삼성세무서장이 2025.7.21. 청구인에게 한 2024년 귀속 양도소득세 OOO원에 대한 환급거부 처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요


가. 청구인은 2020.3.24.∼2024.11.30. 기간 동안 경기도 OOO를 소재지로 하여 A이라는 상호로 건설업을 영위한 사업자로, 2024.11.21. 서울특별시 OOO(이하  "양도아파트①”라 한다)를 OOO원에 양도하고 2025.1.31. 양도소득금액 OOO원으로 하여 양도소득세 OOO원을 예정신고ㆍ납부하였고,


2024.12.23. 경기도 OOO 소재 다가구 주택(이하  "쟁점주택”이라 한다)을 언니인 B에게 OOO원에 양도하고 2025.2.28. 양도소득금액 OOO원(이하  "쟁점소득”이라 한다)으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였으며,


2025.5.31. 양도아파트와 쟁점주택의 양도소득금액을 합산하여 양도소득금액 OOO원으로, 기납부세액 OOO원을 환급세액으로 하여 2024년 귀속 양도소득세 확정신고를 하였다.


나. 처분청은 2025.7.21. 쟁점소득을 종합소득세의 대상인 사업소득으로 보아 청구인의 양도소득세 환급신청을 거부하였다.


다. 청구인은 이에 불복하여 2025.9.10. 심판청구를 제기하였다.



2. 청구인 주장 및 처분청 의견


가. 청구인 주장


청구인이 한 주택의 양도나 취득 횟수 등을 고려하면 쟁점주택 양도로 인한 소득은 사업소득이 아닌 양도소득으로 보아야 한다.


(1) 「소득세법」과 판례 등을 보면 사업소득과 양도소득과의 구분은 부동산 취득 및 보유 현황, 규모, 횟수, 태양, 상대방 등에 비추어, 수익을 목적으로 하고 있는지, 계속성과 반복성을 고려해야 하고, 당해 양도 부동산 뿐만 아니라 양도인이 보유하는 부동산 전반에 걸쳐 모든 사정을 참작하여 판단하여야 할 것(대법원 2010.7.22. 선고 2008두21768 판결 등)인바,


(2) 청구인은 계속 요가원을 운영하였던 사람으로 A이라는 상호로 공동주택 건설업을 주업종으로 하여 사업자등록을 한 이력이 있으나, 이는 건물을 신축할 때 사업자등록을 해야 하는 줄 알고 단순히 사업자등록을 한 것으로, 청구인은 A 외 건축업을 영위한 사실이 없고, 쟁점주택 외 어떠한 건물을 신축하지도 않았으며, 건물을 신축할 여력이 되지도 않았으며, 쟁점주택을 판매하기 위해 노력한 사실도 없으며, 관련 제세를 모두 신고하였다.


(3) 청구인은 쟁점주택을 포함하여 아래 ＜표1＞과 같이 일평생 3건의 부동산을 취득하였다가 양도한바 있고, 2024년 양도한 양도아파트①과 2025년 양도한 경기도 OOO(이하  "양도아파트②”라 한다)는 취득일로부터 양도일까지 모두 10년 이상 보유하다가 양도하였는데,


청구인이 보유하고 있던 주택의 양도경위를 보면, 청구인은 연이은 사업 및 투자 실패로 인하여 양도아파트②의 채권최고액이 OOO원에 이를 정도로 많은 빚을 지고 있던 중, 2024.10.24. 쟁점주택에 대한 강제경매가 실시되어 보유하고 있던 양도아파트②를 처분하여야 하는 상황이 발생하여 부득이하게 쟁점주택을 양도하였다.


＜표1＞ 청구인이 보유한 주택 현황

○○○


(4) 국세청의 예규(사전법령해석 재산2020-1094, 2020.12.31.)를 보면  "임대목적으로 이를 신축하여 임대용으로 사용하다가 양도하는 경우 「소득세법」 제88조 제1호의 규정에 의한 양도소득에 해당”한다고 판단한바 있고, ‘소득세법 집행기준’을 보면, 일시적ㆍ비반복적으로 1동을 신축하여 양도하는 경우 양도소득으로 분류하는 것으로 명시되어 있으며, 사업소득 및 양도소득 구분은 사업자등록 유무와는 관계없이 양도 및 취득 횟수 등 제반 사항을 고려하여 결정하도록 하고 있으므로 청구인은 쟁점주택을 신축하여 약 4년간 보유하면서 2022년부터 쟁점주택 양도일까지 임대를 해왔고, 부득이한 상황이 발생하여 쟁점주택을 양도하였는바, 쟁점소득은 양도소득에 해당한다고 보아야 할 것이므로 청구인의 환급신청을 거부한 처분은 취소되어야 한다.


나. 처분청 의견


처분청이 청구인이 쟁점주택을 양도하면서 발생한 쟁점소득에 대하여 「소득세법」 제19조의 사업소득으로 판단하여 양도소득세 환급을 거부한 처분을 한 것은 적법하다.


(1) 청구인은 건설업을 주업종으로 하여 A이라는 상호로 사업자등록을 한 후 일반과세자로 2020.3.24.～2024.11.30. 기간동안 부가가치세 OOO원을 환급받았고, 매입세액 공제내역을 보면 인테리어 비용 등으로 주택 신축과 관련된 것임이 확인되며, 쟁점소득에 대하여 복식부기의무자로 외부조정에 의해 종합소득세 확정신고를 한 것으로 확인된다.


(2) 또한 청구인은 쟁점주택을 주택신축판매업자의 미분양주택으로 하여 종합부동산세 합산배제를 신청하여 2022년부터 2024년까지 3년 동안 종합부동산세 합산배제를 적용받아 왔는바, 이는 청구인 스스로 주택건설사업자임을 인정한 것으로 볼 수 있고,


국세청 예규(재일46014-1364, 1998.7.22.)에서도 분양을 목적으로 신축한 다세대주택이 분양되지 않아 일시적으로 임대에 사용한 후 판매하는 경우에는 건설업에 해당하여 종합소득으로 과세하도록 하고 있다.

(3) 청구인은 자금압박 등으로 임대하던 쟁점주택을 양도한 것이므로 양도소득에 해당한다고 주장하나, 사업소득인 건설업으로 종합소득세 확정신고를 한 점, 건설업으로 부가가치세 환급 등을 받아 온 점, 쟁점주택에 대해 주택건설사업자의 미분양주택으로 종합부동산세 합산배제 신청하여 과세대상 주택에서 제외한 점 등을 볼 때 쟁점소득은 사업소득에 해당되므로 이 건 환급거부처분은 적법하다.



3. 심리 및 판단


가. 쟁점


쟁점주택에 대한 양도소득을 사업소득으로 보아 양도소득세의 환급을 거부한 처분의 당부


나. 관련 법령 등


(1) 소득세법


제19조 (사업소득) ① 사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 제21조 제1항 제8호의2에 따른 기타소득으로 원천징수하거나 과세표준확정신고를 한 경우에는 그러하지 아니하다.

6. 건설업에서 발생하는 소득

12. 부동산업에서 발생하는 소득. 다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제4조에 따른 공익사업과 관련하여 지역권ㆍ지상권(지하 또는 공중에 설정된 권리를 포함한다)을 설정하거나 대여함으로써 발생하는 소득은 제외한다.

21. 제1호부터 제20호까지의 규정에 따른 소득과 유사한 소득으로서 영리를 목적으로 자기의 계산과 책임 하에 계속적ㆍ반복적으로 행하는 활동을 통하여 얻는 소득


제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1.  "양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여 시 수증자가 부담하는 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.

가. 「도시개발법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지(保留地)로 충당되는 경우

나. 토지의 경계를 변경하기 위하여 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」 제79조에 따른 토지의 분할 등 대통령령으로 정하는 방법과 절차로 하는 토지 교환의 경우

다. 위탁자와 수탁자 간 신임관계에 기하여 위탁자의 자산에 신탁이 설정되고 그 신탁재산의 소유권이 수탁자에게 이전된 경우로서 위탁자가 신탁 설정을 해지하거나 신탁의 수익자를 변경할 수 있는 등 신탁재산을 실질적으로 지배하고 소유하는 것으로 볼 수 있는 경우


제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득


(2) 부가가치세법 시행령


제3조(용역의 범위) ① 법 제2조 제2호에 따른 용역은 재화 외에 재산 가치가 있는 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위로 한다.

1. 건설업

6. 부동산업. 다만, 다음 각 목의 사업은 제외한다.

가. 전ㆍ답ㆍ과수원ㆍ목장용지ㆍ임야 또는 염전 임대업

나. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제4조에 따른 공익사업과 관련해 지역권ㆍ지상권(지하 또는 공중에 설정된 권리를 포함한다)을 설정하거나 대여하는 사업

② 제1항 제1호 및 제6호에도 불구하고 건설업과 부동산업 중 기획재정부령으로 정하는 사업은 재화(財貨)를 공급하는 사업으로 본다.


(3) 부가가치세법 시행규칙


제2조(사업의 범위) ① 「부가가치세법 시행령」(이하 " 영" 이라 한다) 제3조 제1항 제6호 단서에 따른 전ㆍ답ㆍ과수원ㆍ목장용지ㆍ임야 또는 염전은 지적공부상의 지목과 관계없이 실제로 경작하거나 해당 토지의 고유 용도에 사용하는 것으로 한다.

② 건설업과 부동산업 중 재화를 공급하는 사업으로 보는 사업에 관한 영 제3조 제2항에서 " 기획재정부령으로 정하는 사업" 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다.

1. 부동산 매매(주거용 또는 비거주용 건축물 및 그 밖의 건축물을 자영건설하여 분양ㆍ판매하는 경우를 포함한다) 또는 그 중개를 사업목적으로 나타내어 부동산을 판매하는 사업

2. 사업상 목적으로 1과세기간 중에 1회 이상 부동산을 취득하고 2회 이상 판매하는 사업


다. 사실관계 및 판단


(1) 청구인의 사업자등록 및 부가가치세 등 신고 현황은 다음과 같다.


(가) 쟁점주택의 건축물대장에 의하면 쟁점주택은 대지면적 280㎡, 연면적 396.88㎡의 지상 1층, 지상 3층 철근콘크리트구조로, 지1층 소매점, 1층 휴게음식점, 2층 및 3층은 다가구주택으로 가구수는 7가구로 나타나며 2021.2.1. 사용승인된 것으로 나타난다.


(나) 청구인의 사업자등록 현황은 아래 ＜표2＞와 같다.


＜표2＞ 청구인의 사업자등록 현황

○○○


(다) 청구인의 A에 대한 부가가치세 신고 및 청구인의 종합소득세 신고내역은 아래 ＜표3＞ 및 ＜표4＞와 같고, 청구인은 2022.9.29. 쟁점주택을 주택신축판매업자의 미분양주택으로 종합 부동산세 합산배제신고서 제출하였으며, 이에 청구인에 대한 2022년∼2024년 귀속 종합부동산세 부과 시 쟁점주택은 과세대상물건에서 합산배제된 것으로 나타난다.


＜표3＞ 청구인의 A에 대한 부가가치세 신고 현황

○○○


＜표4＞ 청구인의 종합소득세 신고 현황

○○○


(2) 쟁점소득이 양도소득임을 주장하며 청구인이 제시한 자료는 다음과 같다.


(가) 청구인은 쟁점주택에 대하여 재고자산으로 계상한 내역이 없고, 주택신축판매업으로 신고한 사실이 없으며, 쟁점주택 사용승인일인 2021.2.1.로부터 약 1개월이 지난 2021.3.21부터 임대계약을 체결하여 임대하였고, 아래 ＜표5＞와 같이 임대현황을 제출하였으며, 부동산 임대보증금 등 총수입금액 조정명세서를 포함하여 2022년∼2023년 귀속 종합소득세를 신고하였다고 소명하였다.


＜표5＞ 쟁점주택 호실별 임대현황

○○○


(나) 청구인은 A의 사업과 관련하여 건설업으로 부가가치세 환급을 받은 사실이 없고, 부가가치세 환급받은 세액은 냉난방기 설치금액, 위생도기, 승강기 보수료, 기타 소품비 등으로 임대업을 영위하기 위한 금액으로 보아야 한다며 아래 ＜표6＞과 같이 부가가치세 매입세금계산서를 제시하였다.


＜표6＞ A의 매입세금계산서 내역(일부발췌)

○○○


(다) 청구인은 쟁점주택을 건설하면서 약 OOO원의 대출을 받았고 양도아파트②를 담보로 한 대출금액이 상당하여 자금 압박을 받던 중, 2024년 10월경 쟁점주택에 대한 강제 경매개시가 결정되었다가 2024.12.16. 취하로 강제경매개시결정 등기가 말소되었고, 2024.12.19. 매매를 원인으로 2024.12.23. 청구인의 언니 B에게 소유권 이전되었으며, 이후 청구인은 차입금 상환을 위하여 보유하고 있던 주택 전부를 양도하였다고 소명하였다.


＜표6＞ 쟁점주택과 양도아파트②의 등기부등본 내역(발췌)

○○○


(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 건설업을 주업종으로 사업자등록신청을 하였고, 쟁점주택을 신축하여 양도하였으므로 쟁점주택의 양도소득은 사업소득으로 보아야 한다는 의견이나,


부동산 양도행위가 사업소득인지, 양도소득인지 여부는 부동산 취득 및 보유현황, 규모, 횟수, 태양, 상대방 등에 비추어, 수익을 목적으로 하고 있는지, 계속성과 반복성을 고려해야 하고 당해 양도부동산 뿐만 아니라 양도인이 보유하는 부동산 전반에 걸쳐 모든 사정을 참작하여 판단하여야 하는바,


청구인은 A 외 건축업 등 동종업종으로 사업자등록을 한 이력이 없고, 쟁점주택 양도 전인 2024.11.30. A에 대하여 폐업신고를 하였으며, 쟁점주택 외 신축하여 양도한 건축물이 없고, 쟁점주택 취득 이후 이를 판매하기 위해 노력한 사정도 나타나지 않는 점,


청구인은 2023년 제1기부터 2024년 제2기까지 부가가치세 과세기간 동안 OOO원을 환급받은 것으로 나타나나, 매입세금계산서 내역을 보면 대부분 정기적으로 지급하는 승강비 보수비용으로 나타나, 쟁점주택 신축공사와 관련하여 매입세액공제를 받은 사실이 나타나지 않는 점,


청구인이 쟁점주택을 신축한 후 약 4년간 보유하면서 2021년부터 쟁점주택 양도일인 2024.12.23.까지 임대를 해왔고, 대출금 등을 상환하기 위하여 부득이하게 청구인의 언니에게 쟁점주택을 양도하게 된 것으로 보이므로 쟁점주택의 취득ㆍ보유ㆍ양도에 사업을 목적으로 한 계속성ㆍ반복성이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주택 양도소득을 사업소득으로 보아 청구인의 양도소득세 환급을 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.



4. 결론


이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.