심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구인은 2019.5.2. 인천광역시 남동구 OOO 전 654㎡(이하  "쟁점토지”이라 한다)를 자녀 A에게 부담부증여(청구인의 농협은행채무 OOO원 인수 조건)로 양도한 후, 2019.6.28. 「조세특례제한법」제69조에 따른 자경농지 감면을 적용하여 2019년 귀속 양도소득세를 신고하였다.



나. 이에 처분청은 「조세특례제한법」제69조에 따른 감면대상토지에 해당하는지 여부를 확인한 결과, 쟁점토지의 바닥이 콘크리트 및 단단한 흙바닥이고, 공부상 지목은 ‘전’이나 현황상 지목이 ‘대지’로 재산세가 별도합산과세되었고, 농지원부상 2017.7.5. 쟁점토지가 ‘미경작’ 사유로 소유농지에서 삭제되어 양도당시 쟁점토지가 농지에 해당하지 않는 것으로 보아 「조세특례제한법」제69조에 따른 양도소득세 감면을 배제하고 2024.11.5. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ ㆍ 고지하였다.



다. 청구인은 이에 불복하여 2024.11.28. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구인 주장



(1) 쟁점토지 654㎡ 중 농업경영체등록확인서상 경작면적(406㎡)은 농지이므로 2019년 귀속 양도소득세 감면을 전부 배제한 이 건 처분은 부당하다.



농업경영체등록확인서상 쟁점토지는 경작면적(406㎡)과 폐경면적(248㎡)으로 되어 있는데, 폐경면적(248㎡)에는 콘크리트 바닥으로 컨테이너(30㎡)가 설치되어 있고, 나머지는 경작면적(406㎡)에는 흙바닥으로 농막(181㎡)과 소형 비닐하우스가 있다.



쟁점토지는 경사(30도)로 인해 농기계의 이동이 불편하여 2007년경 진입로에만 콘크리트로 포장하였고 쟁점토지 전체를 콘크리트 포장하지 않았다.



경작면적(406㎡)에 위치한 농막은 창문을 두어 통풍이 되도록 하고 지붕에 불투명한 막을 씌워 그늘이 있는 형태이다. 2021.5.5. B에게 농막을 임대하기 전까지 농막과 비닐하우스를 농업에 활용하였다. 비닐하우스에서 고추모종과 파모종을 키우고, 청구인이 소유한 인천광역시 남동구 OOO 전 2,863㎡(이하  "쟁점외토지”이라 한다)에서 경작하여 수확한 고추와 고구마, 들깨 등을 농막에서 건조작업을 하였고, 청구인이 생산한 호박과 양파 등을 보관하며, 농기구와 기계, 트렉터의 보관장소로 사용하였다.



(2) 처분청은 「농지법 시행규칙」제3조의2에서 ‘농막은 농작업에 직접 필요한 농자재 및 농기계 보관, 수확 농산물 간이 처리 또는 농작업 중 일시 휴식을 위하여 설치하는 시설로서 연면적 20㎡ 이하이고, 주거 목적이 아닌 경우로 한정’한다고 규정하는바, 쟁점토지상 농막의 면적은 「농지법」상 농막 면적 기준을 초과하여 쟁점토지를 농지로 보기 어렵다는 의견이나, 「조세특례제한법 시행규칙」제27조에서 ‘농지는 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며 농지경영에 직접 필요한 농막 등을 포함하는 것으로 한다’라고 명시되어 있을 뿐 농림축산식품부의 농막설치 기준 요건에 따라야 한다고 규정하고 있지 않으므로 농막 면적과 관련없이 실제로 농업에 활용되었으므로 감면대상 농지에 해당한다.



(3) 쟁점토지 주소로 사업자등록 이력은 청구인이 쟁점토지상 컨테이너 면적을 임차인에게 임대하였고, 임대차계약서와 임차인의 사업자등록 서류에서 쟁점토지 일부인 컨테이너 부분을 임대한 사실을 확인할 수 있다.



청구인이 쟁점토지를 A에게 양도한 이후 2021.5.5. B에게 농막을 임대하여 B은 농막을 창고로 사용하고 있고 창고로 사용하기 위해 보수공사를 하여 현재 농막 모습과 이 건 양도 당시 농막의 모습이 다를 수밖에 없다. 처분청은 2024.9.20. 쟁점토지 현장을 방문하여 현장에 각종 폐자재가 적재되어 있다고 농지가 아니라는 의견이나, 임차인 B의 물건들이 농막에 적재되어 있었고, 양도일로부터 5년이 지난 농막의 현재 모습으로 5년전 양도당시 농지 여부를 판단하는 것은 부당하다.



(4) 쟁점토지는 2009년경부터 공부상 지목은 ‘전’이나 현황상 지목은 ‘대지’로 재산세가 별도합산과세되었는바, 이에 대해 청구인이 인천광역시 남동구청 세정과에 문의한 결과, 농막 신축 허가할 때 축사로 허가신청을 하였고, 「농지법」상 농막의 연면적 규모를 초과하면서 주거용이 아닐 경우 일반건축물로 분류되기 때문에 부수토지(쟁점토지)가 별도합산과세가 되는 것이라고 하였다. 또한, 농작물 건조 및 보관하는 농막은 재산세 부과시 농막으로 분류하지 않는다고 하였다.



「조세특례제한법」제69조에 따른 감면대상토지를 판단할 때에는 재산세 부과 기준과 별개로 실제로 농업에 사용한 농막이라면 농지로 보아야 한다.



(5) 쟁점토지 농지원부상 2017.7.5. ‘미경작’을 사유로 소유농지에서 삭제되었는데, 이에 대해 청구인이 인천광역시 남동구청 농축수산과에 문의한 결과, 농작물을 키우는 것이 아니라 농작물의 건조와 보관만을 하는 농막은 미경작을 사유로 농지원부에서 삭제할 수 있다는 것이다.



(6) 농업경영체등록확인서상 실제 경작면적은 406㎡, 폐경면적은 248㎡으로 되어 있고, 2019.10.14. 농지목록에서 삭제되었는데 이는 농막을 타인에게 창고로 임대할 목적으로 청구인과 A이 농지에서 삭제할 것을 요청하였다.



(7) 청구인은 양도소득세 신고 당시 감면에 관한 근거자료를 첨부하지 않았는데 그때 담당공무원이 근거를 제출하라고 했다면 쉽게 입증이 되었을 텐데 5년이 지난 후에 입증하기에 현실적 어려움이 있고, 가산세도 본세의 절반 이상을 차지하여 감면 전액을 부인한 이 건 처분은 부당하다.



나. 처분청 의견



(1) 청구인은 2019.6.28. 이 건 양도소득세 신고 당시 감면을 입증하는 증빙을 제출하지 않았는바, 쟁점토지는 2010년 이전에는 농지로 볼 수 있지만, 2010년 이후에는 농지로 볼 근거가 없다.



2024.9.20. 현장을 방문하여 확인한 결과 쟁점토지의 바닥이 콘크리트 및 단단한 흙바닥으로 확인하여 농작물 경작이 불가능한 상태였고, 농막에는 폐자재가 적재되어 사실상 창고로 사용되고 있었다. 2010년 이후 항공사진에도 농지로 볼 수 있는 근거가 없다.



(2) 청구인은 농업경영체확인서상 경작면적(406㎡)을 근거로 일부감면을 주장하나, 농업경영체확인서는 2016년에 작성되었고, 단순 확인서에 불과하여 실질 농지 여부를 판단할 자료로 보기 부족하다.


또한, 인천광역시 남동구청 농축산수산과 및 세정과 담당직원의 통화 녹음을 증빙으로 제출하였으나 이는 쟁점토지가 농지라는 입증이라고 보기에 부족하다.



쟁점토지 재산세 과세내역상 공부상 지목은 ‘전’, 현황은 ‘대지’로 별도합산과세 되었고, 농지원부상 2017.7.5. ‘소유농지 삭제(기타)(미경작)’으로 기록변경되었기 때문에 농지로 보기 어렵다.



(3) 농막이 농업 경작을 위해 사용되었다고 증빙으로 농작물을 말리고 있는 사진을 제출하였으나 제출된 사진이 어느 시기에 촬영된 것인지 명확하지 않고 계속적으로 농작물을 보관에 사용한 것인지 여부를 확인할 수 없다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



양도당시 쟁점토지가 농지에 해당하지 아니한 것으로 보아 「조세특례제한법」제69조에 따른 양도소득세 감면을 부인하고 과세한 처분의 당부



나. 관련 법령 등



(1) 조세특례제한법(2019.4.30. 법률 제16413호로 개정된 것)



제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서  "농업법인”이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.



(2) 조세특례제한법 시행령



제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ④ 법 제69조 제1항 본문에서  "대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항이 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준

2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우: 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준

3. 「광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률」, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우: 휴경계약일 현재의 농지 기준



(3) 조세특례제한법 시행규칙



제27조(농지의 범위 등) ① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ ㆍ 답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ ㆍ 퇴비사ㆍ ㆍ 양수장ㆍ ㆍ 지소ㆍ ㆍ 농도ㆍ ㆍ 수로 등을 포함하는 것으로 한다.



(4) 농지법 시행규칙(2018.5.1. 농림축산식품부령 제318호로 개정된 것)



제3조의2(농막 등의 범위) 영 제2조 제3항 제2호 라목 및 영 제29조 제1항 제7호에서  "농림축산식품부령으로 정하는 시설”이란 각각 다음 각 호의 시설을 말한다.

1. 농막: 농작업에 직접 필요한 농자재 및 농기계 보관, 수확 농산물 간이 처리 또는 농작업 중 일시 휴식을 위하여 설치하는 시설(연면적 20제곱미터 이하이고, 주거 목적이 아닌 경우로 한정한다)



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.



(가) 청구인은 인천광역시 남동구 OOO 전 654㎡(쟁점토지)를 1981.2.19. 상속으로 취득하였고, 2019.5.2. 자녀 A에게 부담부 증여로 양도하였다.



청구인은 쟁점토지 외에 인천광역시 남동구 OOO 전 2,863㎡(쟁점외토지)를 소유하고 있고, 쟁점토지로부터 약 587m 거리에 위치한다.



(나) 쟁점토지의 재산세 과세내역서상 1998년부터 2007년까지 재산세가 분리과세되었고, 2008년에는 공부상 지목과 현황이 ‘전’으로 종합합산과세되었으며, 2009년부터 2018년까지 공부상 지목은 ‘전’, 현황상 지목은 ‘대지’로 별도합산과세되었다.



(다) 청구인의 2018년도분 일반건축물 정기과세내역서상 쟁점토지에 재산세의 과세물건이 존재하고, 연면적 211㎡, 취득일이 2007.3.16.으로 나타난다.



(라) 쟁점토지의 농지원부상 2013.8.29. 및 2015.7.9.에는 쟁점토지가 농지이었으나 2017.7.5. ‘소유농지 삭제(기타)(미경작)’으로 기록변경된 것으로 나타난다.



(마) 농업경영체등록확인서상 쟁점토지의 공부상 면적 654㎡, 실제관리 면적 406㎡, 폐경면적 248㎡으로 재배품목은 호박(노지 406㎡)으로 나타나고, 2019.10.11. 쟁점토지는 농지에서 삭제되었음이 확인된다.



(바) 과세전적부심사 과정에서 2024.9.20. 심리담당자가 쟁점토지 현장을 방문하여 확인하였는바, 농막에는 폐자재가 보관되어 있었던 것으로 나타난다.



(사) 청구인은 쟁점토지 중 일부를 아래 ＜표1＞과 같이 임대한 것으로 나타나는바, 2008년 4월부터 2018년 1월까지 쟁점토지 소재지를 사업장으로 하여 해당 임차인이 사업자등록한 이력도 나타난다.



＜표1＞ 쟁점토지 임대차내역

OOO



(아) 청구인은 청구주장에 대한 증빙으로 ① 남동농업협동조합의 조합원증명서(1977.8.30. 조합 가입), ② 2012년부터 현재까지 남동농협과 남동원예농협에서 발행한 거래자별 매출상세내역, ③ 청구인이 직접 농업에 종사하며 쟁점토지가 농지라는 내용의 C, D, E 명의로 작성된 경작사실확인서, ④ 2017.6.25. 촬영된 사진 1장(감자가 쌓여있는 모습), 2019.10.12. 촬영된 사진 1장,(고구마가 쌓여있는 모습) 2020.10.18. 촬영된 사진 2장(고구마와 농기계가 보관된 모습), ⑤ 2024년 9월경 촬영된 사진 9장(농막 외관, 비닐하우스 외관, 쟁점토지 흙바닥 상태), ⑥ 쟁점토지에 위치한 컨테이너 사무실에 관한 임대차계약서(임대기간 2015.5.6.～2016.5.6. 임차인 F), ⑦ 임차인 B의 사실확인서(2015.5.6. 임대차계약을 계속 갱신하여 컨테이너만 사용하다가 2021.5.5.부터 농막도 임차하여 사용하고 있음), ⑧ 2023.3.2. 쟁점토지에 위치한 농막의 수리에 관한 견적서, ⑨ 2023.10.23. 인천광역시 남동구청 세정과 직원 통화 녹취록[쟁점토지가 별도합산과세된 이유에 관하여 쟁점토지상 농막의 면적이 농지법상 기준(20㎡)을 초과하여 일반건축물로 보아 재산세가 부과될 수 있다는 취지], ⑩ 2024.10.11. 인천광역시 남동구청 농축수산과 직원과 통화 녹취록(쟁점토지의 농지원부상 미경작으로 삭제된 이유에 관하여 농막에서 경작하지 않고 농작물을 보관하는 용도인 경우 미경작으로 보아 농지에서 삭제된다는 취지), ⑪ 2005년부터 2024년까지의 쟁점토지 항공사진을 제출하였다



(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지 중 일부 면적(406㎡)에 대해서는 「조세특례제한법」제69조에 따른 자경농지라고 주장하나,



「조세특례제한법 시행규칙」제27조에서 농지의 범위는 ‘전ㆍ ㆍ 답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ ㆍ 퇴비사ㆍ ㆍ 양수장ㆍ ㆍ 지소ㆍ ㆍ 농도ㆍ ㆍ 수로 등’으로 규정하고 있는바, 2005년～2019년 기간동안의 항공사진상 쟁점토지는 농지로 보기 어려울 뿐만 아니라 그 형상에 큰 변동이 없어 보이는 점, 쟁점토지의 재산세 과세내역서상 2009년부터 2018년까지 공부상 지목은 ‘전’이나, 현황상 지목은 ‘대지’로서 별도합산과세된 점, 농지원부상 2017.7.5. 미경작을 사유로 농지에서 삭제된 것으로 나타나는 점, 재산세 과세내역상 연면적 211㎡상당은 일반건축물로 과세한 사실이 있고, 해당 건축물의 구체적인 내용, 용도 등이 객관적으로 확인되지 않아서 실제 농업경영에 직접 필요한 농막에 해당하는지 여부가 불분명할 뿐만 아니라 해당 건축물 주변 부지는 나대지로 보이므로 농지로 단정하기 어려운 점, 청구인이 제출한 자료만으로는 쟁점토지 중 일부 면적(406㎡)이 농막이나 비닐하우스 등 농지로서 농업경영에 직접 공하였다는 청구주장을 구체적으로 입증하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 양도당시 쟁점토지가 농지에 해당하지 아니한 것으로 보아 「조세특례제한법」제69조에 따른 양도소득세 감면을 부인한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.