1.처분개요



가.청구법인은 충청남도 아산시 OOO 소재에서 자동차 냉난방 배관설비 제조업을 영위하는 법인으로 특수관계법인 주식회사 A(이하  " A”라 한다)와 2021년 2월경 자재 관리계약(이하  "쟁점계약”이라 한다)을 체결하여 A가 소유한 충청남도 아산시 OOO 소재 창고 2,478㎡(이하  "쟁점창고”라 한다)를 임차하고 자재관리 용역(이하  "쟁점용역”이라 한다)을 제공받기로 한 후 쟁점계약에 따라 매월 아래 ＜표1＞과 같이 용역대금을 지급하였다.



＜표1＞ 쟁점계약에 따른 대금 지급내역

○○○



나.대전지방국세청장(이하  "조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 법인세 세무조사를 실시한 결과 청구법인이 쟁점계약에 따라 A에게 제공받은 쟁점용역이 쟁점창고 임대용역과 그 실질이 다르지 않고, 쟁점계약에 따라 지급한 용역대금이 쟁점창고와 유사한 창고(충청남도 아산시 OOO 소재 창고 1,491㎡, 이하  "비교대상물건”이라 한다)의 임차료를 기준으로 산정한 시가(이하  "쟁점임차료 시가”라 한다) 대비 과다한 것으로 보아 「법인세법」제52조의 부당행위계산 부인규정을 적용하여 법인세를 부과하여야 한다는 취지의 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점임차료 시가를 기준으로 이를 초과한 금액을 손금불산입하여 2025.5.15. 청구법인에게 법인세 합계 OOO원을 경정ㆍ 고지하였다.



＜표2＞ 이 건 부과처분 상세내역

○○○



다.청구법인은 이에 불복하여 2025.8.5. 심판청구를 제기하였다.





2.청구법인 주장 및 처분청 의견



가.청구법인 주장



(1) 쟁점계약은 단순한 창고 임대차 계약이 아닌 물류창고 운영 전반에 대하여 A에게 관리를 의뢰한 용역계약인바, 이를 단순 창고 임대차계약과 그 실질이 다르지 않은 것으로 보아 청구법인이 A에게 과다한 수준의 용역비를 지급한 것으로서 「법인세법」상 부당행위계산 부인규정을 적용한 이 건 처분은 위법ㆍ 부당하다.



(가) 청구법인은 물류창고 운영 전반을 외주화 하고자 A에게 물품 입출고ㆍ 재고관리ㆍ 안전관리 등 물류 업무 전반을 위탁하고, 이와 관련된 책임과 리스크를 A에게 이전하고자 A와 쟁점계약을 체결하였고, 이를 통해 내부인력 축소에 따른 인건비 절감, 물류 사고 등의 위험에 대한 직접적인 책임회피, 외부업체와의 계약을 통한 법적ㆍ 재무적 리스크를 분산하는 효익을 얻게 되었으며, 이러한 점이 쟁점계약의 조항 및 실제 쟁점계약에 따른 용역 진행에 있어 반영되었는바, 이는 단순 창고 임대차계약과 구분된다.



(다) 또한 A는 쟁점계약을 체결한 후 쟁점계약을 수행하고자 청구법인에서 해당 업무를 담당하던 직원을 채용하였고, 청구법인의 당초 물류관리 업무 연속성 및 거래처와의 신뢰 관계 유지를 도모할 수 있었다.



(다) 계약 당사자간의 합의는 특별한 사정이 없는 한 법적으로 유효한 것으로 그 체결 경위와 내용이 합리적ㆍ 실질적이라면 이를 준중되어야 하고, 과세관청이 자의적으로 그 형태를 재해석하여 「법인세법」상 부당행위계산 부인규정 적용대상으로 판단하는 것은 실질과세원칙에도 위배되는 것이므로 이 건 처분은 위법ㆍ 부당하다.



(2) 청구법인은 이 건 세무조사 종결 이후 감정평가법인에게 쟁점창고에 대한 적정 임차료 산정평가를 의뢰하였고, 감정평가법인은 현장조사 및 임대차시장 상황, 건물의 규모와 형태 등을 종합적으로 고려하여 쟁점창고에 대한 적정 임차료를 보증금 OOO원 및 월 임차료 OOO원으로 평가하였는바, 이는 감정평가법인의 합리적 평가기준에 따라 산정된 가액으로서 이를 기준으로 각 사업연도별 개별공시지가의 변동률을 적용하여 산정한 쟁점창고에 대한 임차료(이하  "청구인 주장 임차료 시가”라 한다)를 이 건 부과처분이 시가로 보아 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 합리적이라고 할 것이다.



나. 처분청 의견



(1) 청구법인이 쟁점계약의 기재 내용과 달리 물류관리용역을 제공받은 사실이 없는 것으로 확인되는 이상 그 실질이 창고 임대차계약과 달리 판단할 이유가 없는 것으로 보이므로, 처분청이 비교대상물건의 임차료를 기준으로 시가를 산정하여 한 이 건 부과처분은 정당하다.


(가) 청구법인은 쟁점계약에 따라 A로부터 물류관리 용역을 2021년 2월경부터 제공받았다고 주장하나, A가 2022년 8월 이전까지 근로소득지급명세서를 제출한 사실이 없고, 별도의 사업장이 존재하지 않으며, A의 사업장 소재지에는 청구법인의 구매팀 사무실만 존재하고 있었던 것으로 확인되어 실제 쟁점계약에 따른 물류관리용역을 제공할 인적ㆍ 물적 여력이 없었던 것이 나타난다.


(나) A가 2022년 8월 이후 근로소득을 지급한 3명 중 2명의 경우 청구법인의 사주의 자녀인 것으로 확인되고, 나머지 1명의 경우 청구법인의 구매팀에서 계속 근무하던 자를 A에서 채용한 것으로 확인되며, 실제 해당 근로자의 경우 사실상 청구법인의 직원으로서 계속 근무한 사실이 실제 근무장소나 조직도를 통해 확인된다.


(다) 또한 쟁점계약상 A가 청구법인의 자재 반출입 업무를 처리한다고 기재되어 있으나, A는 물류관리와 관련된 자산을 보유한 내역이 확인되지 않고, 관련 비용 지출 내역도 확인되지 않으며, 현장확인 결과 청구법인의 직원들이 쟁점창고에서 청구법인의 자산을 이용하여 자재 반출입 작업을 하고 있던 것이 확인되었다.


(라) 따라서 처분청이 실제 쟁점계약에 따라 제공받은 용역이 사실상 임대용역인 것으로 보아 비교대상물건의 임차료를 기준으로 시가를 산정하여 「법인세법」상 부당행위계산 부인규정을 적용하여 청구법인에게 한 이 건 처분은 정당하다.



(2) 청구법인이 청구인 주장 임차료 시가의 경우 소급감정평가에 따라 산정한 가액으로서 적정한 시가라고 인정할 수 없다.



(가) 처분청은 이 건 부과처분에 앞서 쟁점창고가 소재한 충청남도 아산시 OOO 일대에서 체결된 임대차계약을 전수조사한 후 쟁점창고와 위치, 면적, 용도 공시지가 등이 유사한 비교대상물건을 선정하여, 비교대상물건의 임대차계약상 임차료를 기준으로 쟁점임차료 시가를 산정하였고, 조세심판원도 특수관계법인 간의 임대차계약에 따른 임차료에 대하여 「법인세법」상 부당행위계산 부인규정을 적용함에 있어 그 적정 시가를 임대물건과의 위치, 주위환경 등을 종합적으로 검토하여 유사 임대사례를 선정하고 그에 따른 임차료를 시가로 보는 것이 적정하다는 취지로 결정(조심 2013서4941, 2014.5.19.)하였는바, 쟁점창고와 위치 및 조건 등이 유사한 비교대상물건의 임차료를 기준으로 산정한 쟁점임차료 시가는 적정한 시가에 해당한다.



(나) 한편 청구법인은 감정평가에 따라 산정한 청구인 주장 임차료 시가를 시가로 보아야 한다고 주장하나, 청구인 주장 임차료 시가의 경우 감정평가기준일 및 가격평가서작성일을 2025.4.28.로 하여 소급감정평가에 따라 산정된 가액으로, 이는 2021∼2023사업연도 중 쟁점창고을 임차하여 지급한 시점과 약 2년 이상 차이가 있어 적정한 수준의 시가로 보기는 어렵다.





3.심리 및 판단



가.쟁점



① 청구법인이 특수관계법인에게 시가보다 고가로 임차한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분의 당부



② 청구법인이 산정한 적정 임대료 가액을 기준으로 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다는 청구주장의 당부



나.관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다.사실관계 및 판단



(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다.



(가) 청구법인은 1988.1.5. 설립된 법인으로 지배주주(B) 및 그 가족 등이 모든 지분을 보유 중인 것으로 확인되고, A는 2020.9.25. 자동차부품 제조업을 영위하는 것으로 하여 설립된 법인으로 청구법인의 지배주주 등이 모든 지분을 보유 중인 것으로 확인된다.



＜표3＞ 청구법인 주주현황(2023.12.31. 기준)

○○○



＜표4＞ A 주주현황(2023.12.31. 기준)

○○○



(나) A는 2020.11.5. 쟁점창고에 대한 착공신고를 마치고, 2021.1.25. 사용승인을 받은 후 2021.2.1.부터 쟁점용역을 제공하는 것으로 하여 청구법인과 쟁점계약을 체결하였으며, 이후 쟁점계약을 변경하여 2022.8.1.부터 매월 지급받는 관리비용을 OOO원으로 증액하는 것으로 하였다.



＜표5＞ 쟁점계약

○○○



(2) 조사청은 제이앰비의 인적ㆍ 물적 역량을 고려할 때 쟁점계약에 따른 쟁점용역의 실질이 임대용역에 해당한다는 의견으로 다음과 같은 자료를 제출하였다.



(가) A의 근로소득지급명세서상 쟁점계약 기간동안 근로자는 3명으로 확인되고, 이 중 청구법인 지배주주의 자녀 2명 이외 실제 근무한 것으로 볼 수 있는 근로자는 당초 청구법인의 직원이었던 C 1명에 불과하며, C의 경우 청구법인에서 20년간 근속하면서 자재 입출고 관리업무를 하였고, 청구법인측의 제안에 따라 A에서 2022.8.1.부터 근무하였으나, 청구법인의 사무공간에서 청구법인의 자재 입출고 프로그램을 사용하여 계속 업무하였다는 취지로 진술하였으며, 조사청의 조사 결과 C의 경우 청구법인의 조직도상 구매팀 과장으로 기재되어 있는 것으로 나타나고, A의 사업장 소재지로 등록된 쟁점창고의 경우 청구법인의 구매팀 사무실만 존재하는 것으로 확인되는 점을 고려할 때 제이앰비가 쟁점계약에 따른 업무를 수행할 인적ㆍ 물적역량이 미비하다는 의견으로 A의 근로소득지급명세서 제출내역, C의 문답서, 청구법인 조직도 및 A 현장조사 사진 등을 제출하였다.



＜표6＞ A 근로소득지급명세서 제출내역

○○○



＜표7＞ C의 문답서

○○○



＜표8＞ 청구법인 조직도상 C의 내역

○○○



＜표9＞ A 사업장 소재지(쟁점창고) 현장사진

○○○



(나) 쟁점창고와 위치, 면적, 용도 등을 고려하여 조건 등이 유사한 비교대상물건을 선정하고, 비교대상물건의 임대차계약 조건 등을 고려하여 쟁점임차료 시가를 산정하여 「법인세법」상 부당행위계산 부인 대상 금액을 산정하였다는 의견으로 관련 자료를 제출하였다.



＜표10＞ 쟁점창고 및 비교대상물건 임대차계약 비교

○○○



＜표11＞ 쟁점창고 및 비교대상물건 토지 개별공시지가

○○○



＜표12＞ 쟁점임차료 시가 세부 산정내역

○○○



＜표13＞ 쟁점임차료 시가 대비 부당행위계산 부인 대상금액 산정

○○○



(3) 청구법인은 A로부터 쟁점계약에 따른 쟁점용역을 실제 제공받았고, 쟁점용역의 실질을 임대용역으로 보더라도 청구인 주장 임차료 시가를 시가로 보아야 한다고 주장하면서 다음과 같은 자료를 제출하였다.



(가) 청구법인은 A와의 쟁점계약에 따라 쟁점용역을 실제 공급받았고, 쟁점계약의 실질을 임대차용역으로 한정할 수 없으며, C의 경우 A와 근로계약을 체결한 A의 근로자로서 쟁점계약에 따른 쟁점용역을 공급한 실무 담당자라고 주장하면서 C과 A 간의 근로계약서를 제출하였다.



＜표13＞ C의 근로계약서

○○○



(나) 청구법인은 쟁점용역의 실질을 임대용역으로 보더라도 청구법인이 쟁점창고 및 부속토지에 대하여 평가기준일을 2025.4.28.로 하여 같은 날 작성된 감정평가서상 쟁점창고 인근 유사부동산의 임차료 수준 등을 고려하여 산정된 적정 임차료을 기준으로 아래 ＜표15＞와 같이 산정한 각 사업연도별 청구인 주장 임차료 시가를 쟁점용역의 시가로 보아야 한다고 주장하면서 쟁점창고에 대한 감정평가서 및 청구인 주장 임차료 시가 산정내역을 제출하였다.



＜표14＞ 쟁점창고에 대한 감정평가서(일부 발췌)

○○○



＜표15＞ 청구인 주장 임차료 시가 산정내역

○○○



(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①ㆍ ②에 대하여 살피건대, 청구법인은 A와 쟁점계약을 체결하고 그에 따른 용역대가를 지급한 것이고, 쟁점용역의 실질을 쟁점창고 임대차용역으로 보더라도 청구인 주장 임차료 시가를 쟁점계약에 따른 쟁점용역대가의 시가로 보아야 한다고 주장하나, A의 직원으로서 쟁점용역을 제공하였다는 근로자의 경우 사실상 청구법인의 직원으로서 근무한 것으로 나타나고, A의 인적ㆍ 물적 수준 등을 고려할 때 쟁점계약에 따른 물류관리 용역을 제공하였다고 인정하기 어려워 쟁점용역의 실질이 사실상 임대차용역으로 보이는 점, 「법인세법」상 부당행위계산 부인규정을 적용함에 있어 부당행위계산은 특수관계자 사이의 일정한 거래가 사회통념이나 관습에 비추어 볼 때 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에 할 수 있는 것인바, 처분청이 「법인세법」제52조 및 같은 법 시행령 제89조에 따라 쟁점창고의 인근 유사 임대차사례 중 쟁점창고와 위치, 사용용도 등이 유사한 비교대상물건의 임대차계약을 기준으로 쟁점임차료 시가를 산정한 것으로 보이고, 이를 쟁점창고의 적정한 임차료 수준이 아니라고 부인할 특별한 사정이 확인되지 않는 이상, 이를 쟁점계약에 따른 임차료의 시가로 보아야 할 것인바, 청구법인이 특수관계법인인 A에게 시가 대비 고가의 임차료를 지급한 것으로 나타나므로, 이는 「법인세법」상 부당행위계산 부인규정의 적용대상인 것으로 보이는 점, 청구법인이 주장하는 청구인 주장 임차료 시가의 경우 2025.4.28.을 평가기준일로 하여 같은 날 작성된 쟁점창고 및 그 부속토지에 대한 감정평가액을 산정하면서 도출된 적정 임차료 및 임대차보증금으로 이를 기준으로 산정된 가액으로서, 청구법인이 제출한 쟁점창고 및 그 부속토지에 대한 감정평가서 또한 쟁점계약에 따라 용역대금을 지급한 시점으로부터 약 2년 이상 경과된 시점에 작성된 것이고, 이를 「법인세법 시행령」제89조에 따른 부당행위계산 부인규정을 적용함에 있어 임차료에 대한 시가 산정방식에 의한 것으로 인정하기 어려운 점 등에 비추어 청구법인의 위 주장들을 인정하기는 어려우므로 처분청이 쟁점용역의 실질을 쟁점창고 임대차용역으로 보아 쟁점임차료 시가를 기준으로 「법인세법」상 부당행위계산 부인규정을 적용하여 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.





4.결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령



(1) 법인세법



제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하  "부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하  "시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



(2) 법인세법 시행령



제88조(부당행위계산의 유형 등) ①법 제52조 제1항에서  "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우. 다만, 법 제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖추어 용역을 제공받은 경우는 제외한다.

③ 제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다.



제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의2 제2항에 따른 거래소(이하  "거래소”라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우(해당 주식이 「상속세 및 증여세법 시행령」 제53조 제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식인 경우는 제외한다)에는 그 가액의 100분의 20을 가산한다.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 자산(금전은 제외한다) 또는 용역을 제공할 때 제1항 및 제2항을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서  "원가”라 한다)과 원가에 해당 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래 또는 특수관계인이 아닌 제3자간의 일반적인 용역제공거래를 할 때의 수익률(기업회계기준에 따라 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.