심사청구를 기각한다.

1. 원 처분의 요지

가. 청구인은 보건업 및 사회복지서비스업을 영위하는 사업자로서 노인복지시설을 운영할 목적으로 건물과 구축물을 신축하면서 2022년 제1기부터 2023년 제1기까지 공사비용 1,797,363,637원의 10%에 해당하는 179,736,360원을 매입세액으로 공제받았다. 나. 중부지방국세청은 처분청을 대상으로 2024. 11. 19.부터 같은 해 12. 6.까지감사를 실시하고 청구인이 2024. 4. 1. 폐업을 신고하면서 사업목적을 위해 취득한 재화 중 남아 있는 재화(이하  "폐업 시 잔존재화”라 한다)에 대해 2024년 제1기 부가가치세를 신고ㆍ납부하지 않았는데도 과세하지 않았다는 감사결과를 처분청에통보하였다.

다. 처분청은 중부지방국세청 감사결과에 따라 2025. 5. 26. 청구인에게 폐업 시잔존재화의 공급가액 1,797,363,637원에 대해 「 부가가치세법」 제10조 제6항에 따라2024년 제1기 부가가치세 179,736,363원, 가산세 50,024,223원1) 계 229,760,586원을부과ㆍ고지(이하  "이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.







2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하여 달라는 것이다.

나. 청구 이유

처분청으로부터 폐업 시 잔존재화는 부가가치세 과세대상에 해당한다는 설명을듣고 계속사업을 입증하는 서류를 제출하면서 폐업 취소를 요청했는데도 처분청이이를 인정하지 않고 폐업 상태로 보아 과세하였으므로 이 사건 부과처분은 부당하다.







3. 처분청의 의견

청구인이 제출한 폐업 취소 서류 및 계속사업 영위 여부 등을 검토한 결과 청구인을 계속사업자로 볼 수 없어 이 사건 부과처분은 정당하다.







4. 우리 원의 판단

가. 다툼 이 사건의 다툼은 폐업 시 잔존재화에 대하여 부가가치세를 과세할 수 있는지 여부이다.

나. 인정사실 이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

1) 청구인은 2021. 2. 19. 보건업 및 사업복지서비스업을 사업목적으로 하여 사업자를 등록하였다.

2) 청구인은 노인복지시설을 운영할 목적으로 청구인 소유의 경기도 양평군 ■ 소재 토지(이하  "사업부지”라 한다)에 건물과 구축물을 신축하면서 2022년 제1 기부터 2023년 제1기까지 공사비용 1,797,363,637원2)의 10%에 해당하는179,736,360원을 매입세액으로 공제받았다.

3) 청구인은 ♣에 사업부지를 담보3)로 제공하여 공사비용을 대출받았고, ♣는 대출금이 체납되자 2024. 2. 2. 법원으로부터 임의경매개시결정4)을 받아 사업부지와 그 위 건물에 대한 경매를 진행하였다.

4) 청구인은 2024. 4. 1. 폐업을 신고하였고, 폐업 시 잔존재화의 공급가액 1,797,363,637원에 대해 2024년 제1기 부가가치세를 신고ㆍ납부하지 않았다.

5) 중부지방국세청은 처분청을 대상으로 감사를 실시(2024. 11. 19.~12. 6.)하고 청구인이 폐업 시 잔존재화에 대해 2024년 제1기 부가가치세를 신고ㆍ납부하지 않았는데도 과세하지 않았다는 감사결과를 처분청에 통보하였다.

6) 처분청은 중부지방국세청의 감사결과에 따라 2024. 11. 25. 청구인에게 부가가치세 폐업신고 관련 해명자료 제출 안내문을 송부하였고, 청구인은 사업계획서, 공사독촉 공문 등을 해명자료로 제출하면서 폐업 취소를 요청하였다.

7) 사업계획서(2021. 3. 5.,  "◆ 신축사업”)는 신축하는 노인복지시설의 운영 계획을 주된 내용으로 담고 있다.

8) 처분청은 청구인이 제출한 해명자료를 검토한 결과 청구인이 정상적으로 사업을 계속 영위한다고 볼 수 없다며 폐업 취소 요청을 받아들이지 않고2025. 5. 26. 청구인에게 이 사건 부과처분을 하였다.



다. 관계 법령

이 사건과 관계되는 법령은 「 부가가치세법」 제4조 등 [별지] 기재와 같다. 라. 판단 「 부가가치세법」 제4조 및 제10조 제6항에 따르면 부가가치세는 사업자가 행하는재화 또는 용역의 공급에 대하여 과세하고, 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여생산하거나 취득한 재화로서 사업자가 폐업할 때 자기생산ㆍ취득재화 중 남아 있는재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다고 되어 있다. 「 부가가치세법」 제38조 제1항 제1호에 따르면 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액은 매출세액에서 공제하도록 되어 있다. 「 부가가치세법」 제49조 제1항에 따르면 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일(폐업하는 경우 제5조 제3항에 따른 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라납세지 관할 세무서장에게 신고하도록 되어 있다. 그리고 「 부가가치세법」 제57조 제1항 제1호와 제2항에 따르면 납세지 관할 세무서장 등은 사업자가 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액을 조사하여 결정 또는 경정한다고 되어 있다.

한편, 사업을 폐지하는 때에 잔존하는 재화를 재화의 공급으로 의제하고 있는「 부가가치세법」 제10조 제6항을 둔 취지는 사업자가 사업을 폐지하는 때에 잔존하는재화에 대하여 이미 「 부가가치세법」 제38조 제1항 제1호에 따라 해당 매입세액을매출세액에서 공제하였을 것이므로 이를 재화의 공급으로 보지 아니한다면 해당 사업자는 부가가치세의 부담 없이 그 잔존재화를 사용하거나 소비할 수 있게되는데, 이러한 모순을 배제하고 모든 재화의 사용ㆍ 소비를 과세대상으로 하기 위한 조치이다.5) 위 관계 법령, 법리 및 인정사실 등에 비추어 폐업 시 잔존재화에 대하여 부가가치세를 과세할 수 있는지 살펴보면, ① 폐업 시 잔존재화는 사회복지서비스업을위해 사용할 목적으로 취득한 재화이고, 이에 대해 2022년 제1기부터 2023년제1기까지 부가가치세 매입세액으로 179,736,360원을 매출세액에서 공제받았는바, 폐업 시 잔존재화를 공급으로 보지 아니한다면 청구인은 부가가치세를 부담하지 않은 채 그 잔존재화를 사용하거나 소비하게 되는 불합리가 발생하는 점, ② 청구인은 계속사업을 주장하며 사업계획서 등을 제출하였으나, ㉮ 인정사실  "3)항” 및  "7)항”과 같이 사업의 핵심시설인 사업부지와 노인복지시설 건물이 2024. 2. 2. 이후 경매가 진행되고 있어 정상적인 사업 추진이 가능하다고 보기 어렵고, ㉯ 인정사실  "4)항”과 같이 청구인은 2024. 4. 1. 폐업을 신고하였으므로 「 부가가치세법」 제10조 제6항에 따라 폐업 시 잔존재화의 공급가액 1,797,363,637원을과세표준으로 하여 부가가치세를 신고ㆍ납부할 의무가 있는 점, ③ 청구인이폐업 시 잔존재화에 대해 2024년 제1기 부가가치세를 신고ㆍ납부하지 않았고, 이에 따라 처분청이 청구인의 2022년 제1기부터 2023년 제1기까지 부가가치세 과세표준과 납부세액을 조사하여 2024년 제1기 부가가치세 과세표준과 납부세액을결정한 점 등을 고려할 때 이 사건 부과처분은 정당하다.







5. 결론

그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 「 감사원법」 제46조 제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.



관계 법령

□ 「 부가가치세법」

○ 제4조(과세대상) 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

○ 제10조(재화 공급의 특례)

①∼⑤ (생략)

⑥ 사업자가 폐업할 때 자기생산ㆍ취득재화 중 남아 있는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다. 제8조 제1항 단서에 따라 사업 개시일 이전에 사업자등록을 신청한 자가 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에도 또한 같다.

⑦∼⑩ (생략)

○ 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. (생략)

②~③ (생략)

○ 제49조(확정신고와 납부) ① 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일(폐업하는 경우 제5조 제3항에 따른 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 제48조 제1항및 제4항에 따라 예정신고를 한 사업자 또는 제59조 제2항에 따라 조기에 환급을 받기 위하여 신고한 사업자는 이미 신고한 과세표준과 납부한 납부세액 또는 환급받은 환급세액은 신고하지 아니한다.

② 사업자는 제1항에 따른 신고(이하  "확정신고”라 한다)를 할 때 다음 각 호의 금액을 확정신고 시의 납부세액에서 빼고 부가가치세 확정신고서와 함께 각 납세지 관할 세무서장(제51조의 경우에는 주된 사업장 소재지의 관할 세무서장을 말한다)에게 납부하거나 「 국세징수법」 에 따른 납부서를 작성하여 한국은행등에 납부하여야 한다.

1. 제59조 제2항에 따라 조기 환급을 받을 환급세액 중 환급되지 아니한세액

2. 제48조 제3항 본문에 따라 징수되는 금액

3. (생략)

○ 제57조(결정과 경정) ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서  "납세지 관할 세무서장등”이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2.~4. (생략)

② 납세지 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 예정신고기간 및 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

1.~3. (생략)

③ (생략)