심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구인이 당초 소유하였던 서울특별시 송파구 OOO 소재 주택과 그 부수토지(OOO, 이하  "종전주택”이라 한다)는 2018.10.5. 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 관리처분계획 인가되어 조합원입주권(이하  "쟁점입주권”이라 한다)으로 전환되었으며, 청구인은 2020.9.10. 쟁점입주권을OOO원에 양도한 후 1세대1주택 비과세 규정을 적용하고 과세대상 양도차익의 80%(10년이상 보유)에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여 계산한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ 납부하였다.



나. 처분청은 국세청 기획감사(장기보유특별공제 과다계산 검토)에 따라 조합원입주권의 관리처분인가 후 양도차익에 대한 장기보유특별공제를 부인하여 2022.6.10. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ 고지하였다.



다. 청구인은 2023.6.29. 기존부동산의 평가액이 OOO원에서 OOO원으로 증액되었으므로 청구인의 양도소득세를 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였고, 처분청은 2023.8.7. 이를 인용하여 청구인의 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하였다.



라. 서울지방국세청장(감사관실, 이하  "감사관”이라 한다)은 2024.11.5.부터 2024.12.12.까지 처분청을 대상으로 실시한 종합감사에서 조합원 입주권 양도 후 변경된 관리처분계획에 따른 기존부동산 평가액을 적용할 수 없음에도 경정청구를 인용하여 환급 결정한 사실을 확인하고 처분청에 청구인에게 양도소득세를 과세하도록 처분지시하였다.



마. 처분청은 2025.2.20. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 과세하겠다는 내용의 감사결과 과세예고통지를 하였고, 2025.5.9. 과세전적부심사가 불채택됨에 따라 2025.6.1. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ 고지하였다.



＜표1＞ 양도소득세 신고 및 경정 내역

○○○



바. 청구인은 이에 불복하여 2025.8.20. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구인 주장



「소득세법 시행령」제166조 제4항은 재건축사업의 조합원이 기존 건물과 부수토지를 조합에 제공하고 취득한 조합원입주권을 양도하는 경우 그 양도차익을 계산할 때 기존 건물과 부수토지의 평가액에 관하여 규정하고 있다. 이에 의하면, 관리처분계획에 따라 정하여진 기존 건물과 부수토지의 가격(평가액)이 변경된 때에는 그 변경된 가격으로 한다고 되어 있을 뿐, 변경 시점에 대하여는 규정하고 있지 않다.



따라서 양도차익은 관리처분계획 변경인가일을 기준으로 계산하고 장기보유특별공제액도 이를 기준으로 하여야 한다.



나. 처분청 의견



「소득세법」제98조에 의하면, 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 되어 있고, 매매계약서에 따르면 모든 권리와 의무는 매수인에게 승계되었으므로 양도일 이후의 변경사항은 청구인에게 영향을 미치지 아니한다.



따라서 양도차익과 장기보유특별공제액은 양도 당시의 권리가액을 기준으로 하여야 한다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



조합원입주권 양도 후 관리처분계획 변경인가에 따라 그 권리가액이 변경되었으므로 이를 기준으로 양도차익을 산정하고 장기보유특별공제액을 적용하여 양도소득세를 경정하여야 한다는 청구주장의 당부



나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) ‘OOO 주택재건축정비사업 관리처분계획인가 고시’에 의하면 종전주택은 2018.10.5. 조합원입주권으로 전환(OOO)되었고, 2024.8.21. 변경인가되어 2024.8.29. 고시(OOO)된 것으로 확인된다.



(2) 청구인은 조합원 입주권 양도 후 그 권리가액이 OOO원에서 OOO원으로 변경되었다는 이유로 위 ＜표1＞ 기재와 같이 양도차익과 장기보유특별공제액을 재계산하여 양도소득세의 경정을 청구하였으나, 처분청은 이를 거부하였다.



(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대 청구인은 이 건 양도소득세는 양도 후 변경된 관리처분계획변경인가를 기준으로 계산하고 장기보유특별공제액도 이를 기준으로 하여야 한다고 주장하나, 조합원입주권의 양도차익 산정시 적용할 ‘기존건물과 그 부수토지의 평가액’은「소득세법 시행령」제166조 제4항에 따른 해당 조합원입주권의 양도일 현재 인가된 관리처분계획 등에 따라 정하여진 가격을 말하는 것으로, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 하는 것이나, 여기에 조합원입주권의 양도 후 변경 인가된 관리처분계획에 따른 가격까지 포함된다고 보기는 어렵고, 위 법령에서 그 가격이 변경된 때의 의미는 양도 당시를 기준으로 그 전에 변경된 때로 보는 것이 양도자산의 양도차익 산정 관련 법리에 비추어 합리적이라 보이므로 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2024서3353, 2024.9.4., 같은 뜻임).





4. 결 론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령



(1) 소득세법



제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)



제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액) ① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서  "장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다. (이하 생략)



제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.



(2) 소득세법 시행령



제166조(양도차익의 산정 등) ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액+납부한 청산금)-법 제97조 제1 항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비](이하 이 조에서  "관리처분계획등 인가 후 양도차익”이라 한다)+[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존건물과 그 부수토지의 취득가액)-법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비]](이하 이 조에서  "관리처분계획등 인가 전 양도차익”이라 한다)



④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.

1. 관리처분계획등에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간의 계산은 다음 각 호에 따른다.

1. 관리처분계획등 인가 전 양도차익 및 제1항 제2호 나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간



(3) 도시 및 주거환경정비법



제74조(관리처분계획의 인가 등) ① 사업시행자는 제72조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 분양신청의 현황을 기초로 다음 각 호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장ㆍ군수등의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 시장ㆍ군수등에게 신고하여야 한다.

5. 분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물 명세 및 사업시행계획인가 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격(사업시행계획인가 전에 제81조 제3항에 따라 철거된 건축물은 시장ㆍ군수등에게 허가를 받은 날을 기준으로 한 가격)



제86조(이전고시 등) ① 사업시행자는 제83조 제3항 및 제4항에 따른 고시가 있은 때에는 지체 없이 대지확정측량을 하고 토지의 분할절차를 거쳐 관리처분계획에서 정한 사항을 분양받을 자에게 통지하고 대지 또는 건축물의 소유권을 이전하여야 한다. 다만, 정비사업의 효율적인 추진을 위하여 필요한 경우에는 해당 정비사업에 관한 공사가 전부 완료되기 전이라도 완공된 부분은 준공인가를 받아 대지 또는 건축물별로 분양받을 자에게 소유권을 이전할 수 있다.

② 사업시행자는 제1항에 따라 대지 및 건축물의 소유권을 이전하려는 때에는 그 내용을 해당 지방자치단체의 공보에 고시한 후 시장ㆍ군수등에게 보고하여야 한다. 이 경우 대지 또는 건축물을 분양받을 자는 고시가 있은 날의 다음 날에 그 대지 또는 건축물의 소유권을 취득한다.



제89조(청산금 등) ① 대지 또는 건축물을 분양받은 자가 종전에 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 가격과 분양받은 대지 또는 건축물의 가격 사이에 차이가 있는 경우 사업시행자는 제86조 제2항에 따른 이전고시가 있은 후에 그 차액에 상당하는 금액(이하  "청산금”이라 한다)을 분양받은 자로부터 징수하거나 분양받은 자에게 지급하여야 한다.