심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 2021.10.5. A 주식회사(이하  "A”이라 한다)로부터 경기도 OOO㎡ 지분 OOO분의 OOO 등 OOO필지(필지의 지분을 포함한다, 이하 같다) 합계 OOO㎡의 토지(이하  "전체토지”라 한다)를 OOO원에 취득하였다가, 2022.8.17. B 주식회사에게 전체토지 중 OOO필지 합계 OOO㎡(이하  "양도토지”라 한다)를 OOO원에 양도한 후 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 제외하여 2022사업연도 법인세 신고를 하였다.



나. 인천지방국세청장(이하  "조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 법인통합조사 결과, 양도토지 중 ‘2022년도 토지 정기과세내역서’상 현황이 대지로 나타나는 OOO㎡(이하  "쟁점토지”라 한다)를 비사업용 토지 및 업무무관자산으로 보아 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 청구법인이 해당 토지와 관련하여 지출한 제세 및 지급이자를 손금불산입하고, 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 포함하여 2025.6.9. 청구법인에게 2022사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ 고지하였다.



다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.6. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) 청구법인은 2020.7.10. 설립되었고, 경기도 OOO을 사업장으로 하여 ‘기업적 농업경영’을 하고 있는 농업회사법인이다.



청구법인의 사주 C은 한평생 부동산을 취득ㆍ 개발하는 부동산개발업자로 이미 여러 개의 아파트 분양 프로젝트를 성공적으로 수행한 이력이 있고, 쟁점토지상에도 아파트 분양 프로젝트를 진행하고 있었다.



C은 2018년 9월경 농업지역으로 묶여 개발이 제한되어 방치된 경기도 OOO 시내에 소재하고 있는 전체토지를 발견하였다. 전체토지 인근의 토지들은 이미 아파트, 상가, 주택지 등으로 개발되었으므로 경기도 OOO의 시세가 확장되면, 전체토지 역시 미래의 언제인가에는 부동산개발이 가능한 지역으로 변경될 것을 예측하였다. 그리하여 C은 2018.10.4. A으로부터 전체토지를 OOO원에 매수하는 계약을 체결하였고, 유동성이 없어 잔금일은 최대한 미루어 30개월 뒤로 정하였다.



OOO업을 영위하던 A 입장에서도 농지인 전체토지를 실제 경직하지 않고서 장기간 방치한 상태였고, 전체토지가 농업지역에 위치하여 단기간 내 그것을 개발할 수도 없었으므로, C에게 매도하여 현금화하는 편이 훨씬 유리하였다.



한편, C은 잔금청산일이 다가오자 소유권 이전을 위하여 경기도 OOO에 농지취득자격증명원을 신청하였다. 하지만 C은 농민이 아니라는 이유로 거절당하였고, C은 A에게 지급한 계약금 OOO원의 회수가 어렵게 되자 2021.9.28. A과의 당초 매매계약을 합의해제하였고, 대신 농업회사법인인 청구법인이 2021.10.5. 전체토지를 매수하였다.



C은 청구법인이 전체토지를 매입한 후 전체토지가 비사업용 토지에 해당할 우려가 있다고 보아 부동산 개발 시행사업 관련 업무 일체는 기존 시행업체인 D에서 종결하도록 하였고, 청구법인은 고유목적사업인 농사 관련 업무를 추진하였다.



(2) 청구법인이 쟁점토지를 직접 경작할 수밖에 없었던 이유는 다음과 같다.



청구법인은 2021.10.5. 전체토지를 취득한 이후 토지의 용도대로 농업에 사용하였다. 경기도 OOO시장은 농지라는 이유로 C의 쟁점토지 취득을 못하게 하였으나, 전체토지에 대한 취득세 세율로, 농지에 대한 세율이 아닌 나대지에 적용되는 일반세율을 적용하였고, 전체토지를 농지가 속하는 분리과세대상 토지가 아닌 종합합산과세대상 토지로 보아 2022년도 재산세를 부과하는 모순을 저질렀다.



청구법인은 전체토지 매입 후 농지 운영방안에 대한 사업계획을 수립하여 비교적 토질이 좋아 바로 작물을 심을 수 있는 구역에는 옥수수 농사를 지었고, 잡목과 쓰레기 등이 방치되어 있던 나머지 토지는 정리하여 당초 사업추진 계획대로 진행하였다.



청구법인은 2024년 8월 농지로의 조성과정 및 농업경영사실 등 관련 자료를 첨부하여 경기도 OOO시장에게 전체토지의 분류 정정신청을 하였는바, 경기도 OOO시장은 청구법인이 2022년 6월 당시 전체토지 중 약 OOO평을 직접 농지로 사용한 사실을 확인하여, 해당 토지를 농지로 판정한 후 2022~ 2023년도 재산세의 환급결정을 하였다.



C은 오랜 기간 부동산개발업을 하였기 때문에 손익을 따져서 사업을 시행하여야 하였고, 그에 따라 부동산 개발에 따른 조세 및 준조세에 대한 이해도가 높은바, 청구법인이 지목이 농지인 전체토지를 직접 영농에 사용하지 아니할 경우, 양도 시 비사업용 토지로 중과세되는 문제를 이미 인지하고 있었다. 즉, 개발사업에 있어 조세가 손익에 미치는 영향이 커 사업성패를 가른다는 사실과 과거 세무조사 경험을 통해 조세가 큰 위험이라는 사실을 알고 있었기 때문에 청구법인이 전체토지를 영농에 사용하지 않고 방치할 하등의 이유가 없었다.



만약 경기도 OOO시장이 2021년 전체토지의 현황이 농지가 아니라고 보아 C의 취득을 막지 않았다면 C은 전체토지를 취득하여 자경하다가, 토지의 용도가 바뀌어 개발이 가능하게 된 이후, 그 토지를 개발하여 분양하였을 것이다. 그렇게 되었다면 C은 쟁점토지를 개발한 후 그 손익에 따라 나중에 소득세를 부담하면 족하였을 것이다.



그러나 경기도 OOO시장이 C의 전체토지 취득을 차단하여 청구법인이 전체토지를 취득하였고, 청구법인은 아직 개발사업이 진행되지 않아 부담하지 않아도 되었을 쟁점토지 양도에 따른 법인세를 납부하였다. C의 입장에서는 나중에 개발사업의 손익과 정산하여 내어도 될 세금을 먼저 납부하는 결과가 초래되어 피해를 감수해야만 했다.



(3) 청구법인의 쟁점토지 관련 고유목적사업을 요약하면 아래와 같다.

○○○


청구법인은 농업 등 고유목적사업 외의 사업은 할 수 없는 법인이므로 청구법인이 건설사업 목적으로 전체토지를 취득하였다는 처분청의 의견은 맞지 않고, 비사업용 토지를 규제하는 목적이 법인이 자산증식을 위해서 사업목적 외의 토지를 구입하는 것을 막기 위한 것인데 반하여, 청구법인의 경우, 당초 부동산 개발업자인 C 대표 개인 명의로 취득하여 사업을 시행할 목적으로 매매계약을 하였으나, 계약금을 잃을 절박한 상황에서 청구법인이 전체토지를 인수하였고, 인수 후에는 고유목적사업에 대한 운영계획을 수립하여 시행 중이었다.



쟁점토지는 A으로부터 매입 당시 지목은 농지였으나, 당초 소유주가 농사를 짓지 않고 있었다는 사유로 일반적인 취득세율을 적용받았고, 청구법인은 인수 후 즉시 전 소유자의 일시적인 휴경으로 인해 쟁점토지상에 성장한 잡목ㆍ 잡초, 버려진 쓰레기 등을 정리하여 농지 경작 준비작업을 하였고, 청구법인은 쟁점토지를 매입 후 농업 외 타 목적으로 사용하거나 방치한 것이 아니라, 농업 경영을 위해 계속적으로 농지 정리작업 등 농업법인의 고유업무를 수행하였으며, 쟁점토지에 오염물이 많아 제거작업에 많은 시간이 소요되어 오염물의 제거가 완료된 일부 토지에 대하여 우선적으로 농작물을 재배하는 등 농업경영을 계획하였다.



청구법인은 지방자치단체에서 농업법인 실태조사를 실시한다는 사실에 대비하고, 비사업용 토지 해당 여부 판단에도 대비하여 토지매입 이후부터 꾸준하게 농지 정리작업을 계속한 결과, 쟁점토지에 대한 잡목ㆍ 잡초 제거, 쓰레기 및 오물 제거, 복토 및 평탄화 작업 등 경지 정리작업을 시행하였고, 관련 법령상 농업법인을 관할하는 지방자치단체의 장은 농업법인의 운영실태를 조사하도록 규정되어 있는바, 청구법인이 제출한 관련 서류를 검토한 경기도 OOO시장은 청구법인을 정상적인 농업법인으로 판단하였다. 경기도 OOO시장은 실제 현장확인을 하였을 것이고, 청구법인이 농업법인의 목적과 취지에 맞지 않게 토지를 취득하여 사용하는 행위를 하고 있었다면 청구법인에게 행정제재나 지시를 하였을 것이나, 그러하지 아니하였으므로 청구법인의 쟁점토지 사용은 정당한 것이고, 경기도 OOO시장이 청구법인에 대한 실태조사 시 실제로 현장을 확인하지 않아 쟁점토지의 실제 이용현황을 확인할 수 없다는 처분청의 의견은 잘못된 것이다.



청구법인은 약 OOO평의 일부 토지에서 우선적으로 옥수수 등 작물을 파종하여 수확하는 등 농업회사법인 고유의 사업을 영위하였고, 나머지 토지도 복토 및 평탄화 작업과 오염물 제거를 완료하여 토질에 적합한 작물을 선정하기 위하여 서리태, 콩 등 작물을 시험적으로 파종하였다.



청구법인이 토지 전체에 대하여 바로 일시에 파종하지 못한 사유는 일부 토지가 오물에 방치되어 복토작업 및 지력회복에 필요한 작업이 병행되어야 한다는 의견이 있어 그에 따라 농사에 적합한 경지로 만들고 있었던 과정이었기 때문이다. OOO평의 토지는 매우 넓은 토지이고 경기도 OOO시장의 예상 밖 결정으로 인해 준비되지 않은 상태에서 갑자기 매입한 농지이므로, 청구법인이 매입 즉시 토지 전체에 농사를 짓는다는 것은 상식적으로도 힘든 일이다. 그리고 처분청은 청구법인이 쟁점토지에서는 농사를 짓지 않아 농업을 경영한 사실이 없다는 의견이나, 청구법인은 토지 전체에 대한 운영계획을 수립하여 토질이 비교적 적합한 곳에서는 우선적으로 파종하여 농사를 지었고, 나머지 토지에 대해서도 수립한 운영계획대로 진행 중이었으나, 주택지역으로 고시허가됨으로써 양도토지를 더 이상 청구법인 본연의 사업인 농업에 사용할 수 없게 되어 시행업체에 양도하였으며, 청구법인은 현재도 잔여토지에서는 농사를 짓고 있는 상태이다.



한편, 처분청은 청구법인이 전체토지 인수 후 부동산개발사업 시행 관련 각 사업을 진행하였으므로 농지로 사용하지 않았다는 의견이나, C은 기존에 시행해 오던 시행사업 관련 계약 등은 기존의 시행업체인 D에서 종결하도록 하였고, 청구법인은 고유목적사업만 진행하였다.



처분청이 제시한 항공사진의 트렌치는 2022년 4월 문화재조사 완료 후 복토로 메워졌고, 이후로는 농업을 방해하는 시행사업 관련 용역은 없었으므로, 이를 근거로 쟁점토지가 농업에 이용되지 않았다는 처분청의 의견은 전체적인 상황을 이해하지 못한 것이다.



또한, A이 6년 이상 방치한 관계로 인근 주민들이 산업폐기물이나 쓰레기 등을 무단으로 투기하고, 텃밭을 가꾸는 등의 행위를 하였으므로 청구법인은 쟁점토지의 관리를 위해 부득이 현수막을 부착하여 주민들의 접근을 막은 것이고, 현장사진의 현수막은 C의 2018년 토지매입 계약 후 D가 계약토지를 관리하기 위한 목적으로 부착한 것이다.



처분청은 농지취득자격증명원에는 「농지법」이 적용되고, 취득세 및 재산세에는 「지방세법」이 적용된다는 의견이나, 청구법인은 A이 관리하지 않고 방치하였던 토지를 정리하여 농지로 원상회복 중에 있었고, 쟁점토지를 다른 용도로 이용하지도 않았으며, 불법 전용한 사실도 없었다. 처분청이 쟁점토지 취득 시 일시적인 토지 상태에 따라 이루어진 취득세 및 재산세 부과처분을 근거로 쟁점토지를 나대지로 보아 비사업용 토지로 본 것은 부당하다.



(4) 결론적으로, 처분청은 시행업체에 매각된 일부 토지에 직접 농사를 짓지 않았다는 이유로 쟁점토지를 비사업용 토지로 보았으나, 청구법인은 전체토지를 대상으로 농업 운영계획을 수립하여 우선하여 농사를 지을 수 있는 토지에는 농사를 지었고, 나머지 토지에서는 점차적으로 농지로 사용하기 위한 준비과정 중이었는바, 매각사실 및 일정시점에 근거하여 쟁점토지를 비사업용 토지로 보는 것은 잘못된 판단이다. 청구법인이 재산세 과세대상 정정요청을 한 결과, 경기도 OOO시장이 영농 사실을 인정하여 재산세를 환급한 것으로 보아서도 전체토지는 고유목적사업에 이용되고 있었음이 확인된다.



청구법인의 토지매입은 비사업용 토지 규제의 본래 목적대상인 자산증식을 위한 유휴토지 매입이 아니고, 계약금 보전을 위한 부득이한 취득이며, 청구법인이 취득한 후 전체토지를 대상으로 고유목적사업에 맞는 운영계획을 수립하여 시행한 사실이 확인될 뿐만 아니라, 청구법인 측은 추후 개발사업 완료 후 손익과 정산하여 내어도 될 세금을 먼저 납부하였고, 취득세도 이중으로 납부하는 결과가 초래되어 추후 진행되는 사업에서 큰 금융부담을 겪고 있으므로 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 본 것은 자산증식을 목적으로 하는 유휴토지 매입의 규제라는 법 취지에도 맞지 않다. 따라서 이 건 법인세 부과처분은 부당하다.



나. 처분청 의견



(1) 청구법인은 쟁점토지에서 농지경작준비 작업을 하였다고 주장하나, 해당 작업은 청구법인의 대표자가 운영하는 개인사업자(D, 부동산개발업)가 OOO구역 공동주택 건설사업 문화재조사 대비 벌목공사를 발주한 것으로 청구법인의 농업경영과는 무관하다.



청구법인은 쟁점토지에서 옥수수 등을 재배하였다고 주장하나, 청구법인이 제출한 농산물 작업일지에 나와있는 지역을 E 로드뷰를 통해 보면, 양도토지(A구역)가 아닌 잔여토지(B구역)에 해당하는 경기도 OOO에서 일부 농작업이 이루어졌음을 알 수 있다.



양도토지(A구역) 일대의 2022년 5월경 E 로드뷰를 살펴보면 공사 펜스가 설치되어 있고, 펜스에는 농작물경작금지 현수막이 곳곳에 부착되어 있는데, 현수막에는  "본 토지는 D 아파트 건립예정부지이오니 농작물 경작을 금지하시기 바라며, 만약 무단으로 경작할 시에는 관계법률에 의하여 조치할 예정입니다.”라고 기재되어 있는 것이 확인되므로 쟁점토지는 농작물 재배에 전혀 사용되지 않았음을 확인할 수 있다.



청구법인이 쟁점토지를 취득하기 전인 2020년 10월 청구법인의 대표자가 개인사업자 D 명의로 경기도 OOO에 ‘OOO구역 지구단위계획 주민제안서’를 제출한 사실이 확인되고, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 이후, 역시 청구법인의 대표자가 개인사업자 D 명의로 쟁점토지 일대에‘OOO구역공동주택건설사업문화재조사대비벌목공사’(2022년1월∼2022년2월), ‘공동주택신축사업공사도급약정’(2022.2.25.), ‘OOO지구공동주택신축사업지반조사’(2022년5월∼2022년 6월)를 진행한 사실이 확인되므로, 청구법인이 농업경영이 아닌 공동주택 건설사업을 진행하려는 목적으로 쟁점토지를 취득하였고 쟁점토지(OOO구역)에서 농작물 재배 등 농업을 영위한 사실이 없음이 명확히 확인된다.



한편, 조사청이 경기도 OOO시청 도시농업과의 담당자와 유선으로 통화한 내역에 의하면, 해당 담당자는 ‘농업법인 실태조사 과정에서 소유한 농지의 규모 및 경작 여부에 대하여 실제로 현장을 확인하고 있지 않다’고 진술하였고, 조사청은 ‘청구법인 소유농지에 대한 현장확인 조사내역이 없다’는 회신을 받았다. 그리고 청구법인은 농업법인 실태조사 과정에서 사업자등록증, 정관, 주주명부, 농업인 확인서, 재무상태표, 전자계산서를 제출하였고, 경기도 OOO시장은 서류만을 검토하여 청구법인을 운영 중인 법인으로 기재하였을 뿐 경기도 OOO시장이 현장확인을 하여 청구법인의 경작 여부를 조사한 사실이 없다.

○○○



(2) 청구법인은 C이 전체토지를 취득하려고 할 때 경기도 OOO시장이 전체토지가 농지라는 이유로 C의 농지취득자격증명원을 요구하였는바, C이 전체토지를 취득하지 못하게 되어 농업법인인 청구법인이 취득하였으나, 경기도 OOO시장은 농지에 대한 세율이 아닌 나대지에 적용되는 일반세율로 취득세를 부과하였고, 2022년도 재산세의 경우, 쟁점토지를 농지가 포함되는 분리과세대상 토지가 아닌 나대지가 포함되는 종합합산과세대상 토지로 과세하는 모순을 저질렀다고 주장하나, 농지 취득 및 농지취득자격증명원에는 「농지법」이 적용되고, 취득세 및 재산세에는 「지방세법」이 적용된다.



(가) 「농지법」 제2조 제1호 가목 전단에서 정한 ‘농지’인지 여부는 공부상의 지목과 관계없이 그 토지의 실제 현상에 따라 판단하여야 하지만, 「농지법」에서 농지의 개념을 실제 농작물 경작지 등으로 이용되는 토지로 규율한 취지는 농지를 보전하고 그 이용을 증진하고자 하는 데 있는 것이지, 농지가 불법 전용되어 현실적으로 다른 용도로 이용된다고 하여 이를 곧바로 농지에서 제외하기 위한 것으로 볼 수는 없다. 「농지법」상 ‘농지’였던 토지가 현실적으로 다른 용도로 이용되고 있더라도 그 토지가 농지전용허가 등의 절차를 거치지 아니한 채 불법 전용된 것이라면, 특별한 사정이 없는 한 농지로 원상회복되어야 하는 것으로서 그 변경 상태는 일시적인 것에 불과하므로 여전히 「농지법」상 ‘농지’에 해당한다고 보아야 한다(대법원 2021.8.19. 선고 2020두30665 판결 참조).



한편,「지방세법」 제106조 3항에 따르면 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 다른 경우에는 사실상의 현황에 따라 재산세를 부과한다고 규정하고 있다. 따라서, 「농지법」에 따라 농지 취득 시 농지로 판단하고, 「지방세법」에 따라 재산세 부과 시 사실상 현황에 따라 대지로 판단하여 지목을 달리 적용하는 것은 모순이 아니다



또한, 취득세는 신고납부세목에 해당하고 청구법인은 자신의 의사에 따라 전체토지가 농지가 아닌 것으로 판단하여 농지 외에 적용되는 취득세율을 적용하여 신고ㆍ 납부하였다.



(나) 그리고 쟁점토지는 2022년에 대지로서 종합합산과세대상 토지로 분류되어 재산세가 부과되었으므로 「법인세법」 제55조의2 제2항 제4호의 비사업용 토지에 해당한다.



「법인세법 시행령」 제92조의4에서 토지 지목의 판단은 사실상 현황에 따르는 것을 원칙으로 규정하고 있고, 「지방세법」 제106조 3항은 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 다른 경우에는 사실상의 현황에 따라 재산세를 부과한다고 규정하고 있다.



쟁점토지 중 OOO㎡은 전ㆍ 답인 농지 및 도로로 재산세 비과세 대상에 해당하는 반면, OOO㎡은 공부상 농지이나 사실상 현황 지목이 대지로서 재산세 종합합산과세대상에 해당하므로 「법인세법」 제55조의2의 비사업용 토지로 봄이 타당하다.



쟁점토지는 A이 1973.3.21. 취득한 토지로, 조사청이 재산세 부과내역ㆍ항공사진을 검토한바, 청구법인의 취득 이전부터 장기간 동안 대부분이 나대지 상태로 방치된 것이 확인된다.



＜(2022년 이전)연도별 재산세 부과 시 현황지목＞



○○○



한편, 경기도 OOO시장이 농지로 인정하여 사업용 토지로 재산세를 환급한 토지는 잔여토지(B구역)로, 조사청의 과세물건(A구역)과는 무관하다.



(3) 청구법인은 경기도 OOO시장이 청구법인의 대표자 C의 토지 취득을 차단(농지취득자격증명원 발급을 거절)하여 자신이 전체토지를 취득하였다고 주장하나, 청구법인은 농업경영이 아닌 공동주택 건설사업을 진행하려는 목적으로 전체토지를 취득하였다.



청구법인이 전체토지의 매수자를 청구법인으로 변경하는 토지매매계약에 합의하기 전인 2021.9.26. C의 대부주선업체인 주식회사 F와 대부업체 주식회사 G(H 전무)가 주고받은 이메일을 보면, ‘I 직원들이 2021년 초 개인사업자 자격으로 농지 취득 후 투기하여 J가 크게 징계를 받는 사건이 벌어지자, 대주단 중 하나인 J가 개인자격의 농지 담보 대출을 불승인하였고, 농업법인으로 차주를 변경할 경우 대출승인을 해주겠다는 절충안을 통보한 사실’, ‘이에 따라 청구법인의 대표자 C은 2020년 7월 설립되었으나 영업활동이 없었던 청구법인을 2021.9.27. 인수하고 2021.10.5.에 쟁점토지를 포함한 전체토지를 청구법인 명의로 취득한 사실’이 확인된다. 즉, 당초 청구법인의 대표자 C은 개인자격으로 토지를 취득하려고 하였고 상기와 같은 예상치 못한 대출 문제에 봉착하여 청구법인 명의로 취득한 것임에도 청구법인은 경기도 OOO시장에게 책임을 전가하는 주장을 하고 있다.



(4) 청구법인은 제2금융권으로부터 토지담보대출(K)을 통해 토지를 취득하고 시공사와 공사도급약정을 체결하는 등의 행위를 하였는바, 청구법인이 쟁점토지에 고유목적사업만 진행하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.



청구법인은 2021.9.29. OOO금고 외 OOO개 업체로 구성된 대주단으로터 OOO원을 차입하여 전체토지를 취득하였고, 2022.2.25. 시공사인 L 주식회사와 공동주택 신축 관련 공사도급약정을 체결하였다.



농업회사법인이 농업 경영을 위해 이자부담을 감수하고 고액을 차입하여 토지를 취득한다는 것은 일반적인 사회통념상 납득하기 어려우며, 대출주선계약서상 K이 OOO지구 공동주택 신축개발사업을 위한 자금조달 목적임이 명시되어 있고, 청구법인이 실제 시공사와 공사도급약정을 체결한 사실 등으로 보아 청구법인은 쟁점토지를 농업 경영이 아닌 공동주택 신축개발사업을 위해 취득하였음을 알 수 있고, 청구법인이 쟁점토지에 고유목적사업인 농업을 영위한 사실이 없다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부



나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 확인된다.



(가) 아래 지적도 중 Aㆍ B구역 전체가 전체토지이고, A구역의 토지가 양도토지, B구역은 잔여토지에 해당하는 한편, 경기도 OOO시장의 ‘OOO 도시관리계획(지구단위계획구역, 지구단위계획) 결정 및 지형도면 고시’(OOO)에 따르면 양도토지(OOO) 중 OOO㎡는 2022.8.2. 공동주택용지로 결정된 것으로 나타난다.

○○○



(나) C이 2018.10.14. A으로부터 전체토지를 OOO원에 매수하는 계약을 체결한 사실에 대해서는 청구법인과 처분청의 다툼이 없고, C은 2021.9.27. 청구법인의 대표이사로 취임하였으며, 청구법인은 2021.9.29. A으로부터 전체토지를 OOO원에 매수하는 계약을 체결한 것으로 나타나는바, C과 A이 2021.9.29. 전체토지의 매수인을 C에서 청구법인으로 변경한 사실에 대해서 청구법인과 처분청의 다툼이 없다.



(다) 청구법인은 2022.8.2. 전체토지 중 양도토지를 주식회사 B에게 OOO원에 매도하는 계약을 체결하였고, 해당 계약서상 부동산의 인도일은 2022.8.17.로 나타난다.



(라) 처분청은 양도토지 중 ‘2022년도 토지 정기과세내역서’상 현황이 대지인 쟁점토지(OOO㎡)를 비사업용 토지 및 업무무관자산으로 보아 토지 등 양도차익을 산정한 것으로 나타난다.



(마) 청구법인의 대표이사인 C의 청구법인 인수 전 사업이력은 아래 ＜표1＞과 같은바, C은 2018.10.4. 양도토지 소재지(경기도 OOO)에서 D라는 상호로 개업하여 부동산 개발 및 공급업을 영위하다 2022.9.13. 폐업한 것으로 나타난다.



＜표1＞ 청구법인 대표이사 C의 사업이력

○○○



(바) 청구법인의 사업계획서 보고 기안서(2021.10.5.)상 사업추진계획 항목에는 ‘A이 농사를 짓지 않고 방치한 토지에 대하여 농지조성작업’, ‘경험부족 및 전체 경작에 대한 위험성을 고려하여, 순차적으로 농작물 경작 실시’, ‘순차적 경작경험을 바탕으로 고소득 작물재배 및 농업경영 추진’이라고 기재되어 있고, 아래와 같은 청구법인의 사업계획서가 첨부되어 있다.

○○○



(사) 경기도 OOO시장은 2022.11.1.부터 2022.12.16.까지 2021년 말 기준 법원 등기 완료 및 ‘살아 있는 등기’ 상태인 영농조합법인 또는 농업회사법인 93개소를 대상으로 행정자료 활용 및 현장 방문 조사를 통해 운영현황, 농지현황[농업회사법인 : 농지소유 요건(업무집행권자 1/3 이상 농업인 여부) 확인] 등을 조사할 것이라고 2022.10.28. 안내하였고(‘2022년 농업법인 실태조사 실시 안내’, 도시농업과-44386), 첨부된 ‘현장출입조사서’에는 농업법인이 소유한 농지의 규모 및 경작 여부 등 현황 등을 조사하는 것으로 기재되어 있으며, 제출자료로 ‘사업자등록증(사본), 정관, 조합원 명부, 주주명부(또는 사원 명부), 농업인 입증자료(농업인 확인서, 농업경영체등록확인서, 농업경영체증명서), 재무상태표, 매출전표 등’이 기재되어 있다.



(아) 청구법인이 제출한 농지 정리공사 사진, 농작물 작업일지의 발췌내역은 아래 ＜사진1＞ 및 ＜사진2＞와 같다.



＜사진1＞ 농지 정리공사 사진 발췌내역

○○○



＜사진2＞ 농작물 작업일지 발췌내역

○○○



(자) 청구법인은 농약사가 2022.6.16. 청구법인에게 서리태콩 등을 공급한 것으로 기재된 전자세금계산서, M(N)가 2022.6.8. 경기도 OOO에서 장비사용 용역을 공급한 것으로 기재된 전자세금계산서, O가 경기도 OOO 부지에 농작물 경작을 위한 트랙터 사용(2일) 비용으로 OOO원을 영수하였다는 내용의 영수증(2022년 6월), P(Q)이 2022.6.17. 인력을 알선한 것으로 기재된 전자세금계산서 및 현장명이 ‘OOO’으로 기재된 노무비 청구서ㆍ 지급명세서 등을 제출하였다.



(차) 경기도 OOO시장의 2024.10.28.자 지방세 환급금 충당 및 지급통지서상 지급이유 및 과세대상은 아래 ＜표2＞와 같고, 경기도 OOO시장은 2024.10.28. 청구법인에게 2022년 부과되어 납부된 토지분 재산세 OOO원 중 OOO원을 환급하는 내용의 통지를 한 것으로 나타난다.



＜표2＞ 청구법인에 대한 지방세 환급금 지급이유 및 과세대상

○○○



이와 관련하여 청구법인은 ‘전체토지가 종합합산과세대상 토지로서 2022년도 재산세가 부과되었는바, 경기도 OOO시장으로부터 농지취득자격 및 실태조사로 전체토지를 농업법인 고유업무에 사용하고 있음을 인정받았고, 실제 경작 목적으로 관련 작업 중이었음이 확인되므로 「지방세법 시행령」 제102조 제1항 제2호에 따라 농업법인이 보유한 농지를 분리과세대상 토지로 보아야 하는바, 전체토지를 분리과세대상 토지로 보아 재산세가 부과가 이루어져야 한다’는 취지로 경기도 OOO시장에게 2022년도 재산세 정정요청(경정청구 취지)을 한 것으로 나타난다.



(카) 청구법인은 청구법인의 농지취득자격증명서(경기도 OOO시장, 2021.10.3.), 청구법인의 2022사업연도 수입금액조정명세서(농산물 매출 : OOO원)를 제출하였다.



(타) 청구법인은 2021.9.29. ‘OOO구역 토지담보 대출 관련 대출약정’을 통해 OOO금고 등 대주들로부터 OOO원을 넘지 않는 범위 내에서 대출하기로 약정하였는바, 해당 약정서 제2조(대출약정) 제2항(대출금의 사용목적)에는 ‘차주는 대출금을 담보목적물 매매대금 지급 등 대주로부터 승인된 용도로만 사용하여야 한다’고 기재되어 있고, 담보목적물은 ‘경기도 OOO’로 기재되어 있다.



이와 관련하여, 청구법인과 R 주식회사 사이의 2021.10.7.자 대출주선계약서 제1조(목적)에는 ‘본 계약의 목적은 청구법인이 추진하고자 하는 경기도 OOO 일원 공동주택 신축개발사업을 위한 K 자금조달을 위해 R 주식회사가 독점적으로 대출주선 업무 등을 수행하고, 청구법인이 R 주식회사에게 대출주선 업무 등에 대한 수수료를 지급함에 있어 필요한 제반 사항을 정하는 데 있다’라고 기재되어 있고, 제3조(본건 대출주선의 내용) 제1항에는 ‘R 주식회사는 본 건 사업에 필요한 선순위 금 OOO원, 후순위 금 OOO원 내외의 자금조달에 관한 본 건 대출주선과 관련된 다음 각 호의 업무를 수행한다’라고 기재되어 있다.



(파) 청구법인은 2022.2.25. L 주식회사와 공사도급약정을 체결하였는바, 해당 약정서에는 ‘청구법인이 추진하고 있는 경기도 OOO 일원 공동주택 신축사업의 공사도급계약 체결에 앞서 공사도급약정을 체결한다’고 기재되어 있다.



(하) C(D)과 S 주식회사는 2022년 1월 계약기간을 2022년 1월~ 2022.2.28.로 하여 벌목공사 계약을, 2022년 5월 계약기간을 2022년 5월~ 지하안전심의용역 완료 시로 하여 지반조사 및 지하안전평가 용역계약을 체결하였는바, 계약서상 과업명은 각각 ‘OOO구역 공동주택 건설사업 문화재조사 대비 벌목공사’, ‘OOO지구 공동주택 신축공사 지반조사 및 지하안전평가 용역’으로 기재되어 있다.



(거) 쟁점토지 일대 공사펜스 현수막 및 농사위치확인 관련 E로드뷰 사진, 2022.6.21.자 쟁점토지 구글사진은 아래 ＜사진3＞～ ＜사진5＞와 같은바, 현수막 관련 사진에 따르면 D의 명의로 ‘본 토지는 D 아파트 건립예정부지이오니 농작물 경작을 금지하시기 바라며 만약 무단으로 경작할 시에는 관계법률에 의하여 조치할 예정이다’라는 내용의 현수막이 2022년 5월 걸려있었던 것으로 나타난다.



＜사진3＞ 쟁점토지 일대 공사펜스 현수막 관련 E로드뷰 사진 : 처분청 제출

○○○



＜사진4＞ 농사위치 확인 관련 E로드뷰 사진 : 처분청 제출

○○○

＜사진5＞ 2022.6.21.자 쟁점토지 구글지도 사진

○○○



(너) C(D)은 2020년 10월 경기도 OOO시장에게 쟁점토지에 속한 경기도 OOO 일원의 ‘OOO 도시관리계획(OOO구역 지구단위계획구역 및 지구단위계획) 결정(변경) 주민제안서’를 제출한 것으로 나타난다.



(더) 주식회사 F와 H 사이의 2021.9.26.자 전자우편에는 ‘OOO지구 담보대출 수정계획’ 파일이 첨부되어 있고, 처분청이 함께 제출한 ‘OOO지구 담보대출 수정안’의 내용은 아래와 같다.

○○○



(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 주장하나,



청구법인은 쟁점토지 취득(2021.10.5.) 이후인 2021.10.7. 쟁점토지 중 일부인 경기도 OOO 일원의 공동주택 신축개발사업을 위해 K 주선계약을 하였고, 2022.2.25. 공사도급약정을 하였는바, 해당 약정서에는 ‘청구법인이 경기도 OOO 일원 공동주택 신축사업을 추진하고 있다’는 내용이 나타나므로 청구법인은 공동주택 신축개발사업을 위해 쟁점토지를 취득한 것으로 보이는 점,



청구법인이 쟁점토지에서 경작을 하였다고 주장하는 것과 달리, 처분청이 제출한 2022년 5월 로드뷰 사진상 현수막에는 농작물 경작을 금지하는 내용이 나타나고, 청구법인은 경작 준비를 위해 쟁점토지에서 벌목을 하였다고 주장하나, 청구법인이 벌목공사를 하였음을 입증할 수 있는 객관적인 증빙은 제시되지 않은 반면, C의 벌목공사 계약서에는 과업명이 ‘OOO구역 공동주택 건설사업 문화재조사 대비 벌목공사’로 나타나므로, 청구법인이 쟁점토지에서 경작을 한 것으로 보이지 않고, 구글지도 사진에 따르더라도 청구법인은 쟁점토지가 아닌 잔여토지에서 경작을 한 것으로 보이는 점,



경기도 OOO시장이 청구법인에 대해 2022년도 재산세를 환급하였으나, 이는 일부(OOO원 중 OOO원)에 불과하고, 청구법인도 이는 약 OOO평의 토지에 대한 환급세액임을 인정하고 있으며, 청구법인이 주장하는 약 OOO평의 토지에 쟁점토지 중 일부가 포함되어 있는지에 대한 입증이 부족한 점 등에 비추어,



쟁점토지는 비사업용 토지로 판단되므로 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 할 것이다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.







＜별지＞ 관련 법령



(1) 법인세법



제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

2. 제1호 외에 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 금액



제28조(지급이자의 손금불산입) ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

가. 제27조 제1호에 해당하는 자산



제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」 제88조 제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서  "토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서  "비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서  "농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다.

나. 특별시, 광역시(광역시에 있는 군 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치시(특별자치시에 있는 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치도(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시 지역[「지방자치법」 제3조 제4항에 따른 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다] 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제1호에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 목에서 같다)에 있는 농지. 다만, 특별시, 광역시, 특별자치시, 특별자치도 및 시 지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가. 「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 「지방세법」 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주된 사업의 판정기준, 해당 사업연도에 토지등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



(2) 법인세법 시행령



제49조(업무와 관련이 없는 자산의 범위 등) ① 법 제27조 제1호에서  "대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각 목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 「자산유동화에 관한 법률」에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서  "유예기간”이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.

② 제1항 제1호의 규정에 해당하는 부동산인지 여부의 판정 등에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

③ 법 제27조 제1호에서  "대통령령으로 정하는 금액”이란 제1항 각호의 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다.



제92조의4(토지지목의 판정) 법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다.



제92조의5(농지의 범위 등) ① 법 제55조의2 제2항 제1호에서  "농지”라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(池沼)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다.