OOO세무서장이 2025.5.16. 청구법인에게 한 2022∼2023사업연도 법인세 경정청구 거부처분은, 청구법인이 2022.9.8. 출자전환으로 취득한 A 주식의 처분손실 OOO원(2022사업연도 출자전환 시 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 평가한 가액)을 2023사업연도 손금에 산입하여 이월결손금을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요


가. 청구법인은 OOO 설립되어 전자부품 제조업을 영위하는 법인으로, 주요 고객사인 B이(주)의 유럽시장 진출에 대응하기 위하여 2006.4.28. 폴란드에 A(이하  "쟁점자회사”라 한다)를 설립(2016년부터 100% 지분 보유)하였고, 쟁점자회사는 청구법인으로부터 전자부품을 구매하고, 기술을 지원받아 생산한 제품을 현지에서 판매하였다.


나. 쟁점자회사는 주요 고객사인 B(주)의 유럽시장 철수 결정에 따라 매출이 감소하였고, 이에 따라 주된 사업을 전자부품 제조업에서 자동차부품 제조업으로 전환하는 등 사업구조를 개편하였으나, 손실이 누적되어 2015년부터 완전자본잠식상태에 이르렀으며, 그 결과 청구법인은 2022년까지 쟁점자회사로부터 OOO원의 외상매출금 등(이하  "쟁점채권”이라 한다)을 회수하지 못하였다.


＜표1＞ 미회수채권 발생내역

○○○


한편 청구법인은 쟁점채권의 회수가 지속적으로 지연됨에 따라 2017년부터 기업회생절차를 진행하였고, 이후 2020년 ㈜C(이하  "C”라 한다)가 유상증자를 통해 청구법인을 인수함으로써 기업회생절차가 종결되었다.


다. 청구법인은 쟁점자회사의 경영정상화를 위해 2022.9.8. 쟁점채권 전액를 쟁점자회사 발행주식의 액면가액으로 출자전환(이하  "쟁점출자전환”이라 한다)하였고, 2023.9.12. 보유하던 쟁점자회사 주식 전부(장부가액 OOO원)를 특수관계법인인 ㈜COOO(이하  "COOO”이라 한다)에 OOO원에 양도하였으며, 2022사업연도 법인세 신고시 회계상 계상된 손익을 모두 부인하는 세무조정을 하면서 출자전환으로 인한 채권처분손실 등을 손금에 산입하지 않았다.


라. 2024.8.27. 청구법인은 2022년 쟁점출자전환에 따라 취득한 주식의 가액은 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제4호의2에 따라 취득 당시 시가로 평가하되, 쟁점채권 장부가액과의 차액을 출자전환으로 인한 채권처분손실로 인식하여야 하고, 2023년 쟁점자회사 주식을 양도하면서 발생한 주식처분손실을 손금으로 인식하여야 한다며, ① 2022사업연도 출자전환으로 인한 채권처분손실 OOO원 중 구상채권 처분손실 OOO원을 제외한 잔여 금액 OOO원과 ② 2023사업연도 쟁점자회사 주식처분손실 OOO원을 손금에 산입하여 이월결손금을 증액해야 한다는 취지의 경정청구를 제기하였으나,


처분청은 쟁점출자전환이 쟁점자회사의 채무를 면제한 것으로서 경제적 합리성이 결여된 것으로 보아 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제3호의 부당행위계산부인 규정을 적용하여 2025.5.16. ① 2022사업연도 출자전환채권으로 인한 채권처분손실 OOO원과 ② 2023사업연도 주식처분손실 중 쟁점출자전환으로 취득한 주식의 처분손실 OOO원에 대한 경정청구를 거부하고, 그 외 쟁점자회사 주식 처분손실 OOO원은 손금으로 인정하였다.


＜청구법인의 경정청구 내역＞

○○○


마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.10. 심판청구를 제기하였다.



2. 청구법인 주장 및 처분청 의견


가. 청구법인 주장

쟁점출자전환은 완전자본잠식 상태인 쟁점자회사의 경영정상화와 청구법인의 투자금 회수를 위한 유일ㆍ불가피한 방안으로 경제적 합리성을 갖춘 정상적인 거래인바, 출자전환채권처분손실 및 그에 따른 쟁점자회사 주식처분손실을 손금에서 배제한 이 건 거부처분은 취소되어야 한다.


(1) 쟁점출자전환은 거래 당시 회수가능성이 없는 쟁점채권을 처분하고 그 대가로 일정한 가치를 지닌 신주를 취득함으로써 청구법인의 이익극대화를 도모한 경제적 합리성이 있는 거래로서, 「법인세법」상 부당행위계산의 대상이 되는 비정상적인 행위에 해당하지 않는다.


(가) 부당행위계산의 부인은 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것으로, 그 거래가 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 행위라고 할 수 없다면, 설령 특수관계자가 경제적으로 어떠한 이익을 얻었다고 하더라도 부당행위계산 부인의 대상에 해당된다고 할 수 없다(대법원 2020.12.10. 선고 2017두35165 판결, 참조).


이에 따라 쟁점출자전환이 부당행위계산에 해당하는지 여부는 쟁점자회사에게 채무면제이익이 발생했는지 여부가 아니라, 청구법인의 의사결정이 경제적 합리성을 갖춘 정상적 행위였는지를 기준으로 판단하여야 한다.


(나) 이러한 경제적 합리성의 판단은 과거 장부상의 손익이 아니라 거래 당시 및 장래에 실현될 경제적 실질에 의하여야 하며, 이는 쟁점출자전환으로 취득한 신주의 가치(경제적 수익)에서 처분하는 쟁점채권의 회수가능성에 따른 실질적 가치(경제적 비용)를 차감하여 판단할 수 있다.


(다) 상증세법상 보충적평가방법에 의한 신주의 가치는 약 OOO원이며, 종전 보유주식의 가치 증분까지 포함할 경우 총 주식가치는 약 OOO원이 된다. 이는 회계상 평가액이지만 경제적 수익 판단에 참고할 수 있는 자료이며, 실제로 쟁점출자전환 이후 쟁점자회사의 완전자본잠식 해소, 신규 고객사 유치 가능성 증대 등으로 재무구조 및 사업구조가 개선되어 주식가치가 상승하였다는 점에서 청구법인이 경제적 수익을 얻었다고 보는 것이 타당하다.


(라) 반면 쟁점채권의 회수가능성은 극히 낮았다. 쟁점출자전환 이전인 2020.12.31. 작성된 현금흐름할인법(DCF)에 의한 주식평가보고서에서 쟁점자회사의 미래현금흐름은 음수로 예측되어 주식가치가 없다고 평가되었고, 외부감사보고서에서도 쟁점채권을 전액 대손충당금으로 상계하였다. 청구법인과 외부감사인 모두 쟁점출자전환 이전부터 쟁점채권을 회수불가능한 무가치 채권으로 판단해 왔던 것이다.


(마) 결국 쟁점출자전환은 청구법인에게 쟁점자회사 가치 상승이라는 경제적 수익을 기대하게 하였으며, 반면 처분된 쟁점채권은 실질적 비용이 없는 무가치 채권이었으므로 경제적 이익을 발생시킨 합리적 행위로서 부당행위계산에 해당하지 않는다. 즉, 출자전환으로 인한 장부상 손실은 청구법인의 장래 이익 극대화를 위한 정당한 거래로 인한 손실로서 손금산입되어야 한다.


(2) 쟁점출자전환은 쟁점자회사의 완전자본잠식을 해소하고, 재무제표에 대한 외부감사인의 적정의견을 확보하며, 대형 고객사 유치와 경영정상화를 통해 궁극적으로 청구법인의 경영을 정상화하기 위해 이루어진 것으로서, 사업상 본질적이고 건전한 목적에 따른 거래이며, 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 보더라도 일반적이고 정상적인 행위로 평가되므로 「법인세법」상 부당행위계산의 대상이 되지 않는다.


(가) 청구법인은 쟁점자회사와 관련된 사업 외에는 별도의 영업활동을 영위하지 아니하였으며, 쟁점자회사의 존속 여부가 곧 청구법인의 존속 여부를 결정하는 구조였다. 외부감사인은 완전자본잠식 상태로는 회계의 기본원칙인 계속기업 가정이 충족되지 않아 재무제표에 대해 적정의견을 제시할 수 없으며, 그 해결책으로 주주채무의 출자전환에 의한 자본잠식 해소를 권고하였다.


(나) 이러한 상황에서 쟁점자회사는 신규 대형 고객사(D)를 유치할 가능성이 생겼고, 고객사 계약을 위해서도 재무구조의 건전성과 외부감사인의 적정의견 확보가 필수적이었다. 완전자본잠식 해소를 위한 현실적 대안은 쟁점출자전환 외에 존재하지 않았으며, 이는 기업회생절차에서도 일반적으로 이루어지는 통상적인 거래 형태였다.


(다) 청구법인이 쟁점출자전환을 선택한 것은 단순히 특수관계자 지원이 아니라, 청구법인 자신의 존속과 투자회수를 위한 필연적이고 건전한 경영판단이었다. 따라서 쟁점출자전환은 사회통념상 비정상적 행위가 아니며, 상관행적으로도 정상적인 거래에 해당한다.


더 나아가, 설령 청구법인이 쟁점자회사의 주주가 아닌 독립된 채권자였다 하더라도, 이미 가치를 상실한 쟁점채권을 주식으로 전환함으로써 기존에는 전혀 기대할 수 없었던 미래 현금유입 가능성을 확보할 수 있는 상황이었다면, 동일하게 출자전환에 동의했을 것이다. 이러한 거래 형태는 일반적인 기업회생절차에서도 빈번히 확인되며, 채무자의 재무구조 악화로 회수가 불가능한 채권을 포기하고 신주를 취득하는 출자전환은 상관행상 비경상적일 수는 있어도 일반적이고 정상적인 거래 형태로 인정된다.


(3) 쟁점출자전환은 청구법인의 존속 위기 상황에서 경영 정상화를 위한 불가피한 조치로, 제3자 간에도 동일하게 이루어질 수 있는 통상적 거래에 해당하므로 부당행위계산 대상이 아니다.


(가) 청구법인은 쟁점자회사와 관련된 사업 외에 영업활동이 없었고, 자본잠식 상태를 해소하지 못하면 회사 존속 자체가 불가능한 상황이었다. 신규투자 유치도 불가능하였으므로 선택 가능한 현실적 대안은 출자전환뿐이었다. 따라서 본 건 출자전환은 불가피한 경영상 판단이었다.


(나) 당시 쟁점자회사는 2015년 이후 완전자본잠식 상태가 지속되고 있었고, 순금융자산은 음수였으며, 유형자산 또한 설비 노후화로 인해 실질적으로 고철 수준의 가치만을 보유하고 있었다. 따라서 청산가치는 사실상 ‘OOO’에 가까웠으며, 이러한 상황에서는 채권자가 회수 불가능한 채권을 지분으로 전환하여 기업회생을 시도하는 것이 통상적이고 합리적인 선택이었다.


이는 쟁점자회사가 청산된다고 하더라도 청구법인이 회수할 수 있는 금액이 없다는 것을 의미하는 것이며, 사실상 청구법인이 쟁점출자전환 이전부터 계속하여 경영정상화 가능성이 불투명한 쟁점자회사를 청산시키지 아니한 이유이기도 하다.


(다) 처분청은 단순히 장부상 손실과 채무면제이익을 근거로 부당행위계산부인의 대상이라고 주장하나, 이는 경제적 합리성 결여를 입증하기에 부족하다. 반면 청구법인이 제출한 주식평가보고서와 감사보고서는 출자전환 이전부터 청구법인과 해외자회사가 모두 존속불확실 상태에 있었다는 객관적 근거를 제시한다. 이러한 상황에서 단순히 조세회피 목적의 행위였다고 추정하는 것은 개연성이 없다.


(4) 처분청의 답변은 아래와 같이 타당하지 아니하다.


(가) 처분청은 출자전환에 의한 손실이 손금에 산입되기 위해서는 객관적인 사유가 있어야 한다고 주장하나, 쟁점자회사의 완전자본잠식 상태, 외부감사 적정의견 확보 불가, 신규 고객사 유치 불가능 등 객관적인 사유는 명확하다. 이는 충분히 정당한 사유에 해당한다.


1) 회계의 기본원칙인 계속기업 가정이 충족되지 않으면 재무상태표의 자산ㆍ부채는 통상적 기업회계기준이 아닌 청산기준으로 평가되어야 하고, 이에 따라 일반적 회계기준의 적용 자체가 제한되므로 원칙적으로 적정의견을 제시할 수 없다. 완전자본잠식 회사는 채권자의 강제집행 등으로 파산 위험이 상존하는 등 계속기업 가정이 부정되는 것이 일반적이므로, 계속된 완전자본잠식 상태의 해외자회사에 대해 적정의견을 받을 수 없었다는 점은 객관적으로 입증된다.


2) 통상 고객사는 안정적 공급을 전제로 계약 전에 공급자의 재무건전성을 확인하는바, 공급자가 완전자본잠식 상태라면 계속기업 불확실성으로 인한 공급리스크가 높아 신규 공급계약을 체결하지 않는 것이 일반적이다.


(나) 만약 청구법인이 독립된 개별 법인으로서 단순히 쟁점자회사에 대한 채권만 보유하고 있었다 하더라도, 쟁점채권을 전혀 회수할 수 없는 상황에서 쟁점출자전환을 통해 쟁점자회사의 경영정상화를 기대하고 향후 배당 등으로 현금 유입 가능성이 조금이라도 있다고 판단하였다면, 당연히 출자전환에 동의하였을 것이다.


참고로, 2015년 ㈜E의 출자전환 사례에서도 다수의 특수관계가 없는 채권자들이 채무 상환이 곤란한 상황에서 출자전환에 동의하여 채권을 포기하고 소액주주로 전환된 바 있으며, 이후 경영정상화가 이루어져 배당이 실시되었다. 이러한 사례는 회수가능성이 없는 채권을 지분으로 전환하는 출자전환이 제3자 간에도 일반적으로 이루어질 수 있는 거래임을 뒷받침한다.


(다) 처분청은 출자전환 당시 일시적으로 주식가치가 상승하였으나 이후 주식양도 시점의 평가가치가 ‘OOO’이었음을 이유로 경제적 이익이 발생하지 않았다는 의견이다. 그러나 부당행위계산의 판단 기준은 거래의 결과가 아니라 거래 당시의 경제적 합리성과 의사결정의 타당성에 있다.


더구나 쟁점자회사는 완전자본잠식 상태로, 청구법인 외에도 다수의 채권자에 대한 채무가 존재하였고, 주요 자산인 부동산은 폴란드 정부의 특혜 조건으로 취득되어 처분이 제한되어 있었으며, 기계장치 등 주요 유형자산 역시 노후화되어 사실상 고철 수준의 처분가치만을 가진 상태였다. 이러한 사정을 종합하면, 청산을 통한 채권회수는 사실상 불가능하거나 극히 미미하였음이 명백하다.


(라) 처분청은 쟁점출자전환을 통해 쟁점자회사의 채무부담을 면제하면서 COOO에 쟁점자회사를 무상으로 이전하였다고 주장하나, 쟁점자회사 주식양도는 COOO이 사업구조상 부를 편취하거나 특수관계자의 이익을 도모할 가능성을 차단하기 위해 이루어진 정상적인 거래이다.


1) 처분청은 제3자 간 거래였다면 OOO원의 채무를 부담한 상태로 인수하였을 것이므로, 채무부담을 제거한 후의 양도는 사실상 무상이전이라고 주장한다. 그러나 제3자간 M＆A에서도 자본잠식 상태의 법인은 부채를 정리한 후 인수하는 것이 통상적이며, 쟁점자회사의 부채감소를 통해 순자산이 증가한 것은 재무구조 개선의 결과일 뿐 주식가치를 무상으로 감액시킨 행위가 아니다.


청구법인 또한 2020년 M＆A 이전에 종전 주주에 대한 채무는 모두 면책되었고, 다른 제3자에 대한 채무 중 73%는 출자전환된 후 무상감자되는 형식으로 대부분 면책된 상황에서 M＆A 협의가 진행되었다. 대부분의 채무가 면책된 이후 C가 유상증자를 통하여 청구법인의 지분 79%를 취득하였고, 청구법인은 증자된 자금으로 제3자에 대한 잔여 채무를 모두 상환하였다.


2) 오히려 처분청의 주장대로 COOO이 OOO원의 채무를 그대로 인수하였다면, COOO이 쟁점자회사를 고가로 취득한 부당행위가 되어 오히려 과세 위험이 발생하였을 것이다.


실제로 쟁점자회사는 COOO의 자회사에 대한 매출비중이 40%에 달하는 점, 사실상 신규 투자금액의 회수가 불확실한 점, COOO은 2017년부터 그룹 내 본부 역할을 수행하며 계열사의 모든 추가 출자를 수행하고 있던 점 등의 사정을 고려할 때, 청구법인이 직접 유상증자에 참여할 경우 COOO의 자회사가 안정적 원재료를 공급받도록 지원하는 것으로 해석되거나 투자금액의 회수가 불확실하여 그룹의 본부인 COOO이 해야 할 출자를 청구법인이 대신하는 것으로 보여질 수도 있다고 판단하였다. 따라서 경영진은 COOO이 직접 유상증자를 실시하는 것으로 의사결정을 하였다.


또한 COOO과 C의 지배를 받는 청구법인이 공동으로 쟁점자회사의 주주가 되는 것은 주주간에 이익 분여의 위험이 야기될 수 있으므로 COOO이 쟁점자회사의 100% 지분을 보유하는 구조로 결정하였다. 이에 청구법인은 소액주주들과 함께 한 주주총회 특별결의를 거쳐, 보충적평가방법에 따라 주식가치가 ‘OOO원’으로 평가된 점을 반영하여 2023년 9월 쟁점자회사 주식을 OOO원에 양도하였다.


그 이후 COOO은 OOO원을 초과하는 금액을 유상증자로 납입하였으며, 향후 추가 투자도 계획 중이다. 이는 단순한 무상이전이 아니라 사업적 필요와 경제적 합리성에 근거한 경영결정이었다.


(마) 처분청이 주장하는 바와 달리 청구법인은 보충적평가방법에 따라 적정하게 산출된 가액으로 쟁점자회사 주식을 양도하였으므로, 특수관계인에게 이익을 분여하거나 증여한 사실이 없다.


(5) 처분청은 쟁점출자전환에 따른 대손금을 접대비로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인과 쟁점자회사 간에는 재화나 용역의 거래관계가 존재하지 않고 오로지 투자ㆍ피투자 관계만이 존재한다. 따라서 투자활동만을 수행하는 청구법인이 사업의 본질적 목적에 따라 출자전환을 한 것은 정상적인 투자행위에 해당하며, 거래관계를 보다 원활하게 하기 위한 접대비로 볼 수 없다.


나. 처분청 의견


(1) 쟁점출자전환은 경제적 합리성을 결여한 것으로 부당행위계산부인의 대상에 해당한다.


(가) 대법원은 출자전환의 법적 성격을 상계로 보면서, 그 개념을 단독행위뿐만 아니라 계약형식에 의한 상계도 포함하는 넓은 의미로 보고 있다(대법원 2010.9.16. 선고 2008다97218 전원합의제 판결, 참조). 따라서 출자전환으로 취득한 주식의 시가를 초과하는 부분에 대해서는 채권자법인이 그 채권을 포기한다는 의사 또는 채무자법인의 채무를 면제한다는 의사가 포함되어 있음은 명확하다.


(나) 출자전환에 따른 채권처분손실을 손금으로 산입할 수 있는지와 관련하여 부당행위계산부인의 적용 여부를 판단하는 기준을 대법원 판례(대법원 2010.1.14. 선고 2009두12822 판결, 참조)를 살펴 보면, 해당 사건 원고가 자회사를 상대로 갖는 채권을 출자전환한 사안으로 원고와 자회사의 상호간의 거액 담보 및 보증 관계, 자회사의 영업부진의 원인은 완전자본잠식 상태에 있었으므로 자본의 확충 또는 채무의 감축이 필수적이었던 점, 자회사의 자산은 다른 채권자에게 이미 담보로 제공되었고, 출자전환 후 자회사는 2년도 채 지나지 않아 파산에 이른 점, 화의절차 후 원고의 채권액은 장부가액인 OOO원보다 적은 OOO원에 불과한 점 등을 근거로 해당 사건의 출자전환의 경제적 합리성을 인정하였다. 해당 판례에 비추어 보면 출자전환손실이 손금으로 인정되기 위해서는 적어도 채권자법인이 채무자법인에 출자전환을 함으로서 채권자법인에게 어떠한 법적 이익이 있어야 한다.


(다) 위 대법원 판결의 판단 기준을 이 건에 적용하면, 쟁점출자전환에 경제적 합리성이 인정되지 않는다.


1) 청구법인은 쟁점자회사의 채권자에게 거액의 담보를 제공하였다거나, 인적보증을 하였다는 사정이 보이지 않는다. 청구법인은 쟁점자회사가 완전자본잠식 상태에 빠진 2015년경 이래로 쟁점출자전환과 같은 행위를 전혀 고려하지 않았는데, 이는 위와 같이 채권미회수 외에 추가적인 손실이 발생할 우려가 없기 때문이다.


2) 청구법인은 쟁점자회사가 주식회사 D의 신규 구매처로 등록되어 이차전지용 부분품(OOO)을 납품하는 새로운 사업기회를 얻기 위한 것이나, 청구법인은 그와 같은 사업기회의 제공이 있었는지, 그러한 사업기회제공을 받기 위해서는 해외자회사의 완전자본잠식을 해소할 필요가 있었는지에 대해서는 구체적인 설명이나 자료를 제출하고 있지 않다. 즉, 굳이 약 OOO원이나 되는 출자전환손실을 감수하면서까지 쟁점출자전환을 하여야 할 경영상 이유가 존재하지 않는다.


3) 쟁점자회사는 2021사업연도 감사보고서상 약 OOO원의 비유동자산을 보유하고 있었다. 그리고 이러한 자산이 쟁점자회사의 채권자들에게 담보로 제공된 것으로 보이지도 않는다. 쟁점자회사는 상당한 비유동자산을 갖고 있으므로 청구법인의 출자전환 채권의 회수 가능성이 희박하다고 할 수 없다.


청구법인의 국내사업장은 이미 사업이 중단되었고 쟁점자회사는 계속 운영하여도 손실만 발생하는 상황이라면, 청구법인의 입장에서는 쟁점자회사의 자산을 매각하여 청산하고 채권을 일부라도 회수하는 것이 경제적으로 합리적인 판단일 것이다.


4) 위 대법원 판결에서는 자회사의 취약한 재무구조를 개선하기 위하여 자회사는 원고의 채권을 출자전환할 것을 제의하여 원고를 비롯한 다른 화의채권자들의 동의를 얻었고, 이에 따라 같은 날 위 법원에서 화의인가결정을 받은 사실이 드러나 있다. 그러나 이 건의 경우 청구법인의 일방적인 주장 외에는 쟁점출자전환이 해외자회사의 경영을 정상화시키기 위한 유일한 방안이라는 사실을 확인하기 어렵다.


5) C의 입장에서 보면, 영업활동이 전혀 없는 청구법인의 존속 여부보다는 해외 현지에서 지속적으로 거래해 온 쟁점자회사를 유지하는 것이 더 중요하였을 것이다. 따라서 청구법인이 보유한 쟁점자회사를 인수하거나 유상증자를 통해 직접 투자하는 것이 통상적인 거래 형태이다.


그러나 제3자간 거래라면 C는 약 OOO원의 채무를 부담해야 하므로, 이를 회피하기 위해 청구법인이 쟁점출자전환을 통해 해당 채무를 면제하고, 실질적 가치가 없는 쟁점자회사 주식을 특수관계법인인 COOO에 OOO원에 양도하였다. 그 결과 COOO은 아무런 실질적 대가 없이 쟁점자회사를 인수하게 되었으며, 청구법인은 이 거래를 통해 어떠한 경제적 이익도 얻지 못하였다.


C와 COOO은 모두 F 및 그 가족이 지배하는 특수관계법인이다. 청구법인은 2022년 9월 쟁점출자전환 이후 불과 1년이 되지 않아 2023년 9월 쟁점자회사 주식 100%를 COOO에 양도하였다. 그 직후인 2023년 12월 C는 다시 특수관계사인 COOO에 청구법인의 지분 100%를 전부 양도하여 최종적으로는 COOO이 청구법인과 쟁점자회사의 지배주주가 되었다.


이 과정에서 청구법인의 쟁점채권은 소멸하고, 쟁점자회사 주식의 평가는 일시적으로 OOO원으로 증가하였다가 곧 다시 OOO원으로 하락하였으므로, 출자전환 당시에도 주식가치는 실질적으로 OOO원으로 볼 수 있다. 따라서 쟁점출자전환은 쟁점자회사의 채무 OOO원을 면제하기 위한 거래로 판단되고, 결과적으로 특수관계사인 COOO은 채무에 대한 부담없이 쟁점자회사를 무상으로 인수하게 되었다.

(2) 쟁점출자전환에 따른 출자전환채권처분손실은 손금의 일반적 요건인 통상성을 갖추지 못한 것으로 손금에 산입될 수 없다.




일반적으로 인정되는 통상적인 비용이란 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 뜻하고, 그러한 비용에 해당하는지는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 하며(대법원 2024.9.12. 선고 2021두35308 판결, 참조), 이와 마찬가지로 손실의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인에도 동일한 상황 아래에서 발생하였을 것으로 인정되는 손실이어야만 일반적으로 인정되는 통상적인 손실로 인정할 수 있다.


(나) 쟁점출자전환 당시 쟁점자회사는 이미 완전자본잠식 상태로, 그 주식가치는 청구법인의 주장에 의하더라도 주당 OOO원에 불과하여 액면가에도 미달한 상황이었다. 그럼에도 청구법인은 쟁점자회사의 주식이 사실상 별다른 가치를 지니지 않음을 충분히 인식하면서 약 OOO원의 출자전환손실이 발생하는 쟁점출자전환을 실시하였다.


아울러 청구법인은 쟁점자회사의 완전자본잠식 상황으로 인해 보증의무 이행 등 추가적인 손실이 발생할 가능성도 없었고, 쟁점자회사를 계속 유지하거나 재무건전성을 확보해야 할 법적 의무도 없었다. 그럼에도 청구법인은 쟁점자회사의 자본잠식이 2015년부터 지속되어 왔음에도 별다른 조치를 취하지 않다가, 갑자기 쟁점채권의 약 1/9에 해당하는 금액만큼의 주식을 취득하고 나머지 채권을 포기하는 것은 이례적이다. 특히나 청구법인은 스스로 주장하는 것처럼 쟁점자회사에 대한 매출 외에는 다른 매출이 없는 상환인데, 사실상 유일한 자산이라고 할 수 있는 쟁점채권을 쉽게 포기하는 것은 납득하기 어렵다.


(다) 청구법인은 출자전환을 한 이유에 대해 주식회사 D의 신규 구매처로 등록되기 위함이라고 지속적으로 설명하고 있으나, 그러한 기회가 정말로 존재하였는지, 그 기회를 얻게 된 경위가 무엇인지, 신규 구매처로 등록되기 위해 재무건전성에 대한 요구가 명시적으로 있었는지 등에 대해서는 구체적인 설명을 하고 있지 못한다. 실제로 쟁점출자전환이 있었음에도 쟁점자회사는 주식회사 D의 신규 구매처로 등록된 것도 아니다.

(라) 쟁점출자전환 전후 사정을 살펴보면, C는 2020년 5월 유상증자를 통해 청구법인의 지배권을 확보하였고, 그로부터 약 2년이 지난 2022년 쟁점출자전환을 통해 쟁점자회사의 채무를 탕감한 다음, 2023년 쟁점출자전환을 통해 취득한 주식을 포함한 쟁점자회사 주식 전체를 COOO(C의 소유주인 F가 대표자로 있음)에 저가에 양도하였다. 따라서 쟁점출자전환은 쟁점자회사의 경영정상화라는 목적보다는 COOO이 채무 부담 없이 쟁점자회사를 무상으로 인수하기 위한 것으로 보는 것이 타당하다.


(마) 이 건과 사실관계가 유사한 서울행정법원 판결(서울행정법원 2025.4.11. 선고 2023구합85628 판결)은 해외자회사가 채무초과상태 등에 있었다고 하더라도 달리 자회사에 대한 지분율을 높여야 할 필요성이 없고, 발주처 등이 재무건전성의 개선을 요구하고 있지 않던 등의 상황에서 해외자회사에 대한 대여금 채권의 출자전환으로 인해 발생한 손실은 통상성을 인정할 수 없으므로 손금에 산입할 수 없다고 판단하였다.


위 사건에서 원고는 출자전환손실이 손금으로 인정된 다른 사건이 해당 사건에 적용되어야 한다는 취지로 주장하였는데, 재판부는 해당 사건 원고가 주장한 사건에는 사업을 철수하면서 해외자회사의 주식을 양도하고 양수인측의 요구로 구상채권을 포기한 사안 또는 해외 법령상 해외자회사의 자본잠식이 과다하게 발생할 경우 건설면허가 무효로 간주되는 등의 사정이 있으나, 위 사건에는 그러한 사정이 없이 적용될 수 없다고 명시적으로 판단하였다. 이 건도 마찬가지로 청구법인이 쟁점자회사에 대한 채권을 포기하거나 재무건전성을 확보해야 할 법적 의무가 있는 사안이 아니라는 점에서 위 판결의 취지는 이 건에도 그대로 적용될 수 있다.


나아가 위 판결은 출자전환손실은 「법인세법」 제19조의2 제1항에서 규정한 손금에 산입되는 대손금에 해당하지 않는데, 출자전환손실을 손금으로 산입할 수 있도록 한다면 대손금 조항을 회피하는 결과에 이를 수 있다는 점을 명확하게 밝히고 있는데, 이러한 대손금 조항 회피 결과는 이 건 처분에서도 고려되어야 한다.


(3) 쟁점출자전환에 따른 출자전환채권처분손실이 부당행위계산부인의 대상이 되지 아니하고, 손금의 일반적인 요건을 충족한다 하더라도, 출자전환손실은 「법인세법」 제19조의2에 따라 손금에 산입되는 대손금에 해당하지 아니하고, 예외적으로 손금산입할 수 있는 경우에 해당하지도 않으며, 이 경우 출자전환채권처분손실은 그 성격이 접대비로서 법정한도 내에서만 손금 산입되고, 이를 초과하는 금액은 손금불산입되어야 한다.



3. 심리 및 판단


가. 쟁점


2022사업연도 출자전환으로 인한 채권처분손실과 2023사업연도 출자전환으로 취득한 쟁점자회사 주식의 처분손실을 손금에 산입하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재


다. 사실관계 및 판단


(1) 처분청이 제시한 청구법인 등의 지배구조 및 거래구조도는 아래와 같다.


＜청구법인과 쟁점자회사 지배구조＞

○○○


＜자본거래 관계도＞

○○○


(2) 청구법인과 쟁점자회사의 재무상태표는 아래와 같다.


(가) 쟁점자회사의 재무상태표는 아래와 같고, 2015사업연도부터 출자전환 전까지 계속하여 완전자본잠식상태인 것으로 나타난다.


＜쟁점자회사의 재무상태표＞

○○○


(나) 2021사업연도말 청구법인의 재무상태표는 ＜표2＞와 같고, 양측은 청구법인이 쟁점자회사에 대한 매출 외 다른 영업활동이 없는 것에 대해서는 이견은 없다.


＜표2＞ 2021사업연도 말 청구법인의 재무상태표

○○○


(3) 청구법인의 쟁점출자전환과 쟁점자회사 주식 처분 시 한 회계처리와 경정청구 내용은 각 아래와 같다.


(가) 청구법인은 2022사업연도 쟁점출자전환 시, 2023사업연도 쟁점자회사 주식 처분시 아래와 같이 회계처리하고, 2022사업연도 법인세 신고시 회계상 계상된 손익을 모두 부인하는 세무조정(반대조정)을 하면서 출자전환으로 인한 채권처분손실을 손금에 산입하지 않았다.


＜청구법인의 회계처리＞

○○○


(나) 이후 청구법인은 2022사업연도 채무의 출자전환에 따라 취득한 주식의 가액은 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제4호의2에 따라 취득 당시 시가로 계상하되, 쟁점채권 장부가액과의 차액을 출자전환채권처분손실로 인식하여야 하고, 2023년 ㈜COOO에 쟁점자회사 주식을 양도할 당시 주식처분손실을 손금으로 인식하여야 한다며 2024.8.27. ① 2022사업연도 출자전환채권처분손실 OOO원 중 구상채권 처분손실 OOO원을 제외한 잔여 금액 OOO원과 ② 2023사업연도 쟁점자회사 주식처분손실 OOO원을 손금에 산입하여 이월결손금을 증액해야 한다는 취지의 경정청구를 제기하였다.


(다) 청구법인은 2022사업연도 출자전환으로 취득한 주식의 시가를 OOO원으로 산정하였는데, 이는 2024.10.25. G이 상증세법 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에서 규정하는 보충적 평가방법으로 평가한 가액(평가기준일 : 2022.9.8.)으로 세부 내역은 아래와 같고, 유상증자 조정액으로 인해 손익의 가치가 양의 금액으로 전환된 것으로 나타난다.


＜표3＞ 2022.9.8. 쟁점자회사 주식가치 평가액

○○○



＜표4＞ 출자전환 전 후 쟁점자회사 주식가치 평가액 변동

○○○


＜순자산가치＞

○○○


＜순손익가치＞

○○○


(라) 처분청은 쟁점출자전환이 쟁점자회사의 채무를 면제한 것으로서 경제적 합리성이 결여된 것으로 보아 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제3호의 부당행위계산부인 규정을 적용하여 2025.5.16. ① 2022사업연도 출자전환채권으로 인한 채권처분손실 OOO원과 ② 2023사업연도 주식처분손실 중 쟁점출자전환으로 취득한 주식의 처분손실 OOO원에 대한 경정청구를 거부하고, 그 외 쟁점자회사 주식 처분손실 OOO원은 손금으로 인정하였다.

(마) 처분청은 쟁점자회사가 2015년부터 2022년까지 계속 자본잠식된 상황에서 2020.12.31. G이 작성한 ‘현금흐름할인법에 의한 주식평가보고서’상 미래 현금흐름을 음수로 예측하여 주식가치가 없는 것으로 평가하였고, 쟁점출자전환 이후 2023년 9월 쟁점자회사 주식을 양도할 당시에도 평가금액이 OOO원이었으므로 2022년 출자전환으로 취득한 주식의 시가가 OOO원이라는 의견이다.


관련하여 2021.2.15. G이 평가기준일을 2020.12.31.로 하여 쟁점자회사 주식을 현금흐름할인법(DCF)을 통한 공정가치를 산정하였고, 그 결과 공정가치는 OOO원으로 산정된 것으로 나타난다.


＜현금흐름할인법에 의한 쟁점자회사 주식 공정가치, 2020년 말＞

○○○


(4) 그 외 청구법인이 제출한 자료는 아래와 같다.


(가) 청구법인은 2023년 쟁점자회사를 다음과 같은 사유로 COOO에 매각하게 되었고, 이후 쟁점자회사를 인수한 COOO은 OOO원을 유상증자하는 등 폴란드법인 정상화를 위해 노력하고 있으며, 쟁점자회사는 2025년부터 안정적인 흑자전환이 되고 있다고 주장한다.


＜쟁점자회사 매각사유＞

○○○

(나) 청구법인이 제출한 2021∼2024사업연도 쟁점자회사의 감사보고서(국문번역본)에 의하면 2021∼2022사업연도는 감사인이  "재무제표에 대한 감사의견을 표명할 근거가 되는 충분하고 적법한 감사증거를 확보할 수 없었다”며 감사의견을 거절하였고, 2023∼2024사업연도에는 적정의견을 표시한 것으로 나타난다.


(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여, 살펴본다.


(가) 먼저 2022사업연도 출자전환으로 인한 채권처분손실과 관련하여,


1) 출자전환은 채무의 일부 또는 전부를 변제하기 위하여 채무자가 채권자에게 지분증권(주식)을 발행하는 방식으로 타인자본을 자기자본으로 전환하는 자본구조의 변경을 통해 부채를 조정하는 채권ㆍ 채무조정의 한 유형인바, 신주발행 방식의 출자전환으로 기존채권의 변제에 갈음하기로 한 경우 채권자와 채무자 사이에 출자전환으로 인하여 소멸되는 기존채권의 가액에 관한 합의가 있으면 그에 따르고, 합의가 없는 때에는 특별한 사정이 없는 한 신주발행의 효력발생일을 기준으로 신주의 가액을 평가하여 그 평가액 상당의 기존채권이 변제된 것으로 봄이 상당하다(대법원 2008.7.24. 선고 2008다18376 판결, 참조).


2) 청구법인은 쟁점출자전환은 완전자본잠식 상태인 쟁점자회사의 경영정상화와 청구법인의 투자금 회수를 위한 유일ㆍ불가피한 방안으로 경제적 합리성을 갖춘 정상적인 거래라고 주장하나,


청구법인은 쟁점출자전환을 통해 OOO원에 달하는 미회수채권 대신 당시 시가 OOO원(상증세법 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 평가한 가액)인 주식을 취득한 점, 경영정상화를 위한 목적 외에 구매처로부터 재무건전성에 대한 요구가 있었다거나 채권자로부터 지급보증채무의 이행을 요구받았다는 등의 쟁점출자전환을 할 수 밖에 없는 불가피한 상황에 있었다고 볼만한 사정이 확인되지 아니하는 점, 청구법인은 쟁점출자전환 후 1년 뒤 쟁점자회사를 COOO에 사실상 OOO원에 양도하였는바, 쟁점출자전환이 청구법인이 주장하는 쟁점자회사의 재무구조를 개선하여 경영정상화를 하기 위한 목적이라고 보기 어렵고, 쟁점출자전환으로 인해 청구법인에게 달리 경제적 이득이 있었다고 보기 어려운 점, 쟁점자회사가 보유한 유형자산 및 채권 등이 존재하고, 청산가치가 OOO이라는 볼 만한 자료는 제출되지 아니하였으며, 결과적으로 위와 같이 쟁점자회사를 사실상 OOO원에 매각하였는바, 쟁점자회사를 청산하여 쟁점채권의 일부라도 상환하는 방안 등이 없었다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점출자전환을 경제적 합리성이 결여된 것으로서, 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제3호의 부당행위계산부인 적용 대상으로 보아 2022사업연도 출자전환채권처분손실을 손금에 산입해 달라는 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.


(나) 다음으로 2023사업연도 출자전환으로 취득한 쟁점자회사 주식처분손실과 관련하여,


처분청은 2023사업연도 쟁점자회사 주식처분손실 중 쟁점출자전환으로 취득한 주식의 처분손실 OOO원을 제외한 나머지 처분손실만 손금으로 인정하였으나,


「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제4의2호에 따르면 채무의 출자전환에 따라 취득한 주식은 취득 당시 시가로 한다고 규정하고 있고, 2022년 출자전환 당시 쟁점자회사주식에 대해 확인되는 시가가 없는 바, 당시 출자전환으로 취득한 쟁점자회사주식의 취득가액은 상증세법 제63조 등에 따른 보충적평가방법으로 산정한 OOO원으로 봄이 타당한 점, 처분청은 쟁점자회사 주식을 현금흐름할인법을 통해 평가한 가액이 OOO원이고, 2023년 9월 쟁점자회사 주식 양도 당시 시가도 OOO원이므로 출자전환 당시 시가가 사실상 OOO원이라는 취지에서 2023사업연도 주식처분손실을 인정하지 아니한 것으로 보이나, 위 현금흐름할인법을 통해 평가한 가액의 평가기준일은 2020.12.31.이고, 상증법상 평가방법은 유상증자 조정액이 순손익가치 산정에 고려되면서 양의 가치가 발생된 것으로 보이며, 달리 상증법상 평가된 금액에 오류가 있다는 정황도 확인되지 않은 점 등에 비추어, 2022사업연도 출자전환으로 인해 취득한 쟁점자회사 주식의 취득가액이 OOO원으로 인정되는 이상, 2023년 해당 주식의 양도 시 이를 처분손실로 인식하는 것이 타당한 것으로 판단된다.


(다) 따라서 이 건 경정청구 거부처분은, 출자전환으로 취득한 주식의 취득가액에 대한 처분손실 OOO원을 2023사업연도 손금에 산입하여 이월결손금을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.



4. 결론


이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.





＜별지＞ 관련 법령 등


(1) 법인세법


제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 " 손비" (損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.


제19조의2(대손금의 손금불산입) ① 법 제19조의2제1항에서 " 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권" 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 「상법」에 따른 소멸시효가 완성된 외상매출금 및 미수금

2. 「어음법」에 따른 소멸시효가 완성된 어음

3. 「수표법」에 따른 소멸시효가 완성된 수표

4. 「민법」에 따른 소멸시효가 완성된 대여금 및 선급금

5. 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권

5의2. 「서민의 금융생활 지원에 관한 법률」에 따른 채무조정을 받아 같은 법 제75조의 신용회복지원협약에 따라 면책으로 확정된 채권

6. 「민사집행법」 제102조에 따라 채무자의 재산에 대한 경매가 취소된 압류채권

7. 물품의 수출 또는 외국에서의 용역제공으로 발생한 채권으로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하여 무역에 관한 법령에 따라 「무역보험법」 제37조에 따른 한국무역보험공사로부터 회수불능으로 확인된 채권

8. 채무자의 파산, 강제집행, 형의 집행, 사업의 폐지, 사망, 실종 또는 행방불명으로 회수할 수 없는 채권

9. 부도발생일부터 6개월 이상 지난 수표 또는 어음상의 채권 및 외상매출금[중소기업의 외상매출금으로서 부도발생일 이전의 것에 한정한다]. 다만, 해당 법인이 채무자의 재산에 대하여 저당권을 설정하고 있는 경우는 제외한다.

9의2. 중소기업의 외상매출금 및 미수금(이하 이 호에서 " 외상매출금등" 이라 한다)으로서 회수기일이 2년 이상 지난 외상매출금등. 다만, 특수관계인과의 거래로 인하여 발생한 외상매출금등은 제외한다.

10. 재판상 화해 등 확정판결과 같은 효력을 가지는 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것에 따라 회수불능으로 확정된 채권

11. 회수기일이 6개월 이상 지난 채권 중 채권가액이 30만원 이하(채무자별 채권가액의 합계액을 기준으로 한다)인 채권

12. 제61조 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따른 금융회사 등의 채권(같은 항 제13호에 따른 여신전문금융회사인 신기술사업금융업자의 경우에는 신기술사업자에 대한 것에 한정한다) 중 다음 각 목의 채권

가. 금융감독원장이 기획재정부장관과 협의하여 정한 대손처리기준에 따라 금융회사 등이 금융감독원장으로부터 대손금으로 승인받은 것

나. 금융감독원장이 가목의 기준에 해당한다고 인정하여 대손처리를 요구한 채권으로 금융회사 등이 대손금으로 계상한 것

13. 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조제10호에 따른 벤처투자회사의 창업자에 대한 채권으로서 중소벤처기업부장관이 기획재정부장관과 협의하여 정한 기준에 해당한다고 인정한 것


제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다) : 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산: 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 그 밖의 자산: 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

②제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.


제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 " 부당행위계산" 이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 " 시가" 라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.


(2) 법인세법 시행령


제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

4. 현물출자에 따라 출자법인이 취득한 주식등의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

가. 출자법인(법 제47조의2 제1항 제3호에 따라 출자법인과 공동으로 출자한 자를 포함하며, 이하 " 출자법인등" 이라 한다)이 현물출자로 인하여 피출자법인을 새로 설립하면서 그 대가로 주식등만 취득하는 현물출자의 경우: 현물출자한 순자산의 시가

나. 그 밖의 경우: 해당 주식등의 시가

4의2. 채무의 출자전환에 따라 취득한 주식등: 취득 당시의 시가.다만, 제15조 제1항 각 호의 요건을 갖춘 채무의 출자전환으로 취득한 주식 등은 출자전환된 채권(법 제19조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권은 제외한다)의 장부가액으로 한다.


제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 " 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우" 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제19조제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다.


제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종 시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조제1항제1호다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며,「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 " 직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)" 은 각각 " 직전 6개월" 로 본다.

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 하여는 이를 적용하지 아니한다.


(3)　국제조세조정에 관한 법률


제3조(다른 법률과의 관계)

① 이 법은 국세와 지방세에 관하여 규정하는 다른 법률보다 우선하여 적용한다.

②국제거래에 대해서는 「소득세법」 제41조와 「법인세법」 제52조를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자산의 증여 등에 대해서는 그러하지 아니하다.


(4) 국제조세조정에 관한 법률 시행령


제3조의2(부당행위계산 부인의 적용 범위) 법 제3조 제2항 단서에서 " 대통령령으로 정하는 자산의 증여 등" 이란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 자산을 무상(無償)으로 이전(현저히 저렴한 대가를 받고 이전하는 경우는 제외한다)하거나 채무를 면제하는 경우


(5) 법인세법 기본통칙 19의 2…5(약정에 의한 채권포기액의 대손처리) 약정에 의하여 채권의 전부 또는 일부를 포기하는 경우에도 이를 대손금으로 보지 아니하며 기부금 또는 접대비로 본다. 다만, 특수관계자 외의 자와의 거래에서 발생한 채권으로서 채무자의 부도발생 등으로 장래에 회수가 불확실한 어음ㆍ수표상의 채권 등을 조기에 회수하기 위하여 당해 채권의 일부를 불가피하게 포기한 경우 동 채권의 일부를 포기하거나 면제한 행위에 객관적으로 정당한 사유가 있는 때에는 동 채권포기액을 손금에 산입한다.