심판청구를 기각한다.

1.처분개요



가.청구법인은 1971.9.10. 금융업을 주된 업종으로 하여 설립된 법인으로 과ㆍ 면세사업을 겸영하는 사업자로서 과ㆍ 면세사업에 공통으로 사용하고자 광주광역시 북구 OOO 소재에 사업용 건물(지하1층 및 지상 3층, 연면적 6,833.96㎡, 이하  "쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 「부가가치세법 시행령」제81조 제4항 제2호 및 같은 조 제5항에 따라 2022년 제1기∼2023년 제2기 부가가치세 과세기간동안 쟁점건물의 총예정사용면적 중 면세사업 등에 관련된 예정사용면적의 비율(48.3%)에 따라 쟁점건물과 관련된 공통매입세액 중 불공제되는 매입세액을 안분계산하여 해당기간 부가가치세를 신고ㆍ 납부하였다.



나.광주지방국세청장(이하  "감사청”이라 한다)은 처분청에 대한 업무감사를 실시한 결과, 2023년 제2기 부가가치세 과세기간 중 쟁점건물 중 소매업 관련 면적(지하1층 및 1층 소매업 면적, 이하 합하여  "쟁점면적”이라 한다)을 과ㆍ 면세사업 공통 사용면적으로 보고, 해당 과세기간 청구법인의 소매업 관련 총공급가액에 대한 면세공급가액 비율이 67.4%이고, 이를 기준으로 산정한 쟁점건물 중 면세사업 사용면적 비율로 공통매입세액 중 불공제되는 매입세액을 안분계산할 경우 청구법인이 쟁점건물과 관련하여 매입세액이 과다하게 공제하여 부가가치세를 신고ㆍ 납부하였다는 내용의 감사지적을 하였고, 이에 따라 처분청은 2025.1.2. 청구법인에게 2023년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ 고지하였다.



다.청구법인은 이에 불복하여 2025.2.7. 이의신청을 거쳐 2025.6.24. 심판청구를 제기하였다.





2.청구법인 주장 및 처분청 의견



가.청구법인 주장



(1) 청구법인이 쟁점건물에서 운영하는 A 매장 중 로컬푸드 직매장에서 판매되는 농산물의 경우 농민과 로컬푸드 출하약정서에 따라 로컬푸드 판매대금 중 10∼15%를 출하수수료로 공제하여 나머지 금액을 농민에게 정산하여 지급하고 있는바, 전체 판매대금이 아닌 판매수수료 상당액만을 공급가액으로 보아야 한다.



＜표1＞ 2023년 제2기 부가가치세 공급가액(청구법인의 소매업 관련)

○○○



(2) 청구법인의 로컬푸드 판매 수수료를 기준으로 과ㆍ 면세사업 공급가액을 재산정하고, 실제 쟁점건물 중 지하 1층 창고(이하  "쟁점창고”라 한다)의 경우 일반창고, 냉장ㆍ 냉동시설, 사무실 등 3가지 용도로 그 사용면적이 명확하게 구분되는 이상 각 면적별로 실제 이용현황에 적합한 안분기준을 적용하여 공통매입세액을 재산정하여야 한다.



(가) 「부가가치세법」제40조는 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액은 실지귀속에 따라 계산하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 일정한 기준에 따라 계산하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제81조는 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 원칙적으로 공급가액비율에 따라 계산하도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제54조 제2항은 영 제81조 제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 영 제81조 제1항 단서에 따른 면세공급가액의 합계액으로 한다고 규정하고 있는바, 이는 실지귀속이 불분명하여 공급가액비율을 적용하는 경우에도 공통매입세액과 관련된 과ㆍ 면세 공급가액만을 합산하여 비율을 산정하고, 공통매입세액과는 관련이 없는 공급가액의 경우 과ㆍ 면세 비율 산정 시 제외함으로써 최대한 실지귀속을 반영하려는 취지에서 마련된 규정으로 보아야 한다.



(나) 국세청도 위 규정에 대하여 사업자가 부가가치세가 과세되는 수종의 사업과 면세되는 수종의 사업을 겸업하는 경우에 있어서는 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하여 계산하여야 하고, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 이를 안분계산하여야 하며, 이 경우 어느 과세사업과 면세사업만에 관련된 매입세액으로의 구분이 가능한 경우에는 그 공통매입세액에 관련된 사업단위별로 구분하여 안분계산해야한다고 해석(부가가치세과-1268, 20211.10.13.)한 바 있다.



(다) 처분청은 쟁점창고가 소매업에 필수적인 시설이므로 소매업 전체 매출을 반영한 비율을 일괄적으로 적용하여야 한다는 의견이나, 쟁점창고의 경우 실제 3구역으로 명확하게 구분되어 사용되고 있는바, 아래 ＜표2＞와 같이 각각의 이용현황에 따라 적합한 안분기준을 적용하여야 할 것이다.



＜표2＞ 쟁점창고 이용현황별 총공급가액 중 면세공급가액 비율

○○○



1) 쟁점창고 중 일반창고의 경우 공산품을 보관하는 용도로 사용되고 있고, 농ㆍ 수ㆍ 축산물의 경우 별도의 보관장소에서 보관되고 있는바, 해당 공간에 대하여는 소매업 중 공산품 판매와 관련된 공급가액 중 면세 공급가액 비율을 적용하여 일반창고 중 면세 사업사용 면적을 산정하여야 한다.



2) 쟁점창고 중 냉장냉동시설의 경우 일부 농산물과 수산물, 그리고 공산품 중 가공식품 등을 보관하는 용도로 사용되고 있어, 로컬푸드 직매장 판매용 농산물이나 축산물의 경우 별도의 공간에서 보관되고 있으므로, 이와 관련된 공급가액을 제외하고 관련된 총 공급가액 중 면세 공급가액 비율을 적용하여 냉장냉동시설 중 면세 사업사용 면적을 산정하여야 한다.



3) 쟁점창고 중 사무실 등 공용부분의 경우 쟁점건물 1층 매장과 동일하게 소매업 총 공급가액 중 면세 공급가액 비율을 기준으로 면세 사업사용면적을 산정하여야 한다.



(라) 위와 같은 청구법인의 주장을 고려하여 쟁점건물의 과ㆍ 면세사업 사용면적 비율을 재산정하면 아래 ＜표3＞과 같고, 이에 따라 산정된 면세사용면적비율 49.25%를 기준으로 공통매입세액을 안분계산하여 이 건 부가가치세 과세표준 및 세액을 재산정하여야 한다.



나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 로컬푸드 관련 매출과 관련하여 거래의 실질에 따라 수수료에 상당하는 금액만을 청구법인의 면세사업의 매출 공급가액으로 인정하여야 한다고 주장하나, 관련 매출에 대한 매입내역의 공제 여부 등 위 주장의 타당성을 검토할 수 있는 근거자료를 제출하지 않은 이상 청구법인이 제출한 출하약정서상 기재 내용만으로 위 주장을 받아들이기는 어렵다.

(2) 청구법인은 쟁점건물 중 지하1층의 경우 실제 물품의 종류에 따라 구분하고, 그 구분된 면적으로 공급가액 비율로 안분할 수 있다고 주장하나, 물품의 종류에 따라 적재되는 공간을 정확히 구분하기 어렵고, 실제 적재되어 있지 않은 공간에 대한 계산 오류가 있으며, 실제 재고파악에 따른 적재면적을 계산한 사실도 없으므로 총 공급가액에 대한 로컬푸드 매출 제외한 면세사업 공급가액비율을 기준으로 안분한 이 건 처분은 정당하다.

(가) 부가가치세법 집행기준 40-81-6은 ‘건축물의 취득관련 매입세액에 대하여 과세사업에만 전적으로 사용되는 면적에 관련된 매입세액은 전액 공제하고, 면세사업에만 전적으로 사용되는 면적에 관련된 매입세액은 전액 불공제하며, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 면적에 관련된 매입세액은 그 사업부문에서 발생된 총공급가액에 대한 면세사업 등 공급가액 비율에 의하여 안분 계산한 가액을 불공제 한다’고 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 쟁점건물 중 지하1층의 경우 일반 공산품을 보관하는 일반창고와, 농산물 등을 보관하는 냉장ㆍ 냉동시설창고로 구분되므로, 이를 기준으로 예정사용면적비율을 산정하였다고 주장하면서 현장사진 등을 제출하였으나, 쟁점건물의 지하 1층의 경우 청구법인이 운영하는 A의 창고로서 과ㆍ 면세사업에 공통으로 사용되는 이상 기본적으로 총 공급가액을 기준으로 안분하는 것이 원칙이라 할 것이고, 청구법인의 주장과 달리 과세ㆍ 면세사업 관련 상품을 구분없이 보관할 수 있는 것으로 확인되는 반면, 일부 면적을 공산품만 적재ㆍ 보관하였다고 인정하기 위해서는 시기별 적재면적을 파악하여 해당 면적만을 공산품의 공급가액을 기준으로 안분계산하여야 할 것이나, 청구법인이 제출한 현장사진의 경우 촬영시점이 불분명하며, 객관적인 면적을 산정하기 위해 적합한 증빙자료라고 볼 수 없으므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.

(다) 또한 청구법인은 당초 부가가치세 신고시 쟁점건물의 예정사용면적비율이 아닌 임의로 전체면적의 10%를 과세사업으로 사용될 면적이라고 산정하였고, 쟁점건물의 완공 후 실제 사용면적이 확정된 후에도 실제 사용면적을 기준으로 정산을 한 사실도 없다.


3.심리 및 판단

가.쟁점

① 청구법인의 농산물 판매용역의 경우 그 실질이 농산물 위탁판매용역에 해당하므로 수수료 상당액만을 공급가액으로 하여 부가가치세 과세표준 및 세액을 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

② 실제 사용 용도에 따라 공통매입세액 안분계산을 하여야 한다는 청구주장의 당부

나.관련 법령 : < 별지> 기재

다.사실관계 및 판단

(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다.

(가) 쟁점건물의 건축물대장상 현황은 아래 < 표4> 와 같고, 청구법인, 쟁점건물 신축과 관련하여 과ㆍ 면세사업 예정사용면적 비율(면세사업 예정면적 비율 48.3%)을 적용하여 공통매입세액 중 불공제대상 매입세액을 산정하여 부가가치세를 신고하였으나, 쟁점건물의 사용승인일(2023.6.8.)이후 쟁점건물의 사용면적이 확정된 2023년 제2기 부가가치세 확정신고시 「부가가치세법 시행령」제82조에 따른 공통매입세액 정산을 한 사실은 없는 것으로 확인된다.



< 표5> 청구법인 제출 쟁점건물 과ㆍ 면세사업 예정사용면적 내역
○○○

< 표6> 2022년 제1기(확정)∼2023년 제2기(예정) 부가가치세 신고시 공통매입세액 안분계산내역
○○○

(나) 처분청은 쟁점창고 중 일반창고 및 냉장시설 면적의 경우 면세공급가액 비율 61.56%를 적용하고, 쟁점창고 중 지하공용면적 및 1층 소매점 면적의 경우 면세공급가액 비율 67.42%를 적용하여, 쟁점면적의 면세사업사용면적을 산정하여, 쟁점건물 중 사용면적 비율(60.74%)을 기준으로 감사청이 산정한 < 표6> 에 따른 공통 매입세액 중 불공제세액을 산정하여 이 건 부과처분을 하였다.

< 표7> 청구법인의 소매업 관련 공급가액 세부내역
○○○

< 표8> 감사청이 재산정한 쟁점건물 관련 공통매입세액 내역
○○○



(2) 청구법인은 로컬푸드 공급가액 산정관련 로컬푸드 판매대금 중 판매수수료(판매대금의 10∼15%)만을 수취하였으므로 판매수수료만을 공급가액으로 인식하여야 한다고 주장하면서 로컬푸드 출하약정서를 제출하였다.

< 표10> 로컬푸드직매장 출하약정서
○○○

(3) 우리 원 담당자가 2025.10.24. 실시한 현장조사에 의하면, 쟁점건물의 건축물대장상 지하1층의 경우 별도의 용도구분이 없으나, 실제 사용 현황상 상온 보관창고(일반창고), 냉장ㆍ 냉동창고, 공용 공간(사무실 및 기계실 등)으로 구분되는 것으로 확인되고, 일반창고 및 냉장ㆍ 냉동창고 모두 과ㆍ 면세사업 관련 상품이 모두 보관중인 상태로서 과ㆍ 면세사업의 구분 없이 사용중인 것으로 확인되었다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 로컬푸드의 판매와 관련하여 위탁매매에 해당하므로 조합원과 체결한 출하약정서상 수수료를 공급대가로 보아야 한다고 주장하나, 「부가가치세법」제10조 제7항은 ‘위탁매매에 의한 매매를 할 때에는 위탁자가 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다’고 규정하고 있는데, 위탁매매란 자기의 명의로 타인의 계산에 의하여 물품을 구입 또는 판매하고 보수를 받는 것으로서 명의와 계산의 분리를 본질로 하는 것이므로, 어떠한 계약이 일반의 매매계약인지 위탁매매계약인지는 계약의 명칭 또는 형식적인 문언을 떠나 그 실질을 중시하여 판단하여야 할 것인바(대법원 2025.5.15. 선고 2023두47473 판결, 같은 뜻임), 청구법인이 제출한 로컬푸드직매장 출하약정서에 따르면 실제 청구법인이 판매한 제품 중 로컬푸드직매장 판매 제품의 경우 판매대금의 일정 비율을 수수료로서 청구법인이 수취하는 것으로 기재되어 있어 일응 위탁매매 계약에 따른 것으로 보이는 측면도 있으나, 청구법인이 청구법인의 조합원 등 위탁자에게 판매 대행 용역과 관련된 별도의 매출세금계산서를 발급한 사실이 확인되지 않는 점, 또한 청구법인이 당초 자신의 계산과 책임하에 로컬푸드를 소비자들에게 판매한 것으로 보아 전체 공급대가를 기준으로 관련 부가가치세를 신고ㆍ 납부한 것으로 보이는 반면, 로컬푸드직매장 출하약정서 이외 청구주장을 입증할 수 있는 계정별 원장 및 회계처리 내역 등 객관적인 증빙자료를 제출하지 않은 점 등에 비추어 청구법인의 위 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(5) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점창고의 경우 실제 사용현황이 구분됨에 따라 청구법인의 소매업 전체 총 공급가액 중 면세 공급가액 비율이 아닌 각 사용 현황에 따라 해당 부문별 총 공급가액 중 면세 공급가액 비율을 기준으로 각각 면세사업 사용면적을 산정하여야 한다고 주장하나, 공통매입세액이 하나의 사업 중 일부분에 관련되는 경우에, 그 부분이 사업장소와 운영실태 등에 비추어 나머지 부분과 구분되는 별개의 독립된 사업 부분이라고 볼 수 없다면 해당 사업 전체의 공급가액을 기준으로 하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 할 것인바(대법원 2016.12.29. 선고 2014두10714 판결, 같은 뜻임), 청구법인의 소매업이 쟁점건물 1층에 소재한 소매업 매장에서 공산품, 농ㆍ 수ㆍ 축산물 및 로컬푸드 상품이 관리 및 판매되면서 하나의 사업 부분으로 운영되고 있고, 쟁점창고 또한 청구법인의 소매업 영위를 위한 관련 과ㆍ 면세상품이 구분없이 함께 보관되고 있는 것으로 확인된 점, 쟁점건물의 건축물대장상 쟁점창고의 경우 용도가 ‘농업인창고’로 나타나고, 실제 이를 과ㆍ 면세사업 용도별로 명확히 구분하여 운영하고 있다고 볼 만한 사정도 확인되지 않는 점 등에 비추어 청구법인의 위 주장도 인정하기 어려우므로, 처분청이 청구법인의 소매업 전체 공급가액 중 면세 공급가액 비율을 기준으로 쟁점면적에 대한 면세사업 사용면적을 산정한 후 공통매입세액을 안분계산한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.


4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 부가가치세법

제10조(재화 공급의 특례) ⑦ 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매를 할 때에는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다. 다만, 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 수탁자 또는 대리인에게 재화를 공급하거나 수탁자 또는 대리인으로부터 재화를 공급받은 것으로 본다.

제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
1. 가공되지 아니한 식료품[식용(食用)으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물을 포함한다] 및 우리나라에서 생산되어 식용으로 제공되지 아니하는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물로서 대통령령으로 정하는 것

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하  "공통매입세액”이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하  "공통매입세액 안분기준”이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

(2) 부가가치세법 시행령

제69조(위탁판매 등에 대한 세금계산서 발급) ① 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우 수탁자 또는 대리인이 재화를 인도할 때에는 법 제32조 제6항에 따라 수탁자 또는 대리인이 위탁자 또는 본인의 명의로 세금계산서를 발급하며, 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자 또는 본인이 세금계산서를 발급할 수 있다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다.
② 위탁매입 또는 대리인에 의한 매입의 경우에는 법 제32조 제6항에 따라 공급자가 위탁자 또는 본인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다.

제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하  "공통매입세액”이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.



④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율
⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.
⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 공통매입세액의 안분 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

제82조(공통매입세액의 정산) 사업자가 제81조 제4항에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우에는 해당 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업등의 공급가액, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고할 때에 다음 각 호의 계산식에 따라 정산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율, 총사용면적에 대한 면세 또는 비과세 사용면적의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.



(3) 부가가치세법 시행규칙

제54조(공통매입세액 안분 계산) ② 영 제81조 제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 영 제81조 제1항 단서에 따른 면세공급가액의 합계액으로 한다.
③ 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용되는 재화를 공급받은 과세기간 중에 그 재화를 공급하여 영 제63조 제1항 및 제2항에 따라 공급가액을 계산한 경우 그 재화에 대한 매입세액의 안분(按分) 계산은 영 제63조 제1항 및 제2항에 따라 계산한다.

※ 부가가치세법 집행기준

40-81-6 【과세ㆍ면세 사용면적이 있는 건축물의 매입세액 계산 방법】
매입세액의 계산은 먼저 실지귀속에 따라 산정하며, 사업자가 건축물을 취득하거나 신축하면서 발생된 매입세액과 관련하여 과세사업과 면세사업등에 사용될 면적 및 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용될 면적이 객관적으로 구분되어 있는 경우 다음과 같이 매입세액을 안분계산한다.
1. 건축물의 취득관련 매입세액에 대하여 과세사업에만 전적으로 사용되는 면적이 전체 면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 매입세액은 전액 공제하고, 면세사업등에만 전적으로 사용되는 면적이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 매입세액은 전액 불공제한다.
2. 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용되는 면적에 관련된 매입세액에 대하여는 그 사업부문에서 발생된 총공급가액에 대한 면세사업등 공급가액의 비율에 의하여 안분 계산한 가액을 불공제한다.
3. 해당 건축물에서 운영하는 전체 사업에 공통으로 사용되는 면적(주차장, 기계실, 보일러실, 관리사무실 등)에 관련된 매입세액이 있는 경우 불공제되는 매입세액의 계산은 전체 사업에서 발생된 총공급가액에 대한 면세사업등 공급가액의 비율에 의하여 안분계산한다.

(4) 소득세법

제163조(계산서의 작성ㆍ발급 등) ② 「부가가치세법」 제26조 제1항 제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물ㆍ임산물의 위탁판매의 경우나 대리인에 의한 판매의 경우에는 수탁자 또는 대리인이 재화를 공급한 것으로 보아 계산서등을 작성하여 해당 재화를 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 다만, 제1항에 따라 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서등을 발급하는 경우에는 그러하지 아니하다.