1. 처분개요



가. 청구법인은 2009.6.4. OOO에서 ‘A’이라는 상호로 설립(2019.8.14. B로 상호변경, 2023.8.31. 폐업)되어 재생재료수집 및 판매업을 영위한 사업자이다.



나. 처분청은 2024.8.8.부터 2024.10.31.까지 청구법인에 대한 2016년 제1기부터 2019년 제2기까지 과세기간에 대한 부가가치세 세목별 조사(2024.9.30. 조세범칙조사로 전환)를 실시한 결과, 청구법인이 아래 ＜표1＞과 같이 위 과세기간 동안 주식회사 C(이하  "C”라 한다)에 실물 거래 없이 공급가액 합계 OOO원의 사실과 다른 세금계산서(이하  "쟁점매출세금계산서”라 한다)를 발급하고, 같은 기간 동안 OOO 외 2곳으로부터 실물 거래 없이 공급가액 합계 OOO원의 사실과 다른 세금계산서(이하  "쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취한 것으로 보아 2024.12.6., 2024.12.26., 2025.4.4. 아래 ＜표2＞와 같이 2016년 제1기부터 2019년 제2기까지 부가가치세 합계 OOO원 및 2016∼2019사업연도 법인세 합계 OOO원을 각 경정ㆍ고지하였다.



＜표1＞ 이 건 세금계산서 수수내역

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＜표2＞ 이 건 부가가치세 및 법인세 부과내역

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다. 또한 처분청은 청구법인이 2025.8.1. 현재 2016년 제1기부터 2019년 제2기까지 부가가치세 및 2016∼2019사업연도 법인세 등 합계 OOO원을 체납한데 대해, 2025.5.26. 청구인을 청구법인의 과점주주로 지정하고 청구법인의 2016년 제1기부터 2017년 제2기까지 부가가치세 체납세액 중 청구인의 출자지분(89.50%)에 해당하는 세액 합계 OOO원을 청구인에게 납부고지하였다.



라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.17., 2025.3.31., 및 2025.7.22. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) 청구법인과 세금계산서를 수수한 OOO, OOO, OOO, 주식회사 D은 거래명세서, 통장내역, 발주서, 견적서, 계약서, 운송내역 등을 통하여 조사대상 기간 전부터 거래를 지속해왔던 업체들이고, 이에 관하여 물품거래명세표를 발행하여 실물거래를 통해 각 세금계산서에 기재된 공급가액에 상당한 제품을 매입하거나 매출하였으므로 쟁점세금계산서는 모두 진정한 세금계산서이다.

청구법인이 제시한 증거서류(청구법인 공장사진, 매입거래 내역 및 사진 등)를 보면, 청구법인이 2016.6.2.부터 2020.1.9.까지 거래처들로부터 제품을 매입하면서 총 78회(공급대가 약 OOO 원)에 걸쳐 각 매입세금계산서를 수취한 것은 모두 실물거래에 근거한 것이라는 점이 입증되고, 청구법인은 2016.1.26.경부터 2019.12.9.경까지 OOO에 제품을 판매하면서 총 47회(공급대가 약 OOO원)에 걸쳐 각 매출세금계산서를 발급한 사실이 확인된다.



(가) A이 D, OOO을 실질적으로 지휘ㆍ통제한 것이라는 의견에 관하여, 청구법인의 대표 A은 D(OOO) 대표를 역임할 당시 외부업무를 실제로 담당한 B과 협력관계를 유지했을 뿐 적극적으로 관여하지 않았고, OOO에서도 조합장으로서 조합원들과 협의해 업무를 처리하다 조합장 변경 후에는 더 이상 관여하지 않았다.



청구법인, D, OOO은 OOO사무실과 공장을 공유하고 잉카비즈 협조로 OOO 사무실을 임차하는 등 공동 사업환경에서 협력해 왔고, A은 발주ㆍ송금ㆍ세금계산서 발행 등 필요 업무만을 지원하였으며, D이 구로로 이전한 이후에는 OOO에서 독립적으로 사업을 운영하였을 뿐 실질적 지휘ㆍ통제는 없었다.



(나) 동일한 랜카드와 CPU를 사용하여 세금계산서를 발급한 내역이 다수 존재한다는 의견에 관하여, 청구법인, D, OOO이 동일 랜카드나 CPU를 사용한 것은 허위세금계산서 발급 목적이 아니라 안양사무실ㆍ공장을 공동 사용한 업무 환경에서 자연스럽게 발생한 것이며, 실제로 서로 다른 부품 내역도 다수 존재한다. 청구법인과 D은 사무실을 공동 사용하며 임차료를 분담했고, OOO 역시 A, C을 중심으로 동일 공간에서 업무를 수행해 왔다. 잉카비즈의 사무실 임대 협조를 근거로 범죄일람표 수준의 대규모 허위거래가 이루어졌다고 보기에는 현실적ㆍ합리적 근거가 없다.



(다) 청구법인을 포함한 관련 업체들이 순환거래를 했다는 의견에 관하여, A은 물품대금이 입금되면 거래금액 전액을 지급한 것이 아니라 미수금 규모나 거래 활발도에 따라 각 거래처의 미수금을 우선적으로 부분 정산해 왔고, 거래처들 역시 이러한 사정을 알고 있어 입금 즉시 미수금 처리가 이루어진 것이다.



청구법인은 여러 업체와 장기간 상생하며 정상 거래를 지속해 왔고, 단기간 송금은 미수금 정산의 결과일 뿐 거래 자체가 단기간에 이루어진 것이 아님에도 불구하고 처분청은 세금계산서 총액이 몇 달간 비슷하다는 이유만으로 순환거래라는 의견이나, 제시된 내역은 매입ㆍ매출 금액과 거래 일시가 일치하지 않는 사례가 많아 순환거래로 볼 수 없다.



더구나 「조세범 처벌법」 제10조 제3항과 관련하여 세금계산서 각 거래별로 1죄가 성립하므로 각 세금계산서별 가공 증거가 있어야 하나, 순환거래가 성립하지 않는 이상 처분청의 가공거래 주장은 개별 증거가 없어 받아들일 수 없고, 순환거래 내지 가공거래를 판단함에 있어서 그 증거는 각 세금계산서에 대해서 존재하여야 하며, 과세기간이 6개월 내지 1년이라는 이유로 합계액이 비슷하다고 하여 순환거래 내지 가공거래라고 판단할 수는 없다.



(라) OOO의 대출을 위해 가공 순환거래를 했다는 의견에 관하여, 청구법인은 특허와 해외 수출입 등에 관한 대출을 받은 적이 있을 뿐, 그 외 매입ㆍ매출량을 이용하여 대출받은 내역은 없다. 처분청은 OOO와 청구법인의 차입금이 순환거래로 인해 증가했다고 주장하지만, 청구법인의 단기차입금은 2017년에 일시적으로 증가한 후 2018년에는 감소하였고 2019ㆍ2020년에도 급증한 사실이 없다.



청구법인은 무역보험공사 및 중소벤처기업진흥공단 등으로부터 벤처기업 등록과 특허기술을 근거로 대출을 받았을 뿐 매입ㆍ매출 규모를 이용한 대출을 받은 적이 없고, OOO의 차입금 급증 역시 순환거래 때문이 아니라 공장 설립을 위한 토지 매입 과정에서 발생한 것으로 알고 있는바, 구체적 조사 없이 재무제표상 수치의 단순 증가만으로 허위거래나 공모를 단정하는 것은 객관적 근거가 없어 받아들일 수 없다.



(마) 이 건 OOO과 OOO로부터의 매입거래와 관련하여 사업내용에 합성수지 원료 품목이 없고, 그렇기에 관련 세금계산서도 가공이라는 의견에 관하여, 청구법인은 주로 전자부품에 사용되는 합성수지류 필름 및 합성수지 원료를 거래하였고, 원료 거래의 경우 불용자재를 포함한 합성수지 원료를 배합ㆍ규격화ㆍ포장해 가공상품으로 만드는 과정에서 D, OOO, OOO 등이 상호 협력하였다. D은 재고정리품ㆍ불용자재 등을 저가로 매입해 OOO에 공급하였고, OOO는 섞여 있는 불용자재를 분류ㆍ세분화ㆍ배합ㆍ포장하여 새로운 가공상품으로 생산한 뒤 청구법인에 매출한 것으로, 이는 단순 용역이 아니라 실질적 가공생산에 해당한다.



(바) OOO와 D은 각 세무서 조사결과에 대하여 불복청구를 하지 않았다는 의견에 관하여, OOO는 회사 내 소송문제, 다른 세금 문제들이 겹쳐 처분청의 조사 대응에 어려움이 있었고, 결국 2023.7.6. 수원회생법원 OOO로 파산을 선고받았고, D(OOO) 역시 회사 운영의 어려움과 관련 소송문제로 인해 자포자기의 심정으로 불복청구를 하지 않은 것으로 알고 있다. 이처럼 OOO와 D이 불복청구를 하지 않았다고 하여 그 내용을 모두 인정한 것이라 볼 수는 없고, 위와 같은 경위로 불복청구를 하지 않은 것에 불과하다는 점을 고려하면 청구법인이 가공거래에 기초하여 세금계산서를 수취ㆍ발급하였다고 볼 수는 없다.



(2) 처분청은 OOO이 중고제품 취급업체에 불과하다고 보았으나, 실제로는 컴퓨터ㆍ모니터ㆍ휴대폰 관련 자재와 합성수지 원료를 취급하며, A이 청구법인과 협력해 키보드ㆍ마우스ㆍ헤드셋ㆍ모니터 등을 제조ㆍ판매ㆍ수출한 거래내역도 존재한다.



전 대표 C이 합성수지 원료 거래를 기억하지 못한다고 진술한 것은 그가 중고제품 업무만 담당하고 합성수지 원료 거래는 A이 담당했기 때문일 뿐 가공거래의 증거가 될 수 없고, 세금계산서에 ‘수지 외’라고 기재된 것은 여러 품목 거래 시 대표 품목만 기재하는 일반적 작성방식에 따른 것이므로 청구법인만 합성수지 원료가 기재되었다는 처분청 주장도 타당하지 않다.



더구나 합성수지 원료 거래는 Dㆍ청구법인ㆍOOOㆍOOO 간 협력관계에서 이루어진 것이므로, 타 거래처와 해당 거래가 없다는 이유만으로 이를 가공거래로 볼 수 없다.



(가) 처분청은 청구법인이 실물의 존재ㆍ이동을 입증할 자료를 제출하지 않았다고 하나, 청구법인은 범죄일람표 순번대로 모든 거래명세서ㆍ발주서ㆍ통장내역을 제출하였고, 자료 확보가 어려운 상황에서도 확인 가능한 사진까지 제출하여 계약, 발주, 공급, 대금결제에 이르는 정상적인 거래 절차가 실제로 이루어졌음을 입증하였다.



허위 세금계산서의 전형적 특징인 세금계산서만 존재하거나, 자금거래 없이 현금 인출ㆍ환급이 이루어지거나, 사업 수행 증거가 전혀 없는 경우와 달리, 청구법인은 자금 및 거래 흐름을 모두 서류로 확인시켰고 현금 환급 정황도 없으며, 건실한 사업 운영 사실 역시 이미 소명된 바 있으므로 실물거래 입증이 부족하다는 처분청의 의견은 부당하다.



(나) 처분청은 DㆍBㆍC의 진술들을 근거로 하여 청구법인이 가공거래를 하였다는 의견이나, OOO 대표 D, D(OOO) 대표 B, OOO 조합장 C은 모두 이 건 순환거래 기간 동안 각 책임자들이었는데도 처분청은 이에 대한 책임을 묻지 않고 일방적인 진술에 근거하여 청구법인 대표 A만을 집중적으로 조사하였다.



또한, 청구법인은 위 회사들과 모두 상생협력관계로서 그 거래가 이루어진 과정을 비롯하여 위 진술들의 의미에 대해 모두 소명하였음에도 여전히 다른 객관적인 증거는 없이, 심문조서상 전문도 아닌 일부 부분을 발췌한 진술인들의 진술에만 의존하고 있고, 위 진술들이 모두 청구법인이 가공거래로 허위세금계산서를 발급ㆍ수취하였다는 점에 대한 근거가 될 수 없으며, 관련자들이 소송문제 등 어려움으로 불복청구를 하지 못한 것을 이유로 하여 관련자들이 모두 가공거래를 시인한 것으로 본 것은 부당하다.



(3) 법인에 대한 과점주주의 2차 납세의무는 주된 납세의무의 성립과 체납, 법인의 재산부족, 과점주주 해당 등을 요건으로 하는바, 청구법인 대표자인 청구인은 2016년 1기부터 2017년 1기까지 과점주주인 것은 인정하나, 주된 납세의무자인 청구법인에 대한 부과처분의 적법성을 다투는 바이다.



(가) 「국세기본법」 제55조 제2항은  "이 법 또는 세법에 따른 처분에 의하여 권리나 이익을 침해당하게 될 이해관계인으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 위법 또는 부당한 처분을 받은 자의 처분에 대하여 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 그 밖에 필요한 처분을 청구할 수 있다”라고 규정하고 있고, 동조 제1호는 2차 납세의무자로서 납부고지서를 받은 자가 본래의 납세의무자의 위법 또는 부당한 처분을 다툴 수 있다고 규정하고 있다.



판례 또한  "제2차 납세의무는 주된 납세의무와는 별개로 성립하여 확정되는 것이나 주된 납세의무의 존재를 전제로 하는 것이므로, 주된 납세의무에 대하여 발생한 사유는 원칙적으로 제2차 납세의무에도 영향을 미치게 되는 이른바 부종성을 가진다고 할 것이다. 따라서 제2차 납세의무자는 주된 납세의무의 위법 여부에 대한 확정에 관계없이 자신에 대한 제2차 납세의무 부과처분의 취소소송에서 주된 납세의무자에 대한 부과처분의 하자를 주장할 수 있다고 봄이 상당하다(OOO)”라고 판시하고 있다(OOO).



조세심판원도 쟁점법인이 2019년 제1기 및 제2기 부가가치세 납세고지서 수령(2020.1.6.) 후 불복을 청구하지 않았는데, 청구인이 쟁점 법인에 대한 제2차 납세의무자로 지정된 날(2020.7.20.)로부터 90일 이내에 쟁점 법인에 대한 위와 같은 부과처분의 위법성을 주장하며 심판청구를 한 사안에서, 2차 납세의무자는 주된 납세의무자에 대한 부과처분의 불복기간 도과로 인한 확정 여부와 상관없이 주된 납세의무자에 대한 부과처분의 위법성을 주장하면서 2차 납세의무 지정처분의 취소를 구할 수 있다고 판단하였다(조심 2020서8552, 2021.5.26.).



(나) 청구법인에 대한 부과처분 제척기간이 일부 도과된 상황에서 2차 납세의무자인 청구인 A은 2차 납세의무 부과처분에서 청구법인에 대한 주된 부과처분을 다툴 수밖에 없는바, 기존에 다툰 것과 같이 청구인 A 역시 2차 납세의무 요건 중 주된 납세의무자인 청구법인이 2016년 제1기부터 2017년 제1기까지 실물거래 없이 가공세금계산서를 발급했다거나 수취하였다는 혐의를 부인하고, 이에 대해 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하여 납부고지한 처분은 취소되어야 한다.



나. 처분청 의견



(1) 2016년 제1기∼2017년 제2기 및 2019년 제1기∼2019년 제2기 부가가치세 및 2019사업연도 법인세 부과처분에 불복하여 제기한 심판청구는 청구법인이 납부고지서를 2024.12.26. 송달받은 후 불복제기기간(90일)이 경과한 2025.3.17. 심판청구를 제기하였으므로 부적법한 청구로서 각하되어야 한다.



청구법인에 대한 고지서 송달 내역은 아래 ＜표3＞과 같이 2016년 제1기∼2017년 제2기 및 2019년 제1기∼2019년 제2기 부가가치세 및 2019사업연도 법인세 고지서의 경우 청구법인 대표자 A이 직접 수령하였고, 그 송달일자는 2024.12.6.이고, 청구법인의 심판청구서가 접수된 일자는 2025.3.17.로 확인된다.



＜표3＞ 이 건 청구법인에 대한 납부고지서 송달 내역

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(2) 청구법인과 순환거래 거래처 간 조사대상기간에 수수한 세금계산서 금액이 유사하거나 동일하고, 자금흐름 또한 순환 세금계산서에 맞게 거래처 간 유사 또는 동일금액이 순환되는 조사결과에 근거하여 처분청이 이 건 거래를 실물 없는 가공거래로 본 것은 정당하다.



(가) 청구법인은 실물거래를 통해 쟁점세금계산서를 수수하였음이 거래명세서, 통장내역, 발주서, 견적서, 계약서, 운송내역 등을 통하여 확인되므로 쟁점세금계산서는 진정한 세금계산서이지 허위 세금계산서가 아니라고 주장하나,



1) 처분청은 이 건 청구법인과 거래한 OOO, OOO, OOO, 주식회사 D(이하  "순환거래 당사자”라고 한다) 사이에 주고받은 쟁점세금계산서와 관련한 금융거래는 당일 또는 수일 내에 순환되는 형태를 보임에 따라 쟁점세금계산서를 실물거래가 없는 사실과 다른 세금계산서로 보았다.



2) 순환거래 당사자 중 OOO에 대한 처분청의 조세범칙조사 결과 D에 대한 공급가액 OOO원의 매출ㆍ매입세금계산서와 청구법인에 대한 공급가액 OOO원의 매출ㆍ매입세금계산서가 실물거래 없는 가공세금계산서로 확정되어 고발되었고, 이에 대해 OOO는 불복을 제기하지 아니하였다.



또한 OOO에 대한 조세범칙조사 시 OOO 대표 D는 4년이라는 장기간 동안 청구법인과 OOO원의 고액의 매출ㆍ매입 거래를 하면서 청구법인이 어떠한 업체인지 모르고, 청구법인의 사업장 위치를 알지 못한다고 진술하였으며, D에 대한 매출과 관련하여 D의 대표자 B은 알지 못하고 청구법인의 A을 통하여 D과 거래하였고, 매출 운송은 A이 지정하는 소재지의 공장으로 보냈으나 발송한 곳이 여러 곳이라 현재는 기억이 나지 않는다고 하면서 실물의 존재 및 실물의 이동을 확인할 수 있는 자료는 제출하지 아니하였다.



3) 순환거래 당사자 중 D에 대한 구로세무서장의 조세범칙조사 결과 OOO, OOO에 대한 공급가액 OOO원의 매출세금계산서와 OOO로부터의 공급가액 OOO원의 매입세금계산서가 실물거래 없는 가공세금계산서로 확정되어 고발되었으나 D측에서는 불복을 제기하지 아니하였다.



또한 D에 대한 조세범칙조사 시 B 대표는 이 건 쟁점세금계산서 수수내용에 대하여는 전혀 아는 바 없고, 쟁점세금계산서 수수, 통장관리, 세금신고 등 업무를 A이 수행했다고 진술함에 따라 D의 조세범칙행위의 실행위자로 청구법인 대표자 A이 고발되었다.



D 조세범칙조사 시 OOO C은 합성수지 원료를 취급하여 매출ㆍ매입한 내용에 대하여 전혀 알지 못하고 조사대상기간 OOO의 세금계산서 발급ㆍ수취, 공인인증서 관리, 대금 관리를 한 것은 A이고, D이 OOO, OOO 및 OOO와 실물거래가 있었음을 확인할 수 있는 실물의 존재 및 실물의 이동을 확인할 수 있는 자료는 제출되지 않았다.



이외 청구법인, D, OOO은 전자세금계산서 발급 시 동일 랜카드와 동일 CPU를 사용한 내역이 다수 확인되는 등에 근거하여 처분청이 이 건 청구법인이 수수한 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서로 본 것은 정당하다.



4) 청구법인이 항변서에 입증서류로 제출한 자료들만으로는 쟁점세금계산서 관련 재화의 실물이 존재했는지 여부와 어느 업체에서 어느 업체로 이동된 것인지에 대하여 입증되었다고 보기 어렵고, 세금계산서와 금융거래내역이 순환되는 비정상적인 형태를 보이고 순환거래 당사자가 실물거래 없이 가공세금계산서를 수수한 것으로 조세범칙조사 및 고발처분된 이상, 청구법인이 제출한 형식적인 자료에 불과한 거래명세서, 통장내역, 계약서만을 가지고 쟁점세금계산서를 정상거래로 인정할 수는 없다.

또한 청구법인이 이 건 항변 시 제출한 사진 자료 중 일부는 청구법인이 재화를 실제로 매입ㆍ매출하고 촬영한 사진이 아닌 구글 검색 등으로 조회되는 사진 자료를 청구법인이 직접 거래한 것처럼 쟁점세금계산서 수수의 실거래 증빙자료로 첨부한 사실이 확인되므로 청구법인이 제출한 증거자료는 쟁점세금계산서가 실물거래에 따른 세금계산서라는 청구주장을 입증할 근거자료라고 보기 어렵다.



(나) 청구법인은 쟁점세금계산서 수수와 관련하여 이 건 D, OOO을 지휘ㆍ통제한 것이 아니라 서로 상생하는 협력 관계였고, 쟁점세금계산서 수수와 관련하여 D, OOO와 동일 랜카드, 동일 CPU를 사용하여 세금계산서를 발급한 것은 사무실과 공장을 공유함으로 인하여 발생한 것으로 허위세금계산서 수수 목적은 아니라고 주장하나,



1) 이 건 OOO대표 D, D 대표 B, OOO C의 진술내용을 종합하면, 청구법인 대표자 A이 이 건 D과 OOO를 실제로 지휘ㆍ통제한 것으로 보이고, 그 과정에서 쟁점세금계산서 수수 시 동일 랜카드와 동일 CPU를 사용한 것으로 보인다.



2) 또한 청구법인 주장과 같이 청구법인이 이 건 D과 OOO과 상생ㆍ협력 관계였다고 하더라도 세금계산서와 금융거래가 당일 또는 수일 내에 순환되는 비정상적인 형태를 보이고, 재화 실물의 존재ㆍ이동을 확인할 수 있는 근거자료가 확인되지 않는 이상 쟁점세금계산서 수수행위를 정상적인 거래로 볼 수 없다.



(다) 청구법인은 6개월의 기간 동안 세금계산서를 발급한 전체금액이 비슷하다는 이유로 순환거래라고 본 것은 부당하고, 순환거래내역을 살펴보면 매입ㆍ매출금액이 일치하지 않거나 그 거래 일시가 불일치하는 경우가 다수 존재하므로 순환거래가 아니라고 주장하나,



1) 부가가치세와 법인세는 각각 6개월, 1년의 과세기간과 사업연도별로 과세표준을 합산하여 세금을 신고ㆍ납부하도록 되어 있으므로 처분청은 과세기간과 사업연도별로 세금계산서 공급가액 합계액을 기준으로 쟁점세금계산서가 순환거래에 해당하는지 여부를 판단하였고, 합계액을 기준으로 보면 순환되는 거래형태가 명확하다.



2) 처분청은 단순히 세금계산서 공급가액 합계액의 순환여부 뿐만 아니라 금융거래의 순환여부 및 청구법인 외 순환거래 당사자의 조세범칙조사 내용ㆍ관련인의 진술내용, 쟁점세금계산서 관련된 청구법인과 순환거래 당사자의 거래사실에 대한 소명자료 등을 종합적으로 검토하여 순환거래 여부를 판단하였다.



(라) 청구법인은 OOO의 차입금에 대해서는 알지 못하고, 그 대출로 대표자 A이 이익을 얻는 것도 없었으며, 특허와 해외 수출입 등에 관한 대출을 받은 적이 있을 뿐, 그 외 쟁점세금계산서 수수를 이용하여 대출받은 내역은 없다고 주장하나,



1) OOO 조세범칙조사 내용에 따르면 순환거래 당사자간 거래 이후 장기차입금이 급증한 사실이 확인되고 청구법인 또한 같은 기간 순환거래가 발생하여 외형이 증가함에 따라 단기차입금이 증가한 사실이 아래 ＜표4＞와 같이 청구법인 재무제표를 통해 확인된다.



＜표4＞ OOO 및 청구법인 재무제표 일부 발췌

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2) 법원은 순환거래의 경우 반드시 금전적 대가관계가 수반되어야만 해당 업체가 순환거래에 참여하게 된다고 보기 어렵다고 판시하였는바(OOO), 청구법인이 순환거래를 통해 얻는 금전적 대가관계가 없었다고 하더라도 그 점만으로 정상거래로 보기는 어렵다.



(마) 청구법인은 OOO와 D이 불복청구를 하지 않았다고 하여 그 내용을 모두 인정한 것이라 볼 수 없을뿐더러, 두 회사는 회사 운영상 부득이하게 그 불복청구를 하지 않은 것일 뿐 그 사실을 모두 인정하고 있지 않다고 주장하나,



1) 조세범칙조사에 따라 「조세범 처벌법」을 위반한 것으로 조사된 경우 고발 등 범칙처분이 내려지는데, 사법기관의 수사와 형사재판까지 이어질 가능성이 있는 범칙처분을 받고도 불복청구를 하지 않았다는 것은 사실상 순환거래를 시인한 것으로 보는 것이 타당하다.



2) OOO의 경우에는 현재까지 계속 사업자로 사업을 유지하고 있음이 국세청 전상망을 통해 확인되고, 두 회사는 조세범칙조사 후 순환거래가 부인됨에 따른 OOO 원의 부가가치세 등 관련 제세를 부담해야하고 고발까지 되었는데도 이 건 거래가 정상거래였다면 불복하지 않을 이유를 찾기 어렵다.



(3) 청구법인 대표 A은 2016년 과세기간에 체납법인의 지분 89.50%를 소유하였고, 2017.12.23. 청구인 소유의 주식 16,500주를 특수관계 없는 3인에게 양도하여 청구인의 주식지분율이 48.25%로 된 사실이 확인되므로, 청구법인의 체납세액 중 2016년 제1기부터 2017년 제1기까지 부가가치세 체납세액에 대해 처분청이 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하고, 청구인 A 지분비율로 안분하여 납부고지한 이 건 처분은 정당하다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



① 적법한 청구인지 여부



② 쟁점세금계산서를 실물 거래없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부



③ 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분의 당부



나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.



(가) 청구법인은 컴퓨터, 액정모니터 등을 제조하여 판매하는 사업자로, 2016년 제1기부터 2019년 제2기까지 부가가치세 과세기간 동안 아래 ＜표5＞와 같이 OOO 외 2개 업체로부터 OOO원의 세금계산서를 수취하고, 같은 기간동안 아래 ＜표6＞과 같이 ㈜C에 OOO원의 세금계산서를 발급하고 관련 부가가치세 및 법인세를 신고하였다.



＜표5＞ 쟁점매입세금계산서 수취 내역

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＜표6＞ 쟁점매출세금계산서 발급 내역

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(나) 처분청은 2023.2.7.부터 2023.8.4.까지 OOO에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시하여, OOO가 2016년 제1기부터 2019년 제2기까지 부가가치세 과세기간 동안 실물거래 없이 ㈜E에 공급가액 OOO원의 사실과 다른 세금계산서를 발급하고, 청구법인으로부터 OOO원의 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것으로 확인하였고, 청구법인이 위 과세기간 동안 OOO, ㈜E, OOO, OOO와 세금계산서 및 거래대금을 수수한 내역은 아래와 같다.



(표 삽입을 위한 여백)

＜표7＞ 2016년 제2기 거래흐름도

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＜표8＞ 2016년 제2기 세금계산서 발급 내역

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＜표9＞ 2017년 제1기 거래흐름도

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＜표10＞ 2017년 제1기 세금계산서 발급 내역

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＜표11＞ 2017년 제2기 거래흐름도

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＜표12＞ 2017년 제2기 세금계산서 발급 내역

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＜표13＞ 2018년 제1기 거래흐름도

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＜표14＞ 2018년 제1기 세금계산서 발급 내역

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＜표15＞ 2018년 제2기 거래흐름도

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＜표16＞ 2018년 제2기 세금계산서 발급 내역

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＜표17＞ 2019년 제1기 거래흐름도

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＜표18＞ 2019년 제1기 세금계산서 발급 내역

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＜표19＞ 2019년 제2기 거래흐름도

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＜표20＞ 2019년 제2기 세금계산서 발급 내역

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(다) 위 세금계산서와 관련하여 처분청은 청구법인과 이 건 거래당사자들의 2016.9.30.부터 2019.12.27.까지 기간동안 금융거래내역 일부를 제출하였고, 동일 날짜에 유사한 금액을 순환하는 형태로 송금ㆍ수취하면서 실제 거래가 있었던 것처럼 외형을 꾸몄다는 의견이다.



(라) 처분청 조사결과에 따르면, 청구법인과 D, OOO가 전자세금계산서 발급 시 사용한 컴퓨터의 랜카드와 CPU는 아래 ＜표21＞과 같이 동일한 것으로 나타난다.



＜표21＞ 전자세금계산서 IP주소 및 랜카드 고유번호 내역

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(마) 처분청은 청구법인에 대한 조세범칙조사 후 OOO 외 2개 업체로부터 수취한 공급가액 OOO원의 매입세금계산서와 OOO에 발급한 공급가액 OOO원의 매출세금계산서에 대하여 가공거래로 확정하여 청구법인을 「조세범 처벌법」 위반 혐의로 고발하였고, 이에 대해 경기안양만안경찰서장(사건번호 제2025-00149호)은 2025.9.9. 청구법인 및 대표자 A을 「특정범죄가중처벌등에관한법률」위반(허위세금계산서 교부등) 등(일부 인정공소시효 완성)으로 송치 결정하였으며, 2025.9.19. 수원지방법원 안양지원(OOO)에 공소장이 접수된 것으로 확인된다.



(바) 청구법인 대표이사 A에 대한 처분청의 조세범칙혐의자 심문조서(2024.10.30.) 주요내용은 아래와 같다.

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(사) 처분청의 청구법인 매입처 OOO 대표자 D에 대한 심문조서(2023.8.1.)에 의하면,  "D 대표 B은 알지 못하고, 청구법인 대표 A을 통해 매입ㆍ매출하였다”고 진술한 내용이 나타난다.

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(아) 조사종결보고서에 의하면, OOO는 주 매출처인 ㈜F에 수액 용기제조에 사용되는 합성수지를 판매하고 남은 재고를 청구법인에 판매하였다고 답변하였으나, OOO는 산업용접착제, 접착필름, 산업용 시트지 등을 매입하여 판매하는 회사로 합성수지 원료 도소매는 부업종으로도 등록한 사실이 없고, A이 대표로 있는 청구법인으로부터 합성수지 원료를 매입 후 그 매입액만큼 다시 A 업체에게 매출한 이유를 오염이 심하거나 훼손된 경우 등으로 진술하였는데 이에 대해 반품하지 아니한 것은 순환거래구조 내 업체들이 공모하여 거짓세금계산서를 발급한 것으로 본 것으로 나타난다.



(2) 구로세무서장의 청구법인 매입처 D에 대한 조사내용은 다음과 같다.



(가) 청구법인의 매입처 D 대표자 B에 대한 진술조서(2024.9.30.)에 의하면,  "2016년 제2기부터 2019년 제2기까지 ㈜C로부터 수취한 총 51건의 공급가액 합계 OOO원 상당의 매입세금계산서 및 같은 기간 OOO에 발급한 총 21건의 공급가액 합계 OOO원 상당의 매출세금계산서는 청구법인 대표자 A이 거래하던 업체로 그 내용을 모른다”고 진술한 내용이 나타난다.

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(나) 조사종결보고서에 의하면, 매출처 OOO(2020.11.15. 폐업) 전 대표자 C은 서면 문답서(2024.9.24.)를 통해,  "OOO은 중고 컴퓨터를 취급하는 업체로 합성수지 원료를 취급하여 매입ㆍ매출한 거래내용에 대해서는 알지 못하고, 세금계산서, 공인인증서, 대금관리는 청구법인 대표 A이 주도하였다”고 답변한 내용이 나타난다.

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(다) 조사종결보고서에 의하면, C은  "OOO은 중고 컴퓨터를 취급하는 업체로 주요 거래품목은 중고컴퓨터 본체 및 부품(CPU, 메모리, 보드, HDD 등), 모니터 등 전부 컴퓨터 관련된 것이 90%, 나머지는 서버 전산관련품이며 주요유통은 입찰을 통해 구입하거나 거래처(신성상사, 정컴, 개미, 월드메모리 등 용산업체들)로부터 매입, 수출 또는 같은 업종 업체에 매출, 부품으로 기능하지 못하는 스크랩은 대부분 고려아연으로 보내 금 추출 등을 하여 부수입을 얻고, OOO이 합성수지 원료를 취급하여 매입ㆍ매출한 내용은 금시초문이며 만약 매입했다면 전 대표 A이 거래하였을 거라고 하면서도 새 컴퓨터만 취급하는 청구법인에 합성수지 원료를 매출한 사실은 이해가 가지 않는다”는 내용으로 조사청에 회신하였다.



(라) 조사종결보고서에 의하면, 매출처 OOO 대표자 E는 조사청의 거래사실확인 요청에 대해,  "2017년 A이 본인의 친구라 하여 E를 B에게 소개할 당시에도 E는 신도리코 복사기 렌탈ㆍ납품을 하던 사업자이고 2016년 제2기부터 2019년 제2기까지 OOO가 청구법인을 제외한 매출처에 발급한 전자세금계산서 품목 기재내용은 ‘유지보수수수료ㆍ복사기렌탈ㆍ컴퓨터 및 주변기기 등’으로 합성수지 원료 품목은 일체 없다”고 회신한 내용이 나타난다.



(3) 법인등기사항전부증명서, 주식등변동상황명세서 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.



(가) 청구법인은 2009.6.4. 설립되었고, 2015년 기초 총 발행주식 40,000주(1주당 금액 OOO원, 자본금 합계 OOO원) 중 A이 35,800주(89.5%), A이 이사인 OOO이 4,200주(10.5%)를 보유하고 있었고, A은 2017.12.23. 자신이 소유하고 있던 청구법인 주식을 F에게 5,500주(기존 4,200주와 합하여 24.25%), C에게 5,500주(13.75%), G에게 5,500주(13.75%)를 각 양도하여 청구인 A은 19,300주(48.25%)를 보유하였다.



(나) 법인등기사항전부증명서(2023.6.13. 발급)에 의하면 A은 2015.8.28. 이후 대표이사로 등재되어 있고, 청구법인이 제출한 근로소득지급명세서에 의하면, 청구인(A)은 2016년 OOO원, 2017년 OOO원을 급여로 지급받은 것으로 나타난다.



(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.



(가) 먼저 쟁점①의 경우, 「국세기본법」 제68조 제1항은  "심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다”고 규정하고 있고, 같은 법 제65조 제1항 제1호에서 청구기한이 지난 후에 청구된 경우 등에는 심사청구를 각하하는 결정을 하고, 같은 법 제80조의2에서 심판청구에 관하여는 제61조 제3항 및 제65조 등을 준용하도록 규정하고 있는바, 처분청은 2016년 제1기∼2017년 제2기 및 2019년 제1기∼2019년 제2기 부가가치세 및 2019사업연도 법인세 납부고지서를 등기우편으로 발송하여 청구인 본인이 2024.12.6. 수령한 것으로 나타나고, 청구인은 2025.3.17. 심판청구서를 우리 원에 제출하였는바, 청구인이 위 납부고지서를 받은 날부터 90일이 되는 날인 2025.3.6.을 경과하여 심판청구를 제기한 것이므로, 이에 대한 심판청구는 청구기간이 경과한 부적법한 청구로 판단된다.



(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 상대방 회사들과 실제 거래계약을 체결하고 정상적으로 물품을 수수하고 대금결제까지 마쳤다고 주장하나, 이 건 거래의 경우, 청구법인을 비롯한 거래당사자들이 매출대금이 입금되면 즉시 출금하여 각자의 하위 매입처에 대금을 지급하는 순차적 자금거래내역이 확인되고, 중간 유통업체가 대금 수수 이외에 구체적으로 어떠한 역할을 하였는지가 불분명한 점, 청구법인은 중간 유통업체가 많은 복잡한 거래형태에 대하여 합리적인 이유를 제시하지 못하고 있고, 청구법인이 제출한 발주서, 거래명세서, 인수증, 제품 및 현장을 촬영한 사진 등만으로는 이 건 거래가 실제 거래라는 사실을 입증하기에는 부족해 보이는 점, 이 건 매입처 OOO 대표자 D, D 대표자 B, 매출처 OOO 전 대표자 C, OOO 대표자 E 등이 이 건 매입 및 매출거래에 대하여 청구법인 대표자 A이 공인인증서 등을 직접 사용하여 전자세금계산서를 수수한 것으로서, 청구법인이 거래한 합성수지 제품에 대해서는 알지 못한다고 진술하고 있는 점, 경기안양만안경찰서장은 2025.9.9. 청구법인 및 대표자 A을 「특정범죄가중처벌등에관한법률」위반(허위세금계산서 교부등) 등으로 송치 결정하였고, 2025.9.19. 수원지방법원 안양지원(OOO)에 공소장이 접수된 점 등에 비추어 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 부가가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.



(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 주식에 관한 권리행사는 현실적으로 주주권을 행사한 실적이 있어야 할 것은 아니고, 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다 할 것인바(OOO), 청구법인의 주식등변동상황명세서 등에 의하면 2015년 기초부터 2017.12.23.까지 청구법인 총 발행주식 40,000주 중 A이 35,800주(89.50%)를 보유하고 있었고, A은 2015.8.28. 이후 대표이사로 등재되어 있었으며, 청구법인으로부터 2016년 OOO원, 2017년 OOO원을 급여로 지급받은 사실 등을 감안하면, A은 청구법인의 과점주주에 해당하는 것으로 보이므로 처분청이 청구인을 청구법인의 과점주주로 보아 해당 체납세액에 대하여 제2차 납세의무자로 지정하여 납부고지한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 부적법하거나 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.







＜별지＞ 관련 법령



(1) 국세기본법



제39조【출자자의 제2차 납세의무】법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주 또는 제3호에 따른 과점조합원의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주 또는 과점조합원이 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액(제3호 단서의 경우 그 부족한 금액과 과점조합원 간에 정한 손익분배비율을 곱한 금액으로 한다)을 한도로 한다.

1. 무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원

가. 합명회사의 사원

나. 합자회사의 무한책임사원

2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하  "과점주주”라 한다)

가. 합자회사의 유한책임사원

나. 유한책임회사의 사원

다. 유한회사의 사원

제55조【불복】① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. (단서 생략)



제61조【청구기간】① 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

③ 제1항과 제2항 본문의 기한까지 우편으로 제출(제5조의2에서 정한 날을 기준으로 한다)한 심사청구서가 청구기간을 지나서 도달한 경우에는 그 기간의 만료일에 적법한 청구를 한 것으로 본다.



제65조【결정】① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

나. 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우

라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우



제68조【청구기간】① 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.



제80조의2【심사청구에 관한 규정의 준용】심판청구에 관하여는 제61조 제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(괄호 생략) 및 제65조의2를 준용한다. (이하 생략)



(2) 국세기본법 시행령



제1조의2【특수관계인의 범위】① 법 제2조 제20호 가목에서 " 혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계" 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 " 친족관계" 라 한다)를 말한다.

1. 4촌 이내의 혈족

2. 3촌 이내의 인척

3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 자를 포함한다)

4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자 입양된 자 및 그 배우자ㆍ직계비속

5. 본인이 「민법」에 따라 인지한 혼인 외 출생자의 생부나 생모(본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 사람 또는 생계를 함께하는 사람으로 한정한다)



제20조【출자자의 제2차 납세의무의 적용 범위】② 법 제39조 제2호 각 목 외의 부분에서 " 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자" 란 해당 주주 또는 법 제39조 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원과 제18조의2 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.



제18조의2【짜고 한 거짓 계약으로 추정되는 계약의 특수관계인의 범위】법 제35조 제6항 각 호 외의 부분 후단에서 " 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자" 란 해당 납세자와 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 친족관계

2. 경제적 연관관계

3. 경영지배관계 중 제1조의2 제3항 제1호 가목 및 같은 항 제2호 가목 및 나목의 관계. 이 경우 같은 조 제4항을 적용할 때 같은 항 제1호가목 및 제2호나목 중 " 100분의 30" 은 " 100분의 50" 으로 본다.

제20조【출자자의 제2차 납세의무의 적용 범위】② 법 제39조 제2호에서  "특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자”란 해당 주주 또는 법 제39조 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원과 제18조의2 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.



(3) 국세징수법



제7조【제2차 납세의무자 등에 대한 납부고지】① 관할 세무서장은 납세자의 체납액을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조에서  "제2차 납세의무자등”이라 한다)로부터 징수하는 경우 징수하려는 체납액의 과세기간, 세목, 세액, 산출 근거, 납부하여야 할 기한(납부고지를 하는 날부터 30일 이내의 범위로 정한다), 납부장소, 제2차 납세의무자등으로부터 징수할 금액, 그 산출 근거, 그 밖에 필요한 사항을 적은 납부고지서를 제2차 납세의무자등에게 발급하여야 한다.

1. 제2차 납세의무자

② 관할 세무서장은 제1항에 따라 제2차 납세의무자등에게 납부고지서를 발급하는 경우 납세자에게 그 사실을 통지하여야 하고, 물적납세의무를 부담하는 자로부터 납세자의 체납액을 징수하는 경우 물적납세의무를 부담하는 자의 주소 또는 거소(居所)를 관할하는 세무서장에게도 그 사실을 통지하여야 한다.



(4) 부가가치세법



제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 " 세금계산서" 라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항



제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 " 필요적 기재사항" 이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.



제60조【가산세】③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 " 세금계산서등" 이라 한다)을 발급한 경우 : 그 세금계산서 등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서 등에 적힌 공급가액의 3퍼센트