를 가공거래로 보아 부가가치세를 추징하였으나, 그에 대한 행정소송에서 법원은 동산의 소유권이전을 위한 인도가 점유개정이나 목적물반환청구권 양도의 방법으로도 가능하므로, 단지 재화의 실물 이동이 없다는 사정만으로 가공거래라고 볼 수 없다고 판단하여 종전 부과처분을 취소하라고 판결(OOO)하였고, 그러한 법리는 이 건 거래에도 동일하게 적용되어야 한다.


(마) 청구법인은 B에 대한 매출채권 회수를 위해 가압류 및 형사고소 등을 진행하여 지속적인 노력을 하고 있고, 이러한 매출채권의 미회수는 쟁점세금계산서상 거래가 가공거래가 아님을 방증하는 근거이다.

한편, B의 대표 B는 청구법인의 채권회수에 따른 강제집행을 피하기 위해 자신 소유의 아파트 22채를 B의 부장 C 등에게 허위로 양도하였고, 이에 대하여 청구법인은 강제집행면탈 혐의로 C 등을 고소하였으며, 그 결과 법원은 실제로 청구법인이 B로부터 받지 못한 물품대금 OOO원이 있음을 인정하였고, 범죄혐의를 인정하여 C 등에게 징역 6월(집행유예 2년)을 선고(OOO)하였다.


청구법인은 B 및 그 대표자 B를 상대로 물품대금 청구소송을 2022.8.4. 제기하였고, 법원은 청구법인이 B에 발급한 매출세금계산서와 같이 해당 물품을 정상적으로 공급하였다고 봄이 타당하다고 판단하여 청구법인의 승소로 판결(OOO)하였으며, 만약 그 거래가 가공거래였다면 B 측에서는 통정허위표시의 거래를 이유로 채권채무관계의 부존재를 주장하였을 것이나, B은 그러한 주장을 하지 아니하였는데, 이 또한 쟁점세금계산서상 거래가 정상적인 것이라는 점을 방증하는 것이다.


또한 B 대표 B는 총 38회에 걸쳐 합계 OOO원의 법인자금을 횡령한 죄, 강제집행을 면탈한 죄 등으로 인하여 징역 4년의 실형을 선고(OOO)받아 교도소에 수감 중이고, 그 형사재판에서도 법원은 청구법인이 약 OOO원의 물품대금을 회수하지 못하였다고 인정하였으므로, 이러한 정황도 쟁점세금계산서상 거래가 정상거래라는 사실을 보여주는 것이다.


(바) 조사청은 청구법인 세무조사 시 금융거래 확인, 실물거래 여부에 대하여 직접 면밀히 조사하여 사실관계를 명확히 밝혀야 할 의무가 있으나, 그러한 의무를 제대로 이행하지 아니한 채 청구법인에게 실물거래에 관한 입증책임을 미루고 있다.


(사) 처분청 의견에 대한 항변은 아래와 같다.


1) 처분청은 청구법인이 상장법인으로서의 매출액 유지를 위해 가공거래를 하였다는 의견이나, 청구법인은 B과 관련한 거래를 총매출액에서 총매입액을 차감한 순액을 재무제표상 매출액으로 공시하고 있고, 그 순매출액 약 OOO원은 전체 매출액(2021년 및 2022년 매출총액은 약 OOO원 및 OOO원임)의 0.82%에 불과한바, 처분청의 의견은 적절하지 아니하다.


2) 처분청은 쟁점세금계산서상 거래가  "B 지정 매입처→청구법인→B→B 지정 매입처”로 순환된 것이라고 주장한다.


청구법인은 업무협약에 따라 거래의 의무를 충실하게 이행하였을 뿐이고, 청구법인 거래 내용이 B과 B이 지정한 업체가 공모한 순환거래의 일부라는 사실을 이 건 세무조사 과정에서 뒤늦게 알게 되었는데 이를 근거로 청구법인의 정상적인 거래를 가공거래라고 단정하는 것은 타당하지 않다.


3) B C 부장과 청구법인 대리 D의 전화통화 녹취록에 대하여 보면, 그 내용은 회계감사 과정에서 자료요청을 받은 내용에 관한 것으로, 증빙자료 준비에 청구법인의 관리가 다소 미흡했다는 것을 의미하는 것에 불과할 뿐, 가공거래의 근거로 삼을 수 있는 것은 없다. 특히 녹취 상대방(B C 부장)이 청구법인과 민형사상 이해관계가 대립하는 관계에 있는 만큼, 그러한 진술은 신빙성이 부족하여 과세근거로 삼을 수 없다(OOO).


해당 통화에서 ‘돈을 돌리는 것’이라고 표현된 부분은 B이 지정해준 업체에서 구매하고 일부 마진을 붙여서 B에게 파는 것을 의미할 뿐이고, B이 청구법인의 매입처들에게 되파는 부분까지를 포함하여 가공순환거래가 있었다는 점을 유추할 수 있는 것은 아니다.


또한 청구법인의 D 대리가 ‘서류상 한 달은 갖고 있다’고 언급한 부분은 감사인이 ‘최소한 서류상으로 볼 때, 한 달은 갖고 있을텐데 왜 타처보관증이 없는가’를 지적하자 그 내용을 전달한 것일 뿐, 재고의 실물이 없다는 의미는 아니다.


4) 처분청이 제시한 문답서에 따르면, ㈜C의 E 대표는 청구법인이 시켜서 한 일인 것처럼 언급하였는데, 이는 B의 발주에 따라 이루어진 쟁점거래의 구조와 모순되는 진술로, 책임을 회피하려는 거짓 진술에 불과하다.


5) 처분청은 청구법인의 B에 대한 매출세금계산서 발급 시기와 B의 매출처에 대한 매출세금계산서 발급시기의 차이를 문제삼고 있으나, 중소기업 ERP 시스템은 대기업에 비해 체계성이 부족하며, 한정된 인원으로 모든 업무를 처리해야 하는 중소기업 간 거래로 인하여 거래 입력과 반영 시점 간의 시차는 구조적으로 발생할 수밖에 없으므로, 처분청 의견은 기업 현실과 동떨어진 지적이다.


(2) 설령 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 수수된 것이라 하더라도 청구법인은 그러한 사실을 알지 못한 피해자로서 선의의 거래당사자이므로, 이 건 처분은 위법ㆍ 부당하다.


청구법인은 거래 개시 전 검증을 위해, 국세청 홈페이지를 통한 사업자현황 조회, 대표자 면담을 포함한 거래처 현장실사, 대표자 재산 양도담보설정 등을 통하여 선량한 관리자의 의무를 수행하였고, 거래과정에서 주기적으로 현장방문을 통해 재고관리 현황을 점검하였다.


대금거래의 투명성을 확보하기 위해 모든 금융거래는 현금 거래가 아닌 은행 계좌이체를 이용하였다.


B은 이미 국내에 LED 유통망을 가진 우월적 지위를 가진 상태여서 청구법인은 거래대금 회수에 대한 위험부담을 안고 이 건 거래에 참여한 선의의 거래 당사자이자 피해자일 뿐이다.


처분청은 청구법인이 작성한 ‘헬스케어 LED사업 관련 내부보고 E-mail’을 가공거래의 근거로 제시하고 있으나, 그 자료는 B에 대한 법적 조치를 준비하고 있는 과정에서 2022년 7월 경 작성된 것으로, 오히려 청구법인이 선의의 피해자에 해당한다는 점을 추측할 수 있는 내용이다.


나. 처분청 의견


(1) 쟁점거래는 실물의 이동 없이 B이 지정한 매입처에서 청구법인으로 매출된 후 다시 청구법인이 B에 매출하였다가 B이 다시 청구법인의 매입처에 매출한 가공ㆍ 순환거래이므로, 쟁점세금계산서를 가공거래로 수수한 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 적법ㆍ 타당하다.


(가) 쟁점거래는 상장회사로서 일정 규모 이상의 매출을 유지하기 위한 청구법인의 제안에 따라 이루어진 것이다.


청구법인의 종전 대표이사 A은 쟁점거래를 시작하게 된 경위에 대하여 일본 OOO와의 거래가 2021년 5월에 종료되어 국내 조명 유통을 확대하기 위한 불가피한 것이었고, 청구법인이 상장회사이기 때문에 일정한 매출을 유지하기 위해 쟁점거래를 하게 되었다고 진술하였고, B 대표자 B는 청구법인이 무엇이든 사주고, 세금계산서만 오면 결제를 바로 해주겠다고 제안하여 청구법인이 제공한 협약을 체결하게 되었다고 진술하였다.


(나) 청구법인의 ERP 자료와 B의 매출자료를 비교 확인한 결과 같은 품목ㆍ 수량이  "B 지정 매입처→청구법인→B→B 지정 매입처”로 순환된 사실이 확인되었다.


쟁점거래는 B이 지정한 매입처에서 청구법인에게 매월말에 매출세금계산서를 발급(예 : 2021.10.29.)하면, 청구법인은 그 다음달 말일에 B에게 매출세금계산서를 발급(예 : 2021.11.30.)하는데, 그에 반해 B은 청구법인으로부터 매입세금계산서를 받기 전 달 또는 같은 달에 B의 지정 매입처에게 매출세금계산서를 발급(예 : 2021.11.10.)하는 것으로 확인된바, 만약 실물거래가 수반된 거래라면, B은 물품을 수령하기도 전에 미리 매출세금계산서를 발급하는 것이어서 상거래 흐름에 맞지 않다.


또한 대금지급흐름을 보면, 청구법인은 세금계산서를 받은 다음달 10일 전후에 매입처에 거래대금을 지급하고, 그 매입처는 청구법인으로부터 거래대금을 받은 당일 또는 2ㆍ 3일 내에 B에게 대금을 지급하며, B은 청구법인으로부터 세금계산서를 수취한 달의 다음다음 달 말일에 지급하는 것으로 나타난다.


이러한 거래에서 B은 쟁점거래를 통해 자신이 지정한 매입처로부터 거래대금을 한 달 이상 먼저 받아 청구법인에게 매입대금을 상환하기 전까지 대략 60일 정도의 기간 동안 자금을 활용할 수 있게 되는 것인바, 이는 B 대표 B가 진술한 청구법인과의 거래경위(사업규모 확장, 제조업 진출을 위해 청구법인의 자금 활용)와 일치한다.


(다) 청구법인의 매출처 B의 실무자(C 부장)는 쟁점 거래에 대해 가공ㆍ 순환거래임을 진술하였다.


B에서 총무ㆍ 관리업무를 맡았던 부장 C은 쟁점거래와 관련한 업무를 수행하였는데, 그는 조사청의 질문조사에서 B이 청구법인과 거래를 하게 되면서 매출ㆍ매입 규모가 크게 증가하였고, 증가된 매출은 종전부터 B의 매입처였던 거래처를 상대로 한 것이어서, 그것을 실제 거래로 볼 수 없으며, 실무자로서 거래가 이상하다고 생각되었다고 진술하였다.


C 부장은 B이 관련된 거래의 유형을 네 가지로 분류하였고, 첫 번째는 청구법인의 제품을 B이 자체적으로 매입하는 것, 두 번째는 업무협약서에 따라 B이 기존 거래처에서 실물의 이동을 수반하여 매입(세금계산서는 기존 거래처에서 청구법인에게 발급)하여 판매하는 것, 세 번째는 두 번째와 같은 방법이지만 실물 이동이 없는 것, 네 번째는 우리 LED를 포함한 4자간 거래로 구분되는데, 그중 첫 번째와 두 번째는 정상거래이나, 세 번째와 네 번째는 허위거래라고 진술하였다.


또한 B C 부장과 청구법인 D 대리의 2022.1.3.자, 2022.2.15.자 및 2022.2.24.자 통화 녹취록에 따르면, D이 쟁점거래를 자금만 이동하는 거래임을 언급하였고, 청구법인이 가공거래를 실물거래로 위장하기 위해 가짜 발주서 및 가짜 타처보관증을 B에게 요청하였는데, 이를 통해 쟁점거래가 가공거래임을 알 수 있다.


(라) 청구법인의 주요 매입처들은 조사청의 거래사실확인 및 질문조사에서 쟁점거래가 가공거래라는 사실을 진술하였다.


1) 청구법인의 매입처 ㈜C의 대표자 F는 실제 거래에 더하여 가공거래가 있었고, 가공거래 사실을 숨기고 싶었다고 진술하였다.


또한 B 부장 C은 ㈜C과의 거래분과 관련하여, 청구법인이 ㈜C으로부터 매입한 품목은 ‘시스템방등60W’이고, B이 과거부터 전량 ㈜C으로부터 매입하던 것이며, B이 다시 ㈜C에게 매출할 품목도 아닐뿐만 아니라, 순환거래로 확인되는 물량은 실제로 B이 소화할 수 있는 물량을 초과한 것이라고 진술하였다.


한편, 청구법인의 ERP 자료와 B 매출자료를 보면, 청구법인은 ㈜C으로부터 공급받은 월에 세금계산서를 수취하고 익월 B에 동일 물품을 공급하는 것으로 되어 있는데, B은 C이 청구법인에 매출하는 같은 달에 C에 매출하는 형태로 되어 있다.


즉, 세금계산서는  "㈜C(예 : 2022년 11월)→청구법인(예 : 2022년 12월)→B(예 : 2022년 11월)→C” 순으로 순차 발행되나, 그 세금계산서 발급시기는 물량흐름을 역행하는 것이므로, 이는 실물거래가 없었음을 방증한다.


공급단가 측면에서 보면, 청구법인은 ㈜C으로부터의 매입가액에 이윤을 붙여 B에 매출하지만, B은 다시 ㈜C의 매출가격과 동일한 금액으로 매출하였는데, 이는 B이 비싸게 사서 싸게 판매함으로써 구조적으로 손실을 발생시키는 비정상적인 거래이다.


2) 청구법인의 매입처 ㈜D와 B으로부터 매입세금계산서를 받은 ㈜E은 쟁점거래가 가공거래임을 거래사실확인서를 통해 인정하였고, 두 회사 모두 B B 대표의 요청에 의해 가공거래를 하게 되었고, 청구법인을 모른다고 거래사실확인서에 기술하였다.


B의 대표자 B는 청구법인의 매입처인 ㈜D의 대표자 G과 고등학교 동창생으로, 조사청이 G이 가공거래 사실을 시인하였다는 점에 대한 의견을 묻자, 이에 대해 ‘자금회전력을 1순위로 두었다’는 진술을 하였고, 쟁점거래가 가공거래인지에 대하여는 답하지 아니하였다.

3) 청구법인과 OOO, ㈜F의 거래와 관련하여, ㈜F 대표 H은 청구법인과의 거래는 전부 가공거래이고, B으로부터 수취한 매입세금계산서 중 일부는 실제거래라고 진술하였다.


B의 대표 B는 ㈜F 대표 H이 가공거래를 시인한 점에 대하여 ‘자금을 품목화를 달리해서 세금계산서를 발행한 것’이라고 진술하였고, 가공거래 여부에 대하여는 대답을 회피하였다.


4) 청구법인은 B의 매출처 ‘OOO’의 매입처 7곳(OOO, OOO, G㈜, ㈜H, ㈜I, ㈜J, ㈜K으로, 이하  "OOO”라 한다)으로부터 매입세금계산서를 받아  "OOO→청구법인→B→OOO”의 순서로 거래하였다.


‘OOO’의 관리이사 I는 쟁점거래의 경위에 대해, 그 당시 회사 자금사정이 좋지 않아 매입대금 지급이 어려운 상황이었는데, B의 B 대표가 청구법인을 껴서 물건을 납품하겠다고 제안하여 거래가 시작되었고, 그는 청구법인에 대해서는 알지 못하며, 물품은 OOO에서 OOO로 직접 공급되었으나, 청구법인과 B은 물품의 이동을 확인하지 않았고, B은 세금계산서 수수 및 대금 결제에만 관여하였다고 진술하였다.


또한, 청구법인과 ㈜K, B의 거래와 관련하여, B이 비싸게 매입해서 손해보고 매출하는 거래가 가능한지에 대한 조사청의 질문에 ‘OOO’의 관리이사 I는 해당 거래는 가공거래인데, B이 ㈜K(I의 동생이 운영하는 회사)에게 2% 정도 이윤을 준다고 제안하여 진행한 것이라고 답변하였다.


5) B C 부장은 청구법인이 ㈜L로부터 매입한 거래에 관해, B은 ㈜M에게, ㈜M은 ㈜L에게 각각 지급할 대금이 있었는데, 대금을 ㈜L에게 지급해달라는 ㈜M의 부탁을 받은 B이 청구법인을 껴서 ㈜L에게 대금을 지급하기 위해 그 거래가 성사된 것이라고 진술하였다.


해당 거래는 ㈜L가 2021.9.30. 청구법인에게, 청구법인은 2021.10.31. ㈜B에게 매출세금계산서를 각각 발급했는데, B은 청구법인으로부터 세금계산서를 받기 전인 2021.9.30. ㈜M에게 세금계산서를 발급하였다. 만약, 실제 물품 이동이 수반되는 거래라면 B은 청구법인으로부터 물품을 받기 전에 매출세금계산서를 발급한 결과가 되어 비정상적이다.


또한, 청구법인이 2021.10.8. ㈜L에게 공급대가 OOO원을 이체하였고, B은 청구법인으로부터 OOO원(공급대가)에 매입하였으나, B은 2021.10.12. ㈜M으로부터 OOO원을 송금받은바, B은 청구법인으로부터 비싸게 사서 ㈜M에게 매입원가보다 저가로 판매한 것이 되어 정상적이지 않다.


6) 당초 거래사실확인서에 정상거래라고 기재하였던 업체들(OOO, ㈜C, OOO, ㈜F)도 조사청과의 문답에서 쟁점거래가 가공거래라는 사실을 인정하였다.


조사청이 청구법인의 거래처들에 대한 거래사실확인서 조회를 실시하였을 때, ㈜N와 ㈜E은 해당거래가 가공거래임을 표시한 거래사실확인서를 회신한 반면, OOO, ㈜C, OOO, ㈜F는 청구법인 등과의 거래를 정상거래로 표시하여 회신하였다가 이후 조사청과의 문답과정에서 해당 거래가 가공거래 또는 위장거래라는 점을 진술하였다.


(마) 청구법인의 주장에 대한 반박은 아래와 같다.


1) 청구법인은 실물거래가 있었다는 점을 입증할 수 있는 구체적인 근거를 제시하지 못하고 있다.


청구주장대로 쟁점거래가 정상거래라면, 청구법인의 매입처에서 매출처인 B으로 물품이 직접 운송된다고 할 때, 청구법인은 최소한 매입처에서 언제 어느 곳으로 운송이 되었는지, B으로부터 언제 어떠한 물품을 발주받았는지에 대한 증빙 자료를 받아 보유하고 있어야 함에도 불구하고 청구법인은 그러한 자료를 제시하지 못하고 있다.


청구법인은 세무조사 당시에 타처보관증, 발주서 등을 조사청에 제출하면서 정상거래임을 주장하였는데, 조사청이 청구법인의 D 대리와 B의 C 부장의 통화 녹취록을 제시하며 그 서류들이 사후적으로 임의작성되어 증거능력이 없다고 반박하자, 청구법인은 조세심판 청구서에는 타처보관증 등에 대해 일절 언급하지 않고 있다.


2) 청구법인은 2022.4.1. B과 체결한 ‘물품보관계약서’를 실물거래의 입증자료로 제시하였다.


그러나, 쟁점거래는 2021.9.14. 업무협약서를 체결하면서 시작되었는데, 위 물품보관계약서는 그보다 약 6개월이 지난 후에 체결된 것이서 시기적으로 맞지 않다. 또한 실물의 이동이 있었다면, 청구법인이 물품을 매입할 때의 운송조건(매입처나 청구법인 중 누가 운송비를 부담하는지 등), 운송방식(직접 또는 물류회사 이용 등) 및 실제로 배송이 적정하게 완료되었는지에 대한 확인 등을 입증할 수 있는 근거를 제시하여야 할 것이나, 청구법인은 그러한 자료를 제시하지 못하고 있다.


한편, 청구법인의 매입처와 관련 있는 ‘OOO’는 청구법인과 B 모두 물품 이동을 확인한 적이 없다고 진술하였으므로, 실물거래가 있었다는 청구주장은 근거에 의해 입증되지 아니할 뿐만 아니라 관련 업체의 진술과도 배치되는 것이어서 타당하지 아니하다.


3) B과 청구법인의 매입처들의 진술이 일치하고, B C 부장의 전화통화 시기는 청구법인과 B이 정상적으로 대금을 수수하고 있던 2022년 1ㆍ 2월 중이어서 이해관계가 상충되지 아니하던 때였으므로, B 측이 청구법인에게 불리하게 악의적으로 진술하였다고 보기 어렵다.


B 실무자 C과 청구법인의 매입처 대표 등은 문답조사 및 거래처사실확인서 등을 통해 쟁점거래가 가공거래임을 인정하였고, 특히, B이 지정한 매입처들은 청구법인이 어떠한 회사인지, 대표자와 실무자가 누구인지에 대해 모른다고 답변하였다.

B 실무자 C과 청구법인 대리 D의 통화녹음(2022.1.3., 2022.1.15., 2022.2.24.) 파일과 관련하여, 그 통화시기는 청구법인과 B이 정상적으로 대금을 수수하던 때여서 B 측이 청구법인에게 불리한 진술을 할 이유가 없다.


또한 만약 그 통화내용이 조작되었다면 녹취록을 작성한 속기사사무실에서 이를 확인할 수 있었을 것이고, 조사청은 녹취록에 대한 사실 여부 및 쟁점거래에 대한 사실 관계를 확인하기 위해 청구법인에게 당시 실무자인 D에게 조사청에 출석하여 진술할 수 있도록 직접 D에게 세무조사 협조를 전화로 요청하였으나 거절당하였고, D에게 발송한 출석요구서는 반송되었다.


4) 청구법인의 직원(J)이 작성하여 다른 내부 직원(K 등)에게 보낸 2022.7.7.자 전자메일(제목 : 헬스케어 LED사업 부실거래처 B 관련 보고)의 내용에서도 쟁점거래는 청구법인이 주도하거나 B과 협력한 것으로 보인다.


해당 전자메일은 청구법인의 매입처이자 B의 매출처인 ㈜C의 대표 F와의 협의내용을 정리한 것인데, 그 내용에는 ① OOO(청구법인)은 그동안 무조건  "Yes”만 하는 업체들을 조심했어야 했다(왜 무조건 OOO 요구를 받아줄까 의심했어야 했음), ② A 사장과 얘기한 것들이 있는데 OOO이 지키지 않았다고 한다고 함, ③ OOO→OOO 납품하는 거래(시스템방등) 당사 : OOO-OOO-OOO-OOO 거래는 세무적으로 문제가 심각하므로 절대 하지 말아야 함, ④ OOO : 세무적으로 문제되는지 몰랐고, OOO이 시켜서 한 일이고, ⑤ 다만, 2021년도 매출부인(순액 인식)된 사례이므로, 올해도 부인될 가능성이 높은 리스크는 안고 가야 함 등의 내용이 기재되어 있고, 이를 보면, 청구법인이 쟁점거래를 주도하였거나 B과 공모하여 실행한 것으로 이해된다.


또한, 위의 전자메일 내용 중 ⑤의 내용[다만, 2021년도 매출부인(순액 인식)된 사례이므로, 올해도 부인될 가능성이 높은 리스크는 안고 가야 함]을 보면, 청구법인이 당초에는 쟁점거래를 총액으로 처리하여 매출액을 부풀리려고 하였으나, 결과적으로 순액으로 처리된 것으로 읽힌다.


5) 청구법인이 쟁점거래 관련 미회수 채권에 대해 법적 조치를 취하였다거나 채권미회수에 따른 손실을 입었다는 사정은 정상거래를 입증하는 근거가 아니다.


부가가치세 신고ㆍ 납부, 회계처리 및 대금수수 등이 정상적으로 이루어졌다 하더라도 상품매출액을 부풀리기 위해 외형적으로만 거래하였다면, 사실과 다른 세금계산서에 해당한다 할 것(OOO)인바, 청구법인이 채권회수를 위해 노력하고 있다거나 채권의 미회수로 인해 손실을 보았다는 등의 사정은 쟁점거래가 가공거래인지 아니면 정상거래인지에 대한 판단에 영향을 미치지 아니한다.


또한 B 대표 B는 청구법인에 대한 매입대금 미지급 사유에 대해 청구법인이 본인과 한 약속을 지키지 않았기 때문이라고 진술하였다.


6) 청구법인은 조사청이 세무조사 당시 사실관계 조사를 소홀히 하였다고 주장하나, 그 당시 청구법인은 LED 사업부의 직원이 전부 퇴사하여 해명자료 제출에 대한 어려움을 호소하였고, 청구법인의 경영지원본부장은  "회계감사시 제출한 자료 외 확인되는 자료를 찾아 제출하겠다”는 확인서를 제출하기도 하였으므로, 청구주장은 사실과 다르다.



3. 심리 및 판단


가. 쟁점


쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수된 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부


나. 관련 법률


(1) 국세기본법


제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.


(2) 부가가치세법


제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.


제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하  "세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항


제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하  "필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.


다. 사실관계 및 판단


(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의해 아래의 내용이 확인된다.


(가) 청구법인의 신고 매출액 등 현황은 아래 ＜표4＞와 같다.


＜표4＞ 청구법인의 신고 매출액 등 현황

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(나) 청구법인의 부가가치세 신고내용은 아래 ＜표5＞과 같다.


＜표5＞ 청구법인의 부가가치세 신고내용

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(다) 청구법인과 B이 2021.9.14. 체결한 ‘업무협약서’의 내용은 아래와 같다.

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(라) 조사청은 이 건 범칙조사 후에 청구법인과 그 대표자 A(실행위자) 및 B과 그 대표자 B(실행위자)를 「특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률」위반(허위세금계산서 등 교부) 및 「조세범 처벌법」위반 혐의로 각각 검찰에 고발하였고, B의 관할인 광주지방검찰청 장흥지청은 2025.7.10. 조사청에 B 및 B를 기소(불구속구공판)한 사실을 통지한 것으로 나타난다.


(마) 처분청이 제시한 자료에는 아래의 내용이 확인된다.


1) 조세범칙조사 종결보고서의 주요내용은 아래와 같다.

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2) ㈜O와의 거래분과 관련하여 청구법인의 ERP와 B의 매출자료를 비교한 예시는 아래 ＜표6＞과 같고, 동일한 품목ㆍ 수량의 물품에 대하여 청구법인이 매출세금계산서 발급(2021.11.30.)하기 전에 B이 매출세금계산서를 발급(2021.11.10.)한 것으로 나타난다.


＜표6＞ 청구법인의 ERP 자료와 B 매출자료 비교(예시)

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3) 조사청이 파악한 업체별 매입대금 지급시기는 아래와 같다.

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4) 조사청은 세무조사 당시에 보낸 ‘거래사실확인서’에 대하여, OOO, ㈜C, ㈜F, OOO의 4곳은 정상거래라고 표시한 반면, ㈜D(청구법인의 매입처)와 ㈜E(B의 매출처)은 가공거래라고 표시한 확인서를 회신한 것으로 나타난다.


5) 조사청이 세무조사 당시 문답한 자료는 아래와 같다.



＜다음 쪽 그림 삽입을 위한 여백＞


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6) B의 C 부장과 청구법인 D 대리의 2022.1.3.자, 2022.2.15.자 및 2022.2.24.자 통화내용은 아래와 같고, 처분청은 D이 쟁점거래를 자금만 이동하는 거래임을 언급하였고, 청구법인이 가공거래를 실물거래로 위장하기 위해 가짜 발주서 및 가짜 타처보관증을 B에게 요청하였다는 의견이다.



＜다음 쪽 그림 삽입을 위한 여백＞

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7) 쟁점거래와 관련하여 청구법인의 직원 J이 2022.7.7. ㈜C의 대표 E를 면담한 후 작성하여 다른 직원에게 보낸 전자메일의 내용은 아래와 같다.


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(바) 청구법인은 실물거래가 있었다는 근거로 제시한 2022.4.1.자 청구법인과 B이 체결한 ‘물품보관계약서’의 내용은 아래와 같고, 2022.4.1.~ 2023.3.30. 기간 동안 청구법인의 물품을 B의 5층 창고 80평 면적에 보관(임차료는 1평당 OOO원, 월총액 OOO원)하는 내용이 기재되어 있다.

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(사) 청구법인이 B에 대한 매출채권 회수를 위하여 노력한 근거로 제시한 내역은 아래 ＜표7＞과 같다.

＜표7＞ 청구법인의 채권회수를 위한 조치내역

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(아) B의 대표 B는 횡령 및 강제집행 면탈 등의 혐의에 대해 유죄판결(OOO)을 받았고, 그 판결서의 주요내용은 아래와 같다.

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(자) 청구법인이 B 및 그 대표 B를 상대로 제기한 물품대금 청구소송의 판결(OOO)내용은 아래와 같다.

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(차) 종전 세무조사에서 과세된 청구법인의 휴대폰단말기 거래 관련한 행정소송 1심(OOO) 판결내용(청구법인 승소)은 아래와 같고, 과세관청이 2025.2.28. 항소함에 따라 그 소송은 2심에 계류중인 것으로 나타난다.

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(카) 청구법인은 2025.11.12. 개최된 조세심판관회의에서 쟁점세금계산서와 관련한 재고를 재무상태표에 계상하였다고 진술하였고, 쟁점거래와 관련한 재고를 관리ㆍ 확인하였다는 근거로 아래의 자료를 추가로 제시하였다.


1) 아래 2022.5.23.자 국내출장신청서에는 B과 C에 대한 재고 현황 파악을 목적으로 출장신청한 내용이 기재되어 있다.

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2) 청구법인의 근태요청서에 따르면, 2021.9.18.자 기안문에는 D(LED영업팀), L(영업팀)의 출장(2021.9.16.) 신청내용이, 2021.11.20.자 기안문에는 D(LED영업팀), L(영업팀)의 출장(2021.11.18. 및 2021.11.21.) 신청내용이, 2022.4.22.자 기안문에는 M과 L의 출장(2021.4.15.∼2021.4.15., OOO 대리점 업무 미팅) 신청내용이 각 기재되어 있다.


3) 청구법인은 위탁창고에 대한 재고현황을 관리하고 있다며, 아래의 내용을 제시하였다.

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4) N(구매팀)가 2022.5.18. J(경영전략실 이사)에게 보낸 전자메일[헬스케어 재고 현황(4월말 기준)]에는 전체 재고금액이 OOO원 중 충당금을 차감한 장부상 재고 금액이 OOO원으로 기재되어 있고, ‘OOO’ 파일이 첨부되어 있다.


(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

청구법인의 ERP 자료와 B 매출자료를 보면, 청구법인은 ㈜C으로부터 공급받은 달에 세금계산서를 수취하고 그 다음달에 B에게 매출세금계산서를 발행하는 반면, B은 동일 물품에 대해 매입세금계산서를 받기도 전에 ㈜C에게 매출세금계산서를 발급한 것으로 나타나는 점, 조사청이 발송한 거래사실확인서에 대하여 ㈜D, ㈜E은 가공거래라고 회신하였고, ㈜C, OOO 등은 조사청과의 문답조사 과정에서 가공거래 사실을 인정한바, 이 건 상당 수의 거래처가 쟁점세금계산서와 관련한 거래를 가공거래라고 확인하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점세금계산서와 관련된 거래가 순환거래의 형태를 띠고 있는 것으로 보이는 측면이 있다.


반면, 청구법인은 B이 매입처들에게 같은 물품을 다시 매출한 사실을 그 거래 당시에는 알지 못하였고, 쟁점세금계산서와 관련된 재고자산을 재무상태표에 계상하였으며, 청구법인의 직원이 현장에 출장하여 직접 재고를 확인하고 그 내역을 ERP를 통해 자체적으로 관리하고 있으므로, 쟁점세금계산서와 관련된 거래는 실물거래가 수반된 것으로 보아야 한다고 주장하며, 출장신청서 및 자체 EPR 자료 화면켑처본 등을 제출하였는데, 해당 자료만으로는 실물거래가 있었다고 단정하기는 어렵다.


따라서 처분청은 청구법인이 쟁점세금계산서와 관련한 재고자산을 감사받은 재무상태표에 계상하였는지 여부, 외부감사인이 관련 재고자산을 실사하였는지 여부 등을 확인하고, 조세심판관회의에서 추가로 제출된 출장신청서 및 자체 ERP 재고관리 자료 등을 토대로 쟁점세금계산서상 거래를 정상거래로 볼 수 있는지에 대해 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.



4. 결론


이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.