심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 1997.7.24. 설립되어 식품가공설비ㆍ기기 제조업, 엔지니어링 서비스업 등을 영위하고 있는 법인으로, 2019사업연도, 2021사업연도 및 2023사업연도 법인세 신고시 「장애인고용촉진 및 직업재활법」(이하  "장애인고용법”이라 한다) 제33조에 따라 납부한 2018년~ 2023년 장애인고용부담금 합계 OOO원을 아래 ＜표1＞과 같이 손금불산입하였다.



＜표1＞ 장애인고용부담금 납부내역

(단위 : 원)





나. 이후 청구법인은 장애인고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당하지 않는다고 보아 이를 손금산입하여 아래 ＜표2＞와 같이 기납부한 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 2025.3.19. 제기하였으나, 처분청은 2025.5.21. 경정청구를 거부하였다.



＜표2＞ 청구법인의 경정청구 내역

(단위 : 원)



다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.18. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) 장애인고용부담금은 의무 불이행에 대한 제재로 부과된 공과금으로 볼 수 없으므로 손금불산입 대상이 되는 공과금에 해당하지 않는다



「법인세법」 제21조는 제4호의 ‘법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금’ 및 제5호의 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로써 부과되는 공과금을 손금불산입 대상으로 규정하고 있다.



장애인고용법은 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주는 그 근로자의 총수에 따라 대통령령으로 정하는 비율(이하  "의무고용률”이라 한다) 이상에 해당하는 장애인을 고용하도록 하고(장애인고용법 제28조 제1항), 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 부담금(장애인고용부담금)을 납부하여야 한다고 규정하고 있다(같은 법 제33조 제1항).



헌법재판소는 장애인고용부담금을 고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적ㆍ조정적 (특별)부담금"의 성격이라 판단(헌법재판소 2003.7.24. 선고 2001헌바96 결정)하고, 사회연대책임의 이념을 반영하여 장애인의 고용에 따르는 경제적 부담을 장애인을 고용하는 사업주와 고용하지 아니하는 사업주간에 평등하게 조정하고, 실업 중인 장애인의 고용촉진을 위해 장애인을 새로이 고용하는 사업주가 작업설비 등의 개선을 위하여 지는 부담을 줄이기 위한 사업주의 공동갹출금으로써, 고용률을 하회하는 사업체의 사업주로부터 기금을 납부받아 고용률을 초과해서 장애인을 고용한 사업주에게 고용지원금을 지급함으로써 사업주 간의 장애인고용에 수반되는 경제적 부담을 평등화하기 위한 목적의 부담금이라고 설시하였다.



즉 장애인고용부담금은 장애인고용법상 의무고용률을 적용받지 않거나 의무고용률을 초과하여 장애인을 고용한 사업주에게 지급되는 장애인고용장려금(장애인고용법 제30조)을 지급하기 위하여 설치된 ‘장애인 고용촉진 및 직업재활 기금’의 주된 재원으로써, 의무불이행에 대한 ‘제재’라기보다 장애인 고용촉진이라는 정책적 목적을 달성하기 위하여 사업주 간에 비용을 분담하기 위한 부담금의 성격으로 보는 것이 타당하다.



또한 장애인고용법은 장애인고용부담금 관련 신고의무를 이행하지 않거나 거짓으로 신고하는 경우에는 장애인고용부담금과 별도로 제재로서의 성격을 가진 과태료를 부과하도록 규정(장애인고용법 제86조 제3항 제1호)하고 있으므로, 장애인고용부담금은 제재로서 부과되는 부담금으로 볼 수 없다.



(2) 「법인세법」의 개정은 손금 대상인 공과금의 범위에 대한 규정방식을 변경한 것일 뿐, 종전에 손금으로 열거되었던 공과금을 손금불산입하겠다는 취지가 아니고, 신뢰보호원칙에 따라 장애인고용부담금을 손금산입 대상으로 인정해야 한다.



「법인세법」(1998.12.28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제16조 제5호는 공과금을 원칙적으로 손금불산입 대상으로 규정하고, 「법인세법 시행령」(1997.12.31. 대통령령 제15564호로 개정되기 전의 것) 제25조 제1항은 손금불산입 대상에서 제외되는 공과금의 종류로서 장애인고용부담금을 열거하였다.



헌법재판소는 공과금은 법인의 일정한 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반하여 강제적으로 부과되는 것이기 때문에 사업경비의 성격을 띠는 것이므로 공과금은 법인세법상 손금에 산입됨이 원칙이라고 하며, 법인세법령이 공과금을 원칙적으로 손금불산입하고 손금산입 대상 공과금을 제한적으로 열거하는 방식으로 규정한 것을 위헌으로 판단(헌법재판소 1997.7.16. 선고 96헌바36내지49 결정)하였다.



이러한 헌법재판소의 위헌 결정의 취지에 따라 현재와 같이 모법에서 구체적으로 손금불산입 대상을 직접 규정하는 방식으로 개정된 것이며, 종전에 손금산입 대상이었던 장애인고용부담금을 손금으로 인정하지 않겠다는 취지로 개정된 것이 아니다.



개정 전후 및 현재에 이르기까지 사회적인 변화나 정책적 전환 등으로 인해 장애인고용부담금을 손금불산입할 필요성이 새로 생겼다거나, 법령 개정 또는 입법 과정에서 그에 대한 논의가 있었다고 볼 여지가 없는 이상, 장애인고용부담금이 손금산입 대상 공과금에 해당한다는 입법 취지는 현행 법인세법 하에서도 계속해서 유지되고 있다고 보아야 하며, 위 법령 개정 후 오랜기간 과세관청의 질의회신(서이46012-10993, 2003.5.19., 서이46012-10673, 2001.12.5.)에 따라 장애인고용부담금이 손금으로 인정되어 왔음에도, 단지 기획재정부 해석(기획재정부 법인세제과-145, 2018.2.21.)이 변경되었다는 사유만으로 장애인고용부담금이 손금불산입 대상이 되는 것은 조세법률주의 및 납세자 신뢰보호원칙에 반하는 해석이다.



(3) 최근 법원은 장애인고용부담금이 법령에 따른 의무불이행에 대한 ‘제재로서 부과된 공과금’에 해당하지 아니하므로 손금에 산입하는 공과금이라고 판단하였다(서울행정법원 2023.5.2. 선고 2022구합65757 판결, 서울고등법원 2023.12.5. 선고 2023누45325 판결).



판결문은 헌법재판소 결정(헌법재판소 2003.7.24. 선고 2001헌바96 결정)과 같은 취지에서 장애인고용부담금은 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적ㆍ조정적 (특별)부담금’의 성격이 강하며, 장애인고용법상 사업주가 장애인 고용의무를 이행하지 않더라도 이에 대하여 형사처벌하는 등의 규정은 없고, 설령 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 경우에도 모든 사업주가 장애인 고용부담금을 납부할 의무가 발생하는 것도 아니며, 장애인고용부담금은 장애인을 고용하는 사업주와 그렇지 않은 사업주 간의 경제적 부담을 평등하게 조정하기 위한 사업주의 공동갹출금으로서 사업주의 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반되어 발생하는 사업경비의 성격을 가진다고 볼 수밖에 없으며, 의무불이행에 대한 제재로서 부과되는 벌금이나 과태료의 경우 고의 또는 과실이라는 귀책 사유를 고려하여야 하지만, 장애인고용부담금은 그러한 사유를 고려하지 않고 일률적으로 부과되는 점 등을 고려할 때, 장애인 고용 촉진이라는 목적의 달성을 위하여 세법 해석을 통하여 쟁점 장애인고용부담금을 손금불산입하는 방식으로 납세자에게 불리하게 해석하는 것은 바람직하지 않다고 판시하였다.



나. 처분청 의견



(1) 장애인고용법은 사업주에게 장애인 의무고용률을 준수할 의무를 부여하고 있고 의무고용률에 미달하는 경우 부담금을 부과하고 있으므로 장애인고용부담금은 의무불이행에 대한 제재로서 납부하는 공과금에 해당하고, 「법인세법」 제21조 제5호에 따라 ‘법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’으로 보는 것이 타당하다.



장애인고용부담금은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인고용의무를 이행하도록 강제하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인고용부담금을 납부하도록 하고 있다.



고용노동부 고시에서 장애인고용부담금 산정의 중요한 요소인 ‘부담기초액’은 최저임금법상 최저임금액의 100분의 60 이상 범위에서 장애인 고용의무 불이행의 ‘중한 정도’에 따라 ‘가산’되어 있고, 특히 장애인 고용의무 불이행의 정도가 가장 중한 정도로서 장애인을 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우 ‘기초부담액’은 최저임금법상의 최저임금액을 그대로 적용하도록 하고 있으므로 이는 장애인고용부담금이 ‘징벌’적 성격이 있는 것을 보여주는 것이다.



(2) 조세와 마찬가지로 장애인고용부담금 납부의무는 공법상 금전지급의무로서, 장애인고용부담금 납부의무자가 그 의무를 이행하지 않으면 국세 체납처분의 예에 따라 강제징수할 수 있다.



(3) 기획재정부 유권해석(기획재정부 법인세제과-145, 2018.2.21.)도 장애인고용부담금을 「법인세법」 제21조 제5호에 따른 손금불산입 대상 공과금으로 판단하고 있다.



(4) 장애인고용부담금이 손금으로 인정될 경우 당초 제도의 목적과는 달리 사업자가 장애인 고용을 기피하고 전액 손금이 인정되는 부담금 납부를 선택하게 될 가능성이 높아지므로 장애인 고용 촉진 및 직업 재활이라는 정책목적을 달성하기 어려워질 우려가 있다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁 점



장애인고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당하므로 법인세를 환급해달라는 경정청구를 거부한 처분의 당부



나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인은 2025.3.19. 장애인고용부담금을 손금산입하고 법인세를 환급해달라는 경정청구를 제기하였는데, 처분청의 경정청구 처리결과 통지서 및 법인세 경정청구 검토서에 따르면 처분청은 장애인고용부담금은 「법인세법」 제21조 제5호의 의무 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금으로 손금불산입 대상에 해당한다고 보아 경정청구를 거부한 것으로 나타난다.



(2) 헌법재판소는 「법인세법」에서 ‘손금’을  "이 법에서 규정하는 것을 제외하고 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액”이라고 규정하면서, 예외적으로 손금불산입하는 공과금의 종류를 대통령령으로 위임하여 「법인세법 시행령」에서 열거하여 규정하는 것은 위헌이라고 결정하였다.



이에 정부는 「법인세법 시행령」을 개정(1997.12.31. 대통령령 제15564호로 개정된 것)하여 종전 규정에서 열거되어 있던 공과금의 종류를 모두 삭제하고 포괄적으로 규정하였는데, 이때 종전 규정 제32호에 규정되었던 장애인고용부담금이 삭제되었다.



이후 재차 「법인세법」을 개정(2000.12.29. 법률 제6293호로 개정된 것)하여 「법인세법 시행령」에서 포괄적으로 규정하였던 손금불산입하는 공과금을 법률로 상향입법하였으며, 그 개정연혁은 아래 ＜표3＞과 같다.



＜표3＞ 장애인고용부담금 관련 법인세법령 개정연혁



(3) 1997.12.31. 개정전 「법인세법 시행령」 제25호에서 손금불산입 대상 공과금의 예외로 장애인고용부담금을 포함하였다가, 1997.12.31. 이후 ‘법령에 의한 의무 불이행 위반에 대한 제재로 부과되는 공과금’은 손금불산입 대상이라는 내용으로 법령이 개정되면서 장애인고용부담금을 손금대상으로 열거한 조항은 삭제되었다.



이후 장애인고용부담금은 국세청 예규(질의회신 서이46012-10673, 2001.12.5.) 등을 통해 손금으로 인정하였으나, 2018.2.21. 기획재정부의 유권해석에 따라 2018년 2월 이후 신고ㆍ 납부분부터는 장애인고용부담금을 손금불산입 대상으로 판단한 것으로 나타난다.



(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 장애인고용부담금이 법령에 따른 의무불이행에 대한 ‘제재로서 부과된 공과금’에 해당하지 아니하고, 「법인세법」의 개정은 손금대상인 공과금의 범위에 대한 규정방식을 변경한 것일 뿐이므로 신뢰보호원칙에 따라 장애인고용부담금을 손금산입 대상으로 인정해야 한다고 주장하나,



「법인세법」상 공과금은 국가 또는 공공단체에 의하여 국민 또는 공공단체의 구성원에게 강제적으로 부과되는 모든 공적부담으로 법인의 일정한 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반하여 강제적으로 부과되는 것이기 때문에 사업경비의 성격을 띠는 것이어서 손금에 산입됨이 원칙이고 예외적으로 그 성질상 비용성을 갖지 않거나 조세정책적 또는 기술적 이유에 의하여 손금에 산입함이 바람직하지 않아 법률이 정한 경우에 한하여 손금산입이 부정되는 것으로 보는 것(대법원 2004.3.18. 선고 2001두1949 전원합의체 판결)이다.



이때 어떠한 공과금이 「법인세법」제21조 제5호에서 정하고 있는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당하여 손금불산입 대상이 되는지 여부는 단순히 그 명칭만을 가지고 판단할 것이 아니라 그 공과금을 부과하는 목적과 그로 인한 효과, 공과금의 성격, 공과금이 강제하고자 하는 「행정법」상의 의무 및 의무불이행의 내용, 근거 법령의 제개정 경위 내지 연혁, 규정 형식과 내용(문언) 해당 공과금에 관한 실질적인 내용을 두루 종합하여 판단함이 타당한바(서울고등법원 2020.1.31. 선고 2019누35635 판결, 같은 뜻임),



장애인고용법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적(제1조)을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인고용의무를 이행하도록 강제(제28조)하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인고용부담금을 납부(제33조)하도록 하고 있는 점, 제세공과금의 손금불산입 항목 관련 규정의 제ㆍ개정 경위 및 연혁 등에 비추어 볼 때 손금불산입 항목은 입법정책 내지 조세정책의 문제라고 볼 수 있는데 당초 장애인고용부담금의 손금성을 인정하였던 규정이 1997.12.31. 대통령령 제15564호로 개정된「법인세법 시행령」에서 삭제되었고 과거에 비하여 장애인 고용촉진 및 직업재활에 대한 사회적 인식이 월등히 높아진 점, 장애인고용부담금은 장애인고용법 제33조에 따라 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주를 대상으로 고용노동부장관이 징수하는 부담금으로서, 이는 「법인세법」 제21조 제5호의  "법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금”에 해당하는 것으로 해석함이 장애인고용법의 취지와 사회통념상 타당하다고 보이는 점(조심 2025서222, 2025.2.24. 외 다수, 같은 뜻임) 등에 비추어, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률



(1) 법인세법(2024.12.31. 법률 제20613호로 개정되기 전의 것)



제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

3. 벌금, 과료(통고처분에 따른 벌금 또는 과료에 상당하는 금액을 포함한다), 과태료(과료와 과태금을 포함한다), 가산금 및 강제징수비

4. 법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금

5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금



(2) 장애인고용촉진 및 직업재활법



제28조(사업주의 장애인 고용 의무) ① 상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 공사 실적액이 고용노동부장관이 정하여 고시하는 금액 이상인 사업주)는 그 근로자의 총수(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사 실적액을 근로자의 총수로 환산한다)의 100분의 5의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율(이하  "의무고용률”이라 한다) 이상에 해당(그 수에서 소수점 이하는 버린다)하는 장애인을 고용하여야 한다.

③ 의무고용률은 전체 인구 중 장애인의 비율, 전체 근로자 총수에 대한 장애인 근로자의 비율, 장애인 실업자 수 등을 고려하여 5년마다 정한다.



제30조(장애인 고용장려금의 지급) ① 고용노동부장관은 장애인의 고용촉진과 직업 안정을 위하여 장애인을 고용한 사업주(제28조 제1항을 적용받지 아니하는 사업주를 포함한다)에게 고용장려금을 지급할 수 있다.



제33조(사업주의 부담금 납부 등) ① 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주(상시 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주는 제외한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 부담금을 납부하여야 한다.

② 부담금은 사업주가 의무고용률에 따라 고용하여야 할 장애인 총수에서 매월 상시 고용하고 있는 장애인 수를 뺀 수에 제3항에 따른 부담기초액을 곱한 금액의 연간 합계액으로 한다.

⑤ 사업주는 다음 연도 1월 31일(연도 중에 사업을 그만두거나 끝낸 경우에는 그 사업을 그만두거나 끝낸 날부터 60일)까지 고용노동부장관에게 부담금 산출에 필요한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항을 적어 신고하고 해당 연도의 부담금을 납부하여야 한다.

⑥ 고용노동부장관은 사업주가 제5항에서 정한 기간에 신고를 하지 아니하였을 때에는 이를 조사하여 부담금을 징수할 수 있다.

⑦ 고용노동부장관은 제5항에 따라 부담금을 신고(제8항에 따른 수정신고를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 납부한 사업주가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이를 조사하여 해당 사업주가 납부하여야 할 부담금을 징수할 수 있다.

1. 사업주가 신고한 부담금이 실제로 납부하여야 할 금액에 미치지 못하는 경우

2. 사업주가 납부한 부담금이 신고한 부담금에 미치지 못하는 경우

3. 사업주가 신고한 부담금을 납부하지 아니한 경우



제35조(가산금과 연체금의 징수) ① 고용노동부장관은 제33조 제6항 및 제7항 제1호에 따라 부담금을 징수하는 때에는 사업주가 납부하여야 할 부담금의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산금으로 징수한다.



제37조(독촉 및 체납처분) ① 고용노동부장관은 부담금, 그 밖에 이 법에 따른 징수금을 납부 의무자가 납부하지 아니하였을 때에는 기한을 정하여 독촉하여야 한다.

③ 제1항에 따라 독촉을 받은 자가 그 납부 기한까지 부담금이나 그 밖에 이 법에 따른 징수금을 납부하지 아니하였을 때에 고용노동부장관은 국세 체납처분의 예에 따라 징수할 수 있다.



제38조(징수 우선순위) 부담금과 이 법에 따른 그 밖의 징수금(이하 이 조에서  "부담금등”이라 한다)은 국세 및 지방세를 제외한 다른 채권보다 우선하여 징수한다. 다만, 부담금등의 납부기한 전에 전세권ㆍ질권ㆍ저당권 또는 「동산ㆍ채권 등의 담보에 관한 법률」에 따른 담보권의 설정을 등기하거나 등록한 사실이 증명되는 재산을 매각하여 그 매각대금 중에서 부담금등을 징수하는 경우에 그 전세권ㆍ질권ㆍ저당권 또는 「동산ㆍ채권 등의 담보에 관한 법률」에 따른 담보권에 의하여 담보된 채권에 대하여는 그러하지 아니하다.



제68조(장애인 고용촉진 및 직업재활 기금의 설치) 고용노동부장관은 공단의 운영, 고용장려금의 지급 등 장애인의 고용촉진 및 직업재활을 위한 사업을 수행하기 위하여 장애인 고용촉진 및 직업재활 기금(이하  "기금”이라 한다)을 설치한다.



제69조(기금의 재원) ① 기금은 다음 각 호의 재원으로 조성한다.

2. 제33조와 제35조에 따른 부담금ㆍ가산금 및 연체금



제71조(기금의 용도) 기금은 다음 각 호에 규정하는 비용의 지급에 사용한다.

2. 제30조에 따른 고용장려금



제86조(과태료) ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게는 200만원 이하의 과태료를 부과한다.

1. 제33조 제5항에 따른 신고를 하지 아니하였거나 거짓된 신고를 한 때