○ 질의법인은 2022.1.7. 의류 제조업 등을 목적 사업으로 설립된 법인으로,
- 2023.2.19. 음식점업을 영위하는 지점을 설치하여 운영중이며
- 다음과 같은 상시근로자 현황으로서 2023년 사업연도부터 통합고용세액공제 적용함

○ 질의법인은 본점과 지점을 인적분할 예정이며, 법인 설립 후 5년이 경과하지 않아 적격분할에 해당하지 않음

○ 통합고용세액공제 최초 적용 후 비적격분할시 그 분할법인 및 분할신설법인의 2차 연도부터의 통합고용세액공제 적용 방법

분할 전 「조세특례제한법」 제29조의8에 따른 통합고용세액공제를 적용받던 법인이 분할하는 경우로서, 「법인세법」제46조제2항에 따른 적격분할이 아닌 경우 분할신설법인은 통합고용세액공제 공제금액을 승계할 수 없습니다. 또한 분할 이후 분할법인의 「조세특례제한법 시행령」제26조의8에 따라 계산한 상시근로자 수가 직전사업연도보다 감소하지 아니하였다면, 분할 전에 「조세특례제한법」 제29조의8제1항각호에 따라 각 사업연도별로 공제받던 금액을 같은 법 제29조의8제1항본문에서 규정한 기간동안 동일하게 공제받을 수 있습니다.

< 통합고용세액공제 관련>

○ 조세특례제한법 제29조의8【통합고용세액공제】

① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2025년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 " 상시근로자" 라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.
1. 청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자 또는 경력단절 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 " 청년등상시근로자" 라 한다)의 증가
인원 수(전체 상시근로자의 증가 인원 수를 한도로 한다)에 400만원[중견기업의 경우에는
800만원, 중소기업의 경우에는 1,450만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,550만원)]을 곱한 금액
2. 청년등상시근로자를 제외한 상시근로자의 증가 인원 수(전체 상시근로자의 증가 인원
수를 한도로 한다) × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음
각 목에 따른 금액)
가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 850만원
나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 950만원
③ 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액(제1항에 따른 공제금액 중 제144조에 따라 공제받지 못하고 이월된 금액이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 후의 금액을 말한다)을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
⑨ 제1항부터 제5항까지를 적용할 때 청년등상시근로자 및 전체 상시근로자 수의 계산 방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 시행령 제26조의8【통합고용세액공제】

② 법 제29조의8제1항 각 호 외의 부분에서 " 대통령령으로 정하는 상시근로자" 란 제23조 제10항에 따른 상시근로자(이하 이 조에서 " 상시근로자" 라 한다)를 말한다.
⑥ 법 제29조의8제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 상시근로자 수 및 청년등상시근로자 수는 다음 각 호의 구분에 따른 계산식에 따라 계산한 수(100분의 1 미만의 부분은 없는 것으로 한다)로 한다.



⑦ 제6항에 따른 상시근로자 수와 청년등상시근로자 수의 계산에 관하여는 제23조제11항 후단을 준용하며, 법 제29조의8제3항 및 제4항을 적용할 때 「근로기준법」 제74조에 따른 출산전후휴가를 사용 중인 상시근로자를 대체하는 상시근로자가 있는 경우 해당 출산전후휴가를 사용 중인 상시근로자는 제6항에 따른 상시근로자 수와 청년등상시근로자 수에서 제외한다.
⑧ 제6항을 적용할 때 해당 과세연도에 창업 등을 한 내국인의 경우에는 제23조제13항을 준용한다. 이 경우 " 상시근로자 수" 는 " 상시근로자 수 또는 청년등상시근로자 수" 로 본다.
⑨ 제1항부터 제5항까지를 적용할 때 청년등상시근로자 및 전체 상시근로자 수의 계산 방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

○조세특례제한법 시행령 제23조【고용창출투자세액공제】

⑬ 제7항 및 제8항을 적용할 때 해당 과세연도에 창업 등을 한 내국인의 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 수를 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수로 본다.
1. 창업(법 제6조제10항제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하는 경우는 제외한다)한 경우의 직전 과세연도의 상시근로자 수: 0
2. 법 제6조제10항제1호(합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수 등을 통하여 종전의 사업을 승계하는 경우는 제외한다)부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우의 직전 과세 연도의 상시근로자 수: 종전 사업, 법인전환 전의 사업 또는 폐업 전의 사업의 직전 과세연도 상시근로자 수
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우의 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수: 직전 과세연도의 상시근로자 수는 승계시킨 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계시킨 상시근로자 수를 뺀 수로 하고, 승계한 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계한 상시근로자 수를 더한 수로 하며, 해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계시키거나 승계한 것으로 보아 계산한 상시근로자 수로 한다.
가. 해당 과세연도에 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수 등에 의하여 종전의 사업 부문에서 종사하던 상시근로자를 승계하는 경우
나. 제11조제1항에 따른 특수관계인으로부터 상시근로자를 승계하는 경우

< 분할시 세액공제 등 승계 관련>

○ 법인세법 제46조의2 【분할 시 분할신설법인등에 대한 과세】

① 분할신설법인등이 분할로 분할법인등의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 분할법인등으로부터 분할등기일 현재의 시가로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 분할법인등의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 등은 대통령령으로 정하는 것만 분할신설법인등이 승계할 수 있다.
(생략)

○ 법인세법 시행령 제85조【합병 및 분할 시의 자산ㆍ부채의 승계】

내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우 외에는 법 제44조의2제1항 후단, 제44조의3제2항, 제46조의2제1항 후단, 제46조의3제2항 또는 물적 분할에 따라 피합병법인등의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액(이하 이 조에서 " 세무조정사항" 이라 한다)의 승계는 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 적격합병 또는 적격분할의 경우: 세무조정사항(분할의 경우에는 분할하는 사업부문의 세무조정사항에 한정한다)은 모두 합병법인등에 승계
2. 제1호 외의 경우: 법 제33조제3항ㆍ제4항 및 제34조제4항에 따라 퇴직급여충당금 또는 대손충당금을 합병법인등이 승계한 경우에는 그와 관련된 세무조정사항을 승계하고 그 밖의 세무조정사항은 모두 합병법인등에 미승계

○ 법인세법 제46조의3 【적격분할 시 분할신설법인등에 대한 과세특례】

② 적격분할을 한 분할신설법인등은 분할법인등의 분할등기일 현재 제13조제1항제1호의 결손금과 분할법인등이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ 세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

○ 법인세법 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】

① 이 법 및 다른 법률을 적용할 때 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우에 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우 외에는 다음 각 호의 순서에 따른다. 이 경우 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액 (제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액, 「조세특례제한법」제100조의32에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세액 및 가산세는 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 없는 것으로 본다.
1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액 감면(면제를 포함한다)
2. 이월공제(移越控除)가 인정되지 아니하는 세액공제
3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 해당 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.
4. 제58조의3에 따른 세액공제. 이 경우 해당 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.
② 제1항제1호에 따른 세액 감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액 및 「조세특례제한법」제100조의32에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세액은 제외한다)에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조에 따른 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다.

○ 법인세법 제46조의4 【분할 시 이월결손금 등 공제 제한】

④ 제46조의3제2항에 따라 분할신설법인등이 승계한 분할법인등의 감면 또는 세액공제는 분할법인등으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 또는 이에 해당하는 법인세액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 적용한다.

○ 법인세법 제46조의5 【분할 후 분할법인이 존속하는 경우의 과세특례】

③ 분할신설법인등에 대한 과세에 관하여는 제46조의2, 제46조의3 및 제46조의4를 준용한다. 다만, 분할법인의 결손금은 승계하지 아니한다.

○ 법인세법 시행령 제82조의4 【적격분할 과세특례에 대한 사후관리】

② 분할신설법인등은 제1항에 따라 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 분할 법인등이 분할 전에 적용받던 법 제59조에 따른 감면 또는 세액공제를 승계하여 감면 또는 세액공제의 적용을 받을 수 있다. 이 경우 법 또는 다른 법률에 해당 감면 또는 세액공제의 요건 등에 관한 규정이 있는 경우에는 분할신설법인등이 그 요건 등을 갖춘 경우에만

이를 적용하며, 분할신설법인등은 다음 각 호의 구분에 따라 승계받은 사업에 속하는 감면 또는 세액공제에 한정하여 적용받을 수 있다.
1. 이월된 감면ㆍ세액공제가 특정 사업ㆍ자산과 관련된 경우: 특정 사업ㆍ자산을 승계한 분할신설법인등이 공제
2. 제1호 외의 이월된 감면ㆍ세액공제의 경우: 분할법인등의 사업용 자산가액 중 분할신설 법인등이 각각 승계한 사업용 자산가액 비율로 안분하여 분할신설법인등이 각각 공제

○ 법인세법 시행령 제83조 【분할에 따른 이월결손금 등의 승계】

④ 분할신설법인등이 법 제46조의3제2항에 따라 분할법인등으로부터 승계받은 감면 또는 세액공제를 적용하는 경우에는 제81조제3항을 준용한다.