서초세무서장이 2024.9.19. 청구법인에게 한 2021사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 2021.12.1. 청구법인과의 합병으로 인하여 소멸한 A 주식회사가 합병시 청구법인에게 상시근로자를 승계시킨 것에 대해서는 「조세특례제한법」 제29조의7 제2항에 따른 법인세 추징사유가 발생하지 않은 것으로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요


가. 청구법인은 OOO 설립되어 빌딩 제어, 산업용 프로세스 제어, 정보처리를 위한 시스템 등의 설계ㆍ 제조ㆍ 설치공사 및 보수, 홈네트워크 및 지능형 교통시스템 사업을 영위하는 법인으로, 2021.6.4. A 주식회사(이하  "피합병법인”이라 한다)와 합병계약을 체결하고, 2021.12.1.을 합병기일로 하여 청구법인이 피합병법인을 흡수합병(이하  "쟁점합병”이라 한다)하였으며, 쟁점합병 과정에서 피합병법인의 근로자는 모두 청구법인에 승계되었다.


나. 피합병법인은 합병되기 전인 2018∼2019사업연도 법인세 신고를 하면서, 「조세특례제한법」(2018.12.24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것, 이하  "조특법”이라 한다) 제29조의7에 따른 고용증대세액공제(이하  "쟁점세액공제”라 한다) 적용대상으로 보아 총 OOO원(2018사업연도 당기공제액 OOO원, 2019사업연도 이월액 OOO원)의 세액공제를 적용받았다.


다. 피합병법인은 2021.12.1. 청구법인에 흡수합병됨에 따라 2021사업연도에 피합병법인의 상시근로자 수가 전부 감소한 것으로 보아, 2022.2.28. 2021사업연도 법인세 신고를 하면서 2018∼2019 사업연도에 공제받은 세액(OOO원)을 전액 추가 납부하였다.


라. 청구법인은 합병 시 고용이 승계되어 쟁점피합병법인 소속 상시근로자 수의 실질적인 감소가 없으므로 사후관리기간 중 고용이 감소한 것으로 볼 수 없다고 판단하여, 2024.6.10. 처분청에 2021사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.9.19. 청구법인에게 경정청구 거부통지를 하였다.


마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.10.8. 이의신청을 거쳐, 2025.3.4. 심판청구를 제기하였다.



2. 청구법인 주장 및 처분청 의견


가. 청구법인 주장


(1) 피합병법인의 쟁점세액공제 현황 및 상시근로자 수는 아래와 같다.


(가) 피합병법인은 1992.1.15. 도매 및 건축물 관리서비스업을 주요 업종으로 하여 설립된 법인으로, 2018사업연도에 직전 사업연도 대비 상시근로자 수가 증가하여 쟁점세액공제액 OOO원(당기 공제액 OOO원, 이월 잔액 OOO원)이 발생하였다.


(나) 피합병법인의 연도별 상시 근로자 수 및 쟁점세액공제액 내역은 아래 ＜표1＞ 및 ＜표2＞와 같다.


＜표1＞ 피합병법인의 연도별 상시근로자 수

○○○


＜표2＞ 피합병법인의 연도별 쟁점세액공제액 내역

○○○


(2) 합병의 본질 및 법적 성격을 고려할 때, 합병으로 인해 합병법인에 고용이 승계된 피합병법인의 상시근로자는 고용이 유지된 것으로 보아야 하는바, 쟁점세액공제액을 추가납부해야 하는 사후관리 위반 사유인 고용의 감소가 발생한 것으로 볼 수 없다.


(가) 조특법은 고용증대세액공제의 사후관리로서, 세액공제를 적용하여 법인세를 공제받은 법인이 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지 기간 중 각 과세연도의 상시근로자 수가 공제를 받은 과세연도보다 감소한 경우에는 이미 공제받은 법인세액을 법정 산식에 따라 추가 납부하도록 규정하고 있다.


(나) 법인이 다른 법인을 흡수합병하는 경우, 「상법」 제235조 및 제530조 제2항에 따라 합병법인은 소멸한 피합병법인의 권리와 의무를 승계하며, 따라서 피합병법인과 근로자 간 고용관계가 합병법인에 승계되는 경우 관련 권리와 의무 역시 합병법인에 그대로 승계된다(대법원 2004.5.15. 선고 2002다23185, 23192 판결, 대법원 1995.12.26. 선고 95다41659 판결).


(다) 쟁점합병으로 인해 피합병법인과 상시근로자 간의 고용관계는 청구법인에 승계되었으므로, 이는 조특법상 쟁점세액공제에 대한 사후관리 규정에서 정하고 있는 상시근로자 수의 감소, 즉 해고 등 고용관계의 단절 또는 종료와는 본질적으로 그 성격이 다르며, 합병의 법률상 효력에 따라 당해 고용이 유지된 것임이 명백하다 할 것이다.


(라) 또한, 쟁점합병은 지분의 연속성, 사업의 계속 및 고용 유지 등의 요건을 갖춘 적격합병으로서, 「법인세법」은 적격합병의 경우 양도차익에 대한 과세를 없는 것으로 하는 등 형식적인 조직개편으로 보고 있는바, 이 건에서 피합병법인의 상시근로자들은 쟁점합병으로 인해 고용관계 종료(퇴사) 후 재입사한 것이 아니라, 고용관계를 유지한 상태에서 조직개편으로 인해 소속이 대체된 것으로 봄이 타당하며, 이를 두고 처분청과 같이 고용이 감소(단절 또는 종료)하였다고 보는 것은 합병의 실질 및 적격합병의 성격에 부합하지 않는 해석이라 할 것이다.


(마) 실제로 피합병법인 상시근로자들의 고용ㆍ 산재보험 변경신고서상에는 ‘종사하는 사업장’이 변경된 것일 뿐 고용 유지에 있어서는 어떠한 변경도 없는 것이 확인되고, 청구법인은 해당 근로자들에 대한 퇴직금 등 지급과 관련하여 근속기간을 산정하거나 장기근속자 포상 등 제도와 관련하여 근속기간을 판단할 때 피합병법인 입사일부터 기산하는 등 기존의 고용관계가 유지됨을 전제로 인사정책을 운영하고 있는바, 쟁점합병으로 인한 고용승계를 두고 해고와 같이 고용관계의 단절을 전제로 하는 상시근로자의 감소와 동일하게 취급한 처분청의 처분은 실체적 사실관계와도 배치되며, 무엇보다  "고용을 증대시킨 기업에 대해 세제상 혜택을 부여하고 사후관리 기간 중 고용이 감소한 경우에만 이를 추징”하는 쟁점세액공제 제도의 취지에도 부합하지 않는다.


(3) 처분청은 조특법 시행령과 기획재정부 유권해석을 처분청 의견의 근거로 제시하고 있으나, 이는 쟁점세액공제의 사후관리 국면에서 피합병법인이 합병으로 인해 상시근로자 수를 전원 감소시킨 것으로 보아야 한다는 의미가 아니다.


(가) 조특법 시행령 제26조의7 제7항 및 제9항은 상시근로자 수의 계산식과 관련하여  "해당 과세연도에 합병을 한 내국인”의 경우에는 고용창출투자세액공제 관련 규정인 조특법 시행령 제23조 제13항을 준용하도록 규정하면서, 같은 항 제3호에서  "합병 등에 의하여 종전의 사업부문에서 종사하던 상시근로자 수를 승계하는 경우 직전 과세연도의 상시근로자 수는 승계시킨 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계시킨 상시근로자 수를 뺀 수로 하고, 승계한 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계한 상시근로자 수를 더한 수로 하며, 해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계시키거나 승계한 것으로 보아 계산한 상시근로자 수”로 하도록 규정하고 있다.


(나) 또한, 기획재정부는 의제사업연도(합병등기일이 속하는 피합병법인의 사업연도)에 합병법인 및 피합병법인의 쟁점세액공제 적용과 관련하여 전년 대비 증가한 상시근로자 수 계산방법에 대한 질의에 대하여 직전 과세연도 및 당해 과세연도에 상시근로자 수는 피합병법인에 근무한 근로자를 합병법인에 근무한 것으로 간주하여 상시근로자 수를 계산하라는 취지로 회신하였다(조세특례제도과-30, 2024.1.15.).


(다) 처분청은 위 법령과 유권해석을 근거로, 피합병법인의 상시근로자 수는 0으로 보아야 하므로, 고용이 전부 감소한 것으로 보아야 한다는 의견이나, 위 법령 및 유권해석은  "합병연도에 쟁점세액공제를 적용받는 주체(합병법인) 및 합병연도의 상시근로자 수 계산 방법”에 대한 것으로, 이 건 쟁점인  "사후관리기간 중 합병 시 피합병법인의 상시근로자 수 계산방법(피합병법인의 상시근로자가 전원 감소한 것으로 보아야 하는지 여부)”과는 관련이 없다.


(라) 위 법령 및 유권해석은  "합병으로 고용이 승계된 경우, 쟁점세액공제 적용 시 승계된 인원은 피합병법인의 상시근로자가 감소(퇴사)하고 합병법인의 상시근로자가 증가(재입사)한 것으로 취급하는 것이 아니라, 직전 과세연도든 해당 과세연도든 합병법인에 소속된 것으로 보겠다”는 것으로 이는 합병으로 인한 고용승계를 고용의 감소가 아닌 유지로 전제한 것인바, 오히려 청구주장에 부합하는 것이다.


(마) 즉, 합병 시 고용의 유지를 전제로 상시근로자 수의 계산방법을 정한 법령 및 유권해석을 두고(쟁점세액공제 적용 국면),  "피합병법인이 쟁점세액공제의 사후관리 기간 중 합병된 경우(사후관리 국면), 피합병법인의 상시근로자가 0명으로 감소한 것(고용이 유지되지 않은 것)으로 보아야 한다”고 해석한 처분청의 의견은 적용 국면이 다른 사안에서 그와 무관한 법리를 오인하여 적용한 것이다.


(4) 법원 판례도 합병으로 고용이 승계된 상시근로자 수는 합병 당사자(합병법인, 피합병법인)의 상시근로자 수 증감 고려 시 변동이 없는 것으로 보아야 한다는 입장이다.


(가) 법원은 조특법 시행령 제23조 제13항 제3호에 대하여 합병 등을 통한 종전의 사업을 승계하면서 상시근로자를 승계시킨 기업의 경우 상시근로자 수에 증감이 없음을 명확화하거나 합병 등 구조개편 시 근로자 수가 변화하지 않도록 해당 과세연도의 상시근로자 계산방법을 명확화하기 위함이라는 해당 조항의 취지를 강조하면서, 이는 합병 등과 같은 구조개편에 있어서 합병법인과 피합병법인의 직전 과세연도의 상시근로자 수와 해당 과세연도 개시일의 상시근로자 수가 변동되지 않고 일치되도록 그 계산 방식을 명확하게 하고, 이를 통해 실제 고용창출투자 부분에 대하여 세액공제를 받도록 하기 위한 것으로 봄이 타당하다고 판시하였다(서울고등법원 2022.7.6. 선고 2021누49927 판결).


(나) 처분청 의견처럼 합병으로 인해 피합병법인의 상시근로자가 0명으로 감소했다고 볼 경우, 상시근로자를 승계시킨 기업의 경우 무조건 상시근로자 수가 전부 감소된다는 결론이 도출되므로, 이는 합병으로 고용이 승계된 상시근로자 수는 합병 당사자(합병법인, 피합병법인)의 상시근로자 수 증감 고려 시 변동이 없는 것으로 보겠다는 위 법원 판례의 법리 및 조특법 시행령 제23조 제13항의 취지에 반하는 위법ㆍ부당한 해석이라 할 것이다.


(5) 쟁점세액공제의 입법목적을 고려할 때, 고용관계를 모두 승계시켰다면 사후관리기간 중 합병이 있었다고 하더라도 기존에 이미 확정된 쟁점세액공제 혜택은 유지되어야 한다.


(가) 세법상 사후관리 내지 추징규정은 비과세 또는 감면규정 등의 취지를 고려하여 당초 조세혜택을 부여함으로써 실현하고자 했던 목적이 미달성된 경우 다시 감면에서 배제하는 기능을 한다고 볼 수 있으며, 따라서 입법자가 의도한 정책적 목적을 납세의무자가 달성한 이상 이미 감면하였던 세금을 반드시 다시 추징 내지 과세하여야 할 근거는 없다(대법원 1997.12.9. 선고 97누4494 판결 등).


(나) 쟁점세액공제는 고용을 증대시킨 기업에 대해 세제상 혜택을 부여하는 것에 입법목적을 두고 있으므로, 기업이 고용증대라는 입법목적을 달성하였음에도 불구하고 사후관리기간 중에 합병됨으로 인해 고용이 승계되었다는 사정만으로 기존에 받았던 세제상 혜택을 박탈당할 수는 없으며, 따라서 기존에 쟁점세액공제를 적용받은 청구법인은 실제 고용의 감소가 발생하지 않은 이상 합병 여부와 관계없이 그 혜택이 유지되어야 한다고 봄이 타당하다.


(6) 처분청의 의견대로 사후관리 규정을 적용하면, 쟁점세액공제를 받은 법인이 합병되는 경우 다음과 같은 불합리한 결과가 초래된다.


(가) 처분청은 조특법 시행령 제23조 제13항 제3호에 따라 합병 당해 과세연도 및 직전 과세연도의 피합병법인 상시근로자 수는  "0”으로 보아야 하므로, 2021사업연도 및 2019사업연도의 상시근로자는 0명이 되어, 2018사업연도에 증가한 상시근로자가 사후관리기간 중 전원 감소한 것으로 보아야 한다는 의견이다.


(나) 그러나, 위와 같은 처분청의 해석대로라면, 만약 피합병법인이 고용증대세액공제를 적용받은 2018과세연도 다음 과세연도(2019)에 합병되었다고 가정하면, 2019과세연도에 실제로 고용이 감소하였더라도 직전 과세연도와 당해 과세연도 모두 상시근로자 수를 0으로 보게 되어, 고용감소가 없는 것으로 귀결되어 추가납부세액이 없게 되는데, 이는 피합병법인의 경우 고용증대세액공제를 적용받은 금액 전부를 추가납부해야 한다는 처분청 의견과도 스스로 모순된다.


＜표3＞ 처분청 해석의 부당성(1)

○○○


(다) 또한, 처분청 의견대로라면 쟁점세액공제를 받은 법인이 사후관리기간 중 합병되는 경우 합병법인에 승계된 상시근로자 수는 전원 고용 감소된 것으로 취급하여 당초 공제받은 세액을 전부 납부해야 하는 반면, 승계된 상시근로자는 직전 과세연도 및 당해 과세연도에 모두 합병법인에 근무한 것으로 간주되므로, 합병법인은 해당 인원들에 대한 쟁점세액공제를 적용받을 수 없는바, 결국 고용이 증대 또는 유지되었음에도 합병법인과 피합병법인 모두 쟁점세액공제의 혜택을 보지 못하게 되는 불합리한 결론이 도출된다.


＜표4＞ 처분청 해석의 부당성(2)

○○○


나. 처분청 의견


(1) 조특법령은  "승계시킨 기업”과  "승계한 기업” 모두를 고려하여 각자 상시근로자 수 계산방법을 구체적으로 규정하고 있는바, 이에 따라 피합병법인이 공제받은 쟁점세액공제액는 전액 추가납부 대상이 된다고 보아야 한다.


(가) 법원은  "조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다”고 판시하고 있는바(대법원 2004.5.27. 선고 2002두6781 판결 등), 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 문리해석을 원칙으로 하고 있다.


(나) 조특법령상 피합병법인이 공제받은 쟁점세액공제액는 전액 추가납부 대상이 된다고 보아야 한다.


1) 조특법 제29조의7 제1항은 상시근로자 수가 증가하는 상황에서의 세액공제를, 제2항은 상시근로자 수가 감소하는 상황에서의 추가납부를 규정하고 있다.


2) 조특법 시행령 제26조의7 제7항부터 제9항까지는 상시근로자 수 계산방법에 대하여 규정하고 있다. 제7항은  "법 제29조의7 제1항 및 제2항을 적용할 때”로 명시하고 있어, 상시근로자 수가 증가하는 상황뿐만 아니라 감소하는 상황에서도 적용되어야 한다. 제9항은 이 건과 같은 경우로서 창업 등을 한 특별한 경우에는 제23조 제13항을 준용하도록 규정하고 있다.


3) 조특법 시행령 제23조 제13항 제3호에 따르면, 합병의 경우 상시근로자 수 계산은  "직전 과세연도의 상시근로자 수는 승계시킨 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계시킨 상시근로자 수를 뺀 수로 하고, 승계한 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계한 상시근로자 수를 더한 수로 하며, 해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계시키거나 승계한 것으로 보아 계산한 상시근로자 수로 한다”고 명시하고 있다.


3) 따라서, 흡수합병으로 소멸한 쟁점피합병법인의 2021년 상시근로자 수는 모두 승계되어, 사후관리 기간 내 쟁점세액공제는 전액 추가납부 대상이 된다고 보는 것이 타당하다.


(다) 청구법인은 사후관리기간 중 합병이 발행한 경우 실제 고용감소 여부와 상관없이 기 공제받은 세액을 무조건 추가납부해야 하므로 부당하다고 주장하나, 조특법령에서는  "승계시킨 기업”과  "승계한 기업” 모두를 고려하여 각자 상시근로자 수 계산방법을 구체적으로 규정하고 있는바, 각 법인별로 구분하여 공제 적용하도록 하고 있으므로 균형을 유지하고 있다고 판단된다.


(2) 기획재정부 유권해석(조세특례제도과-30, 2024.1.15.)도 합병 직전 사업연도와 합병 사업연도 모두 상시근로자 수를  "0”으로 보고 있다. 따라서, 관련 조특법령 규정이 감면 국면과 사후관리 국면을 모두 포괄하는 규정인 점을 감안하면 청구주장에 상반되는 예규가 이미 존재한다.



3. 심리 및 판단


가. 쟁점


고용증대세액공제를 받은 피합병법인이 사후관리기간 중 합병됨에 따라 합병법인에 상시근로자를 승계시킨 경우, 상시근로자 수가 공제받은 사업연도 대비 전부 감소한 것으로 보아 법인세 경정청구를 거부한 처분의 당부


나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재


다. 사실관계 및 판단


(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.


(가) 청구법인은 2021.12.1.을 합병기일로 하여 피합병법인을 흡수합병하였고, 쟁점합병을 「법인세법」 제44조 제2항에 따른 적격합병으로 보아 같은 법 시행령 제80조 제2항 및 시행규칙 제82조에 따라 2022.2.28. 삼성세무서장에게 합병과세특례 신청서를 제출하였으며, 이에 대해서는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없다.


(나) 청구법인은 피합병법인 상시근로자들의 고용관계가 유지되었다는 증빙으로 아래의 자료들을 제출하였다.


1) 청구법인은 피합병법인과 합병하면서, 아래 ＜표5＞의 고용ㆍ 산재보험 관계 변경신고서를 근로복지공단에 제출하였다.


＜표5＞ 고용ㆍ 산재보험 관계 변경신고서

○○○


2) 청구법인은 아래 ＜표6＞과 같이 피합병법인으로부터 승계된 직원의 재직증명서를 제출하였으며, 동 증명서상 재직기간 기산일은 피합병법인 입사일인 것으로 나타난다.


＜표6＞ 재직증명서

○○○


3) 청구법인은 아래 ＜표7＞과 같이 장기근속 대상자 포상 품의서를 제출하였으며, 동 품의서에 따르면 피합병법인으로부터 승계된 직원의 근속기간은 피합병법인에서 근무한 기간이 포함되어 있는 것으로 나타난다.


＜표7＞ 장기근속 대상자 포상 품의서

○○○


4) 청구법인은 아래 ＜표8＞과 같이 피합병법인으로부터 승계된 직원의 경력증명서 및 퇴직소득원천징수영수증을 제출하였으며, 동 자료들에 따르면 재직기간 기산일(입사일)은 피합병법인 입사일인 것으로 나타난다.


＜표8＞ 경력증명서 및 퇴직소득원천징수영수증

○○○


(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.


조특법 제29조의7 제2항은 고용증대세액공제를 받은 내국인이 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 대통령령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제26조의7 제7항 및 제9항은 상시근로자 수의 계산방법을 규정하면서 창업 등을 한 내국인의 경우에는 같은 영 제23조(고용창출투자세액공제) 제13항을 준용하도록 규정하고 있으며, 같은 영 제23조 제13항 제3호는  "합병 등에 의하여 종전의 사업부문에서 종사하던 상시근로자를 승계하는 경우 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수를 정함에 있어서, 직전 과세연도의 상시근로자 수는 승계시킨 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계시킨 상시근로자 수를 뺀 수로 하고, 승계한 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계한 상시근로자 수를 더한 수로 하며, 해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계시키거나 승계한 것으로 보아 계산한 상시근로자 수로 한다”고 규정하고 있다.


구 조특법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것) 제23조 제10항 제3호 가목에서 ‘해당 과세연도에 합병 등에 의하여 종전의 사업부문에서 종사하던 상시근로자를 승계한 경우’에 합병법인의 직전 과세연도의 상시근로자 수에 대하여만 ‘승계한 기업의 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계받은 상시근로자 수를 더한 수’로 보도록 규정하였으나, 2013.2.15. 대통령령 제24368호 개정을 통해 피합병법인의 직전 과세연도 상시근로자 수에 대하여도 ‘직전 과세연도 상시근로자 수에 승계시킨 상시근로자 수를 뺀 수’로 보도록 하는 내용을 추가하였으며, 2014.2.21. 대통령령 제25211호 개정을 통해 합병법인과 피합병법인의 직전 과세연도뿐만 아니라 해당 과세연도의 상시근로자 수에 대하여 ‘해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계시키거나 승계한 것으로 보아 계산한 상시근로자 수로 한다’는 내용을 추가하여 규정하였으며, 그 후 조문 순서를 변경하여 현행 조항에 이르게 되었다. 2013년 및 2014년 개정세법 해설에서도 관련 조항의 개정취지를 ‘합병 등을 통한 종전의 사업을 승계하는 경우에 상시근로자를 승계시킨 기업의 경우에 상시근로자 수에 증감이 없음을 명확화’하거나 ‘합병 등 구조개편 시 근로자 수가 변화하지 않도록 해당 과세연도의 상시근로자 계산방법을 명확화’하기 위한 것임을 밝히고 있다(서울고등법원 2022.7.6. 선고 2021누49927 판결, 같은 뜻임).


이와 같은 이 건 관련 법령 등의 입법연혁, 개정취지 등에 비추어 보면, 이 건 관련 조항은 합병 등과 같은 구조개편에 있어서 합병법인과 피합병법인의 직전 과세연도의 상시근로자 수와 해당 과세연도 개시일의 상시근로자 수가 변동되지 않고 일치되도록 그 계산 방식을 명확하게 하고, 이를 통해 세액공제 적용 국면에서는 실제로 한 고용이 증대된 부분에 대하여 세액공제를 받고, 사후관리 국면에서는 실제로 고용이 감소된 부분에 대하여 기 공제받은 법인세 또는 소득세를 납부하도록 하기 위한 것으로 보인다.


처분청은 합병법인은 피합병법인이 공제받은 쟁점세액공제액을 전액 납부하여야 한다는 의견이나, 쟁점합병 시 피합병법인과 상시근로자 간의 고용관계는 청구법인에 승계되었고, 이에 대해서는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없는바, 실제 고용이 감소된 부분에 대해서만 기 공제받은 법인세를 납부하는 것이 합리적이라고 판단된다.

한편, 처분청은 기획재정부 유권해석(조세특례제도과-30, 2024.1.15.)을 처분청 의견의 근거로 제시하고 있으나, 동 유권해석은 합병 당해연도에 상시근로자 수가 증가한 경우 직전 과세연도 및 당해 과세연도 상시근로자 수는 피합병법인에 근무한 근로자를 합병법인에 근무한 것으로 간주하여 상시근로자 수를 계산하도록 해석한 것으로서, 이를 근거로 법인세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.


따라서, 처분청은 조특법 제29조의7 제2항에 따른 청구법인의 상시근로자 수를 계산함에 있어서, 피합병법인이 청구법인에게 상시근로자를 승계시킨 것에 대하여 같은 항에 따른 법인세 추징사유가 발생하지 않은 것으로 보아, 합병기일이 속하는 과세연도(2021사업연도) 및 최초로 공제를 받은 과세연도(2018사업연도) 모두 피합병법인이 승계시킨 상시근로자 수를 차감한 수로 하여 실제 고용이 감소한 부분에 대해서만 기 공제받은 법인세를 납부하도록 법인세 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.



4. 결론


이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.







＜별지＞ 관련 법령


(1) 조세특례제한법(2021.3.16. 법률 제17926호로 개정된 것)


제29조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 " 상시근로자" 라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 " 청년등상시근로자" 라 한다)의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액

2. 청년등상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자 인원 수를 한도로 한다) × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)

가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 700만원

나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 770만원

② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항 제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

⑤ 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도의 전체 상시근로자의 수 또는 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간에 대하여 제2항을 적용한다. 다만, 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도에 대해서는 제2항 후단을 적용하지 아니한다.

⑥ 제5항을 적용받은 내국인이 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도의 전체 상시근로자의 수 또는 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제받은 과세연도에 비하여 감소하지 아니한 경우에는 제1항 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 2년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 3년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

⑦ 제6항을 적용받은 내국인이 2022년 12월 31일이 속하는 과세연도의 전체 상시근로자의 수 또는 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지 제2항을 적용한다.

⑧ 제1항, 제2항 및 제5항부터 제7항까지의 규정을 적용할 때 청년등상시근로자 및 전체 상시근로자 수의 계산방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.


(2) 조세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것)


제29조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 " 상시근로자" 라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 청년 정규직 근로자와 장애인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 " 청년등 상시근로자" 라 한다)의 증가한 인원 수 × 300만원[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 " 중견기업" 이라 한다)의 경우에는 700만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액]

가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 1,000만원

나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 1,100만원

2. 청년등 상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수 × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)

가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 700만원

나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 770만원

② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 중소기업 또는 중견기업이 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 공제를 받은 과세연도의 전체 상시근로자 수보다 감소하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서도 공제한다.

1. 청년등 상시근로자 수가 감소하지 아니한 경우: 제1항 제1호 및 제2호에 따라 공제받은 금액 상당액

2. 제1호 외의 경우: 제1항 제2호에 따라 공제받은 금액 상당액

③ 제1항 및 제2항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 청년등 상시근로자 수 또는 전체 상시근로자 수가 공제를 받은 과세연도보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

⑤ 제1항 및 제2항을 적용할 때 청년등 상시근로자 및 전체 상시근로자 수의 계산방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.


(3) 조세특례제한법 시행령


제23조(고용창출투자세액공제) ⑦ 법 제26조 제1항 제2호 가목에 따른 산업수요맞춤형고등학교등의 졸업생 수는 근로계약 체결일 현재 산업수요맞춤형고등학교등을 졸업한 날부터 2년 이상 경과하지 아니한 상시근로자 수(해당 과세연도의 상시근로자 수에서 직전 과세연도의 상시근로자 수를 뺀 수를 한도로 한다)로 한다.

⑧ 법 제26조 제1항 제2호 나목에 따른 청년근로자, 장애인근로자, 60세 이상인 근로자 수는 다음 각 호에 따라 계산한 수로 한다.

⑬ 제7항 및 제8항을 적용할 때 해당 과세연도에 창업 등을 한 내국인의 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 수를 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수로 본다.

1. 창업(법 제6조 제10항 제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하는 경우는 제외한다)한 경우의 직전 과세연도의 상시근로자 수 : 0

2. 법 제6조 제10항 제1호(합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수 등을 통하여 종전의 사업을 승계하는 경우는 제외한다)부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우의 직전 과세연도의 상시근로자 수 : 종전 사업, 법인전환 전의 사업 또는 폐업 전의 사업의 직전 과세연도 상시근로자 수

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우의 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수 : 직전 과세연도의 상시근로자 수는 승계시킨 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계시킨 상시근로자 수를 뺀 수로 하고, 승계한 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계한 상시근로자 수를 더한 수로 하며, 해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계시키거나 승계한 것으로 보아 계산한 상시근로자 수로 한다.

가. 해당 과세연도에 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수 등에 의하여 종전의 사업부문에서 종사하던 상시근로자를 승계하는 경우


제26조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ⑦ 법 제29조의7 제1항 및 제2항을 적용할 때 상시근로자 수, 청년등 상시근로자 수는 다음 각 호의 구분에 따른 계산식에 따라 계산한 수(100분의 1 미만의 부분은 없는 것으로 한다)로 한다.

1. 상시근로자 수 :


2. 청년등 상시근로자 수 :


⑧ 제7항에 따른 상시근로자 수의 계산에 관하여는 제23조 제11항 각 호 외의 부분 후단 및 같은 항 제2호를 준용한다.

⑨ 제7항을 적용할 때 해당 과세연도에 창업 등을 한 내국인의 경우에는 제23조 제13항을 준용한다.


(4) 상법


제235조(합병의 효과) 합병후 존속한 회사 또는 합병으로 인하여 설립된 회사는 합병으로 인하여 소멸된 회사의 권리의무를 승계한다.


제530조(준용규정) ② 제234조, 제235조, 제237조 내지 제240조, 제329조의2, 제374조 제2항, 제374조의2 제2항 내지 제5항 및 제439조 제3항의 규정은 주식회사의 합병에 관하여 이를 준용한다.