심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 OOO부터 농약 제조업을 주업으로 영위하는 법인으로 2014.1.27. 경기도 OOO 소재 토지와 공장 건축물(토지와 공장 건축물을 합하여 이하  "종전 부동산”이라 한다)을 양도한 후 전라북도 OOO로 이전하였고, 2015년 3월 2014사업연도 법인세 신고 시 종전 부동산의 양도차익 OOO원 중 OOO원(이하  "익금불산입액”이라 한다)을 「조세특례제한법」(이하  "조특법”이라 한다) 제60조(공장의 대도시 밖 이전에 대한 법인세 과세특례)에 따라 과세이연하여 익금불산입하였다.



나. 이후 청구법인은 익금불산입액 중 OOO원(이하  "쟁점과세이연금액”이라 한다)을 2019사업연도 각 사업연도 소득금액에 익금산입(각 사업연도 법인세율 22% 적용)하는 동시에 조특법 제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례)에 따라 미환류소득 법인세 산정 시에도 쟁점과세이연금액을 포함(미환류소득 법인세율 20% 적용)하여 법인세를 신고ㆍ납부하였으나, 2025.3.31. 쟁점과세이연금액은 현금유입액이 아니어서 환류할 금액이 없어 미환류소득 법인세 과세대상에 해당하지 않는다는 취지로 경정청구를 하였다.


다. 처분청은 청구법인의 경정청구를 검토한 결과 조특법 제100조의32에 따른 미환류소득 법인세는 현금유입 여부와 상관없이 각 사업연도 소득금액에 포함되면 미환류소득 과세대상에 해당한다고 보아 2025.5.29. 경정청구 거부처분을 하였다.



라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.21. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) 조특법 제60조는 ① 수도권 공장 과밀을 없애고, ② 지역균형발전을 목표로 지방이전을 촉진시키기 위해 조세지원을 통해 이전 기업의 자금부담을 경감하며, ③ 투자촉진을 통해 지방고용시장을 활성화하고, ④ 지방도시 소멸을 막기 위해 도입된 과세특례제도이다. 그러므로 미환류소득세제보다 조특법 제60조를 우선 적용하여야 할 것이고, 청구법인과 같이 종전 부동산을 미환류소득세제 도입 이전에 양도하고 지방으로 이전한 기업에게 미환류소득 법인세를 부과하게 된다면 정부정책에 부응한 기업이 오히려 불이익을 받게 된다.



(2) 청구법인의 경우 종전 부동산 양도대금을 모두 이전한 지방에서 부지를 매입하여 공장을 건축하는 등 시설투자에 사용하여 미환류 금액이 없을뿐더러 미환류소득세제 도입 이전에 소득금액 및 현금유입액이 확정되었기 때문에 새롭게 시행된 미환류소득세제를 소급하여 적용할 수 없다.



(3) 미환류소득세제는 경제 활성화를 위해 도입된 제도로 기업의 소득을 투자, 임금인상, 배당재원 등으로 활용하도록 유도함으로써 궁극적으로 기업소득이 가계소득으로 연결되도록 선순환 구조를 구축하는 것이 목적인데 이 건에서와 같이 2019사업연도에 환류할 현금유입액은 없고 쟁점과세이연금액만 익금산입되는 경우에도 과세하게 된다면 환류할 소득이 없음에도 법인세를 과세하게 되는 것이다.



(4) 즉, 이 건과 같이 지방이전 기업에 과세특례를 부여하여 과세이연된 금액에 대해 신설된 미환류소득세제로 과세하게 되면 ‘약주고 병주는 식’의 과세가 이루어져 법적 안정성과 예측가능성, 과세형평 및 소급과세금지원칙에 모두 반하는 결과가 초래된다.



나. 처분청 의견



(1) 조특법 제60조와 조특법 제100조의32는 각각의 법률로 효력이 있는 것이므로 순서를 정하여 조특법 제60조를 우선 적용하여야 한다는 청구주장은 타당하지 않다.



(2) 미환류소득에 대한 법인세를 계산할 때 ‘사업연도 소득에서 국세 등 환급금이자 등은 가산하고 법인세 등은 차감하여 기업소득을 산출한 후 과세대상소득’을 계산하고 있으므로 2019사업연도에 현금유입이 없다고 할지라도 해당 사업연도 사업소득에 해당하는 2014사업연도의 이연소득은 미환류소득 과세대상에 해당한다.



(3) 조특법 제60조 제2항 하단에 ‘해당 사업연도의 소득금액 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다’고 규정하고 있어 과세이연은 강제규정이 아닌 선택규정에 해당하므로 이는 청구법인이 자율적으로 선택한 사항이므로 이에 대한 과세처분은 위법하지 않다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



대도시 밖 공장이전에 따라 양도한 종전 부동산에 대한 양도차익을 구「조세특례제한법」제60조 제2항에 따라 과세이연 후 5년간 균분하여 익금산입하는 경우에도 미환류소득의 과세표준에 포함되는지 여부



나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.



(가) 청구법인은 쟁점과세이연금액을 미환류소득 법인세에서 제외하여야 하고, 청년정규직임금 증가액을 반영하여 법인세를 재산정하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였고, 처분청은 청년정규직임금 증가액은 인정하여 법인세를 경정하였으나, 쟁점과세이연금액은 미환류소득 법인세 대상으로 보아 경정청구를 거부하였다.



＜표1＞ 경정청구내역

○○○



(나) 종전 부동산의 양도가액은 OOO원, 양도차익은 OOO원이고, 종전 부동산의 양도차익이 구 조특법 제60조에 따른 과세이연 대상에 해당한다는 점에 대하여 다툼이 없다.



(다) 청구법인은 과세이연에 따른 익금불산입액 OOO원을 2019사업연도부터 5년(2019~2023사업연도)에 걸쳐 균등(각 OOO원씩)하게 익금산입하였으며, 2019사업연도 미환류소득 법인세에 대하여만 경정청구를 하였다.



(라) 청구법인은 종전 부동산을 양도한 후 사업장을 전라북도 OOO로 이전하며 신공장 건축 등을 위하여 아래 ＜표2＞와 같이 OOO원을 투자한 것으로 보이고, 이에 대하여 처분청과 다툼이 없다.



＜표2＞ 종전 부동산 양도대금 및 신공장 투자액 비교

○○○



(마) 청구인은 조특법 시행령 제100조의32 제4항 각 호(제1호는 가산항목, 제2호는 차감항목)와 관련하여 현금유출입 여부 등을 정리한 자료를 아래 ＜표3＞과 같이 제출하였다.



＜표3＞ 미환류소득 산정시 가감하는 항목의 현금유입ㆍ유출



1호. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액

○○○



2호. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액

○○○



(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점과세이연금액을 익금산입하는 사업연도의 미환류소득 과세대상에서 제외하여야 한다고 주장하나,



구 조특법 제100조의32와 같은 법 시행령 제100조의32에 따라 「법인세법」제14조에 따른 각 사업연도의 소득에서 구 조특법 시행령 제100조의32 제4항 제1호의 합계액을 더한 금액에서 같은 항 제2호의 합계액을 뺀 금액을 기업소득으로 하여 미환류소득을 산정하고 있어 이 건에서와 같이 과세이연된 후 익금산입되는 금액의 경우 「법인세법」제14조에 따른 각 사업연도 소득금액에 포함되는 것으로 보이고, 구 조특법 시행령 제2호에 차감하는 항목에도 해당하지 않는 것으로 보이므로 쟁점과세이연금액이 미환류소득에 해당한다고 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.







＜별지＞ 관련 법령



(1) 구 조세특례제한법(법률 제16009호, 2018.12.24. 일부개정된 것)



제60조(공장의 대도시 밖 이전에 대한 법인세 과세특례) ② 대통령령으로 정하는 대도시(이하 " 대도시" 라 한다)에서 공장시설을 갖추고 사업을 하는 내국법인이 대도시에 있는 공장을 대도시 밖(이하 이 조에서 " 지방" 이라 한다)으로 이전(수도권 밖에 있는 공장을 수도권으로 이전하는 경우는 제외한다)하기 위하여 해당 공장의 대지와 건물을 2017년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 해당 양도차익에서 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 「법인세법」 제13조 제1호에 따른 이월결손금을 뺀 금액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다.



제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호 가목 부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 「법인세법」 제13조에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인(대통령령으로 정하는 중소기업은 제외한다)

2. 각 사업연도 종료일 현재 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인

② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 " 미환류소득" 이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 " 초과환류액" 이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(「법인세법」 제76조의17에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 해당 사업연도(2020년 12월 31일이 속하는 사업연도까지를 말한다)의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 " 기업소득" 이라 한다)에 100분의 60부터 100분의 80까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액을 공제하는 방법

가. 기계장치 등 대통령령으로 정하는 자산에 대한 투자 합계액

나. 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 " 상시근로자" 라 한다)의 해당 사업연도 임금증가금액으로서 다음 구분에 따른 금액이 있는 경우 그 금액을 합한 금액

1) 상시근로자의 해당 사업연도 임금이 증가한 경우

가) 해당 사업연도의 상시근로자 수가 직전 사업연도의 상시근로자 수보다 증가하지 아니한 경우 : 상시근로자 임금증가액

나) 해당 사업연도의 상시근로자 수가 직전 사업연도의 상시근로자 수보다 증가한 경우 : 기존 상시근로자 임금증가금액에 100분의 150을 곱한 금액과 신규 상시근로자 임금증가금액에 100분의 200을 곱한 금액을 합한 금액

2) 해당 사업연도에 대통령령으로 정하는 청년정규직근로자(이하 이 조에서 " 청년정규직근로자" 라 한다) 수가 직전 사업연도의 청년정규직근로자 수보다 증가한 경우 : 해당 사업연도의 청년정규직근로자에 대한 임금증가금액

3) 해당 사업연도에 근로기간 및 근로형태 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 정규직 전환 근로자(이하 이 조에서 " 정규직 전환 근로자" 라 한다)가 있는 경우 : 정규직 전환 근로자(청년정규직근로자는 제외한다)에 대한 임금증가금액

다. 「대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」 제2조 제3호에 따른 상생협력을 위하여 지출하는 금액 등 대통령령으로 정하는 금액에 100분의 300을 곱한 금액

2. 기업소득에 100분의 10부터 100분의 20까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 제1호 각 목(가목에 따른 자산에 대한 투자 합계액은 제외한다)의 합계액을 공제하는 방법



(2) 구 조세특례제한법 시행령(대통령령 제29527호, 2019.2.12.)



제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 " 대통령령으로 정하는 소득" 이란 「법인세법」 제14조에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 " 기업소득" 이라 한다)으로 한다. 다만, 「법인세법」 제2장의3에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인으로서 각 연결법인의 기업소득 합계액이 3천억원을 초과하는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 하고, 그 밖의 법인의 경우로서 기업소득이 3천억원을 초과하는 경우에는 3천억원으로 한다.

1. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액

가. 「법인세법」 제18조 제4호에 따른 환급금에 대한 이자

나. 「법인세법」 제18조의2에 따른 수입배당금액 중 익금에 산입하지 아니한 금액

다. 「법인세법」 제24조 제5항에 따라 이월되어 해당 사업연도의 손금에 산입한 금액

라. 해당 사업연도에 법 제100조의32 제2항 제1호 가목을 적용받은 자산에 대한 감가상각비로서 해당 사업연도에 손금으로 산입한 금액

2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액

가. 해당 사업연도의 법인세액(「법인세법」 제57조에 따라 내국법인이 직접 납부한 외국법인세액으로서 손금에 산입하지 아니한 세액과 같은 법 제15조 제2항 제2호에 따른 외국법인세액을 포함한다), 법인세 감면액에 대한 농어촌특별세액 및 법인지방소득세액

나. 「상법」 제458조에 따라 해당 사업연도에 의무적으로 적립하는 이익준비금

다. 법령에 따라 의무적으로 적립하는 적립금으로서 기획재정부령으로 정하는 금액

라. 「법인세법」 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)

마. 「법인세법」 제16조 제1항 제5호에 해당하는 금액(합병대가 중 주식등으로 받은 부분만 해당한다)으로서 해당 사업연도의 익금에 산입한 금액(같은 법 제18조의2에 따른 익금불산입을 적용하기 전의 금액을 말한다)

바. 「법인세법」 제16조 제1항 제6호에 해당하는 금액(분할대가 중 주식으로 받은 부분만 해당한다)으로서 해당 사업연도에 익금에 산입한 금액(같은 법 제18조의2에 따른 익금불산입을 적용하기 전의 금액을 말한다)

사. 「법인세법」 제24조 제2항에 따라 기부금 손금산입 한도를 넘어 손금에 산입하지 아니한 금액

아. 「법인세법」 제44조 제1항에 따른 양도손익으로서 해당 사업연도에 익금에 산입한 금액

자. 「법인세법」 제46조 제1항에 따른 양도손익으로서 해당 사업연도에 익금에 산입한 금액

차. 「법인세법」 제51조의2 제1항에 따라 배당한 금액

카. 법 제9조 제1항에 따라 적립한 연구ㆍ인력개발준비금으로서 같은 조 제2항 제1호에 따라 해당 사업연도에 익금에 산입한 금액

타. 외국법인이 발행한 주식등 외의 다른 주식등을 보유하지 아니하는 등 기획재정부령으로 정하는 요건을 충족하는 내국법인의 경우에는 주식등을 발행한 외국법인으로부터 받는 배당소득의 금액

파. 「공적자금관리 특별법」 제2조 제1호에 따른 공적자금의 상환과 관련하여 지출하는 금액으로서 기획재정부령으로 정하는 금액



(3) 법인세법



제14조(각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 뺀 금액으로 한다.