A세무서장이 2025.9.8. 청구법인에게 한 2022년 제2기, 2023년 제1기, 2024년 제1기, 2024년 제2기 부가가치세에 대한 경정청구 거부처분은, 이를 취소합니다.

1.처분개요

가.청구법인은 「도시 및 주거환경정비법」(이하  "도시정비법”이라 한다)에 따라 설립된 주택재개발 정비사업조합으로, A시로부터 2020.00.00. 주택재개발정비사업 사업시행계획인가를, 2021.00.00. 관리처분계획인가를 받았다. 청구법인은 과ㆍ면세 겸업사업자로서 면세인 국민주택규모(85㎡ 이하)의 주택과 과세인 상가건물의 분양사업을 시행하고 있다.

나.청구법인은 A교육지원청과 2024.00.00. 「토지ㆍ시설 교환, 양여 및 기부채납 협약서」(이하  "협약서”라 한다)를 체결하고, 협약서에 따라 준공 후 기부채납할 E초등학교 건물(이하  "쟁점학교건물”이라 한다)를 A시에 건설하기 시작하였다.

다.청구법인은 2022년 제2기부터 2024년 제2기 과세기간 쟁점학교건물 관련 매입세액 총 12,000,000,000원을 사업관련 공통매입세액으로 보아 불공제 매입세액 1,100,000,000원을 안분계산해 부가가치세 과세표준을 신고하였다.

라.청구법인은 쟁점학교건물 기부채납은 대가성 있는 공급으로서 부가가치세 과세대상에 해당하므로, 공제받지 못한 쟁점학교건물 관련 매입세액 1,100,000,000원을 전액 공제하여 줄 것을 2025.6.15. 경정청구하였다.

라.B지방국세청장은, 쟁점학교건물의 기부채납은 「부가가치세법」제26조제1항제20호에 따른 면세대상이고, 관련 매입세액은 사업과 관련한 공통매입세액에 해당하여 안분계산하는 것이 타당하다는 내용을 처분청에 통보하였으며, 처분청은 2025.9.8. 청구법인에 경정청구 거부통지를 하였다.

마.청구법인은 이에 불복하여 2025.9.22. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

가.사실관계

1)청구법인은 도시정비법 제35조에 따라 설립된 재개발정비사업조합으로 「조세특례제한법」제104조의7제2항에 따른 비영리내국법인으로 보는 법인이며, 조합원 분양과 관련된 목적사업과 일반분양과 관련된 수익사업을 영위하고 있다.

2)청구법인은 도시정비법에 따라 2009.00.00. 조합설립인가, 2020.00.00. 사업시행계획인가, 2021.00.00. 관리처분인가를 받았다.

3)도시정비법 제97조에 따라 정비구역의 종래 정비기반시설은 사업시행자에게 무상으로 귀속되고, 새로 설치하는 정비기반시설은 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속된다.

4)사업시행인가서에 의하면 도시정비법 제97조에 따른 정비기반시설 및 토지 등으로 국가에 귀속(기부채납)되는 정비기반시설은 도로, 주차장, 공원, 녹지이며, 학교는 열거되어 있지 않다. 이는 A시가 보낸 공문으로도 확인된다.

5)청구법인의 대부분 매입세액은 면세사업과 과세사업의 공통매입세액에 해당하여 안분계산하나, 공통매입세액에 해당하지 않는 매입세액 중 면세사업에 대한 매입세액은 전액 불공제, 과세사업에 대한 매입세액은 전액 공제하여 부가가치세 신고를 해오고 있다.

6)청구법인은 정기신고 당시에는 쟁점학교건물의 신축 및 기부채납이 사업시행인가 조건에 해당하는 사회기반시설을 국가 등에 기부채납하는 것으로 판단하여 쟁점학교건물 관련 매입세액을 과ㆍ면 공통매입세액으로 부가가치세를 신고하였다. 그러나 쟁점학교건물의 신축 및 기부채납은 청구법인의 사업을 원활하게 하기 위해 자발적으로 학교를 신축하여 이전하는 것으로서 대가관계가 있으므로 그에 관한 매입세액은 전액 매입세액 공제대상에 해당한다.

나.처분청의 경정청구 거부처분은 사실관계를 오인한 것으로 위법ㆍ부당하다.

1)사실관계에서 언급한 것처럼 쟁점학교건물 기부채납은 도시정비법 제97조에 따른 것이 아님에도 처분청이 경정청구를 거부한 것은 사실관계를 오인한 것이다.

2)청구법인은 쟁점학교건물 기부채납과 관련하여 A교육지원청과 협약서를 2024.00.00. 체결하였으며 본 협약서에 따르면  "청구법인의 주택재개발정비사업의 추진을 위하여 「학교용지 확보 등에 관한 특례법」제1조 및 제3조제1항, 도시정비법 제50조, 「교육환경 보호에 관한 법률」제6조에 의거 E초등학교 시설을 자발적 의사로 이전하여 신축하여 기부채납 하기로 제안한 사항”이라고 되어 있다. 즉,  "토지 및 시설을 교환한다. 사업시행인가 조건이 아닌 자발적인 의사로 기부채납한다.”라고 명확히 기재되어 있다.

2)상기 협약에 따라 사업부지 상의 종전의 학교는 A시 C동 000번지에 있었으며, 쟁점학교건물을 A시 C동 000-0번지 일원에 이전ㆍ신축하여 교육지원청에 기부채납 할 예정이다.

3)청구법인은 위에 언급한 바처럼 재개발사업을 원활하게 하기 위하여 학교를 양여(양여받는 학교건물을 이하  "기존학교건물”이라 한다) 받아 재개발 사업 부지로 사용하고, 청구법인의 부담으로 학교를 신축하여 교육지원청에 기부채납하기로 한 대가성(반대급부)이 있는 경우로 재화의 공급으로 보아 부가가치세 과세대상에 해당된다. 동일한 사건에 대한 국세청 또한 같은 해석을 내린 바 있다(사전-2016-법령해석부가-0566, 2016.12.28.).

4)처분청은 부가가치세법 기본통칙 9-18…8을 근거로 경정청구를 거부하였으나, 처분청은 사업시행인가 등 허가 조건에 쟁점학교건물 기부채납이 열거되어 있지 않음에도 사업시행인가 조건에 의한 기부채납으로 오인하였기에 기본통칙 규정을 근거로 든 것이다.

5)해당 쟁점학교건물의 이전은 대가관계가 있는 것으로 완공되어 국가 등이 사용가능하게 될 때 국가 등(교육지원청)을 공급받는자로 하여 청구법인은 매출세금계산서를 발급할 예정이며, 이에 따라 과세대상인 쟁점학교건물의 공사 매입세액은 과세사업에 해당하는 것으로 공제되어야 한다.

3. 처분청 의견

가.쟁점학교건물은 주택재개발 정비사업 전체 진행과 관련된 것으로 그 기부채납은「부가가치세법」상 면세 대상이다.

1)청구법인은 주택재개발정비사업조합으로서 그 설립의 법적 근거는 도시정비법으로 같은 법 제96조에 따라 정비기반시설을 설치하여야 하는 사업시행자이며, D 주택재개발정비사업의 정비기반시설 현황에 학교가 포함되어 있다.

D 주택재개발정비사업은 A시 고시 제2020-0호로 사업시행인가, A시 고시 제2023-0호로 사업시행계획 변경인가가 고시되었고, 사업시행계획 변경인가 시 도시정비법 제97조에 따른 정비기반시설 및 토지 등의 귀속에 관한 사항에 대하여 학교가 정비기반시설에 포함되어 A교육지원청과 협의결과에 따라 조성될 것임이 고시되었다.

2)쟁점학교건물 공사는 청구법인이 자율적으로 시행하고 말고 할 것이 아니라 「학교용지 확보 등에 관한 특례법」제3조제1항에 따라 개발사업을 시행하기 위하여 수립하는 계획에 인ㆍ허가를 위하여 반드시 학교용지의 조성ㆍ 개발에 관한 사항을 포함시켜야 하는 것으로, 관련 법령상 면세대상이다.

가)청구법인은「학교용지 확보 등에 관한 특례법」제3조 및 같은 법 시행령 제2조에 따라 개발사업을 시행하기 위하여 수립하는 계획에 학교용지의 조성ㆍ 개발에 관한 사항을 포함시켜야 하고, 교육감의 의견서를 첨부하여 개발사업계획을 개발사업계획 승인권자에게 신청하도록 규정하고 있으며, 개발사업계획 승인권자는 개발사업계획의 승인신청이 있는 때에는 그 계획에 도시ㆍ군계획 관계 법령에 따른 학교용지에 관한 사항과 제2항에 따른 학교용지 및 학교시설에 관한 교육감의 의견 및 교육감과의 협의결과가 적정하게 반영되었는지의 여부를 확인하고 반영되지 아니한 경우에는 이를 보완하게 하여야 한다고 규정하고 있다.

나)또한 같은 법 제10조에 의거 개발사업시행자가 개발사업계획에 따라 학교용지를 확보하지 아니하여 개발사업계획의 인ㆍ 허가 또는 승인조건을 위반하면, 교육감은 공사중지를 그 개발사업계획의 인ㆍ 허가 또는 승인권자에게 요청할 수 있다.

다)이에 사업시행인가 및 관리처분계획 인가 결정내용에는 학교가 포함되었으며, 이후 A교육지원청과 「 학교용지 확보 등에 관한 특례법」 제1조, 및 제3조제1항 등 관련법령에 의거 E초등학교 학교시설을 신설 이전하여 기부채납하기로 협약이 체결되었다.

라)이는 주택재개발 정비사업과 관련된 것으로서, 사업자가 사업을 수행하기 위한 인ㆍ 허가 조건에 의하여 사회기반시설 등을 국가나 지방자치단체에 기부채납하는 경우에 해당하는 것으로 「부가가치세법」제26조제1항제20호, 부가가치세법 기본통칙 9-18…8에 따라 부가가치세가 면제된다.

마)특히 청구법인은 사업시행계획서의 작성시 도시정비법 시행령 제47조제2항제11호 관련 새로이 설치할 정비기반시설조서에 정비기반시설내역에 도로, 주차장, 공원, 녹지와 학교를 포함하여 작성하였는데, 이는 청구법인 스스로도 학교가 인허가 조건에 의한 사회기반시설에 해당함을 고려하고 작성한 것이다.

3)부가가치세법령을 살펴보아도 쟁점학교건물 기부채납이 부가가치세 과세대상이라는 청구주장은 타당하지 않다.

가)부가가치세법 기본통칙 9-18…8은 사업자가 건물 등을 신축하여 국가 또는 지방자치단체에 기부채납하고 그 대가로 일정기간 동 건물 등에 대한 무상사용ㆍ 수익권을 얻는 경우 해당 건물 등의 공급거래는 과세대상이 된다고 규정하고 있는데, 청구법인이 A교육지원청에 기부채납한 학교시설에 대한 대가로 동 건물 등에 대한 무상사용ㆍ 수익권을 득한 바 없다.

나)청구법인은 쟁점학교건물 기부채납과 기존학교건물 양여 사이에 대가관계가 존재한다고 주장하나, 기존학교건물은 청구법인이 양여받아 청구법인의 비용으로 건물을 철거하였고, 사업시행을 위한 재개발부지 즉, 토지로 사용하였으므로 재화의 공급에 해당하지 않는다.

다)설령 청구법인이 E초등학교 기부채납건축 명목으로 매출 세금계산서를 발급하였다고 하더라도 학교 건물의 공급은 「부가가치세법」상 과세대상이 될 수 없다.

나.학교시설공사 관련 매입세액은 과ㆍ 면세 겸업사업자로서 공통매입세액이므로 안분계산하여야 한다.

1)청구법인은 주택재개발사업을 시행하는 주택재개발정비사업조합으로서 그 사업내용은 과ㆍ 면세 겸업사업자로서 면세인 국민주택규모 이하의 주택과 과세인 상가건물의 분양사업을 시행하고 있고, 청구법인이 부담한 정비기반시설 관련 부가가치세 매입세액은 과ㆍ 면세 겸업사업자인 경우 「부가가치세법」제40조 및 같은 법 시행령 81조에 의거 공통매입세액 안분계산 대상에 해당한다. 따라서 쟁점학교건물 공사와 관련된 매입세액은 사업과 관련한 공통매입세액에 해당하고 안분계산하는 것이 타당하다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

청구법인의 쟁점학교건물 기부채납은 부가가치세 과세대상이므로 관련 매입세액 또한 매입세액공제대상에 해당한다는 청구주장의 당부

나.관련법령

1)부가가치세법 제9조【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.

1-1)부가가치세법 시행령 제18조【재화 공급의 범위】

① 법 제9조제1항에 따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다.

3.재화의 인도 대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

4.경매, 수용, 현물출자와 그 밖의 계약상 또는 법률상의 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

③ 제1항제4호에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 않는다.

3.「도시 및 주거환경정비법」, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 등에 따른 수용절차에서 수용대상 재화의 소유자가 수용된 재화에 대한 대가를 받는 경우

4.「도시 및 주거환경정비법」제64조제4항에 따른 사업시행자의 매도청구에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

2)부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

①다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

20. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상(無償)으로 공급하는 재화 또는 용역

2-1)부가가치세법 기본통칙 9-18…8【기부채납하는 재화에 대한 과세】

1. 사업자가 건물 등을 신축하여 국가 또는 지방자치단체에 기부채납하고 그 대가로 일정기간 동 건물 등에 대한 무상사용ㆍ수익권을 얻는 경우 해당 건물등의 공급거래는 과세대상이 된다.

2. 사업자가 사업을 수행하기 위한 인허가 조건에 의하여 사회기반시설 등을 국가나 지방자치단체에 기부채납하는 경우 해당 거래는 부가가치세가 면제된다.

3. 사업자가 생산ㆍ취득한 재화를 국가나 지방자치단체에 아무런 대가관계없이 무상으로 기부채납하는 경우 부가가치세가 면제된다.

3)부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액

3-1)부가가치세법 제39조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

3-2)부가가치세 기본통칙 38-0…6【국가 등에 무상으로 공급하는 재화의 매입세액 공제】

자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 국가ㆍ지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 경우 해당 재화의 매입세액은 매출세액에서 공제하나, 자기의 사업과 관련없이 취득한 재화를 국가ㆍ지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 경우 해당 재화의 매입세액은 공제하지 아니한다.

4)부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】

사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 " 공통매입세액" 이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 " 공통매입세액 안분기준" 이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다.

5)국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제2조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. "기반시설”이란 다음 각 목의 시설로서 대통령령으로 정하는 시설을 말한다.

라. 학교ㆍ공공청사ㆍ문화시설 및 공공필요성이 인정되는 체육시설 등 공공ㆍ문화체육시설

5-1)도시 및 주거환경정비법 제2조 【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. "정비기반시설”이란 도로ㆍ상하수도ㆍ구거(溝渠: 도랑)ㆍ공원ㆍ공용주차장ㆍ공동구(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제2조제9호에 따른 공동구를 말한다. 이하 같다), 그 밖에 주민의 생활에 필요한 열ㆍ가스 등의 공급시설로서 대통령령으로 정하는 시설을 말한다.

6)도시 및 주거환경정비법 제96조【정비기반시설의 설치】

사업시행자는 관할 지방자치단체의 장과의 협의를 거쳐 정비구역에 정비기반시설(주거환경개선사업의 경우에는 공동이용시설을 포함한다)을 설치하여야 한다.

7)도시 및 주거환경정비법 제97조【정비기반시설 및 토지 등의 귀속】

①시장ㆍ군수등 또는 토지주택공사등이 정비사업의 시행으로 새로 정비기반시설을 설치하거나 기존의 정비기반시설을 대체하는 정비기반시설을 설치한 경우에는 「국유재산법」 및 「공유재산 및 물품 관리법」에도 불구하고 종래의 정비기반시설은 사업시행자에게 무상으로 귀속되고, 새로 설치된 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속된다.

②시장ㆍ군수등 또는 토지주택공사등이 아닌 사업시행자가 정비사업의 시행으로 새로 설치한 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속되고, 정비사업의 시행으로 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설은 사업시행자가 새로 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 그에게 무상으로 양도된다.

④시장ㆍ군수등은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 정비기반시설의 귀속 및 양도에 관한 사항이 포함된 정비사업을 시행하거나 그 시행을 인가하려는 경우에는 미리 그 관리청의 의견을 들어야 한다. 인가받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

⑤사업시행자는 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 관리청에 귀속될 정비기반시설과 사업시행자에게 귀속 또는 양도될 재산의 종류와 세목을 정비사업의 준공 전에 관리청에 통지하여야 하며, 해당 정비기반시설은 그 정비사업이 준공인가되어 관리청에 준공인가통지를 한 때에 국가 또는 지방자치단체에 귀속되거나 사업시행자에게 귀속 또는 양도된 것으로 본다.

8)학교용지 확보 등에 관한 특례법 제3조【학교용지의 조성ㆍ개발】

①300세대(제5조제5항제3호에 해당하는 개발사업은 그 개발사업분을 뺀 세대 수를 대상으로 하고, 「도시 및 주거환경정비법」제2조제2호다목의 재건축사업 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제2조제1항제3호다목의 소규모재건축사업은 기존 세대를 뺀 세대 수를 대상으로 한다) 규모 이상의 개발사업을 시행하는 자(이하 " 개발사업시행자" 라 한다)는 개발사업을 시행하기 위하여 수립하는 계획에 학교용지의 조성ㆍ개발에 관한 사항을 포함시켜야 한다. 이 경우 학교용지의 위치와 규모 등은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제43조에 따른 학교시설의 설치기준 등에 관한 규정을 준용한다.

③개발사업시행자가 제1항에 따라 학교용지를 개발하거나 제2항에 따라 학교용지를 확보하려는 때에는 교육감의 의견을 들어야 한다. 이 경우 교육감은 제4조제4항에 따라 학교용지 매입비용의 2분의 1을 부담하는 시ㆍ도지사와 비용부담 등에 대하여 협의하여야 한다.

8-1)학교용지 확보 등에 관한 특례법 제5조【부담금의 부과ㆍ징수】

①시ㆍ도지사는 개발사업지역에서 단독주택을 건축하기 위한 토지를 개발하여 분양하거나 공동주택을 분양하는 자(이하 이 조에서 " 공동주택분양자등" 이라 한다)에게 부담금을 부과ㆍ징수할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개발사업분의 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤시ㆍ도지사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 부담금을 면제하여야 한다.

1.개발사업시행자가 제3조제3항에 따른 교육감 의견으로 제시된 학교용지를 시ㆍ도 교육비특별회계에 기부채납(寄附採納)하는 경우

4.개발사업시행자가 학교용지 또는 학교시설을 시ㆍ도 교육비특별회계 소관 공유재산으로 무상공급하는 경우

8-2)학교용지 확보 등에 관한 특례법 제10조【공사중지 요청】

교육감은 개발사업시행자가 제3조에 따른 개발사업계획에 따라 학교용지를 확보하지 아니하여 개발사업계획의 허가ㆍ인가 또는 승인 조건을 위반하면 「건축법」제79조, 「도시개발법」제75조, 「도시 및 주거환경정비법」제113조, 「주택법」제94조, 「택지개발촉진법」제23조, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제48조, 「공공주택 특별법」제55조, 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」제55조, 「기업도시개발 특별법」제47조, 「도청이전을 위한 도시건설 및 지원에 관한 특별법」제38조, 「민간임대주택에 관한 특별법」제40조, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제54조, 「역세권의 개발 및 이용에 관한 법률」제31조, 「지역 개발 및 지원에 관한 법률」제75조, 「아시아문화중심도시 조성에 관한 특별법」제50조, 「동ㆍ서ㆍ남해안 및 내륙권 발전 특별법」제34조 및 「친수구역 활용에 관한 특별법」제27조에 따른 공사중지를 그 개발사업계획의 허가ㆍ인가 또는 승인권자에게 요청할 수 있다.

8-3)도시 및 주거환경정비법 제113조【감독】

①정비사업(제86조의2에 따라 해산한 조합의 청산 업무를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 시행이 이 법 또는 이 법에 따른 명령ㆍ처분이나 사업시행계획서 또는 관리처분계획에 위반되었다고 인정되는 때에는 정비사업의 적정한 시행을 위하여 필요한 범위에서 국토교통부장관은 시ㆍ도지사, 시장, 군수, 구청장, 추진위원회, 주민대표회의, 사업시행자(청산인을 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 정비사업전문관리업자에게, 특별시장, 광역시장 또는 도지사는 시장, 군수, 구청장, 추진위원회, 주민대표회의, 사업시행자 또는 정비사업전문관리업자에게, 시장ㆍ군수등은 추진위원회, 주민대표회의, 사업시행자 또는 정비사업전문관리업자에게 처분의 취소ㆍ변경 또는 정지, 공사의 중지ㆍ변경, 임원의 개선 권고, 그 밖의 필요한 조치를 취할 수 있다.

9)교육환경 보호에 관한 법률 제6조【교육환경평가서의 승인 등】

① 다음 각 호의 자는 교육환경에 미치는 영향에 관한 평가서(이하 " 교육환경평가서" 라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 교육감에게 제출하고 그 승인을 받아야 한다.

3.「학교용지 확보 등에 관한 특례법」제3조제1항에 따른 개발사업시행자

10)공유재산 및 물품관리법 제40조【양여】

① 일반재산은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 양여할 수 있다.

3.행정재산의 용도를 폐지한 경우에 그 용도에 대신하여 다른 시설을 마련하여 제공한 자와 그 상속인 또는 그 밖의 포괄승계인에게 양여하는 경우

10-1)공유재산 및 물품관리법 제7조【기부채납】

① 지방자치단체의 장은 제4조제1항 각 호의 재산을 지방자치단체에 기부하려는 자가 있으면 대통령령으로 정하는 바에 따라 받을 수 있다.

② 제1항에 따라 기부하려는 재산이 지방자치단체가 관리하기 곤란하거나 필요하지 아니한 경우 또는 기부에 조건이 붙은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 받아서는 아니 된다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 기부에 조건이 붙은 것으로 보지 아니한다.

2.행정재산의 용도를 폐지하는 경우 그 용도에 사용될 대체시설을 제공한 자, 그 상속인, 그 밖의 포괄승계인이 그 부담한 비용의 범위에서 제40조제1항제3호에 따라 용도폐지된 재산을 양여할 것을 조건으로 그 대체시설을 기부하는 경우

다.사실관계

1)청구법인의 세금계산서ㆍ부가가치세 경정청구 내용 검토

국세청 대내포털시스템(NTIS)에 따르면, 쟁점학교건물과 관련하여 청구법인은 2025.00.00.을 작성일자로 하여 매출세금계산서 35,000백만원을 발급한 사실이 확인된다.

2)재개발정비사업 관련 고시 중 학교 관련 내용 검토(고시일 순)

가) E도 고시 제2009-0호는 ‘학교(변경)조서’에서 A시 C동 000-0번지 일원을 학교용도 토지로 지정하였다.

나) A시 고시 제2020-0호는 사업시행자에게 양도되는 시설 및 토지로 기존 학교시설 토지 등이 사업시행자에게 양도됨을 고시하였다.

다)A시고시 제2023-0호는  "도시정비법 제97조에 따른 정비기반시설 및 토지 등의 귀속에 관한 사항”에 대하여 학교가 A교육지원청과 협의결과에 따라 조성될 것임이 고시되었다. 학교시설은 도시정비법에 따른 정비기반시설에 해당하지는 않으나, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 기반시설에는 해당한다.

3)청구법인과 A교육지원청이 체결한 기부채납 협약서 검토

청구법인과 A교육지원청이 체결한 협약서의 주요 내용은 다음과 같다.

가)협약서 전문에는 청구법인이  "E초등학교 학교시설을 신설 이전하여 자발적인 의사로 기부채납하기로 제안”하였다고 명시되어 있다.

나)협약서에 따른 쟁점학교건물의 위치는 C동 000-0 일원이며, 공사비등 사업비는 전액 청구법인이 부담한다.

다)E초등학교 기존 부지와 쟁점학교건물 신축 부지는 「공유재산 및 물품관리법」에 따라 교환하되, 기존 부지의 가격이 신축 부지보다 높으면 청구법인은 그 차액을 금전으로 내고, 신설 부지가 가격이 높은 경우 청구법인은 그 부지 차이 면적을 기부채납한다.

라)청구법인은 쟁점학교건물 준공 후 교육지원청에 기부채납하며, 교육지원청은 기존학교건물 일체를 청구법인에게 양여한다.

마)교육지원청은 청구법인의 재개발 사업 진행과 관련한 학교용지부담금이 면제될 수 있도록 적극 협조해야 한다.

4)E초등학교 쟁점학교건물ㆍ기존학교건물 관련 검토

E초등학교 홈페이지에서 확인되는 바에 따르면 E초등학교는 2025.9.00.부터 쟁점학교건물을 사용하고 있다.

라.판단

1)관련 법리

가)재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것을 말하며, 「부가가치세법」제4조, 같은 법 시행령 제18조제1항제3호는 재화의 인도 대가로서 다른 재화를 인도받는 교환계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것은 재화의 공급으로서 부가가치세 과세대상이 된다고 규정하고 있다. 다만, 「부가가치세법」제26조제1항제20호는 재화 등을 지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 경우 부가가치세가 면제된다고 규정하고 있고, 부가가치세법 기본통칙 9-18…8제2항은 사업자가 사업을 수행하기 위한 인허가 조건에 의하여 사회기반시설 등을 국가나 지방자치단체에 기부채납하는 경우 해당 거래는 부가가치세가 면제된다고 규정하고 있다.

나)한편 기부채납재산을 지방자치단체 등에 기부채납한 후 양여재산을 양여받는 경우, 이는 청구법인이 기부채납재산을 무상으로 국가 등에게 공급한 것이 아니며, 형식상 기부채납이라는 용어를 사용하고 있으나 실질에 있어서는 교환거래로서 재화의 공급에 해당된다(심사부가 2008-0070, 2008.7.15. 등 참조).

2)청구법인의 쟁점학교건물 관련 매입세액이 매입세액공제대상에 해당하는지에 대한 판단

가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점학교건물 기부채납은 부가가치세 과세대상으로 보이므로, 쟁점학교건물 관련 매입세액은 전액 매입세액공제대상에 해당한다고 보는 것이 타당하다.

(1)청구법인과 A교육지원청이 맺은 협약서에 따르면 청구법인은 쟁점학교건물을 기부채납하고 기존학교건물을 양여받기로 약정하였는바, 이는 쟁점학교건물과 기존학교건물을 교환하는 거래로서 부가가치세가 과세되는 재화의 공급에 해당한다.

(2)처분청은 부가가치세법 기본통칙 9-18…8 제2항 및 「부가가치세법」제26조제1항제20호를 근거로 쟁점학교건물 기부채납에 대해 부가가치세가 면제된다고 주장하나, 해당 주장은 다음과 같은 이유로 받아들이기 어렵다.

(가)쟁점학교건물 기부채납은 「학교용지 확보 등에 관한 특례법」등에 따라 인ㆍ허가 조건으로서 이루어졌다는 처분청 주장과 관련하여, ① 사업시행계획 변경인가에 따르면 도로, 공원, 주차장 등 도시정비법상 정비기반시설은 청구법인이 설치 후 기부채납한다고 명시되어 있으나 학교는 A교육지원청과 협의결과에 따른다고 되어 있어, 교육지원청과의 협의결과 청구법인이 쟁점학교건물 기부채납을 하지 않게 되더라도 사업시행계획에 위배된다고 볼 수 없는 점, ② 교육지원청과 맺은 협약서상 청구법인은 쟁점학교건물을 자발적인 의사로 기부채납하는 것으로 되어 있는 점 등을 고려하면, 쟁점학교건물 기부채납은 부가가치세가 면제되는 부가가치세법 기본통칙 9-18…8 제2항의 인ㆍ허가 조건에 따른 것으로 보기 어렵다.

(나)한편, 앞서 관련 법리에서 보았듯 청구법인은 기존학교건물을 양여받는 조건으로 쟁점학교건물을 기부채납하였으므로, 지방자치단체 국가 등에 무상으로 공급한 경우라 보기 어렵다. 즉, 해당 기부채납이 「부가가치세법」제26조제1항제20호에 의해 부가가치세가 면제되는 경우라 볼 수 없으며, 또한 그 외 달리 쟁점학교건물 기부채납을 기타 관련 법령에 따른 면세라 볼만한 사정이 없다.

나) 따라서 처분청이 쟁점학교건물 기부채납은 부가가치세 면제대상이라는 전제에서 경정청구 거부통지한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 「 국세기본법」 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.