서산세무서장이 2025.5.2. 청구인에게 한 2019년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요


가. 청구인은 2008.4.30. OOO(이하  "종전주택”이라 한다)를 취득하였고, 종전주택에 대한 주택재건축정비사업이 시행되어, 2008.4.16. 관리처분계획이 인가 및 2013.11.27. 관리처분계획인가 변경되었으며, 종전주택은 OOO(이하  "쟁점주택”이라 한다)로 전환되었다.



나. 청구인은 2019.11.4. 쟁점주택을 양도하고 쟁점주택을 1세대1주택 고가주택의 적용대상으로 하여, 2019.12.4. 처분청에 2019년 귀속 양도소득세로 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.



다. 처분청은 종전주택의 관리처분인가일 이후 조합원입주권 상태에서 청구인이 종전주택을 취득하여 장기보유특별공제 배제대상으로 보아, 2025.4.23. 과세예고통지를 한 후, 2025.5.2. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.



라. 청구인은 이에 불복하여 2025.5.7. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구인 주장



(1) 처분청의 과세처분은 중대한 절차적 하자가 존재하므로 이는 취소되어야 한다. 청구인은 2019.12.4. 쟁점주택에 대한 양도소득세를 신고하였는데, 처분청은 청구인에게 2025.4.23. 이 건 과세예고통지를, 2025.5.2. 납부고지서를 각 송달하였다. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고일로부터 5년 동안 아무런 처분을 하지 않다가 제척기간의 만료 직전에 과세예고통지서 및 납부고지서를 송달하였다. 처분청은 청구인의 신고서를 장기간 방치한 뒤, 제척기간 직전에 납부고지서를 송달하여 청구인이 과세전적부심사를 받을 수 있는 기회 등 「국세기본법」에서 보장하는 납세자의 권리를 침해하였다. 과세예고통지는 처분청이 조사한 사실 등의 정보를 미리 납세자에게 알려주면서 납세제가 충분한 시간을 두고 준비하여 과세전적부심사와 같은 절차에서 의견을 진술할 기회를 부여하여 납세자의 권익을 보호할 수 있도록 하는 처분의 사전통지이다. 또한 과세처분 이후 행해지는 심사청구, 심판청구, 행정소송은 시간과 비용이 많이 소요되는 반면, 과세전적부심사 제도는 과세관청이 위법ㆍ부당한 처분을 행할 가능성을 줄이고, 납세자도 과세처분 이전에 자신의 주장을 반영할 수 있도록 하는 예방적 구제수단이다. 과세관청이 과세처분을 하기 전 필수적으로 행하여야 할 과세예고통지를 제척기간 만료일에 임박하여 통지하여 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하는 것은 납세자의 절차적 권리를 위반한 것이다.



(2) 설령, 처분청의 과세처분에 절차상 중대한 하자가 있다고 보기 어렵더라도, 신의성실의 원칙에 위배된다. 청구인은 2019.11.4. 쟁점주택을 양도하면서 최초 관리처분계획인가일과 변경된 관리처분계획인가일 중 어떤 날이 「소득세법」상 관리처분계획인가일인지 검토하였다. 당시 법령에는  "관리처분계획인가일로 조합원입주권을 취득하게 된다”라는 문구만 있었을 뿐, 관리처분인가가 변경된 경우 어떤 인가일을 기준으로 판단하는지 명확한 규정이 없었다. 청구인은 부득이하게 국세청 예규와 통칙을 살펴보았고, 당시 예규와 통칙은 입주권의 취득시기 및 관리처분계획인가일을  "분양받을 수 있는 권리가 확정된 날”로 해석하고 있었다. 청구인이 종전주택을 취득할 당시에는 분양받을 권리의 확정뿐 아니라 분양 신청업무도 전혀 이루어지지 않았다. 청구인은 구체적인 법률규정이 없는 상태에서 과세관청의 공적 견해표명을 신뢰하고 그에 따라 사실관계를 알아본 후에 성실하게 양도소득세를 신고ㆍ납부하였는데, 처분청은 당시 견해표명에 반하는 과세처분을 하였으므로 이는 신의성실의 원칙에 반하여 취소되어야 한다.



나.처분청 의견



(1) 이 건 과세처분은 과세전적부심사의 예외(제척기간 만료 3개월 미만)에 해당하고, 제척기간 만료일이 얼마 남지 않았더라도 제척기간 내에 행한 것이므로 절차적 중대한 하자로도 볼 수 없다. 「국세기본법」 제81조의15 제1항은 납세고지 대상세액이 OOO원 이상인 경우 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지하도록 규정하였고, 제2항은 과세예고통지를 받은 자는 받은 날로부터 30일 이내에 통지내용의 적법성에 관하여 과세전적부심사를 청구할 수 있다고 규정하였다. 다만, 같은 법 제81조의15 제3항 제3호에서 과세예고통지를 하는 날로부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 제2항을 적용하지 않는다고 규정하였다. 쟁점주택의 양도일은 2019년으로 「국세기본법」 제26조의2 제1항에 따른 부과제척기간은 2025.5.31.이고, 과세예고통지의 안내 처리일(2025.4.11.) 기준 제척기간의 만료일까지 3개월 이하이며, 이는 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호에서 규정한 과세전적부심사의 예외 사유에 해당한다. 또한, 청구인이 제시한 심판례(조심 2016서2596, 2017.6.19.)는 과세예고통지 없이 납세고지한 것으로 이 건과는 사실관계가 다르므로 적용하기 어렵다. 국세부과제척기간의 만료일까지 3개월 이하인 경우 과세전적부심사청구 적용대상에서 제외하는 점, 비록 과세전적부심사청구를 하지 못하더라도 심판청구 등을 통해 납세자의 처분에 대한 불복을 할 수 있는 점으로 보아 납세자의 기회를 부당하게 침해하였다고 보기 어렵다.



(2) 처분청의 과세처분은 신의성실의 원칙에 위배되지 않는다. 청구인의 주장과 달리, 관리처분인가의 경우, 그 변경인가가 이루어지더라도, 당초 인가의 명백한 하자에 따른 관리청의 인가 취소나 무효소송 등 판결에 의한 무효처분이 아닌 이상 당초 인가는 유효하다. 즉, 최초 관리처분계획인가일과 변경된 관리처분계획인가일 중 선택하는 문제는 발생하지 않는다. 청구인은 양도소득세를 신고하기 전 관련 규정 등을 성실하게 검토하였다고 주장하나, 예규(서면-2019-부동산-192, 2019.06.18.)에 의하면 최초 관리처분계획 인가 후 관리처분계획 변경인가된 사건에 대해 「소득세법 시행령」 제166조에 따른 관리처분계획인가일은 최초 관리처분계획인가일로 명시하였다. 신의성실 원칙에 반한다는 주장이 성립하기 위해서는 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적 견해표명을 하였고, 납세자에게 귀책사유가 없어야 한다. 그러나 이 건에서는 최초 관리처분계획인가일과 변경된 관리처분계획인가일 중 변경된 관리처분계획인가일로 한다는 예규 등 공적 견해표명이 없었으므로 과세관청이 신의성실의 원칙에 위반하였다는 청구인의 주장은 그 이유가 없다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점

① 이 건 부과처분은 청구인의 과세전적부심사청구권 배제 등 납세자의 권리를 침해한 중대한 절차적 하자가 있어 위법하다는 청구주장의 당부



② 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부



나. 관련 법령



(1) 국세기본법



제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하  "부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하  "국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 : 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)

2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하  "부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우 : 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.

3. 납세자가 부정행위를 하여 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 : 해당 가산세를 부과할 수 있는 날부터 10년

가. 「소득세법」 제81조의10 제1항 제4호

나. 「법인세법」 제75조의8 제1항 제4호

다. 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호, 같은 조 제3항 및 제4항



제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서  "과세예고통지”라 한다)하여야 한다.

1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 다음 각 목의 경우는 제외한다.

가. 「감사원법」 제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우

나. 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자가 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 과소납부한 경우로서 세무서장 또는 지방국세청장이 해당 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액과 동일하게 과세표준 및 세액을 결정하는 경우

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서  "과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

1. 「국세징수법」 제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다.

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

④ 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다.

⑤ 과세전적부심사 청구에 대한 결정은 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 청구가 이유 없다고 인정되는 경우 : 채택하지 아니한다는 결정

2. 청구가 이유 있다고 인정되는 경우 : 채택하거나 일부 채택하는 결정. 다만, 구체적인 채택의 범위를 정하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 제2항 각 호의 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 당초 통지 내용을 수정하여 통지하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.

3. 청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 : 심사하지 아니한다는 결정

가. 제2항에 따른 청구기간이 지난 후에 청구된 경우

나. 과세전적부심사 청구 후 제6항에 따라 준용되는 제63조 제1항에 따른 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니한 경우

다. 그 밖에 청구가 적법하지 아니한 경우

⑥ 과세전적부심사에 관하여는 제58조, 제59조, 제60조의2, 제61조 제3항, 제62조 제2항, 제63조, 제64조 제1항 단서, 제64조 제3항 및 제65조 제4항부터 제7항까지의 규정을 준용한다.

⑦ 과세전적부심사에 관하여는 「행정심판법」 제15조ㆍ제16조ㆍ제20조부터 제22조까지ㆍ제29조ㆍ제36조 제1항ㆍ제39조ㆍ제40조 및 제42조를 준용한다. 이 경우  "심판청구”는  "과세전적부심사 청구”로,  "제7조 제6항 또는 제8조 제7항에 따른 의결”은  "제4항에 따른 과세전적부심사 청구에 대한 결정”으로,  "위원회”는  "국세심사위원회”로 본다.

⑧ 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 과세전적부심사를 청구하지 아니하고 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지받은 내용의 전부 또는 일부에 대하여 과세표준 및 세액을 조기에 결정하거나 경정결정해 줄 것을 신청할 수 있다. 이 경우 해당 세무서장이나 지방국세청장은 신청받은 내용대로 즉시 결정이나 경정결정을 하여야 한다.

⑨ 과세전적부심사의 신청, 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 국세기본법 시행령



제12조의3(국세 부과제척기간의 기산일) ① 법 제26조의2 제9항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세(「종합부동산세법」 제16조 제3항에 따라 신고하는 종합부동산세는 제외한다)의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하  "과세표준신고기한”이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납ㆍ예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.

2. 종합부동산세 및 인지세의 경우 해당 국세의 납세의무가 성립한 날



(3) 소득세법



제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액) ① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서  "장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.



(4) 소득세법 시행령



제166조(양도차익의 산정 등) ⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간의 계산은 다음 각 호에 따른다.

1. 관리처분계획등인가전양도차익 및 제1항 제2호 나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간

2. 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

⑦ 법 제100조에 따라 양도차익을 산정할 때 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 그 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우 기준시가에 의한 양도차익은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 양도차익의 합계액(청산금을 수령한 경우에는 이에 상당하는 양도차익을 차감한다)으로 한다.

1. 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일 전일까지의 양도차익 : 관리처분계획등 인가일 전일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가(법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) － 기존건물과 그 부수토지의 취득일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가 － 기존건물과 그 부수토지의 필요경비(제163조 제6항의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다)

2. 관리처분계획등 인가일부터 신축건물의 준공일(제162조 제1항 제4호의 규정에 의한 취득일을 말한다) 전일까지의 양도차익 : 신축건물의 준공일 전일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가 － 관리처분계획등 인가일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가

3. 신축건물의 준공일부터 신축건물의 양도일까지의 양도차익 : 신축건물의 양도일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가 － 신축건물의 준공일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가(신축주택의 양도일 현재 법 제99조 제1항 제1호 다목 및 라목의 규정에 의한 기준시가가 있는 경우에는 제164조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 계산한 기준시가) － 신축건물과 그 부수토지(기존건물의 부수토지보다 증가된 부분에 한한다)의 필요경비



다. 사실관계 및 판단



(1)청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.



(가) 청구인은 2008.2.27. A으로부터 종전주택을 OOO원에 매수하는 계약을 체결하였고, 2008.4.30. 소유권을 취득하였는바, 아래 ＜표1＞과 같이 종전주택에 대한 재건축정비사업의 사업시행인가 고시일은 2006.7.5.이고, 관리처분인가일은 2008.4.16.이며, 관리처분인가 변경일은 2013.11.27.이다.



＜표1＞ 종전주택에 대한 재건축정비사업 요약

ㅇㅇㅇ



(나) 종전주택에 대한 조합원 분양신청공고에 의하면, ‘주택재건축정비사업구내역 내 모든 토지 등 소유자께서는 분양신청 기간 내(2013.3.22.∼2013.5.3.)에 분양신청하라’고 기재되어 있고, 청구인은 2014.7.21. OOO 주택재건축정비사업조합 사이에 종전주택을 쟁점주택으로 전환하기로 하는 재건축 공급계약을 체결하였다.



(다) 청구인은 2019.8.5. B, C에게 쟁점주택을 OOO원에 양도하는 계약을 체결하였고, 계약금 OOO원은 계약 당일에, 중도금 OOO원은 2019.9.27.에, 잔금 OOO원은 2019.11.4.에 각 지급하며, 임대보증금 OOO원은 매수인이 승계하기로 하였다.



(라) 청구인은 2019.12.4. 처분청에 쟁점주택의 양도에 대해 2019년 귀속 양도소득세로 OOO원을 신고ㆍ납부하였는데, 처분청은 종전주택의 관리처분인가일 이후 조합원입주권 상태에서 취득하여 장기보유특별공제를 배제하여야 한다고 보아, 2025.4.23. 청구인에게 과세예고통지를, 2025.5.1. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 아래 ＜표2＞와 같이 경정ㆍ고지하였다.



＜표2＞ 청구인에 대한 2019년 귀속 양도소득세 경정내역

ㅇㅇㅇ



(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 이 건 과세예고통지가 제척기간 만료 전에 송달되었고, 제척기간 만료 3개월 미만이므로 과세예고통지를 생략할 수 있다는 의견이나, 청구인은 2019.12.4. 쟁점주택에 대한 양도소득세를 신고하였고, 처분청은 제척기간 만료일(2025.5.31.) 직전인 2025년 4월경 과세예고통지를 한 뒤, 2025.5.2. 납부고지하였는데, 처분청은 청구인의 양도소득세 신고서를 장기간을 방치하다가 국세부과제척기간 만료일이 임박하자 과세예고통지를 한 점, 처분청은 과세 지연에 대한 합리적인 이유를 제시하지 않았고, 이를 입증할 만한 자료도 제출하지 않았으며, 이는 처분청이 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자로 하여금 사전적인 권리구제인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 합리적인 이유 없이 과세를 지연하여 청구인의 과세전적부심사 청구권을 침해한 것이므로 이 건 2019년 귀속 양도소득세 과세처분은 잘못인 것으로 판단된다.



다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점①의 청구주장이 이유있으므로 쟁점②에 대한 심리는 생략한다.





4. 결 론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.