심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 2018.11.30. 개업하여 경기도 양주시 백석읍 OOO에서 OOO 등을 제조 및 도소매 판매하는 법인사업자로서,



2024년 제1기 과세기간 중 A(대표자 a, 이하  "쟁점매입처”라 한다)로부터 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서 3매(이하  "쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취한 후, 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였다.



＜표1＞ 쟁점매입세금계산서 내역

(단위 : 원)

○○○



나. 처분청은 2024.4.15.부터 2024.10.25.까지 청구법인에 대한 법인통합조사(이하  "1차 세무조사”라 한다)를 실시한 결과, 청구법인이 2019년 제2기∼2021년 제2기 부가가치세 과세기간에 a 명의 OOO은행 OOO 계좌(이하  "쟁점계좌”라 한다)로 입금받은 OOO원(이하  "쟁점입금액”이라 한다)을 매출누락한 것으로 보아 2025.3.7. 등 청구법인에게 아래 ＜표2＞와 같이 2019∼2021사업연도 법인세 합계 OOO원, 2020년 제1기∼2021년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 각각 경정ㆍ 고지하고, 2019~2021년 귀속 OOO원을 청구법인의 대표이사 b에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였으며, 2025.7.1. 청구법인에게 2020~2022년 귀속 원천징수분 근로소득세 합계 OOO원을 각각 경정ㆍ 고지하였다.



또한, 처분청은 2024.11.18.부터 2025.1.24.까지 청구법인에 대한 2024년 제1기 부가가치세 세목별 조사(이하  "2차 세무조사”라 한다)를 실시한 결과, 쟁점매입세금계산서를 실제 거래 사실 없이 발급된 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 2025.3.10. 2024년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ 고지하였다.



＜표2＞ 처분청의 경정내역

(단위 : 원)

○○○



다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.22. 이의신청을 거쳐, 2025.9.2. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) (쟁점①) 1차 세무조사는 「국세기본법」에서 금지하고 있는 위법한 중복세무조사에 해당하므로, 이에 근거하여 이루어진 부과처분은 취소되어야 한다.



(가) 청구법인은 2022.9.29. 처분청으로부터 해명자료 제출 안내문을 수령하였는바, 처분청은 1차 세무조사와 마찬가지로 a 명의의 쟁점계좌 입금액이 청구법인의 매출누락액에 해당하는지 여부를 검토하기 위하여 2019~2021년 입출금 내역, 소명자료, 세금계산서, 현금영수증, 계약서 등 제출을 요구하였다.



이에 청구법인은 세무대리인을 통하여 5회에 걸쳐 처분청에 자료를 제출하고 수차례 처분청을 방문하여 해명하였다.



(나) 처분청의 위와 같은 3개월에 걸친 서면확인(2022.9.28.~2022.12.26.) 행위는 형식상 해명자료 제출 요구이지만 실질은 세무조사에 해당한다.



청구법인이 처분청 담당자에게 송부한 자료는 대용량 자료이고, 청구법인은 이러한 자료를 작성ㆍ 제출하기 위해 세무대리인과 3개월 이상 매달렸다. 또한 전자우편 제출로만 끝난 것이 아니라 세무대리인이 수차례 처분청에 방문하여 자료를 설명하였다.



(다) 국세청의 납세자보호위원회는 과세관청이 4개월에 걸친 긴 시간동안 서면확인 과정에서 충분한 질문조사ㆍ 검사권을 행사하였고, 납세자(법인)가 해당 기간 동안 자료 준비, 사실관계 설명 등으로 영업의 자유에 큰 영향을 받았을 것으로 보이는 점 등을 종합하여 서면확인을 실질적인 세무조사로 보아야 한다고 판단하였다(국세청 납보 OOO, 2021.7.30.).



(2) (쟁점②) 처분청은 쟁점입금액을 청구법인의 매출누락으로 보아 법인세 및 부가가치세 등을 부과하였으나, 쟁점입금액은 청구법인의 매출누락액이 아니라 a의 매출이다. 쟁점계좌는 a의 개인사업장 관련 사업용계좌 용도로 개설한 것으로 청구법인이 타인의 사업용계좌를 사용하여 매출을 누락한다는 사실은 상식에 반한다.



(가) 거래상대방(고객)은 청구법인과의 거래가 아닌 a이 관리하는 OOO 카페에서 a과의 거래로 인식하고 a 명의 계좌로 대금을 입금한 것이므로 이를 청구법인의 매출누락으로 볼 수 없다. 청구법인의 매출누락이 인정되려면 거래상대방(고객)이 청구법인과 거래를 하는 것이지만 물품대금만 a 명의 계좌로 입금한다는 인식이 있어야 하나, 처분청은 거래당사자들로부터 확인을 받은 사실도 없다.



(나) 처분청은 청구법인의 차명계좌라고 주장하는 a 명의 쟁점계좌 입금액 중 실제 a 명의 매출(OOO원)이 있음을 인정하고 있고, a도 쟁점계좌 거래 대금은 전액 a 본인에게 귀속된다고 인정하고 있다.



(3) (쟁점③) 청구법인의 2019사업연도 부외원가 OOO원(이하  "쟁점출금액”이라 한다)이 추가로 비용으로 인정되어야 한다.



청구법인은 2019사업연도 중 대표이사 b의 개인계좌에서 OOO원을 출금하여 매입한 재화가 있는데, 과세전적부심사청구 과정에서 2019.7.1. 이후 매출누락에 대하여 과세되었다는 이유로 2019.7.1. 이후 지출된 OOO원만 부외원가로 인정받았다.



그러나 기간과세원칙을 적용함에 있어 해당 과세기간(2019사업연도)의 부외원가가 인정된다면 경정한 기간만이 아닌 전체 과세기간(1.1.~12.31.)의 부외원가를 인정하여야 하므로 추가로 쟁점출금액(=OOO원-OOO원)이 비용으로 인정되어야 한다.



(4) (쟁점④) 청구법인은 거짓 세금계산서를 수취하지 않았으므로, 쟁점매입세금계산서 관련 부과처분은 취소되어야 한다.



청구법인은 실제 거래 의사를 가지고 a(쟁점매입처)로부터 쟁점매입세금계산서를 발급받았으나, OOO, 기타 거래처 등 미수금 증가로 계약을 바로 이행하지 못하였다.



이에 2024.7.15. 종전 기장세무사 사무실을 통하여 2024년 제1기 부가가치세 확정신고시(2024.7.25.) 이러한 사실을 반영해 줄 것을 요청하였으나, 종전 기장세무사의 불성실한 대응으로 부가가치세 신고시 이를 반영하지 못하였고, 기장세무사 변경 후 부가가치세 수정신고를 진행하였으나, 처분청은 세무조사 착수를 이유로 수정신고를 받아 줄 수 없다고 답변하여 부가가치세 수정신고가 이루어지지 못하였다.



나. 처분청 의견



(1) (쟁점①) 1차 세무조사는 적법하게 이루어진 조사로서 중복세무조사로 볼 수 없다.



(가) 「국세기본법」제2조 제21호에 따르면,  "세무조사”란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다고 정의하고 있으며, 같은 법 제81조의4 제2항은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등 법에서 정하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 규정하고 있다.



세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부ㆍ 서류 그 밖의 물건을 검사ㆍ 조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다.



그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다(대법원 2017.8.30. 선고 2014두8360 판결 참조).



(나) 처분청은 2022.9.28.~2022.12.26. 기간에 청구법인이 쟁점계좌를 차명으로 사용하여 수입금액을 신고누락한 혐의에 대하여 서면확인을 실시하였다.



서면확인 과정에서 청구법인에 해명자료 제출 안내를 하였으나 이는 청구법인이 대답하거나 수인할 의무가 없는 서면확인 절차로서 쟁점계좌 입금내역과 관련한 단순한 사실관계의 확인에 불과한 것이고, 서면확인을 실시하면서 청구법인의 사업장에 상주하여 상당 기간 질문을 하거나 장부ㆍ 서류 등을 검사ㆍ 조사하여 영업의 자유 등에 큰 영향을 미치는 행위를 하였다고 보기는 어렵다.



(2) (쟁점②) 쟁점입금액을 청구법인의 매출누락으로 보아 과세한 처분은 타당하다.



(가) 청구법인은 쟁점계좌 거래내역이 청구법인의 거래가 아닌 a의 거래로, 거래상대방이 a이 관리하는 OOO 카페에서 a과 거래를 한 것이라고 주장하나, 이에 대한 근거자료를 제시하지 않고 있다.



또한, 쟁점입금액이 a의 매출이라면 a은 상품포장 및 배송과 관련된 매입 내역이 존재하여야 하나 이와 관련된 매입 내역이 확인되지 않는다.



(나) a은 청구법인이 세무조사 및 과세전적부심사청구 당시 제출한 a의 OOO 카페 주문서와 카페 공동구매자료를 거짓으로 기재한 사실을 시인한 적이 있고, 청구법인은 쟁점입금액이 청구법인의 매출누락액임을 확인하는 확인서를 작성한 사실이 있다.



청구법인이 작성한 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 서명ㆍ 날인되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거 가치는 쉽게 부인할 수 없을 것이다(대법원 2012.12.27. 선고 2011두13378 판결 참조).



(다) 처분청은 2019~2021년 중 쟁점계좌 총 입금액 중 청구법인의 매출누락액은 OOO원, a의 매출누락액은 OOO원으로 보아 과세하였는바, 청구법인의 매출누락으로 본 OOO원은 특정인이 쟁점계좌에 이체한 금액으로, 청구법인이 쟁점계좌를 차명으로 사용하여 신고누락한 금액이라고 보았고, a의 매출누락으로 본 OOO원은 쟁점계좌에 주기적으로 입금된 금액으로, a의 개인사업과 관련된 매출누락으로 보아 a로부터 매출누락에 대한 확인서를 받았다.



(라) 또한, 쟁점입금액 중 청구법인의 대표이사 b에게 출금된 금액은 OOO원인바, 쟁점입금액을 청구법인의 매출누락액으로 보아 과세한 처분은 타당하다.



(3) (쟁점③) 청구법인의 부외원가로 추가로 반영할 금액은 없다.



(가) 청구법인은 과세전적부심사청구 및 이의신청 진행 당시 세무조사 과정에서 제출되지 않은 대표이사 명의 계좌의 출금액 및 청구법인의 판매내역을 근거로 부외원가를 인정하여야 한다고 주장하였으나, 이를 입증할 수 있는 구체적인 증빙이 제출되지 않았다.



청구법인이 제출한 온라인 판매내역에 따르면, 청구법인은 판매된 재고를 전자적 형태로 관리한 것으로 보이나, 매출원가를 구성하는 재고자산을 무자료로 구입하였다는 주장을 인정할 수 없고, 거래명세서나 영수증 등 객관적인 증빙을 제시하지 않음에 따라 부외원가를 인정할 수 없다.



(나) 다만, 과세전적부심사결정시 매출누락에 대한 경정이 이루어진 경우 그에 대응하는 부외원가가 있음이 타당한 것으로 판단하여 2019년에 지출되었다고 주장하는 부외원가 OOO원 중 경정결정이 이루어진 2019.7.1.~2019.12.31. 기간의 부외원가 OOO원은 인정되었으나, 경정결정이 이루어지지 않은 기간에 청구법인의 대표이사 명의 계좌에서 출금된 금액이 청구법인의 부외원가임을 인정할만한 객관적인 증빙이 없으므로, 청구법인의 주장을 인정할 수 없다.



(4) (쟁점④) 청구법인은 실제 재화 또는 용역을 공급받거나 그 대가를 지급하지 않고 거짓 세금계산서를 수취하였다.



(가) 청구법인은 자금사정이 어려워져 a(쟁점매입처)에게 쟁점매입세금계산서 관련 최초 계약금조차 지급하지 못하였고, 이로 인해 OOO 등 관련 업무는 진행되지 않았다. 즉, a(쟁점매입처)에게 전혀 대가를 지급하지도 않았고, 재화나 용역을 공급받지도 않았다.



(나) 이는 청구법인의 대표이사 b 및 a의 진술형 문답서를 통해서도 명확하게 확인되는바, 쟁점매입세금계산서 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분은 타당하다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



① 이 건 세무조사가 중복조사에 해당하는지 여부



② 쟁점입금액을 청구법인의 매출누락으로 보아 과세한 처분의 당부



③ 쟁점출금액을 부외원가로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부



④ 쟁점매입세금계산서를 실제 거래 사실 없이 발급된 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부



나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 자료에 따르면, 다음의 사실이 확인된다.



(가) 청구법인의 사업자등록 기본사항 및 대표이사 b의 사업이력은 아래 ＜표3＞ 및 ＜표4＞와 같다.



＜표3＞ 청구법인의 사업자등록 기본사항

○○○



＜표4＞ 청구법인 대표이사 b의 사업이력

○○○



(나) 청구법인이 제출한 2020~2024년 귀속 근로소득지급명세서에 따르면, a에게 급여를 지급한 것으로 나타난다.

○○○



(다) 쟁점계좌는 a이 2019.9.18. ‘사업용계좌’ 목적으로 개설한 계좌이나, 국세청 전산상 사업용계좌로 등록된 사실은 확인되지 않는다.



(라) 쟁점계좌 입금액 중 청구법인의 매출누락으로 결정된 금액은 아래 ＜표5＞와 같다.



＜표5＞ 쟁점계좌 입금액 중 매출누락으로 과세된 금액

(단위 : 천원)

○○○



(마) 청구법인이 제기한 과세전적부심사 결정에서 청구법인이 부외원가로 주장한 금액 및 인정된 금액은 아래 ＜표6＞과 같다.



＜표6＞ 과세전적부심사청구 당시 부외원가 주장액 및 인정액

(단위 : 천원)

○○○



(2) 처분청은 다음의 자료 등을 근거로 이 건 처분을 하였다.



(가) 처분청이 제출한 조사대상 선정 검토표 등에 따르면, 처분청은 2022.9.28.부터 2022.12.26.까지 청구법인에 대한 서면확인을 실시하였는바, 국세청 전산상 서면확인 목적은  "상기 사업자는 도소매/전자상거래업 운영하는 사업자로 수입금액 등을 분산 축소하기 위해 법인 계좌가 아닌 직원 a 명의 계좌를 사용하고, 관련 제세 신고 누락한 혐의가 있음”으로 기재되어 있다.



청구법인은 서면확인에 대한 소명 과정에서 일부 매출누락을 시인하였으나, 처분청은 청구법인의 증거자료 및 소명내역이 불분명하다고 보아 법인통합조사를 실시하기로 한 사실이 확인된다.



(나) 청구법인 대표이사는 쟁점계좌를 이용하여 대금을 입금받는 방법으로 청구법인의 수입금액을 누락하였음을 인정하는 확인서에 날인한 사실이 확인된다.



(다) a은 쟁점매입처를 운영하면서 쟁점계좌에 입금된 금액의 일부를 신고누락한 사실을 인정하는 확인서에 서명하였다.



(라) 청구법인이 제기한 과세전적부심사청구에 대한 결정서에 따르면, 청구법인은 동호회에서 a을 알게 된 후 현재까지 사업상 파트너 관계를 유지하고 있고, 청구법인이 쟁점매입처에 도매 매출을 하고, 쟁점매입처는 블로그를 통해 소매 매출을 하기로 하였으며, 그에 따라 쟁점계좌로 OOO 매출 공급대가 OOO원이 입금된 것이라고 주장하며 블로그 주문서 등을 제출하였고, 쟁점계좌에서 b에게 출금된 금액은 a이 b로부터 차입한 금원을 상환한 것이라고 주장하였으나,



처분청은 청구법인이 증거자료로 제출한 OOO카페 주문서상 주문자의 이름과 금액은 일치하나 전화번호는 국세통합전산망상 번호와 다르고, 배송지에 주문자가 거주한 이력이 확인되지 않는 점, 공동구매자료는 게시글의 작성일 이후에 개설된 a의 계좌번호가 기재되는 등 증거자료로 신뢰하기 어려우며, 쟁점계좌에 입금된 금액이 a이 운영 중인 A의 매출이라면 상품포장 및 배송과 관련한 매입이 있어야하나 이와 관련된 내역이 확인되지 않는 점, 청구법인의 부가가치세 신고서 상 사업장 전화번호와 a이 운영 중인 A의 OOO 카페상 사업장 전화번호가 일치하는 점, 제출된 차용증은 변제기일이 지났거나 구체적인 변제기한이 확인되지 않는 등 a로부터 입금받은 금액이 채무변제액인지 불분명한 점, a과 작성한 판매 대행 약정서로는 쟁점계좌에 입금된 금액이 a의 매출이라고 보기 어려운 점 등으로 보아 청구주장을 받아들이지 않았다.



(마) 청구법인의 대표이사 및 a은 처분청의 2차 세무조사 당시 실시된 문답과정에서 쟁점매입세금계산서 관련 거래가 실제 이루어지지 않았고, 관련 대금지급도 없었다고 진술한 사실이 확인된다.



(3) 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다.



(가) 처분청이 2022.9.29. 발송한 해명자료 제출 안내문은 다음과 같고, 청구법인은 전자우편으로 대용량 첨부파일 등을 첨부하여 2022.11.22.부터 2022.12.23.까지 5회 소명하였다.

○○○



(나) 청구법인은 a의 사실확인서(2025.9.2. 작성)를 제출하였는바, 사실확인서의 주요내용은 다음과 같다.



●쟁점계좌의 실소유자는 a 본인이고 OOO 카페 공동구매 사업을 위해 운영ㆍ 관리한 것임

●청구법인이 운영하는 홈페이지 A/S게시판에 쟁점계좌가 안내된 것은 본인이 공급한 물건과 동일한 경우 직접 A/S 처리를 진행하였기 때문임

●청구법인의 세무조사 마지막에 매출누락 확인서를 받아야 한다는 조사관이 서명을 하지 않으면 처음부터 다시 더 크게 조사하거나 개인까지 위험할 수 있다고 하여 마지못해 서명함







(다) 청구법인이 과세전적부심사 및 이의신청 과정에서 제출한 부외원가 관련 자료는 다음과 같다.

○○○



(라) 청구법인은 2024.4.16., 2024.5.9. 및 2024.6.1. 쟁점매입처와 체결한 물품공급계약서 3건을 제출하였는바, 쟁점매입세금계산서에 기재된 물품을 제작 또는 조립하여 납품하기로 한 내용이 확인된다.



(마) 청구법인은 종전 기장대리인에게 쟁점매입세금계산서를 수정 발급하여 2024년 제1기 부가가치세를 신고할 것을 요청하였으나, 대리인의 불성실한 대응으로 이러한 내용이 반영되지 않았고, 기장세무사 변경 후 수정신고를 진행하였으나, 2차 세무조사가 착수되어 수정신고가 이루어지지 못하였다고 주장하며 세무대리인과의 카카오톡 대화내용을 제출하였다.



(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.



(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 1차 세무조사가 「국세기본법」에서 금지하고 있는 위법한 중복세무조사에 해당하므로, 이에 근거하여 이루어진 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하나,



세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것인바, 처분청이 1차 세무조사 전에 서면확인을 실시하면서 청구법인에게 한 해명자료 제출 안내는 이에 대하여 대답하거나 수인할 의무가 없는 서면확인 절차로서 단순한 사실관계의 확인에 불과한 것으로 보이는 점, 처분청이 서면확인을 실시하면서 청구법인의 사업장에서 상주하며 상당 기간 질문을 하거나 장부ㆍ 서류 등을 검사ㆍ 조사하여 영업의 자유 등에 큰 영향을 미치는 세무조사를 실시하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 이에 대한 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다.



(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점입금액이 청구법인의 매출누락액이 아니라 a(쟁점매입처)의 매출이라고 주장하나,



처분청이 매출누락금액의 존재를 차명계좌를 통해 입증한 경우 차명계좌에 입금한 금액이 매출금액이 아니라는 입증책임은 납세자에게 있다 할 것인바, 청구법인의 홈페이지 A/S 문의 게시판에서 계좌번호를 안내하면서 쟁점계좌를 기재하는 등의 정황이 확인됨에도 불구하고, 청구법인 및 a은 쟁점입금액이 쟁점매입처 관련 입금액임을 입증할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하는 점, 국세청 전산상 쟁점매입처의 상품포장 및 배송과 관련된 매입내역이 확인되지 않는 점, 쟁점입금액(OOO원) 중 청구법인의 대표이사 b에게 출금된 금액은 OOO원이고, 청구법인은 과세전적부심사 청구 당시 해당 금원이 a에게 대여한 금원을 상환받은 것이라 주장하였지만 이를 입증할 수 있는 객관적 증빙을 제시하지 아니한 점, 청구법인의 대표이사 b는 쟁점입금액이 청구법인의 매출누락액임을 확인하는 확인서를 작성하였고, a은 이를 쟁점매입처의 수입금액으로 신고하지 아니한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점입금액을 청구법인의 매출누락으로 보아 법인세 및 부가가치세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.



(다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점출금액이 추가로 부외원가로 인정되어야 한다고 주장하나,



매출누락에 대응하는 비용에 관한 신고를 누락하였다고 하여 그 공제를 받고자 한다면 그 비용의 공제를 주장하는 납세의무자가 그 누락 사실을 입증하여야 하는바, 청구법인은 쟁점출금액이 청구법인의 매출원가임을 입증할 수 있는 구체적인 증빙을 제시하지 못하는 점, 과세전적부심사 과정에서 매출누락이 이루어진 과세기간에 대응하는 부외원가는 이미 공제하도록 하여 이를 차감한 금액에 대해 과세처분이 이루어졌고, 매출누락으로 과세되지 아니한 기간에 대한 부외원가를 객관적 증빙 없이 추가로 공제하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어, 이에 대한 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다.



(라) 마지막으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점매입세금계산서 관련 부과처분이 취소되어야 한다고 주장하나,



쟁점매입세금계산서 관련 재화나 용역이 공급되거나 대금이 수수된 사실이 없음이 명확히 확인되고, 청구법인의 대표이사 b 및 쟁점매입처의 대표 a 역시 이를 인정한 점, 쟁점매입세금계산서(3건)는 2024.4.30., 2024.5.22. 및 2024.6.10. 발급되었고, 청구법인은 수정세금계산서를 발급하는 등의 방법으로 2024년 제1기 부가가치세 신고 당시 관련 매입세액을 공제받지 아니할 수 있었으나, 부가가치세 신고 시 이를 매입세액 공제 대상으로 신고한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 관련 가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.





＜별지＞ 관련 법령 등



(1) 국세기본법



제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

21.  "세무조사”란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 " 장부등" 이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다.



제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.



제81조의4【세무조사권 남용 금지】① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 아니 된다.

④ 누구든지 세무공무원으로 하여금 법령을 위반하게 하거나 지위 또는 권한을 남용하게 하는 등 공정한 세무조사를 저해하는 행위를 하여서는 아니 된다.



(2) 국세기본법 시행령



제63조의2【세무조사를 다시 할 수 있는 경우】법 제81조의4 제2항 제7호에서  "대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득해 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우

3. 국세환급금의 결정을 위한 확인조사를 하는 경우

4. 「조세범 처벌절차법」제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 해당 자료에 대하여 「조세범 처벌절차법」제5조 제1항 제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다.



※ 조사사무처리규정



제3조(정의) 이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1.  "세무조사”란 각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권에 근거하여 조사공무원이 납세자의 국세에 관한 정확한 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 조사계획에 의해 세무조사 사전 통지 또는 세무조사 개시 통지를 실시한 후 납세자 또는 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문하고, 장부ㆍ 서류ㆍ 물건 등을 검사ㆍ 조사하거나 그 제출을 명하는 행위를 말한다.(이하 이 규정에서는 조세범칙조사와 구분되는 개념으로  "일반세무조사”라 한다)

2.  "현장확인”이란 각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권에 따라 세원관리, 과세자료 처리 또는 세무조사 증거자료 수집 등 다음 각 목의 어느 하나에서 예시하는 업무 등을 처리하기 위하여 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 세무조사에 의하지 아니하고 현장확인 계획에 따라 현장출장하여 사실관계를 확인하는 행위를 말한다.

가. 자료상혐의자료, 위장가공자료, 조세범칙조사 파생자료로서 단순사실 확인만으로 처리할 수 있는 업무

나. 위장가맹점 확인 및 신용카드 고액매출자료 등 변칙거래 혐의 자료의 처리를 위한 현장출장ㆍ 확인업무

다. 세무조사 과정에서 납세자의 거래처 또는 거래상대방에 대한 거래사실 등 사실관계 여부 확인업무

라. 민원처리 등을 위한 현장출장ㆍ 확인이나 탈세제보자료, 과세자료 등의 처리를 위한 일회성 확인업무

마. 사업자에 대한 사업장현황 확인이나 기장확인 업무

바. 거래사실 확인 등을 위한 계좌 등 금융거래 확인업무



제12조(중복조사의 금지 및 방지) ① 조사공무원은 세무조사를 실시하는 경우에는 「국세기본법」 제81조의4 제2항 및 같은 법 시행령 제63조의2에서 정한 바에 따라 재조사를 실시할 수 있는 예외적인 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 해서는 아니 되며, 조사시작 후에도 중복조사 사실이 확인되는 경우에는 즉시 조사철회 및 조사반(팀) 철수 등 필요한 조치를 하여야 한다. 다만, 제3조 제2호에서 정의한 현장확인은 조사로 보지 아니하며, 「국세기본법」 제81조의4제2항 제2호의 경우에는 해당 거래상대방과의 거래내용에 대한 부분조사로 한정한다.



(4) 부가가치세법



제15조【재화의 공급시기】① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우 : 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우 : 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 재화를 공급하는 경우 등의 재화의 공급시기는 대통령령으로 정한다.



제16조【용역의 공급시기】① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.



제17조【재화 및 용역의 공급시기의 특례】① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기(이하 이 조에서  "재화 또는 용역의 공급시기”라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

② 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 이내에 대가를 받으면 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

③ 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일이 지난 후 대가를 받더라도 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

1. 거래 당사자 간의 계약서ㆍ약정서 등에 대금 청구시기(세금계산서 발급일을 말한다)와 지급시기를 따로 적고, 대금 청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내인 경우

2. 재화 또는 용역의 공급시기가 세금계산서 발급일이 속하는 과세기간 내(공급받는 자가 제59조제2항에 따라 조기환급을 받은 경우에는 세금계산서 발급일부터 30일 이내)에 도래하는 경우

④ 사업자가 할부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우 등으로서 대통령령으로 정하는 경우의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급한 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.



제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하  "세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항



제34조【세금계산서 발급시기】① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 사업자는 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전 제17조에 따른 때에 세금계산서를 발급할 수 있다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. 거래처별로 달의 1일부터 말일까지의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

2. 거래처별로 달의 1일부터 말일까지의 기간 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우



제38조【공제하는 매입세액】① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.



제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 " 필요적 기재사항" 이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.