순천세무서장이 2025.3.20. 청구법인에게 한 2024년 제2기 부가가치세 OOO원의 환급 거부 처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 2015.10.29. OOO 발전사업을 위해 주식회사 A(이하  "A”이라 한다) 및 B 주식회사(이하  "B”이라 한다)가 80:20 비율로 출자하여 설립된 특수목적법인이고, 2016.12.23. 체결된 주주간협약에 따라 A 및 B으로부터 인력을 파견받고 있으며,



이와 관련하여 A에 지급한 OOO원(이하  "쟁점금액”이라 한다)을 부가가치세 과세대상인 인력파견용역에 대한 대가로 보아 매입세액 공제 대상에 포함하여 2024년 제2기 부가가치세 환급세액 OOO원을 신고하였다.



나. 처분청은 쟁점금액이 파견직원의 인건비이므로 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는다고 보아 쟁점금액에 과소신고가산세를 더한 OOO원을 환급세액에서 감액하여 2025.3.20. 청구법인에게 2024년 제2기 부가가치세 OOO원의 환급하였다.



다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.30. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



청구법인은 주주간협약에 따라 A으로부터 청구법인의 업무를 위해 인력을 공급받고, 그 대가로 파견직원의 인건비뿐만 아니라 그에 따른 이익을 지급하였으므로, 이러한 인력파견용역은 「부가가치세법」상 용역의 공급에 해당한다.



(1) 처분청은 지주회사와 자회사간 인력교류에 대해 부가가치세 과세대상이 아니라고 본 심판결정례(조심 2014서4772, 2015.1.23. 및 조심 2016중2517, 2016.12.12., 이하  "쟁점심판례”라 한다)를 근거로, 쟁점금액을 매입세액 불공제 대상으로 보았으나, 쟁점심판례는 용역의 공급이 없다는 이유로 부가가치세 과세대상이 아니라고 본 것이고, 청구법인은 실제 업무를 수행하기 위한 목적으로 인력을 파견받았으므로, 사실관계에 차이가 있다.



＜쟁점심판례의 파견목적＞

- 조심2014서4772, 2015.1.23. : 그룹 인력교류 활성화를 통해 우수인재의 적재적소 활용 및 인재육성을 도모하고 지주회사와 자회사간 상호 업무협조 및 이해증진을 바탕으로 그룹사의 시너지 극대화

- 조심2016중2517, 2016.12.12. : 그룹 인력교류 협약서의 취지에 따라 그룹 인력교류 활성화를 통해 생산성 제고 및 그룹사 간 협력체제와 조직역량을 강화하고 그룹 임직원에게 다양한 경력개발 기회를 제공함으로써 그룹을 선도할 인재 육성 목적





즉, 쟁점심판례는 업무수행을 위한 목적을 달성하기 위해 인력파견이 이루어진 것이 아니라 그룹 내의 인사교류 목적으로 이루어진 것인 반면, 청구법인은 전라남도 OOO부지에 바이오 원료인 우드펠릿을 사용하는 220㎿(메가와트)급 발전소를 건설하기 위해 A과 B이 8:2 비율로 출자해 설립한 특수목적법인(SPC)으로, 신재생에너지 발전소 건설 경험이 있는 A이 발전소 시공을 맡고, 원자력발전사업자인 B이 발전소 건설 사업관리ㆍ 운영을 담당하는 구조 하에서, 발전소 건설과 운영에 경험이 있는 주주사가 전문 인력을 파견하여 발전소 건설 및 운영 업무를 담당할 수밖에 없는 구조이며, 이는 단순히 그룹 내 인사교류, 경력개발 기회 제공의 목적으로 파견하는 것이 아니다.



(가) 파견직원들은 경영관리, 구매계약, 건설ㆍ토목 관련 시공관리, 시운전관리 등의 청구법인의 사업 추진을 위한 구체적이고 개별적인 업무를 수행하고 있다.



＜표1＞ 파견직원들의 주요업무분장표

○○○



(나) 쟁점심판례의 경우와 달리, A은 파견직원들의 인건비 외에 별도의 마진을 청구법인에게 청구하고 있으므로 인력파견을 통하여 A에 이익이 발생하고, 이는 「부가가치세법」상 영리성을 가진 용역의 공급에 해당한다.



(2) 청구법인은 A 뿐만 아니라 B으로부터도 인력을 파견받고 있는데, 처분청은 B의 인력파견은 부가가치세 과세대상으로 보았는바, 이는 일관성 없는 과세처분이다.



처분청은 단지 지분율을 기준으로 A이 청구법인의 최대주주이므로 쟁점심판례와 유사하다고 보고, B은 쟁점심판례와 차이가 있다고 본 것으로 이해되나,



쟁점심판례는 단지 최대주주가 자회사에 인력을 파견하였기 때문에 부가가치세 과세대상에서 제외된다고 본 것이 아니라,  "업무협조 및 이해증진을 바탕으로 그룹사의 시너지 극대화” 및  "그룹 인력교류 활성화 및 다양한 경력개발 기회를 제공” 등의 목적이 인정되었기 때문에 부가가치세 과세대상이 되지 않는다고 본 것으로, 처분청이 B의 인력파견을 매입세액 공제대상으로 보았다면, B의 인력파견 목적이 청구법인의 업무수행을 위한 것임을 자인한 것이고, A의 인력파견 또한 동일한 목적에서 이루어진 것이므로 부가가치세 과세대상 용역에 해당한다.



나. 처분청 의견



청구법인이 계열사인 A에게 지급한 파견 인건비는 인력공급에 대한 부가가치를 창출하지 않고 파견직원의 근로에 대한 대가를 지급한 것에 지나지 않아 「부가가치세법」상 용역의 공급에 해당하지 않는다.



(1) 청구법인과 A은 주주협약서 제40조(당사자들의 역할분담)에 근거하여 발전소 건설사업관리 지원을 위한 ‘인력 파견 지원 협약’을 체결하였고, 협약서의 내용상 A의 파견직원은 청구법인의 발전사업 전반에 걸친 건설, 관리, 운영, 경영, EPC 기술관리, 시운전 기술관리 등 사업주 지원과 관련한 업무와 직무를 수행하고 청구법인은 A이 지급한 인건비(급여 등 제경비 포함) 및 퇴직급여충당금을 매 회계연도말 A에게 정산 지급하기로 명시되어 있다.



이에 A은 2025.1.6. 청구법인에게 ‘2024년도 C 파견자 인건비’를 청구하였으며 해당 청구액은 사실상 파견직원이 고용관계에 따라 근로를 제공하고 파견회사로부터 받은 급여에 해당하여 「부가가치세법」제12조에 따라 과세되는 용역의 공급에 해당하지 않는다.



(2) 청구법인은 쟁점심판례의 내용상 파견목적이 그룹 내의 인사교류 등으로 청구법인의 경우와는 그 목적이 다르다고 주장하나, 쟁점심판례상 파견목적은 단순히 그룹 내 인력교류 활성화만을 목적으로 하는 것이 아닌 상호 업무협조, 생산성 제고의 목적 또한 있음을 확인할 수 있으며, 파견회사의 업무를 수행하고 인건비 등을 정산하여 지급받는다는 점에서 상이한 결정이라고 할 수 없다.



「국세기본법 시행령」제1조의2는 법인의 발행주식총수 중 30% 이상을 소유하고 있는 법인을 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 특수관계법인으로 정의하고 여러 법률적 제약을 두고 있는바, 청구법인의 발행주식총수 중 80%를 소유하고 있는 A은 청구법인의 특수관계법인일 뿐만 아니라, A의 사업보고서에도 청구법인과 A은 ‘OOO’ 그룹의 동일 계열회사로 기재되어 있으며, 이 건 인력파견은 계열사간 인력파견에 해당된다.



(3) 이 건 인력파견이 부가가치세 과세대상에 해당하는지 여부를 판단하는데 있어서는 단순히 그 파견목적이 아니라 해당 인력파견이 부가가치를 창출하는 용역의 공급에 해당하는지 여부를 검토하여야 하며, 청구법인은 A에서 파견직원의 인건비 외에 별도의 마진(파견수당)을 청구하고 있고, 이를 A의 잡이익으로 계상하고 있다고 주장하나, 인력 파견 지원 협약서 제11조(파견직원 보수 지급기준)에 따르면 해당 파견수당은 A의 마진이 아닌 파견직원의 보수로 분명히 명시되어 있으며, A의 파견용역에 대한 수익(마진)에 대한 규정은 협약서 내 어떤 사항에서도 찾아볼 수 없다.



파견직원의 보수로 명시된 파견수당은 파견직원에게 지급되어야 하는 수당으로 「소득세법」제20조에 따른 근로소득의 범위에 포함되고, 파견사업주는 해당 수당을 다른 근로소득과 합산하여 근로소득세를 원천징수하고 납부하여야 할 의무가 있으며, 이를 파견회사의 파견용역 수익으로 해석할 이유는 없다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



청구법인이 A으로부터 부가가치세 과세대상인 인력파견용역을 공급받은 것으로 보아 관련 매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부



나. 관련 법령



(1) 부가가치세법(2023.12.31. 법률 제19931호로 개정된 것)



제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2.  "용역”이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



제4조(과세대상) 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급



제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



제12조(용역 공급의 특례) ③ 고용관계에 따라 근로를 제공하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다.



(2) 부가가치세법 시행령(2024.2.29. 대통령령 제34270호로 개정된 것)



제3조(용역의 범위) ① 법 제2조 제2호에 따른 용역은 재화 외에 재산 가치가 있는 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위로 한다.

1. 건설업

2. 숙박 및 음식점업

3. 운수 및 창고업

4. 정보통신업(출판업과 영상ㆍ오디오 기록물 제작 및 배급업은 제외한다)

5. 금융 및 보험업

6. 부동산업. 다만, 다음 각 목의 사업은 제외한다.

가. 전ㆍ답ㆍ과수원ㆍ목장용지ㆍ임야 또는 염전 임대업

나. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제4조에 따른 공익사업과 관련해 지역권ㆍ지상권(지하 또는 공중에 설정된 권리를 포함한다)을 설정하거나 대여하는 사업

7. 전문, 과학 및 기술 서비스업과 사업시설 관리, 사업 지원 및 임대서비스업

8. 공공행정, 국방 및 사회보장 행정

9. 교육 서비스업

10. 보건업 및 사회복지 서비스업

11. 예술, 스포츠 및 여가관련 서비스업

12. 협회 및 단체, 수리 및 기타 개인서비스업과 제조업 중 산업용 기계 및 장비 수리업

13. 가구내 고용활동 및 달리 분류되지 않은 자가소비 생산활동

14. 국제 및 외국기관의 사업

② 제1항 제1호 및 제6호에도 불구하고 건설업과 부동산업 중 기획재정부령으로 정하는 사업은 재화(財貨)를 공급하는 사업으로 본다.



(3) 국세기본법



제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

20.  "특수관계인”이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 세법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

가. 혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계

나. 임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계

다. 주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계



(4) 국세기본법 시행령



제1조의2(특수관계인의 범위) ③ 법 제2조 제20호 다목에서  "주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계”란 다음 각 호의 구분에 따른 관계(이하  "경영지배관계”라 한다)를 말한다.

2. 본인이 법인인 경우

가. 개인 또는 법인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인 또는 법인

나. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

다. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계, 가목 또는 나목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 그 법인

라. 본인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 기업집단에 속하는 경우 그 기업집단에 속하는 다른 계열회사 및 그 임원

④ 제3항 제1호 각 목, 같은 항 제2호 가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.

1. 영리법인인 경우

가. 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우

나. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우



(5) 파견근로자 보호 등에 관한 법률



제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1.  "근로자파견”이란 파견사업주가 근로자를 고용한 후 그 고용관계를 유지하면서 근로자파견계약의 내용에 따라 사용사업주의 지휘ㆍ명령을 받아 사용사업주를 위한 근로에 종사하게 하는 것을 말한다.

2.  "근로자파견사업”이란 근로자파견을 업(業)으로 하는 것을 말한다.

3.  "파견사업주”란 근로자파견사업을 하는 자를 말한다.

4.  "사용사업주”란 근로자파견계약에 따라 파견근로자를 사용하는 자를 말한다.

5.  "파견근로자”란 파견사업주가 고용한 근로자로서 근로자파견의 대상이 되는 사람을 말한다.



제5조(근로자파견 대상 업무 등) ① 근로자파견사업은 제조업의 직접생산공정업무를 제외하고 전문지식ㆍ기술ㆍ경험 또는 업무의 성질 등을 고려하여 적합하다고 판단되는 업무로서 대통령령으로 정하는 업무를 대상으로 한다.



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음의 사실이 확인된다.



(가) A 및 B은 전라남도 OOO단지 내 OOO 발전사업 공동개발을 위하여 자본을 출자한 청구법인을 공동으로 운영하기로 합의함에 따라 2016.12.23. 주주협약서를 체결하였고, 해당 협약서의 주요내용은 다음과 같다.

○○○



(나) 청구법인과 A은 위의 주주협약서 제40조에 따라 2021.5.31. 인력 파견 지원 협약을 체결하였다.

○○○



(다) A은 2025.1.6. 청구법인에게 2024년도 파견직원 용역비를 다음과 같이 청구하였고, 아래 ＜표2＞와 같이 회계처리한 것으로 나타난다.

○○○



＜표2＞ A의 회계처리 내역

(단위 : 원)

○○○



(라) 청구법인은 2024년 제2기 부가가치세 신고시 쟁점금액을 부가가치세 과세대상인 인력파견용역에 대한 대가로 보아 매입세액 공제 대상에 포함하여 환급세액 OOO원을 신고하였으나, 처분청은 쟁점금액(OOO원)에 과소신고가산세(OOO원)를 더한 OOO원을 환급세액에서 감액하여 OOO원을 환급하였다.



(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점금액을 파견직원의 인건비로서 매입세액 불공제 대상으로 보았으나,



청구법인은 OOO 발전사업 공동개발을 위해 A 및 B이 출자하여 설립된 특수목적법인으로 A 및 B으로부터 대부분의 인력을 파견받아 해당 인력의 노하우 등을 바탕으로 업무를 수행하여야 하고, 실제 A의 파견직원들은 경영관리, 구매계약, 건설ㆍ토목 관련 시공관리, 시운전관리 등 청구법인의 사업 추진을 위한 업무를 수행한 것으로 보이는 점,



청구법인과 A이 체결한 인력 파견 지원 협약서상 A에 대한 별도의 용역대가가 명시적으로 규정되어 있지 않다고 하더라도, A은 청구법인에게 파견직원들의 인건비 외에 별도의 마진을 청구하고, 청구법인으로부터 이를 수령하여 잡이익으로 회계처리하였는바, A은 실제 부가가치가 창출되는 파견용역을 제공한 것으로 보이는 점,



쟁점심판례의 경우 계열사간 인력 교류 활성화를 통해 그룹사간 협력체제와 조직역량을 강화하고 그룹의 인재 육성을 위해 직원파견이 이루어졌을 뿐 영리 목적이 없으며, 별도의 용역대가를 수수하지도 않았다는 점에서 이 건과 사실관계가 유사하다고 보기 어려운 점,



청구법인은 A뿐만 아니라 B으로부터도 주주간협약을 근거로 직원을 파견받고 있는바, 처분청은 청구법인이 B에게 지급한 인력파견 대가에 대해서는 매입세액을 불공제하지 아니한 점 등에 비추어,



처분청이 쟁점금액을 인력파견용역에 대한 대가가 아닌 파견직원의 인건비로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.