삼성세무서장이 2024.1.25.～2024.5.1. 청구법인에게 한 2019년～2022년 기간분 인지세 합계 OOO원(＜표1＞ 참조)의 부과처분은 납부지연가산세(수입인지미첨부)를 가산하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 2006.10.18. 설립된 관리형 토지신탁업무 등을 수행하는 부동산신탁회사로, 2019년부터 2022년까지 관리형 토지신탁 계약을 체결하면서 사업주체가 위탁자(부동산개발사업의 사업시행자)에서 수탁자인 청구법인으로 변경됨에 따라 위탁자(사업시행자)가 시공사 등과 체결한 공사도급 등(공사도급, 감리용역, 설계용역)에 대한 승계계약서(이하  "쟁점승계계약서”라 한다) 총 1,223통을 작성하였다.



나. 서울지방국세청장(이하  "조사청”이라 한다)은 2023.6.8.부터 2024.1.24.까지 청구법인에 대한 법인세 통합 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 작성한 쟁점승계계약서가 인지세 과세문서에 해당하는 것으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 아래 ＜표1＞과 같이 2019.1.1.～2022.12.31. 기간분 인지세 합계 OOO원을 결정ㆍ 고지하였다.



＜표1＞ 인지세 결정내역

(단위 : 원)

○○○



다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.4.22. 이의신청을 거쳐 2024.7.22. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) (주위적 청구) 쟁점승계계약서는 인지세 과세대상이 되는 문서에 해당하지 않는다.



(가) 쟁점승계계약서는 ‘「건설산업기본법」제22조에 따라 작성하는 도급문서’에 해당하지 않는다.



1) 인지세 과세문서를 나열한 「인지세법」제3조 제1항, 같은 법 시행령 제2조의3 각 호는 예시규정이 아니라 열거규정이므로(헌법재판소 2007.5.31.자 2006헌마1169 결정), 명시적으로 열거되지 않은 문서를 인지세 과세대상으로 포섭할 수는 없다.



2) 대법원은 인지세법령의 과세문서의 범위를 법문에 따라 엄격하게 해석함으로써 명시적으로 열거되지 않은 문서의 경우 과세문서로 보지 않고(대법원 2025.3.27. 선고 2024두62738 판결, 대법원 2005.11.25. 선고 2004두14663 판결, 대법원 2008.6.12. 선고 2006두17000 판결), 특히 위 대법원 2004두14663 판결은 과세문서인지 여부가 문제된 기프트카드와 동일한 형태의 기프트카드를 발행하고 있는 여타 카드회사들은 스스로 이를 상품권의 일종으로 취급하여 소정의 인지세를 신고ㆍ납부하여 오고 있었음에도, 대법원이 엄격해석의 원칙을 중시하여 해당 기프트카드를 인지세 과세문서에 포섭할 수 없다고 판단하였다.



3) 도급 또는 위임에 관한 증서라고 하여 모두 인지세 과세대상인 것이 아니고, 그 중 과세문서로 열거된 ‘「건설사업기본법」제22조에 따라 작성하는 도급문서’등만이 과세문서이며, 쟁점승계계약서는 계약당사자의 지위가 승계됨에 따라 명의변경을 위해 작성된 문서에 불과할 뿐 「인지세법」제3조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제2조의3 제1호의 과세문서인 ‘「건설산업기본법」제22조에 따라 작성하는 도급문서’가 아니고, 「건설산업기본법」제22조는 도급계약의 내용과 절차 등을 구체적으로 정하고 있는데(「건설산업기본법」제22조 제2항, 제4항, 제7항), 쟁점승계계약서에는 위 규정의 의무기재사항들이 기재되어 있지 않으며, 이는 쟁점승계계약서가 근본적으로 ‘「건설산업기본법」제22조에 따라 작성하는 도급문서’가 아니고, ‘사업주체가 변경됨에 따라 종전 사업주체의 지위를 변경된 사업주체가 승계한다’는 내용으로 당사자를 변경하기 위하여 작성된 계약서에 불과하기 때문이다.



(나) 쟁점승계계약서는 과세대상이 되는 새로운 문서에 해당하지 않는다.



1) 권리 및 의무를 포괄승계(상속, 합병, 사업양수도, 분할 등)하는 과정에서 ‘명의를 변경하기 위해 작성되는 문서’는 인지세 과세문서에 해당하지 않는다.



상속인, 합병으로 존속하거나 신설되는 법인 또는 사업양수인이 피상속인ㆍ소멸법인 또는 사업양도인이 작성하여 사용하던 문서를 권리의무를 포괄적으로 승계하는 상속인 등의 명의로 명의변경하여 계속 사용하더라도 새로운 문서를 작성한 것으로 보지 아니하고(‘인지세법 기본통칙’ 1-1…5), 당초 전문건설공제조합과 조합원 간에 작성하였던 금전소비대차계약서를 전문건설공제조합에서 분리된 설비공사공제조합으로 명의만 변경하여 그대로 사용하는 경우에는 인지세 과세대상이 아니며(소비46430-1342, 1999.10.11.), 사업양수도 과정에서 계약당사자를 변경할 목적으로 새로운 문서를 작성한 사안에 대하여, 그러한 문서를 인지세 과세대상 문서를 새롭게 작성한 것으로 보지 않고(서면-2020-소비-388, 2020.1.23.), 모법인이 설계용역업무를 수행하다가 설계업과 감리업을 분할하여 법인을 신설한 경우, 그러한 분할신설법인 명의로 도급계약서를 변경하더라도 인지세 과세대상이 되는 새로운 문서로 보지 않았다(소비세과-173, 2013.6.12.).



2) 쟁점승계계약서는 관리형 신탁계약(부동산개발사업)에 따라 청구법인이 사업주체의 지위를 포괄적으로 승계하는 과정에서 ‘명의변경(위탁자 → 청구법인)’을 목적으로 불가피하게 작성되는 문서이다.



조세심판원은 관리형토지신탁 등과 같이 사업시행자의 권리ㆍ 의무를 포괄적으로 승계할 수 있는 시행자로서의 지위를 갖기 어렵다는 점을 들어 담보신탁에 따른 수탁자에 불과한 경우 수탁자를 사업시행자로 인정하지 않았다(조심 2019서298, 2019.4.8.).



(다) 쟁점승계계약서는 위탁자의 종전 계약상 지위를 청구법인이 그대로 승계한다는 내용이 사실상 전부이고, 위탁자들이 용역업체와 당초 도급계약을 체결할 당시 이미 위 도급계약에 따른 인지세는 납부되었을 것이므로, 부동산개발사업의 안정적인 진행을 위해 신탁계약을 통해 작성된 쟁점승계계약서를 인지세 과세문서로 보는 경우 사실상 이중과세가 초래된다.



(2) (예비적 청구) 쟁점승계계약서를 과세문서로 보더라도, 청구법인에게는 납세의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 존재하므로 가산세 부분은 취소되어야 한다.



(가) 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없는바(대법원 2020.6.11. 선고 2017두61508 판결 등 참조), 납세자가 과세행정을 신뢰하여 의무를 이행하지 못하였다는 등의 사정이 있는 경우에는 가산세가 부과될 수 없다.



(나) 조세심판원은 편의점 영수증 형태로 발행한 상품권에 대해 ① 기존에 과세문서에 포섭된 상품권과 형태 및 제작방식에 차이가 있는 점, ② 장기간에 걸쳐 공연히 해당 문서가 발행ㆍ유통되고 있음에도 과세관청이 이를 과세문서인 상품권으로 분류하거나 관리한 정황이 확인되지 아니하므로 납세의무자 스스로 쟁점문서를 과세문서로 분류하여 신고하는 것을 기대하기는 어렵다는 점을 이유로 정당한 사유를 인정(조심 2021서5829, 2022.9.6.)하였다.



(다) 쟁점승계계약서와 같은 문서는 관리형 신탁계약에서 사업주체 명의 변경을 위해 통상적으로 작성되어 온 문서이고, 과세관청은 스스로도 2022.12.22. 이전에는 ‘관리형 신탁계약으로 사업주체 지위를 신탁회사가 승계함에 따라, 사업주체 명의 변경을 위하여 작성하는 용역계약승계계약서’를 인지세 과세문서로 포섭하지 않았으며, 신탁회사들이 공시하는 관리형 토지신탁의 약관에도 쟁점승계계약서와 마찬가지 취지의 계약이 체결될 것임이 명시적으로 예정되어 있었다.



이처럼 과세관청은 다른 권리ㆍ의무 승계 사유(상속, 합병, 분할, 사업양수도 등)에 대한 유권해석 등을 준용하여 쟁점승계계약서와 같은 문서를 과세문서로 해석하지 않다가, 2022.12.22.에 이르러 이를 과세문서로 보는 새로운 유권해석을 제시하였고(서면 2022-소비-5002, 소비세과-943), 그 후부터 위 새로운 유권해석에 기초해 비로소 쟁점승계계약서와 같은 문서를 과세문서로 포섭하기 시작하였다.



(라) 특히 국세청 2020년 인지세 상담사례집 또한 쟁점승계계약서와 같은 문서를 과세대상 도급문서의 범위에서 제외하였고, 위 사례집은 인지세 과세대상 도급문서의 범위를 (i) 건설도급계약서 등 전형적인 도급문서와 일의 완성을 목적으로 작성된 계약서로 (ii) 수급인의 하자보수책임, 해제권 제한 및 수급인의 독립성 보장 등 도급계약의 요소가 구체적으로 포함된 문서로 한정한다고 매우 제한적으로 해석하였다.



국세청 2020년 인지세 상담사례집 28면

○ (과세대상 도급문서) 건설도급계약서 등 전형적인 도급문서와 「일의 완성」을 목적으로 작성된 계약서로



- 수급인의 하자보수책임, 해제권 제한 및 수급인의 독립성 보장 등 도급계약의 요소가 구체적으로 포함된 문서



쟁점승계계약서와 같은 문서의 경우 (i) 사업주체 명의를 변경하기 위해 작성된 문서이므로 건설도급계약서 등 전형적인 도급문서와 일의 완성을 목적으로 작성된 계약서에 해당하지 않고, (ii) 수급인의 하자보수책임 등 도급계약의 요소가 구체적으로 포함된 문서라고 볼 수도 없으므로, 위 국세청 기준에 따르더라도 과세대상 도급문서에 해당하지 않는다.



(마) 청구법인은 위와 같은 과세행정을 신뢰하여 쟁점승계계약서를 인지세 과세대상이 되는 도급문서로 분류하지 못하였던 것뿐이고, 당시의 과세행정에도 불구하고 청구법인이 스스로 세법 규정을 자신에게 불리하게 해석하여 인지세를 납부할 것을 기대할 수는 없다.



(바) 인지세를 과소납부하는 경우 「국세기본법」제47조의4 제9항에 따라 ‘과소납부분 세액의 300%’라는 고율의 납부지연가산세가 부과되는데, 청구법인을 비롯한 신탁회사들은 관리형 토지신탁 사업에서 통상적으로 작성되는 쟁점승계계약서와 같은 문서의 작성 사실을 결코 은폐할 수 없는 상황이었음에도 이를 전혀 인지세 과세문서로 인지하지도 못한 것은 당시 법문언 및 과세행정, 판결에 비추어 납세의무자가 이를 인지세 과세문서로 분류할 것을 기대할 수 없었다는 사실을 방증하는 것이다.



청구법인이 2019년 내지 2022년을 통틀어 약 OOO 원에 불과한 인지세 본세를 회피하고자, 쟁점승계계약서에 대한 인지세를 전혀 신고하지 않은 채 OOO 원에 달하는 가산세 부담의 위험을 떠안을 리 만무하다.



나. 처분청 의견



(1) 쟁점승계계약서는 인지세 과세대상 문서이다.



(가) 쟁점승계계약서로 인해 모든 계약의 권리와 의무의 귀속주체가 수탁자인 청구법인으로 변경되었다.



1) 관리형 토지신탁은 사업시행자인 위탁자가 사업과 관련된 권리의무를 수탁자인 신탁회사에 이전하여 수탁자가 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로서 부동산 개발사업을 진행하는 신탁행위이다.



2) 대법원도 신탁회사가 수탁자로서 사업시행자의 지위를 승계하여 신탁된 토지에서 개발사업을 시행한 경우에 개발이익은 수탁자에게 실질적으로 귀속된다고 보고 있다.



3) 토지의 소유권 뿐만 아니라 건축주 명의를 포함한 모든 인허가 명의, 공사도급계약, 설계 및 감리계약 등 모든 계약의 당사자가 수탁자인 신탁회사로 변경되었다.



(나) 기존 계약과는 별개로 재산에 관한 권리관계를 창설ㆍ 변경하는 문서는 인지세 과세대상에 해당한다.



1) 「인지세법」은 ‘재산에 관한 권리 등의 창설ㆍ 이전 또는 변경에 관한 계약서’에 대해 인지세 납부의무를 부여하고 있고, ‘인지세법 기본통칙’ 2-2…1에서  "계약서”를 계약당사자 간에 있어서 계약의 성립의 사실을 증명할 목적으로 작성하는 문서로 정의하고 있으며, 기본통칙 2-2…2에서는 과세문서를 작성한 후 당해 문서의 내용과 관계없이 별개의 과세사항을 추기 또는 부기한 때에는 새로운 문서를 작성한 것으로 보고 있다.



2) ‘계약 당사자’가 누구인지는 문서에 있어서 중요한 부분에 해당하므로, ‘계약 당사자’의 변경은 문서의 중요한 부분의 변경에 해당하는 것이다. 그렇다면, 쟁점승계계약서는 계약의 당사자를 변경시키는 문서로서 계약 문서에 관하여 ‘별개의 과세사항을 추가 또는 부기한 것’에 해당하므로 「인지세법」에서 정하고 있는 과세문서에 해당한다.



3) 따라서 쟁점승계계약서는 기존 계약과 별개로 재산에 관한 권리관계를 창설ㆍ 변경하는 문서로 인지세 과세대상에 해당한다.



(다) 쟁점승계계약서는 새로운 권리ㆍ 의무 관계를 창설하는 계약서이고, 이는 새로운 문서를 작성한 것으로 봄이 타당하다.



1) 쟁점승계계약서는 위탁자와 시공사 간에 이미 체결한 공사도급계약을 수탁자로 사업주체를 변경한 후, 3자간 승계계약을 체결하기로 명시한 신탁계약에 의해 사업주체를 변경하고 기존 공사도급계약에 대한 권리와 의무를 위탁자로부터 새로운 사업주체인 수탁자로 변경하기 위함이다.



2) 따라서, 쟁점승계계약서는 기존 도급공사 등 계약서에 따라 창설된 권리ㆍ 의무관계를 수탁자로 계약당사자를 변경하여 새로운 권리ㆍ 의무 관계를 창설하는 계약서이고 이는 새로운 문서를 작성한 것으로 봄이 타당하다.



(라) ‘서면 2022소비5002, 2022.12.22.’는 개별 사안에 관한 세법해석을 확인한 것에 불과하고, 새로이 세법해석을 창설한 것이 아니다.



1) ‘위탁자와 신탁회사(수탁자) 등 간에 체결한 관리형 토지신탁 계약에 의해 사업주체가 변경됨에 따라 작성하는 공사도급계약 승계계약서는 도급계약의 계약당사자를 변경하기 위해 새로운 문서를 작성하는 것이므로 「인지세법」제3조 제1항 제3호에 따른 과세문서에 해당한다’는 예규가 있었다.



2) 위 예규는 질의된 개별 사안에 관한 세법해석을 확인한 것으로서, 종전과 상반된 세법해석을 한 것도 아니었다. 그렇다면 ‘서면 2022소비5002, 2022.12.22.’이 창설적 세법해석에 해당함을 전제로 한 청구법인의 주장은 그 전제가 잘못된 것으로서 타당하지 않다.



(마) 청구법인이 선례라고 주장한 사안(상속, 합병, 사업양수도)은 이 건과 근본적인 차이가 있어 준용될 수 없다.



1) 분할계약ㆍ 영업양수도계약과 달리 공사도급계약 승계계약은 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계하는 것이 아니라 공사도급계약 등에 한정하여 건축주의 법적 지위를 신탁회사가 승계하는 것이므로 청구법인이 제시한 ‘인지세법 기본통칙’ 1-1…5는 상속ㆍ 합병 또는 사업양수도라는 특수한 경우에 해당되는 것으로 청구법인의 사실관계와 본질적으로 차이가 있어 새로운 세법해석으로 볼 수 없다.



2) 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하므로 분할계약이나 영업양수도계약에 대한 해석을 공사도급계약 등 승계계약서에 유추해석할 수 없다.



(2) 이 건의 경우, 청구법인의 단순한 법률의 부지 또는 착오에 의한 것에 불과하여 가산세 부과를 면할 정당한 사유가 있는 때에 해당한다고 볼 수 없다.



(가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재인바(대법원 2005.11.25. 선고 2004두930 판결 등 참조),



단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다 할 것이다(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결 등 참조).



(나) 청구법인은 이와 같은 법리에 기반하여 사실관계가 동일한 사안에 대해 ‘과세관청이 종전에는 인지세를 잘 과세하지 않아 왔었다’거나, ‘상속, 합병, 사업양수도 과정에서 작성된 계약문서가 명의변경 목적의 문서가 아닌 것으로 본 사례들이 있다’라고 마치 정당한 사유가 있는 것처럼 주장하나,



세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지 내지 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2004.6.24. 선고 2002두10780 판결 등 참조).



(다) 유권해석(서면 2022소비5002, 2022.12.22.)은 「인지세법」 및 인지세에 관한 납세의무의 성립ㆍ 확정에 관한 법리를 고려하여 법문에 따라 충실히 해석한 것이다. 즉, 새로운 법리를 창안했다거나 기존의 유권해석을 변경한 것도 아니다.



가사, 청구법인의 주장과 같이 ‘과세관청이 종전에는 인지세에 관한 과세를 잘 하지 않았다’는 사실이 있다고 할지라도, 이는 과세관청의 단순과세누락에 해당하는 것으로 설령 평가될 수 있을지언정, 과세관청 스스로 과세를 하지 않겠다는 공적인 견해표명을 한 적도 없다.



(라) 또한 청구법인은 유사한 선례라며 ‘상속, 합병, 사업양수도’ 사례를 제시하였으나, 이는 승계에 관한 법률적 효과를 오인한 주장에 불과하다.



‘상속인-피상속인’, ‘합병법인-피합병법인’, ‘분할회사-분할신설회사’, ‘사업포괄양도인-사업포괄양수인’ 사이에서는 권리의무가 당연히 포괄적으로 승계되고, 이들 관계는 별도의 계약문서에 의해 법률관계가 승계된다기보다는 법률적 효과에 의해 당연 승계되는 사안이다.



그러나, 이 건의 경우 청구법인이 별도로 쟁점승계계약서를 작성하지 않는다면, 당연 승계되지 않는다는 점에 있어서 근본적으로 동일한 사안이라고 보기 어렵다.



(마) 따라서 청구법인의 여러 주장들을 감안하더라도, 청구법인이 이 건 부과처분과 같은 내용으로 인지세 납세의무를 이행하지 않은 것은 단순한 법률의 부지 또는 착오에 의한 것에 불과하여 가산세의 부과를 면제할 정당한 사유가 있는 때에 해당한다고 볼 수 없다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



① (주위적 청구) 관리형 토지신탁계약에 따른 쟁점승계계약서가 인지세 과세대상 문서에 해당하는지 여부



② (예비적 청구) 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부



나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 조사



(1) 관리형 토지신탁계약에 관한 내용은 아래와 같다.



(가) 청구법인이 제출한 관리형 토지신탁계약서(청구법인 외 다른 신탁회사)는 아래 ＜표2＞와 같고, 관리형 토지신탁계약의 특약사항(청구법인)에 관한 내용은 아래 ＜표3＞과 같다.



＜표2＞ 관리형 토지신탁계약서

○○○



＜표3＞ 관리형 토지신탁계약의 특약사항(표준)

○○○



(나) 청구법인은 쟁점승계계약서 중 1통의 건축물 감리계약 승계계약서를 제출하였는데, 그 내용은 아래 ＜표4＞와 같고, 위 승계계약서에는 위탁자와 감리용역업체가 당초 계약한 ‘주택건설공사감리용역계약조건’이 첨부되어 있다.



＜표4＞ 건축물의 감리계약 승계계약서

○○○



(2) 가산세 감면에 대하여 청구법인이 제시한 해석사례는 아래와 같다.



(가) ‘인지세법 기본통칙’ 1-1…5에 ‘상속인, 합병으로 존속하거나 신설되는 법인 또는 사업양수인이 피상속인ㆍ소멸법인 또는 사업양도인이 작성하여 사용하던 문서를 권리의무를 포괄적으로 승계하는 상속인 등의 명의로 명의변경하여 계속 사용하더라도 새로운 문서를 작성한 것으로 보지 아니한다’고 규정하고 있다.



(나) 국세청은  "분할신설법인 명의로 도급계약서를 변경하는 경우 ‘인지세법 기본통칙’ 1-1…6의 규정을 준용하여 새로운 문서를 작성한 것으로 보지 아니한다”고 회신(소비세과-173, 2013.6.12.)하였다.



(다) 국세청은  "사업양수인이 사업양도인이 사용하던 상품권을 권리의무를 포괄적으로 승계하는 양수인의 명의로 변경하여 재발행하는 경우 새로운 문서를 작성한 것으로 보지 아니한다”고 회신(서면 2022-소비-388, 2020.1.23.)하였다.



(라) 국세청은 ‘위탁자와 신탁회사(수탁자) 등 간에 체결한 관리형 토지신탁 계약에 의해 사업주체가 변경됨에 따라 작성하는 공사도급계약 승계계약서는 도급계약의 계약당사자를 변경하기 위해 새로운 문서를 작성한 것이므로 「인지세법」제3조 제1항 제3호에 따른 과세문서에 해당하는 것’이라고 회신(서면 2022-소비-5002, 2022.12.22.)하였다.



(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.



(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점승계계약서는 「건설관리기본법」제22조에 따라 작성하는 도급문서가 아니고 위탁자로부터 권리ㆍ 의무를 포괄적으로 승계받아 명의만 변경하여 작성한 것일 뿐이므로 인지세 과세대상 문서가 아니라고 주장하나,



청구법인이 제출한 관리형 토지신탁계약서 및 특약사항 등을 보면 위탁자ㆍ 수탁자(신탁회사)ㆍ 시공사 등이 계약의 당사자로서 각자가 수행하는 업무를 약정하면서 공사비를 포함한 공사도급과 그 범위 등에 대하여 정한 것으로 보이는바, 쟁점승계계약서는「건설산업기본법」제22조 및 같은 법 시행령에 따라 작성된 도급문서로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점승계계약서를 인지세 과세대상 문서로 보아 청구법인에게 이 건 인지세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.



(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 부과되는 행정상의 제재이고, 그와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 가할 수 없다 할 것(조심 2011서1923, 2012.6.8. 같은 뜻임)인바,



청구법인의 관리형 토지신탁계약의 특약사항 제14조 제2항에 따르면 청구법인에게 부과되는 제세공과금은 사업비 운영계좌에서 집행되므로 인지세를 위탁자의 비용으로 지급할 수 있는 청구법인의 입장에서는 쟁점승계계약서 작성에 따른 인지세를 납부하지 않을 이유가 없어 보이는 점, 국세청은 2022.12.22. 신탁회사의 질의에 대하여 ‘관리형 토지신탁에 의해 사업주체가 변경됨에 따라 위탁자와 신탁회사 등 간에 작성하는 공사도급계약 승계계약서는 계약당사자를 변경하기 위해 새로운 문서를 작성한 것’으로 해석하여 회신한 점, 위 국세청의 질의회신이 있기 전까지 신탁회사가 관리형 토지신탁을 체결하면서 장기간에 걸쳐 공사도급계약 승계계약서를 작성하고 있음에도 과세관청에서는 위 문서를 과세대상으로 보아 인지세를 부과한 사실이 없어 보이는 점, 이러한 상황에서 청구법인 스스로 쟁점승계계약서를 과세문서로 분류하여 인지세를 신고할 것을 기대하기는 어려워 보이는 점, 당초 인지세 도입 시 종이인지 첨부방식에 따른 세원포착의 어려움을 전제로 납세자의 자발적인 납부를 유인하기 위하여 미납부세액의 300% 상당액을 해당 인지세의 납부지연가산세로 부과하도록 규정한 것은 다른 세목에 비해 가산세액이 지나치게 높아 과세 형평성 및 비례의 원칙에도 부합하지 아니한 점(조심 2024서4659, 2025.11.6., 같은 뜻임) 등에 비추어 청구법인이 쟁점승계계약서에 대하여 인지세 수입인지를 첨부하여 납부하지 아니하였다 하더라도 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다 할 것이므로 이 건 인지세 부과처분은 납부지연가산세(수입인지미첨부)를 가산하지 않는 것으로 하여 그 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.





＜별지＞ 관련 법령



(1) 인지세법



제1조(납세의무) ① 국내에서 재산에 관한 권리 등의 창설ㆍ이전 또는 변경에 관한 계약서나 이를 증명하는 그 밖의 문서를 작성하는 자는 이 법에 따라 그 문서에 대한 인지세를 납부할 의무가 있다.

② 2인 이상이 공동으로 문서를 작성하는 경우 그 작성자는 해당 문서에 대한 인지세를 연대(連帶)하여 납부할 의무가 있다.



제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1.  "증서”란 재산에 관한 권리의 창설ㆍ이전 또는 변경에 관한 계약서나 그 밖에 이를 증명할 목적으로 작성하는 문서를 말한다.

2.  "통장”이란 하나의 문서로서 반복적인 거래 사실을 표시할 수 있도록 철한 문서를 말한다.



제3조(과세문서 및 세액) ①인지세를 납부하여야 할 문서(이하  "과세문서”라 한다) 및 세액은 다음과 같다.



과세문서

세액

1. 부동산ㆍ 선박ㆍ 항공기의 소유권 이전에 관한 증서

기재금액이 1천만원 초과 3천만원 이하인 경우 : 2만원

기재금액이 3천만원 초과 5천만원 이하인 경우 : 4만원

기재금액이 5천만원 초과 1억원 이하인 경우 : 7만원

기재금액이 1억원 초과 10억원 이하인 경우 : 15만원

기재금액이 10억원 초과하는 경우 : 35만원

3. 도급 또는 위임에 관한 증서 중 법률에 따라 작성하는 문서로서 대통령령으로 정하는 것

제1호에 규정된 세액



② 제1항 각 호의 과세문서는 통장의 경우 1권마다, 통장 외의 과세문서의 경우 1통마다 해당 인지세를 납부하여야 한다.

③ 제1항 각 호의 과세문서에는 「전자문서 및 전자거래 기본법」 제2조에 따른 전자문서(「주식ㆍ사채 등의 전자등록에 관한 법률」 제2조 제1호 나목에 따른 사채로서 같은 법 제59조 각 호의 요건을 모두 갖추고 전자등록된 것 등 대통령령으로 정하는 전자문서는 제외하며, 이하  "과세대상 전자문서”라 한다)를 포함한다.

④ 제1항 각 호의 과세문서에 대해서는 명칭이 무엇이든 그 실질적인 내용에 따라 이를 적용한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지에서 규정한 사항 외에 과세문서의 판단 및 구분에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



(2) 인지세법 시행령



제2조의3(도급 및 위임 문서의 범위) 법 제3조 제1항 제3호에서  "대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 「건설산업기본법」 제22조에 따라 작성하는 도급문서



(3) 건설산업기본법



제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3.  "건설용역업”이란 건설공사에 관한 조사, 설계, 감리, 사업관리, 유지관리 등 건설공사와 관련된 용역(이하  "건설용역”이라 한다)을 하는 업(業)을 말한다.

4.  "건설공사”란 토목공사, 건축공사, 산업설비공사, 조경공사, 환경시설공사, 그 밖에 명칭과 관계없이 시설물을 설치ㆍ유지ㆍ보수하는공사(시설물을 설치하기 위한 부지조성공사를 포함한다) 및 기계설비나 그 밖의 구조물의 설치 및 해체공사 등을 말한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 공사는 포함하지 아니한다.

가. 「전기공사업법」에 따른 전기공사

나. 「정보통신공사업법」에 따른 정보통신공사

다. 「소방시설공사업법」에 따른 소방시설공사

라. 「국가유산수리 등에 관한 법률」에 따른 국가유산 수리공사



제22조(건설공사에 관한 도급계약의 원칙) ① 건설공사에 관한 도급계약(하도급계약을 포함한다. 이하 같다)의 당사자는 대등한 입장에서 합의에 따라 공정하게 계약을 체결하고 신의를 지켜 성실하게 계약을 이행하여야 한다.

② 건설공사에 관한 도급계약의 당사자는 계약을 체결할 때 도급금액, 공사기간, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 계약서에 분명하게 적어야 하고, 서명 또는 기명날인한 계약서를 서로 주고받아 보관하여야 한다.

③ 국토교통부장관은 계약당사자가 대등한 입장에서 공정하게 계약을 체결하도록 하기 위하여 건설공사의 도급 및 건설사업관리위탁에 관한 표준계약서(하도급의 경우는 「하도급거래 공정화에 관한 법률」에 따라 공정거래위원회가 권장하는 건설공사표준하도급계약서를 포함한다. 이하  "표준계약서”라 한다)의 작성 및 사용을 권장하여야 한다.

④ 건설사업자는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 건설공사에 관한 사항을 건설공사대장에 적어야 한다.

⑤ 건설공사 도급계약의 내용이 당사자 일방에게 현저하게 불공정한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 부분에 한정하여 무효로 한다.

1. 계약체결 이후 설계변경, 경제상황의 변동에 따라 발생하는 계약금액의 변경을 상당한 이유 없이 인정하지 아니하거나 그 부담을 상대방에게 떠넘기는 경우

2. 계약체결 이후 공사내용의 변경에 따른 계약기간의 변경을 상당한 이유 없이 인정하지 아니하거나 그 부담을 상대방에게 떠넘기는 경우

3. 도급계약의 형태, 건설공사의 내용 등 관련된 모든 사정에 비추어 계약체결 당시 예상하기 어려운 내용에 대하여 상대방에게 책임을 떠넘기는 경우

4. 계약내용에 대하여 구체적인 정함이 없거나 당사자 간 이견이 있을 경우 계약내용을 일방의 의사에 따라 정함으로써 상대방의 정당한 이익을 침해한 경우

5. 계약불이행에 따른 당사자의 손해배상책임을 과도하게 경감하거나 가중하여 정함으로써 상대방의 정당한 이익을 침해한 경우

6. 「민법」 등 관계 법령에서 인정하고 있는 상대방의 권리를 상당한 이유 없이 배제하거나 제한하는 경우

⑥ 건설사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제4항에 따른 건설공사대장의 기재 사항을 발주자에게 통보하여야 한다.

⑦ 건설공사 도급계약의 당사자는 「고용보험 및 산업재해보상보험의 보험료징수 등에 관한 법률」에 따른 보험료, 「국민연금법」에 따른 국민연금보험료, 「국민건강보험법」에 따른 건강보험료, 「노인장기요양보험법」에 따른 노인장기요양보험료 등 그 건설공사와 관련하여 건설사업자가 의무적으로 부담하여야 하는 비용의 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 건설공사의 도급금액 산출내역서(하도급금액 산출내역서를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)에 분명하게 적어야 한다. 이 경우 그 건설공사의 도급금액 산출내역서에 적힌 금액이 실제로 지출된 보험료 등보다 많은 경우에 그 정산에 관한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑧ 둘 이상의 건설사업자가 공동으로 국가, 지방자치단체 또는 대통령령으로 정하는 공공기관 외의 자가 발주하는 공사를 도급받기로 발주자와 약정한 후 그 건설사업자 중에서 발주자에게 약정내용의 변경을 요청하는 경우에는 요청일 10일 전까지 그 사유를 다른 건설사업자에게 서면으로 통보하여야 한다.



(4) 건설산업기본법 시행령



제25조(공사도급계약의 내용) ①법 제22조 제2항에 따라 공사의 도급계약에 분명하게 적어야 할 사항은 다음 각 호와 같다.

1. 공사내용

2. 도급금액과 도급금액 중 임금에 해당하는 금액

3. 공사착수의 시기와 공사완성의 시기

4. 도급금액의 선급금이나 기성금의 지급에 관하여 약정을 한 경우에는 각각 그 지급의 시기ㆍ방법 및 금액

5. 공사의 중지, 계약의 해제나 천재ㆍ지변의 경우 발생하는 손해의 부담에 관한 사항

6. 설계변경ㆍ물가변동 등에 기인한 도급금액 또는 공사내용의 변경에 관한 사항

7. 법 제34조 제2항의 규정에 의한 하도급대금지급보증서의 교부에 관한 사항(하도급계약의 경우에 한한다)

8. 법 제35조 제1항의 규정에 의한 하도급대금의 직접지급사유와 그 절차

8의2. 법 제40조 제1항에 따른 건설기술인의 배치에 관한 계획

9. 「산업안전보건법」 제72조에 따른 산업안전보건관리비의 지급에 관한 사항

10. 법 제87조 제1항의 규정에 의하여 건설근로자퇴직공제에 가입하여야 하는 건설공사인 경우에는 건설근로자퇴직공제가입에 소요되는 금액과 부담방법에 관한 사항

11. 「산업재해보상보험법」에 의한 산업재해보상보험료, 「고용보험법」에 의한 고용보험료 기타 당해 공사와 관련하여 법령에 의하여 부담하는 각종 부담금의 금액과 부담방법에 관한 사항

12. 당해 공사에서 발생된 폐기물의 처리방법과 재활용에 관한 사항

13. 인도를 위한 검사 및 그 시기

14. 공사완성후의 도급금액의 지급시기

15. 계약이행지체의 경우 위약금ㆍ지연이자의 지급 등 손해배상에 관한 사항

16. 하자담보책임기간 및 담보방법

17. 분쟁발생시 분쟁의 해결방법에 관한 사항

18. 「건설근로자의 고용개선 등에 관한 법률」 제7조의2에 따른 고용 관련 편의시설의 설치 등에 관한 사항



(5) 국세기본법



제47조의4(납부지연가산세) ⑨ 「인지세법」제8조 제1항에 따른 인지세(같은 법 제3조 제1항 제1호의 문서 중 부동산의 소유권 이전에 관한 증서에 대한 인지세는 제외한다)의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우(과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 납부하는 경우는 제외한다)에는 해당 호에 따른 금액을 가산세로 한다.

1. 「인지세법」에 따른 법정납부기한이 지난 후 3개월 이내에 납부한 경우 : 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 100

2. 「인지세법」에 따른 법정납부기한이 지난 후 3개월 초과 6개월 이내에 납부한 경우 : 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 200



제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우



(6) 국세기본법 시행령



제28조(가산세의 감면 등) ① 법 제48조 제1항 제3호에서  "대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우