심판청구를 각하한다.

1. 처분개요



가. 청구인은 2006.10.13. 경기도 성남시 OOO 소재 대지 612㎡(이하  "쟁점토지”라 한다)와 동일소재 근린생활시설 297.94㎡(이하  "쟁점건물”이라 한다)를 취득한 후, 2020.3.3. OOO 공공주택지구보상계획 공고에 따라 한국토지주택공사에 양도하였는데,



한국토지주택공사는 쟁점건물에 대해서는 OOO원을 청구인에게 현금으로 지급하였고, 쟁점토지에 대한 보상액 OOO원은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제1항 단서에 따라 대토로 보상(이하  "대토보상권”이라 한다)하기로 함에 따라, 청구인은 2020.5.19. 대토보상권에 대해 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고ㆍ납부 하였으며, 2020.6.15. 청구인은 대토보상권을 주식회사 a(이하  "쟁점법인”이라 한다)에 현물출자하는 계약을 체결하였다.



나. 이후 청구인은 2021.7.28. 「조세특례제한법」(이하  "조특법”이라 한다) 제77조의2(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례)에 따라 과세 양도소득세 15% 감면 신고하였던 부분에 대해 과세이연으로 변경하는 경청청구서를 제출하였고, 이에 처분청은 청구인의 경정청구를 받아들이는 한편, 쟁점건물의 현금 보상액 OOO원에 대한 양도소득세를 신고 누락한 것으로 보아, 2021.12.6. 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.



다. 국세청 감사관은 2022.2.7.부터 2022.2.25.까지 이월과세 및 과세특례 등에 대하여 사후관리 실태점검을 실시한 결과, 청구인이 2020.6.15. 쟁점법인과 현물출자 계약을 체결하였으므로 조특법 제77조의2 제3항 제2호에 따라 2020.8.31.까지 과세이연받은 양도소득세를 납부하여야 한다는 과세자료를 처분청에 통보하였다.



라. 청구인은 쟁점토지에 대한 대토보상이 지연됨에 따라 쟁점법인과 체결한 현물출자 계약을 철회하고, 2023.6.5. 한국토지주택공사로부터 대토보상권을 현금보상 받은 후, 2023.8.30. 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 기한 후 신고ㆍ 납부하였고, 처분청은 기한 후 신고의 결정과정에서 위 과세자료를 확인하였으며, 이에 따라 현물출자일인 2020.6.15.을 양도일로 보아 기한 후 신고 시 누락된 쟁점건물의 현금 보상액 OOO원을 합산하여 2024.9.27. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원(농어촌특별세 OOO원 포함)을 경정ㆍ고지하였다.



마. 청구인은 이에 불복하여 2024.12.26. 이의신청을 거쳐 2025.5.30. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구인 주장



(1) 청구인은 이의신청이 2025.2.19. 기각 결정된 이후 2025.5.19.에 심판청구서를 등기우편으로 접수하였으나, 인터넷(웹사이트 : OOO)으로 조세심판원 검색 시 서울특별시 OOO으로 주소가 검색되어 2025.5.19. 구 주소지로 심판청구서를 등기발송 하였으므로 청구기간 내 적법한 청구를 하였다.



(2) 2020.3.3. 한국토지주택공사에 양도한 쟁점토지에 대해 과세이연을 신청하였고, 2023.6.5. 대토보상권을 현금보상 받음에 따라 2023.8.30. 과세이연액에 대한 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다. 따라서 2023년 6월에 과세이연액에 대한 양도소득세 납부의무가 발생하므로 2020년을 귀속연도로 한 처분청의 이 건 처분은 취소되어야 한다.



나. 처분청 의견


(1) 청구인의 심판청구는 「국세기본법」 제68조에서 규정한 청구기간을 도과하였다.



이 건의 이의신청 결정 통지문을 2025.2.18. 세무대리인의 사업장에 배달증명으로 발송하였고 2025.2.19. 동료인 b(근로소득자)이 수령하였다. 청구인은 해당 이의신청에 대한 기각 결정의 통지를 받은 날부터 99일이 되는 날인 2025.5.29.에 조세심판청구서를 등기 발송하였고 조세심판원은 2025.5.30. 해당 서류를 수령 후 접수하였다.



위와 같이 청구인은 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 심판청구를 제기하여야 하나 이의신청 결정통지서를 2025.2.19.에 수령한 후 90일 이상 경과한 2025.5.29.에서야 조세심판 청구서를 등기 발송하였다.



(2) 조특법 제77조의2 제3항 제2호 및 같은 법 시행령 제73조 제5항 제4호에서는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제1항 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 「부동산투자회사법」에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우, 과세이연금액 상당세액을 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세로 신고ㆍ 납부하도록 규정하고 있다.



청구인은 2020.6.15. 대토보상권을 현물출자하는 계약을 체결하고 2020.6.15. 쟁점법인의 주식 544,068주를 취득하였으므로 2020.8.31.까지 과세이연금액 상당세액을 신고ㆍ 납부할 의무가 발생하였으므로 2020년 귀속 양도소득세(납부지연가산세 포함)를 부과한 이 건 처분은 적법하다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



양도소득세 과세이연을 받은 대토보상 권리를 부동산투자회사에 현물출자함에 따라, 현물출자일에 양도소득세 납세의무가 발생한 것으로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부



나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 본안심리에 앞서 이 건 심판청구가 적법한 청구인지 여부에 대하여 살펴본다.



(가) 청구인은 2025.5.19. 구 주소지로 심판청구서를 등기발송하였다고 주장하며 국내우편 배송조회 및 서울특별시 종로구 OOO으로 나오는 OOO지도 화면을 제출하였다.



＜국내우편 배송조회＞



＜OOO지도 화면＞



(나) 「국세기본법」 제55조 제1항에서는 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 같은 법에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제61조 제2항 및 제68조 제2항에서 이의신청을 거친 후 심판청구를 하는 경우에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다고 규정하고 있다.



(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 2025.2.19. 이의신청 결정서를 수령한 후 심판청구기간(90일)을 경과한 2025.5.29. 이 건 심판청구를 우편(등기)으로 제출하여 2025.5.30. 우리 원에 송달된 것으로 나타나므로 이 건 심판청구는 청구기간을 경과한 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다.





4.결론



이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령



(1) 국세기본법(2023.12.31. 법률 제19926호로 일부 개정된 것)



제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다.



제61조(청구기간) ① 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

② 이의신청을 거친 후 심사청구를 하려면 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에서 정하는 날부터 90일 이내에 심사청구를 할 수 있다.

1. 제66조 제7항에 따른 결정기간 내에 결정의 통지를 받지 못한 경우: 그 결정기간이 지난 날

2. 이의신청에 대한 재조사 결정이 있은 후 제66조 제6항에 따라 준용되는 제65조 제5항 전단에 따른 처분기간 내에 처분 결과의 통지를 받지 못한 경우: 그 처분기간이 지난 날

③ 제1항과 제2항 본문의 기한까지 우편으로 제출(제5조의2에서 정한 날을 기준으로 한다)한 심사청구서가 청구기간을 지나서 도달한 경우에는 그 기간의 만료일에 적법한 청구를 한 것으로 본다.



제68조(청구기간) ① 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

② 이의신청을 거친 후 심판청구를 하는 경우의 청구기간에 관하여는 제61조 제2항을 준용한다.



(2) 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 일부 개정된 것)



제77조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2021년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[토지 등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 15로 하되, 「공공주택 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지 등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득



제77조의2(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례) ① 거주자가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2021년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 토지등의 양도대금을 같은 법 제63조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상(이하 이 조에서 " 대토보상" 이라 한다)받는 부분에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액을 감면받거나 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다.

② 제1항은 해당 공익사업의 시행자가 대통령령으로 정하는 방법으로 대토보상 명세를 국세청에 통보하는 경우에만 적용한다.

③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연받은 거주자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받거나 과세이연받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하여야 한다.

1. 대토보상받기로 한 보상금을 현금으로 받는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하는 경우

2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조제1항 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 「부동산투자회사법」에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 등 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우

④ 제1항에 따른 감면이나 과세이연을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다.

⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용하는 경우 대토보상의 요건 및 방법, 감면받거나 과세이연받은 세액의 납부 사유 및 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



(3) 조세특례제한법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30390호로 일부개정된 것)



제73조(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례) ① 거주자가 법 제77조의2 제1항에 따라 토지 등을 사업시행자에게 양도하고 토지 등의 양도대금의 전부 또는 일부를 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지(이하 이 조에서 " 대토" 라 한다)로 보상받은 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 양도소득세 과세특례를 적용한다.

2. 과세이연을 신청하는 경우: 거주자가 해당 토지 등을 사업시행자에게 양도하여 발생하는 양도차익 중 다음 계산식에 따라 계산한 금액(이하 " 과세이연금액" 이라 한다)에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 해당 대토를 양도할 때에 대토의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 대토를 양도할 때는 「소득세법」 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 계산할 때 보유기간은 대토의 취득 시부터 양도 시까지로 본다.

② 법 제77조의2 제2항에서 " 대통령령으로 정하는 방법" 이란 법 제77조의2 제1항에 따라 대토보상을 받은 자(이하 " 대토보상자" 라 한다)에 대한 보상명세를 다음 달 말일까지 대토보상자의 납세지 관할 세무서장에게 통보하는 것을 말한다.

③ 사업시행자는 대토보상자에게 대토보상을 현금보상으로 전환한 때에는 그 전환내역을 다음 달 말일까지 제2항의 세무서장에게 통보하여야 한다.

④ 법 제77조의2 제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연을 받은 거주자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 제1항 제1호에 따른 양도소득세 감면세액 전액[제1항 제2호에 따라 과세이연을 받은 경우에는 총보상액에 대한 세액(거주자가 해당 토지등을 사업시행자에게 양도하여 발생하는 양도소득금액에 법 제77조에 따른 세액감면율을 적용한 세액)에서 거주자가 현금보상 또는 채권보상 등을 통하여 이미 납부한 세액을 뺀 금액으로 하며, 이하 이 조에서  "과세이연금액 상당 세액”이라 한다]에 제63조 제9항을 준용하여 계산한 이자상당액을 가산하여 해당 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세로 신고ㆍ납부하여야 한다.

1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제3항에 따른 전매금지를 위반함에 따라 대토보상이 현금보상으로 전환된 경우

2. 해당 대토에 대한 소유권 이전등기를 완료한 후 3년 이내에 해당 대토를 양도하는 경우. 다만, 대토를 취득한 후 3년 이내에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 법 제77조의2 제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연을 받은 거주자(제3호의 상속의 경우에는 해당 거주자의 상속인을 말한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대토보상과 현금보상(제4호의 경우 법 제77조 제1항에 따른 3년 만기보유특약이 체결된 때의 채권보상을 말하되, 현물 출자를 통해 받은 주식을 「부동산투자회사법」 제26조의3 제4항 제1호의 요건을 갖추지 않은 상태에서 처분할 경우 만기보유특약을 체결하지 않은 때의 채권보상으로 한다)의 양도소득세 감면세액의 차액(제1항 제2호에 따라 과세이연을 받은 경우에는 과세이연금액 상당 세액)을 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월(제3호에 따른 증여의 경우에는 3개월, 같은 호에 따른 상속의 경우에는 6개월) 이내에 양도소득세로 신고ㆍ납부해야 한다.

1. 해당 대토에 관한 소유권 이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 않은 경우(제4호를 적용받는 경우는 제외한다)

2. 제4항 제1호 외의 사유로 현금보상으로 전환된 경우

3. 해당 대토를 증여하거나 그 상속이 이루어지는 경우

4. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 「부동산투자회사법」에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우



(4) 부동산투자회사법(2020.12.22. 법률 제17740호로 개정되기 전의 것)



제19조(현물출자) ① 부동산투자회사는 영업인가를 받거나 등록을 하고 제10조에 따른 최저자본금 이상을 갖추기 전에는 현물출자를 받는 방식으로 신주를 발행할 수 없다.

② 부동산투자회사의 영업인가 또는 등록 후에 「상법」 제416조 제4호에 따라 부동산투자회사에 현물출자를 하는 재산은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여야 한다.

1. 부동산

2. 지상권ㆍ임차권 등 부동산 사용에 관한 권리

3. 신탁이 종료된 때에 신탁재산 전부가 수익자에게 귀속하는 부동산 신탁의 수익권

4. 부동산소유권의 이전등기청구권

5. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제1항 단서에 따라 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상을 받기로 결정된 권리(이하  "대토보상권”이라 한다)



제26조의3(보상을 목적으로 제공한 토지에 대한 개발사업 투자의 특례) 부동산투자회사가 대토보상권을 현물출자받아 해당 토지의 개발사업에 투자할 목적으로 설립되는 경우에는 제14조의8, 제15조, 제19조 제1항, 제20조, 「상법」 제422조 및 「부동산등기 특별조치법」 제2조를 적용하지 아니한다.