심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구인은 2021.5.21. 경기도 하남시 OOO목장용지 1,051 m2(이하  "쟁점토지”라 한다)를 공익사업의 시행자인 OOO(이하  "공익사업시행자”라 한다)에게 ‘2021.8.25.자 공공용지의 협의취득’을 등기원인으로 수용가액 OOO원(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제63조 제1항 단서에 따라 대토보상)에 양도하고, 2021.8.2. 2021년 귀속 양도소득세 신고 시「조세특례제한법」(이하  "조특법”이라 한다) 제77조의2 제1항의 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례에 따라 쟁점토지의 양도가액 중 OOO원(77.15%)에 해당하는 부분은 세액감면(OOO원)을, 나머지 OOO원(22.85%)에 해당하는 부분은 과세이연을 각각 적용하여 세액감면 및 과세이연신청서를 제출하고, 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 납부하였다.


나. 처분청은 위 청구인의 양도소득세 신고내용을 서면검토한 결과, 쟁점토지에 대한 공익사업시행자가 조특법 제77조의2 제2항에 따른 대토보상 명세를 통보하지 아니한 것을 확인한 후 쟁점토지가 양도소득세 과세특례 적용대상이 아니라고 보아, 2021.10.21. 청구인에게 과세예고통지를 하였고, 청구인은 이에 불복하여 2021.11.19. 처분청에 과세전적부심사청구를 제기하였다.



다. 한편, 처분청은 공익사업시행자가 2021.9.7. 쟁점토지에 대한 대토보상 명세를 통보하였고, 그 제출이 납세협력의무에 지나지 않는데, 동 명세의 지연제출을 이유로 쟁점토지의 양도를 양도소득세 과세특례 적용대상에서 배제할 수는 없다고 보아, 위 과세예고통지를 직권으로 취소하고 2021.12.23. 청구인에게 과세전적부심사결정(심사제외결정) 통지를 하였다.



라. 이후 처분청은 2022.3.16.부터 2022.4.4.까지 청구인의 쟁점토지에 대한 양도소득세 세액감면과 과세이연의 중복 적용에 따른 적정성 여부를 판단하기 위하여 양도소득세 조사를 실시하였고, 그 과정에서 법령 해석상 이견이 있다고 보아, 국세청에 과세기준자문을 신청한 후 그 결과에 따라 세무조사결과통지를 받는 것으로 하여 2022.3.31. 청구인으로부터 과세기준자문 납세자 동의서를 제출받고 국세청에 과세기준자문을 신청하였으며, 이후 2022.4.14. 청구인에게 부분종결한다는 내용의 세무조사결과통지(결정 또는 경정할 내용 없음)를 하였다.



마. 처분청은 2025.2.7. 국세청장으로부터 쟁점토지의 양도에 대한 양도소득세 세액감면(OOO원 한도)만을 적용하는 것이 타당하다는 과세기준자문 결과내용을 수보한 후, 2025.3.12. 청구인에게 세무조사결과통지를 하였고, 청구인이 과세전적부심사청구를 제기하지 않자 2025.5.7. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ 고지하였다.



바. 청구인은 이에 불복하여 2025.6.29. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구인 주장



(1) 이 건 부과처분은「국세기본법」제81조의4에 따른 세무조사권 남용금지 원칙에 위배되는 위법ㆍ 부당한 처분이다.



(가) 처분청은 2021년 10월경 청구인의 양도소득세 신고납부에 대한 과세예고통지(대토보상에 대한 과세특례 배제)를 하였고, 이에 청구인은 2021.11.19. 과세전적부심사청구를 제기하였다.



(나) 청구인은 그 중간 과정이 어떻게 진행되었는지 알 수 없으나, 2022.4.12. 처분청으로부터 2021년 귀속 양도소득세 세무조사결과통지(부분 종결)를 받았는데, 그 내용은 청구인에게 아무런 부과처분도 하지 않는다는 것이었고, 청구인은 2021년경 위 과세전적부심사청구가 인용된 것으로 이해하고 있었다.



(다) 그런데, 처분청은 청구인의 과세전적부심사청구에 대한 아무런 결과통지를 하지 않았고, 2022년 4월경 세무조사 시 결정 또는 경정할 내용이 없다는 세무조사결과통지(부분 종결)를 한 후, 갑자기 2025년경 청구인에게 세무조사결과통지 및 이 건 부과처분을 하였는데, 이는 2021년경 과세예고통지내용 및 2022년경 세무조사결과통지내용과 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사에 따른 것으로,「국세기본법」제81조의4 세무조사권 남용금지 원칙에 위배된다 할 것이다.



(2) 청구인은 동일한 과세대상 물건에 대하여 세액감면과 과세이연을 중복 적용한 것이 아니다.



(가) 청구인은 쟁점토지 중 일부에 대하여는 세액감면만 받고, 과세이연은 하지 않았으며, 그 나머지에 대하여는 과세이연만 하고 세액감면을 받지 아니하는 등 쟁점토지에 대한 세액감면과 과세이연을 동시에 적용하지 않았다.



(나) 조특법 제127조 제7항 단서는 1필의 토지를 분할하여 일부에 대하여는 특정 혜택을 받고, 나머지에 대하여는 다른 혜택을 받는 것을 인정하고 있다. 또한 과세관청도 같은 취지로 1필의 일부에 대하여는 감면을 받고, 나머지에 대하여는 과세이연하는 것을 일관되게 인정해 왔다(사전-2021-법령해석재산-1028, 2021.12.14., 아래 참조). 이에 청구인은 위 예규 등에 따라 쟁점토지의 일부에 대하여 세액감면을, 나머지에 대하여 과세이연을 하였던 것이다.



(다) 그런데, 청구인이 쟁점토지에 대하여 양도소득세 자진납부세액을 신고ㆍ 납부한 이후인 2022.12.31. 다음과 같이 예규가 변경(기획재정부 재산세제과-1578, 2022.12.23.)되었다.



(라) 만약 위 예규의 변경 취지가 양도소득세 감면혜택을 받은 세액에 대하여 과세이연의 혜택을 받을 수 없다는 취지라면, 기존의 예규와 충돌하지 않는다. 이 건에서도 자진납부세액 부분에 대해 과세이연을 받을 수 없다는 취지인 것이고, 이는 동일한 부분에 대하여 감면 혜택과 과세이연 혜택을 중복하여 받을 수 없다는 것이므로 청구인도 아무런 이견이 없다.



(마) 그러나, 위 예규의 취지가 1필의 토지 중 일부 부분에 대하여는 감면 혜택을 받고 나머지 부분에 대하여는 과세이연을 받는 것을 금지하는 취지라면, 조특법 해석상 그렇게 해석할 아무런 근거가 없고, 기존의 예규와도 충돌하는 것이므로 이는 타당하지 않다.



(바) 한편, 단일 조항에 열거된 혜택이라 하더라도 조특법 제127조 제7항 단서의  "다른 감면규정”에 해당한다.



처분청은 기획재정부 예규(재산세제과-1578, 2022.12.23.)에 따라 이 건의 경우에 있어 세액감면 혜택과 과세이연 혜택이 조특법 제77조의2 제1항이라는 단일 조항에 열거되어 있으므로 조특법 제127조 제7항 단서의  "특정의 감면규정”과  "다른 감면규정”에 해당하지 않는다는 의견이나, 이는 다음과 같이 합당하지 않다.



먼저, 조특법 제127조 제7항 단서에는  "특정의 감면규정”과  "다른 감면규정”이 다른 조항에 기재되어 있어야 한다는 제한 조항이 없다. 혜택의 내용이 다르다면 다른 감면규정에 해당하는 것으로 해석하여야 한다.



둘째, 이 건의 경우 세액감면과 과세이연이 같은 조항에 기재된 것은 입법기술적인 필요에 불과하다. 입법자의 취지는 대토보상의 경우 세액감면의 혜택 또는 과세이연의 혜택을 주겠다는 것인데, 세액감면의 혜택을 주는 요건과 과세이연의 혜택을 주는 요건이 서로 동일하므로 같은 조항에 열거한 것일 뿐이다. 만약 조특법의 규정 체계가 혜택의 종류별로 나누어 규정된다면, 세액감면과 과세이연이 단일 조항이 아니라 다른 조항으로 규정되었을 것이다. 예를 들어 조특법 제77조, 제77조의2, 제77조의3을 통합하여 과세이연을 받을 수 있는 경우를 한 조항으로 열거하고, 세액감면을 받을 수 있는 경우를 한 조항으로 열거하는 방법으로 각각 입법할 수 있다. 처분청의 의견대로라면 위 예시의 경우에는 세액감면 혜택과 과세이연 혜택을 받을 수 있다는 것인데, 이 건과 어떤 실제적인 차이가 있는지 납득하기 어렵다.



따라서 서로 다른 혜택이 단일 조항에 열거되어 있다는 이유로 조특법 제127조 제7항 단서의  "특정의 감면규정”과  "다른 감면규정”에 해당하지 않는다는 의견은 타당하지 않다.



(사) 설령 세액감면과 과세이연 중 하나만 선택해야 한다 하더라도, 이 건 부과처분은 처분청의 자의적인 것으로 위법ㆍ 부당하다.



처분청은 세액감면과 과세이연 중 감면만을 적용하고, 과세이연을 부인하였는데, 청구인은 처분청이 어떤 근거로 세액감면과 과세이연 중 세액감면만을 선택한 것인지 묻지 않을 수 없다.



백보 양보하여 세액감면과 과세이연 중 하나만을 선택하여야 한다 하더라도, 세액감면과 과세이연 중 어떤 혜택을 받을 것인지는 온전히 청구인의 선택에 달려 있다. 조특법 어디를 살펴보더라도, 세액감면과 과세이연 중 무엇을 우선적으로 적용하여야 한다는 조항은 없다. 따라서 처분청이 납세자의 의사와 무관하게 임의로 세액감면과 과세이연 중 세액감면을 선택하여 부과처분할 권한은 없다. 청구인은 양도소득세 신고 시 조특법 제73조 제6항에 따라 과세이연신청서를 제출하여 쟁점토지에 대한 과세이연의 의사를 명확히 밝힌 이상, 처분청이 자의적으로 세액감면을 선택하고 과세이연을 부인할 근거는 없다.



만약 당시에 청구인이 세액감면과 과세이연 중 하나만을 선택하여야 한다고 인지하였더라면 청구인은 오히려 과세이연을 선택하였을 것이다. 당시 현금이 넉넉하지 않았던 청구인으로서는 일부 세액을 자진신고ㆍ 납부하여야 하는 세액감면보다는 과세이연을 선호하였을 것이기 때문이다. 따라서 처분청이 세액감면과 과세이연 중 세액감면만을 인정하는 것은 청구인의 추정적 의사에 반한다.



다시 말해, 처분청은 세액감면과 과세이연 중 세액감면을 선택한 것은 오로지 처분청의 편의와 이익을 위한 것이고, 만약 처분청이 세액감면을 부인하고 과세이연을 인정하게 되면 세액감면 후 자진납부세액을 환급경정해야 하는 상황인바, 이를 피하기 위한 자의적 선택으로 볼 수밖에 없다.



결국 세액감면과 과세이연 중 어느 하나를 선택하여야 한다 하더라도, 이 건 부과처분은 법률의 근거 없이 오로지 처분청의 편의와 이익을 위하여 과세이연을 부인하고 세액감면을 인정한 것으로 조세법률주의 원칙에 반하는 위법한 처분이다.



나. 처분청 의견



(1) 이 건 부과처분은「국세기본법」제81조의4에 따른 세무조사권 남용금지 원칙에 위배되는 위법ㆍ 부당한 처분이 아니다.



처분청은 2021.10.21. 청구인의 양도소득세 신고내용을 서면검토하는 과정에서 공익사업시행자가 조특법 제77조의2 제2항에 따라 대토보상 명세를 통보하지 아니한 것으로 보아, 청구인의 양도소득세 과세특례 적용을 배제하는 내용으로 청구인에게 과세예고통지를 하였고, 청구인이 2021.11.19. 과세전적부심사청구를 제기함에 따라 과세전적부심사위원회에 이를 상정하고자 하였으나, 2021.12.23. 공익사업시행자로부터 쟁점토지에 대한 대토보상 명세 지연통보(2021.9.7.)가 있었음을 확인한 후, 청구인에게 한 과세예고통지를 직권으로 취소하고 과세전적부심사 제외통지를 하였다.



이후, 처분청은 2022년경 청구인의 쟁점토지에 대한 양도소득세 세액감면과 과세이연 중복 적용의 적정성 여부에 대한 양도소득세 조사를 실시하는 과정에서 법령 해석상 이견이 있다고 보아, 국세청에 과세기준자문을 신청하고 그 결과에 따라 세무조사결과통지를 받는 것으로 하여 2022.3.31. 청구인으로부터 과세기준자문 납세자 동의서를 제출받은 후, 2022년 4월경 청구인에게 세무조사결과통지(형식상 부분 종결이나 조사진행상황에 대한 중간통지 성격임)를 하였다.



한편, 처분청은 2025.2.7. 국세청장으로부터 양도소득세 세액감면(1억원 한도)만을 적용하는 것이 타당하다는 과세기준자문 결과통지가 있자, 2025.3.12. 청구인에게 세무조사결과통지를 한 후 2025.5.7. 청구인에게 이 건 부과처분을 한 것으로, 이는 재조사 또는 중복조사 결과에 따른 것이 아니다.



따라서, 이 건 부과처분은 세무조사권 남용금지 원칙에 위배되지 않는다.



(2) 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례는 세액감면과 과세이연을 중복으로 적용할 수 없으므로 청구주장을 받아들일 수 없다.



(가) 조특법 제77조의2 제4항 및 같은 법 시행령 제73조 제6항에 따라 양도소득세 세액감면이나 과세이연을 신청하려는 자는 해당 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서 또는 과세이연신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하는 것을 신청요건으로 하고 있다. 이 특례규정은 세액감면과 과세이연 두 개의 방법 중 하나의 특례를 선택하여 적용하는 것이다.



한편, 기획재정부 예규(재산세제과-1578, 2022.12.23.)에 따르면, 거주자가 대토보상받은 부분에 대하여 조특법 제77조의2 제1항에 따라 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액을 감면받은 후에는 남은 부분(같은 법 제133조에 따라 감면되지 아니한 부분을 말한다.)에 대하여 양도소득세 과세를 이연받을 수 없는 것으로 해석하고 있다.



또한, 조특법 제77조의2에 토지의 양도소득금액 중 일부는 세액감면을 적용하고 나머지 금액은 과세이연을 적용할 수 있다고 규정되어 있지 않고, 2015년경 개정 당시 해당 규정에 대한 해설내용에 과세이연 대신 세액감면을 신청하는 경우 감면율을 상향 조정한다고 작성되어 있는 점 등을 볼 때, 세액감면과 과세이연 방법 중 하나를 선택해야 하는 것이다.



(나) 이 건 부과처분은 처분청의 자의적 선택에 의한 것이 아니다.



청구인은 이 건 양도소득세 신고 시 스스로 선택하여 양도가액의 약 77%에 해당하는 부분에 대하여 OOO원의 세액감면을 적용한 후, 나머지 약 23%에 해당하는 부분에 대하여 과세이연을 추가로 신청하였는바, 이는 청구인이 조특법 제127조에 따라 하나의 감면규정만을 적용하지 아니하여 그 신고내용에 탈루 내지 오류가 있어 이 건 양도소득세를 경정결정한 것이다.



(다) 대토보상 시 청구인에게 세액감면이 유리할지 과세이연이 유리할지는 대토보상 토지의 보유기간 및 시가의 변동에 따라 달라지는 것으로, 청구인이 이 건 양도소득세 신고 시 세액감면(OOO원)을 적용한 후 나머지에 대하여 과세이연을 신청한 이상, 처분청이 이 건 부과처분함에 있어 청구인의 세액감면과 과세이연 중 유리한 방법을 선택할 권리를 배척하였다는 청구주장을 받아들일 수 없다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



① 이 건 처분이「국세기본법」제81조의4에 따른 세무조사권 남용금지 원칙에 위배되는지 여부



② 쟁점토지의 양도에 대하여 조특법 제77조의2 공공용지 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례 적용 시 일부는 세액감면을, 나머지는 과세이연을 각각 적용할 수 있는지 여부



③ 납부지연가산세를 감면할 만한 사유가 있는지 여부

(1) 국세기본법



제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

21.  "세무조사”란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하  "장부등”이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다.



제47조의4(납부지연가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(「인지세법」제8조 제1항에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 " 과소납부" 라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 " 초과환급" 이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율



제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우



제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우



제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정) ③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우



제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 " 과세예고통지" 라 한다)하여야 한다.

1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 다음 각 목의 경우는 제외한다.

가.「감사원법」제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지 방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우

나. 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자가 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 과소납부한 경우로서 세무서장 또는 지방국세청장이 해당 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액과 동일하게 과세표준 및 세액을 결정하는 경우

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 " 과세전적부심사" (課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다. 1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지



(2) 조세특례제한법



제77조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2026년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 15로 하되,「공공주택 특별법」등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.

1.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적 용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득



제77조의2(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례) ① 거주자가「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2021년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 토지등의 양도대금을 같은 법 제63조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상(이하 이 조에서 " 대토보상" 이라 한다)받는 부분에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액을 감면받거나 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다.

② 제1항에 따른 공익사업의 시행자는 거주자가 같은 항에 따라 양도소득세의 세액을 감면받거나 해당 과세를 이연받으려는 경우에는 대통령령으로 정하는 방법으로 대토보상 명세를 국세청에 통보하여야 한다.

④ 제1항에 따른 감면이나 과세이연을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다.



제127조(중복지원의 배제) ⑦ 거주자가 토지등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용한다. 다만, 토지등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 남은 부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다.



제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액



(3) 조세특례제한법 시행령



제73조(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례) ① 거주자가 법 제77조의2 제1항에 따라 토지등을 사업시행자에게 양도하고 토지등의 양도대금의 전부 또는 일부를 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지(이하 이 조에서 " 대토" 라 한다)로 보상받은 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 양도소득세 과세특례를 적용한다.

1. 세액의 감면을 신청하는 경우 : 거주자가 해당 토지등을 사업시행자에게 양도하여 발생하는 양도차익 중 다음 계산식에 따라 계산한 금액에 대한 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액을 감면한다.

해당 토지등의「소득세법」제95조 제1항에 따른 양도차익에서 같은 조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 뺀 금액 × 대토보상 상당액 ÷ 총 보상액





2. 과세이연을 신청하는 경우 : 거주자가 해당 토지등을 사업시행자에게 양도하여 발생하는 양도차익 중 다음 계산식에 따라 계산한 금액(이하 " 과세이연금액" 이라 한다)에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 해당 대토를 양도할 때에 대토의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 대토를 양도할 때는「소득세법」제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 계산할 때 보유기간은 대토의 취득 시부터 양도 시까지로 본다.

해당 토지등의「소득세법」제95조 제1항에 따른 양도차익에서 같은 조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 뺀 금액 × 대토보상 상당액 ÷ 총 보상액





② 법 제77조의2 제2항에서  "대통령령으로 정하는 방법”이란 법 제77조의2 제1항에 따라 대토보상을 받은 자(이하  "대토보상자”라 한다)에 대한 보상명세를 다음 달 말일까지 대토보상자의 납세지 관할 세무서장에게 통보하는 것을 말한다.

⑥ 법 제77조의2 제4항에 따라 양도소득세 감면이나 과세이연을 신청하려는 자는 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서 또는 기획재정부령으로 정하는 과세이연신청서에 대토보상 신청서 및 대토보상 계약서 사본을 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.



(가) 공익사업시행자의 대토보상 명세 등에 따르면, 처분청은 2021년 9월경 청구인의 양도소득세 신고서 접수 후 공익사업시행자가 쟁점토지에 대한 대토보상 명세를 통지누락하였음을 확인하고, 공익사업시행자OOO에게 대토보상 명세 제출을 요청하여 2021. 9.7. 대토보상 명세를 회신받은 것으로 나타난다.


(나) 과세예고통지 등에 따르면, 처분청은 공익사업시행자의 쟁점토지에 대한 대토보상 명세 지연통보가 양도소득세 과세특례 요건에 충족되지 않는다고 보아 2021.10.21. 청구인에게 과세예고통지를 한 것으로 나타난다.



(다) 과세전적부심사결정(심사제외결정) 통지 등에 따르면, 청구인은 위 과세예고통지를 받은 후 2021.11.19. 처분청에 과세전적부심사청구를 제기하였고, 처분청은 공익사업시행자의 대토보상 명세 통보가 납세협력의무에 해당하고, 이를 지연통보하였다는 이유로 청구인의 양도소득세 과세특례 요건에 충족되지 않는 것으로 볼 수 없다고 보아, 위 과세예고통지를 직권으로 취소하고 2021.12.23. 청구인에게 과세전적부심사결정(심사제외결정) 통지를 한 것으로 나타난다.



＜과세전적부심사결정서(심사제외결정)＞



(라) 등기우편물 송달내역 등에 따르면, 처분청은 2022.3.16.부터 2022.4.4.까지 청구인의 쟁점토지에 대한 세액감면과 과세이연 중복 적용의 적정성 여부에 대한 양도소득세 조사를 실시하는 과정에서 관련 법령 해석상 이견이 있다고 보아, 청구인으로부터 과세기준자문 납세자 동의서(아래 참조)를 받은 후 2022.4.14. 세무조사결과통지(부분 종결)를 한 것으로 나타난다.



＜과세기준자문 납세자 동의서＞



(마) 국세청 과세기준자문 관련 자료 및 납세고지서 송달내역 등에 따르면, 처분청은 2025년 2월경 국세청 과세기준자문 결과내용(아래 참조) 수보에 따라 2025.3.12. 청구인에게 세무조사결과통지를 한 후 2025.5.7. 이 건 양도소득세 납세고지를 한 것으로 나타난다.



＜과세자문기준 신청 및 회신내용＞



(바) 처분청의 청구인에 대한 조사종결보고서상 주요내용은 다음과 같다.



＜조사종결보고서상 주요내용＞



(2) 2015년 간추린 개정세법에 따르면, 2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 조특법 제77조의2의 개정 취지 등은 다음과 같다.



＜조특법 제77조의2의 개정 취지 등＞



(3) 청구인은 2025.11.13. 조세심판관회의에 참석하여 이 건 과세기준자문신청일(2022년 3월경) 이후 부과처분일(2025.5.7.)까지의 약 3년여 기간 동안에 상당하는 납부지연가산세는 감면되어야 한다고 항변하였다.



(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.



(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 이 건 처분이「국세기본법」제81조의4에 따른 세무조사권 남용금지 원칙에 위배된다고 주장하나, 처분청은 2021.10.21. 청구인의 양도소득세 신고내용을 서면검토하는 과정에서 공익사업시행자가 조특법 제77조의2 제2항에 따라 대토보상 명세를 지연통보하여 양도소득세 과세특례 적용대상이 아니라고 보아 과세예고통지를 하였다가, 이를 직권으로 취소하고 청구인에게 과세전적부심사 제외통지를 하였는데, 이러한 일련의 행위는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고, 장부 또는 서류 그 밖의 물건을 검사ㆍ 조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 세무조사에 해당한다고 볼 수 없는 점(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결, 같은 뜻임), 처분청은 2022년경 청구인의 쟁점토지에 대한 양도소득세 세액감면과 과세이연 중복 적용의 적정성 여부에 대한 양도소득세 조사를 실시하는 과정에서 법령 해석상 이견이 있다고 보아, 국세청에 과세기준자문을 신청하여 그 결과에 따라 세무조사결과통지를 받는 것으로 하여 청구인에게 과세기준자문 납세자 동의서를 제출받고, 조사진행상황에 대한 중간통지의 성격으로 세무조사결과통지(부분 종결)를 하였을뿐, 2025.2.7. 과세기준자문 결과통지 수보 후 최종적으로 청구인에게 세무조사결과통지 및 이 건 부과처분을 하였던 것인바, 이는 법령상 취소 사유가 될 정도의 재조사 또는 중복조사에 해당한다고 보기는 어려운 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.



(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지의 양도에 대하여 조특법 제77조의2 공공용지 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례 적용 시 일부는 세액감면을, 일부는 과세이연을 각각 적용할 수 있다고 주장하나, 조특법 제77조의2 제1항은  "거주자가「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2021년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 토지 등의 양도대금을 같은 법 제63조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상받는 부분에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액을 감면받거나 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다”고 규정하고 있고, 같은 법 제127조 제7항은  "거주자가 토지등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용한다. 다만 토지등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 남은 부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다”고 규정하고 있는바, 2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 조특법 제77조의2의 개정 취지를 살펴보면, 공익사업 대토보상 시 과세이연 대신 세액감면을 신청하는 경우 채권보상 시의 감면율로 인상ㆍ 적용(당시 15%→20%)하는 것으로 설명(2015년 간추린 개정세법)하고 있는 점 등을 감안할 때, 같은 법 제127조 제7항에 따라 쟁점토지의 대토보상에 따른 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 세액감면과 과세이연 중 어느 하나를 선택ㆍ 적용함이 타당해 보이고, 쟁점토지의 일부에 대하여 조특법 제77조의2 외에 다른 감면규정을 적용받은 사실이 없는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.



(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인은 이 건 양도소득세 부과처분에 있어 처분청의 과세기준자문 신청일부터 부과처분일(2025.5.7.)까지의 기간에 대한 납부지연가산세는 감면되어야 한다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ 과실은 고려되지 않고, 법령의 부지 또는 오인은 위 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다 할 것인바(대법원 2004.9.24. 선고 2003두10350 판결 참조), 국세청의 과세자문기준 절차의 지연 판단에 대한 특별한 기준이 없는 등 가산세를 감면할 만한 사유에 해당한다고 보기 어렵고, 일반적으로 가산세는 부과제척기간 내에 부과할 수 있는 점, 납부지연가산세의 경우 납세의무자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 이행하도록 하는 취지 외에 법정납부기한과 납부일 간의 기간에 대한 이자의 성격도 있고, 동시에 정상적으로 납부한 자와의 형평성을 유지하기 위한 성격도 있는 점(조심 2021서3634, 2022.3.22. 외 다수 참조) 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.