심사청구를 기각한다.

1. 원 처분의 요지

가. 청구인은 2006. 9. 20. 경기도 ○시 소재 주택(이하  "이 사건 일반주택”이라 한다)을, 그 배우자인 C은 2015. 9. 1. 전라남도 ■군 ■읍 소재 주택(이하  "쟁점주택”이라 한다)을 건축하여 보유하다가 2023. 3. 31. 이 사건 일반주택을 양도한 후 같은 해 4. 5. 쟁점주택이 구 「조세특례제한법」(2023. 6. 9. 법률 제19430호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의4 제1항 제1호에 따른  "농어촌주택 등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례”에 따라 청구인 세대의 보유주택 수에서 제외되는 농어촌주택에 해당한다고 보고 이 사건 일반주택에 대해 1세대 1주택 비과세를 적용1)하여 2023년 귀속 양도소득세를 0원으로 신고하였다.

나. 처분청은 청구인을 대상으로 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 쟁점주택 소재 지역이 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」(이하  "국토계획법”이라 한다) 제36조 및 같은 법 시행령 제30조에 따른 도시지역 중 자연녹지지역에 위치하여 구 「조세특례제한법」 제99조의4 제1항 제1호에 따른  "농어촌주택 등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례” 요건을 충족하지 않음을 확인하고, 2024. 6. 3. 청구인에게 양도소득세 169,651,367원(가산세 26,741,326원 포함)을 부과ㆍ고지(이하  "이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.







2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하여 달라는 것이다.

나. 청구 이유

구 「소득세법 시행령」(2023. 4. 11. 대통령령 제33382호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제8항에 따르면 기획재정부령이 정하는 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 취득한 수도권 밖에 소재하는 주택과 그 밖의 주택(이하 이 항에서  "일반주택”이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 부득이한 사유가 해소된 날부터 3년 이내에 일반주택을 양도한 경우에 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 시행령 제154조 제1항(1세대 1주택의 비과세)을 적용하도록 되어 있다. 그런데 청구인은 2010년 11월부터 2016년 6월까지 46번의 치료를 요할 정도로 천식으로 인한 호흡곤란으로 병의 치료를 위하여 공기 좋은 곳으로 가야 한다는 의료진의 권유로 부득이하게 전라남도 ■군으로 이사하게 되었고, 아직 치료가 완료되지 않고 회복해 가는 중이므로 부득이한 사유가 해소되지 않았기 때문에 양도소득세 과세대상에서 제외하여야 한다.







3. 처분청의 의견

가. 청구인이 주장한 구 「소득세법 시행령」 제155조 제8항 부득이한 사유로 취득하는 주택은 부득이한 사유에 의한 취득, 수도권 밖에 소재하는 주택의 취득, 다른 시ㆍ군으로 주거이전 요건이 충족되어야 하고, 쟁점주택의 취득이 질병의 요양 등 부득이한 사유의 의한 취득임이 성립하려면 구 주거환경에서는 질병의 치료나 요양이 불가능하고 신 주거환경에서만 치료나 요양이 가능한 특별한 사정이 있어야 하나, 청구인이 제시한 경기도 ○시 소재 ◆◆대학교 ◆◆병원의 의무기록 사본 증명서 및 진료기록지 등에는 쟁점주택을 취득한 2015년 당시에는폐질환 치료를 위한 약물을 사용하지 않았고, 호흡곤란 증세도 없었으며, 1년 이상의 치료나 요양을 필요로 한다는 소견이 없는 등 질병의 치료 또는 요양을 직접목적으로 주거를 이전한 것으로 보기 어렵다고 할 것이다.

나. 청구인이 2023년 이 사건 일반주택을 양도한 시점은 폐질환으로 진료를 받은 2010~2016년 이후부터 7년 이상 경과한 이후이므로 구 「소득세법 시행령」 제155조 제8항에 따른 부득이한 사유가 해소된 날부터 3년 이내에 일반주택을 양도하는 경우에 해당하지 않는다.







4. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건의 다툼은 쟁점주택이 구 「소득세법 시행령」 제155조 제8항에 따른 질병의 요양 등 부득이한 사유로 취득한 주택에 해당하고 해당 사유가 해소된 날부터 3년 이내에 이 사건 일반주택을 양도한 사실이 인정되어 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택의 특례를 적용받을 수 있는지 여부이다.

나. 인정사실

이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

1) 청구인은 2006. 9. 20. 이 사건 일반주택을, 그 배우자인 C이 2015. 9. 1. 쟁점주택을 건축하여 보유하다가 2023. 3. 31. 이 사건 일반주택을 양도한 후 2023. 4. 5. 쟁점주택이 구 「조세특례제한법」 제99조의4 제1항 제1호에 따른  "농어촌주택 등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례”에 따라 청구인 세대의 보유주택 수에서 제외되는 농어촌주택에 해당한다고 보고 이 사건 일반주택에 대해 1 세대 1주택 비과세를 적용2)하여 2023년 귀속 양도소득세를 0원으로 신고하였다.

2) 청구인은 관련 진료기록으로 경기도 ○시 소재 ◆◆대학교 ◆◆병원에서 발급한 2010. 11. 30.부터 2016. 6. 16.까지 의무기록 사본 증명서, 전라남도 ■군 소재 ◆◆의원에서 발급한 2024. 8. 28.부터 8. 29.까지 상세 불명의 폐렴 천식 기관지염 등으로 통원 치료하였다는 내용의 진료확인서와 심한 천식으로 약물복용 및 관리가 필요한 상태라는 내용의 2025. 4. 15.자 소견서를 제출하였다.

3) 청구인이 2015. 9. 1.(청구인의 배우자가 전라남도 ■군 소재 쟁점주택을 건축하여 취득한 시점)을 기준으로 1년 전ㆍ후에 경기도 ○시 소재 ◆◆대학교 ◆◆병원에서 진료를 받은 기록인 의무기록 사본 증명서상 진료기록지 및 영상의학 소견서 등의 진료기록을 보면, 주증상은 만성폐쇄성폐질환(COPD, Chronic Obstructive Pulmonary Disease)으로 확인되나 해당 기간에 흉부검사결과 이상이 없고, 폐질환 치료제를 사용하지 않았을 뿐 아니라 호흡곤란 증상이 없으며 매일 등산한다고 되어 있는데, 그 내용은 [표]와 같다.



[표] 청구인 진료기록

비공개



4) 처분청은 청구인을 대상으로 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 쟁점주택 소재 지역이 국토계획법 제36조 및 같은 법 시행령 제30조에 따른 도시지역 중 자연녹지지역에 위치하여 구 「조세특례제한법」 제99조의4 제1항 제1호에 따른  "농어촌주택 등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례” 요건을 충족하지 않음을 확인하였고, 2024. 6. 3. 청구인에게 이 사건 부과처분을 하였다.

5) 청구인은 2024. 7. 30. 이 사건 일반주택의 양도가 구 「소득세법 시행령」 제155조 제8항에 따른 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택의 특례 등에 해당하므로 이 사건 부과처분을 취소하여야 한다는 취지로 감사원에 심사청구하였다.



다. 관계 법령

이 사건과 관계되는 법령은 「소득세법」 제89조 제1항 등 [별지] 기재와 같다.



라. 판단

「소득세법」 제89조 제1항 제3호 나목 및 구 「소득세법 시행령」 제154조제1 항 및 제155조 제8항에 따르면 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 취득한 수도권 밖에 소재하는 주택과 그 밖의 주택(이하 이 항에서  "일반주택”이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대3)가 부득이한 사유가 해소된 날부터 3년 이내에 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조(1세대 1주택의 범위) 제1항 규정을 적용하여 양도소득세를 과세하지 아니하도록 되어 있다. 구 「소득세법 시행규칙」(2023. 7. 3. 기획재정부령 제1004호로 개정되기 전의 것) 제71조 제3항 및 제72조 제7항 및 제8항에 따르면  "기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유”란 세대의 구성원 중 일부 또는 세대 전원이 1년 이상의 치료나 요양을 필요로 하는 질병의 치료 또는 요양 등의 사유로 다른 시ㆍ군으로 주거를 이전하는 경우를 말하고, 이에 해당하는지의 확인은 요양증명서 등 해당 사실을 증명하는 서류에 따른다고 되어 있다. 한편, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니한다. 또한 비과세는 일반적으로 과세대상이 되는 물건 중 특정한 것을 조세정책의 필요에서 과세대상에서 제외시키는 것이고 이는 납세자 측의 예외적이고 특수한 사실에 관한 것이므로 비과세요건에 대한 입증책임은 비과세 사유를 주장하는 납세의무자에게 있다.4) 위 관계 법령 및 인정 사실 등에 비추어 쟁점주택이 구 「소득세법 시행령」 제155조 제8항에 따른 질병의 요양 등 부득이한 사유로 취득한 주택에 해당는지 여부를 살펴보면, 이에 해당하는지의 확인은 요양증명서 등 해당 사실을 증명하는 서류에 따르는바 청구인의 배우자가 2015. 9. 1. 쟁점주택을 취득한 시점을 기준으로 청구인이 1년 전부터 1년 후까지 진료받은 기록을 보면, 흉부검사결과 이상이 없고, 폐질환 치료제를 사용하지 않았을 뿐 아니라 호흡곤란 증상이 없고 매일 등산한다고 되어 있으며, 그 외에 2015. 9. 1.을 기준으로 1년 이상의 치료나 요양이 필요하다는 사실을 증명하는 서류가 제출되지 않은 점 등을 고려할 때 쟁점주택은 질병의 요양 등 부득이한 사유로 취득한 주택에 해당한다고 보기 어렵다고 할 것이다. 따라서, 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이 사건 일반주택 양도에 구 「소득세법 시행령」 제155조 제8항에 따른 양도소득세 비과세 대상 1세대 1주택 특례 요건이 적용되지 않는다고 할 것이므로 처분청의 이 사건 부과처분은 정당하다고 할 것이다.







5. 결론

그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.



관계 법령

□ 「소득세법」

○ 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하  "양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

1.~2. (생략)

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억 원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서  "주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

4.~5. (생략)

②~③ (생략)



□ 구 「소득세법 시행령」(2023. 4. 11. 대통령령 제33382호로 개정되기 전의 것)

○ 제154조(1세대 1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서  "대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하  "조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

1.~2. (생략)

3. 1년 이상 거주한 주택을 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 양도하는 경우

4.~5. (생략)

②~⑩ (생략)

⑪ 법 제89조 제1항 제3호 나목에서  "대통령령으로 정하는 주택”이란 제155 조에 따른 1세대 1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다.

⑫ (생략)

○ 제155조(1세대 1주택의 특례) ①~⑦ (생략)

⑧ 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유(이하 이 항에서  "부득이한 사유”라 한다)로 취득한 수도권 밖에 소재하는 주택과 그 밖의 주택(이하 이 항에서  "일반주택”이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 부득이한 사유가 해소된 날부터 3년 이내에 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

⑨~25항 (생략)



□ 구 「소득세법 시행규칙」(2023. 7. 3. 기획재정부령 제1004호로 개정되기 전의 것)

○ 제71조(1세대 1주택의 범위) ①~② (생략)

③ 영 제154조 제1항 제1호 및 제3호에서  "기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유”란 세대의 구성원 중 일부(영 제154조 제1항 제1호의 경우를 말한다) 또는 세대 전원(영 제154조 제1항 제3 호의 경우를 말한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 다른 시(특별시, 광역시, 특별자치시 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조, 제72조 및 제75조의2에서 같다)ㆍ군으로 주거를 이전하는 경우(광역시지역 안에서 구지역과 읍ㆍ면지역 간에 주거를 이전하는 경우와 특별자치시, 「지방자치법」 제7조제2항에 따라 설치된 도농복합형태의 시지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시 안에서 동지역과 읍ㆍ면지역 간에 주거를 이전하는 경우를 포함한다. 이하 이 조, 제72조 및 제75조의2에서 같다)를 말한다.

1.~2. (생략)

3. 1년 이상의 치료나 요양을 필요로 하는 질병의 치료 또는 요양

4. (생략)

④ 영 제154조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는지의 확인은 다음의 서류와 주민등록표 등본에 따른다.

1.~3. (생략)

4. 영 제154조 제1항 제1호(세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우만 해당한다), 제2호 다목 및 제3호의 경우에는 재학증명서, 재직증명서, 요양증명서등 해당 사실을 증명하는 서류

5.~6. (생략)

⑤~⑥ (생략)

○ 제72조(1세대 1주택의 특례) ①~⑥ (생략)

⑦ 영 제155조 제8항 및 같은 조 제10항 제5호에서  "기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그밖에 부득이한 사유”란 세대의 구성원 중 일부(영 제155조 제10항 제5호의 경우를 말한다) 또는 세대 전원(영 제155조 제8항의 경우를 말한다)이 제71조 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 다른 시ㆍ군으로 주거를 이전하는 경우를 말한다.

⑧ 제7항에 해당하는지의 확인은 재학증명서, 재직증명서, 요양증명서 등 해당 사실을 증명하는 서류에 따른다.

⑨ (생략)



□ 구 「조세특례제한법」(2023. 6. 9. 법률 제19430호로 개정되기 전의 것)

○ 제99조의4(농어촌주택 등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) ① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서  "1세대”라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2025년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서  "농어촌주택 등 취득기간”이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서  "농어촌주택 등”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택 등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서  "일반주택”이라 한다) 을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택 등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서  "농어촌주택”이라 한다)

가. 취득 당시 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍ㆍ면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것

1) (생략)

2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법」 제6조에 따른 도시지역. 다만, 「국가균형발전 특별법」 제2조 제9호에 따른 인구감소지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

3)~5) (생략)

나. (생략)

2. (생략)

②~⑧ (생략)



□ 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」

○ 제36조(용도지역의 지정) ① 국토교통부장관, 시ㆍ도지사 또는 대도시 시장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 용도지역의 지정 또는 변경을 도시ㆍ군관리계획으로 결정한다.

1. 도시지역: 다음 각 목의 어느 하나로 구분하여 지정한다.

가. 주거지역: 거주의 안녕과 건전한 생활환경의 보호를 위하여 필요한 지역

나. 상업지역: 상업이나 그 밖의 업무의 편익을 증진하기 위하여 필요한 지역

다. 공업지역: 공업의 편익을 증진하기 위하여 필요한 지역

라. 녹지지역: 자연환경ㆍ농지 및 산림의 보호, 보건위생, 보안과 도시의 무질서한 확산을 방지하기 위하여 녹지의 보전이 필요한 지역

2.~4. (생략)



□ 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령」

○ 제30조(용도지역의 세분) ① 국토교통부장관, 시ㆍ도지사 또는 대도시의 시장(이하  "대도시 시장”이라 한다)은 법 제36조 제2항에 따라 도시ㆍ군관리계획결정으로 주거지역ㆍ상업지역ㆍ공업지역 및 녹지지역을 다음 각 호와 같이 세분하여 지정할 수 있다. 1.~3. (생략)

4. 녹지지역

가.~나. (생략)

다. 자연녹지지역 : 도시의 녹지 공간의 확보, 도시확산의 방지, 장래 도시용지의 공급 등을 위하여 보전할 필요가 있는 지역으로서 불가피한 경우에 한하여 제한적인 개발이 허용되는 지역

② (생략)