경기도 화성시장(동탄출장소장) 및 충청남도 천안시장(서북구청장)이 2025.4.10. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 2015.11.23. AAA 주식회사(구 주식회사 OOO, 이하  "쟁점법인”이라 한다)의 지분 99.76%를 취득한 후, 2015.12.21. 처분청들에 쟁점법인의 취득세 과세대상 물건의 장부가액에 「지방세법」제15조 제2항을 적용하여 산출한 과점주주 간주취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였고, 2016.5.31. 쟁점법인의 잔여지분 0.24%를 추가로 취득한 후, 2016.7.22. 처분청들에 과세표준액 OOO원에 대하여 「지방세법」 제15조 제2항을 적용하여 산출한 과점주주 간주취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.



나. 청구법인은 2024.10.1. 쟁점법인을 합병함에 따라 아래 ＜표1＞의 부동산(이하  "쟁점부동산”이라 한다)을 취득한 것으로 보아 2024.11.8. 처분청들에 「지방세법」제15조 제1항 제3호의 세율 및「지방세특례제한법」제57조의2 제1항을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.



＜표1＞ 청구법인이 쟁점법인 합병시 신고ㆍ납부한 취득세 등 세부내용

○ ○ ○



다. 이후 청구법인은 2025.2.26. 처분청들에게 쟁점부동산에 대해 취득세 등을 이중으로 신고ㆍ납부하였으므로 합병에 따른 취득세 등의 일부를 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청들은 2025.4.10. 이를 거부하였다.



라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.22. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청들 의견



가. 청구법인 주장



(1) 「지방세법」제7조 제5항에 의하면, ‘법인의 주식을 취득하여 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다’라고 하여, 과점주주 지위의 취득을 당해 법인의 취득세 과세대상 자체에 대한 취득으로 법률상 의제(대법원 1994.5.24. 선고 92누11138 참조)하고 있어, 해당 법인의 과점주주는 그 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리운용 할 수 있는 지위를 갖게 되어 실질적으로 그 재산 자체를 직접 소유하는 것이나 다름없게 되는 것이다.



즉, 취득세 과세대상의 형식적 명의자는 당해 법인일지라도 그 실질적인 사용ㆍ수익ㆍ처분권은 과점주주에게 귀속되기 때문에 ‘과점주주 지위의 취득’과 ‘당해 법인의 취득세 과세대상 자체에 대한 취득’은 「지방세법」상 동일한 것으로 의제되는 것이다.



특히, 이 건처럼 회사가 피합병법인 쟁점법인의 지분을 100%를 보유하는 과점주주인 경우라면, ‘과점주주 지위의 취득’과 ‘당해 법인의 취득세 과세대상 자체에 대한 취득’을 「지방세법」상 동일하게 취급하여야 할 당위성에 의문의 여지가 없는 것이다.



(2) 처분청은 과점주주 간주취득세는 등기ㆍ등록을 수반하지 않는 취득으로 특례세율(「지방세법」 제15조 제2항 제3호)을 적용하여 등기ㆍ등록에 따른 구 등록세분을 제외하고 구 취득세 분에 해당하는 세율 2%만 적용하였고, 적격합병으로 취득하는 재산은 실질적인 이전이 아니므로 특례세율(「지방세법」 제15조 제1항 제3호)을 적용하여 구 「지방세법」의 취득세에 해당하는 2%를 제외한 구 등록세분에 해당하는 세율 1.5%만 적용하였기에, 이중과세가 아니라는 의견이다.



과점주주 간주취득세는 구 「지방세법」에 따른 취득세를 납부한 것이고, 합병에 의한 취득세는 구 「지방세법」에 따른 등록세를 납부한 것으로 이중과세에 해당하지 않는다는 의견은, 납세의무 성립 당시의 법령을 적용하여야 한다는 조세법률주의에 정면으로 반하는 것이다.



과거 「지방세법」 개정 당시 기존의 취득세와 등록세를 취득세로 통ㆍ 폐합한 개정규정은 2011.1.1. 이후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용하는 것으로서(2010.3.31 개정 「지방세법」 부칙 제1조, 제2조, 제6조), 회사의 과점주주 취득 및 합병 취득은 모두 2011.1.1. 이후 발생하였으므로 개정 전 규정을 적용하는 것은 타당하지 아니한다.



또한 「지방세법」은 부동산 등을  "취득”한 자를 취득세 납세의무자로 규정하고 있고, 이 때  "취득”이란 일반적으로 소유권 이전 등기 ㆍ 등록 등 완전한 내용의 소유권을 취득하는지 여부에 관계없이 사실상의 취득 행위 그 자체를 말하고(「지방세법」 제6조 제1호), 법인의 지분을 취득하여 과점주주가 된 경우에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을  "취득”의 범위에 포함하는 것으로 보는 간주 취득 규정(「지방세법」 제7조 제5항)을 두고 있다.



그렇다면 간주취득세를 납부한 뒤 과점주주로서의 지위에서 동일 물건에 대하여 취득세를 재차 부담하게 된 경우 이는 이중과세에 해당하고, 따라서 동일 물건에 대해 동일 납세의무자가 과거 납부한 간주취득세는 합병에 따라 재차 납부하게 되는 취득세의 기납부세액으로 차감되어야 한다.



즉, 취득세와 등록세가 이미 통합되어 취득을 원인으로 하는 경우 취득세만 부과하는 것으로 법령이 개정된 이상 현행 법령 체계하에서는 등록세 성격의 취득세만 별도로 보고 과세할 수 없는 개념이며, 이와 관련하여 다수의 조세심판원(조심 2021지2347, 2022.10.6., 조심2019지3829, 2023.10.19. 외 다수)에서도 현행 법령 체계하에서 이중과세에 해당한다고 판단하고 있다.



나. 처분청 의견



(1) 과점주주 취득세와 합병으로 인한 취득세는 과세요건이 다르다.



(가) 「지방세법」 제7조 제5항에서는, (i) 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 (ii) 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있다.



이러한 과점주주 취득세는 납세자가 법인의 재산을 직접 취득한 것이 아니라, 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 경우에도 재산을 직접 취득한 것으로 보는 의제 규정에 해당한다. 이러한 과점주주 취득세 규정에 대하여 납세자는 재산권 등을 침해하는 것이라며 여러 차례 헌법재판소에 헌법소원이 제기하였으나, 헌법재판소는 매번 합헌 결정을 하였다(헌재 2018.12.27. 2017헌바402 등).



헌법재판소는, 비상장법인의 과점주주가 될 경우 당해 법인의 자산에 대한 관리ㆍ처분권을 취득하게 되므로 실질적으로 당해 법인의 자산을 취득한 것이나 다름없으므로 공평과세 및 실질과세원칙상 취득세 부과는 목적의 정당성, 방법의 적절성, 침해의 최소성, 법익의 균형성에 위배되지 않는바, 납세자의 재산권 등 기본권을 침해하는 조항이 아니라고 판단하였다.



결론적으로 살펴보면 과점주주 취득세는 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 납세자에 대하여, 실제 법인의 재산을 취득하지 않았지만 재산을 임의처분하거나 관리ㆍ운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 재산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과하는 규정이다.



(나) 합병이란 2개 이상의 회사가 상법의 규정에 따라 청산절차를 거치지 아니하고 하나의 회사가 되는 것을 말한다. 회사의 합병은 합병 후 존속하는 회사 또는 합병으로 인하여 설립되는 회사가 그 본점소재지에서 합병등기를 함으로써 그 효력이 발생한다(「상법」제234조). 합병 후 존속한 회사 또는 합병으로 인하여 설립된 회사는 합병으로 인하여 소멸된 회사의 권리의무를 승계한다(「상법」 제235조).



상법상 합병절차에 의하여 합병등기가 이루어진 경우 존속법인 또는 신설법인이 소멸법인의 재산을 현실적으로 양도받고, 그 재산에 대해 완전한 소유권을 취득하기 때문에 이에 대해 취득세를 과세하는 것이라 할 수 있다.



(다) 위에서 살펴본 바와 같이, 과점주주 취득세와 법인의 합병으로 인한 취득세는 과세를 하는 원인이 다르기 때문에 과세요건을 달리한다. 과점주주 취득세는 과점주주가 법인의 재산에 대해 관리ㆍ처분권을 행사할 수 있는 지위에 있음에 착안하여 재산의 주식 비율만큼 취득을 의제하여 과세하는 것이라면, 합병으로 인한 취득세는 존속법인 또는 신설법인이 상법상 합병이라는 절차를 통해 소멸법인으로부터 자산양도를 받아 그 재산의 완전한 소유권을 취득하므로 그 자산의 양도에 대해 취득세를 과세하는 것이다.



취득세는 재산의 이전이라는 사실 자체에 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 세금을 부과하는 유통세로서 재산의 이전이라는 사실 자체가 발생하는 횟수에 따라 반복적으로 발생 가능한 것이다(헌재 2005.2.6. 2004헌바27, 2008.4.24. 2006헌바107 등). 따라서 과점주주 취득세 부과와 법인의 합병으로 인한 취득세 부과는 별개의 새로운 과세사실에 대해 취득세를 부과하는 것이기 때문에 이중과세 금지 원칙에 반하지 않는다.



고등법원(대전고등법원 2006.6.22. 선고 2005누1648 판결, 참조)은 취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로 취득자가 재화를 사용ㆍ수익ㆍ처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가 여부에 관계없이 세법이 정한 취득행위 자체를 과세객체로 하므로(대법원 2004.12.24. 선고 2003두7453 판결 등 참조), 과세요건으로서의 취득행위가 인정되는 한 납세의무는 성립한다는 전제하에, 원고가 소외 회사의 주식을 인수하여 소외 회사의 과점주주가 된 이상 원고는 「지방세법」 제105조 제6항의 규정에 의하여 과점주주가 된 때에 소외 회사의 자산인 이 사건 부동산을 취득한 것으로 간주되고, 원고가 소외 회사를 합병함으로써 소외 회사의 부동산을 포괄적으로 승계하여 법적으로나 실질적으로 그 부동산에 관한 완전한 소유권을 취득하는데, 이 경우에 있어 전자의 취득간주행위와 후자의 취득행위는 취득세의 과세객체로서 독립적인 취득행위로서의 성질을 가지며, 「지방세법」 제110조 제4호가 ‘법인의 합병으로 인한 부동산의 취득’을 취득세 비과세대상으로 규정하고 있다 하더라도, 이 규정에 의하여 소외 회사의 합병으로 인한 부동산의 취득이 비과세대상이 될 뿐 합병 이전에 「지방세법」 제105조 제6항의 규정에 의하여 부동산의 취득간주행위가 충족됨으로써 성립된 취득세 납세의무에 영향을 주는 것은 아니라고 판시하였다.



(2) 과점주주 취득세와 합병으로 인한 취득세는 세율을 달리한다.



과점주주에 대한 취득세는 등기를 하지 않는 취득으로서「지방세법」제15조 제2항 제3호에 따른 세율의 특례를 적용하여 중과 기준세율(舊 취득세분) 1천분의 20을 적용하고 있다. 그러나 합병에 대한 취득세는「지방세법」제15조 제1항 제7호에 해당하는 세율의 특례를 적용하여 유상승계취득 세율에서 중과기준세율을 뺀 나머지(舊 등록세분) 세율을 적용한다. 즉, 과점주주 취득세는 취득분, 합병 취득세는 등록분에 해당하기 때문에 세율의 적용 부분에 있어서도 중복되지 않는다.



위와 같은 사실들을 종합하여 보았을 때, 과점주주에 의한 간주취득과 합병에 의한 자산취득은 과세요건, 세율이 다른 별개의 취득행위로써 각각의 납세의무가 성립하는바, 청구법인이 과점주주가 되어 취득세를 신고ㆍ납부한 후 청구법인이 쟁점법인을 적격합병하여 부동산 취득세를 신고ㆍ납부한 것은 이중과세에 해당한다고 볼 수 없으므로 이 건 처분은 적법하다.




3. 심리 및 판단



가. 쟁점



쟁점법인의 주식 100%를 취득함으로써 쟁점법인 소유의 부동산에 대하여 간주취득세를 신고ㆍ납부한 청구법인이 쟁점법인을 합병함에 따라 쟁점법인 소유 부동산을 실제 취득하게 되는 경우 취득세 납세의무가 존재하는지 여부



나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.



(가) 청구법인은 2015.11.23. 쟁점법인의 지분 99.76%를 취득하여 2015.12.21. 「지방세법」제15조 제2항에 따라 과점주주 간주취득세 등 합계 OOO원을 경기도 화성시장(통탄출장소장)에, 충청남도 천안시장(서북구청장)에 합계 OOO원을 각 신고ㆍ납부하였다.



(나) 청구법인은 2016.5.31. 쟁점법인의 잔여 지분 0.24%를 추가 취득(최종 지분율 99.76%→100%)하여 2016.7.22.「지방세법」제15조 제2항에 따라 과점주주 간주취득세 등 합계 OOO원을 경기도 화성시장(통탄출장소장)에, 충청남도 천안시장(서북구청장)에 합계 OOO원을 각 신고ㆍ납부하였다.



(다) 청구법인은 2024.10.1. 쟁점법인을 흡수합병하였고 이를 원인으로 2024.11.8. 「지방세법」제15조 제1항 및 「지방세특례제한법」제57조의2 제1항을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 경기도 화성시장(통탄출장소장)에, 충청남도 천안시장(서북구청장)에 합계 OOO원을 각 신고ㆍ납부하였다.



(라) 청구법인은 2025.2.26. 동일한 부동산에 대해 취득세 등을 이중 납부한 것으로 보아 합병에 따른 취득세 등의 일부인 합계 OOO원을 경기도 화성시장(통탄출장소장)에, 충청남도 천안시장(서북구청장)에게 합계 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2025.4.10. 이를 거부하였다.



(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점법인의 주식 취득에 따른 간주취득과 쟁점법인 합병에 따른 쟁점부동산의 실제 취득은 그 성질이 같지 아니하므로, 별개의 취득세 과세대상이라는 의견이다.



그러나, 「지방세법」 제7조 제5항에서  "법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 본다”고 규정하고 있으므로, 청구법인은 2015.11.23., 2016.5.31. 쟁점법인의 발행주식을 취득하여 과점주주가 됨과 동시에 「지방세법」상 쟁점법인이 소유하고 있는 부동산 등을 취득한 것으로 간주된다고 할 것이다.



따라서, 청구법인이 2024.10.1. 쟁점법인을 합병함으로써 ‘민사법적’ 의미에서 실제 쟁점부동산(OOO 토지 및 건물, OOO 토지 및 건물, OOO 토지 및 건물)에 대한 소유권을 취득하게 된다고 하더라도, 「지방세법」상 청구법인이 이미 취득하여 소유하고 있는 것으로 간주된 쟁점부동산을 2024.10.1. 다시 취득한 것으로 볼 수는 없다고 봄이 타당하다.



그런데, 「지방세법」제7조 제1항은 취득세는 부동산 등을 취득한 자에게 부과한다고 규정하고 있으므로, 청구법인과 같이 2024.10.1.「지방세법」상 쟁점부동산을 취득하였다고 볼 수 없는 경우에는 취득세 납세의무가 성립할 여지가 없다고 할 것이다.



위와 같은 지방세법령 규정의 내용들을 고려하면, 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자에 대한 간주 취득세는 실제 법인의 자산을 취득하지는 아니하였지만 임의처분하거나 관리 운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과하는 것이므로, 그럼에도 불구하고 과점주주가 그 법인의 자산 전부를 실제 취득하고 취득세를 납부하였다면, 그 중 과점주주가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81257 판결, 조심 2024지45, 2024.9.13. 등, 같은 뜻임).



따라서, 청구법인에게 2024.10.1. 쟁점부동산을 취득함에 따라 취득세 납세의무가 존재한다는 전제 하에 처분청이 청구법인에게 한 이 건 경정청구 거부처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.





4. 결 론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.







＜별지＞ 관련 법률



(1) 지방세법



제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주 중 대통령령으로 정하는 과점주주(이하  "과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다.



제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의2부터 제10조의6까지의 규정에 따른 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

2. 제1호 외의 무상취득 : 1천분의 35. 다만, 대통령령으로 정하는 비영리사업자의 취득은 1천분의 28로 한다.



제15조(세율의 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 하되, 제11조 제1항 제8호에 따른 주택의 취득에 대한 취득세는 해당 세율에 100분의 50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제2항에 해당하는 경우에는 이 항 각 호 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 세율의 100분의 300을 적용한다.

3. 「법인세법」 제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병 후에 제16조에 따른 과세물건에 해당하게 되는 경우 또는 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그러하지 아니하다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제1항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 300을, 같은 조 제5항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 500을 각각 적용한다.

3. 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득. 이 경우 과세표준은 제10조 제4항에 따른다.



(2) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것)



제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면) ① 「법인세법」 제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 사업용 재산을 2024년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 「지방세법」 제15조 제1항에 따라 산출한 취득세의 100분의 50(법인으로서 「중소기업기본법」에 따른 중소기업 간 합병 및 법인이 대통령령으로 정하는 기술혁신형사업법인과의 합병을 하는 경우에는 취득세의 100분의 60)을 경감하되, 해당 재산이 「지방세법」 제15조 제1항 제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다.

1. 「지방세법」 제13조 제1항에 따른 취득 재산에 대해서는 같은 조에 따른 중과기준세율(이하  "중과기준세율”이라 한다)의 100분의 300을 적용하여 산정한 금액

2. 「지방세법」 제13조 제5항에 따른 취득 재산에 대해서는 중과기준세율의 100분의 500을 적용하여 산정한 금액