1. 피고가 2024. 5. 7. 원고 AAA에게 한 2016년 귀속 양도소득세 ×××원(가산

세 ×××원 포함) 및 2024. 5. 3. 원고 AAA’에게 한 2016년 귀속 양도소득세

×××원(가산세 ×××원 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. bbb 환지공동주택조합(이하  "이 사건 조합”이라 한다)은 **시 *구 **동 ****-2 토지(이하  "이 사건 토지”라고 한다)의 공유자들이 위 토지 위에 공동주택을

건설하고 이를 제3자에게 분양하는 사업(이하  "이 사건 사업”이라 한다)을 하여 그 수익금을 배분하는 것을 목적으로 하는 단체1)이고, 원고들은 이 사건 조합의 조합원이다.

나. 피고는 2024. 5. 3. 원고들에게, ‘원고들이 2016. 3. 25. 원고들 소유의 이 사건

토지 지분을 이 사건 조합에 양도하였음에도 이에 대한 양도소득세를 신고ㆍ납부하지

않았다’는 이유로 2016년 귀속 양도소득세 및 가산세(일반무신고가산세 및 납부불성실가산세)를 부과하겠다는 세무조사결과를 통지하고, 2024. 5. 7. 원고 AAA에게 2016년 귀속 양도소득세 ×××원(가산세 ×××원 포함) 및 2024. 5. 3. 원고 AAA’에게 2016년 귀속 양도소득세 ×××원(가산세 ×××원 포함)의 부과처분을 하였다(이하 이를  "이 사건 부과처분”이라고 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 19, 20, 32호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재,

변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 위법 여부

가. 원고들 주장의 요지

1) 원고들은 이 사건 조합에 이 사건 토지 지분을 현물출자함으로써 사업시행에

따른 수익 배분을 받을 수 있는 권리를 취득한 것으로, 이는 소득세법상 양도소득세

과세원인인 ‘양도’에 해당한다. 원고들이 이 사건 조합에 이 사건 토지 지분을 양도한 시기는 이 사건 조합의 제2차 총회에서 현물출자 결의를 한 2015. 5. 6.이므로, 이 사건 처분은 부과제척기간(7년)을 도과한 후에 이루어져서 위법하다.

2) 이 사건 부과처분은 국세기본법에서 정한 과세예고통지 및 과세전적부심사 없이 이루어졌으므로 절차상 중대한 하자가 있다.

나. 인정사실

1) 이 사건 사업 시행 경과 및 이 사건 조합의 설립 경위

가) 재정경제부는 2003. 8. 11. **시 *구 등 일원에 대한 개발사업을 추진하고자 해당 일대를 ******구역으로 지정하고, 2006. 12. 5. ccc도시개발공사와 ddd공사의 ******구역 **지구 개발사업 실시계획을 승인하였다.

나) ddd공사는 2006. 12. 13. 위 개발사업에 편입된 토지의 소유자들에게 수용방식 또는 환지방식의 보상을 시행할 예정이라고 공지하였고, 환지계획이 인가됨에 따라 2009. 1. 23. bbb 환지예정지 지정을 예고하였다.

다) 이 사건 조합은 2009. 11. 14. bbb A15, A56, A66 구역의 환지처분 대상자를 조합원으로 하여 창립총회를 개최하여 설립되었고, 창립총회에서 이 사건 조합의 정관을 승인하는 결의를 하였다. 위 정관에서는 조합원이 소유한 토지를 이 사건 조합의 사업목적에 따라 공여하고, 이 사건 조합은 건설산업기본법에 의한 건설업

등록을 한 자와 공동으로 위 구역에 공동주택을 건설하여 제3자에게 분양하는 개발사

업을 시행하며, 조합원들에게 출자한 비율에 따라 수익을 배분하기로 정하였다.

라) ddd공사는 도시개발법 등 관련 법령에 따라 환지방식의 보상을 받을 토지 소유자들에게 공동주택용지를 공유로 하여 환지를 지정하고, 2014. 1. 27. bbb A15구역의 환지처분 대상자 중 공동주택 건설에 동의하는 사람은 A15구역으로, 동의하지 않는 사람은 A56구역, A66구역으로 구분하도록 하는 최종 환지처분 공고를 하였다. 이에 따라 이 사건 조합의 사업대상 부지는 bbb A15구역(이 사건 토지에 해당함)으로, 이 사건 조합의 조합원의 자격은 이 사건 토지의 공유자로 확정되었고, 각 조합원별 이 사건 토지 지분도 확정되었다.

2) 이 사건 조합의 2015. 5. 6. 자 제2차 총회 개최 및 결의

가) 이 사건 조합은 2015. 5. 6. 2차 총회를 개최하여, 정관 개정(환지처분에 따

라 확정된 이 사건 토지만 사업시행구역으로 하고, 조합원도 A15구역 토지 소유자로

하며, 사업의 시행방법에 신탁개발 방식을 추가하는 내용, 이하 ‘개정 정관’이라 한다) 및 이 사건 토지 지상에 공동주택 및 부대복리시설을 건축하기 위한 사업계획을 승인하는 내용의 ‘개발사업 및 신탁결의’ 안건을 의결하였다. 개정 정관 중 사업시행, 조합원 지위에 관한 부분은 다음과 같다.




제11조(조합원의 자격) ① 본 조합원은 「bbb 개발사업」의 공동주택용지 중 A-15블록의 토지를 소유한 자(환지주)로 한다(개정 2016.1.21.)

②양도ㆍ 상속ㆍ 증여 및 판결 등으로 조합원의 권리가 이전된 때에는 조합원의 권리를 취득한 자로 조합원이 변경된 것으로 보며, 권리를 양수받은 자는 조합원의 권리와 의무 및 종전의 권리가 행하였거나 조합이 종전의 권리자에게 행한 처분, 청산시 권리ㆍ 의무에 관한 범위 등을 승계한다.







나) 의결된 ‘개발사업 및 신탁결의’에 따라, 원고들을 비롯한 조합원들은 조합에

인감증명서를 첨부하여 ‘조합이 관리형 또는 차입형 토지신탁 방식으로 사업을 시행하

고, 이를 위해 부동산신탁회사와 관리형 또는 차입형 토지신탁을 체결함에 조합원이

동의한다’는 내용의 ‘사업결의 및 신탁결의서’를 제출하였다.

3) 신탁계약의 체결 및 신탁등기의 경료 등

가) 이 사건 조합은 2015. 8. 27. 신탁사인 eee신탁, 시공사 fff, ggg와 이 사건 사업 시행을 위한 사업협약을 체결하였다.

나) 이 사건 조합은 2015. 11. 20. 제3차 총회에서 시공사의 선정, 환지등기 및

신탁등기 실행 안건(환지 촉탁등기, 이 사건 조합 명의로의 신탁등기, 신탁사 명의로의

신탁등기를 같은 날 경료한다는 내용)을 의결하였다.

다) 그런데 신탁사인 eee신탁이 이 사건 사업에 대한 투자심의를 보류하자, 이 사건 조합은 2016. 1. 21. 임시총회를 개최하여 hhh신탁㈜로의 신탁사 변경과 담보신탁을 통한 경비조달 등을 의결하고, 2016. 3. 22. hhh신탁㈜와 분양형토지신탁계약을 체결하였다.

라) ddd공사의 환지촉탁에 따라 2016. 3. 25. 이 사건 조합의 조합원들이 종전 토지 대신에 이 사건 토지의 공유 지분을 취득하는 내용의 지분이전등기가 이루어졌고, 같은 날 그 지분에 관하여 이 사건 조합을 수탁자로 하여 신탁을 원인으로한 소유권이전등기가 마쳐졌고, 연이어 hhh신탁㈜를 수탁자로 하여 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌다 이하 이 사건 조합을 수탁자로 하는 신탁등기와 hhh신탁㈜를 수탁자로 하는 신탁등기를 통틀어 ‘이 사건 신탁등기’라 한다 .

4) 이 사건 사업의 완료

hhh신탁에 의하여 이 사건 사업이 진행되어 2018. 8. 20. 이 사건 토지 위

에 8개동 577세대의 공동주택이 준공되었고, 이 사건 조합은 일반분양에 따른 분양수

익금을 2019. 6.경부터 2023년경까지 원고들을 비롯한 각 조합원들에게 지분비율대로

정산하여 지급하였다.

[인정 근거] 위의 증거들, 갑 제1, 3 내지 18, 21 내지 31, 33 내지 40, 43호증, 을 제

5, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 관련 법리

1) 소득세법 ‘양도’란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에

대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 정

함으로써(제88조 제1호), 양도인이 자산의 유상 이전으로 양도소득을 얻는 경우에 그

자산의 이전에 관하여 등기 또는 등록 절차를 마쳤는지 여부를 불문하고 양도소득에

관하여 납세의무를 진다는 점을 명시하고 있다. 소득세법령은 양도시기와 관련하여 원

칙적으로는 양도에 따른 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 않거

나 대금 청산 이전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기접수일로 하도록 규정하고 있

다(소득세법 제98조, 소득세법 시행령 제162조 제1항).

2) 조합에 출자된 자산은 출자자의 개인재산과 구별되는 별개의 조합재산을 이루어 조합원의 합유로 되고 출자자는 그 출자의 대가로 조합원의 지위를 취득하는 것이

므로, 조합에 대한 자산의 현물출자는 자산의 유상이전으로서 양도소득세의 과세원인

인 양도에 해당하고, 그 양도시기는 조합에 현물출자를 이행한 때이다(대법원 2002. 4.

23. 선고 2000두5852 판결 등 참조).

라. 구체적 판단

위의 증거들, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되거나 알 수 있는 다음의 사실 및 사정들을 종합하면, 원고들을 비롯한 이 사건 조합의 조합원들은 2차 총회에서 현

물출자 결의를 한 2015. 5. 6. 현물출자로서 이 사건 토지 지분을 이 사건 조합에 사실

상 이전한 것으로 평가할 수 있고, 그에 대응하여 이 사건 사업에 따른 수익배분권을

부여받았으므로 해당 시점에서 대금의 청산도 완료된 것으로 봄이 상당하다. 원고들이

이 사건 토지 지분을 이 사건 조합에 유상으로 이전한 양도시기는 2015. 5. 6.이다.

1) 이 사건 조합의 실체(= 비법인사단)와 관련된 사실 및 사정들

① 이 사건 조합은 고유의 목적(이 사건 토지에 공동주택을 건설하고 이를 제3자에게 분양하여 수익금을 배분)을 가지고 사단적 성격을 가지는 규약(정관)을 만들어

이에 근거하여 의사결정기관 및 집행기관인 대표자를 두는 등의 조직을 갖추고 있고,

기관의 의결이나 업무집행방법이 다수결의 원칙에 의하여 행하여지며, 구성원의 가입,

탈퇴 등으로 인한 변경에 관계없이 단체 그 자체가 존속되고, 그 조직에 의하여 대표

의 방법, 총회나 이사회 등의 운영, 사업시행방법, 개발이익분배 등 단체로서의 주요사

항이 확정되어 있으므로 비법인사단으로서 실체를 가진다(대법원 1992. 7. 10. 선고 92

다2431 판결 참조). 2009. 11. 14. 창립 당시에는 그 조합원은 bbb 공동주택용지 A15구역, A16구역, A56구역의 토지를 환지받은 소유자들로 되어 있었으나, 2015.5. 6. 정관변경에 의하여 이 사건 사업의 추진에 동의하고 A15구역의 토지를 환지받은

소유자들로 변경되게 되었다.

② 비법인 사단의 사원이 집합체로서 물건을 소유할 때에는 총유로 한다(민법

제275조). 총유에서는 소유권 중 관리ㆍ처분권능이 비법인사단, 즉 사원의 총체에 속하

여 사원총회의 결의가 있어야 관리ㆍ처분이 가능한 반면, 각 사원은 정관 등에서 규정한

바에 따라 총유물을 사용ㆍ수익할 수 있다(민법 제276조). 총유에 있어서는 총유물에 대

한 총유지분이라는 개념이 인정되지는 않으며, 총유물에 대한 사용ㆍ수익권은 단체의 구

성원이라는 자격에서 인정된다고 할 수 있다.

2) 현물출자에 따라 이 사건 토지의 지분이 이 사건 조합에 사실상 이전된 시기(=

2015. 5. 6.)와 관련된 사실 및 사정들

① 원고들은 환지방식으로 이 사건 토지(공동주택용지) 지분을 취득한 다음 이를 이 사건 조합에 제공하여 공동주택을 건설하기로 동의하고 사업추진위원회에 동의서를 제출하였고, 2014. 1. 27. 환지처분으로 이 사건 토지의 공유지분이 확정됨에 따라 원고들을 비롯한 조합원들이 이 사건 조합에 현물출자하는 재산의 종류와 수량은

이미 확정되어 있는 상태였다. ddd공사가 2013. 11.경 감정가액(1,365,000원/㎡)으

로 A15구역 금전청산을 함에 따라 이 사건 토지 지분의 가격도 확정되었다(피고 역시

원고들이 이 사건 토지 지분을 해당 감정가액으로 이 사건 조합에 양도한 것으로 평가

한 다음 이 사건 부과처분을 하였다).

② 이 사건 조합은 2015. 5. 6. 2차 총회에서 ‘이 사건 토지를 사업시행구역으로

정하고, 조합원은 소유한 토지를 조합의 사업목적에 따라 공여 또는 신탁하고, 조합은

공동주택을 건설하여 그에 따른 수익을 조합원들에게 출자 비율에 따라 배분하기’로

결의하였고, 원고들을 비롯한 조합원들은 이러한 결의내용에 동의하여 총회결의 이후

‘사업결의 및 신탁결의서’를 제출하였다. 해당 신탁결의서의 내용은 이 사건 조합이 이 사건 공동주택 건설사업을 관리형 토지신탁 또는 차입형 토지신탁으로 시행함에 동의

한다는 것인바, 이는 조합원들이 이 사건 토지 지분을 이 사건 조합 또는 신탁회사에

게 공여 또는 신탁하는 방식으로 현물출자하여 이 사건 사업을 추진한다는 것을 전제

하는 것이다. 이 사건 사업시행의 범위와 방식, 조합원의 범위, 조합원이 각 현물출자

하는 재산의 종류와 수량, 현물출자의 대가로서 출자지분에 따른 사업시행수익을 배분

받을 것이라는 점, 이 사건 조합이 정한 바에 따라 이 사건 토지의 지분을 신탁등기하

여야 한다는 점 등이 확정됨에 따라, 원고들을 비롯한 조합원들은 이 사건 토지의 지

분을 이 사건 조합 또는 조합이 선정한 부동산신탁회사에 신탁등기를 하여야 할 구체

적인 의무를 부담하게 되었고, 더 이상 자신의 토지 지분을 이 사건 조합의 사업 시행

외의 목적으로는 사용할 수 없게 되었으며, 만약 조합원들이 이러한 의무를 이행하지

않는다면 이 사건 조합은 조합원들에게 추가적인 급부를 제공함이 없이 곧바로 신탁등

기 이행의 소를 제기할 수 있게 되었다(이 사건 조합의 정관 제40조 제1항에도 관련

내용이 규정되어 있다). 이 사건 조합은 사업추진방식 및 신탁사와의 신탁계약조건 확

정 등 필요한 절차가 완료되지 않아 조합원들로부터의 소유권이전등기절차를 마치지

않은 것으로 보일 뿐, 조합의 선택에 따라서는 위 시점에서 즉시 원고들을 비롯한 조

합원들로부터의 소유권이전등기절차를 마치는 데에는 아무런 문제가 없었다고 볼 수

있다. 당시 원고들 명의로 이 사건 토지에 관한 환지등기가 마쳐지지 않은 상태였으나,

조합이 선택하는 시점에 ddd공사의 환지촉탁을 통해 조합원들 명의로 이 사건 토지에 관한 환지등기를 하고 조합 명의로 소유권이전등기절차를 마치는 데에 별다른 문제가 없었던 것으로 보인다. 실제로 이 사건 조합이 이 사건 신탁등기를 하는 시점인 2016. 3. 25.에 맞춰 조합원들 명의의 환지등기가 마쳐졌다.

③ 2차 총회 결의 이후 2015. 11. 20. 3차 총회에서 이 사건 토지 지분의 신탁

등기절차 등의 의결이 이루어졌고 이후 신탁사가 hhh신탁㈜로 변경되었으며, 2016. 3. 25. 조합원들로부터 이 사건 조합으로 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기가

마쳐지기 이전에 같은 날 원고들을 비롯한 조합원들과 이 사건 조합 사이에 신탁계약

서가 작성된 사실이 있기는 하다. 그렇지만 이러한 신탁계약서의 작성이나 신탁에 따

른 이전등기의 완료는 이미 2차 총회결의에서 확정되어 있는 현물출자의무를 이행하는

절차에 불과하고, 2016. 3. 25.에 비로소 조합원들과 이 사건 조합 사이에 현물출자관

계 및 이익배분관계가 발생하였다거나 그 시점에서 이 사건 조합이 이 사건 토지 지분

에 관한 권리를 취득하였다고 평가할 수는 없다. 소득세법상 양도란 자산에 대한 등기

또는 등록과 관계없이 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말하는바, 2015. 5.

6.을 기준으로 하여 원고들의 이 사건 토지 지분은 이미 이 사건 조합에 사실상 이전

되었으며 다른 급부관계 없이 그 소유권이전등기절차의 처리만이 남아 있는 상태였다

고 평가함이 상당하다.

④ 이 사건 조합의 정관에 의하면 조합원이 본인 소유의 토지를 양도하면 조합원 자격을 상실하도록 하고 있고(제13조 제1항), 조합원의 권리가 이전된 경우에는 권리를 양수받은 자로 조합원이 변경된 것으로 보아 조합원 지위의 승계를 인정하고 있

다(제11조 제1항). 아울러 조합원은 조합에서 임의로 탈퇴할 수 없지만 부득이한 경우

총회 의결에 따라 탈퇴할 수 있고, 이 경우 조합원 제명의 경우에 준하여 토지를 감정

평가하여 조합이 매수하는 것을 원칙으로 한다(제13조 제6항). 이러한 정관의 내용을

종합하면, 원고들을 비롯한 조합원들이 현물출자로서 이 사건 토지의 지분을 이 사건

조합에 사실상 이전한 이후라고 하더라도 토지에 관한 권리를 양도하는 방식으로 조합

원 지위를 제3자에게 양도하는 것은 가능하다고 할 것이고(다만 이러한 경우 이 사건

조합에 대하여 토지지분을 이전할 의무는 양수인이 그대로 승계한다고 할 것이다), 조

합원이 이 사건 조합에서 탈퇴하기로 하고 이 사건 조합에 토지지분을 매도하는 것도

가능하다고 할 것이다. 그렇다면 2015. 5. 6. 2차 총회 이후에도 일부 조합원들이 제3

자에게 토지를 양도하거나(이는 조합원의 지위를 제3자에게 양도한 것으로 보아야 한

다) 이 사건 조합에 토지지분을 매도하였다(이는 조합원의 지위에서 탈퇴한 것으로 보

아야 한다)는 사정만으로는 위의 판단에 방해가 되지 않는다.

3) 이 사건 토지 지분의 사실상 이전에 따른 대금청산이 이뤄진 시기(= 2015. 5.

6.)에 관한 사실 및 사정들

① 이 사건 조합의 개정정관은 사업시행방법과 관련하여 ‘조합원은 소유한 토지를 조합의 사업목적에 따라 공여 또는 신탁하고, 조합은 사업을 시행하여 공동주택 등

을 건설, 일반에게 분양하여 ‘조합원에게 출자비율에 따라 수익을 배분한다(제5조)’고

규정하고 있고, 조합원의 권리로서 ‘사업이익의 출자비율에 따른 이익배당권(제12조)’

을 규정하였으며, 사업의 종료 후 조치와 관련하여 ‘조합은 본 사업을 통해 발생한 이익금에서 제36조의 사업비를 제외한 개발이익을 조합원에게 권리금액의 비율대로 분배한다(제42조)’고 규정하였다. 원고들을 비롯한 이 사건 조합의 조합원들은 이 사건 조합에 이 사건 토지 중 소유지분을 현물출자하고 그 대가로 사업수행에 따른 수익을 배분받을 수 있는 권리를 취득하였다.

② 2015. 5. 6. 시점에서는 이 사건 사업의 성공여부, 사업에 따른 개발이익이

발생할 것인지 여부, 개발이익의 규모 등도 확정되지 않은 상태였는바, 원고들이 이 사

건 조합에 이 사건 토지 지분을 현물출자하고 받은 대가는 ‘이 사건 사업의 추진에 따

른 장래의 불확정한 개발이익을 배당받을 수 있는 권리’ 그 자체라고 보아야 한다. 원고들을 비롯한 조합원들이 2015. 5. 6. 이 사건 조합에게 이 사건 토지의 지분을 사실

상 이전하였고 그 결과 조합원으로서 개발이익을 분배받을 수 있는 권리를 취득함으로

써 위 권리이전에 따른 대금의 청산은 완료되었다. 이 사건 조합이 사업완료 이후

2019년부터 2023년까지에 걸쳐 원고들을 비롯한 조합원들에게 실제로 이익배당금을

지급하기는 하였으나, 그 이익배당금 자체가 이 사건 부동산의 이전에 대한 대가인 것

으로 볼 수는 없고, 이는 그 정관내용과 조합총회의 결의를 근거로 원고들을 비롯한

조합원들에게 출자비율에 따라 개발이익을 배분하는 방식으로 그 총유재산을 관리ㆍ처

분한 것으로 볼 수 있을 뿐이다.

마. 소결

원고들이 이 사건 조합에 이 사건 토지 지분을 양도한 시기는 2차 총회에서 현물출자 결의를 한 2015. 5. 6.로 보아야 한다. 그렇다면 2024. 5. 7. 이루어진 이 사건 부

과처분은 2015년 과세기간 중에 발생한 위 양도에 대한 부과제척기간 7년을 도과하여

이루어졌으므로 위법하다. 이 사건 처분이 위법하다고 판단하는 이상 원고들의 나머지

주장은 판단하지 않는다.

국세부과의 제척기간이 경과한 후에 이루어진 부과처분은 무효라 할 것이지만

(대법원 2019. 8. 30. 선고 2016두62726 판결 참조), 원고들은 이 사건 처분의 취소를

구하고 있고 원고들의 취소 청구에는 무효를 선언하는 의미에서 취소를 구하는 취지가

포함되어 있다 할 것이므로, 원고들의 청구에 따라 이 사건 처분을 취소한다.

3. 결론

원고들의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용한다.