서울특별시 강남구청장이 2024.3.25. 청구법인에게 한 등록면허세 등 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요



가. 청구법인(종전 상호 AAA 주식회사)은 다른 회사와 합병하는 것을 사업목적으로 하여 2016.7.15. 서울특별시 영등포구 OOO에서 설립한 후, 본점을 서울특별시 강남구 OOO으로 이전하였다.



나. 청구법인은 2019.9.3. 기술혁신형 중소기업인 주식회사 BBB(이하  "소멸법인”이라 한다)를 흡수 합병(이하  "이 건 합병”이라 하다)하고, 상호를 주식회사 BBB(소멸법인의 상호)로 변경하였다.



다. 청구법인은 이 건 합병에 따라 2019.9.4. 자본금 OOO원을 증자하고, 이에 대한 등기(이하  "이 건 등기”라 한다)를 하면서 이 건 등기를 대도시 내에서 설립한지 5년이 경과하지 않은 법인(이하  "대도시내 법인”이라 한다)이 하는 등기로 보아 그 자본금 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」(2018.12.31. 법률 제16113호로 개정된 것, 이하 같다) 제28조 제2항에서 규정하고 있는 중과세율(1천분의 12)을 적용하여 산출한 등록면허세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하  "이 건 등록면허세 등”이라 한다)을 이 건 등기 당시 청구법인의 본점소재지를 관할하는 처분청에 신고ㆍ납부하였다.



라. 청구법인은 2024.3.20. 기술혁신형 중소기업인 소멸법인을 합병하면서 소멸법인의 지위를 모두 승계하여 소멸법인이 영위하던 대도시 중과 제외 업종을 영위하고 있으므로 이 건 등기에 대하여는「지방세법」제28조 제2항 단서, 같은 법 시행령 제26조 제1항 제34호 및 제44조에 따라 등록면허세 중과 제외 대상으로 보아야 한다는 주장을 주위적 청구로 하고, 이 건 등기는 대도시 내에서 설립한지 5년이 경과하지 않은 청구법인과 대도시 내에서 중과 제외 업종을 영위하는 소멸법인의 합병을 원인으로 하는 등기이므로 이에 대하여는 그 자산 비율로 등록면허세 중과 대상을 안분하여야 한다는 주장을 예비적 청구로 하여, 이 건 등록면허세 등의 경정청구를 제기하였다.



마. 처분청은 청구법인의 예비적 청구를 받아들여 2024.3.25. 청구법인에게 이 건 등록면허세 등에서 소멸법인에 대한 중과분(75.13%)에 해당하는 OOO원을 환급하고, 나머지 청구는 거부하였다.



바. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.5. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1)「지방세법」제28조 제2항 단서, 같은 법 시행령 제26조 제1항 제34호 및 제44조를 종합하면,「중소기업 기술혁신 촉진법」제15조 및 같은 법 시행령 제13조에 따라 기술혁신형 중소기업으로 선정된 기업이 경영하는 사업을 등록면허세 중과 제외 대상 업종으로 규정하고 있다.



(2) 청구법인은 기술혁신형 중소기업인 소멸법인을 합병하면서 소멸법인의 기술집약형 중소기업 지위를 모두 승계한 후, 2021.1.27. 중소벤체기업부장관으로부터 기술혁신형 중소기업 확인(제 OOO)을 받았고, 청구법인의 합병일이 속하는 사업연도 개시일부터 합병일까지 청구법인의 매출액은 OOO원인 반면 소멸법인의 매출액은 OOO원이며, 그 후 매출액도 모두 소멸법인이 영위하던 사업과 관련된 것이다.



(3) 또한, 행정안전부는 대도시에서 설립 후 5년이 경과하지 아니한 중과 대상 업종을 영위하는 법인이 증자를 통하여 중과 제외 업종을 영위하는 법인을 흡수 합병하는 경우, 매출액 비율에 따라 안분하여 과세한다고 해석하였다(지방세운영과-1565, 2010.4.19.).



(4) 따라서, 청구법인은 대도시 내 중과 제외 업종을 영위하기 위해 이 건 합병을 한 것이고, 그 매출액은 전부 등록면허세 중과 제외 대상 사업을 영위하는 소멸법인에서 나온 것이므로 이 건 등기는「지방세법」제28조 제2항 단서, 같은 법 시행령 제26조 제1항 제34호 및 제44조에 따라 등록면허세 중과세 대상이 아니라 할 것이므로 청구법인이 납부한 등록면허세 등 OOO원에서 표준세율(1천분의 4)로 산출한 등록면허세 등 OOO원을 제외한 OOO원은 환급되어야 한다.



(5) 대도시 내 법인에 대한 등록면허세 중과세 규정은 대도시 내로 인구와 경제력이 집중되는 것을 억제하여 국토의 균형발전을 도모하는데 있는 것이고, 특수목적법인(SPAC)인 청구법인은 대도시 내에 인적ㆍ물적 설비가 없는 법인이므로 청구법인이 소멸법인을 합병하고 이 건 등기를 하였다고 하여 대도시 내로 인구 집중 등을 유발시키는 것은 아니라 할 것이다.



(6) 합병의 경우 그 존속법인이 누가되든 동일한 경제 효과를 갖는 것인데, 만일 소멸법인이 존속법인이 되고, 청구법인이 소멸법인이 된다면, 소멸법인은 이미 대도시 내 중과제외 업종을 영위하고 있으므로 이 건 등기는 등록면허세 중과세 제외 대상이 될 것이나, 청구법인을 존속법인으로 하였다고 하여 등록면허세를 중과세 하는 것은 부당하다.



나. 처분청 의견



(1)「지방세법」에서 중과 업종을 영위하는 법인과 중과 예외 업종을 영위하는 법인 간의 합병 시 증자 등기에 대한 과세방법에 대하여는 명시적 규정이 없고, 다만 같은 법 시행령 제45조 제5항에서 중과 업종과 중과 제외 업종을 겸업하는 법인이 증자등기를 할 경우의 과세방법에 대하여 규정하고 있을 뿐이다.



(2) 행정안전부는 대도시에서 설립 후 5년이 경과하지 아니한 중과업종을 영위하는 법인이 증자를 통하여 중과 제외업종을 영위하는 법인을 흡수 합병하는 경우 매출액 비율에 따라 안분하여 과세한다고 해석하고 있으나(지방세운영과-1565, 2010.4.19.), 이 건에서 소멸법인을 합병하기 전의 청구법인(존속법인)은 기업 인수를 목적으로 하는 특수목적법인(SPAC)이므로 매출액이 발생할 수 없고, 유형고정자산 또한 보유할 수 없는 법인이므로 이 건 등기에 대하여 위의 행정안전부 해석을 그대로 적용할 수 없다.



(3) 따라서, 처분청이 청구법인의 예비적 청구를 받아들여 이 건 등록면허세 등에서 소멸법인에 대한 중과분인 OOO원을 환급하고, 나머지 청구는 거부한 처분은 정당하다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



이 건 등기를「지방세법」제28조 제2항 단서에 따른 등기로 보아 등록면허세 중과 대상에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부



나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.



(가) 청구법인은 2016.7.15. 본점소재지를 서울특별시 영등포구 OOO로 하고, 목적사업을 ‘다른 회사와 합병’으로 하여 설립된 특수목적법인(SPAC)이다.



(나) 소멸법인은 2005년 9월 상호를 주식회사 BBB로 하고, 본점소재지를 경기도 군포시 OOO로, 목적사업을 ‘기능성 접착소재 및 관련제품 제조 등’으로 하여 설립되었다.



(다) 중소벤처기업부장관은 2018.2.10. 소멸법인을 기술혁신형 중소기업으로 선정(등급 AA, 유효기간 : 2018.2.10.∼2021.2.9. )하고, 그 확인서를 발급하였다(제 OOO).



(라) 청구법인은 2019.9.3. 이 건 소멸법인을 흡수합병한 후, 자본금 OOO원을 증자하기로 결정하였다.



(마) 청구법인은 2019.9.4. 증자한 자본금 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제28조 제2항에서 규정하고 있는 대도시 내 신설 법인의 중과세율(1천분의 12)을 적용하여 산출한 등록면허세 등 OOO원을 본점(서울특별시 강남구 OOO)이 소재하는 처분청에 신고ㆍ납부한 후, 이 건 등기를 하였다.



(바) 청구법인은 2024.3.20. 이 건 등록면허세 등에 대한 경정청구를 하였고, 처분청은 청구법인의 예비적 청구를 받아들여 증자한 자본금(OOO원)을 합병 당시 청구법인과 소멸법인의 자산비율로 안분하여 소멸법인의 자산비율(75.13%)에 해당하는 부분에 대하여는 등록면허세 중과 대상이 아니라고 보아 2024.3.25. 청구법인에게 등록면허세(중과분) OOO원을 환급하였다.



(사) 중소벤처기업부장관은 소멸법인에게 교부한 기술혁신형 중소기업확인서를 2019.9.17. 청구법인에게 합병을 원인으로 재교부하였고, 청구법인은 2021.1.27. 중소벤처기업부장관으로부터 기술혁신형 중소기업확인의 유효기간을 2024.2.9.까지로 연장받았다.



(2)「지방세법」제28조 제2항 단서 및 제1호에서 대도시에서 법인을 설립하거나 지점이나 분사무소를 설치함에 따른 등기의 경우 표준세율(1천분의 4)의 100분의 300으로 중과하되 대도시 중과 제외 업종에 대해서는 그러하지 아니하다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제26조 제1항 제34호에서 기술혁신형 중소기업으로 선정된 기업이 경영하는 사업을 대도시 중과 제외 업종으로 규정하고 있다.



또한,「지방세법 시행령」제45조 제3항에서 대도시에서 설립 후 5년이 경과한 법인(이하  "기존법인”이라 한다)이 대도시에서 설립 후 5년이 경과되지 아니한 법인과 합병하여 기존법인 외의 법인이 합병 후 존속하는 법인이 되거나 새로운 법인을 신설하는 경우에는 합병 당시 기존법인에 대한 자산비율에 해당하는 부분을 중과세 대상으로 보지 아니한다고 규정하고 있고,



같은 조 제5항에서 대도시 중과 제외 업종과 대도시 중과 대상 업종을 겸업하는 경우, 대도시 중과 제외 업종을 대도시 중과 대상 업종으로 변경하는 경우 또는 대도시 중과 제외 업종에 대도시 중과 대상 업종을 추가하는 경우에는 해당 법인에 대한 등록면허세는 직전 사업연도의 총 매출액에서 대도시 중과 제외 업종과 그 외의 업종의 매출액이 차지하는 비율을 안분하여 과세하되 그 다음 사업연도에도 매출액이 없는 경우에는 유형고정자산가액의 비율에 따른다고 규정하고 있다.



(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대,「지방세법」제28조 제2항 제1호에서 대도시에서 법인을 설립하거나 설립 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 등기에 대해서는 등록면허세의 세율을 100분의 300으로 한다고 규정하면서, 같은 조 제2항 단서에서 대도시에서 설치가 불가피하다고 인정되는 업종에 대해서는 그러하지 아니하다고 규정하고 있는바, 설립 등기 또는 자본 및 출자액을 증가시키는 등기가 오로지 대도시 중과 제외 업종을 영위하기 위하여 이루어진 경우에는 등록면허세 중과세율을 적용할 수 없다고 보아야 하는 점,



청구법인은 2019.9.4. 이 건 합병을 하면서 등기사항증명서상 사업목적을 소멸법인이 영위하고 있는 사업목적으로 변경하였으므로, 청구법인은 합병과 함께 기술혁신형 중소기업으로서 오로지 대도시 중과 제외 업종만을 영위하고 있다 할 것인바, 자본을 증가시키는 등기인 이 건 등기는 대도시 내에서 설치가 불가피하다고 인정되는 업종에 대한 등기라고 보는 것이 타당한 점,



「지방세법 시행령」제45조 제3항은 합병 후 법인이 등록면허세 중과세 대상인 사업과 중과 제외 대상 업종을 동시에 영위하게 된 경우 중과 적용 비율을 안분하는 방법 및 그 기준에 관한 규정이므로, 이 건과 같이 청구법인과 소멸법인이 합병하여, 오로지 중과 제외 업종만을 영위하게 된 경우에는「지방세법」제28조 제2항 단서가 우선하여 적용되어야 할 것인 점 등에 비추어,



처분청이 이 건 등기 중 청구법인의 자산 비율(24.87%)에 해당하는 부분에 대하여는 등록면허세 중과세율을 적용하여야 한다고 보아, 이 건 등록면허세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2024지477, 2025.12.14. 조세심판관 합동회의, 같은 뜻임).





4. 결 론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령



(1) 지방세법(2018.12.31. 법률 제16113호로 개정된 것)



제28조[세율] ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

6. 법인 등기

가. 상사회사, 그 밖의 영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

2) 자본증가 또는 출자증가 : 납입한 금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기를 할 때에는 그 세율을 제1항 제1호 및 제6호에 규정한 해당 세율(제1항 제1호 가목부터 라목까지의 세율을 적용하여 산정된 세액이 6천원 미만일 때에는 6천원을, 제1항 제6호 가목부터 다목까지의 세율을 적용하여 산정된 세액이 11만2천500원 미만일 때에는 11만2천500원으로 한다)의 100분의 300으로 한다. 다만, 대도시에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서  "대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 대해서는 그러하지 아니하다.

1. 대도시에서 법인을 설립(설립 후 또는 휴면법인을 인수한 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)하거나 지점이나 분사무소를 설치함에 따른 등기



(2) 지방세법 시행령



제26조[대도시 법인 중과세의 예외] ① 법 제13조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서  "대통령령으로 정하는 업종”이란 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

34.「중소기업 기술혁신 촉진법」 제15조 및 같은 법 시행령 제13조에 따라 기술혁신형 중소기업으로 선정된 기업이 경영하는 사업. 다만, 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입하는 경우는 제외한다.



제44조[대도시 법인 중과세의 예외] 법 제28조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서  "대통령령으로 정하는 업종”이란 제26조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 업종을 말한다.



제45조[대도시 법인 중과세의 범위와 적용기준] ③ 법 제28조 제2항을 적용할 때 대도시에서 설립 후 5년이 경과한 법인(이하 이 항에서  "기존법인”이라 한다)이 다른 기존법인과 합병하는 경우에는 중과세 대상으로 보지 아니하며, 기존법인이 대도시에서 설립 후 5년이 경과되지 아니한 법인과 합병하여 기존법인 외의 법인이 합병 후 존속하는 법인이 되거나 새로운 법인을 신설하는 경우에는 합병 당시 기존법인에 대한 자산비율에 해당하는 부분을 중과세 대상으로 보지 아니한다. 이 경우 자산비율은 자산을 평가하는 때에는 평가액을 기준으로 계산한 비율로 하고, 자산을 평가하지 아니하는 때에는 합병 당시의 장부가액을 기준으로 계산한 비율로 한다.

⑤ 법 제28조 제2항을 적용할 때 법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 법 제28조 제2항 각 호의 등기에 대한 등록면허세의 과세표준이 구분되지 아니한 경우 해당 법인에 대한 등록면허세는 직전 사업연도(직전 사업연도의 매출액이 없는 경우에는 해당 사업연도, 해당 사업연도에도 매출액이 없는 경우에는 그 다음 사업연도)의 총 매출액에서 제26조 제1항 각 호에 따른 업종(이하 이 항에서  "대도시 중과 제외 업종”이라 한다)과 그 외의 업종(이하 이 항에서  "대도시 중과 대상 업종”이라 한다)의 매출액이 차지하는 비율을 다음 계산식에 따라 가목 및 나목과 같이 산출한 후 그에 따라 안분하여 과세한다. 다만, 그 다음 사업연도에도 매출액이 없는 경우에는 유형고정자산가액의 비율에 따른다.

1. 대도시 중과 제외 업종과 대도시 중과 대상 업종을 겸업하는 경우

2. 대도시 중과 제외 업종을 대도시 중과 대상 업종으로 변경하는 경우

3. 대도시 중과 제외 업종에 대도시 중과 대상 업종을 추가하는 경우



(3) 중소기업 기술혁신 촉진법



제15조[기술혁신형 중소기업 발굴ㆍ육성] ① 중소벤처기업부장관은 기술혁신형 중소기업을 발굴ㆍ육성하기 위하여 필요한 사업(이하  "기술혁신형 중소기업 육성사업”이라 한다)을 추진할 수 있다. 이 경우 중소벤처기업부장관은 비수도권 지역의 기술혁신형 중소기업을 발굴ㆍ육성하기 위하여 노력하여야 한다.

⑤ 기술혁신형 중소기업의 선정ㆍ지원 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



(4) 중소기업 기술혁신 촉진법 시행령



제13조[기술혁신형 중소기업 및 경영혁신형 중소기업의 선정 등] ① 중소벤처기업부장관은 법 제15조 제1항에 따른 기술혁신형 중소기업(이하  "기술혁신형 중소기업”이라 한다) 또는 법 제15조의3 제1항에 따른 경영혁신형 중소기업(이하  "경영혁신형 중소기업”이라 한다)을 선정하려면 그 선정절차와 다음 각 호의 구분에 따른 평가기준을 정하여 공고하여야 한다.

1. 기술혁신형 중소기업의 경우에는 기술혁신성과 및 기술사업화 능력 등에 관한 사항

② 중소벤처기업부장관은 제1항 제1호 또는 제2호의 평가기준에 따라 기업에 대한 평가를 실시하고, 그 평가결과가 우수한 기업을 각각 기술혁신형 중소기업 또는 경영혁신형 중소기업으로 선정하여야 한다.