○질의인은 ‘18년에 고용증대세액공제 대상인 수도권 외에 소재한 중소기업을 개업한 신규사업자임

- ‘18년 귀속 종합소득세 신고시에는 단순경비율로 추계신고*하였고, ‘19년∼‘22년 귀속은 복식부기의무자에 해당하여 외부조정으로 종합소득세를 신고함

*질의인은 ‘18.10.15. 개업한 신규사업자로 ‘18년 귀속 종합소득세 신고 당시 간편장부 대상 사업자임

- 1차연도인 ‘18년에는 종합소득세를 추계신고하여 고용증대세액공제를 신청하지 아니함

- 질의인의 사업장 고용인원 모두는 청년 외로 ‘18년 2명, ‘19년∼‘22년까지 6명임

- 2차연도와 3차연도에 상시근로자 수가 감소하지 않았음에도 불구하고 ‘19년 귀속 종합소득세 신고시 2차연도 추가공제, ‘20년 귀속 종합소득세 신고시 3차연도 추가 공제 신청을 누락함

○창업한 해에 추계신고한 개인사업자가 2차, 3차연도에 고용인원이 증가하였을 때 【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】를 적용하여 추가공제에 대한 경정청구가 가능한지 여부

귀 질의의 경우, 추계신고하여 「조세특례제한법」제29조에 따른 【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】적용받을 수 있는 최초 공제요건을 충족하지 못한 내국인은 이후 경정청구 기간 내의 과세연도에 고용이 감소하지 않아 추가공제 요건을 충족하더라도 해당 과세연도 종료일로부터 1년(중소기업의 경우 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도에 추가 공제를 받을 수 없는 것입니다.

○ 조세특례제한법 제128조【추계과세 시 등의 감면배제】

① 「소득세법」제80조제3항 단서 또는 「법인세법」제66조제3항 단서에 따라 추계(推計)를 하는 경우에는 제5조, 제7조의2, 제7조의4, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제13조의2, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의6까지, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의25, 제122조의4제1항 및 제126조의7제8항을 적용하지 아니한다. 다만, 추계를 하는 경우에도 제5조 및 제26조(투자에 관한 증거서류를 제출하는 경우만 해당한다)는 거주자에 대해서는 적용한다.

○ 소득세법 제80조【결정과 경정】

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

○ 소득세법 시행령 제143조【추계결정과 경정】

① 법 제80조제3항 단서에서 " 대통령령으로 정하는 사유" 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산할 때 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 한국표준산업분류에 따른 동종업종 사업자의 신고내용 등에 비추어 수입금액 및 주요 경비 등 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모ㆍ종업원수ㆍ원자재ㆍ상품 또는 제품의 시가ㆍ각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우



○ 소득세 집행기준 80-143-10【추계신고자에 대한 실지조사경정 가능 여부】

③ 추계에 의하여 종합소득과세표준 확정신고한 납세자가 경정청구하거나 신고내용에 오류나 탈루가 있는 등의 결정ㆍ경정 사유가 있는 경우 납세자가 비치ㆍ기장한 장부 및 기타 증빙서류에 근거하여 실지조사 경정할 수 있는 것이나, 납세자의 요구에 의하여 실지조사 경정하는 것은 아니다.

④ 당초 법정신고기한내에 추계로 종합소득세과세표준 확정신고서를 제출하고, 이후 장부ㆍ기장에 의한 방법으로 신고내용을 변경하여 신고서를 제출하는 것은 수정신고 및 경정청구 대상에 해당하지 아니한다.

○ 조세특례제한법 제29조의7【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】

① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 " 상시근로자" 라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년[중소기업 및 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 " 중견기업" 이라 한다)의 경우에는 2년]이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 청년 정규직 근로자와 장애인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 " 청년등 상시근로자" 라 한다)의 증가한 인원 수에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액

2. 청년등 상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수 × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)

가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 700만원

나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 770만원

④ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

⑤ 제1항 및 제2항을 적용할 때 청년등 상시근로자 및 전체 상시근로자 수의 계산방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제26조의7【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】

② 법 제29조의7제1항 각 호 외의 부분에서 " 대통령령으로 정하는 상시근로자" 란 제23조제10항에 따른 상시근로자(이하 이 조에서 " 상시근로자" 라 한다)를 말한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제23조【고용창출투자세액공제】

⑬ 제7항 및 제8항을 적용할 때 해당 과세연도에 창업 등을 한 내국인의 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 수를 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수로 본다.

1. 창업(법 제6조제9항제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하는 경우는 제외한다)한 경우의 직전 과세연도의 상시근로자 수: 0

○ 국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

4. 관련사례



○ 소득세과-1853, 2009.12.1.

복식부기의무자(「소득세법 시행령」 제147조의3 및 「부가가치세법 시행령」제74조 제2항 제7호에 따른 사업자 포함) 아닌 거주자가 당초 법정신고기한 내에 추계로 종합소득세 과세표준확정신고서를 제출하고, 이후에 장부ㆍ 기장에 의한 방법으로 신고내용을 변경하여 신고서를 제출하는 것은 「국세기본법」제45조에 따른 수정신고에 해당하지 아니하며, 같은 법 제45조의2에 따른 경정청구 대상에도 해당하지 아니하는 것입니다.

○ 징세46101-3436, 1996.10.8.

귀 질의와 같이 법정신고기한 내에 추계로 종합소득세 과세표준확정신고서를 제출한 경우에 장부 및 증빙서류 등을 근거로 하여 기장에 의한 신고로 변경하는 것은 국세기본법 제45조의2 제1항의 규정에 의한 경정청구 대상이 되지 아니하는 것입니다.

○ 서면-2024-법규법인-2296, 2025.1.24.

내국법인이 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도 상시근로자 수보다 증가하여 「 조세특례제한법」 제29조의7에 따른 고용증대세액공제(이하 ‘쟁점 세액공제’) 적용요건을 충족하였으나 경정청구 기간 경과로 해당 과세연도에 쟁점 세액공제를 적용받지 못하였더라도 이후 경정청구 기간 내의 과세연도에 고용이 감소하지 않아 추가공제 요건을 충족한 경우에는 추가공제가 가능한 것임

○ 서면-2024-법규법인-2186, 2025.2.6.

중소기업이 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도 상시근로자 수보다 증가하여 「 조세특례제한법」 (2021.12.28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것) 제30조의4에 따른 사회보험료 세액공제(이하 ‘쟁점 세액공제’) 적용요건을 충족하였으나 경정청구 기간 경과로 해당 과세연도에 쟁점 세액공제를 적용받지 못하였더라도 경정청구 기간 내인 다음 과세연도에 고용이 감소하지 않은 경우 같은 조 제2항에 따라 추가공제가 가능한 것임

○ 서면-2024-법규소득-4153, 2025.2.19.

개인납세자가 「조세특례제한법」제29조의7에 따른 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제를 적용함에 있어 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도 상시근로자 수보다 증가하여 최초 공제 요건을 충족하였으나 경정청구 기간 경과로 해당 과세연도에 최초공제를 받지 못하였더라도, 이후 경정청구 기간 내의 과세연도에 고용이 감소하지 않아 추가공제 요건을 충족한 경우에는 해당 과세연도 종료일로부터 1년(중소기업의 경우 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도에 추가공제가 가능한 것입니다.

○ 대법원 2002.1.22. 선고, 2000-두-3115

구 조세감면규제법(1996. 12. 30. 법률 제5195호로 개정되기 전의 것) 제9조 제4항의 세액공제신청은 그 규정방식에 비추어 납세의무자로 하여금 공제신청에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로 기술ㆍ인력개발비에 대한 세액공제는 그 요건이 충족되면 당연히 공제되고 공제신청이 있어야만 공제되는 것은 아니라 할 것인 점

○ 법인46012-764, 1997.3.17.

조세감면규제법시행령 제6조제2항의 규정에 의한 기술집약형 중소기업을 1994사업연도에 창업한 내국법인이 최초로 소득이 발생한 사업연도에 조세감면규제법 제6조제2항제1호의 규정에 의한 조세특례를 적용받지 않았다 하더라도 잔존감면기간 내에 조세감면규제법 제6조 제4항의 규정에 따라 감면신청을 하는 경우에는 조세감면규제법 제6조제2항의 규정에 의한 조세특례를 적용받을 수 있는 것입니다.