심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구인은 2002.11.15. 서울특별시 OOO(이하  "쟁점주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2022.9.6. 이를 OOO원에 양도한 후 2022년 귀속 양도소득세를 신고하면서 그 취득가액을 불분명한 것으로 보아 환산취득가액 OOO원을 적용하였다.



나. 서울지방국세청장(이하  "조사청”이라 한다)은 2025.3.11.부터 2025.3.18.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 쟁점주택의 전소유자인 A가 2002.11.15. 쟁점주택을 청구인에게 양도한 후 2002년 귀속 양도소득세를 신고하면서 그 양도가액을 실지거래가액인 OOO원으로 신고한 사실을 확인하여 처분청에 청구인의 과소신고를 감사 지적하였다.



다. 처분청은 이에 따라 쟁점주택의 취득가액을 OOO원으로 경정하여 2025.8.6. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원(과소신고가산세 OOO원 및 납부지연가산세 OOO원 포함)을 각 경정ㆍ고지하였다.



라. 청구인은 이에 불복하여 2025.10.17. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구인 주장



(1) 계약서 분실로 인한 환산취득가액 적용은 정당한 절차에 해당한다. 청구인은 2002년에 쟁점주택을 취득하였으나, 21여 년이 지난 시점에서 원본 계약서가 분실된 상태였는데, 이는 고의적 은닉이나 조작이 아닌 통상적인 이사 및 보관 과정에서 충분히 발생할 수 있는 현실적 사안이다. 이에 세무법인 A은 「소득세법 시행령」 제163조 제3항에 따라 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우로 보아 환산취득가액을 적용하여 정당하게 양도차익을 산정하였고, 청구인은 그 계산에 따라 산정된 양도소득세를 성실하게 신고ㆍ납부하였으므로, 쟁점주택의 취득가액을 환산가액으로 인정함이 타당하다.



(2) 또한, 처분청이 감사 지적을 근거로 납세자에게 가산세를 전가하는 것은 행정책임 회피에 해당한다. 처분청 담당자의 설명에 따르면 이 건은 조사청의 감사 지적으로 인해 재검토된 것이라고 하는데, 이는 행정기관 내부의 감사 결과일 뿐 성실한 납세자에게 가산세 책임을 묻는 근거가 될 수 없다. 청구인이 양도소득세를 신고할 당시(2022년) 처분청은 그 신고 내용을 검토ㆍ수리하였고, 이후 약 3년 동안 아무런 문제 제기가 없었다면 이는 사실상 과세당국의 묵시적 승인 행위로 평가될 수 있음에도 뒤늦게 감사 지적을 이유로 행정책임(가산세)을 납세자에게 전가하는 것은 「국세기본법」 제15조 및 헌법 제37조 제2항의 국민의 기본권 보호 원칙에 정면으로 반하는 조치이다. 행정의 실수는 행정이 책임져야 하고, 납세자는 행정 신뢰에 따라 행동한 선의의 당사자이다. 따라서 청구인의 신고 이후 약 3년이 지난 시점에서 이를 ‘불성실 신고’로 보아 고액의 가산세를 부과하는 것은 납세자의 성실신고 행위를 범죄행위로 간주하는 과도한 행정처분으로, 신의성실의 원칙에도 위배된다.



나. 처분청 의견



(1) 양도소득세는 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 계산하여 신고ㆍ납부함으로써 납세의무가 확정되는 세목이므로, 납세의무자는 그 신고 내용의 정확성에 대하여 스스로 1차적인 책임과 의무를 부담하여야 하는바, 「소득세법」 제97조에 따라 취득가액은 실지거래가액이 원칙이고, 환산가액은 예외적으로 실지거래가액을 확인할 수 없을 때에만 적용 가능한데, 이 건의 경우 전소유자의 신고 내용을 통해 실지거래가액이 확인되므로, 당초 환산가액을 적용하여 쟁점주택의 양도소득세를 신고한 행위는 세법상 정당한 취득가액을 과소하게 신고한 것이므로 이 건 처분은 정당하다.



(2) 가산세는 신고ㆍ납부 의무의 성실한 이행을 확보하기 위한 행정상의 제재로서, 신고ㆍ납부 세목의 경우 신고의무를 해태한 사실만으로 가산세 부과요건을 충족하고, 청구인이 주장하는 ‘계약서 분실’, ‘장기간 문제 제기 없었음’, ‘감사 지적에 따른 과세’ 등은 「국세기본법」 제48조에 따른 가산세 감면의 정당한 사유로 볼 수 없다. 또한, 처분청의 당초 신고서 수리는 실지거래가액의 적정성을 확정적으로 인정한 공적인 견해 표명이 아니므로 실지거래가액의 사후적 확인 및 경정ㆍ고지에 따른 가산세 부과는 정당하다.



즉, 청구인이 처분청의 단순 신고 수리 또는 내부적인 업무 처리를 들어 신의성실의 원칙을 적용하여 가산세 부과를 취소하기 위해서는 처분청의 과세하지 않겠다는 명시적 또는 공적인 견해 표명이 있어야 하나 단순 신고 수리는 이에 해당하지 아니하므로, 납세의무자의 신고 오류에 대한 가산세 부과를 제한할 수 없다. 따라서 조사청의 감사 지적으로 실지취득가액이 확인된 이상, 청구인의 환산취득가액에 의한 양도소득세 신고는 과소신고에 해당하므로 이 건 가산세 부과는 적법하다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



① 쟁점주택의 전소유자가 신고한 양도가액을 청구인의 실지취득가액으로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부



② 청구인에게 가산세 감면사유가 있는지 여부



나. 관련 법령



(1) 국세기본법



제15조【신의성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.



제47조의3【과소신고ㆍ초과환급신고 가산세】① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다

2. 제1호 외의 경우 : 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액



제47조의4【납부지연 가산세】① 납세의무자가 법정납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액×법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간×금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율



제48조【가산세의 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우



(2) 소득세법



제97조【양도소득세의 필요경비】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액(이하 생략)



제114조【양양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.



(3) 소득세법 시행령



제176조의2【추계결정 및 경정】① 법 제114조 제7항에서  "대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우



(4) 국세기본법 시행령



제28조【가산세의 감면 등】① 법 제48조 제1항 제3호에서  "대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 토지 등의 수용 또는 사용, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시ㆍ군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우(이하 생략)



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구인은 2022.9.6. 쟁점주택을 양도한 후 양도소득세를 신고하면서 그 실지취득가액이 확인되지 아니한다는 이유로 환산가액(OOO원)을 적용하였으나, 조사청은 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 쟁점주택의 전소유자가 그 양도가액을 실지거래가액(OOO원)으로 신고한 사실을 확인하여 처분청에 청구인의 과소신고를 감사 지적하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점주택의 취득가액을 전소유자의 양도가액으로 경정하여 아래 ＜표1＞과 같이 청구인에게 이 건 양도소득세를 경정ㆍ고지하였다.



＜표1＞ 이 건 양도소득세 처분 내역

○○○



(2) 국세청의 국세통합시스템에 따르면 쟁점주택 취득 당시 신고된 유사 물건의 양도가액은 아래 ＜표2＞와 같다.



＜표2＞ 쟁점주택 및 유사 물건의 양도가액 신고 내역 등

○○○



(3) 그 밖에 처분청은 ‘과세자료 내용에 따른 해명자료 제출 안내’ 및 ‘과세예고 통지’ 등을 거쳐 이 건 양도소득세의 부과제척기간 종료일(2028.5.31.)이 도과되기 전인 2025.8.6. 청구인에게 이 건 처분을 한 것으로 나타난다.



(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 계약서 분실로 쟁점주택의 실지취득가액을 확인할 수 없으므로 환산취득가액을 적용하여 양도차익을 산정하여야 한다고 주장하나,



「소득세법」 제97조 제1항은 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 취득가액은 실지거래가액을 우선으로 하되, 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액을 기준으로 한다고 규정하고 있는데, 여기서 ‘실지거래가액’이란 거래 당시 양도자가 자산을 양도하고 그 대가로 지급받은 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하고(대법원 2012.2.9. 선고 2010두27592 판결 등, 참조), 양도소득세의 과세표준과 세액은 실지거래가액에 의하여 결정하는 것이 원칙이므로 환산가액을 기준으로 하기 위해서는 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 실지거래가액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용된다고 보아야 한다.



이 건의 경우 국세청의 국세통합시스템에서 조회한 쟁점주택 전소유자의 경정결의서, 양도소득세 신고서 등에서 전소유자가 양도소득세를 신고하면서 쟁점주택의 양도가액을 실거래가로 신고한 것으로 확인됨에 따라 처분청은 당해 전소유자가 신고한 양도가액을 청구인의 취득가액으로 경정하였는데, 위와 같은 처분청의 취득가액 결정 방식이 달리 근거과세의 원칙에 위반된다고 보기 어려운 점, 청구인은 계약서 분실을 이유로 쟁점주택의 실지취득가액을 확인할 수 없어 환산가액을 적용하였다고 주장하나, 청구인이 쟁점주택의 실지취득가액을 확인하기 위하여 전소유자나 관할구청에 당시 매매계약서나 검인계약서를 요청하거나 취득세 과세표준 등을 통하여 실지취득가액을 확인하려는 노력 등 없이 곧바로 환산취득가액을 적용한 것으로 보이는 점, 처분청이 제시한 전소유자의 양도가액(OOO원)이 유사한 시기에 거래된 같은 공동주택 같은 동 다른 호수의 거래가액(OOO원)을 고려할 때 통상적인 거래가액과 현저히 차이가 나는 경우라고 볼 수도 없는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점주택의 취득가액을 전소유자가 신고한 양도가액으로 경정하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.



다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청이 당초 신고서를 수리하였음에도 뒤늦게 감사 지적을 근거로 납세자에게 가산세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하는바(대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결 등, 참조),



「국세기본법」 제48조 제1항 제2호는 가산세 면제의 사유 중 하나로 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우를 정하고 있고, 여기에서 정당한 사유가 있는 경우는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 견해가 대립하는 등으로 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것에 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있을 때 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하기 어려운 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 비난할 수 없는 경우를 말한다 할 것인데(대법원 2017.7.11. 선고 2017두36885 판결 등, 참조), 청구인이 주장하는 계약서 분실, 처분청의 신고서 수리 등은 가산세 감면의 정당한 사유로 볼 수 없는 점, 납세의무자의 양도소득세 예정신고에 대하여 과세관청이 그 예정신고 내용대로 납부하여야 할 양도소득세액을 확인하고 수리하는 것은 과세관청의 내부적 의사결정에 불과하여 과세처분에 해당한다고 할 수 없고, 또한 과세관청은 양도소득세 확정신고기간 도과 후에는 부과제척기간에 걸리지 아니하는 한 언제든지 양도소득세 부과결정 또는 경정결정을 할 수 있는바(대법원 2002.4.12. 선고 2000두5944 판결 등, 참조), 처분청은 이 건 양도소득세의 부과제척기간 종료일(2028.5.31.)이 도과되기 전인 2025.8.6. 청구인에게 이 건 처분을 한 것으로 나타나는 점, 특히 납부지연가산세는 납세의무자로 하여금 성실하게 세액을 납부하도록 유도하기 위한 것으로서 신고납부기한까지 미납부한 금액에 대하여는 금융혜택을 받은 것으로 보아 그 납부의무 위반에 대하여 가하는 행정상의 제재인 점 등에 비추어, 청구인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기는 어려운 것으로 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.