종로세무서장이 2025.4.21. 청구인에게 한 2021년 귀속 양도소득세 OOO원에 대한 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요



가. 청구인은 2021.3.18. OOO(이하  "종전주택”이라 한다)을 양도하고 2021.5.26. 1세대1주택 비과세로 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.



나. 처분청은 2020.12.28. 청구인이 OOO(이하  "쟁점신규주택”이라 한다)를 취득하였음에도 쟁점신규주택에 2년 이내에 입주하지 않아, 종전주택의 양도는 「소득세법 시행령」제155조 제1항의 1세대1주택 비과세 요건을 충족하지 못하였다 하여, 2025.4.21. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.



다. 청구인은 이에 불복하여 2025.6.15. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구인 주장



(1) 청구인은 2003.8.25. 종전주택을 취득하여 17년 이상 보유 및 거주하다가, 2020.12.10. 쟁점신규주택을 취득하기로 계약을 하면서 계약서상 잔금일이 2021.5.14.이었으나, 쟁점신규주택의 매도인인 OOO가 2018.12.28.부터 2022.12.27.까지의 기간으로 체결한 임대차계약이 있어서 청구인이 이를 승계하기로 하고 매수하게 되었다.



또한, 종전주택은 2020.12.14. 양도계약을 체결하면서 당초 잔금예정일은 2021.3.31.로 하였고, 이처럼 청구인은 종전주택을 처분하고 쟁점신규주택을 취득하는 계약을 비슷한 시기에 각각 체결하였으나, 쟁점신규주택에는 기존 임대차계약이 있어 쟁점신규주택으로 입주할 때까지 임시로 거주할 주택이 필요하여 OOO(이하  "쟁점임차주택”이라 한다)를 임차하게 되었던 것이며, 이를 정리하면 아래 ＜표1＞과 같다.



＜표1＞ 종전주택 및 쟁점신규주택 등



(2) 청구인이 취득한 쟁점신규주택은 2008년 신축 이후 14년 이상 임대목적으로 사용되면서 장기간 수리를 한 적이 없었던 주택으로 청구인이 쟁점신규주택을 입주하면서 전면적인 내부 수리가 필요하였던 것이고, 승계한 임대차계약이 2022.12.27.로 만료되자마자 곧바로 인테리어공사를 하기 위하여 청구인은 2022.12.21. 쟁점신규주택의 생활지원센터장에게 인테리어공사 신청서를 작성하여 제출하였으며, 청구인의 가족사항과 쟁점신규주택으로의 입주일을 2022.12.27.로 기재한 입주자 명부도 2023.1.2.로 작성해서 제출하였고, 2023년 1월분부터 쟁점신규주택의 아파트 관리비도 정상적으로 납부하였다.



청구인은 쟁점신규주택을 취득한 후 1년 이내의 기간에 종전주택을 양도하였고, 쟁점신규주택을 취득하면서 승계한 기존 임차인의 임대차계약의 종료일이 쟁점신규주택의 취득일부터 2년 내에 도래하였기 때문에 승계된 임차인이 퇴거(2022.12.27.)하자마자 바로 주민등록법상의 전입신고를 하여 형식상 1세대1주택 비과세 특례 요건을 충족할 수 있었음에도 불구하고, 부득이 쟁점신규주택에 대한 인테리어 공사 종료 후에 전입신고를 함으로써 형식적인 절차가 지연된 것에 불과하고, 이는 공사내용이나 주거이전 등의 현실을 감안할 때 사회통념상 일시적이고 불가피한 사정이 있는 경우에 해당한다 할 것이다.



(3) 청구인은 쟁점신규주택을 취득하면서 승계한 임대차계약 외 신규 임대차계약을 맺은 사실이 없고, 쟁점신규주택 이외에는 새로 취득하거나 보유하고 있는 주택도 없는바, 청구인은 종전주택을 처분한 후 실수요 목적으로 쟁점신규주택을 취득하여 현재까지도 1세대1주택을 유지하면서 거주하고 있는 등 부동산을 통한 투기의 목적이 전혀 없었다는 점이 명백하고, 일반적인 경우처럼 거주이전을 위한 이사를 하면서 내부수리를 하느라 형식적인 전입신고가 늦어진 것에 불과하기 때문에, 공사신고서와 입주자 명부를 제출한 것을 쟁점신규주택에 대한 실질적인 전입으로 보아 1세대1주택 양도소득세 비과세 특례 요건을 판단해야 할 것이다(조심 2023서6773, 2023.9.13., 같은 뜻임).



또한, 청구인은 쟁점신규주택의 기존 임대차계약이 끝날 때까지 거주할 목적으로 2021.1.11. 쟁점임차주택을 임차하면서 보증금 OOO원에 월세 OOO원으로 임대차계약을 하였고, 일반적인 주택임대차계약 관행에 따라 임대차계약기간을 2021.2.20.부터 2년간으로 하여 만기일을 2023.2.19.로 하였는바, 2022.12.27. 쟁점신규주택으로의 전입신고를 하지 못한 사유는 쟁점임차주택에서 퇴거신고를 할 경우 임차주택 임대인의 사정으로 인해 보증금을 제때에 돌려받지 못하게 되었을 때 전세보증금에 대한 우선변제권이 사라질 수 있다는 불안감 때문이기도 하였으므로, 이러한 불가피한 사정을 감안하여 종전주택의 양도를 1세대1주택 비과세로 보아야 할 것이다(조심 2024인452, 2024.8.13., 같은 뜻임)



(4) 청구인은 결혼 후 20년 이상을 연세대학교 등에서 교수로 재직하면서, 종전주택을 2003.8.25. 결혼 후 첫 주택으로 취득하여 보유 및 거주하다가 처분할 때까지 17년 이상 1세대1주택인 상태를 유지하다가 2020년에 쟁점신규주택을 취득하기로 하면서 결혼 후 처음으로 주거이전을 하게 되었고, 1세대1주택의 양도로 인해 발생하는 소득에 대하여 소득세를 부과하지 않는 취지는, 주택은 국민의 주거생활의 기초가 되는 것이므로 1세대가 국내에 소유하는 1개의 주택을 양도하는 것이 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 일시적으로 거주하거나 소유하다가 양도하는 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우에는 그 양도소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니함으로써 국민의 주거생활의 안정 및 거주이전의 자유를 세법이 보장하여 주려는 데에 있다고 판시하고 있다(헌재 OOO, 1997.2.20.).



또한, 이 건에 적용되고 있는 「소득세법 시행령」제155조 제1항 관련하여 기획재정부가 2020.1.6. 발표한 ‘2019년 세법개정 후속 시행령 개정자료’에서 실수요 중심 주택 구입 유도 및 투기 수요 억제를 개정 사유로 들고 있고, 동 규정은 2022.5.31. 다시 개정되어 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득하는 경우에는 신규 주택을 취득한 날부터 2년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우로 변경되었으며, 2023.2.28. 재개정되어 종전 주택이 소재하는 지역에 관계 없이 신규 주택 취득일로부터 3년 이내에 종전 주택을 양도하면 종전 주택에 대한 양도세 비과세혜택을 부여하는 것으로 바뀌었다.



사정이 이러함에도 청구인의 종전주택에 대한 양도소득에 대하여 1세대1주택 비과세혜택을 박탈한다면 국민의 주거생활 안정 및 거주이전의 자유를 보장하지 않는 결과를 초래하게 될 것이고, 주택가격 안정이라는 명목하에 납세자가 일반적으로 예측할 수 없을 정도의 조건을 1세대1주택 비과세 요건으로 하는 등 부동산정책에 대한 실패로 인한 부담을 국민에게 떠넘기는 격이라 할 것이므로, 이 건은 실질적인 1세대1주택으로 인한 양도소득세 비과세 요건을 충족한 것으로 보아야 할 것이다.



나. 처분청 의견



(1) 「소득세법 시행령」제155조 제1항 제2호에 따르면, 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규주택을 취득하는 경우에는 신규주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사하고 전입신고를 마친 경우에 1세대1주택 비과세를 적용하는 것이나, 다만, 신규주택의 취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있으면 그 임대차 기간이 끝나는 날이 신규주택의 취득일부터 1년 후인 경우에는 전 소유자와 임차인 간의 임대차계약 종료일까지로 하되, 신규주택의 취득일부터 최대 2년을 한도로 하여 1세대1주택으로 보아 같은 법 제154조 제1항(1세대1주택 비과세)을 적용한다고 규정하고 있다.


청구인은 내부인테리어 공사 등의 진행에 따라 쟁점신규주택에 전입이 늦어졌을 뿐 사실상 전입요건을 충족하였다고 주장하나, 「소득세법 시행령」제155조 제1항 제2호 가목의  "주민등록법 제16조에 따라 전입신고를 마친 경우”라 함은 주민등록법 제6조 및 제16조 등 관련 규정에 따른 전입신고를 의미하는 것이라고 해석하고 있는바, 청구인은 신규주택을 취득한 2020.12.28.부터 법에 정한 전입신고 기간인 최대 2년(2022.12.27.)이 경과한 2023.2.23. 전입 및 이사한 사실이 확인되므로, 종전주택 양도가 「소득세법 시행령」제155조 제1항에 따른 비과세 대상에 해당하지 않는다.



(2) 「소득세법」은 원칙적으로 모든 양도소득에 대하여 과세하면서(제4조 제1항 제3호) 예외적으로 정한 일부 양도소득에 한하여 비과세로 정하고 있고(제89조) 일시적 2주택자에 대한 1세대1주택 비과세 특례에 관한 시행령 조항은 명백한 특혜규정이므로 조세 공평의 원칙에 부합하도록 그 요건을 엄격하게 해석하여야 할 것이다.



쟁점신규주택의 취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있는 것이 임대차계약서 등 증명서류에 의해 확인되고, 그 임대차기간의 끝나는 날이 쟁점신규주택의 취득일부터 1년 후인 경우에는 전 소유자와 임차인간의 임대차계약 종료일까지로 하되, 신규주택의 취득일부터 최대 2년을 한도로 하여 신규주택으로 세대원 전원이 이사하고 전입신고를 마쳐야 함에도, 청구인은 쟁점신규주택을 취득한 2020.12.28.부터 최대 전입기한 2년이 경과한 2023.2.23. 전입신고를 한 사실이 있으며, 청구인은 쟁점신규주택 취득시 관계 법령을 알고 있었던 것으로 얼마든지 임차인과 협의하여 미리 퇴거 조치를 할 수도 있었을 것이며, 청구인은 리모델링 공사와 잠시 거주하는 임차계약금(보증금 OOO원) 보전 때문에 전입신고가 지연되었다고 주장하나, 「소득세법 시행령」제155조 제1항 조항에는 달리 예외 사유도 규정하고 있지 않으며, 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 학교 폭력 그밖의 부득이한 사유로 세대 구성원 중 일부가 이사를 하지 못하는 경우에 적용될 뿐이다.



(3) 청구인은 쟁점신규주택에 전입신고가 시행령 조항에서 정한 기간보다 2개월 정도 늦었다는 사유만으로 1세대1주택 비과세 특례를 적용받지 못한 것이 법령의 입법 취지에 반한다고 주장하나, 「소득세법 시행령」제155조 제1항은 1세대1주택 비과세 요건을 강화하고, 그 혜택의 범위를 축소하기 위한 것인데 그 규정에서 정한 기한을 도과하여 쟁점신규주택에 전입신고한 청구인에게 1세대1주택 비과세를 적용하는 것은 그 취지에 부합한다고 보기 어려우며, 청구인이 제시한 아래 ＜표2＞의 심판결정례는 위 조항에 따른 법에서 정한 전입 최대 기간인 신규주택 취득일로부터 모두 2년 내 전입한 사건이나 청구인은 신규주택 취득일로부터 2년이 경과 한 후에 전입한 것으로 이 건의 사실 관계와 다르다 할 것이다.



＜표2＞ 청구인이 제시한 심판례

ㅇㅇㅇ



또한, 「소득세법 시행령」제155조 제1항은 1세대1주택 비과세 요건을 강화하고 그 혜택의 범위를 축소하기 위함인데, 청구인의 주장과 같이 신규주택 취득일부터 최대 2년 내에 종전 주택을 양도하고 아무런 기한 제한 없이 신규주택으로 전입만 하면 비과세가 가능하다는 내용이 아닐 것(OOO)이며, 신규주택 취득 후 특별한 사정이 있으면 5년 후, 10년 후 언제든지 전입만 하면 비과세가 가능하다는 결론이 될 것이다.



청구인이 제시한 아래 심판례의 경우 개인적인 사정이 있었지만 모두 법에 정한 신규주택의 취득일부터 최대 2년 한도로 전입 및 이사를 하였던 것이므로, 특별한 사정만 있으면 아무런 기한 제한 없이 전입한 하면 비과세가 가능하다고 청구주장은 받아들이기 어렵다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



청구인이 쟁점신규주택을 취득한 후 전입요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 종전주택의 양도에 대하여 1세대1주택 비과세 특례를 부인하여 과세한 처분의 당부



나. 관련 법령



(1) 소득세법



제89조[비과세 양도소득] ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 " 양도소득세" 라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 " 주택부수토지" 라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택



(2) 소득세법 시행령



제154조[1세대1주택의 범위] ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 " 대통령령으로 정하는 요건" 이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 " 조정대상지역" 이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.(후단 생략)



제155조[1세대1주택의 특례] ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 " 종전의 주택" 이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 " 신규 주택" 이라 한다)을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

2. 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증명서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다]하는 경우에는 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 경우. 다만, 신규 주택의 취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있는 것이 임대차계약서 등 명백한 증명서류에 의해 확인되고 그 임대차기간이 끝나는 날이 신규 주택의 취득일부터 1년 후인 경우에는 다음 각 목의 기간을 전 소유자와 임차인간의 임대차계약 종료일까지로 하되, 신규 주택의 취득일부터 최대 2년을 한도로 하고, 신규 주택 취득일 이후 갱신한 임대차계약은 인정하지 않는다.

가. 신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하고 「주민등록법」제16조에 따라 전입신고를 마친 경우

나. 신규 주택의 취득일부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구인은 2003.8.25. 종전주택을 취득한 후 2020.12.28. 조정지역내 쟁점신규주택을 취득하고, 승계한 신규주택 임차인의 임차기간 만료(2022.12.27.)한 이후인 2023.2.23. 쟁점신규주택으로 전입 및 이사를 하였으며, 청구인의 주민등록표상의 주소지는 아래 ＜표3＞과 같다.



＜표3＞ 청구인의 주민등록표상의 주소지




(2) 청구인은 쟁점신규주택의 입주준비를 위한 리모델링 공사신청서를 아래와 같이 2022.12.21.에 작성하였고, 입주자 명부도 2022.12.27.에 입주하는 것으로 하여 작성하였으며, 승계된 임차인이 2022.12.27. 퇴거하고부터도 곧바로 쟁점신규주택 관리비를 납부하였는바, 청구인의 쟁점신규주택의 실제 전입일(입주일)은 2022.12.27.로 보아야 한다고 주장한다.



＜인테리어 공사 신청서 및 각서＞

ㅇㅇㅇ



＜입주자 명부＞

ㅇㅇㅇ



(3) 신규(대체)주택으로의 전입요건을 규정한 「소득세법 시행령」 제155조 제1항과 관련한 정부 발표자료(부처 합동 주택시장 안정화 방안 2019.12.16., 2019년 세법 후속 시행령 개정 2020.1.6.)를 보면, 주택시장 안정화를 위해 일시적 2주택자의 양도소득세 비과세를 적용함에 있어 신규(대체)주택 취득에 대한 전입요건 신설 및 종전주택 양도기간 단축을 규정한 것으로 보이는바, 발표자료 세부 내용은 아래와 같이 확인된다.



＜주택시장 안정화 방안(관계부처 합동, 2019.12.16.) 발표자료＞

(2) 실수요자 중심의 양도소득세 제도 보완



③ 조정대상지역 일시적 2주택자 전입요건 추가 및 중복보유 허용기한 단축



□ (현행) 조정대상지역 內 일시적 2주택자는 신규 주택 취득일부터 2년 이내 기존 주택 양도 시 1주택으로 보아 비과세 혜택



* 일반지역인 경우 일시적 2주택자 요건은 3년 이내 양도



□(개선) 신규 주택 취득일부터 1년 이내에 해당 주택으로 전입하고, 1년 이내에 기존 주택을 양도하는 경우에 한해 비과세 혜택



* 단, 신규 주택에 기존 임차인이 있는 경우 전입의무기간을 임대차계약 종료 시(최대 2년)까지 연장



□ (적용시기) 12.17일(대책 발표일 다음날)부터 새로 취득하는 주택에 적용





＜2019년 세법 후속 시행령 개정 내용 보도자료＞

□ 조정대상지역 내 일시적 2주택 양도소득세 비과세 요건 강화(소득령 §155①)



※ 「주택시장 안정화 방안」기 발표내용(’19.12.16)



＜개정이유＞ 실수요 중심 주택 구입 유도 및 투기 수요 억제



＜적용시기＞ ’19.12.17. 이후 조정대상지역내 종전주택이 있는 상태에서 조정대상지역내 주택을 취득하는 분부터 적용



＜경과조치＞ 다음의 경우에는 종전규정 적용

(i) ’19.12.16. 이전 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리(분양권, 조합원입주권)를 취득한 경우

(ii) ’19.12.16. 이전 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리를 취득하기 위한 매매계약 체결+계약금 지급한 경우





또한, 위 「소득세법 시행령」 제155조 제1항은 2022.5.31. 대통령령 제32654호로 개정시 신규(대체)주택으로의 전입요건을 삭제한 것으로 확인된바, 재개정이유서에는  "비과세 요건을 완화하여 납세자 편의를 도모함”으로 기재되어 있다.



(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 종전주택의 양도를 1세대1주택 비과세 특례 적용대상으로 볼 수 없다는 의견이나, 청구인은 쟁점신규주택을 2020.12.28. 취득하였으나 승계된 임차인이 있었고, 승계된 임차 만료일은 2022.12.27.로, 청구인은 임차인의 퇴거 후 곧바로 이사 및 전입할 수 있었을 것이나 쟁점신규주택은 14년 간에 거쳐 장기간 임대되었던 주택으로 인테리어 공사가 필요하였던 것으로 보이는 점, 청구인은 2022.12.21. 쟁점신규주택 생활지원센터장에게 인테리어 공사신청서를 작성하여 제출하였고, 입주일을 2022.12.27.로 기재하여 입주자 명부도 작성하여 제출하는 등 사실상 2022.12.27.부터 쟁점신규주택에 전입하였다고 볼 수 있는 점(조심 2023서7545, 2023.12.13., 같은 뜻임), 청구인은 쟁점신규주택의 기존 임대차계약이 끝날때까지 거주할 목적으로 2021.1.11. 쟁점임차주택을 보증금 OOO원에 월세 OOO원으로 임차를 하였고, 2022.12.27. 쟁점신규주택의 임차인이 퇴거하자 청구인이 전입신고를 할 경우 쟁점임차주택의 임차기간이 만료되지 않은 상태에서 보증금 OOO원의 우선변제권을 포기하여야 하는 상황이 되어 현실적으로 쟁점신규주택으로 주민등록의 전입을 기대하기 어려운 점, 「소득세법 시행령」제155조 제1항에서 전입요건을 둔 것은 실거주하지 아니하고 투기목적으로 주택을 구입할 경우 1세대1주택 특례규정을 배제하기 위한 주택 정책에 따른 것이고, 청구인은 종전주택을 취득하여 17년 이상 보유 및 거주하다가 쟁점신규주택을 취득하였으며, 쟁점신규주택의 인테리어 공사가 끝나자 곧바로 이사 및 전입신고를 한 사실로 보아 투기적 목적이 아닌 실거주 목적에서 쟁점신규주택을 취득한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.