김포세무서장이 2024.11.27. 청구법인에게 한 2023년 귀속 양도소득세(농어촌특별세 포함) 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 2023.6.8. 경기도 김포시 OOO 임야 9,217㎡(이하  "쟁점임야”라 한다)를 주식회사 A 외 2인에게 OOO원에 매매하기로 하는 계약을 체결하고 이를 원인으로 2023.12.5. 주식회사 A 외 2인 앞으로 소유권이전등기를 경료한 후 2024.2.23. 청구법인을 「소득세법」상 거주자로 보아 2023년 귀속 양도소득세 OOO원(농어촌특별세 OOO원 포함)을 신고ㆍ 납부하였다.



나. 이후, 청구법인은 2024.9.20. 처분청에게 ‘법인으로 보는 단체’를 신청하여 승인을 받은 후 2024.9.23. 「법인세법 시행령」 제4조 제2항에 따라 쟁점임야의 양도소득을 최초 사업연도(2023.12.1.~ 2024.11.30.)의 개시일 전에 생긴 손익으로서 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 최초 사업연도의 손익에 산입할 수 있으므로 기신고ㆍ 납부한 양도소득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.



다. 처분청은 청구법인의 위 경정청구를 검토한 결과, 「법인세법 시행령」 제68조 제1항 제3호에 따라 쟁점임야 양도소득의 귀속사업연도는 소유권이전등기일(2023.12.5.), 인도일 또는 사용수익일(2023.7.6.) 중 빠른 날인 사용수익일로서 최초 사업연도 종료일로부터 1년을 초과하여 「법인세법」을 적용할 수 없다고 보아 2024.11.27. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.



라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.25. 이의신청을 거쳐 2025.8.13. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) 청구법인은 2012.9.24. 이미 ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받은 비영리법인이므로 쟁점임야 양도 당시 이미 「법인세법」 적용대상에 해당하였다.



(가) 청구법인은 B(C의 3대손)를 공동선조로 하여 B 10대손 면자행까지 제사를 지내는 김포지역을 기반으로 한 종중(OOO)으로, 선조를 기리고 제사를 봉행하면서 필요한 재원을 마련하기 위하여 종중 재산을 활용한 부동산 임대 및 관리업을 목적사업으로 하고 있고, 그 중 종중재산의 보전 및 관리와 관련하여 2020년 기준 총 33건의 부동산을 소유하였는데, 법인등기부가 없는 종중의 특성상 명칭이 일원화되지 않아 전주이씨 C OOO B파(이하  "D파”라 한다), 전주이씨 C파(이하  "C파”라 한다) 및 전주이씨 B파(이하  "B파”라 한다)라는 3개의 명칭을 혼용하여 자산을 관리하였으나, ‘B파’, ‘C파’ 및 ‘D파’의 실체는  "전주이씨 C파 B OOO”로 동일하다.



(나) 법원은 종중의 동일성 판단 기준과 관련하여 종중은 공동선조의 분묘수호와 제사 및 종원 상호 간의 친목을 목적으로 하는 자연발생적 종족 단체로서, 그 실체는 명칭 여하에 불구하고 봉제사의 대상인 공동시조와 구성원인 후손의 범위 및 분묘관리의 상황 등 그 실체적 내용에 의하여 판단하여야 한다고 보고 있는바(대법원 1994.11.11. 선고 94다17772 판결 참조), 청구법인은 2012.9.24. ‘C파’ 명의로 「국세기본법」 제19조 제2항에 따른 ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받았고, 이후 2024.9.20. ‘B파’ 및 ‘D파’의 명의로 다시 동일한 승인을 받은 바 있으며, 비록 각 승인 당시 사용된 명칭은 ‘C파’ 및 ‘B파’, ‘D파’로 일치하지 아니하나 해당 단체들은 모두 동일한 종중을 지칭하고 있으므로, 청구법인은 당초 2012년 승인 당시부터 「법인세법」상 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하였다.



1) ‘C파’와 ‘B파’, ‘D파’는 모두 공동선조를 B(C 이후생의 3대손)로 규율한다.



2) 시제 봉행범위는 동일하게 B 10대손 면자행까지를 원칙으로 하고, 시제는 매년 ‘음력 첫째 주 일요일’에 이루어지며, 묘역의 관리 범위도 B, 언양부수, 광유, 홍헌, 영언, 유배, 성임, 진유 등 9위(位)로 동일하다.



3) 이사회 의사록에 기재된 이사와 감사 및 이사회 명부에 기재된 회장단과 종중 임원진 구성이 동일하다.



4) 부동산등기부상 등재된 주사무소는 모두 ‘김포시 OOO’이고, 주사무소의 명패에는  "전주이씨 C파 B OOO”라는 명칭이 표시되어 있다.



5)  "전주이씨 B파 B OOO” 정관 제1조에서도 본 종중은  "전주이씨 C파, 전주이씨 B파, 전주이씨 CDB파 명칭을 혼용한다”고 명시하고 있다.



6) 위와 같은 사정에 비추어 볼 때 ‘C파’, ‘B파’ 및 ‘D파’의 실체는  "전주이씨 C파 B OOO”로 동일하다고 보아야 하고, 단순히 명칭이 달랐다는 이유만으로 서로 다른 단체로 판단할 것이 아니라 단체의 실질에 기반하여 동일성을 인정해야 한다.



(다) 청구법인은 수십년 전부터 종중의 자산을 운용하면서 일관된 업무체계를 갖추지 못하고 명의를 혼용하여 부동산을 등기ㆍ 관리하였는바, 2012.9.24. 당시  "전주이씨 C파 B OOO”가 아닌 ‘C파’의 명의로 법인으로 보는 단체를 신청한 것도 수익사업의 대상인 부동산이 ‘C파’ 명의로 등기되어 있었기 때문이다. 실제로 종중재산의 실질적인 취득 및 처분의 결정은 일관되게  "전주이씨 C파 B OOO”에서 이루어졌다. 이와 같이 청구법인이 명칭을 혼용한 것은 종중의 통일된 법적 명칭이 존재하지 않는 데에서 기인한 것으로, 이는 「민법」 법리나 등기부 등에 관한 부지 또는 혼동에 불과하며, 단체의 실체를 판단하는 것과는 무관하다. 따라서 청구법인은 다음과 같은 조치를 통하여 그동안 혼용해 오던 형식상의 명칭들을 단일화하여 실질적으로 하나의 단체임을 공식적으로 인정받았다.



1) 등기부등본은 부동산의 소유 및 권리관계를 판단하는 가장 기본이자 핵심이 되는 공적 장부인바, 이러한 등기부등본상 등기명의인 오류를 수정하는 공식절차를  "등기명의인 표시경정등기”라고 하는데, 이는 등기부 기재가 실제와 일치하지 않을 때 이를 정정하는 절차로서 등기상 명의와 경정하고자 하는 명의가 실질적으로 동일한 경우에 한하여 가능하고, 대법원도 ‘경정 전후의 등기가 표창하고 있는 등기명의인이 인격의 동일성을 유지하는 경우에 한하여 경정이 가능하다’고 판시하였다(대법원 1995.6.13. 선고 94다36360 판결 참조).



청구법인은 토지등기부상 명의의 단일화를 완료하였다. 쟁점임야의 등기부상 소유자 명의가  "전주이씨 C파 B OOO”가 아닌 ‘B파’로 등재된 것은 법인등기부나 그에 준하는 법률상 통일된 명칭이 존재하지 않은 종중이 재산 등기 과정에서 명칭을 혼용하여 발생한 것이므로, 청구법인은 기존에 혼용하던 명칭들을 ‘전주이씨 C D B파 종중’으로 통일함으로써, 단일한 종중임을 대외적으로 명확히 하였다. 즉, ‘B파’ 및 ‘C파’ 명의로 되어 있던 부동산등기부에 대하여 ‘전주이씨 C D B파 종중’이라는 명의로 등기명의인 표시경정등기를 완료하였는바, 이러한 혼용된 명칭을 단일화하는 절차를 통하여 명칭 차이는 형식적 외관에 불과하고 실질적으로 하나의 인격체임을 공식적으로 확인받은 것이다.



2) 청구법인은 소유 자산의 등기부상 명칭을 통일하는 데 그치지 않고, 금융기관에 개설된 종중 명의의 계좌 역시 통일된 명의로 단일화하였다. 즉, 청구법인은 ‘C파’로 2010.6.30. 개설된 은행계좌의 명의를 위 등기부와 동일하게 ‘전주이씨 C D B파 종중’으로 정비하였다. 만일 예금주 명의를 잘못 기재할 경우 국가 금융질서와 법적 안정성을 해칠 우려가 있어 은행은 등기부와 회의록, 정관 등 객관적인 서류를 엄격하게 심사하는 과정을 거쳐 단체 계좌의 명의 변경을 승인한 것이다. 이와 같이 예금계좌 명의 정비 절차를 거침으로써, 청구법인이 C파 등과 단일한 종중이라는 사실이 금융관계에서도 재차 확인되었다고 할 수 있다.



3) 청구법인은 행정 영역에서 사용하던 명칭을 단일화하고자 2025년 7월경 2012.9.24.자 승인받은 법인의제 단체의 상호명을 ‘C파’에서 ‘전주이씨 C D B파 종중’으로 변경함으로써 사업자등록증의 법인명을 변경하는 절차를 완료하였고, 향후 2024.9.20. 승인받은 ‘B파’ 및 ‘D파’ 명의의 법인의제 단체를 폐업을 통해 정리함으로써 행정적으로도 단일한 외형을 갖출 예정이다.



4) 청구법인은 현재 ‘D파’ 명의로 경기도 김포시 OOO에 건축물을 시공 중인바, 도로점용허가 및 공공폐수처리시설 유입 허가 등에 대한 권리ㆍ 의무를 ‘D파(136-82-73***)’에서 ‘전주이씨 C D B파 종중(구 C파, 137-82-76***)’으로 승계하는 신고절차를 마쳤고, 이후 2025.7.30. 건축허가에 대하여 건축주를 ‘전주이씨 C D B파 종중’으로 변경하는 신고수리도 완료하였다.



5) 청구법인은 조세 영역에서도 2012.9.24. 법인의제 단체와 하나의 종중임을 분명히 하고자 2012.9.24. 이후 기납부한 세액에 대해서도 청구법인을 「소득세법」이 아닌 「법인세법」 적용대상으로 보아 환급(소득세) 및 수정신고(법인세)를 진행하고 있다. 이상의 사정을 종합해 보면 청구법인은 다수의 공적 절차에서 단일한 종중임을 확인받았으므로, 청구법인이 2024.9.20. 「법인세법」 적용대상이 되었다는 전제하에서 이루어진 이 건 처분은 부당하다.



(라) 청구법인이 한 승인신청 및 폐업신고 등은 종중의 동일성 및 등기명의의 의미 등에 관한 착오로 인해 발생한 오류를 바로잡는 것으로, 신의성실의 원칙 위반을 논할 대상이 아니다. 납세자에 대한 신의성실의 원칙은 외관을 고의적으로 가장하여 심한 배신행위를 한 납세자에 한하여 적용될 수 있다. 즉, 신의성실의 원칙은 모든 법 영역에 적용되는 일반적인 법 원칙이나, 「민법」 등에서와는 달리 세법에 따라 정당한 세액이 법적으로 예정되어 있음에도 과거와 모순된 행위가 있다는 이유로 세법과 다른 방향의 과세처분을 하여 조세법률주의에 반하는 결과를 초래할 수 있으므로, 합법성을 일부 희생하여서라도 구체적인 신뢰보호의 필요성이 인정되는 예외적인 경우에 한하여 비로소 준용되어야 한다. 대법원도 ‘조세실체법에서의 신의성실의 원칙은 조세법률주의에 의하여 합법성의 원칙이 강하게 작용하기 때문에 사적자치의 원칙이 지배하는 사법에서보다 제한적으로 적용되어야 한다’고 판시하였다(대법원 1997.3.20. 선고 95누18383 전원합의체 판결 참조).



나아가, 조세 영역에서의 신의성실의 원칙은 기본적으로 과세관청에 대하여 적용되는 것이고, 납세자에 대하여 적용하는 것도 가능하나 이는 훨씬 더 엄격한 조건 하에서만 예외적으로 적용된다는 것이 판례 및 학계의 공통된 입장이다. 납세의무자가 과세관청에 대하여 자기의 과거 언동에 반하는 행위를 하였다는 사정만으로 세법상 혜택의 박탈, 가산세에 의한 제재, 각종 세법상의 벌칙 등 불이익한 처분이 이루어진다면 과세관청의 실질조사권과 조세과징권을 전제로 하는 현행 조세체계에서 납세자의 권리를 현저히 침해하는 결과를 초래할 수 있고, 납세자가 조세의 확정 또는 징수에 대하여 다투는 권리보호 절차 역시 사실상 무력화되어 조세법률주의는 형해화될 것이다. 따라서 납세자가 과세관청에 대한 심한 배신행위를 한 경우에만 신의성실의 원칙이 인정되어야 할 것이다.



청구법인의 행위는 신의성실의 원칙 위반의 적용대상에 해당하지 않는다. 청구법인이 2024.9.20. ‘B파’의 명의로 법인으로 보는 단체 승인을 받았음에도 이후 당초 2012.9.24.에 법인으로 보는 단체 승인을 받았음을 이유로 「법인세법」을 적용해야 한다고 주장하는 행위는 심한 배신행위로 볼 수 없다. 청구법인의 경우 납세자로서 법적 판단이 어려워 복수의 법인으로 보는 단체를 신청하고 경정청구를 하였던 것이다. 청구법인은 처음부터 2012.9.24. 법인으로 보는 단체 승인을 받았으므로 이 건 매매계약에 「법인세법」을 적용하였더라면 비과세를 적용받을 수 있었음에도 세법에 대한 이해가 부족하여 OOO원의 양도소득세를 자진ㆍ 납부하고 이후 새로이 법인의제 단체를 신청하였다. 이러한 일련의 과정을 볼 때 이는 청구법인의 무지에서 비롯된 것일 뿐 세금 면제나 감면을 위해 증거를 조작하여 과세관청에게 착오를 일으킨 경우와 동등한 수준의 심한 배신행위로 단정하기는 어렵다.



(2) 설령, 법인으로 보는 단체 승인시점을 2012.9.24.로 볼 수 없다고 하더라도, 쟁점임야의 양도시기는 소유권이전등기일이고 이는 법인으로 보는 단체 승인 1년 이내이므로 문제가 되지 않는다.



(가) 토지와 같은 자산의 양도 시 원칙적으로는 대금청산일이 손익 귀속시기가 될 수 있으나(「법인세법 시행령」 제68조 제1항 제3호), 예외적으로 대금청산일 전에 양도받은 토지에 대한 소유권이전등기, 인도 또는 상대방의 사용수익이 이루어진 경우 그 손익의 귀속시기는 이전등기일, 인도일 및 상대방의 사용수익일 중 빠른 날로 한다(「법인세법」 제40조 제2항 및 같은 법 시행령 제68조 제1항 제3호).



(나) 상대방의 사용수익일은 실질적 사용수익을 한 날을 의미하고(「법인세법 시행령」 제68조 제1항 제3호 후문, 같은 법 기본통칙 40-68…4), 「법인세법」상 ‘매수한 토지가 사용된 날’이란 공장 등의 건설에 착공한 날을 의미한다고 명시하고 있다(법인세법 기본통칙 28-52…1). 또한, 구체적으로 사회통념상 공사에 착공하였다고 인정하기 위해서는 기존 건물의 철거나 착공신고서를 제출하는 것만으로 부족하고 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로써 최소한의 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우에 비로소 착공하였다고 볼 수 있으며(대법원 2013.5.23. 선고 2013두2723 판결 참조), 터파기 작업 중에서도 그 전제가 되는 규준틀 작업시점이 실질적인 공사착공 시점이라는 것이 법원의 확고한 입장이고, 조세심판원도 공사 이전 부지를 정리하는 행위 자체는 공사의 착공에 해당하지 않는다고 결정한 바 있다(조심 2019중4506, 2020.2.4. 참조).



(다) 현재 쟁점임야의 매수인은 쟁점임야 지상에 식재된 수목을 제거하고 산을 깎는 등 부지조성 작업만 진행하였을 뿐 규준틀 작업조차 진행하지 않았다. 즉, 건설에 착공한 행위 자체가 존재하지 않아 매수인이 쟁점임야를 사용수익하였다고 볼 수 없다. 처분청은 매수인이 2023년 10월 비산먼지 발생사업을 신고하였고 늦어도 2023년 11월 중 비산먼지 억제시설을 설치하였음을 이유로 사용수익이 이루어졌다는 의견이나, 비산먼지 발생사업의 신고 및 시설 설치는 공사가 진행되기 전에 갖추어져야 하는 것인바, 즉 비산먼지 발생사업 신고(억제시설 설치 계획 포함)→ 비산먼지 억제시설 설치→ 착공의 순서로 공사가 진행되는 것이 논리적으로 타당하므로, 2023년 11월 촬영된 쟁점임야의 사진에서 매수인이 비산먼지 억제를 위하여 공사장 주변에 방진벽 시설을 설치하였다는 사실만을 근거로 공사가 착공되었다고 보기는 어렵다.



위 사실을 바탕으로 쟁점임야의 현장을 살펴보면, 매수인이 이전등기일 이전에 쟁점임야에 수목제거 및 산을 깎는 등의 행위를 한 것은 사실이나, 이는 건축공사를 시작한 것이 아니라 건축공사에 앞서 필수적으로 선행되는 ‘부지정리행위’를 한 것에 불과하고(대법원 2017.7.11. 선고 2012두22973 판결 참조), 이는 관련 법령상으로도 명확하다. 비산먼지 억제시설 설치공사는 「건축법」상  "건축 착공 전”에 이행하도록 규정된 사전부지정리작업에 불과하므로(「건설기술진흥법 시행령」 제59조의2 및 「대기환경보전법 시행규칙」 제58조 제1항), 이러한 사전 정리작업 시기를 착공시기로 볼 수는 없다.



(라) 또한, 처분청은 매수인이 2023년 7월 건축허가를 신청하였음을 쟁점임야 사용수익의 근거로 제시하고 있으나, 매수인이 건물 건축을 위한 각종 인허가 관련 신고를 받았다고 하더라도 「법인세법」에서 의미하는 실질적 사용수익이 도래하지 않았음은 판례상 명확하다(대법원 2015.12.10. 선고 2015두48266 판결 참조). 청구법인이 2023년 7월 매수인에게 토지사용승낙 및 배수관 매설 동의와 건축 인허가에 필요한 모든 제반서류를 제공하였으나 이는 효율적인 토지매매를 위해 매수인의 건축허가 신청절차에 협조한 것에 불과할 뿐, 매수인의 독자적인 쟁점임야 사용수익을 허용한 것이 아니다. 즉, 매수인이 매도인으로부터 등기나 대금청산 이전에 토지 사용승낙을 받았더라도 그 승낙이  "행정상의 인허가 등을 받기 위한 목적”이라면 해당 승낙은 토지의 실질적 사용수익으로 볼 수 없는바(조심 2012서780, 2012.7.5. 참조), 청구법인과 매수인 간의 쟁점임야 매매계약서를 살펴보면, 청구법인은 잔금수령과 동시에 등기를 이전해 주기로 하였으므로, 잔금 수령 전까지는 쟁점임야의 소유권이 청구인에게 있음을 알 수 있고, 계약서상  "개발행위 인ㆍ허가를 위한 협조”임이 명확히 기재되어 있다.



(마) 매수인이 2023.7.6. 경기도 김포시청에 납부한 면허세, 지역개발공채, 이행보증금 등 OOO원의 제세공과금 역시 ‘건축허가’를 위해 부담한 것이다. 행정상 의무이행에 해당할 뿐인 이러한 납부 행위를 근거로 매수인이 쟁점임야를 실질적으로 사용하였다고 볼 수 없다. 처분청은 제세공과금 부담 여부를 기준으로 토지의 사용수익 여부를 판단한 유권해석(서면인터넷방문상담2팀-2027, 2004.10.5.)을 제시하였으나, 동 유권해석은 토지의 실질취득자가 부담해야 될 세금(취득세나 종합부동산세 등)을 누가 부담하고 있는지를 파악하고 그 실질이 형식과 다른 경우에는 실질적으로 판단해야 한다는 내용이다. 즉, 해당 유권해석 내용만을 가지고 제세공과금을 부담하였다고 하여 반드시 사용수익하였다는 결론에 이를 수는 없다. 따라서 건축인허가와 관련된 제세공과금을 매수인이 부담하였다고 하여 이를 쟁점임야가 사용수익되었다는 주장의 근거로 사용하는 것은 불합리하다.



(바) 한편, 처분청은 「법인세법 시행규칙」 제46조의2를 근거로 착공일이 불분명하므로 착공신고서 제출일을 착공일로 보아야 한다는 의견이나, 위 조항은 세법상 ‘의제’하는 규정으로 비사업용 토지 해당 여부가 아닌 「법인세법」상 손익의 귀속시기 여부가 쟁점이 되는 이 건에 적용하는 것은 조세법률주의에 반한다. 「법인세법」상 손익의 귀속시기에 관한 직접적인 규정인 「법인세법 시행령」 제68조 제1항 제3호에 따르면, 손익의 귀속시기는 대금청산일이 원칙이지만 그보다 빠른 날이 존재하는 것이 객관적으로 명확한 경우 해당일을 귀속시기로 앞당겨 잡는 것으로, 사용수익일이 객관적으로 불분명하면 원칙으로 돌아가 대금청산일 또는 그 외의 등기일 등으로 판단할 것이지 완전히 별개의 규정인 「법인세법 시행규칙」을 준용할 수는 없다.



(사) 쟁점임야의 소유권이전등기일(2023.12.5.)과 인도일(2024.1.18.) 중 빠른 이전등기일이 「법인세법」상 양도손익의 귀속시기인바, 매수인은 양도일 현재 쟁점임야를 사용수익하지 않았고, 소유권이전등기일은 청구법인의 최초 사업연도 종료일인 2024.11.30.을 기준으로 1년을 초과하지 아니하여 쟁점임야의 양도손익은 최초 사업연도에 산입할 수 있으므로 「법인세법」에 따른 신고대상으로 봄이 타당하다.



(아) 한편, 처분청은 청구법인이 법인으로 보는 단체 신청 시 제출한 규약(사업연도 12.1.~ 11.30.)의 사업연도 변경 사실에 대하여 종중 회의록, 이사회 날인명부 등 객관적 자료가 확인되지 아니하여 경기도 김포시청에 제출한 정관상 사업연도인 1.1.~ 12.31.을 사업연도로 보아야 하고, 이에 따르면 양도손익이 발생한 시점을 이전등기일(2023.12.5.)로 보더라도 최초 사업연도 종료일로부터 1년을 초과한다는 의견이나, ‘B파’가 ‘C파’와 동일한 종중이 아니라고 본다면, ‘B파’는 ‘C파’와 달리 새롭게 신설된 종중 및 법인으로 보아야 하고, 법인의 사업연도는 납세의무자가 자유롭게 선택할 수 있는 것으로(헌법재판소 2021.6.24. 2018헌바44 전원합의체 결정), B파인 청구법인은 「법인세법」을 적용받기 위해 ‘법인으로 보는 단체’ 신청 시 명확하게 사업연도가 12.1.~ 11.30.인 규약을 제출하였고, 처분청이 이를 승인한 이상 청구법인의 진정한 사업연도는 12.1.~ 11.30.로 보아야 한다.



조세심판원도 종중이 2017.11.30. 토지를 양도한 후 ‘법인으로 보는 단체’ 신청 및 양도소득세 환급청구를 한 사안에서, 당시 종중이 ‘법인으로 보는 단체’ 승인신청서상 사업연도를 기재하는 칸이 별도로 없음에도 법인세 적용을 위하여 제1기 사업연도를 의도적으로  "2017.11.25.~ 2018.11.24.”로 기재한 것에 관하여, 종중이 법인의제 단체 신청 시 사업연도를 명확히 기재하여 신청하였고 처분청이 이를 승인하였으므로, 새로운 사업연도를 신고한 것이 인정되어 토지 양도소득에 법인세를 적용하여야 한다고 결정한 바 있다(조심 2019부584, 2019.12.24. 참조). 따라서 ‘B파’ 명의로 법인으로 보는 단체 신청을 하면서 새롭게 사업연도를 설정한 청구법인의 행위는 적법하며, 처분청이 이를 승인한 이상 청구법인의 진정한 사업연도가 1.1.~ 12.31.이라는 처분청의 의견은 부당하다.



나. 처분청 의견



(1) 청구법인은 2024.9.20. ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받았으므로, 쟁점임야 양도 당시(2023.7.6.) 1거주자로서 「소득세법」을 적용대상에 해당한다.



(가) 청구법인은 청구법인과 C파 및 D파가 동일한 종중에 해당한다고 주장하나, 각각의 종중은 그 누구도 개입하지 않은 신고ㆍ 납부 행위, 부동산등기 및 그에 따라 소유자별로 구분ㆍ합산하여 부과되는 재산세 납부행위 등 일련의 행정처분 과정은 행정청 및 과세관청이 아닌 위 종중들 스스로가 행정행위의 주체로서 수십년 동안 관여해 온 것이다. 위 종중들은 1974.12.8. 시행한 동일한 운영규정으로 현재까지 운영해 오면서 1936년부터 2015년까지 취득한 부동산을 각자 구분하여 등기하였고, 그 등기상 부여된 번호로 자진신고 행위를 통해 각 종중들 스스로 법적 권리ㆍ의무를 발생시킴으로써 각 종중들에게 재산세 등이 부과되어 왔는데, 설립 후 50년이 지난 시점에 이르러 경정청구에 따른 환급세액을 받기 위하여 명칭 혼용 등을 사유로 동일한 종중으로 보아야 한다는 주장은 무려 50년 동안 스스로 이행한 행정과정의 법적 절차를 무시하는 행위로서 행정 안정성에도 반한다.



따라서 각 종중들이 수십년 동안 취한 행위에도 불구하고 현재 남아 있는 부동산의 등기를 하나의 종중명칭(전주이씨CDB종중)으로 변경한 사실만으로 50년 동안 이루어진 행정행위를 소급하여 취소할 수는 없다.



(나) 청구법인은 착오로 경정청구 시 ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 신청하였다고 주장하나, 2024년 4월부터 시작된 청구법인이 행한 일련의 행위를 단순 무지로 인한 착오 신청으로 볼 수는 없다. 청구법인은 2024.9.20. ‘전주이씨C파종중’과 별도로 ‘전주이씨B파종중’이라는 명칭으로 ‘법인으로 보는 단체’를 신청하여 승인받았고, 쟁점임야의 등기부등본상 소유자도 청구법인으로 등재되어 있으며, 쟁점임야의 매매계약서 매도인란에도 ‘전주이씨B파종중’이라는 청구법인의 고유한 명칭을 기재하였고, 청구법인 명의의 계좌로 양도손익을 관리하고 있을 뿐만 아니라 청구법인이 자발적으로 3개의 종중으로 구분하여 과세관청에 ‘법인으로 보는 단체’를 신청하여 승인을 받았음에도 경정청구에 따른 환급이 거부되자 종중의 무지로 인한 착오 신청이라고 주장하며 그 행위 자체를 부인하고 있다.



한편, 「국세기본법」 제3조 제3항에 따르면 법인으로 보는 단체로 승인받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자로 변경할 수 없음에도 청구법인은 세 차례에 걸쳐 ‘법인으로 보는 단체’ 신청과 폐업을 반복함으로써 사실상 인격을 자의적으로 변경하여 입법취지를 훼손하는 등 그 귀책이 크다고 볼 수 있는바, 이는 신의성실원칙에도 어긋난다.



(2) 청구법인이 동일한 쟁점으로 3차례나 경정청구를 제기한 일련의 과정을 고려하면 청구법인에게 조세포탈의 우려가 없었다고 보기 어렵고, 쟁점임야의 양도시기가 사용수익일(2023.7.6.)이거나 소유권이전등기일(2023.12.5.)이든 관계없이 최초 사업연도(2024.9.20.~ 2024.12.31.)의 기간이 1년을 초과하여 쟁점임야의 양도손익을 최초 사업연도에 산입하여 「법인세법」을 적용받을 수 없다.



(가) 청구법인은 「법인세법 시행령」 제4조 제2항에서 최초 사업연도의 개시일 전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초 사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 이를 당해 법인의 최초 사업연도의 손익에 산입할 수 있다고 규정하고 있으므로, 쟁점임야의 양도시기인 소유권이전등기일(2023.12.5.)이 최초 사업연도(2023.12.1.~ 2024.11.30.) 내에 있으므로 그 양도손익은 법인세 과세대상이라고 주장하나, 청구법인에게 조세포탈의 우려가 없었다고 보기는 어려우므로 위 규정을 적용할 수 없다.



(나) 청구법인은 2024.4.9. 법인으로 보는 단체로 신청하여 승인을 받은 후 2024.4.22. 쟁점임야 매매와 관련하여 경정청구(이하  "1차 경정청구”라 한다)를 제기하였는데, 1차 경정청구를 대리한 E 세무사는 종중 경정청구에 대한 절세 홍보를 통해 청구법인에게 먼저 연락하였고, 청구법인의 임원들은 기존 운영규정(정관, 회계연도 1.1.∼12.31.)이 있음에도 환급을 받을 목적으로 일면식도 없는 세무사의 말만 듣고 임의로 운영규정(2023.1.4. 개정, 회계연도 12.1.∼11.30.)을 만들어 경정청구서와 함께 제출하였으나, 수임료 OOO원(환급세액의 35%)의 지급은 무리가 있다고 보아 2024.6.10. 1차 경정청구를 취하한 후 종원인 이영연 세무사에게 경정청구를 재위임하였다.



(다) 이후, 청구법인은 2024.6.27. 법인으로 보는 단체를 신청하여 승인을 받은 후 2024.7.15. 쟁점임야 매매와 관련하여 다시 경정청구(이하  "2차 경정청구”라 한다)를 제기하였고, 이에 대하여 처분청은 청구법인이 제출한 운영규정(정관, 회계연도 1.1.∼12.31.)에 따르면 최초 사업연도 종료일로부터 1년을 초과하여 쟁점임야의 양도차익을 최초 사업연도(2024.6.27.~ 2024.12.31.)의 손익으로 귀속시킬 수 없다고 보아 그 거부 사유를 세무사에게 메일로 발송하자 당해 세무사는 다음 날인 2024.8.2. 2차 경정청구를 취하하였다.



(라) 또다시, 청구법인은 2024.9.20. 법인으로 보는 단체로 신청하여 승인을 받은 후 2023.9.23. 1차 경정청구를 대리한 E 세무사를 대리인으로 선임하여 쟁점임야 매매와 관련하여 재차 경정청구(이하  "3차 경정청구”라 한다)를 제기하였고, 처분청은 청구법인이 3차 경정청구 시 제출한 규약(2023.1.4. 개정, 회계연도 12.1.~ 11.30.)의 진위 여부를 확인하기 위하여 정관과 규약의 회계연도가 다른 사유, 규약만 회계연도가 변경된 사유 등에 대한 소명과 회계연도 변경에 대한 이사회의록 및 회계연도 변경 전 규약(2012.5.1. 개정된 것으로 2023.1.3.까지 사용된 것) 등의 제출을 요청하였으나, 청구법인이 관련 자료를 전부 소각하였다며 제출하지 아니함에 따라 청구법인이 경기도 김포시청에 제출한 정관상 회계연도(1.1.~ 12.31.)를 청구법인의 회계연도로 보아 2024.11.27. 청구법인의 3차 경정청구를 거부하였다.



따라서 청구법인이 제기한 1∼3차 경정청구는 경정청구가 거부되자 수임세무사들이 무지하여 반복적으로 발생한 것일 뿐 청구법인의 단순 착오로 보아 행정행위 자체를 부인하는 것은 행정 안정성과 조세법률주의를 훼손하는 것인바, 위와 같은 일련의 행위 등을 감안하면 청구법인에게 조세포탈 우려가 없었다고 보기 어렵다.



(마) 한편, 「법인세법 시행령」 제68조 제1항에서 부동산의 양도시기는 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일ㆍ 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 규정하고 있고, 그 ‘사용수익일’이라 함은 당사자 간의 계약에 의하여 사용수익을 하기로 약정한 날로 하되, 별도의 약정이 없는 경우에는 양도인의 사용승낙으로 인하여 매수인이 당해 자산을 실질적으로 사용할 수 있게 된 날을 의미한다고 할 수 있는바, 청구법인은 양수인들과 2023.6.6. 쟁점임야에 대한 매매계약을 체결하면서 ‘양수인이 개발행위 인ㆍ허가를 받을 수 있도록 협조한다’는 내용을 특약사항으로 명시하고 토지사용승낙서를 작성하였고, 이에 따라 양수인인 주식회사 A은 2023.7.6. 개발행위허가서와 관련된 서류를 경기도 김포시청에 제출하였고으며 이를 근거로 경기도 김포시청은 면허세ㆍ지역개발공채ㆍ이행보증금 등 제세공과금 OOO원의 지급 내역과 개발행위허가 협의가 있었음을 처분청에 회신한 바 있다. 따라서 양수인들이 면허세, 지역개발공채, 이행보증금 등 제세공과금을 부담한 사실 등을 고려할 때 2023.7.6.을 사용수익이 가능한 날로 볼 수 있다.



또한, 청구법인은 2023년 7월 양수인들에게 토지사용을 승낙한 후 2023.7.6. 경기도 김포시청 건축과로부터 건축허가를 받고 토목공사를 착공한 사실이 있고, 청구법인과 양수인들 간에 사용수익을 승낙하기로 약정함에 따라 행위자가 양수인으로 변경되었으며, 수목 제거 및 산을 깎는 등 토목공사는 쟁점임야에 건물을 건축하기 위하여 사용승낙한 것으로서 쟁점임야를 보존ㆍ유지ㆍ관리하거나 제한적인 목적에서 일시적으로 이용한 경우에 해당하지 아니하고, 2024년 6월 쟁점임야의 재산세를 양수인이 납세의무자로서 납부한 사실이 확인되므로 위 2023년 7월의 사용승낙은 인ㆍ허가를 위한 단순 약정이 아니라 양수인을 실질적인 소유자로 인정한 것임이 명백하다.



따라서 「법인세법」상 쟁점임야의 양도시기는 사용수익일(2023.7.6.), 부동산이전등기일(2023.12.5.), 인도일 중 빠른 날인 사용수익일로서 청구법인의 양도손익이 발생한 날은 최초 사업연도 종료일로부터 1년을 초과하여 최초 사업연도(2024.9.20.~ 2024.12.31.)의 손익으로 이를 귀속시킬 수 없으므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



① 청구법인은 2012.9.24. 이미 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받은 비영리법인이므로 쟁점임야 양도 당시 「법인세법」 적용대상에 해당한다는 청구주장의 당부



② ‘법인으로 보는 단체’ 승인시점을 2024.9.20.로 본다 하더라도 쟁점임야의 양도시기는 사용수익일이 아닌 소유권이전등기일로 보아야 한다는 청구주장의 당부



나. 관련 법령 등



(1) 국세기본법



제19조[법인으로 보는 단체 등] ① 법인(「법인세법」 제2조 제1호에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하  "법인 아닌 단체”라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ 관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것



(2) 법인세법



제4조[과세소득의 범위] ③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하  "수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.



제40조[손익의 귀속사업연도] ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



제4조[사업연도의 개시일] ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초 사업연도의 개시일 전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초 사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 이를 당해 법인의 최초 사업연도의 손익에 산입할 수 있다. 이 경우 최초 사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다.



제68조[자산의 판매손익 등의 귀속사업연도] ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

1. 상품(부동산을 제외한다)ㆍ 제품 또는 기타의 생산품(이하 이 조에서  "상품 등”이라 한다)의 판매 : 그 상품 등을 인도한 날

2. 상품 등의 시용판매 : 상대방이 그 상품 등에 대한 구입의 의사를 표시한 날. 다만, 일정기간 내에 반송하거나 거절의 의사를 표시하지 아니하면 특약 등에 의하여 그 판매가 확정되는 경우에는 그 기간의 만료일로 한다.

3. 상품 등 외의 자산의 양도 : 그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서  "외화대금”이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.



(4) 법인세법 시행규칙



제26조[업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위] ③ 영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 본다.

1. 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)



제46조의2[부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등] ① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)



※ 법인세법 기본통칙



28-52…1[건설자금이자의 계산] 법 제28조 제1항 제3호에 따른 건설자금에 충당한 차입금의 이자(이하  "건설자금이자”라 한다)의 계산은 다음에 의한다.

5. 영 제52조 제6항 제1호에서 토지가  "사업에 사용되기 시작한 날”이라 함은 공장 등의 건설에 착공한 날 또는 해당 사업용 토지로 업무에 직접 사용한 날을 말한다.



40-68…4[사용수익 약정일이 없는 경우의 사용수익일] 영 제68조 제1항 제3호에서  "사용수익일”이라 함은 당사자 간의 계약에 의하여 사용수익을 하기로 약정한 날을 말하는 것이나, 별도의 약정이 없는 경우에는 자산을 양도하는 법인의 사용승낙으로 인하여 매수인이 해당 자산을 실질적으로 사용할 수 있게 된 날을 말한다.



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인은 2023.6.8. 쟁점임야를 매매하고 2023.12.5. 매수인들 앞으로 소유권이전등기를 경료한 후 2024.2.23. 청구법인을 「소득세법」상 거주자로 보아 그 양도차익에 대하여 2023년 귀속 양도소득세를 신고ㆍ 납부하다가 2024.9.20. 「국세기본법」 제19조 제2항에 따라 ‘법인으로 보는 단체’로 신청하여 승인을 받은 후 2024.9.23. 「법인세법 시행령」 제4조 제2항에 따라 쟁점임야의 양도소득을 최초 사업연도(2023.12.1.~ 2024.11.30.)의 개시일 전에 생긴 손익으로서 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 최초 사업연도의 손익에 산입할 수 있으므로 기신고ㆍ 납부한 양도소득세의 환급을 요구하는 경정청구를 제기하였다.



(2) 처분청은 청구법인의 위 경정청구를 검토한 결과, 「법인세법 시행령」 제68조 제1항 제3호에 따라 쟁점임야 양도소득의 귀속사업연도는 소유권이전등기일(2023.12.5.), 인도일 또는 사용수익일(2023.7.6.) 중 빠른 날인 사용수익일로서 최초 사업연도 종료일로부터 1년을 초과하여 「법인세법」을 적용할 수 없다고 보아 2024.11.27. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.



(3) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.



(가) 청구법인의 ‘법인으로 보는 단체’ 승인 및 취소(폐업) 이력은 다음과 같다.



1) C파(회장 : F)의 ‘법인으로 보는 단체’ 승인ㆍ 취소 이력은 아래 ＜표1＞과 같다.



＜표1＞ C파의 법인의제 신청 이력 등

○○○



2) B파(청구법인)의 ‘법인으로 보는 단체’ 승인ㆍ 취소 이력은 아래 ＜표2＞와 같다.



＜표2＞ 청구법인의 법인의제 신청 이력 등

○○○



3) 청구법인이 경정청구 시 제출한 정관 및 규약과 전주이씨B파 BOOO의 정관을 비교하면 아래 ＜표3＞과 같고, 경기도 김포시청에 제출된 정관은 ‘전주이씨B파 BOOO’의 것으로 확인되는데, 이는 청구법인의 정관의 내용과 동일한 것으로 나타난다.



＜표3＞ 청구법인의 정관 및 규약 등의 비교

○○○



(나) 청구법인은 B파, C파 및 D파의 실체는  "전주이씨 C파 B OOO”로 동일하다고 주장하며 다음과 같은 증빙자료를 제시하고 있다.



1) 청구법인은 2020년 현재 총 33건의 부동산을 소유하였는데, 각 부동산별 등기부등본상 소유권자의 명칭이 아래 ＜표1＞과 같이 일원화되지 않고 3개의 명칭을 혼용하여 자산을 관리하였다고 주장한다.



＜표3＞ 각 부동산별 소유권 명칭

○○○



2) 청구법인은 종중의 명의를 혼용하여 사용하다가 2012.9.24. ‘전주이씨 C파 B OOO’가 아닌 ‘C파’의 명의로 법인의제 신청을 하였다며 ‘전주이씨 B파 B OOO’의 정관을 제시하였는데, 그 중 일부는 다음과 같다.

○○○



3) 청구법인은 혼용하던 형식상 명칭을 단일화하여 실질적인 하나의 단체임을 공식적으로 인정받았다며 다음과 같은 증빙자료를 제시하고 있다.



가) 청구법인은 C파라는 명칭으로 2010.6.30. 개설된 은행계좌 명의를 ‘전주이씨 C D B파 종중’으로 정비하였다.

○○○



나) 청구법인은 소송수파 및 C파 명의로 보유 중인 부동산의 명의를 모두 ‘전주이씨 C D B파 종중’ 명의로 등기명의인 표시경정등기를 경료하였다.

○○○



다 청구법인은 2012.9.24. 승인받은 법인의제 단체명을 ‘C파’에서 ‘전주이씨 C D B파 종중’으로 사업자등록증상 법인명을 변경하였다.

○○○



라) 청구법인은 2025.7.30. ‘D파’ 명의로 경기도 김포시 OOO 소재지에 건축 중인 건축물에 대한 건축허가상 건축주를 ‘전주이씨CDB파종중’으로 변경하였다.



(다) 한편, 처분청은 B파, C파 및 D파를 동일 종중으로 보기 어렵다는 의견으로 다음과 같은 과세근거를 제시하고 있다.



1) 청구법인(B파)은 보유하던 부동산에 대하여 B파 명의로 재산세, 종합부동산세 등을 납부하였고, 이후 동 부동산 양도 시 B파 명의로 양도소득세를 신고ㆍ 납부하였다.



2) C파는 보유하던 부동산에 대하여 C파 명의로 재산세, 종합부동산 등을 납부하였고, 이후 동 부동산 양도 시 C파 명의로 양도소득세를 신고ㆍ 납부하는 한편, 2008.11.26. 법인으로 보는 단체로 승인되어 2012.9.24. 수익사업(임대업)을 개시하고 계속하여 법인세 및 부가가치세를 신고ㆍ 납부하고 있다.



3) D파는 보유하던 부동산에 대하여 D파 명의로 재산세, 종합부동산 등을 납부하였고, 이후 동 부동산 양도 시 D파 명의로 양도소득세를 신고ㆍ 납부하는 한편, 2024.6.27. 법인으로 보는 단체로 승인되어 2025.1.8. 수익사업을 개시한 후 경기도 김포시 OOO 대지에 건물을 신축하여 부가가치세(OOO원)를 환급받았다.



(라) 청구법인은 쟁점임야의 양도시기는 소유권이전등기일(2023.12.5.)로서 처분청이 제시한 사용수익일(2023.7.6.)로 볼 수 없다고 주장하며 다음과 같은 증빙자료 등을 제시하고 있다.



1) 청구법인은 쟁점임야의 매수인이 심판청구일 현재 수목을 제거하고 산을 깎는 등 부지조성 작업을 진행하면서 비산먼지 억제를 위하여 공사장 주변에 방진벽만 설치하였다고 주장하며 다음과 같은 2023년 11월 로드뷰를 제시하고 있다.

○○○



2) 청구법인은 쟁점임야의 매매계약서 특약사항 등에 ‘매수자가 쟁점임야 개발행위 인허가를 받을 수 있도록 협조한다’고 기재되어 있을 뿐 매수인이 건축허가 등의 행정목적 이외에 쟁점임야를 사용수익할 수 있도록 승낙한 것은 아니라고 주장하며 매매계약서 및 사용승낙서를 제시하고 있는바, 그 중 일부는 다음과 같다.

○○○



(마) 한편, 처분청은 쟁점임야의 양도시기를 사용수익일(2023.7.6.)로 보아야 하는데, 이는 최초 사업연도의 1년 내에 있지 아니하여 쟁점임야의 양도손익을 법인세 적용대상으로 볼 수 없다는 의견으로, 다음과 같은 과세근거를 제시하고 있다.



1) 청구법인은 양수인들과 2023.6.6. 쟁점임야에 대한 매매계약을 체결하면서 ‘양수인이 개발행위 인허가를 받을 수 있도록 협조한다’는 내용을 특약사항으로 명시하고 토지사용승낙서를 작성하였다.



2) 처분청이 제시한 청구법인의 2023.7.13.자 이사회의록에 따르면 ‘매수자의 요청으로 토지사용 승낙 및 배수관 매설 동의와 건축 인허가에 필요한 제반서류를 제공할 것에 동의한다’는 내용이 확인된다.

○○○



3) 쟁점토지 양수인인 ㈜A이 2023.7.6. 개발행위허가서와 관련 서류를 경기도 김포시청에 제출하면서 면허세ㆍ지역개발공채ㆍ이행보증금 등 총 OOO원을 납부함에 따라 개발행위허가가 협의되었는바, 경기도 김포시청의 개발행위허가 관련 공문은 다음과 같다.

○○○



4) 처분청은 다음과 같은 ㈜A이 경기도 김포시청에 제출한 사업계획서 및 착공신고서를 제시하고 있다.

○○○



5) 또한, 처분청은 ㈜A이 쟁점임야에 대하여 2023.10.20.~ 2024.12.31. 기간 동안 건축물축조공사 등으로 인한 비산먼지 발생을 신고하여 이를 허가받았다며 ‘비산먼지 발생사업 등 신고증명서’를 제시하고 있다.



6) 그 밖에 처분청은 다음과 같은 쟁점임야의 로드뷰를 제시하고 있다.

○○○



(바) 그 밖에 쟁점임야 매매계약서상 매매대금을 수령하는 매도인 계좌는 예금주가 ‘전주이씨C파종중’인 계좌(OOO은행 674801-00-0000**)로 기재되어 있으나, 청구법인은 2024.4.19. 신규로 개설한 청구법인 명의의 계좌(OOO은행 674901-00-1367**)로 매매대금을 수령한 것으로 나타난다.



(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인과 C파, D파를 동일한 종중으로 볼 수 없을 뿐만 아니라 「법인세법 시행령」 제68조 제1항 제3호에 따라 쟁점임야 양도소득의 귀속사업연도는 소유권이전등기일(2023.12.5.), 인도일(2024.1.18.) 또는 사용수익일(2023.7.6.) 중 빠른 날인 사용수익일로, 이는 최초 사업연도 종료일(2024.12.31.)로부터 1년을 초과하여 「법인세법」을 적용할 수 없다는 의견이나, 종중은 공동선조의 분묘수호와 제사 및 종원 상호 간의 친목을 목적으로 하는 자연발생적 종족 단체로서, 그 실체는 명칭 여하에 불구하고 봉제사의 대상인 공동시조와 구성원인 후손의 범위 및 분묘관리의 상황 등 그 실체적 내용에 의하여 판단하여야 할 것인바(대법원 1994.11.11. 선고 94다17772 판결, 같은 뜻임),



청구법인과 C파 및 D파의 정관 및 약관 등에 따르면, B파, C파와 D파 모두 공동선조를 B로 규율하고 있고, 시제 봉행범위는 동일하게 B 10대손 면자행까지를 원칙으로 하며, 시제는 매년 ‘음력 첫째 주 일요일’에 이루어지고 묘역의 관리 범위도 B, 언양부수, 광유, 홍헌, 영언, 유배, 성임, 진 유 등 9위(位)로 같으며, 이사회 의사록에 기재된 이사와 감사 및 이사회 명부에 기재된 회장단과 종중 임원진 구성이 동일한 것으로 나타나는 점, 청구법인 등 명의로 등재되어 있는 부동산등기부상 주사무소는 모두 ‘김포시 OOO’이고, 동 주사무소의 명패에  "전주이씨 C파 B OOO”라는 명칭이 표시되어 있는 점, ‘전주이씨 B파 B OOO’의 정관 제1조에서도 본 종중은 ‘전주이씨 C파, 전주이씨 B파, 전주이씨 CDB파 명칭을 혼용한다’고 명시하고 있는 점, 쟁점임야 매매계약서상 매대대금을 수령하는 매도인 계좌는 예금주가 ‘전주이씨C파종중’인 OOO은행계좌(674801-00-0000**)로 기재되어 있으나, 실제로 매매대금을 수령한 계좌는 청구법인 2024.4.19. 신규로 개설한 청구법인 명의의 계좌(OOO은행 674901-00-1367**)인 것으로 나타나는 등 청구법인 등은 종중의 자산을 운용하면서 일관된 업무체계를 갖추지 못하고 명의를 혼용한 것으로 보이는 점, 등기부등본상 등기명의인 오류를 수정하는  "등기명의인 표시경정등기”는 경정 전후의 등기가 표창하고 있는 등기명의인이 인격의 동일성을 유지하는 경우에 한하여 경정이 가능한데(대법원 1995.6.13. 선고 94다36360 판결, 같은 뜻임), 청구법인은 그 동안 C파, D파 등의 명의로 등기되어 있던 부동산의 등기부상 명의를 ‘전주이씨CDB파종중’으로 통일함으로써 실질적으로 청구법인 등이 하나의 종중임을 법원으로부터 확인받은 점, 그 밖에 청구법인이 금융기관에 개설된 종중 명의의 계좌나 사업자등록증상 단체명 및 건축허가에 대한 건축주를 모두 ‘전주이씨CDB파종중’으로 변경하는 등 그 동안 사용하던 명칭의 단일화를 진행하고 있는 점 등에 비추어, 청구법인(B파)과 C파 및 D파는 사실상 동일한 ‘전주이씨C파BOOO로 봄이 타당하다 할 것이므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.



다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 이에 대한 심리를 생략한다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.