심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 백화점 및 유통업을 영위하는 자로, 2019ㆍ 2020사업연도에 자기자본 OOO원을 초과하는 등 미환류소득에 대한 법인세의 납세의무자가 되어 이를 신고하는 과정에서, 과세대상 미환류소득에서 차감할 임금증가액(당기-전기)을 계산할 때, 당초에는 직전 사업연도 퇴직자들을 직전 사업연도의 임금총액과 상시근로자 수에서 모두 제외하였다가, 2024년 1월경 서울지방국세청장의 안내(이하  "쟁점안내”라 한다)를 받고, 임금총액에서만 제외하는 것으로 변경하여 수정신고ㆍ 납부한 다음, 당초신고는 적법했다며, 2019ㆍ 2020사업연도의 법인세 합계 OOO원을 환급해 달라는 경정청구를 제기하였다.



나. 처분청은 수정신고는 쟁점안내에 따른 것으로 적법하다며, 2025.5.22. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.



다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.22. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



임금증가액(직전 사업연도 대비 당해 사업연도에 증가한 금액)을 계산할 때, 직전 사업연도 퇴직자의 경우 직전 사업연도에 지급한 임금만 있고 당해 사업연도에 지급한 임금은 없어, 비교가능성 측면에서 제외하는 것인바, 마찬가지로 상시근로자 수를 산정할 때도 같은 논리로 계산함이 타당하다.



나. 처분청 의견



기획재정부 유권해석(법인세제과-488, 2023.9.5.)과 조세심판원의 선결정(조심 2024서6017, 2024.12.30. 외 다수) 등은, 직전 사업연도 퇴직자의 경우 직전 사업연도의 임금총액에서만 제외될 뿐, 상시근로자 수에서는 제외하지 않는다고 해석 및 결정하고 있는바, 청구주장은 이유 없다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



미환류소득에서 공제하는 임금증가액을 계산할 때, 직전 사업연도 퇴직자는 직전 사업연도의 상시근로자 수에서 제외되어야 한다는 청구주장의 당부



나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 서울지방국세청장이 2024년 1월경 청구법인에게 한 안내문(법인세 해명자료 제출 안내)의 주요 내용은 다음과 같다.


ㅇ과세자료 발생 경위




해당연도 상시근로자 수 증가 인원을 계산하라는 기재부의 해석 생성
(기재부 법인세제과-488, ’23.9.5.)



ㅇ제출할 자료



-법인세 수정신고서 또는 해명자료





(2) 청구법인은 위 안내에 따라 일단 수정신고ㆍ 납부한 다음 경정청구를 제기하였는데, 그 내역은 다음과 같다.



ㅇㅇㅇ



(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 미환류소득에서 차감하는 임금증가금액을 계산할 때, 직전 사업연도의 퇴직자는 직전 사업연도의 상시근로자 수에서 제외되어야 한다고 주장하나,



청구주장을 뒷받침할 법적 근거는 없어 보이는 반면, 청구주장을 따를 경우 고용을 계속 유지한 기업은 가중치를 적용하기 어려워 지고, 오히려 퇴직과 고용을 반복한 기업에게 가중치가 적용되는 불합리한 결과가 초래되는 점, 기재부도 그와 같은 문제점을 고려하여 유권해석(기획재정부 법인세제과-488, 2023.9.5.3)을 통해 상시근로자 수를 산정할 때, 직전 사업연도 퇴직자를 직전 사업연도의 상시근로자 수에 포함하도록 해석한 점 등에 비추어, 처분청이 미환류소득에서 차감할 임금증가액 산정 시 직전 사업연도 퇴직자를 직전 사업연도 상시근로자 수에 포함하는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 따라 주문과 같이 결정한다.







＜별지＞ 관련 법령 등



(1) 조세특례제한법



제100조의32(투자ㆍ 상생협력 촉진을 위한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 「법인세법」 제13조에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인은 제외한다.

가. 대통령령으로 정하는 중소기업

나. 대통령령으로 정하는 비영리법인

다. 「법인세법」 제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인

2. 각 사업연도 종료일 현재 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인

② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는  "미환류소득”이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을  "초과환류액”이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(「법인세법」 제76조의17에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 해당 사업연도(2020년 12월 31일이 속하는 사업연도까지를 말한다)의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서  "기업소득”이라 한다)에 100분의 60부터 100분의 80까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액을 공제하는 방법

가. 기계장치 등 대통령령으로 정하는 자산에 대한 투자 합계액

나. 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서  "상시근로자”라 한다)의 해당 사업연도 임금증가금액으로서 다음 구분에 따른 금액이 있는 경우 그 금액을 합한 금액

1) 상시근로자의 해당 사업연도 임금이 증가한 경우

가) 해당 사업연도의 상시근로자 수가 직전 사업연도의 상시근로자 수보다 증가하지 아니한 경우 : 상시근로자 임금증가금액

나) 해당 사업연도의 상시근로자 수가 직전 사업연도의 상시근로자 수보다 증가한 경우 : 기존 상시근로자 임금증가금액에 100분의 150을 곱한 금액과 신규 상시근로자 임금증가금액에 100분의 200을 곱한 금액을 합한 금액

2) 해당 사업연도에 대통령령으로 정하는 청년정규직근로자(이하 이 조에서  "청년정규직근로자”라 한다) 수가 직전 사업연도의 청년정규직근로자 수보다 증가한 경우: 해당 사업연도의 청년정규직근로자에 대한 임금증가금액

3) 해당 사업연도에 근로기간 및 근로형태 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 정규직 전환 근로자(이하 이 조에서  "정규직 전환 근로자”라 한다)가 있는 경우 : 정규직 전환 근로자(청년정규직근로자는 제외한다)에 대한 임금증가금액

다. 「대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」 제2조 제3호에 따른 상생협력을 위하여 지출하는 금액 등 대통령령으로 정하는 금액에 100분의 300을 곱한 금액

2. 기업소득에 100분의 10부터 100분의 20까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 제1호 각 목(가목에 따른 자산에 대한 투자 합계액은 제외한다)의 합계액을 공제하는 방법

③ 제1항 각 호에 따른 내국법인이 제2항 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 신고한 경우 해당 사업연도의 개시일부터 대통령령으로 정하는 기간까지는 그 선택한 방법을 계속 적용하여야 한다.

④ 제1항 각 호에 따른 내국법인이 제2항에 따라 신고를 하지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제2항 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 신고한 것으로 보고 제3항을 적용한다.

⑤ 제1항 각 호에 따른 내국법인(제4항이 적용되는 법인은 제외한다)은 제2항에 따른 해당 사업연도 미환류소득의 전부 또는 일부를 다음 사업연도의 투자, 임금 등으로 환류하기 위한 금액(이하 이 조에서  "차기환류적립금”이라 한다)으로 적립하여 해당 사업연도의 미환류소득에서 차기환류적립금을 공제할 수 있다.

⑥ 직전 사업연도에 제5항에 따라 차기환류적립금을 적립한 경우 다음 계산식에 따라 계산한 금액(음수인 경우 영으로 본다)을 해당 사업연도의 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

(차기환류적립금 - 제2항에 따라 계산한 해당 사업연도의 초과환류액) × 100분의 20

⑦ 해당 사업연도에 초과환류액(제6항에 따라 초과환류액으로 차기환류적립금을 공제한 경우에는 그 공제 후 남은 초과환류액을 말한다)이 있는 경우에는 그 초과환류액을 다음 사업연도(해당 사업연도 종료 이후 최초로 개시하는 사업연도로 한정한다)로 이월하여 다음 사업연도의 미환류소득에서 공제할 수 있다.

⑧ 제1항에 따른 내국법인이 제2항 제1호 가목에 따른 자산을 처분한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제2항 제1호에 따라 그 자산에 대한 투자금액의 공제로 인하여 납부하지 아니한 세액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 가산하여 납부하여야 한다.

⑨ 직전 사업연도에 종전의 「법인세법」(법률 제15222호로 개정된 것을 말한다) 제56조 제7항에 따라 발생한 초과환류액이 있는 경우에는 제2항에 따른 미환류소득에서 공제할 수 있다.

⑩ 제1항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 투자 합계액, 임금증가금액, 상시근로자 수 또는 청년정규직근로자 수의 계산방법 등과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



(2) 조세특례제한법 시행령



제100조의32(투자ㆍ 상생협력 촉진을 위한 과세특례) ⑧ 법 제100조의32 제2항 제1호 나목 1)부터 3)까지 외의 부분에서  "대통령령으로 정하는 상시근로자”란 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자를 말한다. 다만, 다음 각 호의 자는 제외한다.

1. 제26조의4 제2항 제1호 및 제3호부터 제6호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 자

2. 「소득세법」 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 근로소득의 금액이 8천만원 이상인 근로자. 다만, 해당 과세연도의 근로제공기간이 1년 미만인 근로자의 경우에는 해당 근로자의 근로소득의 금액을 해당 과세연도 근무제공월수로 나눈 금액에 12를 곱하여 산출한 금액을 기준으로 판단한다.

⑨ 법 제100조의32 제2항 제1호 나목 1)부터 3)까지 외의 부분에 따른 임금증가금액은 해당 사업연도의 매월 말 기준 상시근로자에게 지급한 「소득세법」 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 근로소득(「법인세법 시행령」 제19조 제16호에 따른 우리사주조합에 출연하는 자사주의 장부가액 또는 금품으로서 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 포함하며, 해당 법인이 손금으로 산입한 금액에 한정한다)의 합계액(이하 이 조에서  "임금지급액”이라 한다)으로서 직전 사업연도 대비 증가한 금액으로 한다.

⑩ 법 제100조의32 제2항 제1호 나목 1) 나)에 따른 기존 상시근로자 임금증가금액과 신규 상시근로자 임금증가금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 제2호에 따라 계산한 금액은 해당 연도 상시근로자 임금증가금액을 한도로 한다.

1. 기존 상시근로자 임금증가금액 : 해당 연도 상시근로자 임금증가금액에서 제2호에 따라 계산한 금액을 뺀 금액

2. 신규 상시근로자 임금증가금액 : (해당 연도 상시근로자 수 - 직전 연도 상시근로자 수) × 해당 연도에 최초로 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 상시근로자(근로계약을 갱신하는 경우는 제외한다)에 대한 기획재정부령으로 정하는 임금지급액의 평균액

⑪ 제8항 및 제10항에 따른 상시근로자 수의 계산은 제26조의4 제3항을 준용한다.

⑫ 법 제100조의32 제2항 제1호 나목 2)에서  "대통령령으로 정하는 청년정규직근로자”란 제26조의5 제2항에 따른 정규직 근로자로서 15세 이상 34세(제27조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 병역을 이행한 사람의 경우에는 6년을 한도로 병역을 이행한 기간을 현재 연령에서 빼고 계산한 연령을 말한다) 이하인 사람을 말한다. 이 경우 청년정규직근로자 수의 계산은 제26조의5 제8항 제1호를 준용한다.

⑬ 법 제100조의32 제2항 제1호 나목 3)에서  "근로기간 및 근로형태 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 정규직 전환 근로자”란 제26조의4 제13항에 따른 정규직 전환 근로자를 말한다.



(3) 조세특례제한법 시행규칙



제45조의9(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ① 영 제100조의32제3항에서 " 기획재정부령으로 정하는 미환류소득에 대한 법인세 신고서" 란 별지 제114호서식을 말한다. (중략)

⑨ 영 제100조의32 제10항 제2호에서 " 기획재정부령으로 정하는 임금지급액의 평균액" 이란 제1호의 금액을 제2호의 금액으로 나누어 계산한 금액을 말한다.

1. 해당 사업연도에 최초로 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 상시근로자(근로계약을 갱신하는 경우는 제외하며, 이하 이 항에서 " 신규 상시근로자" 라 한다)에 대한 영 제100조의32 제9항에 따른 임금지급액

2. 영 제26조의4 제3항의 상시근로자 수 계산방법을 준용하여 계산한 신규 상시근로자 수



※ 조세특례제한법 집행기준(2018년)



100의32-100의32-3(투자ㆍ 상생협력 촉진세제 적용대상 및 계산방법) ⑦「법인세법 시행령」제93조 제9항의  "근로소득의 합계액으로서 직전 사업연도 대비 증가한 금액”은 기업소득 환류세제 적용대상 사업연도와 직전 사업연도 중 어느 하나의 사업연도에「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자 중「법인세법 시행령」제93조 제8항에 해당하는 자가 있는 경우에는 양 사업연도에서 모두 제외한 근로자의「소득세법」제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 근로소득의 합계액으로서 직전 사업연도 대비 증가한 금액으로 산출하는 것임

⑧ 퇴직직원이 발생하게 되는 경우,「법인세법 시행령」제93조 제9항의  "근로소득의 합계액으로서 직전 사업연도 대비 증가한 금액”은 퇴직 직원의 퇴직 사업연도 중 발생한 근로소득은 근로소득 합계액 산정 시 포함하는 것임



※ 조세특례제한법 집행기준(2020년)



100의32-100의32-3(투자ㆍ 상생협력 촉진세제 적용대상 및 계산방법) ⑦「조세특례제한법 시행령」제100조의32 제9항의  "근로소득의 합계액으로서 직전 사업연도 대비 증가한 금액”은 기업소득 환류세제 적용대상 사업연도와 직전 사업연도 중 어느 하나의 사업연도에「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자 중「조세특례제한법 시행령」제26조의4 제2항 각 호에 해당하는 자가 있는 경우에는 양 사업연도에서 모두 제외한 근로자의「소득세법」제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 근로소득의 합계액으로서 직전 사업연도 대비 증가한 금액으로 산출하는 것임

⑧ 퇴직직원이 발생하게 되는 경우,「조세특례제한법 시행령」제100조의32 제9항의  "근로소득의 합계액으로서 직전 사업연도 대비 증가한 금액”은 퇴직 직원의 퇴직 사업연도 중 발생한 근로소득은 근로소득 합계액 산정 시 포함하는 것임



※ 조세특례제한법 집행기준(2022년, 2024년)



100의32-100의32-3(투자ㆍ 상생협력 촉진세제 적용대상 및 계산방법) ⑦「조세특례제한법 시행령」제100조의32 제9항의  "근로소득의 합계액으로서 직전 사업연도 대비 증가한 금액”은 기업소득 환류세제 적용대상 사업연도와 직전 사업연도 중 어느 하나의 사업연도에「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자 중「조세특례제한법 시행령」제32조 제8항에 해당하는 자가 있는 경우에는 양 사업연도에서 모두 제외한 근로자의「소득세법」제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 근로소득의 합계액으로서 직전 사업연도 대비 증가한 금액으로 산출하는 것임

⑧ 퇴직직원이 발생하게 되는 경우,「조세특례제한법 시행령」제100조의32 제9항의  "근로소득의 합계액으로서 직전 사업연도 대비 증가한 금액”은 퇴직 직원의 퇴직 사업연도 중 발생한 근로소득은 근로소득 합계액 산정 시 포함하는 것임