심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가.청구인은 1989.9.6. 취득한 서울특별시 강동구 OOO 다가구주택(이하  "쟁점부동산”이라 한다)을 2021.8.31. OOO원에 양도하고, 2021.9.14. 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 가목에 따른 1세대1주택 비과세(고가주택) 및 같은 법 제95조 제2항 단서 및 표2에 따른 장기보유특별공제(이하  "1세대1주택자에 대한 장기보유특별공제”라 한다)를 적용하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고ㆍ 납부하였다.

나.처분청은 청구인이 쟁점부동산의 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2에 따른 비거주자로 보고 같은 법 제121조 제2항 단서에 따라 청구인이 당초 신고시 적용한 1세대1주택 비과세 및 1세대1주택자에 대한 장기보유특별공제를 부인하여, 2025.1.30. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ 고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2025.3.14. 심판청구를 제기하였다.


2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장
청구인은 쟁점부동산의 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2에 따른 거주자이므로 그 양도에 대해 1세대1주택 비과세 및 1세대1주택자에 대한 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.

(1) 청구인은 「소득세법」상 거주자이다.

「소득세법」 제1조의2에서  "국내에 주소를 두거나 183일 이상의 거소를 둔 개인”을 거주자로 정의하고 있고, 같은 영 제2조 제3항에서 국내에 주소를 둔 개인이란  "국내에서 생계를 같이하는 가족 및 국내에 소재하는 자산의 유무 등 생활관계의 객관적인 사실에 따라 판정”하는 것으로,  "㉠계속하여 183일 이상 국내에 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가졌거나, ㉡국내에 생계를 같이하는 가족이 있고, 그 직업 및 자산상태에 비추어 계속하여 183일 이상 국내에 거주할 것으로 인정되면 국내에 주소를 둔 것으로 보도록” 규정하고 있다. 또한 「소득세법 시행령」 제3조에서 내국법인의 국외사업장 또는 해외현지법인 등에 파견된 임직원을 거주자로 보도록 규정하고 있고, 같은 법 기본통칙 1-3…1에서 파견기간의 종료 후 재입국할 것으로 인정되는 때에는 파견기간이나 외국의 국적 또는 영주권의 취득과는 관계없이 거주자로 보도록 규정하고 있으며, 같은 법 집행기준 1의2-2-1에서 국외에서 직업을 갖고 183일 이상 계속하여 거주하는 때에도 국내에 가족 및 자산의 유무 등과 관련하여 생활의 근거가 국내에 있는 것으로 보는 때에는 거주자로 보도록 규정하고 있는데, 이들 규정의 취지는 해외파견 임직원의 거주자 여부에 대하여 ‘장기적인 관점에서 본인의 의사를 중시하여 판단하라’는 것이다.

처분청은 청구인을 쟁점부동산 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2에 따른 비거주자로 보아 같은 법 제121조 제2항 단서에 따라 쟁점부동산의 양도에 대해 1세대1주택 비과세 및 1세대1주택자에 대해 적용되는 장기보유특별공제를 배제하였으나, 위 법리 및 아래와 같은 사실관계를 감안할 때 청구인은 청구인의 직업 및 자산상태 등에 비추어 다시 입국하여 주로 국내에 거주하리라 인정되는 「소득세법」상 거주자이다.

(가)청구인은 고령(70세)으로 일본국 선교사 파견생활을 마치고 우리나라에 영구귀국하기 위해 준비 중이다.

청구인은 경상남도 함양군에서 출생하여 초ㆍ 중ㆍ 고등학교를 졸업한 후 출생지를 떠나 취업을 하고 결혼을 하였으나 혼인신고 전에 남편과 사별하여 정신적으로 힘들어 하던 중, 기독교에 귀의하여 국내 신학교(OOO 소속) 졸업 후 국내 교회(A) 소속 목사가 되어 활동하였고, 2006.1.1.부터 일본국에 출국하여 파송선교사로서 일본국(OOO) 소재 교회의 목사로 활동하여 왔으나, 국내 소속 교단(OOO)의 규정(총회헌법 제22조 및 제27조)에 따라 만 70세가 되는 날이 속한 2025.12.31. 은퇴가 예정되어 있고, 은퇴 후에 2021년 쟁점부동산의 양도 후 소속 국내 교회(A) 인근에 마련한 임차주택에서 노후를 보내기 위해 준비 중이다. 한편 청구인은 남편과 사별한 후 종교ㆍ 선교활동에 전념하느라 국내와 국외 어느 곳에도 생계를 같이하는 가족이 없다.

위 사실관계에 의하면 청구인은 「소득세법 시행령」 제3조의  "해외현지법인 등”에 해당하는 국내 교회(A)에 소속된 임직원으로서 금년말에 은퇴함으로써 파견기간을 마치면 재입국할 것으로 인정된다 할 것이므로 「소득세법 시행령」 제3조에 따른 거주자에 해당한다. 한편 처분청은 국세청 전산자료상 A의 일본국 내 사업장 또는 해외현지법인이 확인되지 않는다는 이유로 청구인을 A의 임직원으로서 일본국의 국외사업장 등에 파견된 것으로 볼 수 없다는 의견이나 청구인이 A 소속으로 일본국에 파송된 선교사임은 처분청도 인정하고 있고 청구인이 제시한 증빙(A의 선교사 파송증명서)으로도 확인되므로 위 처분청의 의견은 부당하다(국내 교회에서 파송하는 해외선교사가 활동하는 선교지의 교회는 영리법인과 같은 출자관계는 없지만 해당 선교사가 파견기간 종료 후 재입국할 것으로 인정되는 때에는 파견기간 또는 영주권등의 취득과 무관하게 거주자로 보아야 하고, 이는 ‘소득세법 기본통칙’ 1-3…1에서 본인의 의사를 중시하여 거주자를 판정하는 것과 같은 취지이다).

(나)청구인은 국내에만 자산을 보유하고 있고, 계속하여 대한민국에 국적과 주민등록을 두면서 입국시 주민등록지에서 생활하였다.

①청구인은 1989.9.6. 청구인 본인의 저축액, 남편으로부터 상속받은 재산, 대출금 등을 재원으로 쟁점부동산을 취득하여 보유하다가, 2021.8.31. 양도하였고, 양도대금은 전세보증금(OOO원)의 반환, 대출금 원리금 상환(OOO원), 일본국 반출(일본화 OOO엔) 후 생활비 및 채무변제 충당 등에 사용하였다. ②또한 청구인은 2022년 청구인의 형제자매들과 공동상속받은 경상남도 함양군 소재의 토지(지목과 면적은 답 3,736㎡이고, 청구인의 지분은 9분의 1이다)를 보유하고 있다. ③청구인은 일본국에 선교사로 파송된 기간 동안 선교활동 외에 수익을 창출하는 어떠한 활동을 하지 않아서 일본국 내의 소득 및 소유재산이 전혀 없고 국내의 쟁점부동산 소유 기간 중 소액의 임대소득과 소속 교회(A)로부터 받는 지원금(「소득세법」 제12조 제3호 다목에 따른 실비변상적 급여 및 같은 영 제12조 제18호에 따른 종교활동비인 비과세소득이다)만이 청구인의 소득원이었다.

청구인은 2006년 일본국 출국에도 불구하고 계속하여 대한민국 국적을 보유하고 있고, 1989.8.11. 쟁점부동산에 전입하여 2021.9.22.까지 주소를 두었으며, 2021.9.23.부터는 현재의 주소지(서울특별시 강동구 OOO)에 전입하여 주소를 두는 등 계속하여 대한민국에 주소를 두었다. 한편 청구인은 소속 교회(A) 또는 국내 선교기관의 공무(매년 3월과 9월 A의 새벽특별집회에 참여하기 위해 일본국 현지의 교인들을 인솔하여 입국하거나 다른 선교기관이 주관하는 사역에 참석한다) 또는 사적인 업무(비자 갱신, 안식년, 애경사 참석, 건강검진 등 질병치료 등)를 하고자 귀국할 때 의식주에 필요한 주거시설이 완비되어 있는 현재의 주소지에서 생활하였다.

(2) 설령 청구인이 일본국의 거주자에도 해당되더라도 한ㆍ 일 조세조약에 따라 항구적 주거가 있는 우리나라의 거주자로 보아야 한다.

처분청은 청구인이 일본국 출국 후 계속하여 7년마다 재류증을 갱신하면서 일본국에 머물면서 선교활동을 하는 것을 두고 일본국 영주권자라는 의견이나, 재류증은 영주권이 아니라 시민권이 없는 장기 거류자에게 부여되는 것이어서 위 처분청의 의견은 부당하고, 설령 처분청의 의견에 따르더라도 청구인은 대한민국과 일본국의 이중거주자에 해당하여서 한ㆍ 일 조세조약 제4조에 따라 ‘항구적 주거, 중대한 이해관계의 중심지, 일상적 거소, 국민 및 상호합의’의 순서대로 그 사람의 지위를 판정하여야 하는데, 아래와 같이 위 순서대로 사실관계를 살펴보면 청구인은 항구적 주거가 있거나 중대한 이해관계의 중심지인 대한민국의 거주자이다.

①앞서 제시하였듯이 청구인은 일본국에서 공적인 종교활동을 하는 임차주택을 두고 있는 반면에 대한민국에서는 공적활동 외에 개인 목적의 방문시에도 이용하는 임차주택을 두고 있으므로 대한민국에 항구적 주거가 있는 것으로 보아야 한다. ②또한 청구인의 중대한 이해관계의 중심지(인적ㆍ 경제적 관계가 더 밀접한 체약국)에 대해 살펴보면 비록 일본국에서 선교활동을 해야 하므로 의료보험에 가입되어 있고 대한민국과 일본국 모두에서 의료서비스를 이용하면서 통신서비스에 가입된 상태이지만, 대한민국에 청구인의 친인척이 있는 점, 대한민국에서 모든 교육을 받은 점, 대한민국 소속 교회(A)를 중심으로 지인 관계를 형성하고 있는 점, 대한민국에 30년 이상 쟁점부동산을 보유하고 주소를 둔 임차주택을 두고 있고 유일한 부동산인 토지를 소유하고 있는 점, 대한민국에 금융자산을 소유하면서 금융서비스를 이용하고 있는 점, 청구인이 선교사로서 대한민국과 일본국 중 어느 곳에서도 소득활동을 하지 않았으나 앞서 제시하였듯이 대한민국에서만 소득(소속 교회로부터 받는 월 OOO원 상당의 선교지원금, 쟁점부동산에 관한 임대소득)이 있었던 점 등을 감안하면 중대한 이해관계의 중심지도 대한민국으로 보아야 한다. 이에 더하여 ③2006년 이후 일본에서 선교생활을 하면서 일본국 소재 교회와 임차주택에서 생활하여 왔으나 금년말 은퇴 후에는 귀국하여 대한민국에 정착할 예정이므로 일상적 거소를 일본국이라고 단정할 수 없는 점, 비록 청구인은 일본국 재류증을 발급받아 갱신하여 왔으나 국적은 대한민국에 있는 점 등을 감안하면 청구인의 일상적 거소도 대한민국이다. 이를 종합하여 보면 청구인은 한ㆍ 일 조세조약 제4조에 의하더라도 대한민국 거주자이다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점부동산의 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2에 따른 비거주자이므로 그 양도에 대해 1세대1주택 비과세 및 1세대1주택자에 대한 장기보유특별공제를 적용할 수 없다.

(1) 청구인은 「소득세법」상 비거주자이다.

조세법률주의에 따라 조세법규의 해석은 법문대로 해석함이 원칙이고 합리적인 이유 없이 확정ㆍ 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면요건규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하여 적용하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하다. 이러한 법리 및 아래와 같은 사실관계를 감안하면 청구인은 「소득세법」상 비거주자이다.

①비록 청구인이 2006년 일본국 출국 이후에도 대한민국에 주소를 두고 있었으나 이는 「주민등록법」에 따른 것일 뿐 「소득세법」에 따른 주소에 해당하는 ‘국내에 생활관계의 근거를 둔 것’에 해당되지 않는다. 특히 청구인은 2014∼2023년 출입국기록상 대한민국 입국횟수 및 체류일수가 연평균 5.5회 37일[체류일수가 특히 긴 2021년(113일) 제외시 5.8회 28일]에 불과하여서 「소득세법」에 따른 거주기간 기준인 183일에 크게 미치지 못한다. ②청구인은 국내 교회(A)로부터 매월 OOO원 상당의 지원금을 받는데 이는 해외 선교활동을 위한 것일 뿐 국내 종교활동 등 근로의 대가가 아니므로 국내의 직업을 가진 것과 무관하다. 오히려 청구인은 2005년까지 A에 목사로 재직하다가 2006년부터 현재까지 일본에 출국한 후 교회를 개척하여 목사로 재직하는 등 선교활동을 하는 중이므로 ‘국내의 직업’과 무관하다. ③청구인은 대한민국에 2002년 형제자매들과 공동상속받은 토지(경상남도 함양군 소재)가 있으나 국내에 거주하며 관리해야 하는 재산이 아니다. 또한 청구인이 2021년 쟁점부동산을 양도한 후 그 매각대금의 일부(일본화 OOO엔)를 일본국에 송금하여 생활비(차입금 변제 및 주거자금 등)로 사용하였음을 감안하면 일본국에 밀접한 생활관계가 형성되어 있음을 뒷받침한다. ④나아가 청구인은 일본국의 법률인 「출입국 관리 및 난민인정법」에 따라 재류증(재류카드 또는 체류카드)을 발급받아 7년마다 갱신하여 왔고, 같은 법 제19조의5에서 체류카드의 유효기간을 정하면서 ‘영주자’의 경우 체류카드의 발급일부터 7년이 경과하는 날을 열거하고 있음을 감안하면 청구인이 재류증을 발급받아 갱신하고 있는 것은 영주권을 얻은 것으로 볼 수 있다. 이를 종합하여 보면 청구인은 「소득세법 시행령」 제2조 제4항의 ‘국외에 거주 또는 근무하는 자가 외국의 영주권을 얻은 자로서 국내에 생계를 같이하는 가족이 없고 그 직업 및 자산상태에 비추어 다시 입국하여 주로 국내에 거주하리라고 인정되지 않는 때’에 해당하므로 「소득세법」상 비거주자로 보아야 한다.

(2) 청구인의 주장은 이유 없다.

청구인은 국내 교회(A)의 소속으로서 일본국에 파송된 선교사임을 들어 청구인이 「소득세법 시행령」 제3조에 따른 해외현지법인등의 임직원으로서 거주자에 해당한다고 주장하나, 해당 조항은 거주자나 내국법인과 출자관계가 있는 국외사업장 또는 해외현지법인에 그 거주자나 내국법인 소속의 임직원을 파견한 경우에만 적용되는 것이므로 교회가 해외에 선교사를 파송하는 것에 대하여 적용할 근거가 없는 점, 국세청 전산자료상 A가 일본국에 청구인이 재직하는 일본국 소재 교회 등의 국외사업장 또는 해외현지법인을 설립한 사실이 확인되지 않는 점 등을 감안하면 위 청구주장은 이유 없다.


3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인을 쟁점부동산의 양도일 현재 비거주자로 보아 1세대1주택 비과세 및 「소득세법」 제92조 제1항 단서에 따른 장기보유특별공제를 부인한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : < 별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 확인한 사실관계는 아래와 같다.

(가)청구인의 주민등록표를 보면 청구인은 1989.8.11.∼2021.9.22. 쟁점부동산에 전입하였고, 2021.9.23.부터 현 주소지인 서울특별시 강동구 OOO에 전입하였고, 처분청은 국내에 생계를 같이하는 가족이 없는 것으로 보았다.

(나)2010∼2023년 출입국사실증명서를 보면 청구인은 해당 기간 중 입국횟수 및 체류일수가 연평균 5.5회 37일[체류일수가 특히 긴 2021년(113일) 제외시 5.8회 28일]인 것으로 나타난다.

(다)국세청 전산자료에 의하면 청구인은 국내에 사업자등록을 한 사실이 없고 2023년 발생한 이자소득 외의 다른 소득이 없는 것으로 나타난다.

(라)처분청이 확인한 바에 의하면 청구인은 2002년 형제자매들과 경상남도 함양군 소재의 토지를 공동상속받아 보유하고 있다.

(마)국세청 전산자료에 의하면 청구인은 2021.9.16.∼2024.4.23. 일본국에 6차례에 걸쳐 미화 OOO달러(원화 OOO원) 상당을 송금한 것으로 나타난다. 한편 청구인이 처분청에게 한 소명에 의하면 청구인은 2013∼2020년 일본국에서 일본화 OOO엔을 차입하여 일본국 체류에 필요한 거주비로 사용하였고 2021년 9월 및 2022년 3월ㆍ 4월 위 송금액을 재원으로 해당 채무를 변제하였다.

(바)청구인이 처분청에게 재출한 재류증을 보면 재류자격은 영주자로, 허가종류는 영주허가로, 허가일은 1991.6.20.로 나타나고, 처분청은 일본국의 관련 법률을 근거로 청구인이 일본국에서 영주권을 취득한 것으로 보았다.

(사)청구인은 이 건 과세처분 전에 처분청에게 과세사실판단자문 신청을 하였으나, 처분청은 2024.7.26. 청구인이 「소득세법」상 비거주자에 해당한다는 과세사실이 명확히 판단된다는 이유로 심의제외 결정을 하였다.

(2) 청구인이 제출한 심리자료는 아래와 같다.

(가)청구인은 2006년 일본국에 출국하여 파송선교사로서 일본국(OOO) 소재 교회의 목사로 활동 하여 왔으나, 국내 소속 교단(OOO)의 규정(총회헌법 제22조 및 제27조)에 따라 만 70세가 되는 날이 속한 2025.12.31. 은퇴가 예정되어 있고, 은퇴 후에 2021년 쟁점부동산의 양도 후 소속 국내 교회(A) 인근에 마련한 임차주택에서 노후를 보내기 위해 준비 중이라고 주장하면서, 국내 임차주택의 임대차계약서, 국내 교회에서 발급한 증명서(선교사 파송, 재직증명 및 은퇴사실의 확인에 관한 것) 및 A의 선교사 파송에 관한 내규를 제출하였다.

(나)청구인은 일본국에 선교사로 파송된 기간 동안 선교활동 외에 수익을 창출하는 어떠한 활동을 하지 않아서 일본국 내의 소득 및 소유재산이 전혀 없었고 국내의 쟁점부동산 소유 기간 중 소액의 임대소득과 소속 교회(A)로부터 받는 지원금만이 청구인의 소득원이었다고 주장하면서, 쟁점부동산의 임대에 관한 증빙(임대차계약서 등) 및 위 지원금 송금 내역을 제출하였다.

(다)청구인은 2006년 일본국 출국에도 불구하고 계속하여 대한민국 국적을 보유하고 있고, 1989.8.11. 쟁점부동산에 전입하여 2021.9.22.까지 주소를 두었으며, 2021.9.23.부터는 현재의 주소지(서울특별시 강동구 OOO)에 전입하여 주소를 두는 등 계속하여 주소를 두었는데, 청구인은 소속 교회(A) 또는 국내 선교기관의 공무 또는 사적인 업무를 하고자 귀국할 때 의식주에 필요한 주거시설이 완비되어 있는 현재의 주소지에서 생활하였다고 주장하면서, 현재의 주소지를 촬영하였다는 사진을 제출하였다.

(라)청구인은 한ㆍ 일 조세조약상 거주지국 판정과 관련하여 16개 항목을 비교ㆍ 검토하였다면서 관련한 표를 제출하였다.

(3)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가)청구인은 청구인이 소속된 기독교 교단의 규정에 따라 2025.12.31.자로 은퇴하여 그 이후에 출생지이자 학업을 마치고 지인 관계가 형성된 소속 교회(A)가 있는 대한민국으로 귀국할 예정인바 이러한 상황이 「소득세법 시행령」 제3조에 따라 거주자로 보는 ‘해외현지법인 등에 파견된 내국법인 소속의 임직원’에 해당하고, 설령 청구인을 일본국의 거주자로 보더라도 대한민국에 항구적 주거, 중대한 이해관계의 중심 및 일상적 거소가 있다 할 것이므로 한ㆍ 일 조세조약 제4조에 따라 대한민국의 거주자에 해당하므로 쟁점부동산의 양도에 대하여 「소득세법」상 1세대1주택 비과세 및 1세대1주택자에 대한 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장한다.

(나)그러나 「소득세법」 제1조의2 제1항, 제2항 및 제3조와 같은 법 시행령 제2조 제1항부터 제3항까지의 규정, 제3조 및 제4조에서는 국내에 주소를 두거나 183일 이상 거소를 둔 개인인 거주자는 같은 법에 규정하는 국내ㆍ 외원천소득 모두에 대한 납세의무가 있고, 주소는 국내에서 생계를 같이 하는 가족 및 국내에 소재하는 자산의 유무 등 생활관계의 객관적 사실에 따라 판정하며, 거소란 주소지 이외의 장소에 상당기간에 걸쳐 거주한 장소로서 주소와 같이 밀접한 일정한 생활관계가 발생하지 아니하는 장소를 말하고, 국내에 거주하는 개인이 계속하여 183일 이상 국내에 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가진 경우와 국내에 생계를 같이 하는 가족이 있고 그 직업 및 자산상태에 비추어 계속하여 183일 이상 국내에 거주할 것으로 인정되는 경우에는 국내에 주소를 가진 것으로 보며, 국내에 거소를 두고 있던 개인이 출국한 후 다시 입국한 경우에 그 출국한 기간 중 국내에 생계를 같이 하는 가족을 두고 재입국 후 거주할 예정으로 주택 또는 체류장소를 보유하고 있거나 그 출국한 목적이 명백히 일시적인 것으로 인정되는 때에는 그 출국한 기간도 국내에 거소를 둔 기간으로 보고, 국내에 거소를 둔 기간이 1과세기간에 걸쳐 183일 이상인 경우에는 국내에 183일 이상 거소를 둔 것으로 보며, 내국법인의 국외사업장 또는 해외현지법인 등에 파견된 임직원을 거주자로 보도록 규정하고 있다. 한편 「소득세법」상의 거주자의 판단은 국내 생활관계의 객관적인 사실에 따라 판정하여야 하고, 하나의 소득에 대하여 대한민국과 외국에서 이중으로 과세될 수 있는 경우가 아니라 단지 대한민국에서의 과세 여부를 판정하는 사안이라면 국내 생활관계의 객관적인 사실 외에 국외 거주 등의 사실을 고려할 필요는 없다 할 것이다(대법원 1993.5.27. 선고 92누11695 판결, 같은 뜻임).

이 건은 청구인의 국내원천소득인 쟁점부동산의 양도소득에 대하여 「소득세법」에 따라 과세할 때 같은 법에 따른 비과세 등(1세대1주택 비과세, 1세대1주택자에 대한 장기보유특별공제)의 적용 여부를 다투는 것이므로 쟁점부동산의 양도일이 속한 2021년 중 국내 생활관계의 객관적인 사실에 따라 청구인이 「소득세법」상 거주자인지 여부만을 판정하면 되고(청구인이 「소득세법」에 따른 거주자로 판정된다면 쟁점부동산의 양도에 대하여 위 「소득세법」상의 비과세등이 적용되고 비거주자로 판정된다면 같은 법 제121조 제2항 단서에 따라 해당 비과세등이 배제된다 할 것이다), 한ㆍ 일 조세조약 제4조에 따라 대한민국과 일본국 중 어느 나라의 거주자인지 여부까지 판단할 필요는 없다 할 것이다. 이러한 법리에 따라 이 건을 보면 청구인은 쟁점부동산의 양도일이 속한 2021년에는 국내에 체류한 기간이 183일에 미치지 못하는데 반하여 2006년부터 주로 일본국에 체류하면서 일본국 소재의 교회의 목사로 재직하고 있었던 점, 청구인에게 국내에 생계를 같이 하는 가족이 있거나 국내에 계속하여 183일 이상 거주할 것으로 인정되는 직업과 자산을 둔 것으로 인정하기 어려운 점(청구인이 국내에 임차주택을 두거나 상속받은 토지의 지분을 보유 중인 것이 이에 해당된다고 보기도 어렵다), 청구인이 2021년 당시 영주권을 취득하여 7년마다 거류증을 갱신하고 있었던 것으로 보이는 점, 청구인이 제시한 「소득세법 시행령」 제3조는 그 적용 요건(해외현지법인의 경우 내국법인이 발행주식총수 또는 출자지분의 100분의 100을 직접 또는 간접 출자한 경우에 한정한다)을 감안할 때 이 건에 적용하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어, 청구인은 쟁점부동산의 양도일이 속한 2021년 현재 「소득세법」상 비거주자로 봄이 타당하므로, 청구인의 주장을 받아들이기는 어렵다 하겠다.

(다)따라서 처분청이 청구인을 쟁점부동산의 양도일이 속한 2021년 현재 비거주자로 보아 쟁점부동산의 양도에 대하여 청구인이 당초 신고시 적용한 1세대1주택 비과세 및 1세대1주택자에 대한 장기보유특별공제를 배제하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.


4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 소득세법(2021.12.8. 법률 제18578호로 일부개정되기 전의 것)

제1조의2(정의) ①이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1." 거주자" 란 국내에 주소를 두거나 183일 이상의 거소(居所)를 둔 개인을 말한다.
2. " 비거주자" 란 거주자가 아닌 개인을 말한다.
②제1항에 따른 주소ㆍ거소와 거주자ㆍ비거주자의 구분은 대통령령으로 정한다.

제2조(납세의무) ①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인은 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

1. 거주자
2. 비거주자로서 국내원천소득(國內源泉所得)이 있는 개인

제3조(과세소득의 범위) ①거주자에게는 이 법에서 규정하는 모든 소득에 대해서 과세한다. (단서 생략)
②비거주자에게는 제119조에 따른 국내원천소득에 대해서만 과세한다.

제89조(비과세 양도소득) ①다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 " 양도소득세" 라 한다)를 과세하지 아니한다.
3.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 " 주택부수토지" 라 한다)의 양도로 발생하는 소득
가.1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

제95조(양도소득금액) ②제1항에서 " 장기보유 특별공제액" 이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(괄호 생략)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.




제121조(비거주자에 대한 과세방법) ②국내사업장이 있는 비거주자와 제119조 제3호에 따른 국내원천 부동산소득이 있는 비거주자에 대해서는 제119조 제1호부터 제7호까지, 제8호의2 및 제10호부터 제12호까지의 소득(제156조 제1항 및 제156조의3부터 제156조의6까지의 규정에 따라 원천징수되는 소득은 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조 제8호에 따른 국내원천 퇴직소득 및 같은 조 제9호에 따른 국내원천 부동산등양도소득이 있는 비거주자에 대해서는 거주자와 같은 방법으로 분류하여 과세한다. 다만, 제119조 제9호에 따른 국내원천 부동산등양도소득이 있는 비거주자로서 대통령령으로 정하는 비거주자에게 과세할 경우에 제89조 제1항 제3호ㆍ제4호 및 제95조 제2항 표 외의 부분 단서는 적용하지 아니한다.

(2) 소득세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제30395호로 일부개정되기 전의 것)

제2조(주소와 거소의 판정) ①「소득세법」 제1조의2에 따른 주소는 국내에서 생계를 같이하는 가족 및 국내에 소재하는 자산의 유무 등 생활관계의 객관적 사실에 따라 판정한다.
②법 제1조의2에 따른 거소는 주소지 외의 장소 중 상당기간에 걸쳐 거주하는 장소로서 주소와 같이 밀접한 일반적 생활관계가 형성되지 아니한 장소로 한다.
③국내에 거주하는 개인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 국내에 주소를 가진 것으로 본다.
1.계속하여 183일 이상 국내에 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가진 때
2.국내에 생계를 같이하는 가족이 있고, 그 직업 및 자산상태에 비추어 계속하여 183일 이상 국내에 거주할 것으로 인정되는 때
④국외에 거주 또는 근무하는 자가 외국국적을 가졌거나 외국법령에 의하여 그 외국의 영주권을 얻은 자로서 국내에 생계를 같이하는 가족이 없고 그 직업 및 자산상태에 비추어 다시 입국하여 주로 국내에 거주하리라고 인정되지 아니하는 때에는 국내에 주소가 없는 것으로 본다.

제2조의2(거주자 또는 비거주자가 되는 시기) ①비거주자가 거주자가 되는 시기는 다음 각 호의 시기로 한다.
1. 국내에 주소를 둔 날
2. 제2조 제3항 및 제5항에 따라 국내에 주소를 가지거나 국내에 주소가 있는 것으로 보는 사유가 발생한 날
3. 국내에 거소를 둔 기간이 183이 되는 날
②거주자가 비거주자가 되는 날은 다음 각 호의 시기로 한다.
1. 거주자가 주소 또는 거소의 국외 이전을 위하여 출국하는 날의 다음 날
2. 제2조 제4항 및 제5항에 따라 국내에 주소가 없거나 국외에 주소가 있는 것으로 보는 사유가 발생한 날의 다음 날

제3조(해외현지법인등의 임직원 등에 대한 거주자 판정) 거주자나 내국법인의 국외사업장 또는 해외현지법인(내국법인이 발행주식총수 또는 출자지분의 100분의 100을 직접 또는 간접 출자한 경우에 한정한다) 등에 파견된 임원 또는 직원이나 국외에서 근무하는 공무원은 거주자로 본다.

제4조(거주기간의 계산) ①국내에 거소를 둔 기간은 입국하는 날의 다음날부터 출국하는 날까지로 한다.
②국내에 거소를 두고 있던 개인이 출국 후 다시 입국한 경우에 생계를 같이하는 가족의 거주지나 자산소재지등에 비추어 그 출국목적이 관광, 질병의 치료 등으로서 명백하게 일시적인 것으로 인정되는 때에는 그 출국한 기간도 국내에 거소를 둔 기간으로 본다.
③국내에 거소를 둔 기간이 1과세기간 동안 183일 이상인 경우에는 국내에 183일 이상 거소를 둔 것으로 본다.
④「재외동포의 출입국과 법적 지위에 관한 법률」 제2조에 다른 재외동포가 입국한 경우 생계를 같이하는 가족의 거주지나 자산소재지등에 비추어 그 입국목적이 관광, 질병의 치료 등 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하여 그 입국한 기간이 명백하게 일시적인 것으로 기획재정부령으로 정하는 방법에 따라 인정되는 때에는 해당 기간을 국내에 거소를 둔 기간으로 보지 아니한다.

제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ①법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. (후단 생략)
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익
법 제95조 제1항에 따른 양도차익 × [(양도가액 - 9억원) / 양도가액]
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액
법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액 × [(양도가액 - 9억원) / 양도가액]

※ 소득세법 기본통칙

1-3…1(국외사업장 등에 파견된 임원 또는 지구언의 거주자ㆍ 비거주자 판정) ①거주자 또는 내국법인의 국외사업장 또는 해외현지법인(100% 출자법인)에 파견된 임원 또는 직원이 생계를 같이 하는 가족이나 자산상태로 보아 파견기간의 종료 후 재입국할 것으로 인정되는 때에는 파견기간이나 외국의 국적 또는 영주권의 취득과는 관계 없이 거주자로 본다.
②제1항의 규정에 준하여 국내에 생활의 근거가 있는 자가 국외에서 거주자 또는 내국법인의 임원 또는 직원이 되는 경우에는 국내에서 파견된 것으로 본다.

(3)재외동포의 출입국과 법적 지위에 관한 법률

제2조(정의) 이 법에서 " 재외동포" 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

1.대한민국의 국민으로서 외국의 영주권(永住權)을 취득한 자 또는 영주할 목적으로 외국에 거주하고 있는 자(이하 " 재외국민" 이라 한다)
2.대한민국의 국적을 보유하였던 자(대한민국정부 수립 전에 국외로 이주한 동포를 포함한다) 또는 그 직계비속(直系卑屬)으로서 외국국적을 취득한 자 중 대통령령으로 정하는 자(이하 " 외국국적동포" 라 한다)

(4)소득세법 시행규칙

제2조(재외동포의 일시적 입국 사유와 입증방법) ①「소득세법 시행령」(이하 " 영" 이라 한다) 제4조 제4항에서 " 기획재정부령으로 정하는 사유" 는 사업의 경영 또는 업무와 무관한 것으로서 다음 각 호의 것을 말한다. < 개정 2021.3.16.>
1. 단기 관광
2. 질병의 치료
3. 병역의무의 이행
4. 그 밖에 친족 경조사 등 사업의 경영 또는 업무와 무관한 사유
②영 제4조 제4항에서 " 기획재정부령으로 정하는 방법" 이란 다음 각 호의 구분에 따른 자료로서 제1항에 따른 일시적인 입국 사유와 기간을 객관적으로 입증하는 것을 말한다.
1.제1항 제1호에 따른 단기 관광에 해당하는 경우: 관광시설 이용에 따른 입장권, 영수증 등 입국기간 동안 관광을 한 것을 입증할 수 있는 자료
2.제1항 제2호에 따른 질병의 치료에 해당하는 경우: 「의료법」 제17조에 따른 진단서, 증명서, 처방전 등 입국기간 동안 진찰이나 치료를 받은 것을 입증하는 자료
4.제1항 제4호에 따른 친족 경조사 등 그밖에 사업의 경영 또는 업무와 무관한 사유에 해당하는 경우: 사업의 경영 또는 업무와 무관하게 일시적으로 입국한 것을 입증하는 자료

(5) 한ㆍ 일 조세조약

제4조
1. 이 협약의 목적상, " 일방체약국의 거주자" 라 함은 그 체약국의 법에 따라 주소ㆍ거소ㆍ본점 또는 주사무소의 소재지, 또는 이와 유사한 성질의 다른 기준에 따라 그 체약국에서 납세의무가 있는 인을 말한다. 그러나, 이 용어는 동 체약국의 원천으로부터 발생한 소득에 대하여만 동 체약국에서 납세의무가 있는 인은 포함하지 아니한다.
2.이 조 제1항의 규정에 의하여 어느 개인이 양 체약국의 거주자가 되는 경우, 그의 지위는 다음과 같이 결정된다.
가.그는 그가 이용할 수 있는 항구적 주거를 두고 있는 체약국의 거주자로 본다. 그가 양 체약국안에 이용할 수 있는 항구적 주거를 가지고 있는 경우, 그는 그의 인적 및 경제적 관계가 더 밀접한 체약국(중대한 이해관계의 중심지)의 거주자로 본다.
나.그의 중대한 이해관계의 중심지가 있는 체약국을 결정할 수 없거나 또는 어느 체약국안에도 그가 이용할 수 있는 항구적 주거를 두고 있지 아니하는 경우, 그는 그가 일상적 거소를 두고 있는 체약국만의 거주자로 본다.
다.그가 일상적인 거소를 양 체약국안에 두고 있거나 또는 어느 체약국안에도 일상적인 거소를 두고 있지 아니하는 경우, 그는 그가 국민인 체약국의 거주자로 본다.
라.그가 양 체약국의 국민이거나 또는 양 체약국중 어느 국가의 국민도 아닌 경우, 양 체약국의 권한있는 당국은 상호합의에 의하여 문제를 해결한다.

(6)OECD Model Tax Convention 제4조 2항 주석서

(4.12) 그러므로, a목은 조약적용에 있어(두 국가법의 충돌이 있는 경우), 거주는 개인이 주거(home)를 소유하거나 점유하는 장소로 판단함을 의미한다. 이 주거는 영구적인 것으로, 부언하자면, 개인은 단기간 체류할 의도가 명백한 조건으로 특정장소에 체류하는 것이 아닌, 영속적 사용을 위해 주거를 안배하고 보유해야 한다.
Subparagraph a) means, therefore, that in the application of the Convention (that is, where there is a conflict between the laws of the two States) it is considered that the residence is that place where the individual owns or possesses a home; this home must be permanent, that is to say, the individual must have arranged and retained it for his permanent use as opposed to staying at a particular place under such conditions that it is evident that the stay is intended to be of short duration.

(4.13) 주거의 개념과 관련하여, 어떤 형태의 주거이든 고려대상이 됨을 염두에 두어야 한다(개인이 소유하거나 빌린 주택, 아파트, 임차한 가구 딸린 방). 그러나, 주거의 영속성은 필수적이다. 이는 개인이 계속적으로 언제든지 사용할 수 있는 거주를 갖고자 준비하였고, 단기간 체류(관광여행, 사업여행, 교육여행, 학교과정 참여 등)의 필요로 때때로 체류하는 것이 아니어야 한다.
As regards the concept of home, it should be observed that any form of home may be taken into account (house or apartment belonging to or rented by the individual, rented furnished room). But the permanence of the home is essential; this means that the individual has arranged to have the dwelling available to him at all times continuously, and not occasionally for the purpose of a stay which, owing to the reasons for it, is necessarily of short duration (travel for pleasure, business travel, educational travel, attending a course at a school, etc.).

(4.14) 만약 개인이 두 체약국에 항구적 주거를 가지고 있으면, 2항은 그 개인의 인적. 경제적 관련이 더 밀접한 국가에 우선권을 주는데, 이것은 중요한 이해관계의 중심(the center of vital interest)로 이해된다. 거주지가 이 규칙에 따라 결정될 수 없을 때는 2항은 부차적 기준으로, 일상적 거소(habitual abode), 다음엔 국적을 규정하고 있다. 개인이 두 국가의 국민이거나 혹은 모두 아닐 때, 이 문제는 25조에 있는 절차에 따라 관련국간 상호합의로 해결될 수 있다.
If the individual has a permanent home in both Contracting States, paragraph 2 gives preference to the State with which the personal and economic relations of the individual are closer, this being understood as the centre of vital interests. In the cases where the residence cannot be determined by reference to this rule, paragraph 2 provides as subsidiary criteria, first, habitual abode, and then nationality. If the individual is a national of both States or of neither of them, the question shall be solved by mutual agreement between the States concerned according to the procedure laid down in Article 25.


(4.15) 한 개인이 두 체약국 내에 항구적 주거를 가진다면, 그 사람의 인적, 경제적 관계가 두 국가의 주거 중에 어느 것에 더 밀접한지 확실히 하기 위해 사실을 파악할 필요가 있다. 따라서 그의 가족 및 사회관계, 직업, 정치ㆍ문화 및 기타 활동, 사업장소, 재산관리장소 등이 고려되어야 할 것이다. 상황을 전체적으로 검토해야 하지만, 특히 개인의 사적행동에 기초한 판단이 중시되어야 한다. 만약 한 국가에 주거를 가진 사람이 첫 번째 주거를 유지하면서 다른 나라에 두 번째 주거를 가진다면, 그가 항상 살아 왔고, 항상 일해 왔으며, 그의 가족과 소유물을 가지고 있는 상황인 첫 번째 주거를 유지하고 있다는 사실은 다른 요소와 함께 그가 첫 번째 국가에 중요한 이해관계의중심을 유지하여 왔다는 것을 나타낸다.
If the individual has a permanent home in both Contracting States, it is necessary to look at the facts in order to ascertain with which of the two States his personal and economic relations are closer. Thus, regard will be had to his family and social relations, his occupations, his political, cultural or other activities, his place of business, the place from which he administers his property, etc. The circumstances must be examined as a whole, but it is nevertheless obvious that considerations based on the personal acts of the individual must receive special attention. If a person who has a home in one State sets up a second in the other State while retaining the first, the fact that he retains the first in the environment where he has always lived, where he has worked, and where he has his family and possessions, can, together with other elements, go to demonstrate that he has retained his centre of vital interests in the first State.

(4.19) b)목에 규정된 기준의 적용에는 해당 기간 중에 다른 곳이 아닌 양국의 한 곳에서 습관적으로 통상 체류한다는 의미에서 개인이 항상 살았는지에 대한 판단을 필요로 한다. 해당 기간 중 양 체약국의 어디에서 그 개인이 더 많은 날들을 보냈는지를 보는 것만으로 판단을 다 했다고 볼 수 없다. b)목의 불어판에서 사용되는 ‘항상 거주(sejourne de facon habituelle)’라는 용어는 ‘항구적 주거(habitual abode)’라는 의미를 명확히 하는 것으로, 개인 인생의 정해진 일상의 일부인 체류의 빈도, 기간 및 규칙성을 언급하는 것으로 단기체류(transient)를 넘어서는 개념이다.
The application of the criterion provided for in subparagraph b) requires a determination of whether the individual lived habitually, in the sense of being customarily or usually present, in one of the two States but not in the other during a given period; the test will not be satisfied by simply determining in which of the two Contracting States the individual has spent more days during that period. The phrase  "secute;journe de facon habituelle”, which is used in the French version of subparagraph b), provides a useful insight as to the meaning of  "habitual abode”, a notion that refers to the frequency, duration and regularity of stays that are part of the settled routine of an individual’s life and are therefore more than transient.