심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구인은 2018.8.17. 경기도 OOO토지 면적 1,005㎡(이하  "쟁점토지”라 한다)를 매수하여 소유권이전등기를 하였는데, 쟁점토지가 경기주택공사에 수용되면서 청구인은 2024.4.21. 양도소득세 기한후신고를 하고 2024.4.30. 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 납부하였다.



나. 청구인은 2024.10.18. 쟁점토지의 실제 소유자가 농업회사법인 a 주식회사(이하  "농업법인”이라 한다)라는 내용의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.12.23. 이를 거부하였다.



다. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.20. 이의신청을 거쳐, 2025.7.17. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구인 주장



(1) 쟁점토지는 농업법인의 이익을 위해서만 사용되었으므로 쟁점토지의 실제 소유자는 청구인이 아닌 농업법인이다.



(가) 쟁점토지는 청구인이 구매할 때부터 청구인의 처남 b 및 가족들이 운영하고 있는 농업법인이 스마트팜을 만들어 사용할 것이 예정되어 있었고, 수용될 때까지 대부분 농장 부지로 사용되었다.



농업법인은 쟁점토지 매수(2018.8.17.) 직후인 2018.11.28. b를 발기인 및 대표이사로 하여 설립되었고, 청구인과 농업법인은 명목상 임대차계약을 체결하여 농업법인이 예정한 사업을 영위하기 위하여 스마트팜 시공 등 사업을 시작하였다.



(나) 농업법인은 쟁점토지를 사용하기 위하여 청구인과 2018.11.30. 명목상 임대차계약을 체결하였는데, 보증금과 연세는 무상으로 하고, 쌍방 합의 하에 이의가 없는 경우 계약이 자동 연장된다는 특약이 기재된 임대차계약서에 따라 농업법인은 청구인에게 어떠한 대가도 지불하지 않고 쟁점토지를 사용해왔다.



쟁점토지의 매매 당시(2018.8.17.) 거래가액은 OOO원이고, 2019.1.1.자 인접 토지의 공시지가는 ㎡당 OOO원이므로 쟁점토지는 최소 OOO원 이상의 가치가 있는 토지인데, 청구인이 쟁점토지를 아무런 대가 없이 임대하였다는 것은 쟁점토지의 실질적 소유자는 농업법인임을 보여준다.



(다) 처분청은 청구인과 농업법인의 대표 b가 별도의 임대차계약을 체결하여 청구인이 보증금 OOO원 및 연세 OOO원에 쟁점토지를 임대하였으므로 쟁점토지 임대에 대한 대가가 지불되었으며 쟁점토지의 소유자는 청구인이라고 주장하나, 사업자등록을 위하여 쟁점토지를 임대한 것일 뿐 실제로 임대한 것은 아니다.



실제로 청구인에게 보증금이나 연세가 지급되지 않았으며, 임대차기간도 2018.11.30.～2048.11.30.(360개월)로 실질적으로 기한이 정해지지 않아 영구적인 토지 사용이 보장되었고, 보증금이나 차임도 공시지가에 비해서는 매우 적게 계약되었다.



보증금이나 차임 금액을 감안하면 청구인과 농업법인이 체결한 임대차계약이 청구인과 b가 체결한 계약의 이행에 대한 담보로 평가할 수는 없다.



(라) 처분청은 청구인이 쟁점토지 매매계약서를 서명 및 날인하였으므로 쟁점토지의 소유자는 청구인이라고 주장하나, 쟁점토지는 청구인에게 명의신탁되었기 때문에 명의수탁자인 청구인이 매매계약을 체결하는 것이 당연하다.



(2) 쟁점토지는 전적으로 농업법인이 사용하였다.



농업법인은 설립(2018.11.28.) 직후부터 쟁점토지 전부를 사용하면서 스마트팜 공장을 건설하였고, 스마트팜에서 버섯 생육 사업을 영위하였다.



청구인은 한국농어촌공사(이하  "공사”라 한다)와 농지사용대수위탁계약을 체결하였으며, b는 공사와 농지사용대차계약을 체결하여 쟁점토지를 사용해왔는데, 스마트팜과 같은 공작물의 설치는 공사의 승낙 없이는 불가능하다고 규정한 농지사용대차계약을 감안할 때 농업법인이 쟁점토지의 실질적 소유자인 경우에만 쟁점토지에 스마트팜을 건설하여 사용할 수 있다.



(3) 처분청은 청구인이 농업법인으로부터 쟁점토지의 양도대가를 수취한 사실이 입증되지 않았으므로 쟁점토지의 소유자는 청구인이라고 주장하나, 쟁점토지의 매수대금은 애초에 농업법인으로부터 나온 것이다.



청구인 명의로 쟁점토지가 매수되었던 당시(2018.8.17.) 농업법인의 운영자 중 한 명인 청구인의 배우자 c의 명의로 쟁점토지의 원소유자인 d에게 계약금이 이체되었으며, 이후 c는 청구인에게 쟁점토지의 매매대금을 여러 차례에 걸쳐 분할하여 총 OOO원을 지급하여 매매대금 OOO원에 근접하게 납부하였다.



(4) 처분청은 쟁점토지 수용시 양도소득세를 청구인이 신고ㆍ납부하였다는 의견이나, 쟁점토지의 양도소득세를 실질적으로 납부한 것은 청구인이 아니라 농업법인이다.



청구인, b, c는 관련 법률에 대한 지식이 부족하여 쟁점토지의 명의자가 청구인이기 때문에 납세의무자도 청구인이라고 오인하고 청구인 명의로 양도소득세를 신고ㆍ납부하였을 뿐, 쟁점토지의 실질 소유자를 청구인이라고 인지한 것이 아니다.



명의만 청구인으로 납부하였을 뿐, 농업법인을 위하여 OOO에 근무하는 c가 직접 양도소득세를 납부하였다.



(5) 처분청은 쟁점토지의 수용 보상금이 청구인에게 귀속되었다는 의견이나, 보상금과 관련하여 청구인과 농업법인은 아직 소송을 진행 중이며, 최종적인 귀속이 결정되지 않은 상황이다.



(6) 「국세기본법」 제14조 실질과세원칙에 따라 쟁점토지의 실제 소유자인 농업법인에게 양도소득세 납세의무가 있다.



「국세기본법」 제14조 제1항은 ‘과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.’고 하여 실질과세원칙을 규정하고 있다.



대법원은 부동산의 명의자와 실질적 소유자가 달라 실질과세원칙이 문제가 된 사건에서 부동산을 제3자에게 명의신탁한 경우 명의신탁자가 부동산을 양도하여 그 양도로 인한 소득이 명의신탁자에게 귀속되었다면, 실질과세원칙상 당해 양도소득세의 납세의무자는 양도의 주체인 명의신탁자이지 명의수탁자가 그 납세의무자가 되는 것은 아니라고 판시하면서, 양도소득세를 명의수탁자의 명의로 신고ㆍ납부하였다고 하더라도 이로써 납세의무자의 적법한 신고ㆍ납부가 있었다고 볼 수 없다(대법원 1997.10.10. 선고 96누6387 판결, 대법원 1999.11.26. 산고 98두7084 판결 등)고 하였다.



그러므로 소득세를 부과할 대상이 되는 소득에 대하여 경제적인 측면에서 보아 현실로 이득을 지배ㆍ관리하면서 이를 향수하고 있고 담세력이 있는 것으로 판단되면 족하고 그 소득을 얻게 된 원인관계에 대한 법률적 평가가 반드시 적법ㆍ유효한 것이어야 하는 것은 아니며, 명의신탁 부동산의 양도소득이 실제로는 명의신탁자에게 귀속되었다면 실질과세원칙상 명의신탁자가 양도소득세의 납세의무자가 되어야 한다.



나. 처분청 의견



(1) 청구인은 쟁점토지 수용에 따른 양도소득세를 청구인 명의로 자진하여 기한후신고 및 납부하였으며, 쟁점토지 매매계약서상 매수인도 청구인으로 기재하여 서명ㆍ날인하였고, 쟁점토지 매수시 법무사 비용에 대한 영수증도 청구인 명의로 수취하였다.



(2) 청구인은 농업법인과 기간에 제한을 두지 않고 무상으로 임대차계약을 체결하였으며 쟁점토지를 농업법인의 이익만을 위하여 사용하였다고 주장하나, 청구인이 제출한 자료를 통하여 확인할 수 있는 사실은 농업법인이 무상으로 임차한 쟁점토지에서 사업을 영위하였다는 점뿐이다.



오히려 청구인과 b가 체결한 쟁점토지 임대차계약서에 따르면 청구인은 쟁점토지 임차의 대가를 지급받은 것으로 보이며, 농업법인과 청구인이 맺은 임대차 계약은 청구인과 b가 체결한 계약의 이행에 대한 담보로 볼 수 있다.



(3) 만일 청구인 주장대로 청구인이 쟁점토지 취득 후 실질적인 소유권이 농업법인에 이전되었으며 단순히 명의만 대여해주었다면 청구인이 농업법인으로부터 명의대여 대가를 수취하였어야 하나, 농업법인은 청구인에게 아무런 대가를 지급하지 않았다.



(4) 청구인은 농업법인의 주주이자 배우자인 c가 매도인에게 매매대금을 이체하였다고 주장하나, 청구인이 제출한 이체내역에 따르면 c는 청구인에게 다섯 차례에 걸쳐 총 OOO원을 이체하였을 뿐 농업법인의 자금으로 매매대금을 지급하였음을 확인할 수 없다.



쟁점토지 매수대금은 OOO원으로 c가 청구인에게 입금한 OOO원은 이에 미치지 못한다.



쟁점토지 등기부등본에 따르면, 청구인이 쟁점토지를 매수했을 때 OOO지점으로부터 OOO원을 대출받았음을 알 수 있다.



농업법인의 2018사업연도 법인세 신고서상 현금 및 현금성자산은 OOO원이고 자본금은 OOO원으로, 농업법인의 자금으로 쟁점토지 매수대금을 납부하였다고 보기 어렵다.



(5) 청구인은 배우자 c가 양도소득세 신고ㆍ납부를 수행하였으므로 농업법인이 쟁점토지의 실질적인 소유자라고 주장하나, c는 OOO에서 근무하는 근로소득자일 뿐이며, 청구인의 자금으로 양도소득세를 납부하였다.



(6) 수용 관련 손실보상금은 농업법인이 아닌 청구인에게 귀속되었고 손실보상금 소송 또한 청구인이 원고로 제기하여 진행 중이므로, 쟁점토지의 소유자가 농업법인이라는 청구인 주장은 타당하지 않다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁 점



쟁점토지의 실소유자를 명의자인 청구인으로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부



나. 관련 법률



(1) 국세기본법



제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.



(2) 소득세법



제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득



(3) 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률



제4조(명의신탁약정의 효력) ① 명의신탁약정은 무효로 한다.

② 명의신탁약정에 따른 등기로 이루어진 부동산에 관한 물권변동은 무효로 한다. 다만, 부동산에 관한 물권을 취득하기 위한 계약에서 명의수탁자가 어느 한쪽 당사자가 되고 상대방 당사자는 명의신탁약정이 있다는 사실을 알지 못한 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 제1항 및 제2항의 무효는 제3자에게 대항하지 못한다.



다. 사실관계 및 판단



(1) 쟁점토지 매매 및 임대차 관련 내용은 다음과 같다.



(가) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 따르면, 쟁점토지는 2018.7.16.자 매매로 인하여 2018.8.17. 소유권이 d으로부터 청구인에게 이전되었으며, 2023.10.4.자 수용으로 인하여 2024.1.5. 소유권이 청구인으로부터 경기주택도시공사로 이전되었다.



(＜그림＞ 삽입을 위한 여백)



＜그림1＞ 쟁점토지 등기사항전부증명서



쟁점토지 매매계약서는 매도인을 d으로, 매수인을 청구인으로 하고 매매대금을 OOO원으로 하여 2018.7.16. 체결되었으며, 매매시 법무사비 영수증은 청구인 명의로 발급되었다.



청구인이 제출한 OOO의 전자금융 이체결과 확인서에 따르면, 아래 ＜표1＞과 같이 c는 d에게 OOO원, 청구인에게 2018.7.16.～2019.11.13. 기간 동안 OOO원 및 2020.2.18.～2022.11.25. 기간 동안 OOO원 합계 OOO원을 이체하였다.



＜표1＞ 이체결과 확인서

(단위 : 원)



(나) 청구인과 청구인의 처남 b는 2018.11.20. 쟁점토지에 대한 ‘부동산(토지) 연세 계약서’를 체결하고 아래 ＜그림2＞와 같이 보증금 1천만원, 차임 연 OOO원으로 하며 존속기간을 2018.11.30.～2048.11.30.(360개월)로 하였으며, 공인중개사 없이 양 당사자가 계약서에 도장을 날인하여 계약하였다.



＜그림2＞ 부동산(토지) 연세 계약서



청구인과 농업법인은 2018.11.30. 쟁점토지에 대한 ‘토지임대차(연세)계약서’를 체결하고 아래 ＜그림3＞과 같이 임대차 존속기간을 영구로 하며 보증금과 연세는 무상으로 한다는 특약사항을 두었으며, 공인중개사 없이 양 당사자가 계약서에 도장을 날인하여 계약하였다.



＜그림3＞ 토지임대차(연세)계약서



(다) 2019년～2024년 쟁점토지의 개별공시지가는 아래 ＜표2＞와 같다.



＜표2＞ 쟁점토지 개별공시지가



(2) 농업법인은 2018.11.28. b와 e을 발기인으로 하고 b를 대표이사로 하여 아래 ＜그림4＞와 같이 설립 등기하였으며, 2018.11.30. 사업자등록하였고, 주주 현황은 아래 ＜표3＞과 같다.



＜그림4＞ 등기사항일부증명서



＜표3＞ 농업법인 주주 현황



(3) 농업법인의 2018사업연도～2024사업연도 법인세신고서상 재무상태표에 따르면 유형자산에 쟁점토지는 기재되어 있지 않다.



(4) 청구인이 제출한 농업법인 회사소개 자료에 따르면, 농업법인은 스마트팜 식물공장으로 연중 자동화 생산 시스템을 갖추고 버섯을 재배하고 있으며, 농산물품질관리원 경영체 등록시 25,000㎡의 버섯 재배면적을 인정받았다.



농업법인 대표인 b는 2019.9.20. 버섯종균기능사를 취득하였고, 2023년부터 경기도 OOO답례품 공급업체로 선정되어 참송이버섯을 납품하고 있으며 농산물우수관리인증(GAP), 무농약 농산물 인증을 받았다.



(5) 쟁점토지의 양도소득세 신고ㆍ납부 관련 내용은 다음과 같다.



(가) 청구인이 제출한 2024.4.18.～2024.4.21. 기간 동안 세무법인 OOO 소속 보상총괄본부장 f과 c가 주고받은 문자 및 이메일 내역에 따르면, f은 쟁점토지 수용에 따른 양도소득세 신고를 대리하여 공탁통지세, 취득계약서, 중개수수료 법무사비 영수증 등 자료를 c로부터 받아 양도소득세를 2024.4.21. 신고하여 납부서를 c에게 보내주었으며, 2024.4.30. 전에 지방세 포함 양도소득세 약 OOO원을 납부하라고 안내하였다.



(나) OOO과장보(과장대리)인 c는 f의 안내에 따라 2024.4.30. 청구인의 계좌에서 양도소득세 OOO원 및 지방소득세 OOO원을 출금하여 납부하였는데, 청구인이 제출한 예금거래내역서에 따르면 조작자 일련번호가 c의 일련번호와 일치함을 확인할 수 있다.



(6) 공사와 체결한 농지 사용 관련 계약 내용은 다음과 같다.



청구인과 공사 김포지사장은 체결일 미상의 ‘농지사용대수위탁계약서’를 체결하고, 아래 ＜그림6＞과 같이 청구인이 공사에 쟁점토지의 사용차인 선정 및 사용대차계약 등 관리를 위탁하였으며, 사용대 수위탁기간은 2019.4.30.～2024.4.29.(5년)으로 하고 위탁수수료는 OOO원으로 하였다.



(＜그림＞ 삽입을 위한 여백)



＜그림6＞ 농지사용대수위탁계약서



위와 같이 ‘농지사용대수위탁계약서’에 따라 청구인의 위탁을 받은 공사 김포지사장은 b와 체결일 미상의 ‘농지사용대차계약서’를 체결하고, 아래 ＜그림7＞과 같이 쟁점토지를 경작할 사용차인으로 b를 지정하였으며, 계약기간을 2019.4.30.～2024.4.29.(5년)으로 하고 계약서 제3조 제4호에 따라 공사의 승낙 없이는 공작물을 설치할 수 없도록 하였다.



＜그림7＞ 농지사용대차계약서



(7) 청구인이 제출한 사건번호 2024구합64063 소송 진행내용에 따르면, 청구인은 2024.3.26. 경기주택도시공사를 피고로 손실보상금 청구의 소를 수원지방법원에 제기하였으며, 2025.4.24. 일부 승소판결을 받았고, 청구인은 2025.5.9. 항소하여 현재 2심이 진행 중이다.



(8) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지의 실제 사용수익자는 농업법인이며 청구인에게 보증금 및 차임 등을 지급하지 않아 사실상 쟁점토지를 무상으로 사용하고 있고 농업법인의 운영자 중 한 명인 청구인의 배우자가 쟁점토지 취득자금을 지급하였으므로 청구인은 쟁점토지의 명의수탁자이고 쟁점토지의 실소유자는 농업법인이라고 주장하나,



쟁점토지의 취득 시부터 양도 시까지 그 소유권이 계속 청구인 명의로 되어 있고, 부동산에 관하여 그 소유자로 등기되어 있는 자는 적법한 절차와 원인에 의하여 소유권을 취득한 것으로 추정되므로 그 추정력을 번복할 만한 특별한 사유가 없는 이상 등기부등본상의 명의자는 부동산의 실질소유자로 추정되는 것인바, 쟁점토지의 취득, 보유, 사용 등의 구체적 현황 및 과정 등이 객관적인 자료로 명백하게 확인되지 않은 이상 명의상 소유자인 청구인이 아닌 농업법인을 소유자로 인정하기는 어려운 점, 청구인이 쟁점토지 취득 이후 청구인과 청구인의 배우자 간 자금 이체내역만으로는 쟁점토지의 취득자금이 농업법인의 자금에서 비롯된 것이라고 보기 어려운 점, 청구인의 명의신탁 주장을 입증하기 위해서는 당사자 간에 명의신탁의 의사와 필요성이 있었음을 인정할 수 있는 명의신탁계약서 등 구체적인 증빙이 있어야 하나(대법원 2008.2.14. 선고 2007다69148 판결, 같은 뜻임), 청구인이 제출한 증빙만으로는 청구인과 농업법인간 명의신탁 사실이 객관적으로 입증되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 공부상 쟁점토지의 명의자인 청구인을 실소유자로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.