심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 주식회사 A(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조 제1항에 따른 벤처기업으로 이하  "쟁점법인”이라 한다)의 임원으로 2021.11.23. 쟁점법인의 주주총회 결의로 「벤처기업육성에 관한 특별법」(이하  "벤처기업법”이라 한다) 제16조의4 제1항에 따른 주식매수선택권 80,000주를 부여받아 그 중 32,000주(이하  "쟁점주식”이라 한다)를 2023.12.11. 행사한 후 총 행사이익 OOO원(이하  "쟁점행사이익”이라 한다)에 대하여 「조세특례제한법」(이하  "조특법”이라 한다) 제16조의4에 따른 과세특례(이하  "쟁점과세특례”라 한다)를 적용하고자 2023.12.8. 쟁점법인에 과세특례신청서를 제출하였다.

나. 이후, 청구인은 주식매수선택권 행사를 위하여 2023.11.28. 개설한 증권계좌(OOO 208-01-62****, 이하  "쟁점계좌”라 한다)가 조특법 제16조의4 제8항에서 규정한 ‘주식매수선택권 전용계좌’에 해당하지 아니할 수도 있다고 보아, 2025.1.20. 쟁점행사이익을 소득금액에 합산하여 2023년 귀속 종합소득세 OOO원을 기한 후 신고하면서, 같은 날 처분청에 쟁점과세특례를 적용하여 위 종합소득세액의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

다. 처분청은 쟁점과세특례를 적용받기 위해서는 조특법 시행령에 따라 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래하는 전용계좌를 개설하여야 하나, 청구인이 개설한 쟁점계좌는 이에 해당하지 아니하는 것으로 보아, 2025.3.5. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.14. 이의신청을 거쳐 2025.7.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점과세특례를 적용받기 위한 모든 납세협력의무를 이행하였는바, 청구인이 개설한 쟁점계좌는 조특법상 ‘주식매수선택권 전용계좌’로 볼 수 있으므로, 쟁점과세특례를 적용하여 이 건 종합소득세를 경정하여야 한다.

(가) (조세법률주의) 조특법 제16조의4 제1항은 벤처기업의 임원이 벤처기업에서 부여받은 주식매수선택권 중 일정한 요건을 갖춘 주식매수선택권 행사이익에 대하여 과세특례를 적용받을 수 있음을 규정하고 있고, 같은 조 제8항은  "제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 대통령령으로 정하는 바에 따라 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래하는 전용계좌를 개설하여야 한다”고 규정하고 있는바, 청구인이 주식매수선택권 행사에 따른 주식의 입고 및 거래만을 위하여 개설한 쟁점계좌는 법 문언에 의하더라도 주식매수선택권 전용계좌에 해당한다.

(나) (실질과세원칙) 청구인은 쟁점행사이익과 관련하여 조특법 제16조의4 및 같은 법 시행령 제14조의4의 취지와 실질에 부합하는 방식으로 과세특례를 적용받고자 하였다. 즉 청구인은 오로지 주식매수선택권 행사에 따른 쟁점주식의 취득 및 거래만을 위하여 쟁점계좌를 개설한 것인바(이는 해당 계좌의 개설 시기 및 개설 이후 주식 거래내역에 의하여 명백하게 확인된다), 이는 법령이 요구하는 주식매수선택권 전용 계좌의 실질적 목적 내지 이용 방식에 부합한다.

(다) (제도의 취지) 조특법 제16조의4 및 같은 법 시행령 제14조의4에서 주식매수선택권 전용계좌 개설 및 거래 현황 신고 의무를 부과한 취지는, 해당 조항을 적용받은 주식에 대해 과세관청의 사후관리를 원활히 하고 벤처기업 임직원의 근로의욕을 고취하며, 기업가치 제고를 지원하기 위한 것인바, 해당 조항의 목적은 형식적, 엄격한 요구에 의해 납세의무자를 곤경에 처하게 하려는 것이 아니라, 과세의 명확성과 공정성을 확보하는 데 있다.

청구인은 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래하기 위한 쟁점계좌를 개설ㆍ 사용하였고, 이는 실질적인 주식매수선택권 전용계좌에 해당하는바, 실질 요건이 충족되었음에도 단지 형식적 절차의 일부 흠결만을 이유로 과세특례 적용을 배제하는 것은 실질과세원칙과 조세공평의 원칙 등에 반하여 부당하다.

(2) 청구인의 귀책이 아닌, 금융기관 직원의 과실로 인하여 청구인에게 발생하는 불이익이 과도하다.

(가) 청구인의 입장에서는 일반 증권계좌와 주식매수선택권 전용계좌가 어떻게 다른 것인지, 개설 시점부터 신청서 등이 다른 것인지, 아니면 동일하게 증권계좌가 개설된 이후에 주식매수선택권 전용계좌로 지정이 되는 것인지 등 금융기관의 구체적인 업무 매뉴얼이나 형식적 절차 등에 대하여는 잘 알지 못하고 알 수도 없다.

(나) 청구인은 조특법 및 같은 법 시행령의 규정에 따라 2023년 11월경 금융기관을 방문하여 주식매수선택권 전용계좌의 개설을 요청하였고, 직원의 안내를 받아 계좌를 개설하였을 뿐이며, 해당 계좌 개설 확인서를 첨부하여 조특법 시행령에 따라 2023.12.8. 쟁점법인에게 특례적용신청서를 제출한 것이나, 이후 쟁점계좌가 주식매수선택권 전용계좌가 아니라는 안내를 받고 쟁점계좌에 관한 형식적, 절차적인 문제점이 있다는 것을 사후적으로 인지하였을 뿐이다.

(다) 만약 청구인이 당초부터 조특법에 따른 요건을 충실히 갖추고자 한 것이 아니라면, 쟁점계좌에 문제가 있을 수도 있음을 인지한 이후 소득세를 수정신고하지도 않았을 것이다. 청구인은 관련 법령에 따른 납세협력의무를 충실히 준수하고자 하였으나, 금융기관 직원의 업무상 실수로 인하여 약 OOO원을 기한 후 신고하면서, 처분청에 쟁점과세특례를 적용하여 위 종합소득세액의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

< 표2> 청구인의 기한 후 신고 내역
○○○

(다) 처분청은 청구인의 경정청구를 검토한 결과, 청구인이 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래하는 전용계좌를 개설하지 않은 것을 확인하고, 조특법 제16조의4 제8항의 요건을 미충족한다고 보아 2025.3.5. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

< 표3> 청구인의 경정청구 내역
○○○

(라) 쟁점계좌가 조특법 제16조의4 제8항에서 규정한 청구인이 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래하는 주식매수선택권 전용계좌에 해당하지 아니한다는 점에 대해서는 청구인도 이견이 없으나, 청구인은 쟁점계좌를 개설하여 오로지 쟁점주식만을 거래하였으므로 사실상 전용계좌에 해당한다는 주장이고, 이 사건 주식매수선택권이 조특법 제16조의4 제8항의 주식매수선택권 전용계좌 요건을 충족할 경우 쟁점과세특례 적용 요건을 모두 충족하여 적격주식매수선택권에 해당한다는 사실에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다.

(마) 청구인은 쟁점계좌가 주식매수선택권 전용계좌에 해당한다고 주장하며 쟁점계좌 개설신청서(2023.11.28.), 계좌개설확인서, 쟁점계좌 잔고증명서(2024.12.24.), 특례적용신청서, 행사주식지급명세서, 특례적용대상명세서 등을 제시하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래하기 위하여 쟁점계좌를 개설ㆍ 사용하였고, 이는 실질적인 조특법상 ‘주식매수선택권 전용계좌’로 볼 수 있으므로 쟁점과세특례를 적용하여 이 건 종합소득세를 경정하여야 한다고 주장하나,

조세법률주의의 원칙상 그 과세요건이거나 비과세 요건 또는 조세감면요건을 막론하고 그 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면 요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 2007.10.26. 선고 2007두9884판결 등 같은 뜻임).

조특법 제16조의4 등에 의하면, 벤처기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자가 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대하여 벤처기업 임직원이 과세특례를 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 「소득세법」 제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사 시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있고, 위 특례조항의 위임을 받은 조특법 시행령 제14조의4에 의하면, 쟁점과세특례를 적용받으려는 벤처기업 임직원은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조 제1항에 따른 금융투자업자를 통하여 기획재정부령으로 정하는 계좌를 개설하고, 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서에 기획재정부령으로 정하는 ‘주식매수선택권 전용계좌개설확인서’를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출하여야 하며(제2항), 특례적용신청서를 제출받은 벤처기업은 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 주식매수선택권 전용계좌로 입고하여야 한다고 규정하고 있는바, 청구인이 주식매수선택권 행사를 위하여 2023.11.28. 개설한 쟁점계좌는 주식매수선택권 전용계좌가 아닌 일반 증권계좌로, 결과적으로 청구인이 이 건 주식매수선택권 행사일 전일까지 주식매수선택권 전용계좌를 개설하지 아니하였고, 특례적용신청서에 ‘주식매수선택권 전용계좌개설확인서’를 첨부하여 쟁점법인에게 제출하지 아니한 점, 위 조특법 규정이 쟁점과세특례 적용을 받기 위한 요건으로 주식매수선택권 행사일 전일까지 주식매수선택권 전용계좌를 개설하도록 규정하고 있으므로, 비과세 요건에 해당하는 이 사건 특례조항을 합리적 근거 없이 유추． 확장해석하기 어려운 것으로 보이고, 증권사 직원의 실수로 일반증권계좌가 개설되었다는 이유가 법문언에도 불구하고 쟁점과세특례를 적용하여야 할 특별한 사정에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 조특법에서 주식매수선택권 전용계좌를 개설하도록 한 목적은 주식매수선택권 행사와 관련된 주식 거래의 투명성(일반 주식거래와의 명확한 구분)과 사후관리 등을 위함으로 보이는바, 단순히 납세자에게 협력의무를 부과한 것이 아닌 필수적인 요건이라고 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 관련 서류 제출 및 신고 등의 모든 납세의무를 충실히 이행한 점과 금융기관 직원의 착오로 인하여 주식매수선택권 전용계좌가 아닌 일반계좌가 개설되었음에도 이를 인지한 순간 곧바로 기한 후 신고를 한 점 등을 고려하면 청구인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 존재한다고 주장하나,

세법상 가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고． 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의． 과실은 고려되지 않는 반면, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는 것인바(대법원 2003.1.10. 선고 2001두7886 판결 외 다수, 같은 뜻임),

청구인이 제시한 자료만으로는 증권사 직원의 착오로 인하여 일반 증권계좌가 개설된 것이라는 청구주장이 객관적으로 확인되지 아니하고, 설령 증권사 직원의 착오로 인하여 일반 증권계좌가 개설된 것이라 하더라도, 최종적으로 청구인이 쟁점계좌가 조특법상 ‘주식매수선택권 전용계좌’에 해당하는지 여부 등을 스스로 확인하여 신청하여야 할 책임이 있는 것인 점 등에 비추어 청구인에게 신고ㆍ 납부의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 것으로 판단된다.


4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.