심판청구를 기각한다.

1.처분개요



가.청구법인은 OOO 의약품 및 의료기기 연구개발자문업을 주업종으로 하여 설립된 법인사업자로, 설립 당시부터 주주(지분율 62.5%)인 a이 대표이사로 재직 중이고, OOO 코스닥 시장에 상장되었다.



나.청구법인은 2022.3.31. 보유 중이던 주식회사 b(이하  "쟁점법인”이라 한다)의 발행주식 34,821주(이하  "쟁점주식”이라 한다)를 1주당 OOO원에 c, d에게 14,821주, 20,000주를 각 양도하는 계약을 체결하고, 같은 날 잔금 청산하였으나, 이후 위 계약을 합의해제 하고 대금은 2022.4.13. 반환(이하  "쟁점계약해제거래”라 한다)하였으며, 2022.3.31. 대표이사 a에게 1주당 OOO원에 양도하는 계약을 체결하고 2022.4.13. 잔금 청산(이하  "쟁점거래”라 한다)하였다.



다.서울지방국세청장(이하  "조사청”이라 한다)은 쟁점법인에 대하여 주식변동조사를 실시한 결과, 2022.3.31. 비특수관계인들간에 쟁점법인의 발행주식 200주를 1주당 OOO원 및 200주를 1주당 OOO원에 각 거래한 내용(이하  "쟁점비교대상거래”라 한다)이 있음을 확인하여 그 평균액인 OOO원을 시가로 보아, 처분청에 과세자료를 통보하였다.



라.처분청은 쟁점거래에 대해 청구법인이 특수관계인인 대표이사 a에게 쟁점주식을 저가양도 하였다고 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 2025.2.20. 청구법인에게 2022사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.



마.청구법인은 이에 불복하여 2025.5.8. 심판청구를 제기하였다.





2.청구법인 주장 및 처분청 의견



가.청구법인 주장



(1) (주위적 청구) 쟁점거래는 양수자에게 코스닥시장 상장규정에 따라 매각이 제한되는 보호예수의무가 부여되는 거래(상장 후 3년간 의무 보유)로, 아무런 제약조건이 없는 쟁점비교대상거래와는 다르므로, 「법인세법」상 유사한 상황에서의 거래가 아니다.



(가) ‘코스닥시장 상장규정’ 제26조 제1항은 증권거래소에 상장한 이후 대주주나 경영진의 책임을 강화하고 상장 직후의 과도한 매도 물량 출현으로 주가가 하락하는 것을 방지하는 등 투자자를 보호하기 위하여, ‘최대주주등이 보유하는 주식’ 및 ‘상장예비심사 신청일 전 1년 이내에 최대주주등이 보유하는 보통주식을 취득한 자’는 상장일로부터 최소 6개월 동안 해당 주식을 매각할 수 없고 의무적으로 보유하도록 규정하고 있다.



구체적으로, 코스닥시장 상장규정에 따라 상장예비심사 신청일 전 1년 이내 최대주주등으로부터 취득한 주식은 상장 후 최소 6개월에서 최장 3년의 기간 동안 처분이 제한되는데, 이러한 처분제한 조건이 있는 주식은 원하는 시점에 이익을 실현하거나 손실을 줄이는 매매가 불가능하여 일반적으로 시장에서는 매수를 기피한다.



종합하면, 일반적인 주식투자자들은 보호예수의무가 있는 주식을 취득하면 일정 기간 매도를 할 수 없으므로 이러한 주식의 매수를 기피하고, 동일한 가격이라면 보호예수의무가 없는 주식을 매수하지, 보호예수의무가 있는 주식을 매수하려 하지 않는다.



따라서, 보호예수 조건이 있는 특수한 주식의 매매와 보호예수 조건이 없는 일반적인 주식의 매매를 「법인세법」상 ‘유사한 상황’이라 볼 수 없고, 나아가 두 주식의 ‘객관적인 교환가치’가 같다고 볼 수도 없다.



(나) 청구법인의 쟁점주식 매각 경위는 다음과 같다.



쟁점법인은 면역항암제 등 신약 개발 회사로, OOO에 설립되어, OOO 코스닥에 기술특례로 상장되었다. 쟁점법인의 주주인 a은 2018.12.11.부터 2021.7.15.까지는 쟁점법인의 대표이사를, 2022.3.3.부터 2024.3.31.까지는 등기임원으로 재직하였고, 쟁점거래 당시 쟁점법인의 주주였던 청구법인은 a이 대표이사 및 최대주주인 회사이다. a과 쟁점법인은 코스닥시장 상장규정상 쟁점법인의 최대주주인 e와 특수관계인에 해당하여 해당 규정상 쟁점법인의 최대주주등에 해당하였다.



따라서, 청구법인이 보유한 쟁점주식을 상장예비심사신청 전 1년이내에 취득하면 코스닥시장 상장규정 제26조 제1항에 따라 상장일로부터 최소 6개월 동안 의무적으로 보유해야 했다.



한편, 2022년 3월경 쟁점법인의 상장 준비 당시 상장주관사는 OOO이었는데 a이 쟁점법인의 임원과 청구법인의 임원을 겸직하는 것은 내부정보 유출, 경영의 투명성 및 독립성이 훼손될 위험이 있다고 판단하였고 상장의 장애요인을 만들지 않기 위해 청구법인이 보유한 쟁점법인의 주식을 상장예비심사 신청 전인 2022년 4월전까지 조속히 매각할 것을 요청하였다.



상장 주관사가 청구법인이 소유한 쟁점주식을 처분하는 것을 상장을 위한 필수 조건으로 요구함에 따라, 2022.3.31. 청구법인은 보유하던 쟁점주식 34,821주를 상장 주관사 중 한 곳인 구 OOO f 이사로부터 소개받은 c, d에게 1주당 OOO원에 각 14,821주, 20,000주를 양도하기로 계약하였고, 같은 날에 양도대금을 수취하고 각 양수인들에게 주식을 출고하였다.



쟁점계약해제거래의 양수인인 c, d은 쟁점주식을 취득하는 경우 상장 후 일정 기간동안 매각할 수 없는 3년간 의무보유 조건이 있다는 사실을 계약 당일에는 알지 못했는데, 이후 매도인인 청구법인이 쟁점법인의 코스닥시장 상장규정상 최대주주라는 것과 본인들이 취득하는 주식이 의무보유조건이 있다는 사실을 알게 되어 청구법인과의 계약을 합의해제 하였다.



2022.2.22. 금융위원회는 상장 초기 대량 매도로 인한 주가 급변으로부터 투자자를 보호하기 위해서 신규 상장기업 임원의 주식 의무보유(lock-up) 의무를 강화한다는 취지의 ‘유가증권시장 상장규정’의 개정과 관련한 보도자료를 발표하였는데, 해당 보도자료 중에는 보호예수 대상자 확대와 함께 보호예수기간이 확대되는 내용이 포함되어 있었다.



실제로 위 발표 이후 기술특례상장을 하는 신약개발기업들의 발행주식은 2∼5년에 걸친 장기간의 보호예수기간(쟁점법인의 경우 3년)이 설정되었다.



이와 같은 상황에서 청구법인은 양수인들과의 계약해제 이후 매수자를 물색하였으나 3년간 보호예수의무를 부담하는 조건 때문에 어느 누구도 쟁점주식을 매수하려고 하지 않았다. 또한, 기존에 보호예수의무를 부담하고 있는 주주들에게도 매매를 시도하였으나 자금 상황 등으로 난색을 표시하여 매매를 할 수 없었다.



OOO으로 예정된 상장 예비심사청구 이전에 주관사의 요구조건을 충족하기 위해서는 쟁점주식이 매각되어야 했으므로, 부득이하게 청구법인은 2022.4.13. a에게 1주당 OOO원(그 당시 논의되던 공모예정가액 수준)에 쟁점주식을 양도하는 쟁점거래를 한 것이다.



결과적으로, 쟁점주식 34,821주를 a이 청구법인으로부터 양수하였고, a이 보유한 쟁점법인의 발행주식 총 OOO주는 상장일인 OOO부터 3년이 되는 OOO까지 매각이 제한되었으며, 이는 쟁점법인의 상장시 공시된 투자설명서에도 기재되어 있다.



(다) 의무보호예수제도란 다음과 같다.



의무보호예수제도는 최대주주가 주식을 대량매매하여 소액주주에게 피해를 주는 것을 방지하기 위해 유가증권의 유통을 상장 후 일정기간 동안 금지시키는 제도이다.



따라서, 의무보호예수 사유가 발생한 경우 의무자는 한국예탁결제원과 의무적으로 보호예수계약을 체결해야 하고, 이러한 보호예수계약은 「민법」상 계약자유의 원칙이 제한되며, 보호예수사유별로 보호예수기간이 강제된다. 또한, 처분을 제한할 목적으로 한국예탁결제원은 주식의 실소유자명단을 관리한다.



즉, 보호예수의무가 있는 주식은 상장 후 매매가 제한되므로, 상장 후 매매차익이 발생되어도 이익을 실현할 수 없고 주식발행회사의 급박한 상황이 발생하여 주가가 급락하는 경우 주식을 매각할 수 없다. 따라서, 장기보유 목적이 없는 매수자 입장에서는 보호예수의무가 있는 주식을 결코 매수하려고 하지 않는다.



(라) 쟁점법인과 같은 신약개발회사 주가의 특성은 다음과 같다.



쟁점법인은 면역항암제 등 신약을 개발하는 회사이므로, 신약이 개발되는 상당한 기간동안은 매출이나 이익이 발생하지 않고 연구비로 상당한 자금이 지출된다.



일반적으로 신약개발 기간은 10년 이상 걸리고, 임상성공 확률은 10%가 되지 않는다. 항암제 신약개발 사업은 오랜시간 투자가 필요하고 성공 확률도 높지 않은 모험적인 사업이다. 따라서, 다른 회사보다 주가변동이 심하고 사업이 좌초될 확률도 매우 높다. 이러한 내용은 OOO 공시된 쟁점법인의 투자설명서에도 자세히 나와 있다.



이러한 이유로 2021년 쟁점법인의 Pre-IPO에 참여했던 회사들은 상장 당시 약 60%의 평가손실을 경험하기도 하였다.



따라서, 이러한 신약개발회사의 발행주식에 대해 (i) 의학분야, 신약개발분야에 대한 전문적인 이해도가 높고 (ii) 자본력이 풍부하여 초창기부터 거액을 투자한 주요주주들은 장기투자를 할 수 있지만, 이러한 주주들을 제외한 기타 주주들은 장기투자가 어렵기 때문에 상장 후 비교적 단기간내에 차익실현 등을 위한 매매를 위해 결코 보호예수의무가 있는 주식은 매수를 하려고 하지 않는다.



(마) 쟁점거래에서 주식의 객관적인 교환가치를 반영하기 위해서는 보호예수의무 조건이 있는 주식의 거래가격을 적용해야 한다.



서울행정법원은  "「법인세법 시행령」 제89조 제1항이 정하고 있는 ‘유사한 상황’의 의미에 대해, 비단 당해 거래의 기초가 된 계약과 비교대상거래의 기초가 된 계약이 그 내용에 있어 유사하다는 것을 의미한다고 볼 수 없고, 각 거래 당시의 당사자들이 처한 구체적 상황, 즉 당사자들이 영위하는 사업의 종류, 그 밖에 지배구조 및 재무상태, 나아가 각 계약 체결 및 거래의 목적, 경위 등 제반 사정에 있어 유사하다고 평가할 수 있는 상황을 의미한다고 보아야 한다”라고 판시하고 있다(서울행정법원 2017.1.20. 선고 2015구합75107 판결).



쟁점비교대상거래 주식은 보호예수의무에 대한 부담이 없기 때문에 상장 후 언제든지 매매가 가능하였다. 그러나 보호예수의무 조건이 부여된 쟁점주식을 취득한 쟁점계약해제거래의 매수자들은, 처분청이 그 당시 시가로 제시한 1주당 OOO원보다 OOO원이나 낮은 OOO원에 쟁점법인의 주식을 취득하였음에도 계약을 해제하였는데, 그 이유는 해당주식에 보호예수의무조건이 있었기 때문이다.



즉, 보호예수의무 조건의 유무는 주식매수자들의 매수의사결정에 중요한 영향을 미치므로 해당 주식의 객관적인 교환가치가 있는지 여부를 판단함에 있어서도 보호예수의무 조건은 반드시 고려되어야 한다.



처분청은 「법인세법」에 보호예수조건이 있는 주식과 없는 주식을 다르게 평가하도록 예외를 둔 규정이 없다는 이유로 쟁점비교대상거래를 쟁점주식의 시가로 보아 이 사건 부과처분을 하였는데, 이러한 처분은 「법인세법」상 시가 규정인 「법인세법 시행령」 제89조 제1항의 ‘유사한 상황에서의 거래한 가격’을 잘못 이해한 것으로 생각된다.



「법인세법」은 상장주식과 비상장주식을 구분하여 상장주식은 거래소의 ‘최종 시세가액’을, 비상장주식은 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격’을 시가로 규정하고 있다(「법인세법 시행령」 제89조). 즉, 상장주식은 예외 없이 거래소에서 형성된 최종 시세가격을 시가로 보지만, 비상장주식은 비교대상이 되는 거래와 유사한지 여부를 검토하여 시가로 볼 수 있는지를 판단한다.



예를 들어, 비상장주식거래에서 비교대상거래와 시차가 존재하거나 회사의 경영상태의 변동이 있는 경우 판례는 비교대상거래의 시가 적용을 부인하고 있다(서울고등법원 2015.7.8. 선고 2014누66719 판결 등). 판례가 이러한 입장을 취하는 이유는, 비상장주식은 상장주식과 비교하여 매매거래가 많지 않고 상장회사와 같은 공시의무가 없어 거래대상회사에 대한 정보가 불투명하므로, 매매 당사자가 해당 비상장주식의 가치를 비교적 정확하게 인식하지 못하는 경우가 많기 때문이다.



또한, 처분청은 대법원 2015.12.10. 선고 2015두47362 판결, 조심 2010중1691, 2010.10.19. 결정, 조심 2011중3383, 2011.11.28. 결정을 근거로 보호예수 조건을 시가의 적절성에 대한 판단에 고려하면 안된다고 주장하는데, 해당 규정은 모두 상장주식거래와 관련된 증여세 사례로 본건과 다르다.



해당 사례들은 모두 상장주식의 유상증자나 장외거래에 대한 것이며, 「상속세 및 증여세법」상 상장주식의 시가인 평가기준일 전후 2개월의 최종시세가액의 평균액을 적용한 사례이다. 「상속세 및 증여세법」이 적용되는 상장주식 거래 사례를, 「법인세법」이 적용되는 비상장주식 거래에 적용하는 것은 세법을 잘못 적용한 것으로 생각된다.



따라서, 쟁점거래에 대한 객관적인 교환가치가 반영된 시가는 보호예수의무가 없는 주식의 매매가액이 아닌 보호예수의무가 있는 주식의 매매가액이어야 한다. 그러나, 이 당시 이러한 주식의 거래가 없었으므로 쟁점주식의 시가는 OOO원으로 보아야 한다.



(2) (예비적 청구) 의무보호예수조건이 주식의 시가판단에서 고려할 사항이 아니라고 한다면, 쟁점계약해제거래는 쟁점거래의 「법인세법」상 시가를 가장 잘 반영하고 있으므로 쟁점주식의 1주당 시가는 쟁점계약해제거래의 1주당 OOO원으로 보아야 한다.



쟁점계약해제거래는 쟁점주식에 대한 의무보호예수 조건을 제외한 나머지 계약요소에 대해서는 양수인과 청구법인 사이에 완전한 의사의 일치가 있었다. 즉, 쟁점주식에 의무보호예수 조건이 없었다면 해당 주식은 1주당 OOO원에 매매가 되었을 것이다.



한편, 대법원은 주식의 매매가 합의로 해제되었다고 하더라도 당초 매매의 효력을 일률적으로 부인하지 않는다(대법원 2023.3.23. 선고 2022두62642 판결 등). 이와 관련하여 국세청 또한 법률행위의 정당한 무효 사유 없이 소유권을 환원하는 경우에는 당초 소유권이전 및 소유권환원 행위를 각각 양도로 본다고 유권해석을 하고 있다(서면인터넷방문상담2팀-2586, 2004.12.9.)



대법원 판례 및 국세청 유권해석에 따르면, 이 건의 경우 쟁점주식은 쟁점계약해제거래에서 중요 사항에 대한 설명의무 위반에 따라 계약당사자 사이의 합의로 해제된 것이므로 당초의 계약자체를 무효로 볼 수 없고 유효하게 성립된 계약으로 보아야 한다.



그런데 처분청의 과세논리에 따르면, 보호예수의무 조건은 주식의 객관적 교환가치에 영향을 미치지 않기 때문에 쟁점계약해제거래는 계약시점, 거래규모 측면에서 「법인세법」상 시가 판단에 있어 쟁점거래의 시가를 가장 잘 반영하고 있다.



참고로 「상속세 및 증여세법 시행령」제49조 제2항 단서 규정은 해당주식의 매매가액과 같은 종목의 주식매매사례가액이 동시에 존재하는 경우에는 같은 종목의 주식매매사례가액은 시가로 적용되지 않는다고 규정하고 있다.



즉, 「상속세 및 증여세법」에 따르면 해당 주식의 매매가액이 존재하면 설령 같은 종목 주식의 매매사례가액이 존재한다고 하더라도 그 주식의 매매사례가액은 시가로 적용될 수 없다.



처분청이 제시하는 쟁점비교대상거래 주식은 400주, 거래대금은 OOO원에 불과하지만 쟁점계약해제거래는 쟁점거래와 동일한 34,821주, 거래대금은 OOO원으로 쟁점비교대상거래는 쟁점계약해제거래와 거래 규모에 큰 차이가 있어 쟁점비교대상거래보다는 쟁점계약해제거래의 거래규모가 쟁점거래와 더 유사하다.



따라서, 처분청의 과세논리에 따른다면, 쟁점거래의 「법인세법」상 시가를 가장 잘 반영하고 있는 것은 쟁점계약해제거래의 시가인 1주당 OOO원이므로 이 가액을 시가로 적용하여야 한다.



나.처분청 의견



(1) 주위적 청구과 관련한 처분의 적법성 및 청구법인 주장에 대한 반박은 다음과 같다.



(가) 보호예수는 청구법인과 쟁점법인의 약정에 의하여 일정기간 처분이 제한된 것에 불과할 뿐, 세법상 보호예수 조건을 감안하여 주식의 가액을 달리 평가할 수 없다.



청구법인은 의무보호예수 조건 때문에 쟁점거래는 쟁점비교대상거래와 달리 가액을 평가해야하는 것처럼 주장하고 있으나, 보호예수는 청구법인과 쟁점법인의 약정에 의하여 일정기간 처분이 제한된 것에 불과할 뿐, 「법인세법」 또는 「상속세 및 증여세법」 상 보호예수 조건을 감안하여 주식의 가액을 달리 평가하도록 하는 예외 규정을 두고 있지 않으며, 청구법인의 이러한 주장은 조세법규의 엄격해석 원칙에 위반되는 것으로서 받아들이기 어렵다.



이와 관련하여 판례(대법원 2015.12.10. 선고 2015두47362 판결)는  "구 「상속세 및 증여세법」 제39조 제1항 제1호 다목의 문언과 취지 등에 비추어 보면 이 사건 주식이 1년간 보호예수되었다고 하더라도 그 시가는 1년간 보호예수되지 아니한 주식과 마찬가지로 구 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 가목과 나목에 따라 평가하여야 한다”고 판시한 바 있어, 청구법인의 주장처럼 의무보호예수조건이 있다는 이유만으로 쟁점거래와 쟁점비교대상거래를 달리 볼 수 없다.



(나) 쟁점비교대상거래가액은 이 건 세무조사 당시 a에 대한 증여세 과세 검토 과정에서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제49조 제1항 제1호 나목에 따라 평가심의위원회 심의를 거쳐 시가로 인정받은 가액이다.



평가심의위원회는  "쟁점비교대상거래는 쟁점거래와 동일한 주식의 소액거래로, 특수관계 없는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 이루어진 거래이며, 거래대상자들이 경제적 이익을 추구하는 등 대등한 관계에 있어 보이는 등 거래의 관행상 정당한 사유가 있다”고 판단하여 쟁점비교대상거래가액을 시가로 인정하였다.



(2) 예비적청구와 관련한 처분의 적법성 및 청구법인 주장에 대한 반박은 다음과 같다.



(가) 쟁점계약해제거래는 계약 당일 해제된 것으로 쟁점주식의 객관적 교환가치를 반영한다고 볼 수 없고, 당시 형성된 거래가액에 비해 현저히 낮은 가격으로 거래되었다.



청구법인은 쟁점계약해제거래는 중요 사항에 대한 설명의무 위반에 따라 계약당사자 간의 합의로 해제된 것이므로 당초의 계약자체를 무효로 볼 수 없다고 주장하나, 결론적으로 쟁점계약해제거래는 해제된 거래이며 그에 반해 쟁점비교대상거래는 유효하게 성립된 계약이다.



쟁점주식은 상장에 대한 기대감으로 평가기준일을 전후하여 계속적으로 매매가액이 형성되고 있었다. 2021년 1,376,160주, 2022년 672,444주가 거래되었으며,평가기간 내에는 280,453주가 거래되었고, 평가기간 내 거래가액은 주당 최저 OOO원, 쟁점거래 전후 1월 내에는 113,991주가 주당 최저 OOO원에 거래된 것으로 확인된다.



쟁점비교대상거래는 쟁점거래와 같은 날 이루어진 거래로, 쟁점비교대상거래가액은 평가기준일 전후 거래금액에 비추어 볼 때 당시 거래된 금액과 유사하다. 반면, 쟁점계약해제거래가액은 쟁점거래 전후 형성된 거래가액에 비해 현저히 낮은바, 거래 당시 쟁점주식의 경제적인 가치를 적절히 반영하고 있다고 볼 수 없다.



(나) 쟁점계약해제거래는 청구법인의 주관적인 사정으로 ‘청구법인 등기임원의 가족’으로 거래상대방을 특정하여 매도하려 한 것이므로 그 가액이 쟁점법인 발행주식의 객관적 교환가치를 반영한다고 볼 수 없다.



「법인세법 시행령」 제89조 제1항에서 부당행위계산 부인 규정 적용 시 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다’라고 규정하고 있고, 다수의 판례에서 ‘시가’라 함은 원칙적으로 불특정다수인 사이에 자유로이 이루어지는 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가격을 말한다고 판시한바, 쟁점계약해제거래가액을 시가라고 하기 위해서는 객관적으로 보아 그 매매가액이 일반적이고도 정상적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 사정이 있어야 할 것이다.



그러나 쟁점계약해제거래는 청구법인의 주관적인 사정에 따라 청구법인 등기임원의 남매들에게 매도하려고 한 점에서 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격으로 거래된 것이라고 볼 수 없고, 계약과 계약해제가 같은 날 거의 동시에 이루어진 점 등에 비추어 보았을 때, 그 가액은 쟁점주식의 객관적 교환가치를 반영한다고 볼 수 없으며 「법인세법」에서 규정하는 시가, 즉 불특정다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액으로 볼 수 없다.



반면 쟁점비교대상거래는 계약해제 된 바 없이 정상적으로 거래가 이루어진 점, 불특정 다수인 간 이루어진 거래인 점, 당시 이루어진 다른 거래들과 비슷한 가액으로 거래된 점 등에 비추어 보았을 때, 쟁점비교대상거래가액을 시가로 인정하지 아니할 이유가 없다.



또한 청구주장에 의하면 청구법인은 계약해제 이후 매수자를 물색하였으나 찾지 못하여 청구법인의 대표자인 a에게 양도할 수 밖에 없었다고 주장하고 있는데, 쟁점계약해제거래의 계약일, 계약해제일, 쟁점거래 계약일이 모두 2022.3.31.인바 하루 안에 계약, 계약해제, 매수자 물색, 새로운 계약이 이루어졌다는 점에서 신빙성이 떨어지는 주장이며 계약과 계약해제가 거의 동시에 이루어진 쟁점계약해제거래는 객관적인 매매사실이 존재하였다고 보기도 어렵다.



(다) 계약해제 된 경우의 가액을 시가로 인정하는 판례들도  "객관적 교환가치를 적정하게 반영한 것이라면 시가로 볼 수 있다”고 전제를 두고 있다.



청구법인은 계약해제 건이라도 그 거래가액을 시가로 보아야한다고 주장하며 판례를 제시하고 있으나, 해당 판례들 또한 마찬가지로 ‘매매계약이 일반적인 거래에 따라 이루어진 것으로서 그 매매계약상의 매매가격이 그 당시의 객관적 교환가치를 적정하게 반영한 것이라면 계약이 취소 또는 해제된 거래라고 하더라도 시가로 볼 수 있다’고 판시한 것이다.



쟁점계약해제거래는 그 계약과 계약해제가 거의 동시에 이루어졌으며 특정 상황에서 특정인과 이루어진 계약인 바 일반적이며 통상적인 거래로 보기 어렵고, 그 가액이 거래 당시 쟁점주식의 객관적인 교환가치를 적절히 반영하고 있다고 볼 수 없다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



① 쟁점비교대상거래의 거래가액을 쟁점주식의 시가로 보아 청구법인에게 주식 저가양도에 따른 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 법인세를 과세한 처분의 당부



② 계약해제된 매매계약의 거래가액을 쟁점주식의 시가로 볼 수 있는지 여부



나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.



(가) 국세청 통합전산망에 의하면 2017∼2023년 동안의 청구법인의 주주는 a(청구법인의 대표자, 지분율 62.5%), ***(a의 자녀, 지분율 37.5%)으로 나타나고, 이후 변동내역은 없는 것으로 확인된다.



(나) 쟁점법인은 OOO 공모가격 주당 OOO원, 총 공모주식수 OOO주로 하여 코스닥 시장에 상장되었음이 나타난다.



(다) 쟁점법인 발행주식과 관련하여 쟁점거래, 쟁점비교대상거래, 쟁점계약해제거래의 거래내역은 아래 ＜표＞와 같고, 처분청 제출자료에 의하면, 쟁점계약해제거래의 양수인인 d, c는 청구법인의 등기임원으로 재직했던 f과 남매사이인 것으로 나타난다.



＜표＞ 쟁점법인 발행주식과 관련된 거래들 내역



(라) 처분청은 쟁점비교대상거래의 매매가액의 평균액(주당 OOO원)에 대해 중부지방국세청 평가심의위원회의 심의를 거친바, 평가심의위원회는 ‘평가대상 재산과 동일한 법인의 주식 소액거래로 상증법상 특수관계가 없는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 이루어진 거래이며, 거래대상자들이 경제적 이익을 추구하는 대등한 관계에 있어 보이는 등 거래의 관행상 정당한 사유가 있다고 판단됨’ 이라는 이유로 쟁점주식의 양도당시 시가로 보기에 적정하다고 판단한 것으로 나타난다.



(마) 청구법인은 쟁점법인의 상장 당시 공시된 투자설명서를 제출하였다.



(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.



(가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구법인은 쟁점비교대상거래는 보호예수조건이 없는 주식의 거래이므로 그 거래가액을 보호예수조건이 있는 쟁점주식의 시가로 보아 주식 저가양도에 따른 부당행위계산부인규정을 적용하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분이 부당하다고 주장하나, 「상속세 및 증여세법」제63조에서는 보호예수 조건이 있다고 하여 증여재산을 달리 평가하도록 예외규정을 두고 있지 아니하고, 보호예수조건 등에 따라 일정기간 동안 처분 등이 제한되어있다 하더라도 증여가액의 산정은 평가기준일인 증여일 현재의 시가에 의하는 것인 점(조심 2011중3383, 2011.11.28., 조심2010서3777, 2010.12.29. 등, 같은 뜻임), 쟁점비교대상거래는 쟁점주식과 동일한 종목에 대해 동일날짜에 비특수관계인간에 거래된 거래이므로, 「법인세법 시행령」제89조에 따라 제3자간에 일반적으로 거래된 가격에 해당하여 시가로 볼 수 있는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점비교대상거래의 거래가액을 쟁점주식의 시가로 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없어 보인다.



(나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구법인은 계약해제된 쟁점계약해제거래의 거래가액을 쟁점주식의 시가로 보아야 한다고 주장하나, 쟁점계약해제거래는 2025.3.31. 계약 체결되었다가 같은 날 해제되었고, 쟁점거래는 쟁점계약해제거래의 계약 체결일과 같은 날인 2025.3.31. 대표이사 a에게 양도하는 것으로 계약된 것으로 나타나는바, 정상적인 거래로 보기 어려운 점, 쟁점계약해제거래의 양수자들이 보호예수조건 등에 대해 알지 못한 상태에서 매수하였다가, 이를 뒤늦게 알고 해제한 후 새로운 매수자를 찾은 것이라는 청구주장은 거래 정황상 신빙성이 떨어지는 점, 쟁점계약해제거래의 양수자인 d, c는 청구법인의 등기임원으로 재직했던 f과 남매사이인 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등



(1) 소득세법



제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액



(2) 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 일부개정된 것)



제163조(양도자산의 필요경비) ⑨ 상속 또는 증여(법 제88조 제1호 각 목 외의 부분 후단에 따른 부담부증여의 채무액에 해당하는 부분도 포함하되, 「상속세 및 증여세법」 제34조부터 제39조까지, 제39조의2, 제39조의3, 제40조, 제41조의2부터 제41조의5까지, 제42조, 제42조의2 및 제42조의3에 따른 증여는 제외한다)받은 자산에 대하여 법 제97조 제1항 제1호 가목을 적용할 때에는 상속개시일 또는 증여일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조부터 제66조까지의 규정에 따라 평가한 가액(같은 법 제76조에 따라 세무서장등이 결정ㆍ경정한 가액이 있는 경우 그 결정ㆍ경정한 가액으로 한다)을 취득당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.



(3) 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 일부개정되기 전의 것)



제163조(양도자산의 필요경비) ⑨ 상속 또는 증여(「상속세 및 증여세법」 제33조부터 제39조까지, 제39조의2, 제39조의3, 제40조, 제41조의2부터 제41조의5까지, 제42조, 제42조의2 및 제42조의3에 따른 증여는 제외한다)받은 자산에 대하여 법 제97조 제1항 제1호 가목을 적용할 때에는 상속개시일 또는 증여일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조부터 제66조까지의 규정에 따라 평가한 가액을 취득당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.



(4) 상속세 및 증여세법



제60조(평가의 원칙 등) ① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하  "평가기준일”이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다. 이 경우 다음 각 호의 경우에 대해서는 각각 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 시가로 본다.

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.



제61조(부동산 등의 평가) ① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 토지

「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하  "개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지(구체적인 판단기준은 대통령령으로 정한다)의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법(倍率方法)으로 평가한 가액으로 한다.

2. 건물

건물(제3호와 제4호에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액



(5) 상속세 및 증여세법 시행령



제49조(평가의 원칙등) ① 법 제60조 제2항에서  "수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것”이란 상속개시일 또는 증여일(이하  "평가기준일”이라 한다) 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다. 이하 이 항에서  "평가기간”이라 한다)이내의 기간 중 매매ㆍ감정ㆍ수용ㆍ경매(「민사집행법」에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조 및 제49조의2에서  "매매등”이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다. 다만, 평가기간에 해당하지 않는 기간으로서 평가기준일 전 2년 이내의 기간 중에 매매등이 있거나 평가기간이 경과한 후부터 제78조 제1항에 따른 기한까지의 기간 중에 매매등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 고려하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 보아 상속세 또는 증여세 납부의무가 있는 자(이하 이 조 및 제54조에서  "납세자”라 한다), 지방국세청장 또는 관할세무서장이 신청하는 때에는 제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 해당 매매등의 가액을 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다.

1. 해당 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 특수관계인과의 거래 등으로 그 거래가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우

2. 해당 재산(법 제63조 제1항 제1호에 따른 재산을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 기획재정부령으로 정하는 공신력 있는 감정기관(이하  "감정기관”이라 한다)이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외하며, 해당 감정가액이 법 제61조ㆍ제62조ㆍ제64조 및 제65조에 따라 평가한 가액과 제4항에 따른 시가의 100분의 90에 해당하는 가액 중 적은 금액(이하 이 호에서  "기준금액”이라 한다)에 미달하는 경우(기준금액 이상인 경우에도 제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 감정평가목적 등을 고려하여 해당 가액이 부적정하다고 인정되는 경우를 포함한다)에는 세무서장(관할지방국세청장을 포함하며, 이하  "세무서장등”이라 한다)이 다른 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액에 의하되, 그 가액이 납세자가 제시한 감정가액보다 낮은 경우에는 그렇지 않다.

가. 일정한 조건이 충족될 것을 전제로 당해 재산을 평가하는 등 상속세 및 증여세의 납부목적에 적합하지 아니한 감정가액

나. 평가기준일 현재 당해재산의 원형대로 감정하지 아니한 경우의 당해 감정가액