OOO세무서장이 2024.12.2. 청구법인에게 한 법인세 합계 OOO원(2019사업연도분 OOO원, 2020사업연도분 OOO원)의 각 부과처분은 충청남도 OOO 및 같은 면 OOO 소재 토지가 불특정다수인이 이용하는 도로였는지 여부 및 그러한 도로로 이용된 기간 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요


가. 청구법인은 2009.4.8. 「부동산개발업의 관리 및 육성에 관한 법률」 (이하  "부동산개발업법”이라 한다)에 따라 부동산개발업 등록을 한 법인으로 2018.3.30. 충청남도 OOO 등 다수의 토지를 취득하여 공장용지 등으로 조성하였다가, 충청남도 OOO 등 필지(이하  "쟁점토지”라 한다)로 분할하여 2019~ 2020사업연도 중 OOO명에게 총 OOO원(2019사업연도 OOO원, 2020사업연도 OOO원)에 양도한 후 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하지 않은 것으로 보아 이에 대한 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고대상에서 제외하여 법인세 신고를 하였다.


나. 처분청은 쟁점토지가 ‘건설에 착공한 토지’가 아니므로 비사업용 토지에 해당한다고 보아 2024.12.2. 청구법인에게 법인세 합계 OOO원(2019사업연도분 OOO원, 2020사업연도분 OOO원)을 각 경정ㆍ 고지하였다.


다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.3. 이의신청을 거쳐, 2025.7.2. 심판청구를 제기하였다.



2. 청구법인 주장 및 처분청 의견


가. 청구법인 주장


(1) 먼저, 쟁점토지 중 매도 전에 건축 착공신고서가 제출된 토지는 비사업용 토지에 해당하지 아니한다.


(가) 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제5호는 ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지’를 비사업용 토지에서 제외하는 것으로 규정하고 있다.


(나) 쟁점토지 중 청구법인이 2019.11.12. A, B에게 매도한 ‘충청남도 OOO’ 소재 토지는 2019.8.16.과 2019.8.26.에 건축 착공신고서가 제출되었으므로 비사업용 토지에서 제외하여야 함에도 처분청은 이를 비사업용 토지로 보아 이 건 법인세 부과처분을 하였다.


(2) 쟁점토지 중 위 매도 전 건축 착공신고서가 제출된 토지를 제외한 토지는 ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지’에 해당하므로, 비사업용 토지에 해당하지 아니한다.


(가) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다.


(나) 청구법인은 부동산개발업법에 의한 부동산개발업자로서, 산업용지를 조성하여 타인에게 공급할 목적으로 충청남도 OOO 및 OOO 등 다수 필지를 취득한 후, 「국토의 이용 및 관리에 관한 법률」에 의하여 산지 및 농지에 대한 개발행위허가를 득한 후, 공장을 유치하고 분양하기 위한 개발부지 사용목적을 사전에 특정하기 위한 절차로 공장신설 승인을 받았다.


(다) 청구법인은 개발행위 허가를 받으면서 충청남도 OOO시장(OOO)으로부터 산지전용허가 및 농지전용허가를 받았는데, 충청남도 OOO시장은 농지전용 협의조건으로  "협의를 받은 후 정당한 사유없이 2년 이상 대지의 조성, 시설물 설치 등 농지전용목적 사업에 착수하지 않거나 농지전용목적사업에 착수한 후 1년 이상 공사를 중단한 경우 「농지법」 제41조의 규정에 의거 협의취소 등의 조치를 받을 수 있다”고 규정하였고, 공장신설 승인 후 공장부지 조성공사를 시행할 청구법인의 관계사인 주식회사 C는 2015.5.4. 「대기환경보전법」에 따른 공장신설 부지 조성공사를 위한 ‘특정공사 사전신고’와 「소음ㆍ진동관리법」에 따른 ‘비산먼지 발생사업 등 신고’를 마쳤다.


(라) 그 후, 청구법인은 공장신설승인 및 농지전용허가를 받은 충청남도 OOO 및 OOO 등 토지를 공장용지로 개발하기 위하여 토지분할측량을 한 후, 주식회사 C를 통해 공장부지 조성공사에 착공하여 그 공사를 완료하였고, 쟁점토지를 2019년도 OOO원에, 2020년도 OOO원에 양도하였다.


(마) 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제5호의 ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지’는 토지 취득자가 자신의 목적사업에 사용하기 위하여 당해 토지를 목적사업에 부합하는 건설에 착공한 경우를 의미한다고 할 것이고, 여기에서 말하는 ‘건설’은 건축물의 건축만을 의미하는 것이 아니라, 토지 취득자의 목적사업이 부동산개발업법에 의한 토지개발업이라면 ‘취득한 토지를 건설공사의 수행 방법으로 조성하는 행위’ 즉 ‘부지조성공사’도 포함한다고 해석해야 한다.


위 시행규칙에서 ‘건설’이 건축물의 건축만을 지칭한 것이었다면, ‘건축물의 건설’ 또는 ‘건축’이라고 명시하였어야 조세법률의 과세요건 명확화 원칙, 엄격해석의 원칙에 부합된다고 할 것이고, ‘건설’의 의미를 ‘건축물의 건설’ 또는 ‘건축’만을 의미하는 것으로 해석한다면 청구법인과 같이 부동산개발업법에 의하여 인정ㆍ보호되고 있는 ‘산업용지(공장용지, 산업용지, 대지 등)를 조성하여 타인에게 공급하는 부동산개발업’을 주된 목적사업으로 영위하는 법인의 경우에는 산업용지를 조성하여 타인에게 공급하더라도 비사업용 토지를 공급하는 것으로 보아 중과세가 되어 부동산개발업법의 입법취지와 모순되어 부당하다고 할 것이며, 특히 사업용 토지로 인정받기 위하여 목적사업과 관계없이 그 토지에 반드시 건축물을 건설해야 하는 불합리한 결론에 이르게 된다.


(바) 무엇보다도, ‘건설’의 의미가 ‘건축물의 건설’ 또는 ‘건축’만을 말하는 것이 아니라 ‘토지를 건설공사의 수행 방법으로 조성하는 행위’도 포함된다는 사실은 부동산개발업법의 규정에 의해서도 명확히 알 수 있다.


부동산개발업법 제2조 제1호는 부동산 개발행위를 정의하면서  "가. 토지를 건설공사의 수행 또는 형질변경의 방법으로 조성하는 행위”,  " 나. 건축물의 건축ㆍ대수선ㆍ리모델링 또는 용도 변경하거나 공작물을 설치하는 행위”라고 규정하여 건설공사와 건축물의 건축행위를 구분하고 있다.


(사) 그렇다면, 비사업용 토지 해당 여부를 판단함에 있어서 법문에도 없는 ‘건물’의 건축을 전제로 해석함은 조세법률주의에 위배되는 것이고, 나아가 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제5호에서 말하는 ‘건설에 착공한 토지’는 토지 취득자의 목적사업이 부동산개발업법에 따른 토지개발업이라면 ‘건설공사의 수행 방법으로 부지조성공사에 착공한 토지’를 의미한다고 할 것이므로, 쟁점토지 중 위 매도 전 건축 착공신고서가 제출된 토지를 제외한 토지는 비사업용 토지에 해당하지 아니한다.


(3) 청구법인의 항변 내용은 다음과 같다.


(가) 「건설산업기본법」 제2조 제4호는  "‘건설공사’란 토목공사, 건축공사, 산업설비공사, 조경공사, 환경시설공사, 그 밖에 명칭과 관계없이 시설물을 설치ㆍ 유지ㆍ 보수하는 공사(시설물을 설치하기 위한 부지조성공사를 포함한다) 등을 말한다”고 규정하고 있고, 같은 법 제4조는  "건설산업에 관하여 다른 법률에서 정하고 있는 경우를 제외하고는 이 법을 적용한다. 다만, 건설공사의 범위와 건설업 등록에 관한 사항에 대하여는 다른 법률의 규정에도 불구하고 이 법을 우선 적용한다”고 규정하고 있는바, 「건설산업기본법」은 건설공사를 토목공사, 건축공사 및 대지조성공사를 포함하는 개념이자, 건축공사와는 구분되는 개념으로 정의하고 있고, 건설공사의 범위, 즉, 건설공사의 내용은 다른 법률의 규정에도 불구하고 「건설산업기본법」을 우선하여 적용하고 있다.


그렇다면, 다른 법률에 우선하여 적용되는 「건설산업기본법」에 의하면 ‘건설’과 ‘건축’은 명백히 구분되는 개념이고, 「건축법」에 의하면 ‘건축’은 건축물을 신축ㆍ 증축ㆍ 개축ㆍ 재축하거나 건축물을 이전하는 것을 말하는 것인바, 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제5호가 ‘건설에 착공한 토지’라고 규정하고 있는 이상, 「건설산업기본법」에서 건설공사의 일부로 정의하고 있는 ‘부지조성공사’에 착공한 토지도 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제5호의 ‘건설에 착공한 토지’에 해당된다.


(나) 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제5호에서 말하는 ‘사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지’를 ‘건축물의 건축에 착공한 토지’로 해석하기 위해서는, 사업용으로 사용하기 위하여 취득한 ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지’가 「법인세법」 제55조의2 제2항의 비사업용 토지이면서도 건축물을 건축(신축)할 수 있는 토지, 즉 대지, 공장부지 또는 창고, 차고용 부지임을 전제로 한다고 할 것이다.


그러나, 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제5호는 단지 ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지’라고만 규정하고 있고, 이는 해당 규정의 취지상 ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 비사업용 토지’를 의미한다고 할 것이며, 「법인세법」 제55조의2 제2항은 농지, 임야, 목장용지도 비사업용 토지로 열거하고 있으므로, 결국 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제5호의 ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지’에는 건축물을 건축할 수 있는 토지뿐만 아니라 건축물을 건축할 수 없는 토지(농지, 임야, 목장용지 등)도 포함하는 것이라고 할 것이다.


그러한 이유로 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제5호가 ‘건축에 착공’이라고 명시하지 않고, 건설과 건축의 개념이 구분된다는 사실을 전제하여 시설물 설치를 위한 ‘부지조성공사’도 포함하는 ‘건설에 착공’이라고 명시하였다.


그렇다면, 이 건의 경우와 같이 청구법인이 건축물을 건축할 수 없는 쟁점토지(농지, 임야 등)를 취득하여 사업용으로 사용하기 위해 건설에 착공한다는 것은 건축물, 즉 공장시설물의 건축에 착공한다는 것이 아니라, 건설공사의 일부인 공장시설물 설치를 위한 ‘공장부지 조성공사’에 착공하는 것도 포함한다고 할 것이다.


이와 관련하여 대전고등법원은 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제5호는 그 문언상 단순히 ‘사업용으로 사용하기 위해 건설에 착공한 토지’가 아니라 ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 않은 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위해 건설에 착공한 토지’를 상정하고 있고, ‘지상에 건축물이 없는 토지를 취득한 뒤 그 토지에 사업용으로 사용할 건축물을 건설’하는 데 주안점이 있다고 보아야 한다면서, 토지를 취득하여 공장설립승인을 받은 뒤 단순 공장부지 조성공사만 한 것은 건축물 건설에 착공하기 위한 준비작업에 불과할 뿐 위 조항에서 말하는 ‘건설에 착공한 때’에 포함되지 않는다고 해석함이 타당하다고 판시하고 있으나(대전고등법원 2025.5.29. 선고 2024누12373 판결 참조),


세법이 규정하는 과세요건과 부과징수절차에 관한 규정은 조세법률주의의 원칙상 이를 엄격하게 해석ㆍ 적용하여야 하고, 행정편의를 위한 확정해석이나 유추해석은 허용되지 않는 것인바(대법원 1988.5.24. 선고 88누1073 판결 외 다수), 「법인세법」 제55조의2 제2항 및 그 위임 법령에는 ‘건물’이 명시되어 있지 아니한데, 비사업용 토지 해당 여부를 판단함에 있어서 법문에도 없는 ‘건물’의 건축을 전제(대전고등법원 석명준비명령 참조)로 관련 「법인세법」을 해석하는 것은 확장해석이나 유추해석으로서 조세법률주의에 반한다.


또한, 이 건의 경우와 같이 청구법인이 건축물을 건축할 수 없는 쟁점토지(농지, 임야 등)를 취득한 뒤 이를 공장용지 등으로 조성하여 공급하려는 부동산개발업에 사용하기 위하여 건설에 착공한다는 것은 공장부지 조성공사, 토목공사에 착공한다는 의미일 것이므로(공장시설물을 건축할 수 없는 토지를 취득한 뒤 공장시설물을 건축하기 위해서는 공장부지 조성공사가 반드시 선행되어야 하는 것임), 대전고등법원은 이에 대한 법리를 오해하였다.


(다) 부동산 투자는 부동산을 활용해 생산활동이나 장기적 수익을 추구하는 반면, 투기는 단기 시세차익을 노리는 행위이다. 부동산개발업법의 제정 이유는 ‘부동산개발업을 종합적ㆍ 체계적으로 관리ㆍ 육성하고 국민의 재산권 보호에 이바지하려는 것’이다. 한편, 「법인세법」 제55조의2 제1항 제3호가 법인의 비사업용 토지의 양도소득에 대하여 법인세를 중과하는 취지는, 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하려는 데 있다.


그런데 청구법인과 같이 부동산개발에 필요한 최소한의 전문성과 자질을 갖춘 인력을 보유하고 엄격한 등록 절차에 따라 등록되어 부동산개발업법에 의하여 보호ㆍ 육성되는 부동산개발업자가  "토지를 공장용지 등으로 개발하여 판매하는 행위”는 부동산개발업법에 따라 보호되고 육성되는 것이지, 「법인세법」 제55조의2 제1항 제3호가 규제하려는 부동산 투기와는 무관한바, 부동산개발업자가 토지를 매입하여 부지조성공사를 완료하여 판매하는 토지는 법인세 중과 대상인 비사업용 토지에서 제외되어야 한다.


그렇다면 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제5호의 ‘건설의 착공’에는 ‘공장부지 조성공사에 착공’하는 것도 포함된다고 해석함으로써, 쟁점토지를 비사업용 토지에서 제외하여야, 부동산개발업법 및 「법인세법」 제55조의2 제1항 제3호의 입법취지에 부합한다.


청구법인이 토지를 매입하여 이를 개발하는 과정에 막대한 자금이 투입되고, 개발이 완료되기까지 장시간이 소요되어, 청구법인의 2023년 말 현재 누적 당기순이익은 고작 OOO원에 불과한데, 이를 단기적 투기이익이라고 할 수는 없다.


(라) 「법인세법」 제55조의2 제4항 제3호는  "주택을 신축하여 판매하는 법인이 그 주택 및 주택에 부수되는 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 동법 제55조의2 제1항을 적용하지 아니한다”고 규정하고 있는바, 해당 규정은 주택을 신축하여 판매하는 사업이 목적사업인 법인이 신축하여 보유하고 있는 주택은 해당 법인의 재고자산으로, 이를 양도하는 행위는 목적사업의 일환으로 해당 법인의 업무와 직접 관련이 있는 것으로 보아 법인세 중과대상에서 제외하고 있다.


청구법인은 산업용지를 조성하여 타인에게 공급하는 부동산개발업을 주된 목적사업으로 영위하는 법인으로서 토지를 취득하여 타인에게 공급할 목적으로 산업용지로 조성하여 보유하고 있는 토지는 청구법인의 재고자산으로, 이를 양도하는 행위는 목적사업과 관련된 일련의 행위로서 청구법인의 업무와 직접 관련이 있는 것이다.


그렇다면, 부동산개발업을 영위하는 법인이 판매목적으로 개발을 완료하여 보유하고 있는 토지를 비사업용 토지로 보아 법인세를 중과한다면 이와 동일하게 재고자산을 판매하는 주택신축판매업 영위 법인과의 형평성에도 어긋날 뿐만 아니라, 법인의 업무와 직접 관련이 없는 토지를 비사업용 토지로 보아 법인세를 중과하려는 「법인세법」의 입법취지에도 반한다.


(마) 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제3호는 ‘사업장의 진입도로로서 「사도법」에 따른 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로’는 사도 또는 도로로 이용되는 기간 동안 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 토지로 보도록 규정하고 있는바, 쟁점토지 중 충청남도 OOO 및 같은 면 OOO 소재 토지는 취득 후 부지조성공사를 하면서 사업장의 진입도로로 이용하다가 매도된 것으로 이 또한 비사업용 토지에서 제외되어야 한다.


나. 처분청 의견


(1) 청구법인은 2017.4.12. ‘충청남도 OOO 소재 임야와 전’을 양도하였고, 처분청은 해당 토지에 대하여 토지 등 양도소득에 대한 법인세 OOO원을 고지하였으며, 쟁점이 이 건과 동일한 심판청구 및 대전지방법원 및 대전고등법원 소송에서 청구법인의 패소로 확정되었다.


(2) 청구법인은 쟁점토지 중 매도 전에 건축 착공신고서가 제출된 토지는 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 주장한다.


그러나, 「법인세법」 제55조의2 제1항 제3호가 법인의 비사업용 토지의 양도소득에 대하여 법인세를 중과하는 취지는, 법인의 비사업용 토지에 대한 과세를 강화하기 위한 것으로서 토지를 생산적 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하려는 데 있다(수원지방법원 2011.11.24. 선고 2010구합18179 판결 참조).


쟁점토지 중 청구법인이 2019.11.12. A과 D에게 양도한 토지를 소재지로 하는 건축물대장의 건축착공 자료를 보면, 충청남도 OOO 소재 건물의 건축 착공허가일은 2019.8.30.이고, 같은 면 OOO 등 6개 필지 소재 건물의 건축 착공허가일은 2019.8.21.로 매매일인 2019.11.12. 이전이지만, 건축물대장의 건축주가 청구법인이 아닌 매수인 A으로 기재되어 있는 점에서, 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제5호의 ‘지상에 건축물이 정착되지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지’로 볼 수 없고, 청구법인은 해당 토지들을 생산적 용도가 아닌 단순히 토지 판매 목적으로 취득한 후 양도한 것으로 보는 것이 타당하다.


(3) 청구법인은 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제5호의 ‘지상에 건축물이 정착되지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지’에서의 ‘건설’에 ‘부지조성공사’도 포함되는 것으로 해석해야 하므로, 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 주장한다.


그러나 법인이 특정 토지에서 건물을 신축하기 위한 공사에  "착공”하였다고 인정하기 위해서는, 건물을 착공하기 위하여 필요한 준비 행위, 즉 토지의 측량이나 지반조사, 건물신축 도급계약의 체결, 기존 건물의 철거나 착공신고서를 제출하는 것만으로는 부족하고, 건축 공정상 일련의 행정절차를 마친 다음 건물 신축을 위한 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 신축할 건물을 유지할 수 있는 최소한의 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우에 비로소 공사에  "착공”하였다고 볼 수 있다고 할 것이며(대법원 1994.12.2. 선고 94누7058 판결 참조),


「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제5호에서 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지로 규정하고 있는 ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 않은 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위해 건설에 착공한 토지’는 ‘지상에 건축물이 없는 토지를 취득한 뒤, 그 토지에 사업용으로 사용할 건축물을 건설’하는 데 주안점이 있다고 보아야 하는 것인바, 청구법인이 쟁점토지를 취득하여 단순 공장부지 조성공사만 한 것은 건축물 건설에 착공하기 위한 준비작업에 불과할 뿐, 위 조항에서 말하는 ‘건설에 착공’한 때에 포함되지 않는다고 해석함이 타당하고, 이렇게 해석하는 것이 조세감면요건에 대한 엄격해석 원칙에 부합한다(대전고등법원 2025.5.29. 선고 2024누1237 판결 참조).


청구법인이 제출한 서류에 따르면 청구법인이 쟁점토지에 대하여 건축을 위한 도급공사 및 착공신고 등의 행위를 한 사실은 확인되지 않아, 청구법인이 쟁점토지를 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 것으로 보기 어렵다. 즉, 청구법인은 쟁점토지를 공장부지로 사용하기 위해 토지조성공사만 수행한 것이고, 건축물의 건설에 착공한 토지로 볼 수 없는바, 청구법인이 2019~ 2020년 양도한 쟁점토지에 대하여는 「법인세법 시행규칙」 제46조의2에서 규정하는 부득이 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니할 사유가 존재하지 아니한다.



3. 심리 및 판단


가. 쟁점


쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부


나. 관련 법령 등 : ＜별지1＞ 기재


다. 사실관계 및 판단


(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 확인된다.


(가) 법인등기사항증명서상 청구법인의 목적사업은 토지 및 건축물 개발업 등으로 나타나고, 사업자등록 내역상 청구법인의 주업종은 부동산업(부동산개발), 부업종은 건설업(건축ㆍ 토목공사), 부동산업(임대, 부동산매매) 등으로 나타난다.


(나) 쟁점토지의 내역, 부지조성공사 준공일, 매도일 및 건축 착공신고서 제출일 등은 아래 ＜표1＞과 같은바, 쟁점토지 중 일부 필지의 경우 매도일 전 건축 착공신고서가 제출된 것으로 나타난다.


한편, 청구법인의 취득 전 쟁점토지의 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니하였다는 점에 대하여 청구법인과 처분청 양측의 다툼이 없다.


＜표1＞ 쟁점토지의 부지조성공사 준공일, 매도일 및 건축 착공신고서 제출일 등 내역

○○○


(다) 건축물대장 등에 따르면 쟁점토지 중 매도일 전 건축 착공신고서가 제출된 토지 지상 건물의 건축주 내역 등이 나타나는바, 해당 토지 중 일부 토지 지상 건물의 건축주는 아래 ＜표2＞와 같이 청구법인이 아닌 매수인(A, B)으로 나타난다.


＜표2＞ 건축주 내역 : 매도일 전 건축 착공신고서 제출 토지 관련

○○○


(라) 청구법인의 사업연도별 당기순이익 및 미처분 이익잉여금(결손금) 내역은 아래 ＜표3＞과 같다.


＜표3＞ 청구법인의 당기순이익 및 미처분 이익잉여금(결손금) 내역 : 2017～2023사업연도

○○○


(마) 청구법인은  "「법인세법」 제55조의2 제3항 및 그 위임 법령에는 ‘건물’이 명시되어 있지 아니한데, 비사업용 토지 해당 여부를 판단함에 있어서 법문에 없는 ‘건물’의 건축을 전제하는 이유가 무엇인지 밝혀 주시기 바란다”는 내용의 대전고등법원의 석명준비명령서(2024.12.17., 2024누12373 사건), ‘부동산개발업을 종합적ㆍ체계적으로 관리ㆍ육성하고 국민의 재산권 보호에 이바지하려는 것’이라는 내용의 2007.5.17. 법률 제8480호로 제정된 부동산개발업법 제정 이유를 제출하였다.


(바) 쟁점토지 중 청구법인이 사업장의 진입도로로 이용하다가 매도하여 비사업용 토지에서 제외되어야 한다는 토지 관련 내용은 아래와 같다.


1) 청구법인이 제출한 지적도(기준일자는 확인되지 아니함)는 ＜별지2＞와 같은바, 쟁점토지 중 청구법인이 사업장의 진입도로로 이용하였다고 주장하는 토지 가운데 충청남도 OOO 소재 토지는 지적도에서 확인되지 아니하고, 이를 제외한 토지는 지적도상 도로로 나타나는 한편, 충청남도 OOO 소재 토지는 지적도상 도로로 나타난다.


2) 제10차 한국표준산업분류(2017.1.13. 통계청고시 제2017-13호로 개정된 것) 중 부동산 개발 및 공급업 관련 내용은 아래와 같다.

6812 부동산 개발 및 공급업

직접적인 건설활동을 수행하지 않고 일괄 도급하여 개발한 농장ㆍ 택지ㆍ 공업용지 등의 토지와 건물 등을 분양ㆍ 판매하는 산업활동을 말한다. 구입한 부동산을 임대 또는 운영하지 않고 재판매하는 경우도 포함한다.


＜예 시＞

ㆍ 건물 위탁 개발 분양 ㆍ 부동산 매매


＜제 외＞

ㆍ 자영 건축물 건설(411)

ㆍ 직접 건설활동을 수행하지 않더라도 건설공사에 대한 총괄적인 책임을 지면서 건설공사 분야별로 하도급을 주어 전체적으로 건설공사를 관리하는 경우  "41 : 종합건설업”에 분류



3) 법인등기사항일부증명서상 청구법인의 2019~ 2020년 본점 소재지는 충청남도 OOO으로 나타나고(지점 소재지는 나타나지 아니한다), 처분청이 제출한 청구법인의 사업장 소재지 변경이력에 따르면 청구법인의 2019~ 2020년 사업장 소재지는 충청남도 OOO이며, 청구법인이 추가로 쟁점토지의 소재지를 사업장으로 등록한 내역은 나타나지 아니한다.


(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지가 매도 전 건축 착공신고서가 제출되었거나, 부동산개발업을 영위하는 청구법인이 부지조성공사를 완료한 후 양도한 토지이므로 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 주장하나, 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제5호의 ‘건설에 착공한 토지’에서의 ‘착공’은 당해 토지에서 굴착공사 등과 같은 토목공사를 포함하여 건설공사가 시작된 경우를 의미하고, 특별한 사정이 없는 한 건물을 신축하기 위한 착공에 필요한 준비 작업을 하는 경우까지 포함한다고 보기는 어려운 점, 청구법인의 공장부지 조성공사는 건축물 건설에 착공하기 위한 준비작업에 불과한 것으로 보이는 점, 쟁점토지 중 일부는 청구법인의 매도 전 건축 착공신고서가 제출되었으나, 건축주가 청구법인이 아닌 매수인으로 나타나, 청구법인이 굴착공사 등을 하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.


다만, 쟁점토지 중 청구법인이 사업장의 진입도로로 이용하다가 매도하여 비사업용 토지에서 제외되어야 한다는 토지의 경우, 청구법인은 부동산개발업을 영위하는 법인으로서 해당 토지를 단순히 취득ㆍ 보유 및 매도한 것이 아닌 부지조성공사를 완료한 후 매도한 것으로 보이므로 이는 「부가가치세법」 제6조 제2항의 ‘사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 일부를 하는 고정된 장소’로 볼 수 있는 점, 「부가가치세법 시행령」 제8조 제4항은 ‘같은 조 제1항의 규정에 따른 사업장 외의 장소도 사업자의 신청에 따라 추가로 사업장으로 등록할 수 있다’고 규정하고 있으므로, 청구법인이 해당 토지에 대한 추가 사업장 등록을 하지 아니하였다고 하여 해당 토지가 청구법인의 사업장이 아니라고 보기 어려운 점, 해당 토지들은 지적도상 도로로 나타나는 점 등에 비추어, 해당 토지는 사업장의 진입도로인 것으로 판단된다.


따라서 이 건 법인세 부과처분은 처분청이 해당 토지에 연접한 쟁점토지 외 다른 토지의 소유주 및 이용 상황, 해당 토지에 대한 재산세 비과세 여부 및 쟁점토지 부지조성공사 기간 등의 확인을 통해 불특정다수인이 해당 토지를 이용하였는지 여부 및 해당 토지가 그러한 도로로 사용된 기간 등을 재조사하여, 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당할 것이다.



4. 결론


이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.


＜별지1＞ 관련 법령 등


(1) 법인세법


제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」 제88조 제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서  "토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서  "비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서  "농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다.

나. 특별시, 광역시(광역시에 있는 군 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치시(특별자치시에 있는 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치도(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시 지역[「지방자치법」 제3조 제4항에 따른 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다] 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제1호에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 목에서 같다)에 있는 농지. 다만, 특별시, 광역시, 특별자치시, 특별자치도 및 시 지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.

가. 「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따라 지정된 채종림(採種林)ㆍ시험림, 「산림보호법」 제7조에 따른 산림보호구역, 그 밖에 공익상 필요하거나 산림의 보호ㆍ육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령으로 정하는 것

나. 임업을 주된 사업으로 하는 법인이나 「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따른 독림가(篤林家)인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가. 「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 「지방세법」 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지등 양도소득에 대하여는 제1항을 적용하지 아니한다. (단서 생략)

3. 「도시 및 주거환경정비법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지(換地) 처분 등 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득


(2) 법인세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것)


제92조의2(토지등양도소득에 대한 과세특례) ④ 법 제55조의2 제4항 제3호에서 " 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득" 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 말한다.

4. 주택을 신축하여 판매(「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택 또는 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의2에 따른 공공건설임대주택을 동법에 따라 분양하거나 다른 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 법인이 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 그 면적이 다음 각 목의 면적 중 넓은 면적 이내의 토지를 양도함으로써 발생하는 소득(각 목 생략)


제92조의11(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등) ① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않은 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 " 비사업용 토지" 라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간

③ 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 않는다.

5. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지


(3) 법인세법 시행규칙


제46조의2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용 부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

3. 사업장(임시 작업장을 제외한다)의 진입도로로서 「사도법」에 따른 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로 : 사도 또는 도로로 이용되는 기간

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)


(4) 부가가치세법


제6조(납세지) ① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.

② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 사업자가 제2항에 따른 사업장을 두지 아니하면 사업자의 주소 또는 거소(居所)를 사업장으로 한다.

④ 제1항에도 불구하고 제8조 제3항 후단에 따른 사업자 단위 과세 사업자는 각 사업장을 대신하여 그 사업자의 본점 또는 주사무소의 소재지를 부가가치세 납세지로 한다.

⑤ 다음 각 호의 장소는 사업장으로 보지 아니한다.

1. 재화를 보관하고 관리할 수 있는 시설만 갖춘 장소로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 하치장(荷置場)으로 신고된 장소

2. 각종 경기대회나 박람회 등 행사가 개최되는 장소에 개설한 임시사업장으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고된 장소


(5) 부가가치세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31445호로 개정되기 전의 것)


제8조(사업장) ① 법 제6조 제2항에 따른 사업장의 범위는 다음 표와 같다.



④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 사업장 외의 장소도 사업자의 신청에 따라 추가로 사업장으로 등록할 수 있다. 다만, 제1항의 표 제9호에 따른 무인자동판매기를 통하여 재화ㆍ용역을 공급하는 사업의 경우에는 그러하지 아니하다.


(6) 부동산개발업의 관리 및 육성에 관한 법률(2015.8.11. 법률 제13480호로 개정된 것)


제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. " 부동산개발" 이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다. 다만, 시공을 담당하는 행위를 제외한다.

가. 토지를 건설공사의 수행 또는 형질변경의 방법으로 조성하는 행위

나. 건축물을 건축ㆍ대수선ㆍ리모델링 또는 용도변경 하거나 공작물을 설치하는 행위. 이 경우 " 건축" , " 대수선" , " 리모델링" 은 「건축법」 제2조 제1항 제8호부터 제10호까지의 규정에 따른 " 건축" , " 대수선" 및 " 리모델링" 을 말하고, " 용도변경" 은 같은 법 제19조에 따른 " 용도변경" 을 말한다.

2. " 부동산개발업" 이란 타인에게 공급할 목적으로 부동산개발을 수행하는 업을 말한다.

3. " 부동산개발업자" 란 부동산개발업을 수행하는 자를 말한다.

4. " 등록사업자" 란 제4조에 따라 등록을 한 부동산개발업자를 말한다.

5. " 공급" 이란 부동산개발을 수행하여 그 행위로 조성ㆍ건축ㆍ대수선ㆍ리모델링ㆍ용도변경 또는 설치되거나 될 예정인 부동산, 그 부동산의 이용권으로서 대통령령으로 정하는 권리(이하 " 부동산등" 이라 한다)의 전부 또는 일부를 타인에게 판매 또는 임대하는 행위를 말한다.


(7) 건설산업기본법(2019.4.30. 법률 제16415호로 개정된 것)


제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. " 건설공사" 란 토목공사, 건축공사, 산업설비공사, 조경공사, 환경시설공사, 그 밖에 명칭에 관계없이 시설물을 설치ㆍ유지ㆍ보수하는 공사(시설물을 설치하기 위한 부지조성공사를 포함한다) 및 기계설비나 그 밖의 구조물의 설치 및 해체공사 등을 말한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 공사는 포함하지 아니한다.

가. 「전기공사업법」에 따른 전기공사

나. 「정보통신공사업법」에 따른 정보통신공사

다. 「소방시설공사업법」에 따른 소방시설공사

라. 「문화재 수리 등에 관한 법률」에 따른 문화재 수리공사


제4조(다른 법률과의 관계) 건설산업에 관하여 다른 법률에서 정하고 있는 경우를 제외하고는 이 법을 적용한다. 다만, 건설공사의 범위와 건설업 등록에 관한 사항에 대하여는 다른 법률의 규정에도 불구하고 이 법을 우선 적용하고, 건설용역업에 대하여는 제6조 및 제26조와 제8장(제69조부터 제79조까지, 제79조의2 및 제80조)을 적용한다.


(8) 건축법(2017.12.26. 법률 제15307호로 개정된 것)


제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. " 건축" 이란 건축물을 신축ㆍ증축ㆍ개축ㆍ재축(再築)하거나 건축물을 이전하는 것을 말한다.


(9) 지방세법


제109조(비과세) ③ 다음 각 호에 따른 재산(제13조 제5항에 따른 과세대상은 제외한다)에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산(제3호 및 제5호의 재산은 제외한다) 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 재산세를 부과한다.

1. 대통령령으로 정하는 도로ㆍ하천ㆍ제방ㆍ구거ㆍ유지 및 묘지