심판청구를 기각한다.

1.처분개요



가. 청구법인은 2021.10.14. 개업해 도매 및 소매업을 주된 업종으로 하는 법인사업자이고, 주식회사 A(이하  "매도인”이라 한다)로부터 부산광역시 OOO외 4필지 및 그 지상 건물(이하  "쟁점부동산”이라 하고, 건물 부분만을 이하  "쟁점건물”이라 한다)을 매매가액 OOO원(토지 OOO원, 건물 OOO원, 부가가치세 별도)에 매수하였다.



나. 매도인은 쟁점건물의 매도를 과ㆍ면세사업에 공통으로 사용되던 재화의 공급으로 보고 쟁점건물가액(OOO원)을 직전과세기간 과세공급가액비율(54%)로 안분한 금액인 OOO원을 공급가액으로 하는 세금계산서(이하  "쟁점세금계산서”라 한다)를 발행하였고, 청구법인은 위 금액 전액을 매입세액에 포함하여 2021년 제2기 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.



다. 광주지방국세청 감사관실은 2024.8.26.부터 2024.9.12.까지 처분청에대한 업무종합감사를 실시하여 청구법인이 쟁점건물을 겸영사업에 사용하고 있으므로 2021년 제2기 부가가치세 확정신고 시 쟁점세금계산서에 기재된 매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 제외해야 함에도 매입세액 전부를 공제받은 사실을 감사지적하였고, 처분청은 면세사업에 관련된 매입세액을 공제액에서 제외하여 2025.2.10. 2021년 제2기 부가가치세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정ㆍ고지하였다.



라.청구법인은 이에 불복하여 2025.4.26. 심판청구를 제기하였다.





2.청구법인 주장 및 처분청 의견



가.청구법인 주장



(1) 과ㆍ면세사업자의 직전과세기간 공급가액 비율로 안분된 공통매입세액을 다시 청구법인의 당해 면세공급가액 비율로 정산하여 고지한 처분은 부당하다.



과세사업자로부터 쟁점건물 전체에 대한 세금계산서를 교부받은 경우와 과ㆍ면세사업자의 직전 과세기간의 과세사업 공급가액 비율로 1차적으로 안분된 세금계산서를 교부받은 경우에 겸영사업자인 매수인이 동일한 기준으로 공통매입세액을 정산하면 아래 사례와 같이 동일한 상황에서 매도인이 겸영사업자인지 여부에 따라 매수인의 부가가치세 매입세액 공제액 계산이 달라지는 문제가 발생한다.



＜사례＞ 건물 양도가 OOO 원, 매도인 직전기의 과세공급비율(50%), 매수인 당기의 면세공급비율(50%)인 경우

○○○



(2) 가산세는 세법상의 의무이행을 확보하기 위하여 의무를 태만히 하였을 때 일종의 행정 질서벌의 성질을 지닌 제재이나, 이 경우 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 ‘정당한 사유’가 있는 때에는 「국세기본법」 제48조 제1항에 의하여 해당 가산세를 부과하지 아니하는 바,



청구법인이 쟁점건물 취득 당시 매도인의 과ㆍ면세 비율로 공통매입세액이 안분된 세금계산서를 수령한 상태에서 창출된 부가가치가 없는 거래에 대하여 다시 청구법인의 과ㆍ면세 비율 매입세액을 안분하는 것을 기대하기는 어려울 것이다.



이와 같이 세법해석에 대한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 볼만한 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결, 같은 뜻임)에는 납세자에게 과실이 있었다고 보기 어려우므로 가산세의 부과대상에서 제외함이 타당하다.



나.처분청 의견



(1) 매출자가 납부하는 매출세액과 매입자가 환급받는 매입세액은 같을 수 없고, 매도자가 상가건물의 양도로 OOO원의 부가가치세를 거래징수하여 납부한다 하더라도, 매수자는 과ㆍ면세 비율에 따라 과세사업에 관련된 매입세액인 OOO원만 매입세액 공제받는 것은 당연한 것이고,



동일한 논리로 과ㆍ면세 겸업자인 매도인이 공급가액 비율로 안분하여 OOO원의 부가가치세를 거래징수하여 납부한다 하여도, 매수자는 과ㆍ면세비율에 따라 과세사업에 관련된 매입세액인 OOO원만 매입세액 공제받는 것은 당연하다. 해당 사항은 과세사업자로부터 매입한 경우와 과ㆍ면세 겸영사업자로부터 매입한 경우 동일하다.



청구법인은 사례를 들며 매도인의 과세공급가액비율로 거래징수한 OOO원을 전액 공제받을 수 있다고 주장하지만, OOO원을 전액 공제 받을 수 있는 경우는 매수자가 과세사업만 영위하는 사업자일 때 가능한 것이다.



(2) 청구법인은 세법해석상의 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있는 정당한 사유가 있으므로 가산세를 과세대상에서 제외함이 타당하다고 주장하나,



청구법인이 주장하는 쟁점은 세법 해석상 견해의 대립이 있는 경우 등에 해당하지 않고, 오히려 법령의 부지ㆍ착오에 의한 것으로 볼 수 있는데 대법원에서는 법령의 부지나 착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다고 판시하고 있어서 가산세를 감면해 달라는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.





3.심리 및 판단



가. 쟁점



① 겸영사업자가 공통사용재화를 공급받은 경우에 공통매입세액을 과ㆍ 면세공급비율에 따라 안분계산하여 과세한 처분의 당부



② 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부



나.관련 법령 :　＜별지＞ 기재



다.사실관계 및 판단



(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.



(가) 청구법인은 매도인으로부터 쟁점부동산을 매매가격 OOO원(토지 : OOO원, 건물 : OOO원)에 매수하였고 부동산 매매계약서의 내용은 아래 ＜표1＞과 같다.



＜표1＞ 부동산 매매계약서(일부)

○○○



(나) 아래 ＜표2＞의 쟁점건물의 부동산등기사항전부증명서에는 2021.11.26. 쟁점건물의 소유권이 매도인으로부터 청구법인에게 매매를 원인으로 이전된 것으로 확인된다.



＜표2＞ 쟁점건물 등기사항전부증명서

○○○



(다) 매도인은 겸영사업자로서 쟁점건물 매도 시 공급가액 OOO원 중 직전 과세기간의 과세공급가액 비율(54%)에 해당하는 OOO원을 공급가액으로 한 전자세금계산서를 발행하였다.



(라) 청구법인 본점의 법인등기사항전부증명서에 따르면 ‘슈퍼마켓업’을 목적으로 하여 설립되었음을 확인할 수 있고 그 내용은 아래 ＜표3＞과 같다.



＜표3＞ 본점 법인등기사항전부증명서

○○○



(마) 청구법인은 슈퍼마켓업을 영위하는 겸영사업자로서 쟁점부동산이 거래된 당기인 2021년 제2기에 제출된 청구법인의 총공급가액은 OOO원이고, 면세공급가액은 OOO원인 것으로 확인된다.



(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,



(가) 먼저, 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물의 부가가치세 매입세액 산정 시 공통매입세액 안분계산을 적용해서는 안 된다고 주장하나, 「부가가치세법 시행령」 제81조 제1항은 겸영사업자에게 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있는 경우에는 공통매입세액을 해당 과세기간의 총 공급가액에 대한 총 면세공급가액의 비율로 계산한 금액을 면세사업에 관련된 매입세액으로 한다고 규정하고 있는바,



청구법인은 슈퍼마켓업을 영위하면서 과세사업과 면세사업을 겸영하는 겸영사업자이고, 슈퍼마켓업에 사용되는 쟁점건물은 공통사용재화이고 이에 대한 매입세액은 공통매입세액에 해당하는 점, 매도인이 겸영사업에 사용하던 쟁점건물 매도 시 부가가치세 과세표준은 쟁점건물 공급가액을 직전 과세기간의 총 공급가액에 대한 총 과세공급가액의 비율로 계산한 금액인 것이고 이 금액은 겸영사업자인 매수인(청구법인)의 공통매입세액을 구성하는 것이며, 겸영사업자인 매수인의 공통매입세액은 「부가가치세법 시행령」 제81조 제1항의 문언에 따라 매수인의 당기 면세공급가액을 계산해 매입세액불공제 여부가 산정되어야 하는 것인 점, 이에 따르면 청구법인이 쟁점건물을 매수하면서 부담한 공통매입세액은 OOO원이고, 해당 과세기간인 2021년 제2기의 청구법인의 총 공급가액은 OOO원이며 총 면세공급가액은 OOO원이므로 면세공급가액 비율로 계산한 면세사업에 관련된 매입세액은 OOO원으로 확인되므로 이 금액은 매입세액불공제 해야 하는 점, 청구법인은 청구법인이 겸영사업자임에도 면세공급가액 비율을 고려하지 않고 공통매입세액 전액이 매입세액 공제 되어야 한다고 주장하는 것인데, 청구법인의 주장에 따르면 매수인이 겸영사업자인 경우와 과세사업자인 경우에 공통사용재화의 매입액에 대해 동일한 액수의 매입세액 공제를 받는 문제가 발생하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.



(나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구인은 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 주장하나, 세법상 과소신고가산세 및 무납부가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자인 법인으로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부를 의무지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리 하였을 때 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이고, 이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것 인데(대법원 2002.8.3. 선고 2002두66 판결, 같은 뜻임),



「부가가치세법 시행령」 제81조 제1항은 겸영사업자에게 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있는 경우에는 면세사업에 관련된 매입세액은 공통매입세액을 총 공급가액에 대한 총 면세공급가액의 비율로 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고 이에 대한 세법해석상 견해의 대립이 있다고 볼 수 없는 점, 청구법인의 법령의 부지나 오해는 가산세를 감면할 수 있는 정당한 사유에 해당하지 않는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.





4.결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.





＜별지＞ 관련 법령



(1) 부가가치세법



제29조(과세표준) ⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업등에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.



제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하  "공통매입세액”이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하  "공통매입세액 안분기준”이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.



(2) 부가가치세법 시행령



제63조(과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용된 재화의 공급가액 계산) ① 법 제29조 제8항에 따른 과세표준에 포함되는 공급가액은 다음 계산식에 따라 계산한다. 이 경우 휴업 등으로 인하여 직전 과세기간의 공급가액이 없을 때에는 그 재화를 공급한 날에 가장 가까운 과세기간의 공급가액으로 계산한다.



제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하  "공통매입세액”이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.





(3) 국세기본법 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우