○ 질의법인은 ’10.8. 설립된 「사립학교법」 제2조제2호의 학교법인으로 「법인세법」 제2조제2호나목의 비영리내국법인에 해당하는바,

-수익사업회계와 교비회계를 구분경리하고 있음

○ 질의법인은 수익사업회계에서 특수관계인에게 10억 원을 대여하였고, (이하 ‘쟁점채권’)

- 그 대여 시점에 수익사업회계에 특수관계인이 아닌 자로부터 차입한 금액은 존재하지 아니하였으며

- 교비회계(비수익사업회계)상 한국사학진흥재단으로부터 ‘교내 옥상 방수공사’ 용도가 지정된 차입금 존재함(이하 ‘쟁점차입금’)

○ 비영리내국법인인 학교법인이 수익사업에서 특수관계인에게 금전을 대여하는 경우, 가중평균차입이자율 산출시 교비회계상 차입금까지 포함하여 산출하는지 여부

「법인세법」 제2조제2호에 따른 비영리내국법인이 수익사업회계에서 특수관계인에게 금전 대여시 비영리내국법인에게 적용되는 「법인세법 시행령」 제89조제3항의 가중평균차입이자율은 해당 비영리내국법인의 대여시점 현재 수익사업 회계로 구분경리된 차입금 잔액(특수관계인으로부터의 차입금은 제외한다)에 차입 당시의 각각의 이자율을 곱한 금액의 합계액을 해당 차입금 잔액의 총액으로 나눈 비율로 계산하는 것입니다

○ 법인세법 제2조 (정의)



이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. " 내국법인" 이란 본점, 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소가 국내에 있는 법인을

말한다.

2. " 비영리내국법인" 이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

가. 「민법」제32조에 따라 설립된 법인

나. 「사립학교법」이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 「민법」제32조에 규정된

목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주(株主)ㆍ사원 또는 출자자(出資者)에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다)

다. 「국세기본법」제13조제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 " 법인으로 보는 단체" 라 한다)

3.~16. < 생략>



○ 법인세법 제4조 (과세소득의 범위)



① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국
법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득



② 제1항제1호를 적용할 때 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14제1항의 각 연결
사업연도의 소득으로 한다.

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는

수입(이하 " 수익사업" 이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다. < 개정 2025.10.1>

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」제22조에 따라 국가데이터처장이 작성ㆍ

고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」제16조제1항에 따른 이자소득

3. 「소득세법」제17조제1항에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는
자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

6. 「소득세법」제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

④~⑤ < 생략>



○ 법인세법 제113조 (구분경리)



① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과
수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

②~⑧ < 생략>



○ 법인세법 시행령 제156조 (구분경리)



① 법 제113조제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는
재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여
기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

② < 생략>



○ 법인세법 시행규칙 제75조 (구분경리의 범위)



① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ

부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.

② < 생략>



○ 법인세법 시행규칙 제76조 (비영리법인의 구분경리)



① 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의

사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

②~⑤ < 생략>

⑥ 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분
경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다.

다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을

말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할

수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용

항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적등의 기준에 의하여 안분

계산한다.

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에

비례하여 안분계산

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의

수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의

개별 손금액에 비례하여 안분계산

⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은

익금에 대응하는 것에 한한다.



○ 법인세법 제52조 (부당행위계산의 유형 등)



① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이

특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨

것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 " 부당행위계산" 이라

한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의

정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및

교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 " 시가" 라 한다)을 기준으로 한다.



○ 법인세법 시행령 제88조 (부당행위계산의 유형 등)



① 법 제52조제1항에서 " 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우" 란 다음
각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1.~5. < 생략>

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로

대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. ~ 다. < 생략>

7.~9. < 생략>



○ 법인세법 시행령 제89조 (시가의 범위 등)



①~② < 생략>

③ 제88조제1항제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도

불구하고 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율(이하 " 가중평균차입이자율" 이라

한다)을 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라

기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율(이하 " 당좌대출이자율" 이라 한다)을 시가로 한다.

1. 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는

경우 : 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.

1의2~2. < 생략>



○ 법인세법 시행규칙 제43조 (가중평균차입이자율의 계산방법 등)



① 영 제89조제3항 각 호 외의 부분 본문에서 " 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입

이자율" 이란 자금을 대여한 법인의 대여시점 현재 각각의 차입금 잔액(특수관계인으로부터의

차입금은 제외한다)에 차입 당시의 각각의 이자율을 곱한 금액의 합계액을 해당 차입금

잔액의 총액으로 나눈 비율을 말한다. 이 경우 산출된 비율 또는 대여금리가 해당 대여

시점 현재 자금을 차입한 법인의 각각의 차입금 잔액(특수관계인으로부터의 차입금은

제외한다)에 차입 당시의 각각의 이자율을 곱한 금액의 합계액을 해당 차입금 잔액의

총액으로 나눈 비율보다 높은 때에는 해당 사업연도의 가중평균차입이자율이 없는 것으로

본다.

② 영 제89조제3항 각 호 외의 부분 단서에서 " 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율" 이란

연간 1,000분의 46을 말한다.

③ 영 제89조제3항제1호에서 " 기획재정부령으로 정하는 사유" 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 특수관계인이 아닌 자로부터 차입한 금액이 없는 경우

2. 차입금 전액이 채권자가 불분명한 사채 또는 매입자가 불분명한 채권ㆍ증권의 발행으로

조달된 경우

3. 제1항 후단에 따라 가중평균차입이자율이 없는 것으로 보는 경우

4. 삭제

④~⑥ < 생략>