원심판결을 파기하고, 사건을 수원고등법원에 환송한다.

1. 사안의 개요

원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다

가. 원고는 미국법인으로서 2017. 7. 24. A 주식회사(이하 ‘A’라고 한다)와 사이에, 국내ㆍ 외에 등록된 20개의 특허권(이하 이 중 국내에 등록된 1개를 제외한 ‘국내 미등록 특허권’ 19개를 ‘이 사건 특허권’이라고 한다)에 관하여 A에 라이선스를 허여하고 사용료를 지급받는 내용의 특허권 라이선스 계약을 체결하였다.

나. A는 2017 사업연도에 위 계약에 따른 사용료 명목으로 원고에게 미화 295만 달러를 지급하고, 피고에게 이에 대한 원천징수분 법인세를 납부하였다.

다. 원고는, 위 사용료 중 이 사건 특허권에 대한 사용대가 부분(이하 ‘이 사건 사용료’라고 한다)은 「 대한민국과 미합중국 간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약」 (이하 ‘한미조세협약’이라고 한다)에 따라 원천징수대상이 되는 국내원천소득이 아니라는 이유로, 2019. 10. 22. 피고에게 납부된 원천징수분 법인세의 일부 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 2019. 12. 9. 원고의 경정청구를 거부하였다.

2. 관련 규정

가. 한미조세협약 제14조 제4항은  "본 조에서 사용되는 ‘사용료’라 함은 다음의 것을 의미한다.”라고 규정하면서, 제a호에서 ‘문학ㆍ 예술ㆍ 과학작품의 저작권 또는 영화필름ㆍ 라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능, 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금’ 을 규정한다. 제6조는  "이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.”라고 규정하면서, 제3항에서  "제14조 제4항에 규정된 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.”라고 규정한다. 제2조 제2항 전문(前文)은  "이 협약에서 사용되나 이 협약에서 정의되지 아니한 기타의 용어는, 달리 문맥에 따르지 아니하는 한, 그 조세가 결정되는 체약국의 법에 따라 내포하는 의미를 가진다.”라고 규정한다.

나. 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제93조는  "외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.”라고 규정하면서, 제8호에서  "다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리ㆍ 자산 또는 정보(이하 이 호에서 ‘권리 등’이라고 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세 방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 그 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리 등에 대한 대가는 국내 지급 여부에도 불구하고 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 ‘특허권 등’이라고 한다)는 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조ㆍ 판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.”라고 규정한다.

3. 국내 미등록 특허권에 대한 사용료가 국내원천소득에 해당하는지 여부(제1, 2, 3 상고이유)

가. 관련 법리

한미조세협약은 구 법인세법 제93조 제8호에서 규정하는 ‘사용지를 기준으로 하여 사용료소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 이중과세 방지협약’에 해당한다. 한미조세협약에 따른 ‘사용지’를 확정하려면 먼저 ‘사용’의 의미를 명확히 할 필요가 있다. 그런데 한미조세협약은 ‘사용’의 의미를 별도로 정의하고 있지 않다. 그러므로 한미조세협약 제2조 제2항 전문에 따라 ‘사용’의 의미는 조세가 결정되는 체약국인 우리나라의 법에 따라 해석하여야 한다. 이와 관련하여 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문은 국내 미등록 특허권이 국내 제조ㆍ 판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다고 규정한다. 여기서 ‘사용’은 독점적 효력을 가지는 특허권 자체를 사용하는 것이 아니라 그 특허권의 대상이 되는 제조방법ㆍ 기술ㆍ 정보 등(이하 ‘특허기술’이라고 한다)을 사용한다는 의미로 보아야 한다. 따라서 국내 미등록 특허권의 특허기술이 국내에서 사용되었다면 그 대가인 사용료소득은 국내원천소득에 해당한다(대법원 2025. 9. 18. 선고 2021두59908 전원합의체 판결 참조).

나. 이 사건에 관한 판단

앞서 본 사실관계를 위 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 사용료가 이 사건 특허권의 대상인 특허기술을 국내에서의 제조ㆍ 판매 등에 사실상 사용하는 데에 대한 대가인 경우, 이는 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항 제a호, 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문에 따라 국내 사용에 대한 사용료로서 국내원천소득에 해당한다. 그런데도 원심은, 이 사건 사용료가 국내 미등록 특허권에 대한 것이라는 이유만으로, 그 특허기술이 국내에서의 제조ㆍ 판매 등에 사실상 사용되었는지를 살피지 아니한 채 곧바로 국내원천소득에 해당하지 않는다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 한미조세협약상 국내 미등록 특허권에 대한 사용료의 국내원천소득 해당 여부에 관한 법리를 오해한 나머지 필요한 심리를 다하지 아니하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.

4. 결론

나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리ㆍ 판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.