심사청구를 기각한다.

1. 원 처분의 요지

가. 청구인은 2022. 4. 30. 주식회사 ●, 이하  "쟁점회사”라 한다)의 유상증자에 참여하여 주식 6,600주를 취득한 이후 같은 해 7. 29.과 같은 해 8. 25. 각각 쟁점회사 주식 24,500주와 31,500주를 추가로 취득하면서 「 지방세기본법」 상 과점주주1) (지분율 81.72%, 총 62,600주 보유)가 되자 같은 해 10. 17. 구 「 지방세법」 (2023. 3. 14. 법률 제19230호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제5항에 따라 쟁점회사의 부동산 등2)을 취득3)(이하  "간주취득”이라 한다)한 것으로 보아 부동산 등의 장부가 액(11,112,364,684원)에 지분율(지분율 81.72%)을 곱한 금액 9,081,385,011원을 과세표준으로 하여 취득세 181,627,700원, 농어촌특별세 18,162,770원 계 199,790,470 원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 처분청은 쟁점회사에 대한 서면조사(기간: 2023. 10. 16.~11. 3.)를 실시하여청구인이 납세의무 성립일(2022. 8. 25.) 이전인 2022. 7. 31.을 기준으로 부동산 등을 감정평가한 결과 그 장부가액이 9,583,346,907원4)만큼 증액되었는데도 재평가차익을 제외한 채 과세표준을 산정하여 간주취득에 대한 취득세 등을 과소 신고ㆍ 납부한 것으로 보아 2024. 2. 5. 과소신고된 7,970,393,494원5)을 과세표준으로 하여취득세 191,796,340원, 농어촌특별세 17,585,540원 계 209,381,880원을 부과ㆍ고지(이하  "이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.





2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지 이 사건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하여 달라는 것이다.

나. 청구 이유

1) 구 「 지방세법」 제10조 제4항 및 대법원 판례6)에 따라 간주취득 시 과세표준은 취득 의제일(2022. 8. 25.) 당시 장부가액을 기준으로 산정하여야 하는데도 처분청은 감정평가 결과(2022. 8. 16.)를 소급 반영한 2022. 7. 31. 현재 쟁점회사 결산서를 기준으로 과세표준을 재산정하였으므로 이 사건 부과처분은 부당하다.

2) 청구인은 2022. 7. 31.을 기준으로 쟁점회사 소유 부동산 등에 대해 감정평가(2022. 8. 16.)를 하였으나 쟁점회사는 취득 의제일(2022. 8. 25.)까지 재평가차익을 장부에 반영하지 않았는데도, 처분청이 결산 과정에서 부득이하게 반영7)한 재평가차익을 취득세 과세표준에 포함하여 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다.





3. 처분청의 의견

가. 청구인이 제시한 대법원 판례는 자산재평가제도8)가 있던 2000년 이전 판결인데 현재는 이 제도가 폐지되었고, 구 「 지방세법」 제10조 제4항에 따라 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등을 기초로 과세표준을 산정하여 이 사건 부과처분을 한 것은 정당하다.

나. 청구인은 재평가차익이 반영된 공정가치로 주식을 취득하였는데 재평가차익을 2022. 12. 31. 결산서에 반영할 경우 지분법적용투자주식의 가액이 과대계상되므로 이를 바로잡고자 쟁점회사가 2022. 7. 31. 현재 결산서에 소급하여 반영하였으므로 이를 간주취득 과세표준에 포함하여 이 사건 부과처분을 한 것은 정당하다.





4. 우리 원의 판단



가. 다툼

이 사건의 다툼은 간주취득 납세의무 성립일 이전에 발생한 재평가차익을 취득세 과세표준에 포함하는 것이 정당한지 여부이다.



나. 인정사실

이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

1) 청구인은 2009. 1. 21. 선박 검사ㆍ설계ㆍ건조 및 수리 등을, 쟁점회사는 2004. 3. 23. 선박 건조 및 수리 등을 주된 사업목적으로 설립하여 운영하고 있다.

2) 청구인은 [표 1]과 같이 2022. 4. 30.부터 같은 해 8. 25. 사이에 총 3차례에걸쳐 쟁점회사 주식 총 62,600주를 계 96억 5,269만 원에 취득하여 같은 해 8. 25. 「 지방세기본법」 상 쟁점회사의 과점주주가 되었다.

[표 1] 쟁점회사 주식 취득 내역 (단위: 주, 만 원, %)



3) 청구인은 2022. 8. 16. 주식 취득자금을 조달(은행 대출)할 목적으로 쟁점회사소유 부동산 등에 대해 감정평가(기준일 2022. 7. 31.)를 실시하였고, [표 2]와 같이감정평가액은 장부가액 11,099,110,818원보다 10,135,729,182원(국유지 제외)만큼 증액된 21,951,498,000원이다.

[표 2] 쟁점회사 부동산 등의 감정평가 결과 (단위: 원)



4) 청구인은 2022. 7. 29.과 같은 해 8. 25. 주식회사 대구은행에 부산광역시 ■에 소재한 쟁점회사 소유의 토지 및 건물 등을 담보로 제공하고 각각 20억 원과 50억 원을 대출받았다.

5) 청구인은 2022. 8. 25. 간주취득에 대한 납세의무가 성립함에 따라 같은 해 10. 17. 구 「 지방세법」 제7조 제5항에 따라 부동산 등의 장부가액(11,112,364,684원)에지분율(지분율 81.72%)을 곱한 금액 9,081,385,011원을 과세표준으로 하여 취득세 등 계 199,790,470원을 신고ㆍ납부하였다.

6) 청구인은 2022사업연도 결산 과정에서 쟁점회사를 지분법적용투자주식 적용대상 및 연결회사로 회계처리하면서 재평가차익을 2022. 12. 31. 결산서에 반영할 경우 지분법적용투자주식의 가액이 과대계상되므로 이를 해소하고자 재평가차익10,135,729,182원을 쟁점회사의 2022. 7. 31. 기준 재무상태표에 전액 반영9)하였다.

7) 처분청은 쟁점회사에 대한 서면조사를 실시하여 청구인이 납세의무 성립일(2022. 8. 25.) 이전인 2022. 7. 31.을 기준으로 감정평가한 결과 그 장부가액이 9,583,346,907원만큼 증액되었는데도 이 금액을 제외한 채 과세표준을 산정하여 간주취득에 대한 취득세 등을 과소 신고ㆍ납부한 것으로 보아 2024. 2. 5. 과소신고된7,970,393,494원을 과세표준으로 하여 이 사건 부과처분을 하였다.



다. 관계 법령

이 사건과 관계되는 법령은 구 「 지방세법」 제7조 제5항 등 [별지] 기재와 같다.



라. 판단

구 「 지방세법」 제7조 제5항 및 제10조 제4항과 제5항에 따르면 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「 지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보며, 그 과세표준은 그 부동산 등의 총 가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자한 수를 곱한 금액으로 하고, 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하며, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 하되, 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득에 대하여는 사실상의 취득가격을 과세표준으로 한다고 되어 있다. 구 「 지방세법 시행령」 (2021. 12. 31. 대통령령 제32293호로 개정되기 전의 것) 제18조 제3항 제2호에 따르면 법인장부는 「 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ 보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서를 말한다고 되어 있다. 법인의 장부가액을 사실상의 취득가격으로 보고 이를 과세표준으로 한 취지는객관화된 조직체로서 거래가격을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가격을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것이므로 법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세와 등록세의 과세표준으로 하여야 하는 것은 아니다.10)

과점주주에 대한 간주취득세 조항은 비상장법인의 과점주주가 된 경우 해당 법인의 자산에 대한 관리ㆍ처분권을 취득하게 되므로 실질적으로 해당 법인의 자산을 취득한 것이나 다름없게 되어 공평과세 및 실질과세 원칙상 취득세를 과세하는 것으로서, 취득세가 재산의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 세금을 부과하는 유통세라는 점 등에 비추어 입법목적의 정당성 및 방법의 적절성이 인정된다.11) 위 관계 법령, 법리 및 인정사실 등에 비추어 간주취득 납세의무 성립일 이전에 발생한 재평가차익을 취득세 과세표준에 포함하는 것이 정당한지 살펴보면, ① 청구인은 과점주주 납세의무 성립일(2022. 8. 25.) 당시 쟁점회사의 장부가액을기준으로 과세표준을 산정하여야 한다고 주장하나, 구 「 지방세법」 제10조 제4항 등에서 과점주주의 간주취득에 대한 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따라 산출한 금액을 과세표준으로 하되, 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 취득가격이 증명되는 취득에 대하여는사실상의 취득가격을 과세표준으로 하도록 되어 있는 점, ② 청구인은 2022. 8. 25. 이전인 같은 해 7. 31.을 기준으로 쟁점회사의 부동산 등에 대한 감정평가를 받아그 공정가치가 장부가액보다 재평가차익만큼 높다는 점을 확인하고, 감정평가서라는객관적인 자료에 기초하여 재평가차익이 반영된 공정가치로 쟁점회사의 주식을 취득한 점, ③ 과점주주가 주식을 취득할 때 실질적으로 해당 법인의 자산을 취득한 것으로 보는 입법취지를 고려할 때 공정가치가 반영된 주식의 취득가격이해당 법인 부동산의 사실상 취득가격이라고 보는 것이 합리적인 점 등을 종합적으로 고려할 때 간주취득 납세의무 성립일 이전 발생한 재평가차익을 취득세 과세표준에포함하여 한 이 사건 부과처분은 정당하다.





5. 결론

그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 「 감사원법」 제46조 제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.



관계 법령

□ 구 「 지방세법」 (2023. 3. 14. 법률 제19230호로 개정되기 전의 것)

○ 제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 양식업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서  "부동산등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.

②~④ (생략)

⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「 지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하  "과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「 신탁법」 에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다) 한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「 지방세기본법」 제44조를 준용한다.

⑥~⑮ (생략)

○ 제10조(과세표준) ①~③ (생략)

④ 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 「 소득세법」 제101조 제1항 또는 「 법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 「 부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득

⑥~⑧ (생략)



□ 구 「 지방세법 시행령」 (2021. 12. 31. 대통령령 제32293호로 개정되기 전의 것)

○ 제18조(취득가격의 범위 등) ①~② (생략)

③ 법 제10조 제5항 제3호에서  "대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

1. (생략)

2. 법인장부: 금융회사의 금융거래 내역 또는 「 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서. (단서 생략)

④~⑤ (생략)

□ 「 지방세기본법」

○ 제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 「 자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하  "과점주주”라 한다)