심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구인은 부동산업을 영위하는 주식회사 A(이하  "A”이라 한다) 주식 100%(118,900주)를 소유한 주주이고, A은 창고업을 영위하는 자회사 주식회사 B(이하  "B”라 한다)의 지분 94.94%를 소유하고 있다.



나. A은 2016.3.31. 화물운송회사인 주식회사 C(이하  "C”라 한다) 주식 24,850주를 OOO원(1주당 OOO원)에 취득한 후, 2016.7.11. 이를 청구인의 배우자 a에게 같은 금액으로 양도하였고, 2016.10.4. C에 흡수합병 되었는데, 청구인은 합병대가로 C 주식 35,236주(지분율 58.64%)를 교부받았다.



다. 한편, 청구인 및 배우자 a은 2020.6.24. C에서 주식회사 D(이하  "D”라 한다)를 인적분할(신설)하였고, 이후 2020.7.13. C 총발행주식 25,063주(이 중 청구인이 보유한 14,698주를 이하  "쟁점주식”이라 한다)를 주식회사 E(이하  "E”이라 한다)에 양도하였으나, 청구인은 쟁점주식 양도에 대한 양도소득세를 신고하지 아니하였다.



라. 처분청은 2024.10.2.부터 2024.11.21.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점주식의 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하여 2025.3.10. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정ㆍ고지하였다.



마. 청구인은 이에 불복하여 2025.5.20. 이의신청을 거쳐 2025.9.19. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구인 주장



(1) 처분청은 쟁점주식 양도가액을 C 총발행주식(25,063주)의 양도가액인 OOO원에서 청구인의 지분율(58.6%)을 적용하여 OOO원으로 산정하였고, 쟁점주식 취득가액을 A 주식 취득가액인 OOO원에 C와 D의 분할비율 중 C의 분할비율인 41.4%를 적용한 OOO원으로 산정하여 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 부과하였다.



(2) 청구인은 형식상으로 분할법인인 C의 총발행주식 25,063주[청구인 14,698주(쟁점주식), 배우자 a 10,365주] 중 일부인 쟁점주식을 양도한 것으로 되어 있으나, 그 실질은 배우자 a이 2016.7.11. A로부터 C 주식 24,850주(1주당 OOO원, 총 OOO원)를 취득하여 2020.7.13. E에 OOO원에 양도한 것이므로 그 양도차익은 OOO원이다.



(3) E은 C 주식만을 취득한 것이 아니고 경영권도 취득한 것이다.  "경영권을 수반하는 경우 정상적인 주식양도와는 다르게 계산하여야 한다”는 판례(대법원 2011.1.13. 선고 2008두4770 판결)의 취지에 비추어 보면 형식상 청구인과 배우자 a이 함께 C 주식(25,063주)을 양도한 것처럼 한 것이다. 그럼에도 불구하고 처분청은 쟁점주식의 양도를 경영권이 수반되지 아니한 일반적인 주식의 양도로 보아 그 양도차익을 OOO원으로 계산하여 이 건 처분을 하였다.



이는 경영권 분할로 인해 부득이하게 청구인이 형식적으로 쟁점주식의 양도자가 된 것을 간과한 것으로, 「국세기본법」 제14조의 실질과세의 원칙에 반하는 처분이므로 쟁점주식 취득가액은 당초 a이 합병 전 C 주식 취득가액인 OOO원에 청구인의 지분율 58.6%를 적용한 금액(OOO원)으로 보는 것이 실질과세 원칙에 부합한다.



(4) 한편, 청구인과 배우자 a은 C의 분할로 인하여 청구인은 C 주식 14,698주(쟁점주식)를 받았고, 배우자 a은 D 주식 14,485주를 받은 것으로 주식을 서로 교환한 것으로 되어 있는바, 이는 주식의 포괄적 교환이라 볼 수 있고, 유권해석(서면인터넷방문상담2팀-205, 2006.1.25.)에도  "주식의 포괄적 교환에서 양도가액은 교환으로 취득하는 주식의 시가로 하는 것임”과 같이 청구인과 a은 같은 가치의 주식을 교환한 것으로 볼 수 있으므로, 쟁점주식 취득가액 산정시 a이 C 주식을 취득하기 위해 소요된 OOO원에서 청구인 지분 비율 58.6%을 적용하여 OOO원으로 보는 것이 실질과세의 원칙에 부합한다.



나. 처분청 의견



(1) 청구인이 C 주식을 취득하게 된 경위는 A과의 합병이고, 합병 후 존속법인 C의 주식(35,236주)을 교부받았으므로 청구인이 E에 양도한 쟁점주식의 취득가액은 피합병법인인 A의 주식 취득가액으로 봄이 타당하다.



(가) 국세청 유권해석(재일 46070-180, 1997.1.31., 서면인터넷방문상담4팀-283, 2005.2.3. 외 다수, 같은 뜻임)에 따르면, 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주가 합병으로 교부받은 주식을 양도하는 경우 그 취득가액의 산정방법은 소멸한 법인 주식의 취득가액을 근거로 한다.



(나) 청구인은 실질과세를 주장하면서 2020.7.13. 쟁점주식의 양도는 합병(2016.10.4.) 전의 C 주식을 양도한 것이고, 이에 대한 취득가액은 a이 합병 전에 취득한 C의 주식가액(주당 OOO원)으로 하여야 한다고 주장하나, A과 합병(2016.10.4.) 전과 후에 제출된 C의 주식변동상황명세서, 2020.6.24. C와 D와의 분할계획서 및 법인등기부등본 등을 확인한바, 2016년의 합병과 2020년의 분할은 「상법」상 적정하게 이루어졌다.



(다) 2016.10.4. A이 C로 합병된 후, 2020.6.24. C는 D로 인적분할되었는바, 청구인이 2020.7.13. 양도한 쟁점주식은 A이 C에게 합병되면서 취득한 것이고, 쟁점주식을 양도했다는 사실관계를 통해 당초 합병 당시 두 법인의 재무제표가 희석된 후 인적분할이 되었으므로 합병 전 C 주식을 양도하였다는 청구주장은 신빙성이 없다.



(2) 청구인은 쟁점주식의 양도를 거래의 실질에 따라 적용하여야 한다고 주장하나, 실질과세 원칙은 경제적 실질과 법적 실질을 통해 거래의 형식, 명의만으로 과세되는 경우 조세평등주의를 저해할 수 있어 실제 행위자에게 거래의 형식을 떠나 실질소득 구분에 따라 담세하도록 하기 위해 규정된 것이다.



(가) 청구인은 A 주식을 취득하였고, 이후 본인 소유의 부동산을 현물출자하여 A의 자본을 증가(118,900주)시키는 등 자신의 경제적 실질을 투여하여 주식을 취득하였으며, C는 2016.10.4. A과 「상법」에 따라 정상적으로 합병되었고, 2020.6.24. 인적분할을 통해 D를 분할신설법인으로 설립한 것이 확인된다.



따라서 쟁점주식의 양도는 청구인이 A과 합병하여 청구인의 주식을 경제적 실질로 투여하였고, 법인등기 절차라는 법적 행위를 통해 법인의 의결권 등 법적 실질도 청구인이 지배ㆍ향유하였다고 봄이 타당하다.



(나) 실질과세 논리를 적용하기 위해서는 형식적 명의자가 경제적인 실질을 지배ㆍ향유하지 않아 다른 재산권을 보유ㆍ관리 및 수익ㆍ운용하는 자가 있는 경우 적용하여야 하나, 쟁점주식의 양도는 청구인의 자산을 금원으로 하여 취득한 주식을 양도한 거래로 실질과세 논리가 적용될 여지가 없다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



쟁점주식의 취득가액이 과소산정되었다는 청구주장의 당부



나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.



(가) 쟁점주식과 관련한 법인현황은 아래 ＜표1＞과 같고, 2015년말 B 발행주식은 A이 94.9%를 소유하다가, 2016년 A이 C에 합병된 후 C가 94.9%를 소유하였고, 이후 2020년 C에서 일부 인적분할로 설립된 D가 94.9%를 소유하였다.



＜표1＞ 관련법인 현황

○○○



(나) 청구인은 A 주식 118,900주(지분율 100%)를 소유하다가 2016.10.4. A이 C에 합병되면서 존속법인 C의 주식 35,236주(지분율 58.64%)를 교부받았고, 청구인의 배우자 a은 2016.7.11. A이 소유하던 C 주식 24,850주를 OOO원(1주당 OOO원)에 매수하였다.



이후, C는 2020.6.24. D를 인적분할 하였고, 청구인은 2020.7.13. 분할 후 C 주식 14,698주(쟁점주식)를 E에 양도하였으나, 양도소득세를 신고하지 아니하여 처분청은 청구인에게 쟁점주식 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정ㆍ고지하였다.



＜표2＞ 양도소득세 부과내역

(단위 : 백만원)

○○○

1) (A 주식 취득자금+현물출자가액)×14,698(쟁점주식, 인적분할)/35,236(합병취득)

2) OOO원 × 10,365주



＜표3＞ 처분청의 쟁점주식 취득가액 산정내역

○○○



(다) 국세청 전산자료 및 법인등기사항증명서 등에 나타난 주주현황은 다음과 같다.



1) 청구인은 2016.10.4. A이 C에 합병되면서 C 주식 35,236주를 취득(유상증자)하였고, 배우자 a은 C 주식 24,850주를 취득(1주당 OOO원, OOO원)하여 소유한 것으로 나타난다.



＜표4＞ 합병 전ㆍ후 C 주주현황(2016.1.1.∼2016.12.31.)

(단위: 주, %)

○○○



2) 2020.6.26. 현재 C 총발행주식은 60,086주이고, 청구인이 58.6%, 배우자가 41.4%를 소유하고 있는 것으로 나타난다.



＜표5＞ C(합병법인)의 주주현황(2020.1.1.~2020.6.26.)

(단위: 주, %)

○○○

* C 자기주식 16,150주 소각



3) 2020.6.24. C의 일부를 분할하여 D가 설립된 것으로 확인되고, 분할 후 C 주주현황은 기초 주식수 총 25,063주인데, 청구인이 14,698주(58.6%), 배우자가 10,365주(41.4%)를 소유하다 2020.7.13. 주식 전부를 E에 양도한 것으로 확인되며, D의 등기사항증명서 및 주주현황에는 2020년말현재 D의 발행주식 총수 44,436주이고 청구인이 26,058주(58.6%), 배우자가 18,378주(41.4%)를 소유한 것으로 확인된다.



＜표6＞ D 주주현황(2020.6.24.~2020.12.31.)

(단위: 주, %)

○○○



＜표7＞ 분할 후 C 주주현황(2020.6.27.∼2020.12.31.)

(단위: 주, %)




(라) 청구인은 형식상 청구인과 배우자가 E에 주식을 양도한 것으로 되어 있으나, 실질은 배우자가 합병 전의 C 주식 24,850주를 취득하여 보유하다가 A과 합병하였고, 이후 D 분할 후 합병 전의 C 주식과 경영권을 E에 양도하였다고 주장하며 1차ㆍ2차 주식 등 양수도계약서, 청구인과 배우자 a의 주식 변동추이 등을 제출하였다.



(마) 처분청 조사종결보고서의 주요내용은 다음과 같다.



＜ 조사종결보고서 ＞

○○○



(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,



「소득세법」 제97조 제1항 및 같은 법 시행령 제163조 제1항 제1호, 제4호에 의하면, 주식 등 자산의 취득가액(실지거래가액)과 관련하여, 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주가 합병 후 존속하거나 합병으로 신설되는 법인으로부터 교부받은 주식의 1주당 취득원가에 상당하는 가액은 합병 당시 해당 주주가 보유하던 피합병법인의 주식을 취득하는 데 든 총금액을 합병으로 교부받은 주식수로 나누어 계산한 가액으로 하도록 규정하고 있는바,



청구인은 쟁점주식 취득가액을 C가 합병 또는 분할하기 전에 배우자 a이 C 주식을 취득한 가액으로 산정하여야 한다고 주장하나, C의 합병과 분할의 효력은 「상법」의 절차에 따라 유효하게 성립된 것으로 보이고, 청구인은 A 주식을 현물출자 등을 통하여 취득하였다가 C에 흡수합병되면서 쟁점주식을 취득한 반면, 배우자 a은 합병 전 C 주식을 취득한 것으로 C 발행주식의 취득시기 및 취득방식 등이 청구인과 달라 쟁점주식 취득가액에 그대로 적용하기 어려운 점, 청구인은 자신이 소유한 A을 2016.10.4. C와 합병하고 합병대가로 35,236주를 교환ㆍ취득하였는바, 처분청이 합병대가로 사용된 A의 주식 취득에 소요된 금액을 기준으로 쟁점주식의 취득가액을 산정한 것이 타당한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.





＜별지＞ 관련 법령



(1) 국세기본법



제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.



(2) 소득세법



제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

나. 주권비상장법인의 주식등. 다만, 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주에 해당하지 아니하는 자가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제283조에 따라 설립된 한국금융투자협회가 행하는 같은 법 제286조 제1항 제5호에 따른 장외매매거래에 의하여 양도하는 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서  "중소기업”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업의 주식등은 제외한다.



제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액



(3) 소득세법 시행령



제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 「부가가치세법」 제10조 제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

4. 제1호를 적용할 때 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주가 합병 후 존속하거나 합병으로 신설되는 법인(이하 이 호에서  "합병법인”이라 한다)으로부터 교부받은 주식의 1주당 취득원가에 상당하는 가액은 합병 당시 해당 주주가 보유하던 피합병법인의 주식을 취득하는 데 든 총금액(「법인세법」 제16조 제1항 제5호의 금액은 더하고 같은 호의 합병대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액은 뺀 금액으로 한다)을 합병으로 교부받은 주식수로 나누어 계산한 가액으로 한다.



(4) 상법



제233조(합병의 등기) 회사가 합병을 한 때에는 본점의 소재지에서 2주일 내에 합병 후 존속하는 회사의 변경등기, 합병으로 인하여 소멸하는 회사의 해산등기, 합병으로 인하여 설립되는 회사의 설립등기를 하여야 한다.



제234조(합병의 효력발생) 회사의 합병은 합병후 존속하는 회사 또는 합병으로 인하여 설립되는 회사가 그 본점소재지에서 전조의 등기를 함으로써 그 효력이 생긴다.



제235조(합병의 효과) 합병후 존속한 회사 또는 합병으로 인하여 설립된 회사는 합병으로 인하여 소멸된 회사의 권리의무를 승계한다.



제530조의10(분할 또는 분할합병의 효과) 단순분할신설회사, 분할승계회사 또는 분할합병신설회사는 분할회사의 권리와 의무를 분할계획서 또는 분할합병계약서에서 정하는 바에 따라 승계한다.