제주세무서장이 2024.12.19. 청구인에게 한 2022년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요



가. 청구인은 2022.10.28. 제주특별자치도 제주시 OOO에 소재하는 주택(이하  "쟁점주택”이라 한다)을 OOO원에 양도하고, 이에 따른 양도차익을 OOO원으로 하여 2023.11.1. 양도소득세 기한 후 신고를 하였다.



나. 처분청은 청구인이 쟁점주택을 양도한 것을 양도소득이 아닌 사업소득에 해당하는 것으로 보아 쟁점주택의 양도가액 OOO원을 사업소득 총수입금액에 산입하였고, 청구인이 양도소득세 기한 후 신고 시에 반영하였던 취득가액 및 필요경비 합계 OOO원 전액을 부인하여 2024.12.19. 청구인에게 2022년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.



다. 청구인은 쟁점주택의 신축공사비 OOO원 등 사업소득 총수입금액에 대응되는 필요경비가 OOO원이라 주장하며 종합소득세 부과처분에 대하여 2025.2.28. 이의신청을 제기하였으며, 이의신청 결과, 청구인이 제시하는 필요경비에 관한 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 등의 사유에 해당하므로 소득금액을 계산할 수 없는 경우로 판단하여 이에 따른 사업소득금액을 추계결정하는 것이 타당한 것으로 결정되었고, 처분청은 청구인의 사업소득금액을 경비율로 추계경정하여 2022년 귀속 종합소득세를 OOO원으로 감액하였다.



라. 청구인은 이에 불복하여 2025.6.13. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구인 주장



(1) 이 건 쟁점주택을 신축하여 양도한 것과 관련하여 청구인이 주장하는 사실관계는 다음과 같다.



(가) 청구인은 호주에서 장기간 거주하던 중 귀국하여 재외국민인 상태에서 개인사업자 a을 개업하여 타일공사, 방수공사 등 소규모 건축사업을 영위하다가 법인사업자로는 주택 신축 및 판매를, 개인사업자로는 기타 소규모 주택 관련 개별 공사용역을 제공하기 위하여 2021.4.25. 자본금 OOO원으로 법인 ㈜a(청구인이 대표이자 1인 주주이며 이하  "쟁점법인”이라 한다)을 설립하여 단독주택공사업을 영위하였다.



(나) 청구인은 주택 신축 및 판매업을 위하여 2021년 9월 제주특별자치도 OOO농지를 취득하였고, 아래 ＜표1＞과 같이 이를 OOO 3필지로 분할하여 쟁점법인은 신축공사를 맡아 2021년 말 착공하여 2022년 말 준공하였다.



＜표1＞ 주택 신축공사 착공 및 사용승인일



위 주택 신축공사와 관련하여 쟁점법인의 대표인 청구인은 쟁점법인에 선수금 등의 명목으로 2022년 1월부터 2023년 4월까지 합계 OOO원을 입금하였다.



(다) 청구인은 신축공사가 완료되자 2022년 10월, 2022년 11월 쟁점주택을 포함하여 총 3채의 주택을 취득하였고, 2022.10.28. 쟁점주택을 OOO원에 양도하였는데, 청구인은 호주에서 장기간 거주하다가 귀국한 지 얼마되지 않아 세법을 잘 알지 못하여 쟁점주택을 양도하였음에도 청구인에게 신축공사 용역을 제공한 쟁점법인은 이와 관련하여 공급시기에 맞추어 계산서를 발행하지 아니하였으며 쟁점법인의 관련 제세를 적법하게 신고ㆍ납부하지 못하였고, 쟁점주택을 양도한 청구인 또한 이에 대한 소득을 적시에 사업소득으로 신고ㆍ납부하지 못하였다.



(라) 추후 쟁점법인은 공급시기가 지나 청구인에게 종이계산서 OOO원(주택 1채당 OOO원)을 발행하였고, 쟁점주택 등의 신축공사 용역과 관련한 2022년 제2기 부가가치세 매입세액 OOO원을 모두 불공제 처리하였으며 2022사업연도 신축공사 용역 매출 OOO원을 법인의 수익으로 익금산입 및 공사원가 OOO원을 손금산입하여 각각 수정신고ㆍ납부하였다.



(마) 청구인은 쟁점주택의 신축공사비 OOO원 등 사업소득 총수입금액에 대응되는 필요경비가 OOO원이라 주장하며 종합소득세 부과처분에 대하여 2025.2.28. 이의신청을 제기하였는데, 이의신청 결과, 청구인이 필요경비의 증빙서류로 제출한 금융자료는 주택신축 사업과 직접 연관이 있는지 불분명하므로 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 등의 사유에 해당하여 추계로 사업소득금액을 결정함이 타당하다고 결정하였고, 아래 ＜표2＞와 같이 처분청은 청구인의 사업소득금액을 경비율로 추계경정하였다.



＜표2＞ 처분청의 청구인에 대한 종합소득세 추계경정내역

(단위 : 원)



위 종합소득세 추계경정에 따른 산출내역을 검토한 결과, 처분청은 추계소득금액 계산 시 기신고한 식당 타일공사용역에 따른 수입금액 OOO원을 합산하여 총수입금액을 OOO원으로 하고, 가산세 계산 시 당초 2022년 귀속 종합소득세를 신고ㆍ납부하였음에도 부당무신고가산세율 40%를 적용하고, 가산세 계산 시 산출세액에서 기납부세액을 공제하여야 함에도 가산세를 적용한 후 총결정세액에 기납부세액을 공제하였다.



(2) 쟁점법인이 청구인에게 제공한 쟁점주택 등의 신축공사 용역과 관련하여 발행한 계산서는 객관적인 증빙이며 용역대가 OOO원은 시가로서 적정하므로 청구인의 사업소득 필요경비로 인정하여야 한다.



(가) 당초 신축공사 용역을 제공한 쟁점법인은 이와 관련하여 공급시기에 맞추어 계산서를 발행하지 아니하였으며 쟁점법인의 관련 제세를 적법하게 신고ㆍ납부하지 못하였으나, 추후 쟁점법인은 공급시기가 지나 청구인에게 종이계산서를 발행하였고, 쟁점주택 등의 신축공사 용역과 관련한 2022년 제2기 부가가치세 매입세액을 모두 불공제 처리하며 2022사업연도 신축공사 용역에 대한 매출 및 원가를 반영하여 각각 수정신고ㆍ납부하였다.



(나) 청구인은 쟁점주택 양도에 따른 양도소득세 기한 후 신고 과정에서 쟁점법인의 부가가치세 및 법인세 신고 또한 잘못되었다는 세무대리인의 자문 결과에 따라 위 사실관계에서 기술한 대로 수정신고를 진행하였는데, 위와 같이 청구인은 본인의 잘못을 깨닫고 세법에 따라 적법한 절차를 지키는 과정에서 쟁점법인으로부터 제공받은 쟁점주택 등의 신축공사 용역에 대하여 비록 공급시기가 한참 지나 전자계산서를 발급받지 못하여 부득이 종이계산서를 발급받았으나 이를 청구인은 양도소득세 기한 후 신고의 필요경비 증빙으로 제출하였다.



(다) 쟁점법인이 청구인에게 쟁점주택을 포함한 주택 3채의 신축공사 용역을 제공한 것에 대하여 종이계산서를 발급하고 처분청이 결정 또는 경정을 통지하기 전에 「국세기본법」 제45조에 따라 부가가치세 및 법인세를 수정신고 하였으므로 「국세기본법」 제22조의2에 따라 수정신고의 확정력이 발생하는바, 따라서 청구인이 쟁점법인으로부터 수령한 쟁점주택 신축공사 용역에 대한 계산서는 필요경비의 증빙으로 적법하다.



(라) 쟁점법인이 청구인에게 제공한 쟁점주택 신축공사 용역의 공급대가 OOO원은 쟁점법인의 수익률인 9.87%*에 의하여 산정된 것으로서 아래 ＜표3＞과 같이 주요 대형건설사 영업이익률을 감안하여 제3자간 통상적인 거래에 통용되는 수익률로 볼 여지가 충분하므로 부당행위계산부인 및 시가에 대하여 규정한 「법인세법」 제52조 및 같은 법 시행령 제89조 제4항 제2호에 따라 시가로 볼 수 있다.



＜표3＞ 주요 대형건설사 영업이익률(2024.2.4.자 OOO기사)



(마) 청구인의 쟁점주택 취득시점은 2022.10.14.이며 양도시점은 2022.10.28.로 불과 14일밖에 차이가 나지 않으며 이 경우 쟁점주택의 취득시점의 시가와 양도시점의 시가는 차이가 나지 않아야 타당하고, 만약 청구인이 쟁점법인으로부터 쟁점주택을 저가에 취득하여 시가에 양도하였다면 「법인세법」상 부당행위로 저가와 시가와의 차이에 대해 청구인에게 소득처분을 해야 하는데, 취득세를 포함한 쟁점주택의 토지매입가액은 OOO원, 신축공사비용 OOO원, 쟁점주택 취득세 및 법무사 비용 OOO원 합계 OOO원으로 쟁점주택의 양도가액 OOO원에서 토지매입가액 등을 제외하면 OOO원이므로, 청구인이 쟁점법인으로부터 제공받은 쟁점주택의 신축공사 용역대가 OOO원은 「법인세법」 및 같은 법 시행령에서 정하는 시가의 범위 안에 있음을 알 수 있다.



(3) 쟁점법인은 청구인에게 쟁점주택 등 신축공사 용역을 제공하였으며 청구인은 쟁점법인에 신축공사 대금 지급을 완료하였다.



(가) 청구인과 쟁점법인 간에 체결한 쟁점주택 하도급계약서에는 계약금 OOO원으로 지급일자는 없고, 잔금만 공사완료 후 OOO원 입금이라고 되어 있으며, 또한 부가가치세 포함이라고 기재되어 있는데, 이는 누가 보아도 허술한 계약서이며 부가가치세 과세인지 면세인지도 구분 못하는 계약서인데, 처분청의 관점에서 계약서에는 공정 내용 및 공정별 원가, 대금지급 시기, 하자보수 등의 내용이 반드시 포함되어야 하는 것으로 보인다.



(나) 그러나 청구인과 쟁점법인이 합당한 계약서를 작성할 능력도 없이 사업을 진행했다는 점은 잘못이지만 그렇다고 하여 세법상 실질과세 원칙에 따라 쟁점법인이 신축공사 용역을 제공하였고 청구인이 이를 제공받았다는 사실은 변함이 없다.



(다) 청구인은 쟁점법인을 건축업자로 하여 쟁점주택 등에 대한 신축공사를 시작했으니 법인의 공사대금을 청구인이 마련할 수밖에 없었고 공사대금을 입금할 경우 계약서에 따라 입금하는 것이 아니라 필요한 그때마다 입금할 수밖에 없었다.



(라) 처분청은 청구인이 쟁점법인에 2022년 OOO원, 2023년 4월까지 총 OOO원을 입금한 사실은 확인되나, 계약서 작성일 이전부터 수시로 입금했고 입금 금액이 계약서 금액과 일치하지 않는다는 이유로 쟁점주택 공사대금으로 지급한 것인지 불분명하다는 의견이나, 쟁점법인은 청구인의 쟁점주택을 포함하여 총 3채 주택의 신축공사를 진행하였는데, 처분청은 쟁점주택 1채에 대한 대금지급이 계약서대로 이루어졌는지를 볼 것이 아니라 총 3채의 대금이 제대로 지급되었는지를 확인하여야 하고 위 입금내역에 따라 당연히 쟁점주택의 대금지급이 완료되었다고 보아야 한다.



(마) 통상적으로 제3자와의 거래에서도 계약서대로 대금지급이 이루어지지 않는 경우가 자주 있고, 1인 주주 법인이라면 대표 본인의 신축공사에 대하여 더더욱 계약서대로 대금을 지급하지 않고 필요할 때 입금하는 것이 자연스러울 수 있는데, 그렇다고 하여 처분청의 의견과 같이 공사대금으로 지급한 것인지 불분명하다고 볼 수는 없다.



(바) 청구인은 주택 3채 중 1채만이 양도되었음에도 2023년 4월까지 쟁점법인에 신축공사 대금을 전부 입금하여 법인의 대표로서 책임을 다하였고, 비록 2022.6.30. 쟁점법인과 체결한 OOO원의 쟁점주택 하도급계약서의 대금지급 조건과는 다르나, 2022년 초부터 2023년 4월까지 주택 3채 신축에 필요한 공사비용을 수시 입금하는 방식으로 청구인이 쟁점법인에 지급하여야 할 용역 대금 OOO원을 전부 지급하였으므로 쟁점주택에 대한 신축공사비 OOO원에 대한 필요경비로 인정하여야 한다.



(4) 종합소득세 추계경정에 따른 가산세 등 산출내역은 적정하지 않다.



(가) 처분청은 추계소득금액 계산 시 기신고한 식당 타일공사용역에 따른 수입금액 OOO원을 합산하여 총수입금액을 OOO원으로 하고, 가산세 계산 시 당초 2022년 귀속 종합소득세를 신고ㆍ납부하였음에도 부당무신고가산세율 40%를 적용하고, 가산세 계산 시 산출세액에서 기납부세액을 공제하여야 함에도 가산세를 적용한 후 총결정세액에 기납부세액을 공제하였다.



(나) 사업소득 추계경정 시에 기신고한 식당 타일공사용역에 따른 수입금액 OOO원은 제외하고 계산하는 것이 타당하고, 부당무신고가산세율 40%가 아닌 일반과소신고가산세율 10%를 적용하는 것이 타당하며, 산출세액에서 기납부세액을 공제하여 가산세를 계산하는 것이 타당하다.



나. 처분청 의견



(1) 쟁점주택 신축공사비 OOO원은 객관적인 증빙서류로 인정할 수 없으므로 당초 이를 필요경비에서 부인한 처분은 정당하다.



(가) 쟁점법인은 2022년 제2기 부가가치세 정기신고 시에 무실적으로 신고하여 예정신고 시에 신고한 미환급세액을 포함하여 매입세액을 환급받았으나, 쟁점법인은 환급받은 매입세액에 대하여 매입세액 불공제를 사유로 수정신고하였는데, 처분청은 위 쟁점법인의 부가가치세 수정신고와 관련하여 소명을 요청하거나 수정신고를 권장한 사실이 없으며 쟁점법인이 임의로 수정신고를 하였고, 청구인은 이 일련의 과정을 거쳐 쟁점법인으로부터 받은 종이계산서 및 도급계약서를 근거로 신축공사비 OOO원을 계상하여 양도차익을 OOO원으로 하여 양도소득세 기한 후 신고하였다.



(나) 청구인의 사업이력에 의하면, 건설업종의 개인사업자를 운영하고 있어 충분히 직접 신축공사할 충분한 능력을 갖추고 있으며 쟁점주택에 대한 건축물관리대장에 공사시공자가 청구인 개인으로 등재되어 있는데, 이는 청구인 개인이 직접 자가 공사를 시행하여 환급 신청한다면 국민주택 규모 미만인 쟁점주택 신축공사에 따른 부당 환급임을 확인됨으로 우회적으로 쟁점법인이 신축공사에 따른 매입자료를 수취하여 환급 신청한 것으로 보인다.



(다) 그런데 당초 기한 내 양도소득세 예정신고를 하려다 보니 기본적인 토지 매입비용, 취득세 및 법무사 비용만으로는 양도소득세가 과다하게 발생할뿐더러 건설비용에 대한 문제점을 인식하게 되었고, 이로 인하여 쟁점법인이 기존에 받은 부가가치세 환급도 부당환급으로 판정될 것을 우려한 것으로 보인다.



(라) 쟁점주택 신축공사비 OOO원의 증빙자료로 쟁점법인이 발급한 종이계산서를 제출하였으나 이는 사후에 작성한 것으로 보이고, 2020.6.30. 체결된 쟁점주택 신축공사에 대한 하도급계약서에 공사대금은 총 OOO원으로 계약금 OOO원, 완공 시 OOO원을 지급할 조건으로 계약하였으나 금융거래내역에 의하면 대금 지급 조건과 전혀 맞지 않아 이는 통상적이며 정상적인 거래라고 볼 수 없다.



(마) 또한 주택 3채의 신축공사 용역대가 OOO원과 관련하여 청구인이 제출한 금융거래내역에 의하면 2022년 1월부터 2022년 12월 말까지 쟁점법인 계좌로 OOO원이 입금되었으며 2023년 4월까지 계속하여 OOO원을 입금받은 내역이 확인되나, 계약서 작성일 이전부터 청구인이 쟁점법인에 금원을 수시로 입금하였고, 또한 거래내역 및 금액도 신축공사대금으로 지급한 것인지 불분명하다.



(바) 따라서 쟁점주택 신축공사비 OOO원에 대해서는 객관적인 증빙서류로 인정할 수가 없으므로 당초 비용 부인 처분은 정당하나, 다만 객관적인 증빙자료로 확인되는 토지 매입비용, 취득세 및 법무사 비용에 대해서는 필요경비로 인정함이 타당하다.



(2) 처분청은 예비적 쟁점에 대하여는 의견을 제시하지 아니하였다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁 점



① (주위적) 쟁점주택의 신축공사비를 사업소득의 필요경비로 인정하여 공제하여야 한다는 청구주장의 당부



② (예비적) 종합소득세 추계경정에 따른 가산세 등 산출내역의 적정 여부



나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.



(가) 청구인은 아래 ＜표4＞와 같이 2022.10.28. 쟁점주택을 OOO원에 양도하고, 취득가액 및 필요경비를 아래와 같이 OOO원으로 하여 양도차익을 OOO원으로 2023.11.1. 2022년 귀속 양도소득세를 기한 후 신고하였다.



＜표4＞ 양도소득세 신고 시 쟁점주택 취득가액 및 필요경비 내역

(단위 : 원)



(나) 처분청은 청구인이 쟁점주택을 양도한 것을 양도소득이 아닌 사업소득에 해당하는 것으로 보아 쟁점주택의 양도가액 OOO원을 사업소득 총수입금액에 산입하였고, 청구인이 양도소득세 기한 후 신고 시에 반영하였던 취득가액 및 필요경비 합계 OOO원 전액을 부인하여 2024.12.19. 청구인에게 2022년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다가,



청구인이 쟁점주택의 신축공사비 OOO원 등 사업소득 총수입금액에 대응되는 필요경비가 OOO원이라 주장하며 종합소득세 부과처분에 대하여 2025.2.28. 이의신청을 제기한 결과, 사업소득금액을 추계결정하는 것이 타당한 것으로 결정됨에 따라 처분청은 청구인의 사업소득금액을 경비율로 추계경정하여 2022년 귀속 종합소득세 OOO원으로 경정한 것으로 아래 ＜표5＞ㆍ＜표6＞과 같이 나타난다.



＜표5＞ 처분청의 청구인에 대한 종합소득세 경정내역

(단위 : 원)



＜표6＞ 청구인에 대한 종합소득세 추계경정내역

(단위 : 원)



처분청은 청구인의 사업소득에 대하여 추계소득금액을 산출하면서 쟁점주택 양도가액 OOO원 외에 청구인이 기신고한 수입금액 OOO원을 합산하여 총수입금액을 OOO원으로 하고, 부당무신고가산세율 40%를 적용하였으며, 총결정세액에서 기납부세액을 공제한 것으로 나타난다.



(다) 국세통합전산망에 의하면, 청구인의 사업자등록 현황은 아래 ＜표7＞과 같이 나타난다.



＜표7＞ 청구인의 사업자등록 현황



(라) 청구인은 쟁점주택의 신축공사를 진행하기 위하여 2022.6.30. 쟁점법인과 하도급계약서를 체결하였으나, 계약금 OOO원, 잔금 OOO원으로 하여 공사기간 없이 작성된 것으로 나타나며, 쟁점법인은 쟁점주택을 포함하여 주택 3채의 신축공사 용역을 완료하고 쟁점주택 신축공사 용역의 공급시기를 경과한 2022.10.10., 10.14.(쟁점주택), 11.23. 청구인에게 각 OOO원의 종이계산서를 발행한 것으로 나타난다.



(마) 쟁점주택의 부동산매매계약서 및 등기사항전부증명서에 의하면 청구인이 2022.10.14. 쟁점주택을 소유권보존등기하였고, 2022.10.19. 매매를 원인으로 2022.10.28. 소유권이전등기한 것으로 나타나며, 일반건축물대장상 공사시공자(현장관리인)는 청구인으로 나타난다.



(바) 청구인은 호주에서 장기간 거주하다가 귀국한 지 얼마되지 않아 세법을 잘 알지 못하여 청구인에게 신축공사 용역을 제공한 쟁점법인은 이와 관련하여 공급시기에 맞추어 계산서를 발행하지 아니하였으며 쟁점법인의 관련 제세를 적법하게 신고ㆍ납부하지 못하였다고 주장하는데,



쟁점법인은 2023.8.24. 쟁점주택의 공급시기가 지나 청구인에게 쟁점주택을 포함한 주택 3채의 신축공사 용역을 완료한 것과 관련하여 합계 OOO원의 종이계산서를 발행하였고, 같은 날 아래 ＜표8＞~ ＜표12＞와 같이 쟁점주택 등의 신축공사 용역과 관련한 2022년 제2기 부가가치세 매입세액 OOO원에 대하여 모두 불공제 처리함에 따라 부가가치세를 수정신고하였으며, 2025.2.28. 쟁점법인의 2022사업연도 신축공사 용역 매출 OOO원을 법인의 수익으로 익금산입 및 관련 공사원가 합계 OOO원을 손금산입하여 법인세 수정신고한 것으로 나타난다.



＜표8＞ 쟁점법인의 2022년 제2기 부가가치세 매입세액 불공제내역



(아래 ＜표9＞ 삽입을 위한 여백)



＜표9＞ 쟁점법인 2022년 제1기 및 제2기 세금계산서 수취내역



＜표10＞ 쟁점법인의 2022사업연도 법인세 수정신고내역

(단위 : 원)



＜표11＞ 쟁점법인의 2022사업연도 법인세 수정신고서 일부



＜표12＞ 쟁점주택 신축공사 관련 매출원가 내역

(단위 : 원)



(사) 쟁점법인의 금융거래내역에 의하면, 쟁점주택을 포함한 주택 3채의 신축공사 용역대가 OOO원과 관련하여 청구인은 2022.6.30. 쟁점법인과 하도급계약서를 체결하기 전인 2022년 1월부터 시작하여 2022년 12월 말에 이르기까지 쟁점법인 계좌로 OOO원을 입금하였고, 청구인은 다음 해 2023년 4월까지 계속하여 쟁점법인에게 합계 OOO원을 입금한 내역이 아래와 같이 확인된다.



＜신축공사 용역대가 관련 쟁점법인 금융거래내역＞



(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.



(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점주택의 신축공사비로 계상한 OOO원의 종이계산서에 대하여 객관적인 증빙서류로 인정할 수 없으므로 사업소득금액을 추계결정한 이 건 처분은 정당하다는 의견이나, 청구인은 쟁점법인으로부터 신축공사 용역을 제공받아 쟁점주택을 포함한 3채의 주택을 취득하는 시점에 적격증빙인 전자계산서를 수취하지 못하였으나, 쟁점법인이 청구인에게 추후에 종이계산서를 발급하고 주택 신축공사와 관련한 매입세액을 불공제하는 내용의 부가가치세를 수정신고하였으며, 이 건 주택 신축공사 매출액 OOO원을 익금산입하여 법인세를 수정신고하는 등 이를 적정하게 바로잡은 것으로 나타나는 점,



쟁점법인의 2022년 제1기 및 제2기 세금계산서 수취내역을 보면, 각 공사업체로부터 2022.2.28.부터 2022.8.8.까지 OOO원에 해당하는 세금계산서를 수취한 것으로 나타나고, 쟁점법인은 2025.2.28. 2022사업연도 신축공사 용역 매출액 OOO원을 법인의 수익으로 익금산입하고 관련 공사원가 합계 OOO원을 손금산입한 것으로 나타나는 점, 청구인의 금융거래내역에 따르면 청구인이 2022.1.부터 2022.12.까지 쟁점법인에 OOO원을 입금하였고, 2023.4.까지는 OOO원을 입금한 것으로 나타나는 점 등으로 볼 때, 쟁점법인이 이 건 주택의 신축공사를 시행한 것으로 볼 수 있는 점, 쟁점법인이 실제 청구인에게 주택 신축공사 용역을 제공하고 쟁점주택을 양도한 사실을 인정하는 경우에는 청구인의 쟁점주택 취득가액도 특별한 사정이 없는 한 인정하는 것이 합리적으로 보이는 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점법인으로부터 교부받은 계산서상 매입금액 OOO원은 청구인의 쟁점주택 매출에 따른 사업소득에 대한 필요경비로 인정하는 것이 타당하다 할 것이다.



따라서, 처분청은 청구인이 신고한 필요경비 OOO원을 부인하고 청구인에게 2022년 귀속 종합소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.



(나) 쟁점②는 쟁점①이 인용됨에 따라 실익이 없어 심리를 생략한다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 국세기본법



제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.



제22조의2(수정신고의 효력) ① 제22조 제2항 각 호에 따른 국세의 수정신고(과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자의 수정신고로 한정한다)는 당초의 신고에 따라 확정된 과세표준과 세액을 증액하여 확정하는 효력을 가진다.

② 제1항에 따른 국세의 수정신고는 당초 신고에 따라 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.



(2) 소득세법



제27조(사업소득의 필요경비의 계산) ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.

③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



제80조(결정과 경정) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.



제160조(장부의 비치ㆍ기록) ① 사업자(국내사업장이 있거나 제119조 제3호에 따른 소득이 있는 비거주자를 포함한다. 이하 같다)는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록ㆍ관리하여야 한다.

② 업종ㆍ규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자가 대통령령으로 정하는 간편장부(이하  "간편장부”라 한다)를 갖춰 놓고 그 사업에 관한 거래 사실을 성실히 기재한 경우에는 제1항에 따른 장부를 비치ㆍ기록한 것으로 본다.

③ 제2항에 따른 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자는  "간편장부대상자”라 하고, 간편장부대상자 외의 사업자는  "복식부기의무자”라 한다.



(3) 소득세법 시행령



제143조(추계결정 및 경정) ①법 제80조 제3항 단서에서  "대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산할 때 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 한국표준산업분류에 따른 동종업종 사업자의 신고내용 등에 비추어 수입금액 및 주요 경비 등 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모ㆍ종업원수ㆍ원자재ㆍ상품 또는 제품의 시가ㆍ각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우



제208조(장부의 비치ㆍ기록) ①법 제160조 제1항의 장부는 사업의 재산상태와 그 손익거래내용의 변동을 빠짐없이 이중으로 기록하여 계산하는 부기형식의 장부를 말한다.

② 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 장부를 비치ㆍ기장한 것으로 본다.

1. 이중으로 대차평균하게 기표된 전표와 이에 대한 증빙서류가 완비되어 사업의 재산상태와 손익거래내용의 변동을 빠짐없이 기록한 때

2. 제1항의 장부 또는 제1호의 전표와 이에 대한 증빙서류를 전산처리된 테이프 또는 디스크등으로 보관한 때

③ 삭제 ＜1998. 12. 31.＞

④ 삭제 ＜1998. 12. 31.＞



(4) 법인세법



제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하  "부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하  "시가”라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



(5) 법인세법 시행령



제88조(부당행위계산의 유형 등) ①법 제52조 제1항에서  "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다.

③ 제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다.



제89조(시가의 범위 등) ④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 자산(금전은 제외한다) 또는 용역을 제공할 때 제1항 및 제2항을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 시가로 한다.

2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서  "원가”라 한다)과 원가에 해당 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래 또는 특수관계인이 아닌 제3자간의 일반적인 용역제공거래를 할 때의 수익률(기업회계기준에 따라 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액