서초세무서장이 2023.4.11. 청구인에게 한 2014년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요



가. 청구인(1952년생)은 2014.12.31. A 주식회사(이하  "A”이라 한다)의 비상장주식 392,920주(이하  "쟁점주식”이라 한다)를 자신과 특수관계에 있던 A과 B 주식회사(이하  "B”이라 하고, A과 합하여 이하  "쟁점법인들”이라 한다)에 아래 ＜표1＞과 같이 1주당 OOO원에 양도한 후, 2015.2.27. 양도소득세 OOO원을 예정신고 납부하였다.



＜표1＞ 쟁점주식 양도 내역

○○○



나. 중부지방국세청장(이하  "당초 조사청”이라 한다)은 2017.2.17.부터 2017.5.29.까지 쟁점법인들에 대한 세무조사(이하  "당초 조사”라 한다)를 실시하여, 쟁점주식의 1주당 가액을 OOO원으로 평가한 후, 쟁점법인들이 청구인으로부터 쟁점주식을 고가매입한 것으로 보아 부당행위계산 부인을 적용하여 그 차액(OOO원)에 대해 2017.9.5. 청구인의 2014년 귀속 배당소득(OOO원) 및 기타소득(OOO원)으로 소득처분한 후, 쟁점법인들에게 소득금액변동통지하였다(이하  "선행처분”이라 한다).



다. 이에 처분청은 위의 소득처분 금액을 양도가액에서 감액하여 청구인에게 양도소득세 OOO원을 환급결정하였고, 청구인은 위 소득처분금액과 관련하여 2017.11.29. 처분청에 2014년 귀속 종합소득세 OOO원을 수정신고ㆍ납부하였다.



라. 이후 청구인은 당초 2014년 귀속 종합소득세 신고분이 정당하므로 2017.11.29.자 수정신고ㆍ납부한 종합소득세를 환급하여 달라고 주장하며 2018.2.5. 처분청에 경정청구를 제기하였고, 처분청이 경정청구일부터 2개월이 되는 날인 2018.4.5.까지 결과통지를 하지 아니하자 2018.6.27. 조세심판원에 심판청구(조심 OOO)를 제기하였으며, 조세심판원은 2019.7.31. 쟁점법인들의 순자산가액을 재조사하여 쟁점주식의 시가를 평가한 후 그 결과에 따라 소득금액변동통지금액과 2014년 귀속 종합소득세를 경정하도록 결정하였다.



마. 조세심판원의 재조사 결정에 따라, 인천지방국세청장(이하  "재조사청”이라 한다)은 2019.9.4.부터 2019.11.24.까지 쟁점법인들에 대해 재조사(이하  "재조사”라 한다)를 실시하여, 쟁점법인들의 순자산가액을 일부 증액하여 쟁점주식의 1주당 가액을 OOO원으로 평가한 후, 당초 조사청의 소득처분금액 중 일부를 감액하여 종합소득세 OOO원을 환급하고 감액된 소득처분 금액만큼 양도가액을 증액하여 2020.3.31. 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.



바. 청구인은 선행처분 중 조세심판청구에서 인정받지 못한 부분(재조사 결정 외 기각결정분)에 대하여 2019.10.21. 서울행정법원에 항고소송(서울행정법원 OOO)을 제기하여 1심에서 승소(2021.7.9.)하였고, 피고인 처분청이 2021.8.4. 항소를 제기하여 2심(서울고등법원 OOO)이 진행되던 중,  "1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액을 기준으로 A과 B의 주식 1주당 순손익가치를 산정할 수 없다는 취지의 1심 판단을 감안하여, 재조사청이 각 회사의 1주당 순자산가치에 따라 산정한 가액(A 주식 1주당 OOO원, B 주식 1주당 OOO원)을 주식의 시가로 보아 청구인과 배우자 C의 종합소득세를 재산정하여 쌍방에게 조정을 권고합니다.”라는 내용으로 서울고등법원이 조정권고(2023.2.3.)를 하자 이를 쌍방이 수용하였다.



사. 한편, 청구인은 선행처분 관련 위 항고소송의 1심 판결 전에 조세심판 재조사 결정에 따른 처분청의 2014년 귀속 종합소득세 감액경정결정과 2015년 귀속 증액경정결정에 불복(쟁점은 선행처분 관련 항고소송 쟁점과 동일함)하여 2020.4.22. 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2022.5.19. 기각결정 하였다.



아. 처분청은 서울고등법원의 조정권고(2023.2.3.)에 따라 다시 소득처분금액(소득금액변동통지금액)을 감액(OOO원)하여 2023.4.19. 2015년 귀속 종합소득세 OOO원을 환급하고, 감액된 소득처분 금액을 2014년 귀속 양도소득에 가산하여 2023.4.11. 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지(이하  "후행처분”이라 한다)하였으며, 청구인이 2023.5.9. 소를 취하하여 사건이 종결되었다.



자. 청구인은 후행처분이 국세부과제척기간을 경과한 위법ㆍ부당한 처분이라고 주장하며 2023.6.30. 이의신청을 거쳐 2023.12.1. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구인 주장



(1) 선행처분에 대한 소송이 법원의 조정권고에 따라 쌍방이 동의하여 종결되었고, 확정판결이 존재하지 않으므로 처분청 의견과 같이 특례부과제척기간을 적용할 수 없는바, 후행처분은 일반부과제척기간이 경과된 처분이므로 취소되어야 한다.



(가)「국세기본법」제26조의2(국세부과의 제척기간) 제1항은  "국세를 부과할 수 있는 기간(이하  "부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다.”고 하여 국세부과권의 일반 부과제척기간을 규정하고 있고, 같은 조 제6항 제1호는  "제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구,「감사원법」에 따른 심사청구 또는「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우 : 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년”의 기간이 지나기 전에 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 특례 부과제척기간을 규정하고 있는바, 특례 부과제척기간의 적용 요건으로 선행처분에 대한 불복청구의 결정 또는 판결이 확정될 것을 규정하고 있음을 알 수 있다.



그러나, 법원의 조정권고는 법률상 조정이 아닌 사실상 조정으로서 납세자와 과세관청이 권고에 동의하여 처분의 취소와 소 취하를 함으로써 소송이 종결되기 때문에 판결에 해당하지 아니하므로 조정권고에 동의하여 소송이 종결된 이 건의 경우에는「국세기본법」상 규정된 특례 부과제척기간의 적용대상이 아니다.



(나) 최근의 판례(서울행정법원 2023.1.20. 선고 2021구합83178 판결 참조)에 의하면, 소송이 조정권고에 따라 종결된 경우에는 확정판결이 존재하지 않으므로 특례 부과제척기간을 적용할 수 없다고 하였고, 대법원에서도  "조정권고는 어디까지나 권고에 불과할 뿐 당사자에게 구속력을 가지는 것이 아니다”라고 판시(대법원 2012.2.13.선고 2011무194 판결 참조)하였으며, 심판결정례(조심 2019중2946, 2020.5.11.)에서는  "법원의 조정권고에 따른 쟁점매입처에 대한 가산세 감액경정은 법원이 분쟁의 적정ㆍ신속한 해결을 위하여 조정안을 권고하고 소송당사자가 이를 받아들여 과세관청이 기재된 내용대로 처분을 변경하고, 그에 따라 소송당사자가 소를 취하함으로써 소송이 종결된 것에 불과하므로 이 건 종합소득세 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 쟁점계산서 관련 거래의 효력이나 내용을 다른 것으로 확정시킨 판결에 해당한다고 보기 어렵다”고 하여 조정권고에 따른 소송 종결은 판결의 확정이 아니라고 한바 있다.



또한, 다수의 심판결정례(조심 2015서0931, 2015.4.8., 조심 2016서3310, 2017.4.13. 합동회의, 조심 2017중1405, 2017.6.27., 조심 2019중2946, 2020.5.11., 조심 2021중3207, 2023.1.3., 조심 2012서1530, 2012.9.28. 등 같은 뜻임)에서도  "조정권고에 의한 양도소득세의 감액경정은 법원이 분쟁의 적정ㆍ신속한 해결을 위하여 소송당사자에게 조정안을 권고하고, 처분청과 청구인이 조정권고안을 받아들여 처분청이 조정권고안의 기재내용대로 처분을 변경하고, 그에 따라 청구인이 소를 취하함으로써 소송이 종결된 것에 불과하다”고 하여, 조정권고는 판결이 아니라고 결정한 바 있다.



(다) 결국, 법원의 조정권고에 동의하여 처분청은 선행처분을 취소하였고, 청구인은 소송을 취하하여 사건이 종결된 이 건에 있어 판결의 확정이 있었다고 보기 어려우므로, 이 건 양도소득세 부과처분에 특례 부과제척기간을 적용한 것은 부당하다.



(2) 선행처분과 과세단위(세목과 과세기간 등)가 다른 새로운 후행처분은 특례 부과제척기간이 적용되는 재처분에 해당하지 아니하므로 특례 부과제척기간을 적용할 수 없다.



(가) 처분청은 2020.3.3. 부과한 2015년 귀속 종합소득세 과세처분을 일부 직권취소하고 2023.4.11. 2014년 귀속 양도소득세를 과세처분함에 따라 일부 취소된 선행 부과처분과는 세목과 과세기간 등 과세단위가 다른 새로운 후행 부과처분을 하였는바, 이러한 과세단위가 다른 새로운 부과처분에 대하여는 특례제척기간을 적용할 수는 없다는 것이 다수 대법원 판례의 입장이다.



(나) 대법원 판례(대법원 2019.01.17.선고 2018두56695 판결)에 의하면, 판결에 의하여 취소된 과세처분과 세목 및 과세기간이 다른 새로운 과세처분에 대하여는 특례부과제척기간을 적용할 수 없다고 하였고, 다른 대법원 판례(대법원 2020.08.27. 선고 2020두38447 판결)에서도 과세단위가 다른 새로운 후행 과세처분에 대하여는 특례부과제척기간을 적용할 수 없다고 판시하였다.



(다) 다른 판례(대법원 2020.8.20. 선고 2017두30757 판결)에서는 갑 법인의 대표이사 을이 갑 법인의 주식을 병에게 양도하고 갑 법인의 유일한 자산인 부동산이 잔금지급일에 병에게 이전된 경우에 대하여 관할 세무서장은 부동산 양도가액을 법인의 익금에 산입하여 법인세를 부과하고 을에 대한 상여로 소득처분 하였는데, 갑 법인이 법인세를 납부하지 않자 을을 제2차 납세의무자로 지정하고 을에게 납부통지하였으나 동 부과처분이 관련 소송에서 취소ㆍ확정되자, 을에게 주식양도와 관련하여 양도소득세 및 증권거래세를 부과처분한 사안에서 을에 대한 양도소득세 등 부과처분은 선행 확정판결에 따른 경정결정이나 그에 부수하는 처분이라고 보기 어려워 선행 확정판결에 따른 특례제척기간이 적용되지 않는다고 하였고, 또 다른 판례(대법원 2012.10.11. 선고 2012두6636 판결)에서는 기간과세에 있어서 확정된 결정 또는 판결에서 다투어진 과세처분과 과세기간을 달리하는 기간에 대하여 한 새로운 과세처분까지「국세기본법」의 특례제척기간(행정소송 판결일로부터 1년)을 적용할 수 있는 것은 아니다(대법원 2004.1.27. 선고 2002두11011 판결 참조)라고 하여 과세기간이 다른 새로운 과세처분은 특례제척기간이 적용되지 않는다고 하였다.



(라) 서울행정법원 판례(서울행정법원 2015.07.10. 선고 2015구합50856 판결)에서는 이 사건 종전 처분과 관련된 부가가치세와 세목이 다른 이 사건 처분(법인세)에는「국세기본법」제26조의2 제2항 제1호에서 규정한 특례제척기간이 적용되지 아니한다고 할 것이므로 피고의 주장은 이유 없다고 하여 과세단위가 다른 재처분에는 특례부과제척기간이 적용되지 아니한다고 하였고, 다른 서울행정법원 판례(서울행법 2022.12.9. 선고 2021구합79032 판결)에서도 이 사건 부과처분은 원칙적으로 선행소송에서 문제된 당초 부과처분과 그 과세기간을 달리하므로 당초 부과처분과 별개의 새로운 과세처분에 해당하고, 선행소송의 판단이 이 사건 부과처분의 근거가 되는 특례규정인 구「국세기본법」제26조의2 제2항 제1호가 규정하는 ‘판결’에 해당한다고 볼 수도 없다고 하여 과세기간을 달리하는 후행 부과처분은 당초 부과처분과 별개의 새로운 과세처분에 해당한다고 하였다.



(마) 이 건에 있어 처분청은 선행처분인 2015년 귀속 종합소득세 부과처분을 일부 취소하고, 후행처분인 2014년 귀속 양도소득세를 부과함으로써 선행처분과는 세목과 과세기간 등 과세단위가 다른 새로운 후행처분을 하였는바, 앞에서 언급한 다수의 법원 판례에 의하면 이러한 새로운 과세처분에 대하여는 특례부과제척기간을 적용할 수 없으므로 일반부과제척기간을 적용하여야 하고, 일반부과제척기간을 적용할 경우 처분청의 후행처분은 부과제척기간이 도과된 과세처분에 해당하므로 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.



(3) 청구인이 2024.4.30. 우리원에 제출한 항변서의 주요 내용은 아래 ＜표2＞와 같다.



＜표2＞ 청구인 항변서 주요 내용

(1) 처분청은 답변서에서 법원의 조정권고는 판결과 같은 효력을 가지므로 특례부과제척기간을 적용해야 한다고 하였으나, 다음의 이유로 타당하지 아니하다.



(가) 서울행정법원 판결(서울행정법원 2023.1.20. 선고 2021구합83178 판결)에서 구 국세기본법 제26조2 제2항 제5호에서 규정하고 있는 ‘판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위’는 모든 행위를 의미 하는 것이 아니라 판결과 같은 효력을 갖는 행위만 포함된다고 해석함이 상당하고, 이 사건 선행소송은 조정권고에 따라 종결되어 확정판결이 존재한다고 볼 수 없으므로, 이 사건 처분은 특례제척기간을 적용할 수 없다고 하였고, 동 판결에 대한 항소심에서 서울고등법원도 항소를 기각(서울고등법원 2024.1.17. 선고 2023누35786 판결)한 바 있어 조정권고에 따라 종결된 선행소송은 확정판결이 존재한다고 볼 수 없으므로 특례제척기간을 적용할 수 없다. 이는 광주지방법원 판결(광주지방법원 2023.8.17.선고 2018구합12039 판결)에서도 동일하게 판단하였고, 당초 항변서에서 언급한 다수의 심판결정례(조심 2015서0931, 2015.4.8. 외 다수)에서도 조정권고에 의한 양도소득세의 감액경정은 법원이 분쟁의 적정ㆍ신속한 해결을 위하여 소송당사자에게 조정안을 권고하고, 처분청과 청구인이 조정권고안을 받아들여 처분청이 조정권고안의 기재내용대로 처분을 변경하고, 그에 따라 청구인이 소를 취하함으로써 소송이 종결된 것에 불과하다고 하여, 조정권고는 소송에 대한 판결이 아니라고 결정한 바 있다.



(나) 또한, 처분청은 법원의 조정권고안 수용시에 특례제척기간이 적용되지 않고 이를 수용하지 않아 판결이 선고된 경우에만 특례제척기간이 적용되는 것은 동일한 사안에 대해 납세의무를 달리 취급하게 되어 불합리하고 과세형평에 반한다는 의견이나, 헌법재판소 결정(헌법재판소 2006.1.17. 선고 2005헌마1214 결정)에 의하면, 평등권은 당해 공권력의 행사가 본질적으로 같은 것을 다르게, 다른 것을 같게 취급하고 있는 경우에 침해가 발생하는 것이지, 본질적으로 같지 않은 것을 다르게 취급하는 경우에는 차별자체가 존재한다고 할 수 없다고 하였는바, 동일하게 조정권고안을 수용한 경우에 대해 납세의무를 달리 취급한다면 과세형평에 반한다고 할 수 있으나, 조정권고안을 수용하여 상호 해결한 경우와 수용하지 않아서 법원이 판결한 경우를 동일하게 취급해야 한다는 처분청 의견은 타당하지 아니하고, 또한「국세기본법」에 특례제척기간 적용 요건으로 판결을 규정하고 있는데, 불합리와 과세형평을 들어서 판결이 없는 경우에도 적용해야 한다는 것은 법 규정에 반하는 의견이다.



(다) 판결과 같은 효력을 갖기 위해서는「민사소송법」제385조부터 제389조까지 규정하는  "제소전 화해의 절차”에 따라 법원의 조정담당판사로부터 조정결정을 받은 경우에만 판결과 같은 효력이 있다고 보아야 하는바, 과세관청과의 합의에 따른  "사실상 조정”은 법원의 판례[서울행정법원 2023.1.20. 선고 2021구합83178 판결, 광주지방법원 2023.8.17.선고 2018구합12039 판결, 서울고등법원 2024.1.17. 선고 2023누35786 판결(국패)]에서와 같이  "법률상 조정”으로 볼 수 없기 때문에「국세기본법」에서 규정하는  "판결과 같은 효력”으로 볼 수 없어 특례부과제척기간을 적용할 수 없다.

○○○



(라)「민사조정법」제29조(조정의 효력)에  "조정은 재판상의 화해와 동일한 효력이 있다.”고 규정하고 있으나, 같은 법 제28조(조정의 성립)에서  "조정은 당사자 사이에 합의된 사항을 조서에 기재함으로써 성립한다.”고 규정하는 바와 같이, 판사의 조정에 의해 당사자가 합의하면 그 내용을 조서에 기재함으로써 조정이 성립하며, 민사조정법에 의하여 이 조정조서는 재판상 화해와 동일한 효력이 인정되고, 또한 조정조서에 기하여 강제집행도 할 수 있지만, 조정권고는 법적근거가 없는 사실행위로서 판사의 조정에 의해 당사자가 합의하면 납세자의 소취하와 과세관청의 직권 처분취소로 소송이 종결될 뿐 이행을 강제하는 법원의 법률행위는 없고, 조정권고에 대하여 판결과 동일한 효력을 인정하는 법률 규정도 없는 점에서 민사조정과는 다른 개념이다.



(2) 처분청은 취소된 선행처분과 밀접한 상호관련이 있는 후행처분에 대하여는 특례부과제척기간을 적용할 수 있다는 의견이나, 다음과 같은 이유로 타당하지 아니하다.



(가) 처분청은 아래의 ‘과세처분 경위’에서, 2017.9.5.자 2014년 귀속 배당소득과 기타소득 소득처분 관련 소득금액변동통지를 선행처분이라 하여, 후행처분인 2023.4.11.자 2014년 귀속 양도소득세 부과처분과 세목만 다른 것처럼 기재하였으나, 이 건 선행처분은 청구인이 불이익한 처분에 불복하여 취소를 구하는 항고소송을 제기한 처분으로, 처분청이 소송진행 과정에서 일부 취소한 과세처분인 2020.3.3.자 2015년 귀속 종합소득세 과세처분이므로 후행처분은 선행처분과 세목만 다른 것이 아니라 귀속연도도 달라서 과세단위가 다른 처분에 해당한다.

○○○



(나) 처분청이 제시하는 대법원 판결(대법원 2020.8.27. 선고 2020두38447 판결)에서는 ‘과세단위가 다른 후행처분에 대해 특례제척기간 적용을 무조건적으로 배척하라는 것이 아니라, 선행확정판결과 후행처분사이의 상호관련성을 종합적으로 살펴보라는 취지가 담겨져 있다’고 하였으나, 판결문의 어디에서도 처분청이 주장하는 이러한 취지는 찾을 수 없다.



(다) 처분청은 선행처분(종합소득세)과 후행처분(양도소득세)이 과세대상과 세목 등을 달리하고 있더라도 이들의 상호관련성을 인정하여 반대되는 조정을 하도록 특별한 규정이 있다고 하였으나,「국세기본법」제26조의2 제6항 제1의2호에는 불복청구의  "결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우: 제1호의 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년”이라고 규정하여, 다른 세목인 경우에는 같은 과세기간으로 한정하고, 다른 과세기간인 경우에는 같은 세목으로 한정하여 처분청 주장과 같이 과세기간 및 세목을 달리하는 조정을 할 수 있도록 한 특별한 규정이 아니고, 이 사건과 같이 과세단위(세목과 과세기간 등)가 다른 경우에 대하여는 판례에서도 특례제척기간을 적용할 수 있는 재처분에 해당하지 않는다고 하였다.



(라) 대법원은  "이전 처분은 부동산거래를 과세대상거래로 하고, 세목도 법인세, 주된 납세의무자가 법인, 제2차납세의무자가 원고인 반면, 이 사건 처분은 주식양도거래를 과세대상거래로 하고 세목이 양도소득세와 증권거래세, 납세의무자가 원고로서 과세단위 및 주된 납세의무자를 달리하여 이 사건 처분은 선행판결의 확정에 따른 특례제척기간의 적용이 허용되지 않는다고 봄이 상당하다”고 판시(대법원 2020.8.20. 선고 2017두30757 판결, 국패)한 바 있다.



(마) 처분청은 선행처분의 취소 시 이에 관련된 반대 조정으로 후행처분인 양도소득세를 과세할 수 없다면, 후발적 환급은 가능하면서도 후발적 고지만 불가하다고 보는 불합리함이 발생한다고 하나, 위 대법원 판결(대법원 2020.8.20. 선고 2017두30757 판결)에서는 과세관청이 상고이유로 ‘주식양도로 OOO원 상당의 경제적 이익을 얻었음에도 납세의무를 면하는 것은 실질과세의 원칙에 반한다’고 주장하였으나, 과세단위가 다른 후행처분에 대하여는 특례제척기간이 적용되지 않는다고 판결하면서「국세기본법」제26조의2에서 규정하고 있는 국세부과권의 제척기간 내에 조세의 부과처분이 없으면 과세관청은 더 이상 국세의 확정을 위한 부과처분을 할 수 없게 되고, 그 반사적 효과로서 납세자로서는 조세채무를 납부할 의무를 면하게 되나, 이는 제척기간제도에 따른 부득이한 결과로서 그런 결과가 실질과세의 원칙에 반한다고는 할 수 없다(대법원 2006.6.9. 선고 2006두781 판결 참조)고 하면서 과세관청의 주장을 배척하였다.





나. 처분청 의견



(1) 법원의 조정권고는 확정판결과 같은 효력을 가지고 있으므로 「국세기본법」상 특례제척기간을 적용하여야 한다.



(가)「국세기본법」에서는 조세채권의 채무관계를 조속히 확정시킴으로써 납세자의 조세법률관계를 안정시키기 위해 국세부과제척기간을 두고 있는바, 제26조의2(국세의 부과제척기간) 제6항 제5호에서는 소송에 대한 판결에 대해 단순히 판결만을 규정한 것이 아니라 판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다고 하여 판결뿐만 아니라 관련 소송에서 이루어진 그 밖의 행위까지 망라할 수 있도록 규정하고 있다.



이는 선행처분의 취소가능성이 매우 높아 처분청이 최종 판결까지 진행할 경우 불필요한 사회비용이 발생함은 물론 납세자의 권익보호에도 문제가 있어 분쟁이 조속히 해결될 수 있도록 법원의 조정 권고를 수용한 것인바, 이러한 조정권고안이 판결과 같은 효력이 없어 특례제척기간이 적용되는 판결에 해당하지 않는다고 보기 어렵다.



(나) 만약, 청구주장과 같이 특례제척기간을 적용하기 위해서 반드시 형식적인 판결이 존재하여야 한다고 본다면, 실질적으로 과세처분의 위법성이 확인된 상황에서 조정권고안을 수용한 경우에는 특례제척기간을 적용할 수 없고, 조정권고안을 수용하지 아니하거나 재판부가 조정권고안을 제시하지 아니하여 판결을 선고받은 경우에만 특례제척기간이 적용된다는 것인데, 이는 사실상 결과가 동일한 사안에 대하여 납세의무를 달리 취급하게 되는 불합리함이 발생되어 과세형평에 심히 반하는 결과가 초래될 것이다.



따라서, 법원의 조정권고도 확정판결에 해당한다고 보아야 하므로 이 건 후행처분은 특례제척기간의 적용대상이 된다고 보아야 한다.



(2) 취소된 선행처분과 밀접한 상호관련이 있는 후행처분에 대해서는 특례제척기간을 적용할 수 있다.



(가) 청구인은 일부 대법원 판례를 제시하면서 취소된 선행처분과 세목과 과세기간을 달리하는 후행처분에 대해서는 특례제척기간을 적용할 수 없다고 주장하나, 대법원은 선행처분과 후행처분의 과세단위가 변경되는 경우, 후행처분에 대한 특례제척기간 적용은 기본적으로 제한되어야 한다는 입장이긴 하나(대법원 2020.8.20. 선고 2017두30757 판결), 부가가치세 및 법인세와 같이 세목, 과세대상, 과세요건, 과세기간, 과세표준 및 세액 산정방식, 적용 법령 등이 서로 뚜렷이 구별되는 경우 선행판결과 후행처분 사이의 상호관련성이 떨어져 특례제척기간이 적용될 수 없다는 것으로, 이는 후행처분의 세목이나 납세의무자가 변경되었다는 이유만으로 특례제척기간의 적용을 무조건적으로 배척하라는 것이 아니라, 선행확정판결과 후행처분 사이의 상호관련성이 얼마나 밀접한지를 종합적으로 살펴보라는 취지(대법원 2020.8.27. 선고 2020두38447 판결)도 함께 담겨져 있는 것으로 보아야 하므로, 결국 과세단위 변경을 획일적으로 판단하기보다는 세법 고유의 법리와 논리에 따라 상호연관성이 충분히 인정되는 경우에는 특례제척기간의 적용을 허용하는 것이 조세정의 등 헌법적 가치에 보다 충실한 해석이라고 할 수 있다.



(나) 이 건에 있어 선행처분인 종합소득세와 후행처분인 양도소득세가 세목이 다르기는 하나,「소득세법」제96조 제3항에서 자산의 양도가액은  "「법인세법」 제2조 제12호에 따른 특수관계인에 해당하는 법인에 양도한 경우로서 같은 법 제67조에 따라 해당 거주자의 상여ㆍ배당 등으로 처분된 금액이 있는 경우에는 같은 법 제52조에 따른 시가로 한다 "라고 규정되어 있는바, 당초 선행처분으로 인해 소득처분금액만큼 종합소득세가 과세되고 이중과세 방지를 위해 양도가액이 소득처분 금액만큼 차감된 이후, 선행처분인 소득처분금액이 취소되었다면 당초 차감되었던 양도가액은 이중과세 문제가 없으므로 다시 조정되는 것이 합리적이라 할 것이다.



즉, 단순히 과세대상, 세목 등을 달리하는 별개의 과세처분이 존재하고, 이 중 일부 과세처분에 대한 판결이 확정되어 양자 간 특례제척기간을 적용할 법적 근거가 없는 사안과는 달리, 이 건의 경우에는 선행 종합소득세 부과처분과 후행 양도소득세 부과처분은 과세대상 및 세목 등을 달리하고 있더라도 이들의 상호관련성을 인정하여 반대되는 조정을 하도록 하는 특별한 규정이 있으므로 청구인이 제시하는 대법원 판례의 법리가 이 건에도 적용된다고 보기 어렵다.



(다) 또한, 조정권고안에 기인한 선행처분의 취소로 인해 청구인이이 종합소득세를 환급받은 것과 별개로 이와 관련된 반대조정으로 후행처분인 양도소득세를 과세할 수 없다고 한다면, 후발적 환급은 가능하면서도 후발적 고지만 불가하다고 보는 불합리함이 발생할 뿐만 아니라, 그러한 관점은 특례제척기간에 따라 허용되는 처분은 반드시 납세의무자에게 유리한 것에 한정된다고 볼 수 없다는 헌법재판소의 결정(헌법재판소 2002.12.18. 선고 2002헌바27 결정)과도 배치된다.



(라) 따라서, 별도의 새로운 과세처분이 아닌 선행처분(종합소득세)의 취소로 양도가액이 조정되는 등 상호 연관성이 밀접한 후행처분(양도소득세)은 특례제척기간 적용대상에 해당되므로 이 건 양도소득세 부과처분은 정당하다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁 점



① 법원조정권고는 확정판결이 아니므로 특례부과제척기간을 적용할 수 없다는 청구주장의 당부



② 선행처분과 세목과 과세기간을 달리하는 후행처분에 특례부과제척기간을 적용할 수 없다는 청구주장의 당부



나. 관련 법령 등



(1) 국세기본법



제26조의2【국세의 부과제척기간】① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 " 부과제척기간" 이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 " 국제거래" 라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구,「감사원법」에 따른 심사청구 또는「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우: 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년

1의2. 제1호의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우: 제1호의 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년

5. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래ㆍ행위 등과 관련된 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우: 판결이 확정된 날부터 1년



제45조의2【경정 등의 청구】② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구,「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때



(2) 소득세법



제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

③ 제1항을 적용할 때 거주자가 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 가액을 해당 자산의 양도 당시의 실지거래가액으로 본다.

1.「법인세법」제2조 제12호에 따른 특수관계인에 해당하는 법인(외국법인을 포함하며, 이하 이 항에서 " 특수관계법인" 이라 한다)에 양도한 경우로서 같은 법 제67조에 따라 해당 거주자의 상여ㆍ배당 등으로 처분된 금액이 있는 경우에는 같은 법 제52조에 따른 시가



(3) 법인세법



제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 " 부당행위계산" 이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 " 시가" 라 한다)을 기준으로 한다.



(4) 민사조정법



제29조【조정의 효력】조정은 재판상의 화해와 동일한 효력이 있다.



(5) 민사소송법



제220조【화해,청구의 포기ㆍ인낙조서의 효력】화해, 청구의 포기ㆍ인낙을 변론조서ㆍ변론준비기일조서에 적은 때에는 그 조서는 확정판결과 같은 효력을 가진다.



제367조【당사자신문】법원은 직권으로 또는 당사자의 신청에 따라 당사자 본인을 신문할 수 있다. 이 경우 당사자에게 선서를 하게 하여야 한다.



제368조【대질】재판장은 필요하다고 인정한 때에 당사자 서로의 대질 또는 당사자와 증인의 대질을 명할 수 있다.



제369조【출석ㆍ선서ㆍ진술의 의무】당사자가 정당한 사유 없이 출석하지 아니하거나 선서 또는 진술을 거부한 때에는 법원은 신문사항에 관한 상대방의 주장을 진실한 것으로 인정할 수 있다.



제370조【거짓 진술에 대한 제재】① 선서한 당사자가 거짓 진술을 한 때에는 법원은 결정으로 500만원 이하의 과태료에 처한다.

② 제1항의 결정에 대하여는 즉시항고를 할 수 있다.

③ 제1항의 결정에는 제363조 제3항의 규정을 준용한다.



제371조【신문조서】당사자를 신문한 때에는 선서의 유무와 진술 내용을 조서에 적어야 한다.



제372조【법정대리인의 신문】소송에서 당사자를 대표하는 법정대리인에 대하여는 제367조 내지 제371조의 규정을 준용한다. 다만, 당사자 본인도 신문할 수 있다.



제373조【증인신문 규정의 준용】이 절의 신문에는 제309조, 제313조, 제319조 내지 제322조, 제327조, 제327조의2와 제330조 내지 제332조의 규정을 준용한다.



(6) 행정소송법



제8조【화해,청구의포기ㆍ인낙조서의 효력】② 행정소송에 관하여 이 법에 특별한 규정이 없는 사항에 대하여는 법원조직법과 민사소송법 및 민사집행법의 규정을 준용한다.



다. 사실관계 및 판단



(1) A의 주주였던 청구인은 2014.1.24. 쟁점주식을 A과 D에 1주당 OOO원에 양도하기로 하는 계약을 체결한 후, 2014.12.31. 아래 ＜표3＞과 같이 쟁점주식을 양도하였고, 2015.2.27. 아래 ＜표4＞와 같이 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고 납부하였다.



＜표3＞ 청구인 쟁점주식 양도현황(배우자 C 포함)

○○○



＜표4＞ 청구인의 쟁점주식 양도소득세 신고내역

○○○



(2) 당초 조사청은 2017.2.17.부터 2017.5.29.까지 쟁점법인들에 대한 세무조사를 실시하여 아래 ＜표5＞와 같이 쟁점주식의 1주당 가액을「상속세 및 증여세법」제54조에 따른 비상장주식의 보충적 평가방법에 따라 부동산 과다 보유법인인 쟁점법인들의 순손익가치와 순자산가치를 2와 3의 비율로 가중평균하여 OOO원으로 평가하였고, 이에 따라 쟁점주식 거래를 특수관계인과의 거래에서 쟁점법인들이 주식을 고가양수한 부당행위계산부인 대상 거래로 판단하여 해당 시가와 거래가액과의 차액을 쟁점법인들이 손금으로 계상한 쟁점주식의 취득가액에서 차감(손금불산입)한 후, 2017.9.5. OOO원은 청구인에 대한 2014년 귀속 배당소득으로, OOO원은 2014년 귀속 기타소득으로 소득처분하여 쟁점법인들과 청구인에게 소득금액변동통지하였고, 동 소득처분금액 상당액을 청구인이 당초 신고한 양도소득에서 차감하여 아래 ＜표6＞과 같이 양도소득세 OOO원을 환급ㆍ결정하였다.



＜표5＞ 당초 조사청이 평가한 쟁점주식 1주당 평가액

○○○



＜표6＞ 청구인의 2014년 귀속 양도소득세 (1차)경정내역(양도가액 감액)

○○○



(3) 청구인은 2017.11.29. 위 소득금액변동통지서상 금액 상당액을 청구인의 2014년 귀속 종합소득금액 과세표준에 포함하여 아래 ＜표7＞과 같이 2014년 귀속 종합소득세 OOO원을 추가 수정신고 납부하였다.



＜표7＞ 청구인의 2014년 귀속 종합소득세 수정신고 내역

○○○



(4) 청구인은 2018.2.5. 쟁점주식의 당초 양도소득세 예정신고 거래가액이 정당하다는 이유로 2014년 귀속 종합소득세 수정신고ㆍ납부액(OOO원)의 환급 경정청구를 제기하였고, 환급검토를 담당한 서울지방국세청장은 경정청구일부터 2개월이 되는 날인 2018.4.5.까지 청구인에게 처리결과통지를 하지 아니하였으며, 이에 청구인은 2018.6.27. 조세심판원에 심판청구(조심 OOO)를 제기하였고, 조세심판원은 심리결과 2019.7.31.  "쟁점법인들의 순자산가액을 재조사하여 그 결과에 따라 소득금액변동통지금액을 경정하고, 해당 소득금액변동통지에 따른 2014년 귀속 종합소득세의 과세표준과 세액을 경정하되, 나머지 심판청구는 이를 기각한다”는 결정을 하였다.



(5)재조사청(인천지방국세청장)은 이에 따라 쟁점법인들에 대하여 2019.9.4.부터 2019.11.24.까지 재조사를 실시하였고, 그 결과 아래 ＜표8＞과 같이 쟁점법인들의 순자산가액을 일부 증액하여 쟁점주식의 시가를 1주당 OOO원으로 재산정 하였으며, 쟁점주식의 시가와 매매가액의 차액이 감소함에 따라 청구인에 대한 소득처분금액을 감액하면서 소득의 귀속시기를 2014년이 아닌 2015년으로 보아 당초 2014년 귀속 소득금액변동 통지한 처분은 취소하고, 이를 청구인의 2015년 귀속 배당소득(OOO원) 및 기타소득(OOO원)으로 하여 소득금액변동통지를 하였다.



＜표8＞ 재조사청이 평가한 쟁점주식 1주당 평가액

○○○



(6) 처분청은 이에 따라 2020.3.31. 아래 ＜표9＞와 같이 청구인에게 2015년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하면서, 청구인이 2017.11.29. 당초 수정신고ㆍ납부하였던 2014년 귀속 종합소득세 OOO원을 환급결정 하였고, 소득처분금액 감액분만큼 당초 감액 경정되었던 2014년 귀속 양도가액을 증액하여 아래 ＜표10＞과 같이 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.



＜표9＞ 청구인의 종합소득세 경정 내역



① 2015년 귀속

○○○



② 2014년 귀속

○○○



＜표10＞ 청구인의 2014년 귀속 양도소득세 (2차)경정내역(양도가액 증액)

○○○



(7) 청구인은 선행처분 중 조세심판청구에서 인정받지 못한 부분(재조사 결정 외 기각결정분)에 대하여 2019.10.21. 서울행정법원에 항고소송(서울행정법원 OOO)을 제기하여 1심에서 승소(2021.7.9.)하였고, 처분청의 항소제기로 2심(서울고등법원 OOO)이 진행되던 2023.2.3.  "1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액을 기준으로 A과 B의 주식 1주당 순손익가치를 산정할 수 없다는 취지의 1심 판단을 감안하여, 재조사청이 각 회사의 1주당 순자산가치에 따라 산정한 가액(A 주식 1주당 OOO원, B 주식 1주당 OOO원)을 주식의 시가로 보아 청구인과 배우자 C의 종합소득세를 재산정하여 쌍방에게 조정을 권고합니다.”라는 내용의 법원 조정권고가 있었으며, 쌍방이 동 조정권고를 수용하였다.



(8) 처분청은 법원의 조정권고 수용내용에 따라 아래 ＜표11＞과 같이 소득처분금액(소득금액변동통지금액)을 감액(OOO원)하여 2023.4.19. 2015년 귀속 종합소득세 OOO원을 환급하고, 감액된 소득처분 금액을 2014년 귀속 양도소득에 가산하여 2023.4.11. 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지(후행처분)하였으며, 청구인이 2023.5.9. 소를 취하하여 사건이 종결되었다.



＜표13＞ 법원 조정권고 수용에 따른 처분청 처분내역



① 2015년 귀속 종합소득세 재경정 내역

○○○



② 2014년 귀속 양도소득세 (3차) 경정내역(양도가액 증액)

○○○



(9) 청구인은 선행처분 관련 위 항고소송의 1심 판결 전에 조세심판원의 재조사 결정에 따른 처분청의 2014년 귀속 종합소득세 감액경정결정과 2015년 귀속 종합소득세 증액경정결정에 불복(쟁점은 선행처분 관련 항고소송 쟁점과 동일함)하여 2020.4.22. 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2022.5.19. 기각결정(OOO)하였다.



(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.



(가) 처분청은 법원의 조정권고가 확정판결과 같은 효력을 가지고 있으므로「국세기본법」상 특례제척기간을 적용하여야 한다는 의견이나, 조세항고소송에 있어 법원의 조정권고는 법률상 조정이 아닌 사실상 조정에 따른 것으로 민사소송에서의 판결 및 화해와 같은 효력이 없고, 법원이 심리 중인 사건의 신속ㆍ원만한 해결을 위하여 조정을 권고하고 소송당사자들이 이를 받아들이고 소를 취하함으로써 소송이 종결된 것에 불과하므로 법원의 조정권고를「국세기본법」제26조의2 제6항은 제1호 및 제1호의2, 제5호에 규정하는 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우 또는 판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위에 해당한다고 보기 어려운 점, 이 건에 있어 처분청이 서울고등법원의 조정권고를 받아 들여 청구인의 2015년 종합소득세를 취소한 것은 판결이나 판결의 효력에 준하여 이루어진 것이 아니라 단순히 조정권고안의 기재내용 대로 처분을 변경한 것에 불과한 점 등을 고려하면, 처분청이 서울고등법법원의 조정권고가 확정판결과 같은 효력을 가지고 있다고 보아 특례부과제척기간을 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 것은 잘못이 있다고 판단된다.



(나) 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리실익이 없으므로 생략한다.





4. 결 론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.