성동세무서장이 2025.7.25. 청구법인에게 한 2017년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 세금계산서 불성실 가산세를 제외한 부분에 대하여 5년의 국세 부과제척기간을 적용하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1.처분개요



가. 청구법인은 1992.1.3. 개업하여 서울특별시 OOO를 본점 소재지로 하여 토목건축 종합건설사업에 관한 서비스업을 영위하고 있는 법인사업자이다. 청구법인은 2016년 제2기부터 2018년 제2기까지 부가가치세에 대하여 ㈜A(이하  "쟁점거래처”이라 한다)로부터 토목공사 중장비를 임차하여 공급가액 OOO원의 세금계산서를 수취한 것으로 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.



나. 남양주세무서(이하  "조사관서”이라 한다)는 2021.9.7. 쟁점거래처의 2015.1.1.부터 2018.12.31.까지의 부가가치세에 대해 세목별조사를 실시해, 청구법인과 쟁점거래처의 2017년 제2기 세금계산서 공급가액 OOO원에 대해 사실과 다른 세금계산서(이하  "쟁점가공세금계산서”라 한다)로 보아 과세자료를 처분청에 통지하였다.



다. 이에 처분청은 2025.7.25. 2017년 제2기 부가가치세 OOO원, 2017사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ고지하는 한편, OOO원(이하  "쟁점매입액”이라 한다)을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지하였다.



라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.9. 심판청구를 제기하였다.





2.청구법인 주장 및 처분청 의견



가.청구법인 주장



(1) 「국세기본법」 제26조의2에서 규정한 10년의 부과제척기간을 적용하기 위해서는 납세자가 「조세범 처벌법」 제3조 제6항에 규정한 부정한 방법에 따라 국세의 포탈이나 환급이 이뤄져야 할 것이나, 청구법인은 관련대금(이하  "쟁점매입대금”이라 한다)을 전액 결제하였고, 거래처는 이를 정상적으로 신고ㆍ납부한 상태여서 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 인식이 없었다.



「국세기본법」상 부정행위는 단순하게 사기나 그밖에 부정한 행위로 규정되어 있는 것과 달리, 「조세범 처벌법」상 부정행위는 각 유형의 행위에 해당하면서 동시에 ‘조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위’일 것을 요건으로 하고 있다.



대법원도 실물거래 없이 발행된 세금계산서 내지 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액 공제를 받은 행위가 ‘부정행위’에 해당하는지 여부에 관하여 이들 행위가 ‘부정행위’에 해당하기 위해서는 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의해 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고납부하거나, 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고 납부한 후, 경정청구를 하여 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 하고, 이러한 인식에 대해 심리하지 않고 일정행위가 있다는 이유만으로 한 과세처분은 위법하다고 판단하였다(대법원 2022.5.26. 선고 2022두32825 판결, 같은 뜻임).



조세심판원에서도 거래처들이 쟁점세금계산서 관련세액을 모두 신고ㆍ납부하여 부가가치세 납부의무 면탈에 대한 인식이 있었다고 보기는 어려우므로 부가가치세에는 5년의 부과제척기간이 적용되나, 실제 납부의무 면탈이 있었던 법인세는 10년의 부과제척기간 적용대상에 해당한다고 판단하였다(조심 2024인5884, 2025.5.13., 같은 뜻임).



따라서, 10년의 부과제척기간 적용을 위한 부정행위가 성립하기 위해서는 가공세금계산서의 발행이라는 행위가 존재하는 외에 청구법인이 조세포탈의 목적을 가지고 조세포탈의 결과를 인식하고 당해 행위를 하였어야 하며, 청구법인에게 조세포탈의 목적 및 인식이 없는 경우에는 부정행위로 판단할 수 없어 10년의 부과제적기간을 적용해서는 안 되는 것이다.



(2) 「법인세법 시행령」 제106조의 소득처분 규정을 보면, 익금에 산입한 금액의 귀속이 분명한 경우에는 그 귀속자에게, 그 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 상여처분토록 규정하고 있다.



청구법인은 쟁점거래처로부터 매입세금계산서를 수취하고 부가가치세를 포함한 전액을 송금하였음은 금융증빙으로 확인된다. 쟁점거래처의 법인계좌에서 출금된 금액은 청구법인에게 되돌아오지 않았고, 청구법인이나 대표자는 이의 용처를 알지 못한다.



청구법인이 부가가치세를 포함한 전체금액을 쟁점거래처에 송금하였음은 입증이 되고, 어떤 사유에서든지 그 대금 중 OOO원을 청구법인의 상무인 B이 수취하였음은 인정한다. 그러나 그 대금은 상여처분된 OOO원이 아니고, OOO원이라고 B이 밝히고 있고, 쟁점거래처도 조사 당시 확인한 쟁점거래처 대표인 C의 출금자료에서도 OOO원(2017년 OOO원, 2018년 OOO원)만 출금된 것으로 확인된다.



따라서, 법인세의 부과제척기간 10년이 적용된다 하더라도, 상여처분 금액은 그 귀속자인 B에게 OOO원이 되어야 할 것이다.



나.처분청 의견



(1) 「조세범 처벌법」 제3조 제6항 제5호는 계산서 또는 세금계산서, 계산서 합계표, 세금계산서 합계표 등을 조작한 행위는 사기나 그밖의 부정한 행위로 명확히 규정하고 있는바, 가공세금계산서를 수수함으로써 가공거래에 대한 결제 증빙이나 계약서 등을 실제 거래인 것처럼 조작하는 행위는 과세관청의 조세부과 및 징수를 불가능하게 하거나 현저하게 곤란하게 하는 적극적인 부정행위에 해당한다.



쟁점거래처가 부가가치세를 납부하였다고 하더라도 쟁점거래처 대표와 B의 통화 녹취록 및 쟁점거래처 대표의 진술서에 의하면 청구법인은 쟁점가공세금계산서를 수취하면서 이에 대한 증빙을 만들고자 가공의 계약서를 만드는 것을 모의하였고, 수취한 대금은 쟁점거래처의 사무실에서 현금으로 돌려주었음이 확인된다.



이러한 행위를 하면서 공사원가 과대계상 및 부가가치세 매입세액을 공제로 조세수입의 감소를 가져오게 될 것이라는 인식이 충분히 있는 것으로 보인다. 따라서 청구법인이 쟁점가공세금계산서를 수취한 행위는 사기나 그 밖의 부정한 행위로서 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에 해당한다 할 것이므로, 2017년 제2기 부가가치세 부과에 대하여 10년의 국세부과제척기간을 적용한 이 건 처분은 정당하다.



(2) 청구법인은 B이 쟁점거래의 대금 중 OOO원만 수취하였으므로 상여처분은 청구법인의 대표자가 아닌 B에게 OOO원에 대한 상여처분을 하여야 한다고 주장하나, B 당사자가 직접 OOO원이 아닌 OOO원에 대한 수취를 인정한바 없고, 청구법인은 거래대금의 귀속을 밝히지 못하고 있다. 청구법인이 지급한 금액 중 OOO원이 B의 귀속으로 되었다면 이에 대한 횡령죄 고소 등 적절한 조치를 취해야 하는데 어떠한 조치도 취하지 않은 것으로 확인된다.



「법인세법 시행령」 제106조 제1항 제1호 단서에는 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다고 명시되어있는바, 쟁점거래처에서 돌려준 거래대금의 귀속이 불분명하므로 OOO원에 대한 대표자 (인정)상여처분은 정당하다.





3.심리 및 판단



가. 쟁점



① 본건 처분 중 부가가치세의 부과처분은 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다는 청구주장의 당부



② 쟁점매입대금의 귀속이 불분명한 것으로 보아 대표자 (인정)상여로 소득처분한 소득금액변동통지의 당부



나.관련 법령 :　＜별지＞ 기재



다.사실관계 및 판단



(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.



(가) 청구법인이 사실과 다른 세금계산서라고 인정한 세금계산서 내역은 아래 ＜표1＞과 같고, 쟁점거래처는 관련된 부가가치세를 모두 신고ㆍ납부한 것으로 확인된다.



＜표1＞ 쟁점가공세금계산서 내역

○○○



(나) 청구법인은 쟁점거래처에게 쟁점가공세금계산서상 기재된 쟁점매입대금을 송금하였고 그 내역은 아래 ＜표2＞와 같다.



＜표2＞ 쟁점매입대금 송금 내역

○○○



(다) 청구법인의 B 상무와 쟁점거래처는 쟁점가공거래와 관련하여 허위의 계약서를 작성하기로 합의하였고 그 내용은 아래 ＜표3＞과 같다.



＜표3＞ 녹취록(일부)

○○○


(라) 쟁점거래처의 대표인 C이 쟁점거래처에 대한 조세범칙조사 당시인 2021.10.29. 남양주세무서에 출석해 진술한 내용은 아래 ＜표4＞와 같다.



＜표4＞ 쟁점거래처 대표 진술서(일부)

○○○



(마) 청구법인과 쟁점거래처는 가공거래에 필요한 장비임대차 계약서를 작성하였고 그 내용은 아래 ＜표5＞와 같다.



＜표5＞ 장비임대차계약서

○○○



(바) 쟁점거래처는 쟁점가공세금계산서가 발행된 월에 쟁점가공세금계산서에 대한 세부사항이 기재된 거래내역서 및 거래명세표를 작성한 것으로 확인된다.



(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,



(가) 먼저, 쟁점①에 관하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 실물거래 없이 발행된 허위의 세금계산서를 교부받아 부가가치세 매입세액의 공제 또는 환급을 받았으므로 10년의 부과제척기간을 적용하여야 한다는 의견이나, 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호에서 규정한 "사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우"에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위해서는, 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고ㆍ납부하거나 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고ㆍ납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 할 것(대법원 2022.5.26. 선고 2022두32825 판결, 같은 뜻임)이다.



청구법인은 쟁점거래처로부터 쟁점세금계산서를 수취하면서 쟁점가공세금계산서에 따른 부가가치세 상당액을 쟁점거래처에 지급하였고 쟁점거래처도 해당 부가가치세 상당액을 매출세액으로 신고ㆍ납부한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 간 다툼이 없는 것으로 보이므로 청구법인이 사실과 다른 쟁점가공세금계산서를 수취하여 매입세액 공제를 받았다 하더라도 이를 통해 국가 조세수입의 감소를 가져오게 될 것이라는 인식이 있었다고 보기는 어렵다 할 것인바, 세금계산서 불성실 가산세를 제외한 이 건 부가가치세의 경우에는 5년의 부과제척기간을 적용함이 타당하다고 판단된다. 다만, 본세액의 포탈이 없더라도 사기나 그 밖의 부정한 행위로 가공의 세금계산서를 수수한 경우 이와 관련된 세금계산서 불성실 가산세 부과처분에 대하여는 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호의2 다목에 따라 10년의 부과제척기간이 적용된다고 할 것이므로 본 건 처분 중 세금계산서 불성실 가산세 부과처분은 적법하다고 할 것이다.



(나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구법인은 쟁점매입대금의 귀속이 불분명한 것으로 보아 대표자 상여로 소득처분한 것은 타당하지 않다고 주장하나, 「법인세법」제67조 및 같은 법 시행령 제106조 제1항 제1호는 익금에 산입한 금액이 사외유출되었으나 그 귀속이 불분명한 경우 대표자에게 귀속된 것으로 본다고 규정하고 있는데, 이와 같은 「법인세법」상의 대표자 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대하여 그 실질에 관계없이 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는데 그 취지가 있는 것이므로 이 경우 대표자는 위 익금산입액의 귀속이 분명하다는 점을 증명하지 못하는 한 그 금원이 현실적으로 자신에게 귀속되었는지 여부에 관계없이 종합소득세를 납부할 의무가 있다고 할 것인바(조심 2024부1888, 2024.8.14., 같은 뜻임),



쟁점거래처에 대한 조사 결과 쟁점매입액은 가공매입액으로 확정되었고, 쟁점거래처 대표의 진술서에 의하면 쟁점매입액이 쟁점거래처에 입금되면 수일 내에 현금으로 출금되어 쟁점거래처의 사무실에서 B에게 현금으로 반환된다고 기재되어 있는 점, 청구법인은 쟁점매입대금을 청구법인이 돌려받은 적이 없다고 주장하나 가공매입과 관련하여 지급한 금원이라면 청구법인이 합리적인 이유 없이 쟁점거래처로부터 회수하지 않았다고 보기 어려운 점, 청구법인은 쟁점매입대금이 B에게 반환되었다면 이는 B에게 귀속된 것이라고 주장하나, 청구법인이 B을 횡령 및 배임 혐의로 고소한 사실은 없고 B에게 쟁점매입대금 상당금액이 실제 귀속된 사실을 입증할만한 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 쟁점매입액의 귀속이 불분명한 것으로 보아 대표자 상여로 소득처분한 이 건 소득금액변동통지는 잘못이 없는 것으로 판단된다.





4.결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.







＜별지＞ 관련 법령



(1) 국세기본법



제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하  "부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우: 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)

2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하  "부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우: 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.

3. 납세자가 부정행위를 하여 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우: 해당 가산세를 부과할 수 있는 날부터 10년

가. 「소득세법」 제81조의10 제1항 제4호

나. 「법인세법」 제75조의8 제1항 제4호

다. 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호, 같은 조 제3항 및 제4항

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우: 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년



(2) 국세기본법 시행령 제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제2항 제2호 전단에서  "대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 「조세범 처벌법」 제3조 제6항에 해당하는 행위를 말한다.



(3) 조세범 처벌법 제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서  "사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3. 장부와 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6. 「조세특례제한법」 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위



(4) 법인세법 제67조(소득처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.



(5) 법인세법 시행령 제106조(소득처분) ①법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것